Name: demonstrating a multi-drug resistant mycobacterium tuberculosis amplification microarray
Uploaded: 2014-04-25T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Demonstrating a Multi-drug Resistant Mycobacterium tuberculosis Amplification Microarray at JoVE.com

이 작품은 부여 RC3의 AI089106에서 건강 (NIH)의 국립 연구소에 의해 지원되었다. MDR-TB 핵산은 열대 질병 (TDR), 제네바, 스위스에서 연구와 교육을위한 국제 연합 아동 기금 / 유엔 개발 계획 / 세계 은행 / 세계 보건기구 (WHO) 특별 프로그램에 의해 제공되었다. 우리는 프로토 타입 분석에 포함 할 수있는 특정 유전자 돌연변이에 대한 지침에 대한 미국 질병 통제 예방 센터의 박사 톰 Shinnick 감사합니다.

보편적 인 PCR주의 사항을 준수 실험실의 경우, 여러 가지 증폭 마이크로 어레이 기판 당 가스켓을 포함하고 여기에 설명 된대로, 벌크 용기에 모두를 동시에 증폭 마이크로 어레이를 세척하는 운영 체제는 더 효율적입니다. 다른 30,33보고 소모품 형식은, 완전히 밀봉 폐쇄의 증폭 검사에서 사후 증폭 마이크로 어레이 세척 단계를 수행 할 수 있습니다. 1. 설치 <ol><li>...

<ol>
	<li>Lemaire, J. -. F., Casenghi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+diagnostics+for+tuberculosis:+fulfilling+patient+needs+first.">New diagnostics for tuberculosis: fulfilling patient needs first.</a> J. Int. AIDS Soc. 13, 40 (2010).</li><li>World Health Organization. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Tuberculosis diagnostic technology landscape. 42, (2012).</li><li>Notomi, T., Okayama, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Loop-mediated+isothermal+amplification+of+DNA.">Loop-mediated isothermal amplification of DNA.</a> Nucl. 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Clin. 48, 492-497 (1990).</li><li>Compton, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nucleic+acid+sequence-based+amplification.">Nucleic acid sequence-based amplification.</a> Nature. 350, 91-92 (1991).</li><li>Guatelli, J. C., Whitfield, K. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isothermal,+in+vitro+amplification+of+nucleic+acids+by+a+multienzyme+reaction+modeled+after+retroviral+replication.">Isothermal, in vitro amplification of nucleic acids by a multienzyme reaction modeled after retroviral replication.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87, 1874-1878 (1990).</li><li>Shi, X. C., Liu, X. Q., Xie, X. L., Xu, Y. C., Zhao, Z. X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+chip+array+for+differentiation+of+mycobacterial+species+and+detection+of+drug+resistance.">Gene chip array for differentiation of mycobacterial species and detection of drug resistance.</a> Chin. Med. J. , 3292-3297 (2012).</li><li>Troesch, A., Nguyen, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mycobacterium+species+identification+and+rifampin+resistance+testing+with+high-density+DNA+probe+arrays.">Mycobacterium species identification and rifampin resistance testing with high-density DNA probe arrays.</a> J. Clin. Microbiol. 37, 49-55 (1999).</li><li>Caoili, J. C., Mayorova, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+the+TB-biochip+oligonucleotide+microarray+system+for+rapid+detection+of+rifampin+resistance+in+Mycobacterium+tuberculosis.">Evaluation of the TB-biochip oligonucleotide microarray system for rapid detection of rifampin resistance in Mycobacterium tuberculosis.</a> J. Clin. Microbiol. 44, 2378-2381 (2006).</li><li>Waddell, S., Laing, K., Senner, C., Butcher, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microarray+analysis+of+defined+Mycobacterium+tuberculosis+populations+using+RNA+amplification+strategies.">Microarray analysis of defined Mycobacterium tuberculosis populations using RNA amplification strategies.</a> BMC Genomics. 9, 94 (2008).</li><li>Fukushima, M., Kakinuma, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+and+identification+of+mycobacterium+species+isolates+by+DNA+microarray.">Detection and identification of mycobacterium species isolates by DNA microarray.</a> J. Clin. Microbiol. 41, 2605-2615 (2003).</li><li>Park, H., Jang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+and+genotyping+of+Mycobacterium+species+from+clinical+isolates+and+specimens+by+oligonucleotide+array.">Detection and genotyping of Mycobacterium species from clinical isolates and specimens by oligonucleotide array.</a> J. Clin. Microbiol. 43, 1782-1788 (2005).</li><li>Yao, C., Zhu, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+rpoB,+katG+and+inhA+gene+mutations+in+Mycobacterium+tuberculosis+clinical+isolates+from+Chongqing+as+determined+by+microarray.">Detection of rpoB, katG and inhA gene mutations in Mycobacterium tuberculosis clinical isolates from Chongqing as determined by microarray.</a> Clin. Microbiol. Infect. 16, 1639-1643 (2010).</li><li>Sun, A. H., Fan, X. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+detection+of+rpoB+gene+mutations+in+rif-resistant+M.+tuberculosis+isolates+by+oligonucleotide+microarray.">Rapid detection of rpoB gene mutations in rif-resistant M. tuberculosis isolates by oligonucleotide microarray.</a> Biomed. Environ. Sci. 22, 253-258 (2009).</li><li>Volokhov, D. V., Chizhikov, V. E., Denkin, S., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+detection+of+drug-resistant+Mycobacterium+tuberculosis+with+a+scanning-frame+oligonucleotide+microarray.">Molecular detection of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis with a scanning-frame oligonucleotide microarray.</a> Methods Mol. Biol. 465, 395-417 (2009).</li><li>Fu, L., Shinnick, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Understanding+the+action+of+INH+on+a+highly+INH-resistant+Mycobacterium+tuberculosis+strain+using+Genechips.">Understanding the action of INH on a highly INH-resistant Mycobacterium tuberculosis strain using Genechips.</a> Tuberculosis. 87, 63-70 (2007).</li><li>Fu, L. M., Shinnick, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+exploration+of+the+drug+action+of+capreomycin+on+Mycobacterium+tuberculosis+using+Affymetrix+oligonucleotide+GeneChips.">Genome-wide exploration of the drug action of capreomycin on Mycobacterium tuberculosis using Affymetrix oligonucleotide GeneChips.</a> J. Infect. 54, 277-284 (2007).</li><li>Denkin, S., Volokhov, D., Chizhikov, V., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microarray-based+pncA+genotyping+of+pyrazinamide-resistant+strains+of+Mycobacterium+tuberculosis.">Microarray-based pncA genotyping of pyrazinamide-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis.</a> J. Med. Microbiol. 54, 1127-1131 (2005).</li><li>Gryadunov, D. A., Mikhailovich, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+hybridisation+on+oligonucleotide+microarrays+for+analysis+of+drug-resistant+Mycobacterium+tuberculosis.">Evaluation of hybridisation on oligonucleotide microarrays for analysis of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis.</a> Clin. Microbiol. Infect. 11, 531-539 (2005).</li><li>Tang, X., Morrix, S. L., Langone, J. J., Bockstahler, L. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microarray+and+allele+specific+PCR+detection+of+point+mutations+in+Mycobacterium+tuberculosis+genes+associated+with+drug+resistance.">Microarray and allele specific PCR detection of point mutations in Mycobacterium tuberculosis genes associated with drug resistance.</a> J. Microbiol. Methods. 63, 318-330 (2005).</li><li>Wade, M. M., Volokhov, D., Peredelchuk, M., Chizhikov, V., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Accurate+mapping+of+mutations+of+pyrazinamide-resistant+Mycobacterium+tuberculosis+strains+with+a+scanning-frame+oligonucleotide+microarray.">Accurate mapping of mutations of pyrazinamide-resistant Mycobacterium tuberculosis strains with a scanning-frame oligonucleotide microarray.</a> Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 49, 89-97 (2004).</li><li>Yue, J., Shi, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+rifampin-resistant+Mycobacterium+tuberculosis+strains+by+using+a+specialized+oligonucleotide+microarray.">Detection of rifampin-resistant Mycobacterium tuberculosis strains by using a specialized oligonucleotide microarray.</a> Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 48, 47-54 (2004).</li><li>Kim, S. Y., Park, Y. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+the+CombiChip+Mycobacteria+Drug-Resistance+detection+DNA+chip+for+identifying+mutations+associated+with+resistance+to+isoniazid+and+rifampin+in+Mycobacterium+tuberculosis.">Evaluation of the CombiChip Mycobacteria Drug-Resistance detection DNA chip for identifying mutations associated with resistance to isoniazid and rifampin in Mycobacterium tuberculosis.</a> Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 54, 203-210 (2006).</li><li>Brown, T. J., Herrera-Leon, L., Anthony, R. M., Drobniewski, F. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+macroarrays+for+the+identification+of+MDR+Mycobacterium+tuberculosis.">The use of macroarrays for the identification of MDR Mycobacterium tuberculosis.</a> J. Microbiol. Methods. 65, 294-300 (2006).</li><li>Brossier, F., Veziris, N., Truffot-Pernot, C., Jarlier, V., Sougakoff, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Performance+of+the+genotype+MTBDR+line+probe+assay+for+detection+of+resistance+to+rifampin+and+isoniazid+in+strains+of+Mycobacterium+tuberculosis+with+low-+and+high-level+resistance.">Performance of the genotype MTBDR line probe assay for detection of resistance to rifampin and isoniazid in strains of Mycobacterium tuberculosis with low- and high-level resistance.</a> J. Clin. Microbiol. 44, 3659-3664 (2006).</li><li>Padilla, E., Gonzalez, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+evaluation+of+the+new+version+of+the+INNO-LiPA+Mycobacteria+and+GenoType+Mycobacterium+assays+for+identification+of+Mycobacterium+species+from+MB/BacT+liquid+cultures+artificially+inoculated+with+mycobacterial+strains.">Comparative evaluation of the new version of the INNO-LiPA Mycobacteria and GenoType Mycobacterium assays for identification of Mycobacterium species from MB/BacT liquid cultures artificially inoculated with mycobacterial strains.</a> J. Clin. Microbiol. 42, 3083-3088 (2004).</li><li>Barnard, M., Gey van Pittius, N. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+diagnostic+performance+of+the+GenoType+MTBDRplus+Version+2+line+probe+assay+is+equivalent+to+that+of+the+Xpert+MTB/RIF+assay.">The diagnostic performance of the GenoType MTBDRplus Version 2 line probe assay is equivalent to that of the Xpert MTB/RIF assay.</a> J. Clin. Microbiol. 50, 3712-3716 (2012).</li><li>Sekiguchi, J. -. I., Nakamura, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+evaluation+of+a+line+probe+assay+for+rapid+identification+of+pncA+mutations+in+pyrazinamide-resistant+Mycobacterium+tuberculosis+strains.">Development and evaluation of a line probe assay for rapid identification of pncA mutations in pyrazinamide-resistant Mycobacterium tuberculosis strains.</a> J. Clin. Microbiol. 45, 2802-2807 (2007).</li><li>Chandler, D. P., Bryant, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integrated+amplification+microarrays+for+infectious+disease+diagnostics.">Integrated amplification microarrays for infectious disease diagnostics.</a> Microarrays. 1, 107-124 (2012).</li><li>Vincent, V., Rigouts, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+TDR+Tuberculosis+Strain+Bank:+a+resource+for+basic+science,+tool+development+and+diagnostic+services.">The TDR Tuberculosis Strain Bank: a resource for basic science, tool development and diagnostic services.</a> Int. J. Tuberc. Lung Dis. 16, 24-31 (2012).</li><li>Golova, J. B., Chernov, B. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Non-volatile+copolymer+compositions+for+fabricating+gel+element+microarrays.">Non-volatile copolymer compositions for fabricating gel element microarrays.</a> Anal. Biochem. 421, 526-533 (2012).</li><li>Cooney, C. G., Sipes, D., Thakore, N., Holmberg, R., Belgrader, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+plastic,+disposable+microfluidic+flow+cell+for+coupled+on-chip+PCR+and+microarray+detection+of+infectious+agents.">A plastic, disposable microfluidic flow cell for coupled on-chip PCR and microarray detection of infectious agents.</a> Biomed. Microdevices. 14, 45-53 (2012).</li><li>Lane, S., Evermann, J., Loge, F., Call, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Amplicon+secondary+structure+prevents+target+hybridization+to+oligonucleotide+microarrays.">Amplicon secondary structure prevents target hybridization to oligonucleotide microarrays.</a> Biosens. Bioelectron. 20, 728-735 (2004).</li><li>El-Hajj, H. H., Marras, S. A. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+sloppy+molecular+beacon+probes+for+identification+of+Mycobacterial+species.">Use of sloppy molecular beacon probes for identification of Mycobacterial species.</a> J. Clin. Microbiol. 47, 1190-1198 (2009).</li><li>Boehme, C. C., Nabeta, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+molecular+detection+of+tuberculosis+and+rifampin+resistance.">Rapid molecular detection of tuberculosis and rifampin resistance.</a> N. Engl. J. Med. 363, 1005-1015 (2010).</li></ol>

증폭 마이크로 어레이와 다중화의 정도는 최종적으로 비대칭 멀티 플렉스 PCR의 효율 아니라 마이크로 어레이에 의​​해 결정된다. 우리의 경험에 의하면, 10-12 독특한 프라이머 쌍은 쉽게 증폭 마이크로 어레이 형식으로 다중화 될 수있다. 기존의 프라이머 및 프로브 설계 기준에 따라서 그 중 하나는 또한 솔루션 상 핵산과 고정 된 마이크로 어레이 프로브, PCR 버퍼에 열 열 자전거 타는 사람의 ...

초기 증상 감지 및 신속한 치료가 결핵균 (MTB) 전송 1을 줄일 수있는 가장 효과적인 제어 전략으로 간주하고 치료 (POC) 또는 POC 시험 근처의 지점이 동시에 TB를 진단하는 TB 커뮤니티의 폭 넓은 합의가 지금이됩니다 및 약제 내성 (DR)가 필요합니다. 이러한 세 페이드의 GeneXpert 유용한 핵산 증폭 실험 같은 기술은 많은 TB 환자에 대한 진단 시간을 단축하고, 리팜핀 또는 다른 제 또는 제 2 라인 약물이 내성을 부여 선택된 돌연변이에 대한 내성을 나타내는 빠른 판독을 제공한다. 실시간 및 등온 핵산 증폭 검사가 MDR-TB 초래할 약물 내성 돌연변이를 식별하도록 설계되어 있지만, 그들이 검출 돌연변이 스펙트럼은, 환자의 약물 내성 프로파일에 대응하는 개별 약물 요법을 디자인하는 것이 부적절 및 관련 기술 제약광학적 크로스 토크 (cross-talk) 또는 증폭 및보고 케미스트리의 복잡성 3-7 유전자좌 또는 검출 된 돌연변이의 수를 제한 할 수있다. 따라서, 높은 다중 용량 감지 기술은 MDR-TB의 POC 진단에 알려진 격차를 해결하기 위해 필요합니다. 마이크로 어레이 및 WHO 승인 한 Hain의 라인 프로브 분석은 MDR-TB 8-29 진단의 &quot;다중 유전자, 여러 변이&quot;문제를 해결할 수 있습니다. 불행하게도, 이러한 하이브리드 기반의 멀티 플렉스 감지 플랫폼은 다단계, 복잡한 분자 기술에 상당한 훈련과 능력을 필요로 오픈의 증폭 프로토콜을 사용합니다. 증폭 마이크로 어레이 (30)는 이러한 마이크로 어레이 작업 흐름 및 운영 문제 중 일부를 해결하기 위해 설계되었습니다. 단순화 유체 원리는, 증폭 혼성화 및 단일 마이크로 유체 챔버 내 표적 핵산을 검출한다. 사용자는 핵산 증폭 MAS를 소개터가 피펫 유체 챔버에 혼합 및 열 순환 프로토콜을 시작합니다. 여기에 도시 된 배치 프로세싱 방법을 위해, 마이크로 어레이이어서, 벌크 용액으로 세척하고, 건조하고, 이미지화된다. 이 연구는 rpoB에 대한 MDR-TB 마이크로 어레이 검사 (30 돌연변이), katG (2 돌연변이), 인하대 (4 돌연변이), RPSL (2 돌연변이), embB (1 돌연변이), IS1245, IS6110를 사용하여 증폭 마이크로 어레이의 기능을 보여줍니다 , 및 내부 증폭 및 하이브리드 제어 할 수 있습니다. 마이크로 어레이 프로브 (야생형 (WT) 및 단일 염기 변이 (MU)) 중 적어도 하나의 일치하는 쌍은 그 각각의 돌연변이 포함되어 있습니다. 다중 약물 내성 M.보기에서 정제 된 핵산 결핵은 TDR 결핵 균주 은행 (31)이다. 그 밖에 32 바와 같이 젤 요소 마이크로 어레이 우리 polymeriz 각 프로브 4 % 단량체 및 0.05 ㎜를 사용하는 것을 제외하고, 본질적으로 공중합하여 유리 기판 상에 제조된다ATION 혼합물. 배열은 사용하기 전에 50 ㎖ 가스​​켓으로 둘러싸여 있습니다. 열 사이클링, 하이브리드 및 세척 단계 후, 증폭 마이크로 어레이는 Akonni 휴대용 분석기에 몇 군데 있습니다. 배경 보정, 통합 된 신호 강도가 원료에서 얻을 수 있습니다. 고정 원 알고리즘을 사용하여 TIF 이미지가. 각 겔 요소 잡음은 로컬 스폿 배경의 세 배의 표준 편차로 산출된다. 신호대 잡음비 (SNR)에 신호 ≥ 3 값 유전자 대상은 통상적으로 검출 가능한 것으로 간주된다. 각 유전자 또는 코돈에 특이적인 변이의 존재 여부를 결정하기 위해, 판별 비율 (WT-MU) / (WT + MU)로서 SNR 값으로부터 계산된다. 판별 비율 0 야생형 시퀀스를 표시한다 &lt;비율 반면 0, 로커스에서 약물 - 내성 돌연변이를 표시한다&gt;는.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
	<tbody>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">MDR-TB amplification microarrays, with applied gasket and pre-cut cover slips</td>
			<td>Akonni Biosystems</td>
			<td>Inquire</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Multiplex PCR kit, containing 2X PCR buffer with HotStar Taq plus</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>#206143</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Taq polymerase</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>#201207</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">RNAse-free water</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>#206143&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Formamide</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific, Inc.</td>
			<td>#BP227-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="26">
			<td height="26" style="height:26px;">20 mg mL-1 non-acetlyated bovine serum albumin (BSA)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>#3B6917</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">5X concentrated MDR-TB primer mix</td>
			<td>Akonni Biosystems</td>
			<td>Inquire</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="26">
			<td height="26" style="height:26px;">500 fg uL-1 amplification and inhibition control</td>
			<td>Akonni Biosystems</td>
			<td>Inquire</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">20X SSPE</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific, Inc.</td>
			<td>#BP1328-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Triton X-100</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific, Inc.</td>
			<td>#BP151-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Disinfecting Spray&#160;</td>
			<td>Current Technologies, Inc.</td>
			<td>#BRSPRAY128</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">70% Isopropyl Alcohol</td>
			<td>Decon Labs, Inc.</td>
			<td>#8416</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Equipment</td>
			<td>Company&#160;</td>
			<td>Catalog Number&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Microarray imager, with automated image and data analysis software</td>
			<td>Akonni Biosystems</td>
			<td>100-20011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Thermal cycler with flat block insert</td>
			<td>Akonni Biosystems</td>
			<td>100-10021</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">High-throughput wash station and slide holder</td>
			<td>ArrayIt</td>
			<td>HTW</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Dissecting forceps</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific, Inc.</td>
			<td>#10-300</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Mini Vortexer</td>
			<td>VWR</td>
			<td>#3365040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Mini-centrifuge</td>
			<td>VWR</td>
			<td>#93000-196</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Airbrush Compressor Kit</td>
			<td>Central Pneumatic</td>
			<td>#95630</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

demonstrating a multi-drug resistant mycobacterium tuberculosis amplification microarray

마이크로 어레이 워크 플로우를 간소화하는 것은 정기적으로 낮은 자원 환경에서 사용할 수있는 MDR-TB 마이크로 어레이 기반의 진단 프로그램을 만들기위한 필요한 첫 번째 단계입니다. 증폭 마이크로 어레이는 단일 솔루션 내의 단일 마이크로 유체 챔버로 비대칭 PCR 증폭, 타겟 사이즈 선택 대상 라벨링 및 마이크로 어레이 혼성화를 결합한다. 일괄 처리 방법은 다중 약물 내성 결핵균 (MDR-TB)을 유전형에 대한 9 복잡한 비대칭 마스터 믹스 저밀도 젤 요소 마이크로 어레이와 함께 보여줍니다. 여기에 설명 된 프로토콜은 6 시간에 완성 된 게놈 DNA의 적어도 1,000 셀 당량의 정확한 유전자형을 제공 할 수 있습니다. 온칩 세척 단계 통합하면 완전히 폐쇄 된 앰플 리콘 방법 및 시스템에 발생되는, 가능하다. 증폭 마이크로 어레이와 다중화의 범위는 궁극적으로 단일 마스터 m으로 결합 할 수있는 프라이머 쌍의 개수에 의해 제한된다IX 여전히 오히려 어레이에 고정화되는 프로브의 개수보다 원하는 민감도 및 특이도 성능 메트릭을 달성한다. 마찬가지로, 총 분석 시간은 구체적인 용도, 연구 문제 및 소망의 검출 한계에 따라 짧게 또는 길게 할 수있다. 그럼에도 불구하고, 일반적인 접근은 상당히 노동 집약적 및 시간 소모적 인 처리 단계의 수를 줄임으로써 최종 사용자에 대한 마이크로 어레이 플로를 간소화하고, 일상적인 임상 사례로 마이크로 어레이 기반 진단을 번역을 위해 단순화 된 생화학 적 및 미세 유동 경로를 제공한다.

정 성적 이미지 분석은 자동화 이미지 분석 소프트웨어에 의해 생성 된 데이터 테이블에서 식별되는 도전 실험 소음 또는 가변성의 소스에 대한 통찰력을 제공 할 수있다. 따라서, 1) 모든 젤 성분이 손상 및 손상되지, 2) 글로벌 배경 잡음 비율 (SNR) 값을 각각의 신호에 영향을 줄 수있는 형광 유물이없는 것을 확인 시각적으로 유용 할 수있다, 3)에 대한 증거는 없다 기포 형성 또는 불균일 증폭 / ?...

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Demonstrating a Multi-drug Resistant Mycobacterium tuberculosis Amplification Microarray

증폭 마이크로 어레이 크게 최종 사용자를위한 마이크로 어레이 플로 간소화 단일 챔버로 비대칭 PCR 증폭 및 마이크로 어레이 혼성화를 결합한다. 마이크로 어레이 워크 플로우를 간소화하는 것은 정기적으로 낮은 자원 환경에서 사용할 수있는 마이크로 어레이 기반의 진단 프로그램을 만들기위한 필요한 첫 번째 단계입니다.

다중 약물 내성을 보여<em&gt; 결핵균</em&gt; 증폭 마이크로 어레이

Simplifying microarray workflow is a necessary first step for creating MDR-TB microarray-based diagnostics that can be routinely used in lower-resource ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Demonstrating a Multi-drug Resistant Mycobacterium tuberculosis Amplification Microarray

Antimicrobial Susceptibility Testing of Mycobacterium Tuberculosis Complex for First and Second Line Drugs by Broth Dilution in a Microtiter Plate Format

Microtiter 플레이트 형식의 맛을 희석하여 첫 번째와 두 번째 라인 의약품 Mycobacterium 결핵의 복합 항균 자화율 테스트

The rapid detection of antimicrobial resistance is important in the effort to control the increase in resistant Mycobacterium 
tuberculosis (Mtb). ...

연구

면역학 및 감염병학

Sample Preparation of Mycobacterium tuberculosis Extracts for Nuclear Magnetic Resonance Metabolomic Studies

Sample Preparation of Mycobacterium tuberculosis Extracts for Nuclear Magnetic Resonance Metabolomic Studies

의 샘플 준비<em&gt; Mycobacterium 결핵</em핵 자기 공명 Metabolomic의 연구&gt; 압축을 풉니 다

Mycobacterium tuberculosis is a major cause of mortality in human beings on a global scale. The emergence of both multi- (MDR) and extensively-(XDR) ...

Growth of Mycobacterium tuberculosis Biofilms

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의 성장 결핵은 Mycobacterium Biofilms

Mycobacterium tuberculosis, the etiologic agent of human tuberculosis, has an extraordinary ability to survive against environmental stresses including ...

Protein Misfolding Cyclic Amplification of Prions

Prions의 단백질 Misfolding의 순환 증폭

Prions  are infectious agents that cause the inevitably fatal transmissible spongiform  encephalopathy (TSE) in animals and humans9,18. The prion protein ...

An Experimental Model to Study Tuberculosis-Malaria Coinfection upon Natural Transmission of Mycobacterium tuberculosis and Plasmodium berghei

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자연의 전송에 결핵 말라리아 동시 감염을 연구하는 실험 모델 결핵균와 변형체 berghei</i

Coinfections naturally occur due to the geographic overlap of distinct types of pathogenic organisms. Concurrent infections most likely modulate the ...

A Novel Microdissection Approach to Recovering Mycobacterium tuberculosis Specific Transcripts from Formalin Fixed Paraffin Embedded Lung Granulomas

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복구하는 새로운 미세 절제 접근<em&gt; 결핵균</em폐 육아종 임베디드 포르말린 고정 파라핀에서&gt; 특정 성적 증명서

Microdissection has been used for the examination of tissues at DNA, RNA, and protein levels for over a decade. Laser capture microscopy (LCM) is the most ...

A 3D Human Lung Tissue Model for Functional Studies on Mycobacterium tuberculosis Infection

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에 대한 기능성 연구를위한 3D 인간의 폐 조직 모델<em&gt; 결핵균</em&gt; 감염

Tuberculosis (TB) still holds a major threat to the health of people worldwide, and there is a need for cost-efficient but reliable models to help us ...

System for Efficacy and Cytotoxicity Screening of Inhibitors Targeting Intracellular Mycobacterium tuberculosis

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세포 내 타겟팅 억제제의 효능 및 세포 독성 검사를위한 시스템<em&gt; 결핵균</em

Mycobacterium tuberculosis, the causative agent of tuberculosis (TB), is a leading cause of morbidity and mortality worldwide. With the increased spread ...

A High-throughput Compatible Assay to Evaluate Drug Efficacy against Macrophage Passaged Mycobacterium tuberculosis

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높은 처리량을 지원 분석은 대식 세포 계대에 대한 약물 효능을 평가하기<em&gt; 결핵균</em

The early drug development process for anti-tuberculosis drugs is hindered by the inefficient translation of compounds with in vitro activity to ...

Analysis of 18FDG PET/CT Imaging as a Tool for Studying Mycobacterium tuberculosis Infection and Treatment in Non-human Primates

Analysis of 18FDG PET/CT Imaging as a Tool for Studying Mycobacterium tuberculosis Infection and Treatment in Non-human Primates

18FDG PET/CT 영상 공부 결핵균 감염 및 비 인간 영장류에서 치료 도구로 서의 분석

Mycobacterium tuberculosis remains the number one infectious agent in the world today. With the emergence of antibiotic resistant strains, new clinically ...