Name: scalable nanohelices for predictive studies and enhanced 3d visualization
Uploaded: 2014-11-12T15:00:00
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लेखकों को इस परियोजना में उसकी सहायता के लिए यूसी Merced पर टिम Allis धन्यवाद देना चाहता हूँ. UCM में NSF के-सिक्के कार्यक्रम इस काम का एक प्रारंभिक भाग में (KAM) का समर्थन किया. एक NSF-brige पुरस्कार सम्मेलनों के लिए यह काम और यात्रा खर्च के लिए धन उपलब्ध कराने, सह लेखक (BND और KAM) का समर्थन किया. अनुसंधान समूह एक brige पुरस्कार के माध्यम से इस काम के वित्तपोषण के लिए मुख्य रूप से राष्ट्रीय विज्ञान फाउंडेशन को स्वीकार करना चाहती है. इस सामग्री को अनुदान संख्या 1032653 के तहत राष्ट्रीय विज्ञान फाउंडेशन द्वारा समर्थित काम पर आधारित है.

1. NanospringCarver फाइल तैयार और एक लिनक्स पीसी पर MATLAB शुरू निम्नलिखित कदम ऑनलाइन 26 उपलब्ध कराई गई फ़ाइलों का उपयोग करने के लिए एक सामान्य उपयोगकर्ता के लिए तैयार कर रहे हैं. <ol><li> &quot;घर&quot; या किसी अन्य ?...

<ol>
	<li>Gao, P. X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conversion+of+zinc+oxide+nanobelts+into+superlattice-structured+nanohelices.">Conversion of zinc oxide nanobelts into superlattice-structured nanohelices.</a> Science. 309 (5741), 1700-1704 (2005).</li><li>McIlroy, D. N., Zhang, D., Kranov, Y., Norton, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nanosprings.">Nanosprings.</a> Appl. Phys. Lett. 79 (10), 1540-1542 (2001).</li><li>He, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multilayered+Si/Ni+nanosprings+and+their+magnetic+properties.">Multilayered Si/Ni nanosprings and their magnetic properties.</a> Small. 3 (1), 153-160 (2007).</li><li>Cammarata, R. C., Sieradzki, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surface+and+interface+stresses.">Surface and interface stresses.</a> Annu. Rev. Mater. Sci. 24 (1), 215-234 (1994).</li><li>Becker, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+nanosprings+in+spider+capture-silk+threads.">Molecular nanosprings in spider capture-silk threads.</a> Nat. Mater. 2 (4), 278-283 (2003).</li><li>Singh, J. P., Liu, D. -. L., Ye, D. -. X., Picu, R. C., Lu, T. -. M., Wang, G. -. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metal-coated+Si+springs:+nanoelectromechanical+actuators.">Metal-coated Si springs: nanoelectromechanical actuators.</a> Appl. Phys. Lett. 84 (18), 3657-3659 (2004).</li><li>Kim, K. J., Park, K., Lee, J., Zhang, Z. M., King, W. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nanotopographical+imaging+using+a+heated+atomic+force+microscope+cantilever+probe.">Nanotopographical imaging using a heated atomic force microscope cantilever probe.</a> Sens. Actuators A-Phys. 136 (1), 95-103 (2007).</li><li>Dobrokhotov, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ZnO+coated+nanospring-based+chemiresistors.">ZnO coated nanospring-based chemiresistors.</a> J. Appl. Phys. 111 (4), 044311-044318 (2012).</li><li>Sai, V. V. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+1:+Bio+Sensors,+Diagnostics+&amp;+Imaging.">Chapter 1: Bio Sensors, Diagnostics &amp; Imaging.</a> Nanotechnology 2010: Bio Sensors, Instruments, Medical, Environment and Energy. , 19 (2010).</li><li>Sai, V. V. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Silica+nanosprings+coated+with+noble+metal+nanoparticles:+highly+active+SERS+substrates.">Silica nanosprings coated with noble metal nanoparticles: highly active SERS substrates.</a> J. Phys. Chem. C. 115 (2), 453-459 (2010).</li><li>Fonseca, d. a., Galv&#227;o, A. F., S, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanical+properties+of+nanosprings.">Mechanical properties of nanosprings.</a> Phys. Rev.Lett. 92 (17), 175502-175505 (2004).</li><li>Zhang, G., Zhao, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanical+characteristics+of+nanoscale+springs.">Mechanical characteristics of nanoscale springs.</a> J. Appl. Phys. 95 (1), 267-271 (2004).</li><li>Fonseca, d. a., Malta, A. F., Galv&#227;o, C. P., S, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanical+properties+of+amorphous+nanosprings.">Mechanical properties of amorphous nanosprings.</a> Nanotechnology. 17 (22), 5620-5626 (2006).</li><li>Mohedas, I., Garcia, A. P., Buehler, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nanomechanics+of+biologically+inspired+helical+silica+nanostructures.">Nanomechanics of biologically inspired helical silica nanostructures.</a> Proceedings of the Institution of Mechanical Engineers, Part N: J. Nanoengineering and Nanosystems. 224 (3), 93-100 (2010).</li><li>Chang, I. L., Yeh, M. -. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+atomistic+study+of+nanosprings.">An atomistic study of nanosprings.</a> J. Appl. Phys. 104 (2), 0243051-0243056 (2008).</li><li>Poggi, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measuring+the+compression+of+a+carbon+nanospring.">Measuring the compression of a carbon nanospring.</a> Nano Lett. 4 (6), 1009-1016 (2004).</li><li>Chen, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanics+of+a+carbon+nanocoil.">Mechanics of a carbon nanocoil.</a> Nano Lett. 3 (9), 1299-1304 (2003).</li><li>D&#225;vila, L. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transformations+in+the+medium-range+order+of+fused+silica+under+high+pressure.">Transformations in the medium-range order of fused silica under high pressure.</a> Phys. Rev. Lett. 91 (20), 2055011-2055014 (2003).</li><li>. Nick Gnedin&#8217;s Ionization FRont Interactive Tool (IFrIT) v. 3.2.8 - A general purpose visualization software [Internet] Available from: <a target="_blank" href="https://sites.google.com/site/ifrithome/">https://sites.google.com/site/ifrithome/</a> (2013)</li><li>Silva, E. C. C. M., Tong, L., Yip, S., Van Vliet, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Size+effects+on+the+stiffness+of+silica+nanowires.">Size effects on the stiffness of silica nanowires.</a> Small. 2 (2), 239-243 (2006).</li><li>D&#225;vila, L. P., Leppert, V. J., Bringa, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+mechanical+behavior+and+nanostructure+of+silica+nanowires+via+simulations.">The mechanical behavior and nanostructure of silica nanowires via simulations.</a> Scripta Mater. 60 (10), 843-846 (2009).</li><li>Doblack, B. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The structure and properties of silica glass nanostructures using novel computational systems [thesis]. , 55-55 (2013).</li><li>Nanospring Models via MATLAB and NanospringCarver. Davila group website [Internet] Available from: <a target="_blank" href="https://eng.ucmerced.edu/people/ldavila/home/nanospring-models-via-matlab-nanospringcarver-dissemination-of-research-results-and-products">https://eng.ucmerced.edu/people/ldavila/home/nanospring-models-via-matlab-nanospringcarver-dissemination-of-research-results-and-products</a> (2013)</li><li>. Blinkdagger - An Engineering and MATLAB blog [Internet] Available from: <a target="_blank" href="https://eng.ucmerced.edu/people/ldavila/home/nanospring-models-via-matlab-nanospringcarver-dissemination-of-research-results-and-products">https://eng.ucmerced.edu/people/ldavila/home/nanospring-models-via-matlab-nanospringcarver-dissemination-of-research-results-and-products</a> (2014)</li></ol>

मूल दृष्टिकोण के संशोधन के लिए एक प्रारंभिक थोक सिलिका ग्लास के प्रबंध निदेशक मॉडल से दोनों nanoribbons और nanosprings के निर्माण की अनुमति के लिए दो अलग-अलग कोड के विकास के लिए नेतृत्व nanohelical संरचना बनाने के लिए. सिलिक?...

नए तरीकों साहित्य 3 में सूचना दी गई है, जबकि पेचदार nanostructures आम तौर पर, रासायनिक वाष्प जमाव तकनीक 1-2 का उपयोग कर प्रयोगशाला में उत्पादित कर रहे हैं. विशेष रूप से nanosprings और nanoribbons क्योंकि उनके विशिष्ट गुणों और सेंसर, प्रकाशिकी, और विद्युत और fluidic उपकरणों 4-7 में होनहार अनुप्रयोगों के अध्ययन किया गया है. संश्लेषण तरीकों पदानुक्रमित प्रणाली के लिए इन संरचनाओं क्षमता निर्माण खंड इकाइयों बनाने, सिलिका (2 Sio) nanoribbons निर्माण करने के लिए सूचित किया गया है. नैदानिक ​​अनुप्रयोगों 9-10 के लिए जेडएनओ 8 या नैनोकणों के साथ लेपित जब 3 डी सिलिका nanosprings के उपन्यास संश्लेषण chemiresistors करने के लिए अपने आवेदन का विस्तार किया गया. सिलिका nanosprings और nanoribbons के यांत्रिक गुणों पर प्रायोगिक अध्ययन के कारण मुख्य रूप से हेरफेर और परीक्षण तरीकों और equipme में वर्तमान सीमाओं को दुर्लभ हैं,NT. Nanostructures और nanosprings की nanomechanics में जांच सिद्धांत और सिमुलेशन 11-14 का उपयोग कर सूचना दी गई है. वे प्रयोग के माध्यम से पूरी तरह से सुलभ नहीं शासनों तलाश कर सकते हैं क्योंकि कुछ सिमुलेशन 13 अनाकार nanosprings की nanomechanical व्यवहार पर ध्यान केंद्रित किया है. धातु nanosprings की Atomistic पढ़ाई लोचदार संपत्तियों 15 के आकार निर्भरता की जांच के लिए साहित्य में सूचना दी गई है, और अधिक हाल ही में पेचदार क्रिस्टलीय सिलिका nanostructures की nanomechanics 14. Nanospring संरचनाओं का प्रायोगिक परीक्षण भी ऐसे पेचदार कार्बन nanostructures और के रूप में विभिन्न सामग्रियों में प्रदर्शन किया गया है कार्बन nanocoils 16-17. ज्ञान इस प्रकार अब तक इकट्ठा बावजूद ये उपन्यास nanostructures के यांत्रिक गुणों की एक और पूरी समझ के भविष्य nanodevice निर्माण के प्रयासों के लिए आवश्यक है. एमडी पढ़ाई सिलिका जी के रूप मेंलड़की (गैर क्रिस्टलीय सिलिका) nanohelices अभी भी काफी ऐसी संरचनाओं का atomistic मॉडलिंग अनुकूलित कोड के निर्माण की आवश्यकता है, सीमित हैं. सिलिका ग्लास पेचदार एमडी मॉडल बनाने का कोई अन्य वैकल्पिक तरीकों हाल ही में साहित्य खोज पर इस प्रकार अब तक पहचान की गई है. इस काम में, nanosprings और nanoribbons सहित पेचदार सिलिका ग्लास nanostructures की atomistic मॉडलिंग करने के लिए एक नीचे अप दृष्टिकोण भविष्य बड़े पैमाने पर एमडी nanomechanical सिमुलेशन के लिए अपनाई है. पहले 18 सूचित किया, और इस उद्देश्य के लिए विकसित की दो मजबूत और अनुकूलनीय कंप्यूटर कोड के माध्यम से इस &quot;थोक&quot; नमूना से विभिन्न पेचदार nanostructures के बाहर नक्काशी के रूप में सामान्य दृष्टिकोण एक एमडी &quot;थोक&quot; सिलिका ग्लास मॉडल का निर्माण शामिल है. दोनों कम्प्यूटेशनल प्रक्रियाओं महान दक्षता और atomistic विस्तार के साथ nanoribbon और nanospring मॉडल बनाने के लिए एक अलग तरह की पेशकश; इन संरचनाओं बड़े पैमाने पर atomistic सिमुलेशन के लिए उपयुक्त हैं.इसके अलावा, एक अनुकूलित ग्राफिकल यूजर इंटरफेस पेचदार संरचनाओं के निर्माण और दृश्य की सुविधा के लिए प्रयोग किया जाता है. &quot;थोक&quot; सिलिका ग्लास मॉडल की संरचना शुरू में कमरे के तापमान पर बनाया जाता है. बड़े पैमाने पर एमडी सिमुलेशन Garofalini का उपयोग इस उद्देश्य के लिए आयोजित की जाती हैं अणु computationally और बड़े सिस्टम के लिए उपयुक्त अपेक्षाकृत कुशल है जो पूर्व के अध्ययन में 18, के समान क्षमता. प्रारंभिक &quot;थोक&quot; सिलिका ग्लास संरचना 192.000 परमाणुओं जिसमें एक घनीय मॉडल (3 14.3 X 14.3 X 14.3 एनएम) के होते हैं. &quot;थोक&quot; सिलिका ग्लास मॉडल आवधिक सीमा शर्तों का उपयोग प्रारंभिक अवस्था प्राप्त करने के लिए 0.5 NSEC के लिए 300 कश्मीर में equilibrated है. दो कम्प्यूटेशनल प्रक्रियाओं से डिजाइन और atomistic सिलिका nanoribbon और nanospring मॉडल बनाने के लिए उपयोग किया जाता है. पहली विधि से सिलिका nanoribbons बाहर नक्काशी शामिलएक हेलिक्स परिभाषित कि पैरामीट्रिक समीकरणों का उपयोग &quot;थोक&quot; संरचना, और अपने ज्यामिति (पिच, हेलिक्स की त्रिज्या, और तार त्रिज्या). यह प्रक्रिया ऑक प्रोग्रामिंग भाषा, लिनक्स ऑपरेटिंग सिस्टम, और खुला स्रोत दृश्य सॉफ्टवेयर 19 का उपयोग भी शामिल है. nanoribbons के atomistic मॉडल बनाने के लिए सामान्य चलने प्रक्रिया शामिल है: (1) (2) एक पूर्व निर्धारित पेचदार समारोह पर अंतरिक्ष में एक बिंदु के लिए चयनित परमाणु से दूरी की गणना, &quot;थोक&quot; सिलिका ग्लास मॉडल में एक परमाणु चयन (3) वांछित nanoribbon की त्रिज्या को इस दूरी की तुलना, और (4) discarding या एक आउटपुट डाटा मॉडल में परमाणु रखते. इस विधि के लिए एक विस्तृत कदम दर कदम विवरण स्केलेबल ओपन-सोर्स कोड से पूरक सामग्री में शामिल है. इस विधि के साथ, कई सिलिका nanoribbons बाद मापा गया जो विभिन्न पिच, हेलिक्स और nanoribbon त्रिज्या मूल्यों की त्रिज्या, का उपयोग कर बनाया गयाआणविक विश्लेषण और दृश्य सॉफ्टवेयर 19-20 के साथ वांछित आयामी मूल्यों के खिलाफ सटीकता के लिए. सिलिका nanoribbons के Atomistic मॉडल कार्यात्मक ज्यामिति (पिच के उच्च मूल्यों और nanoribbon त्रिज्या के निम्न मान) के साथ उत्पन्न थे. कुछ कलाकृतियों, गलती से बाहर रखा परमाणुओं से मिलकर एक कम चिकनी nanoribbon सतह के लिए अग्रणी, बेहद उच्च nanoribbon त्रिज्या मूल्यों और बेहद कम पिच मूल्यों पर मनाया गया. इसी तरह के तरीकों सिलिका nanowires के 21-23 बनाने की प्रक्रिया में इस्तेमाल किया गया है. यहाँ प्रस्तुत दूसरी विधि एक हेलिक्स के लिए गणितीय समीकरणों के अलावा दक्षता बढ़ाने के लिए पूर्व स्क्रीनिंग के तरीकों को लागू करने से &quot;थोक&quot; सिलिका संरचना से सिलिका nanosprings बाहर नक्काशी भी शामिल है. यह प्रक्रिया इन पेचदार nanostructures मॉडलिंग में अधिक से अधिक लचीलेपन की अनुमति के लिए एक और अधिक मजबूत सी ++ कोड बनाने की आवश्यकता है. चलने का विधि atomis बनाने के लिएnanosprings की टिक मॉडल शामिल हैं: (1) चक्करदार पथ के बाहर गिर करने के लिए गारंटी सभी परमाणुओं discarding, (2) deterministically चक्करदार पथ पर एक बिंदु का चयन, (3) यह चयनित बात करने के लिए एक विशिष्ट दूरी के भीतर सभी परमाणुओं की तुलना, और (4 ) discarding या एक आउटपुट डाटा मॉडल में प्रत्येक परमाणु भंडारण. इस विधि के लिए एक कदम दर कदम विवरण भी पूरक सामग्री. इस विधि के साथ, कई सिलिका nanospring मॉडल विभिन्न आयामों (तार त्रिज्या, हेलिक्स की त्रिज्या, और nanospring की पिच) के रूप में साथ प्राप्त किया गया स्केलेबल ओपन स्रोत कोड में शामिल है चित्र 1 में दिखाया गया है. बहुत सटीक सिलिका nanospring मॉडल nanospring के लिए (निम्न और उच्च) पिच मूल्यों चरम पर पाया कलाकृतियों का कोई सबूत के साथ, इस विधि के साथ कुशलता से प्राप्त किया गया. सृजन और इस विधि के लिए ग्राफिकल यूजर इंटरफेस का उपयोग प्रोटोकॉल खंड में वर्णन किया गया है. चित्रा 1:. आर, आर और पी क्रमशः तार त्रिज्या, हेलिक्स की त्रिज्या, और पिच का प्रतिनिधित्व करते हैं जहां विशेषता आयाम, दिखा एक सामान्य पेचदार संरचना एच पेचदार संरचना 23 की कुल ऊंचाई अर्थ. इस प्रोटोकॉल एक लिनक्स 25 पीसी पर MATLAB के 24 चल रहा है, NanospringCarver फाइल तैयार है, और atomistic nanospring मॉडल तैयार करने के लिए एक ग्राफिकल यूजर इंटरफेस का उपयोग कैसे करें. ये पहले से अनुपलब्ध मॉडल उपन्यास आणविक गतिशीलता के लिए आधार (एमडी) सामग्री नवाचार अनुसंधान की ओर 23 सिमुलेशन के रूप में काम करते हैं. atomistic nanospring मॉडल बनाने के लिए सामान्य कदम दर कदम प्रक्रिया के बाद तत्वों का उपयोग शामिल है: (क) NanospringCarver (. वी 0.5 बीटा) कोड (खुले खट्टासीई सी ++ भाषा), (ख) थोक सिलिका ग्लास मॉडल (इनपुट फ़ाइल), (ग) में MATLAB जीयूआई इंटरफेस और संबंधित फाइलें, और एक लिनक्स पीसी पर एक स्थानीय लाइसेंस का उपयोग कर (घ) में MATLAB सॉफ्टवेयर (संस्करण 7) में. आइटम (एक) - ऊपर (सी) (NanospringCarver कोड, सिलिका ग्लास मॉडल, MATLAB जीयूआई फ़ाइलें) ऑनलाइन 26 डाउनलोड करने के लिए स्वतंत्र हैं. Matlab (मैट्रिक्स प्रयोगशाला) ज्यादातर डेटा दृश्य और विश्लेषण, इमेज प्रोसेसिंग, और कम्प्यूटेशनल जीव विज्ञान के लिए प्रयोग किया जाता है जो MathWorks 24 से संख्यात्मक गणना, दृश्य, और अनुप्रयोग विकास के लिए एक उच्च स्तर की भाषा है.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
	<tbody>
		<tr>
			<td>MATLAB numerical computing software</td>
			<td>Mathworks</td>
			<td><a href="http://www.mathworks.com/products/matlab/description1.html">http://www.mathworks.com/products/matlab/description1.html</a></td>
			<td>See Protocol Introduction and Reference [24]</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NanospringCarver program code and files</td>
			<td>UC Merced - open source</td>
			<td><a href="http://tinyurl.com/qame8dj">http://tinyurl.com/qame8dj</a></td>
			<td>See Protocol Section 1 (Step 1.2) and Reference [26]</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MATLAB GUI files</td>
			<td>UC Merced - open source</td>
			<td><a href="http://tinyurl.com/qame8dj">http://tinyurl.com/qame8dj</a></td>
			<td>See Protocol Section 1 (Step 1.2) and Reference [26]</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Atomistic bulk glass input file</td>
			<td>UC Merced - open source</td>
			<td><a href="http://tinyurl.com/qame8dj">http://tinyurl.com/qame8dj</a></td>
			<td>See Protocol Section 1 (Step 1.2) and Reference [26]</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>IFrIT visualization software</td>
			<td>Open source software</td>
			<td><a href="http://sites.google.com/site/ifrithome/">http://sites.google.com/site/ifrithome/</a></td>
			<td>See Protocol Section 3 and Reference [19]</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LAMMPS molecular dynamics software</td>
			<td>Open source software</td>
			<td><a href="http://www.lammps.sandia.gov/">http://www.lammps.sandia.gov/</a></td>
			<td>See Protocol Section 4 and Reference [32]</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

scalable nanohelices for predictive studies and enhanced 3d visualization

वसंत की तरह सामग्री प्रकृति में और ऊर्जा संचयन, हाइड्रोजन भंडारण और जैविक संवेदन अनुप्रयोगों के लिए नैनो में ब्याज की सर्वव्यापी हैं. भविष्य कहनेवाला सिमुलेशन के लिए, यह सही nanohelices की संरचना मॉडल के लिए सक्षम होने के लिए तेजी से महत्वपूर्ण बन गया है. एक यथार्थवादी मॉडल विकसित करना होगा इन जटिल geometries के गुणों पर स्थानीय संरचना के प्रभाव का अध्ययन करने के लिए. तिथि करने के लिए, सॉफ्टवेयर संकुल बल्कि atomistic पेचदार मॉडल बनाने में सीमित कर रहे हैं. इस काम आणविक गतिशीलता (एमडी) सिमुलेशन के लिए atomistic सिलिका ग्लास के मॉडल (2 Sio) और nanoribbons nanosprings उत्पादन पर केंद्रित है. &quot;थोक&quot; सिलिका ग्लास, दो कम्प्यूटेशनल प्रक्रियाओं की एक एमडी मॉडल का उपयोग करना ठीक है और nanoribbons nanosprings का आकार बनाने के लिए प्रस्तुत कर रहे हैं. पहली विधि प्रभावी रूप से मैं से सिलिका nanoribbons के विभिन्न आकृति बनाना ऑक प्रोग्रामिंग भाषा और खुला स्रोत सॉफ्टवेयर को रोजगारएक हेलिक्स परिभाषित करने के लिए वांछित आयाम और पैरामीट्रिक समीकरणों का उपयोग nitial थोक मॉडल,. इस विधि के साथ, सही atomistic सिलिका nanoribbons पिच मूल्यों और आयामों की एक श्रृंखला के लिए उत्पन्न किया जा सकता. दूसरी विधि मॉडलिंग nanohelical संरचनाओं में लचीलापन देता है जो एक और अधिक मजबूत कोड शामिल है. यह दृष्टिकोण विशेष रूप से nanospring मॉडल बनाते समय अधिक से अधिक सटीक और दक्षता में जिसके परिणामस्वरूप, पूर्व स्क्रीनिंग तरीकों के साथ-साथ एक हेलिक्स के लिए गणितीय समीकरणों को लागू करने के लिए लिखा एक सी ++ कोड का इस्तेमाल करता. इन कोड का उपयोग कर, अच्छी तरह से परिभाषित और atomistic सिमुलेशन के लिए उपयुक्त स्केलेबल और nanoribbons nanosprings प्रभावी ढंग से बनाया जा सकता है. दोनों खुले स्रोत कोड में एक जोड़ा मूल्य वे सामग्री की स्वतंत्र अलग पेचदार संरचना, पुन: पेश करने के लिए अनुकूलित किया जा सकता है. इसके अलावा, एक MATLAB ग्राफिकल यूजर इंटरफेस (जीयूआई) atomistic हैली के साथ एक सामान्य उपयोगकर्ता के लिए दृश्य और बातचीत के माध्यम से शिक्षा को बढ़ाने के लिए प्रयोग किया जाता हैकाल संरचनाओं. इन तरीकों में से एक आवेदन यांत्रिक ऊर्जा संचयन प्रयोजनों के लिए एमडी सिमुलेशन के माध्यम से nanohelices के हाल के एक अध्ययन है.

पहले कम्प्यूटेशनल प्रक्रिया (nanoribbons कोड) के साथ बनाया atomistic nanoribbon मॉडल और उनके संबद्ध आयाम 9 चित्रा में दिखाया जाता है. दूसरा कम्प्यूटेशनल प्रक्रिया (nanosprings कोड) और एसोसिएटेड आयामों का उपयोग परिणामस्वरू?...

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Scalable Nanohelices for Predictive Studies and Enhanced 3D Visualization

Nanohelical संरचनाओं का सटीक मॉडलिंग उपन्यास नैनो अनुप्रयोगों के लिए अग्रणी भविष्य कहनेवाला अनुकरण अध्ययन के लिए महत्वपूर्ण है. वर्तमान में, सॉफ्टवेयर संकुल और कोड atomistic पेचदार मॉडल बनाने में सीमित कर रहे हैं. हम सिमुलेशन के लिए atomistic nanohelical मॉडल बनाने के लिए डिज़ाइन दो प्रक्रियाओं मौजूद है, और एक ग्राफिकल इंटरफ़ेस दृश्य के माध्यम से अनुसंधान को बढ़ाने के लिए.

पूर्वानुमान अध्ययन के लिए स्केलेबल Nanohelices और बढ़ी 3 डी दृश्य

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The construction of physical three-dimensional (3D) models of biomolecules can uniquely contribute to the study of the structure-function relationship. 3D ...

Scalable Solution-processed Fabrication Strategy for High-performance, Flexible, Transparent Electrodes with Embedded Metal Mesh

उच्च प्रदर्शन, लचीले, एंबेडेड मेटल मेश के साथ पारदर्शी इलेक्ट्रोड के लिए स्केलेबल सॉल्यूशन-प्रोसेसेड फ़ैब्रिकेशन स्ट्रेटजी

Here, the authors report the embedded metal-mesh transparent electrode (EMTE), a new transparent electrode (TE) with a metal mesh completely embedded in a ...

A Modular Microfluidic Technology for Systematic Studies of Colloidal Semiconductor Nanocrystals

कोलाइडयन सेमीकंडक्टर Nanocrystals के व्यवस्थित अध्ययन के लिए एक मॉड्यूलर Microfluidic प्रौद्योगिकी

Colloidal semiconductor nanocrystals, known as quantum dots (QDs), are a rapidly growing class of materials in commercial electronics, such as light ...

Scalable Quantum Integrated Circuits on Superconducting Two-Dimensional Electron Gas Platform

सुपरक्सेशनल इलेक्ट्रॉन गैस प्लेटफार्म पर स्केलेबल क्वांटम एकीकृत सर्किट

To form a coherent quantum transport in hybrid superconductor-semiconductor (S-Sm) junctions, the formation of a homogeneous and barrier-free interface ...

Scalable Stamp Printing and Fabrication of Hemiwicking Surfaces

स्केलेबल स्टांप मुद्रण और Hemiwicking सतहों का निर्माण

Hemiwicking is a process where a fluid wets a patterned surface beyond its normal wetting length due to a combination of capillary action and imbibition. ...

3D Printing - Evaluating Particle Emissions of a 3D Printing Pen

3डी प्रिंटिंग - 3डी प्रिंटिंग पेन के कण उत्सर्जन का मूल्यांकन

Three-dimensional (3D) printing as a type of additive manufacturing shows continuing increase in application and consumer popularity. The fused filament ...