Name: microrna expression profiles of human ips cells, retinal pigment epithelium derived from ips, and fetal retinal pigment epithelium
Uploaded: 2014-06-24T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about MicroRNA Expression Profiles of Human iPS Cells, Retinal Pigment Epithelium Derived From iPS, and Fetal Retinal Pigment Epithelium at JoVE.com

Meningene eller påstander som finnes her, er de private visninger av forfatterne og skal ikke tolkes som offisiell eller som gjenspeiler synspunktene til Department of the Army eller Department of Defense. Denne forskningen ble utført mens forfatterne Whitney A. Greene, Alberto Muñiz, og Ramesh R. Kaini holdt en National Research Council postdoktor Associateship på USAISR. Microarray-analyser ble utført av Greehey Barnas Cancer Research Institute microarray Kjerne Facility og bioinformatikk avdeling ved UT Health Science Center San Antonio. Dette arbeidet ble støttet av US Army Klinisk Rehabilitative Medicine Research Program (CRMRP) og Military Operational Medicine Research Program (MOMRP).

En. Utarbeidelse av kultur reagenser og kultur plater <ol><li> mTeSR1 media: Forbered mTeSR1 media i henhold til produsentens anvisninger. Tine 100 ml mTeSR1 5x supplement natten ved 4 ° C. Tilsett 100 ml mTeSR1 5x supplement til 400 ml mTeSR1 basale media og bland godt. Dette mediet er stabile ved 4 ° C i opp til 2 uker, og ved -20 ° C i 6 måneder. </li><li> Differensiering middel: Tilbered differensiering medier i DMEM/F12, hvorved 0,1 mM β-mercaptoethanol, 0,1 mM ikke-essensielle aminosyrer, 2,0 mM L-glutamin,...

<ol>
	<li>Yu, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miRNAs+regulate+stem+cell+self-renewal+and+differentiation.">miRNAs regulate stem cell self-renewal and differentiation.</a> Front Genet. 3, 191 (2012).</li><li>Romano, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+commentary+on+iPS+cell+biology:+Potential+applications+in+autologous+tissue+and+cell+transplantation,+development+of+new+models+for+the+study+of+human+pathological+conditions+and+drug+screening.">A commentary on iPS cell biology: Potential applications in autologous tissue and cell transplantation, development of new models for the study of human pathological conditions and drug screening.</a> J Cell Physiol. 229, 148-152 (2014).</li><li>Almeida, P. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunogenicity+of+pluripotent+stem+cells+and+their+derivatives.">Immunogenicity of pluripotent stem cells and their derivatives.</a> Circ Res. 112, 549-561 (2013).</li><li>Buchholz, D. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Derivation+of+functional+retinal+pigmented+epithelium+from+induced+pluripotent+stem+cells.">Derivation of functional retinal pigmented epithelium from induced pluripotent stem cells.</a> Stem Cells. 27, 2427-2434 (2009).</li><li>Kokkinaki, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+induced+pluripotent+stem-derived+retinal+pigment+epithelium+(RPE)+cells+exhibit+ion+transport,+membrane+potential,+polarized+vascular+endothelial+growth+factor+secretion,+and+gene+expression+pattern+similar+to+native+RPE.">Human induced pluripotent stem-derived retinal pigment epithelium (RPE) cells exhibit ion transport, membrane potential, polarized vascular endothelial growth factor secretion, and gene expression pattern similar to native RPE.</a> Stem Cells. 29, 825-835 (2011).</li><li>Bharti, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+new+paradigm:+retinal+pigment+epithelium+cells+generated+from+embryonic+or+induced+pluripotent+stem+cells.">The new paradigm: retinal pigment epithelium cells generated from embryonic or induced pluripotent stem cells.</a> Pigment Cell Melanoma Res. 24, 21-34 (2011).</li><li>Park, I. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reprogramming+of+human+somatic+cells+to+pluripotency+with+defined+factors.">Reprogramming of human somatic cells to pluripotency with defined factors.</a> Nature. 451, 141-146 (2008).</li><li>Pera, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stem+cells.+A+new+year+and+a+new+era.">Stem cells. A new year and a new era.</a> Nature. 451, 135-136 (2008).</li><li>Subba Rao, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Thinking+outside+the+liver:+Induced+pluripotent+stem+cells+for+hepatic+applications.">Thinking outside the liver: Induced pluripotent stem cells for hepatic applications.</a> World J Gastroenterol. 19, 3385-3396 (2013).</li><li>Yoshida, Y., Yamanaka, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=iPS+cells:+a+source+of+cardiac+regeneration.">iPS cells: a source of cardiac regeneration.</a> J Mol Cell Cardiol. 50, 327-332 (2011).</li><li>Lee, K. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+sensory+neurons+derived+from+induced+pluripotent+stem+cells+support+varicella-zoster+virus+infection.">Human sensory neurons derived from induced pluripotent stem cells support varicella-zoster virus infection.</a> PLoS One. 7, (2012).</li><li>Alipio, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reversal+of+hyperglycemia+in+diabetic+mouse+models+using+induced-pluripotent+stem+(iPS)-derived+pancreatic+beta-like+cells.">Reversal of hyperglycemia in diabetic mouse models using induced-pluripotent stem (iPS)-derived pancreatic beta-like cells.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 107, 13426-13431 (2010).</li><li>la Cour, M., Tezel, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+retinal+pigment+epithelium.">The retinal pigment epithelium.</a> Adv Organ Biol. 10, 253-272 (2005).</li><li>Carr, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protective+effects+of+human+iPS-derived+retinal+pigment+epithelium+cell+transplantation+in+the+retinal+dystrophic+rat.">Protective effects of human iPS-derived retinal pigment epithelium cell transplantation in the retinal dystrophic rat.</a> PLoS One. 4, (2009).</li><li>Schwartz, S. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Embryonic+stem+cell+trials+for+macular+degeneration:+a+preliminary+report.">Embryonic stem cell trials for macular degeneration: a preliminary report.</a> Lancet. 379, 713-720 (2012).</li><li>Muniz, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Retinoid+uptake,+processing+and+secretion+in+human+iPS-RPE+support+the+visual+cycle.">Retinoid uptake, processing and secretion in human iPS-RPE support the visual cycle.</a> Invest Ophthalmol Vis Sci. 55, 198-209 (2014).</li><li>Leonardo, T. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+functions+of+microRNAs+in+pluripotency+and+reprogramming.">The functions of microRNAs in pluripotency and reprogramming.</a> Nat Cell Biol. 14, 1114-1121 (2012).</li><li>Arora, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prediction+of+microRNAs+affecting+mRNA+expression+during+retinal+development.">Prediction of microRNAs affecting mRNA expression during retinal development.</a> BMC Dev Biol. 10, (2010).</li><li>Huntzinger, E., Izaurralde, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+silencing+by+microRNAs:+contributions+of+translational+repression+and+mRNA+decay.">Gene silencing by microRNAs: contributions of translational repression and mRNA decay.</a> Nat Rev Genet. 12, 99-110 (2011).</li><li>Mallanna, S. K., Rizzino, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Emerging+roles+of+microRNAs+in+the+control+of+embryonic+stem+cells+and+the+generation+of+induced+pluripotent+stem+cells.">Emerging roles of microRNAs in the control of embryonic stem cells and the generation of induced pluripotent stem cells.</a> Dev Biol. 344, 16-25 (2010).</li><li>Guo, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mammalian+microRNAs+predominantly+act+to+decrease+target+mRNA+levels.">Mammalian microRNAs predominantly act to decrease target mRNA levels.</a> Nature. 466, 835-840 (2010).</li><li>Adijanto, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microphthalmia-associated+transcription+factor+(MITF)+promotes+differentiation+of+human+retinal+pigment+epithelium+(RPE)+by+regulating+microRNAs-204/211+expression.">Microphthalmia-associated transcription factor (MITF) promotes differentiation of human retinal pigment epithelium (RPE) by regulating microRNAs-204/211 expression.</a> J Biol Chem. 287, 20491-20503 (2012).</li><li>Hu, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+miRNA+signatures+during+the+differentiation+of+hESCs+into+retinal+pigment+epithelial+cells.">Identification of miRNA signatures during the differentiation of hESCs into retinal pigment epithelial cells.</a> PLoS One. 7, (2012).</li><li>Wilson, K. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNA+profiling+of+human-induced+pluripotent+stem+cells.">MicroRNA profiling of human-induced pluripotent stem cells.</a> Stem Cells Dev. 18, 749-758 (2009).</li><li>Neveu, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNA+profiling+reveals+two+distinct+p53-related+human+pluripotent+stem+cell+states.">MicroRNA profiling reveals two distinct p53-related human pluripotent stem cell states.</a> Cell Stem Cell. 7, 671-681 (2010).</li><li>Maminishkis, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Confluent+monolayers+of+cultured+human+fetal+retinal+pigment+epithelium+exhibit+morphology+and+physiology+of+native+tissue.">Confluent monolayers of cultured human fetal retinal pigment epithelium exhibit morphology and physiology of native tissue.</a> Invest Ophthalmol Vis Sci. 47, 3612-3624 (2006).</li><li>Qiagen, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miRNeasy+Mini+Handbook.">miRNeasy Mini Handbook.</a> Sample and Assay Technologies. , (2013).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microarray+System+with+miRNA+Complete+Labeling+and+Hyb+Kit.">Microarray System with miRNA Complete Labeling and Hyb Kit.</a> Agilent Technologies. , (2011).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maintenance+of+hESCs+and+hiPSCs+in+mTESR1+and+mTESR2.">Maintenance of hESCs and hiPSCs in mTESR1 and mTESR2.</a> Stem Cell Technologies. , (2010).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Analysis+of+DNA+or+RNA+using+its+wavelengths:+230+nm,+260+nm,+280+nm.">The Analysis of DNA or RNA using its wavelengths: 230 nm, 260 nm, 280 nm.</a> About Biotechnology. , (2013).</li></ol>

I konklusjonen, beskriver denne rapporten metodene som brukes til kultur iPS-celler, iPS-RPE og foster RPE. RPE avledet fra iPS er morfologisk og funksjonelt lik foster RPE. Den iPS-RPE uttrykker også karakteristiske RPE gener inkludert RPE65, CRALBP, PEDF, og LRAT 16. For ytterligere å karakterisere disse cellene, ble RNA ekstrahert og brukt til å utføre mikromatriseanalyse for å identifisere differensielt uttrykt miRNA. Analyse av signal intensiteter avslørte at flest forskjellig uttrykt miRNAs ble op...

Stamceller har kapasitet til å replikere uten grense, og potensialet til å differensiere til alle somatiske celletype. Utvikling av teknikker for å omprogrammere somatiske celler i pluripotent stamceller, har medført stor spenning i forskersamfunnet og blant klinikere, som bruk av personlig vev gjenfødelse er på horisonten en. Indusert-pluripotent stamceller (iPS-celler) viser samme funksjonene i ubegrenset replicative potensial og pluripotency som embryonale stamceller (ES-celler) mens omgå de etiske dilemmaer knyttet til ESCs. I tillegg vil pasient-avledet stamceller ikke stimulerer en immunrespons, i stor grad øke sannsynligheten for vellykket terapeutiske anvendelser 2-3. Under bestemte kultur vilkår, har iPS-celler er vist å differensiere i flere ulike celletyper in vitro, inkludert cardiomyocytes, nerveceller, betaceller i bukspyttkjertelen, leverceller, og retinal pigmentert epitel (RPE) 4-12. Den RPE er en spesialisert lag av pigmenterte epitel-celler lokalisert på baksiden av retina som utfører flere funksjoner som er avgjørende for visuell helse og funksjon, for eksempel absorpsjon av strølys, fagocytose av fotoreseptoren ytre segmenter, og behandling av retinoider for produksjonen av visuell chromophore. Dysfunksjon av RPE på grunn av skade eller sykdom dypt påvirker fotoreseptoren helse og visuell funksjon som gjenspeiles av de blindende sykdommer som er et resultat av underliggende RPE patologi som aldersrelatert makuladegenerasjon (AMD), Stargardts sykdom, og retinitis pigmentosa (RP) 13. Virkelig effektive behandlinger som kan gjenopprette synet har ikke blitt oppnådd, og utskifting av sykelig RPE med sunn RPE kan være det beste alternativet for å hindre tap av syn 14-15. RPE avledet fra iPS (iPS-RPE) er en mulig kilde til celler for å erstatte den skadede RPE. iPS-RPE uttrykker kjennetegntic RPE proteiner LRAT, CRALBP, PEDF, og RPE65; viser den klassiske svært pigmentert sekskantede RPE morfologi; og utfører RPE funksjoner som fagocytose, retinoid prosessering og sekresjon av 11 - cis-retinal 5,16. Men før IPS-RPE kan benyttes terapeutisk, er IPS-RPE må være grundig karakterisert. Å forstå de faktorer som styrer RPE differensiering er nødvendig for å forbedre utbyttet og renheten av de celler som skal brukes for kliniske formål. Celledifferensiering er et resultat av svært regulert genekspresjon. Epigenetisk ombygging av genomet og koordinering av transkripsjonsfaktorer er nødvendig for celle skjebne beslutninger som oppstår under differensiering og utvikling 17. Regulering av melding RNA (mRNA) oversettelse av mikroRNA (miRNA) presenterer enda et nivå for regulering som påvirker celle skjebne en. MiRNAs er korte, ~ 22 nt, lengder av nukleotider som enten undertrykke oversettelse avbinding til 3 &#39;UTR av mRNA eller mål-mRNA for nedbrytning. MiRNAs er påvist i nesten alle vev og til dags dato har over 2000 unike menneskelige microRNAs har blitt registrert i miRBase database. Siden mirnas krever bare delvis komplementaritet å binde seg til målet mRNA, kan en enkelt miRNA potensielt binde seg til flere titalls eller hundrevis av mål, og vice versa, dvs. en enkelt mRNA kan bli målrettet av flere forskjellige miRNAs. Dette promiskuøs bindende karakteristisk dramatisk øker nivået av kompleksitet regulering samt vanskelighetsgraden av å bestemme funksjonene til individuelle mirnas og rollen hver spiller i cellulære funksjoner 18-21. Likevel, har studier vist at miRNA foredler genuttrykk under differensiering ved å påvirke DNA metylering status 17. I en studie mer spesifikke for RPE, ble miR-204/211 vist seg å fremme epitelial fenotype av RPE 22. En annen gruppe analyserte miRNA profilav RPE under differensiering fra ES-celler og avslørte distinkt sett av miRNA er uttrykt i løpet av differensiering prosessen 23. Faktisk kan miRNA profiler entydig skille celletyper, inkludert ES-celler, forløper celler og terminalt differensierte celler 24,25. Over 250 mirnas er uttrykt i netthinnen. Basert på disse studiene, hypotese vi at miRNAs spiller en viktig rolle under differensiering av RPE fra iPS. Målet med denne rapporten er å beskrive protokollene for differensiering av RPE fra IMR90-4 iPS-celler, samling av RNA for analyse av microarray, og analyse av microarray data for å identifisere mirnas som er forskjellig uttrykt mellom tre celletyper, iPS-celler , iPS-RPE og foster RPE. Total RNA ble hentet fra kulturer av hver celletype og hybridisert til en miRNA microarray, som inneholder prober spesifikke for 1205 menneskelige miRNAs og 144 viral miRNAs. Mikromatriser resultater ble sammenligned for å finne ut hvilke mirnas var forskjellig uttrykt mellom de ulike celletyper. miRNAs med 2 ganger eller mer ganger endring i ekspresjon ble valgt ut for videre analyse. En miRNA analyse program ble brukt til å identifisere potensielle mål av forskjellig uttrykt mirnas og å generere mobilnettverk som reguleres av de valgte mirnas.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="676">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">mTeSR1 media + 5X supplement</td>
			<td style="width:156px;">Stem Cell Technologies</td>
			<td style="width:119px;">5850</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DMEM/F12</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>11330-032</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">2-Mercaptoethanol</td>
			<td style="width:156px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">M-7154</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="18">
			<td height="18" style="height:18px;width:235px;">Non essential amino acids</td>
			<td style="width:156px;">Hyclone(Fisher)</td>
			<td>SH30853.01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Knockout serum replacement</td>
			<td style="width:156px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;">10828-028</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Gentamicin&#160;</td>
			<td style="width:156px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;">15750-060</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">MEM media</td>
			<td style="width:156px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;">10370-021</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">N1 supplement</td>
			<td style="width:156px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">N-6530-5ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Taurine</td>
			<td style="width:156px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">T-8691-25G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Hydrocortisone</td>
			<td style="width:156px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">H0888-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Fetal bovine serum</td>
			<td style="width:156px;">Hyclone(Fisher)</td>
			<td>SH3008803HI</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Triiodo-l-thyronine sodium salt</td>
			<td style="width:156px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">T6397</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Sodium hydroxide</td>
			<td style="width:156px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">S5881</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fetal RPE media RTEGM kit</td>
			<td style="width:156px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;">195406</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Dispase</td>
			<td style="width:156px;">Life Technologies</td>
			<td>17105-041</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Matrigel</td>
			<td style="width:156px;">BD Biosciences</td>
			<td style="width:119px;">354277</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Phosphate buffered saline</td>
			<td style="width:156px;">Hyclone(Fisher)</td>
			<td>10010-023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Trypsin</td>
			<td style="width:156px;">Hyclone(Fisher)</td>
			<td style="width:119px;">25200-072</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Miltenyi Biotec washing buffer</td>
			<td style="width:156px;">StemGent</td>
			<td style="width:119px;">130-092-987</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Miltenyi Biotec rinsing buffer</td>
			<td style="width:156px;">StemGent</td>
			<td style="width:119px;">130-092-222</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Anti-TRA-1-60 microbead kit</td>
			<td style="width:156px;">StemGent</td>
			<td style="width:119px;">130-095-816</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Miltenyi Biotec cell sorter column</td>
			<td style="width:156px;">StemGent</td>
			<td style="width:119px;">130-021-101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">RNeasy micro kit</td>
			<td style="width:156px;">Qiagen</td>
			<td style="width:119px;">74004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">QIA shredder</td>
			<td style="width:156px;">Qiagen</td>
			<td style="width:119px;">79654</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">RNA 6000 Pico LabChip kit</td>
			<td style="width:156px;">Agilent</td>
			<td style="width:119px;">G2938-90046</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Human miRNA microarray v16</td>
			<td style="width:156px;">Agilent</td>
			<td style="width:119px;">G4471A</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

microrna expression profiles of human ips cells, retinal pigment epithelium derived from ips, and fetal retinal pigment epithelium

Målet med denne rapporten er å beskrive protokollene for å sammenligne mikroRNA (miRNA) profiler av menneskeskapte-pluripotent stem (iPS-celler), retinal pigment epitel (RPE) utledet fra menneskelige iPS-celler (iPS-RPE), og foster RPE. Protokollene omfatter innsamling av RNA for analyse ved microarray, og analyse av mikroarray data for å identifisere miRNAs som er differensielt uttrykt blant tre celletyper. Metodene for kultur iPS-celler og foster RPE er forklart. Protokollen som brukes for differensiering av RPE fra menneskelige iPS er også beskrevet. Den RNA ekstraksjon teknikk vi beskriver ble valgt for å tillate maksimal gjenvinning av svært små RNA for bruk i en miRNA microarray. Til slutt blir cellemessige og nettverksanalyse av microarray data forklart. Disse teknikkene vil lette sammenligning av de miRNA profiler av tre forskjellige celletyper.

iPS-celler (Figur 1a) ble dyrket i differensiering forhold for å indusere differensiering i iPS-RPE celler. Den iPS-RPE utstilt klassiske RPE fenotype av sekskantede pigmentert cellemorfologi (Figur 1B) ligner på foster RPE (figur 1C). For bedre å forstå den rollen som miRNA kan spille i løpet av prosessen med differensiering fra iPS til iPS-RPE, ble utført microarray analyse av miRNA uttrykk. Total RNA ble samlet inn fra iPS-celler, f...

Watch this Scientific Journal Video about MicroRNA Expression Profiles of Human iPS Cells, Retinal Pigment Epithelium Derived From iPS, and Fetal Retinal Pigment Epithelium at JoVE.com

MicroRNA Expression Profiles of Human iPS Cells, Retinal Pigment Epithelium Derived From iPS, and Fetal Retinal Pigment Epithelium

Den mikroRNA (miRNA) profiler av menneskeskapte-pluripotent stem (iPS) celler, retinal pigment epitel (RPE) stammer fra menneskeskapte-pluripotent stem (iPS-celler) (iPS-RPE), og foster RPE, ble sammenlignet.

MikroRNA uttrykk profiler av menneskelige iPS celler, retinal pigment epitelet avledet fra iPS, og Fetal Netthinne Pigment Epitel

The objective of this report is to describe the protocols for comparing the microRNA (miRNA) profiles of human induced-pluripotent stem (iPS) cells, ...

Research

JoVE Journal

Biology

Subretinal Transplantation of Human Embryonic Stem Cell Derived-retinal Pigment Epithelial Cells into a Large-eyed Model of Geographic Atrophy

Subretinal transplantasjon av menneskelige embryonale stamcelleforskningen avledet retinal Pigment epitelceller i store øyne modell av geografiske Atrophy

Geographic atrophy (GA), the late stage of dry age-related macular degeneration is characterized by loss of the retinal pigment epithelial (RPE) layer, ...

Primary Cell Cultures from the Mouse Retinal Pigment Epithelium

Primært cellekulturer fra musen netthinnens Pigment epitel

The retinal pigment epithelium (RPE) is a highly polarized multi-functional epithelium that is located between the neural retina and the choroid of the ...

Efficient Dissection and Culture of Primary Mouse Retinal Pigment Epithelial Cells

Effektiv disseksjon og kultur av primære mus retinal pigment epitelceller

Eye disorders affect millions of people worldwide, but the limited availability of human tissues hinders their study. Mouse models are powerful tools to ...

Nitroreductase/Metronidazole-Mediated Ablation and a MATLAB Platform (RpEGEN) for Studying Regeneration of the Zebrafish Retinal Pigment Epithelium

Nitroreductase/Metronidazole-Mediated Ablation and a MATLAB Platform RpEGEN for Studying Regeneration of the Zebrafish Retinal Pigment Epithelium

Nitroreductase/Metronidazole-Mediert ablasjon og en MATLAB-plattform (RpEGEN) for å studere regenerering av Sebrafish Retinal Pigment Epithelium

The retinal pigment epithelium (RPE) resides at the back of the eye and performs functions essential for maintaining the health and integrity of adjacent ...

Primary Culture of Porcine Retinal Pigment Epithelial Cells

Primær kultur av svin retinal pigment epitelceller

The retinal pigment epithelium (RPE) is a monolayer of polarized pigmented epithelial cells, located between the choroid and neuroretina in the retina. ...

Isolation of Primary Mouse Retinal Pigmented Epithelium Cells

Isolering av primære retinale retinale pigmenterte epitelceller

The retinal pigmented epithelium (RPE) layer lies immediately behind the photoreceptors and harbors a complex metabolic system that plays several critical ...

Efficient and Consistent Generation of Retinal Pigment Epithelium/Choroid Flatmounts from Human Eyes for Histological Analysis

Effektiv og konsistent generering av retinal pigmentepitel / choroid flatmounts fra Human Eyes for histologisk analyse

The retinal pigment epithelium (RPE) and retina are functionally and structurally connected tissues that work together to regulate light perception and ...

Real-Time Analysis of Bioenergetics in Primary Human Retinal Pigment Epithelial Cells Using High-Resolution Respirometry

Sanntidsanalyse av bioenergetikk i primære humane retinale pigmentepitelceller ved bruk av høyoppløselig respirometri

Metabolic dysfunction of retinal pigment epithelial cells (RPE) is a key pathogenic driver of retinal diseases such as age-related macular degeneration ...