Name: rapid identification of gram negative bacteria from blood culture broth using maldi-tof mass spectrometry
Uploaded: 2014-05-28T13:45:00
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<html> &quot;긍정적&quot;으로 1. 혈액 문화 묽은 수프 깃발 <ol><li> 지속적인 모니터링 배양 장에서 신호 혈액 배양 병을 제거하고 생물 안전 캐비닛에 넣습니다. 참고 : 병이 유해 미생물을 포함 할 수 있으며, 보편적 인 조치가 될 필요가있다. 때문에 샘플링 전염성 에어로졸의 위험, 모든 샘플링 절차는 바이오 안전성 클래스 II 층류 캐비닛에서 수행해야합니다. </li></ol> 2. 그램 얼룩?...

<ol>
	<li>Bearman, G. M., Wenzel, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacteremias:+a+leading+cause+of+death.">Bacteremias: a leading cause of death.</a> Arch. Med. Res. 36 (6), 646-659 (2005).</li><li>Leibovici, L., Shraga, I., Drucker, M., Konigsberger, H., Samra, Z., Pitlik, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+benefit+of+appropriate+empirical+antibiotic+treatment+in+patients+with+bloodstream+infection.">The benefit of appropriate empirical antibiotic treatment in patients with bloodstream infection.</a> J. Intern. Med. 244 (5), 379-386 (1998).</li><li>Kumar, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Duration+of+hypotension+before+initiation+of+effective+antimicrobial+therapy+is+the+critical+determinant+of+survival+in+human+septic+shock.">Duration of hypotension before initiation of effective antimicrobial therapy is the critical determinant of survival in human septic shock.</a> Crit. Care Med. 34 (6), 1589-1596 (2006).</li><li>Munson, E. L., Diekema, D. J., Beekmann, S. E., Chapin, K. C., Doern, G. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+and+treatment+of+bloodstream+infection:+laboratory+reporting+and+antimicrobial+management.">Detection and treatment of bloodstream infection: laboratory reporting and antimicrobial management.</a> J. Clin. Microbiol. 41 (1), 495-497 (2003).</li><li>Clerc, O., Prod'hom, G., Vogne, C., Bizzini, A., Calandra, T., Greub, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+Matrix-Assisted+Laser+Desorption+Ionization+Time-of-Flight+Mass+Spectrometry+on+the+Clinical+Management+of+Patients+With+Gram-negative+Bacteremia:+A+Prospective+Observational+Study.">Impact of Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry on the Clinical Management of Patients With Gram-negative Bacteremia: A Prospective Observational Study.</a> Clin. Infect. Dis. 56 (8), 1101-1107 (2013).</li><li>Dekker, J. P., Branda, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> MALDI-TOF Mass Spectrometry in the Clinical Microbiology Laboratory. Clinical Microbiology Newslette. 33 (12), 87-93 (2011).</li><li>Seng, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ongoing+revolution+in+bacteriology:+routine+identification+of+bacteria+by+matrix-assisted+laser+desorption+ionization+time-of-flight+mass+spectrometry.">Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry.</a> Clin. Infect. Dis. 49 (4), 543-551 (2009).</li><li>Neville, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Utility+of+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-time+of+flight+mass+spectrometry+following+introduction+for+routine+laboratory+bacterial+identification.">Utility of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry following introduction for routine laboratory bacterial identification.</a> J. Clin. Microbiol. 49 (8), 2980-2984 (2011).</li><li>Schmidt, V., Jarosch, A., M&#228;rz, P., Sander, C., Vacata, V., Kalka-Moll, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+identification+of+bacteria+in+positive+blood+culture+by+matrix-assisted+laser+desorption+ionization+time-of-flight+mass+spectrometry.">Rapid identification of bacteria in positive blood culture by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry.</a> Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 31 (3), 311-317 (2012).</li><li>March-Rossell&#243;, G. A., Mu&#241;oz-Moreno, M. F., de Urri&#233;s, M. C., Bratos-P&#233;rez, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+differential+centrifugation+protocol+and+validation+criterion+for+enhancing+mass+spectrometry+(MALDI-TOF)+results+in+microbial+identification+using+blood+culture+growth+bottles.">A differential centrifugation protocol and validation criterion for enhancing mass spectrometry (MALDI-TOF) results in microbial identification using blood culture growth bottles.</a> Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 32 (5), 699-704 (2012).</li><li>Christner, M., Rohde, H., Wolters, M., Sobottka, I., Wegscheider, K., Aepfelbacher, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+identification+of+bacteria+from+positive+blood+culture+bottles+by+use+of+matrix-assisted+laser+desorption-ionization+time+of+flight+mass+spectrometry+fingerprinting.">Rapid identification of bacteria from positive blood culture bottles by use of matrix-assisted laser desorption-ionization time of flight mass spectrometry fingerprinting.</a> J. Clin. Microbiol. 48 (5), 1584-1591 (2010).</li><li>Gray, T. J., Thomas, L., Olma, T., Iredell, J. R., Chen, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+identification+of+Gram-negative+organisms+from+blood+culture+bottles+using+a+modified+extraction+method+and+MALDI-TOF+mass+spectrometry.">Rapid identification of Gram-negative organisms from blood culture bottles using a modified extraction method and MALDI-TOF mass spectrometry.</a> Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 72 (2), 110-112 (2013).</li><li>Hazelton, B. J., Thomas, L. C., Unver, T., Iredell, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+identification+of+Gram-positive+pathogens+and+their+resistance+genes+from+positive+blood+culture+broth+using+a+multiplex+tandem+RT-PCR+assay.">Rapid identification of Gram-positive pathogens and their resistance genes from positive blood culture broth using a multiplex tandem RT-PCR assay.</a> J. Med. Microbiol. 62 (2), 223-2231 (2013).</li><li>Saffert, R. T., Cunningham, S. A., Mandrekar, J., Patel, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+three+preparatory+methods+for+detection+of+bacteremia+by+MALDI-TOF+mass+spectrometry.">Comparison of three preparatory methods for detection of bacteremia by MALDI-TOF mass spectrometry.</a> Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 73 (1), 21-26 (2012).</li><li>Consoir, C., L&#246;rch, D., Schneider, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+identification+of+bacteria+from+charcoal-containing+blood+culture+bottles+using+matrix-assisted+laser+desorption/ionisation+time-of-flight+mass+spectrometry.">Direct identification of bacteria from charcoal-containing blood culture bottles using matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight mass spectrometry.</a> Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 31 (10), 2843-2850 (2012).</li><li>Martiny, D., Dediste, A., Vandenberg, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+an+in-house+method+and+the+commercial+Sepsityper&#8482;+kit+for+bacterial+identification+directly+from+positive+blood+culture+broths+by+matrix-assisted+laser+desorption-ionisation+time-of-flight+mass+spectrometry.">Comparison of an in-house method and the commercial Sepsityper&#8482; kit for bacterial identification directly from positive blood culture broths by matrix-assisted laser desorption-ionisation time-of-flight mass spectrometry.</a> Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 31 (9), 2269-2281 (2012).</li><li>Moussaoui, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Matrix-assisted+laser+desorption+ionization+time-of-flight+mass+spectrometry+identifies+90%+of+bacteria+directly+from+blood+culture+vials.">Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry identifies 90% of bacteria directly from blood culture vials.</a> Clin Microbiol Infect. 16 (11), 1631-1638 (2010).</li><li>Novel, , et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=improved+sample+preparation+for+rapid,+direct+identification+from+positive+blood+cultures+using+matrix-assisted+laser+desorption/ionization+time-of-flight+(MALDI-TOF)+mass+spectrometry.">improved sample preparation for rapid, direct identification from positive blood cultures using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry.</a> J. Mol. Diagn. 13 (6), 701-706 (2011).</li><li>Fothergill, A., Kasinathan, V., Hyman, J., Walsh, J., Drake, T., Wang, Y. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Identification+of+Bacteria+and+Yeasts+from+Positive-Blood-Culture+Bottles+by+Using+a+Lysis-Filtration+Method+and+Matrix-Assisted+Laser+Desorption+Ionization-Time+of+Flight+Mass+Spectrum+Analysis+with+the+SARAMIS+Database.">Rapid Identification of Bacteria and Yeasts from Positive-Blood-Culture Bottles by Using a Lysis-Filtration Method and Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrum Analysis with the SARAMIS Database.</a> J. Clin. Microbiol. 51 (3), 805-809 (2013).</li></ol>

후 원심 분리 단계가 분리 된 구성 요소를 리믹스하지 충분한주의 수행 혈액 배양액에 MALDI-TOF MS를 적용 할 때 그것은 중요합니다. 그것은 MALDI-TOF 스펙트럼을 간섭 스파이크를 생성 할 수있다 헤모글로빈 등 혈액 배양 성분 및 인간 세포 단백질을 제거하는 것이 특히 중요하다. MS는 종 ≥ 2.0의 점수를 잘라 속 식별을위한 ≥ 1.7 추천 제조 있지만, 다른 보고서는 BC 국물 10,1...

때문에 세균에 혈류 감염 (BSI)를 가진 환자는 6-48 % 1에 이르기까지 높은 병원 내 사망률을 계속합니다. 적절한 경험적 항생제의 납품은 생존을 촉진하고 심한 패혈증 환자의 하위 집합으로, 적절한 치료에 대한 각각의 시간 지연은 생존 2,3 감소하는 상관 관계. 따라서, 임상 실험의 주요 목적은 신속하게 탐지, 식별 및 임상 의사 결정을 통보하기 위해 혈액 배양에서 세균의 존재를 전달하는 것입니다. 그것은 미생물 연구소는 최근 그람 염색 4를보고하고시 항생제 치료에 가장 큰 영향을 미치는 것으로 입증되었습니다, 관찰 연구는 것을 보여 주었다 비행 질량 분석의 매트릭스 보조 레이저 탈착 / 이온화 시간 (MALDI-TOF MS) 혈액 배양액에서 직접 수행 그람 음성 박테리아 5에 의한 BSI의 3 분의 1 이상에 처방에 영향을 미친다. 6,7의 식별을위한 효과적인 실험실 도구되었다. 이 기술은 지금은 잘 확립되어 고체 미디어 6,8에 고립 된 미생물의 신속하고 정확한 식별을위한 많은 실험실에 통합되었습니다. 혈액 배양하기 때문에 저렴한 비용으로 미생물의 이전 신분을 취득 할 수있는 잠재력을 모두 임상 및 실험실 관리자에게 미생물의 항소에 대해 &quot;긍정적 인&quot;신호를했다 (BC) 국물에 MALDI-TOF MS의 직접적인 응용 프로그램입니다. 까지 그람 음성 박테리아를 성공적으로 식별의 보고서를 식별 표준 표현형 문화 기반의 방법과 비교했을 때 혈액 배양액에 MALDI-TOF MS의 직접적인 응용 프로그램의 임상 적 유용성이 관찰 감도의 넓은 범위에 의해 제한되었습니다 47-98.9 % 9-11. 감도 편차 가능성BC 국물 구성, 초기 세균 농도, 시료 전처리 방법의 변화뿐만 아니라 연구의 인구 9에서 발생하는 그람 음성균의 배열에 관한 것이다. 이러한 다른 발행 프로토콜과 비교하여 여기에서 제시된 방법은 에탄올, 염화 암모늄 또는 추가 (비 행렬) 아세토 니트릴의 사용을 피한다. 따라서 세균 펠릿 전위 표현형 감수성 테스트 방법은 배양액에 이러한 유기체에 직접 적용 할 수 있도록 허용하는 (단백질 추출 시점까지) 실행 가능한 남아있을 것이다. 또한, 제시된 방법은 저렴한 안정적이고 시간 12 &#39;손&#39;최소한의 혈액 배양 그람 염색 결과의 25 분 내에서 사용할 수있는 박테리아 식별과 빠른 것으로 나타났다. 이 방법은 그람 B를 식별하는 양성 혈액 배양액에 직접 적용 포름산 추출을 이용하는 간단한 사내 스핀 용해 프로토콜MALDI-TOF MS 기술 acteria.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1319">
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:275px;">BACTEC Plus Aerobic/F Medium</td>
			<td style="width:307px;">Becton Dickinson; BD, Franklin Lakes, NJ, USA</td>
			<td align="right" style="width:188px;">442192</td>
			<td style="width:551px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">BACTEC Lytic/10 Anaerobic /F Medium</td>
			<td>Becton Dickinson; BD, Franklin Lakes, NJ, USA</td>
			<td align="right">442265</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">BACTEC Peds Plus Medium</td>
			<td>Becton Dickinson; BD, Franklin Lakes, NJ, USA</td>
			<td align="right">442194</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Vacutainer - Blood transfer device</td>
			<td>Becton Dickinson; BD, Franklin Lakes, NJ, USA</td>
			<td align="right">364880</td>
			<td>Single use sampling device reducing the risk of needlestick injury</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Vacutainer SST 5.0mL, Advance plus</td>
			<td>Becton Dickinson; BD, Franklin Lakes, NJ, USA</td>
			<td align="right">367954</td>
			<td>Serum separating tube</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Syringe 10 mL</td>
			<td>Becton Dickinson; BD, Franklin Lakes, NJ, USA</td>
			<td align="right">302143</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Transfer pipette</td>
			<td>Samco, USA</td>
			<td>222-20S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Transfer pipette (fine tipped)</td>
			<td>Samco, USA</td>
			<td>232-20S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Microcentrifuge tube (2.0 mL)</td>
			<td>Eppendorf, Hamburg, Germany</td>
			<td>0030.120.094</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Sterile water (DNAse and RNAse free)</td>
			<td>Life Technologies, Carlsbad, California, USA</td>
			<td>10977-015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Formic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, USA</td>
			<td>F0507</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Matrix solution&#160;</td>
			<td>Bruker Daltonics, Bremen Germany</td>
			<td align="right">285074</td>
			<td>10 mg/ml &#945;-cyano-4-hydroxycinnamic acid, 50% acetonitrile, 2.5% trifluoroacetic acid</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Benchtop microflex LT MALDI-TOF MS</td>
			<td>Bruker Daltonics, Bremen Germany</td>
			<td></td>
			<td>Utilizing BioTyper 3.1 (Build 65) and FlexControl 3.3 (Build 99) software</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

rapid identification of gram negative bacteria from blood culture broth using maldi-tof mass spectrometry

임상 미생물학 연구소의 중요한 역할은 혈류 감염을 일으키는 박테리아의 신속한 식별을 제공하는 것이다. 전통적인 인식은 성숙 고체 한천에 식민지 후 사용할 수있는 식별 신호 혈액 배양액의 하위 문화가 필요합니다. MALDI-TOF MS는 고체 매체에 식민지에 적용 임상 관련 세균의 대부분의 식별을위한 믿을 수있는 빠른 방법입니다. 이 박테리아의 종 식별을 가속화하고 임상 관리를 개선하기 위해 잠재력을 가지고 직접 혈액 배양액에 MALDI-TOF MS의 응용 프로그램이 매력적인 방법입니다. 그러나 극복해야 할 중요한 문제는 제거하지 않을 경우, MS 스펙트럼을 방해 부족하거나 낮은 차별 식별 점수가 발생할 수 있습니다, 혈액 배양 검체에 포함 된 간섭 수지, 단백질과 헤모글로빈의 사전 분석을 제거합니다. 또한 그것은 bacter을 집중하는 것이 필요하다아이오와는 충분한 품질의 스펙트럼을 개발할 수 있습니다. 제시된 방법은 농도, 정화, 및 신호 혈액 배양액에서 박테리아의 조기 발견을 허용 그람 음성 박테리아의 추출을 설명합니다.

생성 MALDI-TOF MS 스펙트럼은 스펙트럼의 통합 참조 데이터베이스에 비교된다. 로그 점수는 가능성 속 수준으로 식별 (그림 1)과 종의 가능성이 식별 ≥ 2.0 (그림에 필요한 점수 ≥ 1.7의 권고와 시험 분리 및 참조 데이터베이스 분리 사이의 일치의 신뢰에 대한 할당 2). 타이핑 소프트웨어에 의해 일치하는 점수 ≥ 1.7와 제 5 식별 (그림 1) 12 ?...

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Rapid Identification of Gram Negative Bacteria from Blood Culture Broth Using MALDI-TOF Mass Spectrometry

단기 (MALDI-TOF) 질량 분석 (MS) 직접 혈액 배양액 행의 매트릭스 보조 레이저 탈착 / 이온화 시간 애플리케이션은 박테리아의 식별을 촉진. 제출 방법은 직접 혈액 배양액에서 그람 음성 박테리아의 식별을위한 신속하고 신뢰할 수있는 방법입니다.

MALDI-TOF 질량 분석기를 사용하여 혈액 배양액에서 그람 음성 박테리아의 빠른 확인

An important role of the clinical microbiology laboratory is to provide rapid identification of bacteria causing bloodstream infection. Traditional ...

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