Name: rna catalyst as a reporter for screening drugs against rna editing in trypanosomes
Uploaded: 2014-07-22T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about RNA Catalyst as a Reporter for Screening Drugs against RNA Editing in Trypanosomes at JoVE.com

Najmeh Nikpour and Fiona Alum provided suggestions and edited this manuscript. Department of Biochemistry at McGill University supported HM and VM with the CIHR Training Initiative in Chemical Biology. This work was supported by Canadian Institute of Health Research (CIHR) grant 119464 (to R. S.).

Het onderstaande protocol beschrijft de procedure voor het uitvoeren van de fluorescentie gebaseerde RNA editing test. De test kan worden uitgevoerd in een PCR-buis, 96 putjes of 384 putjes afhankelijk van de omvang van het experiment. Vervolgens wordt de fluorescentie-signaal kan worden gelezen op een geschikte real-time PCR-detectie systeem. De test hier beschreven in de context van 384 putjes. 1. Kweken T. brucei Cellen <ol><li> Bereid een groeimedium voor T. brucei pr...

<ol>
	<li>Benne, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=transcript+of+the+frameshifted+coxII+gene+from+trypanosome+mitochondria+contains+four+nucleotides+that+are+not+encoded+in+the+DNA.">transcript of the frameshifted coxII gene from trypanosome mitochondria contains four nucleotides that are not encoded in the DNA.</a> Cell. 46, 819-826 (1986).</li><li>Hajduk, S., Ochsenreiter, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+editing+in+kinetoplastids.">RNA editing in kinetoplastids.</a> RNA biology. 7, 229-236 (2010).</li><li>Aphasizhev, R., Aphasizheva, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Uridine+insertion/deletion+editing+in+trypanosomes:+a+playground+for+RNA-guided+information+transfer.">Uridine insertion/deletion editing in trypanosomes: a playground for RNA-guided information transfer.</a> Wiley interdisciplinary reviews RNA. 2, 669-685 (2011).</li><li>Seiwert, S. D., Stuart, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+editing:+transfer+of+genetic+information+from+gRNA+to+precursor+mRNA+in+vitro.">RNA editing: transfer of genetic information from gRNA to precursor mRNA in vitro.</a> Science. 266, 114-117 (1994).</li><li>Weng, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guide+RNA-binding+complex+from+mitochondria+of+trypanosomatids.">Guide RNA-binding complex from mitochondria of trypanosomatids.</a> Molecular. 32, 198-209 (2008).</li><li>Hashimi, H., Zikova, A., Panigrahi, A. K., Stuart, K. D., Lukes, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TbRGG1,+an+essential+protein+involved+in+kinetoplastid+RNA+metabolism+that+is+associated+with+a+novel+multiprotein+complex.">TbRGG1, an essential protein involved in kinetoplastid RNA metabolism that is associated with a novel multiprotein complex.</a> RNA. 14, 970-980 (2008).</li><li>Ammerman, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Architecture+of+the+trypanosome+RNA+editing+accessory+complex,+MRB1.">Architecture of the trypanosome RNA editing accessory complex, MRB1.</a> Nucleic Acids Res. 40, 5637-5650 (2012).</li><li>Huang, C. E., O'Hearn, S. F., Sollner-Webb, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assembly+and+function+of+the+RNA+editing+complex+in+Trypanosoma+brucei+requires+band+III+protein.">Assembly and function of the RNA editing complex in Trypanosoma brucei requires band III protein.</a> Molecular and cellular biology. 22, 3194-3203 (2002).</li><li>Carnes, J., Trotter, J. R., Peltan, A., Fleck, M., Stuart, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+editing+in+Trypanosoma+brucei+requires+three+different+editosomes.">RNA editing in Trypanosoma brucei requires three different editosomes.</a> Molecular and cellular biology. 28, 122-130 (2008).</li><li>Hearn, S. F., Huang, C. E., Hemann, M., Zhelonkina, A., Sollner-Webb, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Trypanosoma+brucei+RNA+editing+complex:+band+II+is+structurally+critical+and+maintains+band+V+ligase,+which+is+nonessential.">Trypanosoma brucei RNA editing complex: band II is structurally critical and maintains band V ligase, which is nonessential.</a> Molecular and cellular biology. 23, 7909-7919 (2003).</li><li>Schnaufer, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+RNA+ligase+essential+for+RNA+editing+and+survival+of+the+bloodstream+form+of+Trypanosoma+brucei.">An RNA ligase essential for RNA editing and survival of the bloodstream form of Trypanosoma brucei.</a> Science. 291, 2159-2162 (2001).</li><li>Tarun, S. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=KREPA6+is+an+RNA-binding+protein+essential+for+editosome+integrity+and+survival+of+Trypanosoma+brucei.">KREPA6 is an RNA-binding protein essential for editosome integrity and survival of Trypanosoma brucei.</a> RNA. 14, 347-358 (2008).</li><li>Croft, S. L., Barrett, M. P., Urbina, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemotherapy+of+trypanosomiases+and+leishmaniasis.">Chemotherapy of trypanosomiases and leishmaniasis.</a> Trends in parasitology. 21, 508-512 (2005).</li><li>Denise, H., Barrett, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Uptake+and+mode+of+action+of+drugs+used+against+sleeping+sickness.">Uptake and mode of action of drugs used against sleeping sickness.</a> Biochemical pharmacology. 61, 1-5 (2001).</li><li>Seiwert, S. D., Heidmann, S., Stuart, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+visualization+of+uridylate+deletion+in+vitro+suggests+a+mechanism+for+kinetoplastid+RNA+editing.">Direct visualization of uridylate deletion in vitro suggests a mechanism for kinetoplastid RNA editing.</a> Cell. 84, 831-841 (1996).</li><li>Igo, R. P., Palazzo, S. S., Burgess, M. L., Panigrahi, A. K., Stuart, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Uridylate+addition+and+RNA+ligation+contribute+to+the+specificity+of+kinetoplastid+insertion+RNA+editing.">Uridylate addition and RNA ligation contribute to the specificity of kinetoplastid insertion RNA editing.</a> Molecular and cellular biology. 20, 8447-8457 (2000).</li><li>Igo, R. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+uridylate-specific+exoribonuclease+activity+in+Trypanosoma+brucei+RNA+editing.">Role of uridylate-specific exoribonuclease activity in Trypanosoma brucei RNA editing.</a> Eukaryotic cell. 1, 112-118 (2002).</li><li>Wang, B., Salavati, R., Heidmann, S., Stuart, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+hammerhead+ribozyme+substrate+and+reporter+for+in+vitro+kinetoplastid+RNA+editing.">A hammerhead ribozyme substrate and reporter for in vitro kinetoplastid RNA editing.</a> RNA. 8, 548-554 (2002).</li><li>Moshiri, H., Salavati, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+fluorescence-based+reporter+substrate+for+monitoring+RNA+editing+in+trypanosomatid+pathogens.">A fluorescence-based reporter substrate for monitoring RNA editing in trypanosomatid pathogens.</a> Nucleic Acids Res. 38, e138 (2010).</li><li>Jenne, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+identification+and+characterization+of+hammerhead-ribozyme+inhibitors+using+fluorescence-based+technology.">Rapid identification and characterization of hammerhead-ribozyme inhibitors using fluorescence-based technology.</a> Nature. 19, 56-61 (2001).</li><li>Hartig, J. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein-dependent+ribozymes+report+molecular+interactions+in+real+time.">Protein-dependent ribozymes report molecular interactions in real time.</a> Nature. 20, 717-722 (2002).</li><li>Famulok, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Allosteric+aptamers+and+aptazymes+as+probes+for+screening+approaches.">Allosteric aptamers and aptazymes as probes for screening approaches.</a> Current opinion in molecular therapeutics. 7, 137-143 (2005).</li><li>Teng, B., Burant, C. F., Davidson, N. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+cloning+of+an+apolipoprotein+B+messenger+RNA+editing+protein.">Molecular cloning of an apolipoprotein B messenger RNA editing protein.</a> Science. 260, 1816-1819 (1993).</li><li>Jurica, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Searching+for+a+wrench+to+throw+into+the+splicing+machine.">Searching for a wrench to throw into the splicing machine.</a> Nature chemical biology. 4, 3-6 (2008).</li><li>Spahn, C., Prescott, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Throwing+a+spanner+in+the+works:+antibiotics+and+the+translation+apparatus.">Throwing a spanner in the works: antibiotics and the translation apparatus.</a> Journal of molecular medicine. 74, 423-439 (1996).</li></ol>

Een nieuwe high-throughput screening methode om remmers tegen de RNA editing complex van Trypanosomen identificeren werd gepresenteerd, het verstrekken van een nieuw instrument voor drug discovery aan ziekten veroorzaakt door trypanosomatids tegen te gaan. FRET-gebaseerde ribozym test wordt veelvuldig gebruikt voor verschillende doeleinden 20-22; echter, hebben we de capaciteit van FRET-gebaseerde ribozym assay in vitro volgen van RNA editing activiteit 19 gebruikt. Deze assay zou kunnen w...

Het proces van RNA editing, een post-transcriptionele mRNA modificatie, werd voor het eerst ontdekt in trypanosomatids 1. Sindsdien is veel werk verricht bij het ​​bestuderen van het mechanisme achter RNA editing in Trypanosoma brucei 2,3. In een reeks enzymatische reacties, het editosome, een kerncomplex van ongeveer 20 eiwitten creëert rijpe mitochondriale mRNAs voor meerdere componenten van de energieopwekking oxidatieve fosforylering systeem. De volgorde van katalytische gebeurtenissen is endonucleolytische splitsing, uridylate (U) toevoegen of verwijderen, en ligatie, zoals gedicteerd door gids-RNA&#39;s (gRNAs) 4. Naast de kern editosome complexe eiwitten, een aantal toebehoren factoren ook geïdentificeerd 5-7. Deze eiwitten worden meestal gezien gegroepeerd onafhankelijke complexen. De volgorde van de proteïne assemblage in de kern editosome complex en interactiepatronen van de kerncomplex de accessoirecomplexen moeten nog worden bepaald. Gericht op de RNA bewerkingsproces in trypanosomatids kan chemische dissectors bieden die helpen bij het bestuderen van de aanmaak en functie van de editosome complex. Bovendien, functionele studies op verschillende editosome eiwitten hebben aangetoond wezenlijkheid in verschillende levensfasen, met vermelding van hun potentieel als drug targets 8-12. Daarom kunnen de gevonden remmers van de editosome ook als lead verbindingen tegen trypanosomatids. Dit is tijdig, zoals thans beschikbare middelen tegen ziekten veroorzaakt door trypanosomatid zijn giftig, inefficiënt en duur 13,14. Een efficiënte en gemakkelijk in vitro test moet de chemische universe specifieke remmers die RNA editing blokkeren verkennen. Drie assays zijn ontwikkeld en gebruikt voor het bewaken editosome activiteiten: (a) volledig door in vitro RNA editing assay 15, (b) vooraf gesplitst in vitro RNA editing assay 16,17, eennd (c) hammerhead ribozyme (HHR)-gebaseerde test 18. De eerste twee assays afhankelijk directe visualisatie van het bewerkte product (ATPase 6 mRNA) met behulp van radioactiviteit. De HHR-gebaseerde test gebruikt een gewijzigde versie van de ATPase 6 mRNA dat wordt gemodelleerd te gedragen als een ribozym na bewerking. De functionele ribozym vervolgens splitst specifiek een radioactief gemerkt RNA substraat, die als verslaggever. Recentelijk Moshiri et al.. Ontwikkelde een &quot;meng en meet&quot; HHR-gebaseerde in vitro reporter assay te controleren RNA editing waarbij het ​​radioactief gemerkte RNA-substraat wordt vervangen door een fluorescentie-resonantie-energieoverdracht (FRET) substraat 19. Het principe voordelen van deze test zijn: (a) het een snelle en makkelijke mix en meet type assay, de productie van actieve ribozym en substraat splitsing plaatsvinden gelijktijdig in dezelfde buis klein volume (bijvoorbeeld 20 pi), (b ) vermijdt het gebruik van radioactief gemerkt materiaal, (c) gevoeligheid eenfforded door fluorescentie instrumenten in een micro-titer plaat formaat, en (d) een hoge signaal-ruisverhouding. Met deze test wordt het effect van bekende RNA editing ligase remmers tegen gezuiverd editosome bevestigd 19. Dit experiment gevalideerd assay voor de snelle identificatie van RNA editing remmers, vooral tegen hele editosomes van T. brucei. Figuur 1 is een uitvoerige stap-voor-stap schema van de fluorescentie gebaseerde in vitro RNA editing assay. Dit protocol kan worden gebruikt voor het bewaken RNA editing in vitro of gemakkelijk worden aangepast voor het screenen van bibliotheken van verbindingen van verschillende schalen.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="979">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:391px;">Name of Material/ Equipment</td>
			<td style="width:203px;">Company</td>
			<td style="width:139px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:248px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">SDM-79 Medium</td>
			<td>Gibco by life technologies</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="23">
			<td height="23" style="height:23px;">Fetal Bovine Serum</td>
			<td>life technologies</td>
			<td style="width:139px;">12483-020</td>
			<td>heat inactivation at 550C for 1 h</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:391px;">Hemin, minimum 80%</td>
			<td style="width:203px;">Sigma</td>
			<td style="width:139px;">H5533-10G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:391px;">Penicillin-Streptomycin Sollution</td>
			<td style="width:203px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">MT-30-002-CI</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:391px;">Dnase 1 recombinant, Rnase Free&#160;</td>
			<td style="width:203px;">Roche</td>
			<td style="width:139px;">4716728001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:391px;">T7 RiboMax Express Large&#160; scale RNA&#160; production system</td>
			<td style="width:203px;">Promega</td>
			<td style="width:139px;">P1320</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:391px;">Kimble Kontes Dounce Tissue Grinders&#160;&#160;</td>
			<td style="width:203px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">K885300-0040&#160;&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:391px;">Gradient Master, ver 5.25&#160;</td>
			<td style="width:203px;">Biocomp</td>
			<td style="width:139px;">107-201M</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:391px;">Ultra Clear Tube, 13.2ML</td>
			<td style="width:203px;">Beckman Coulter</td>
			<td style="width:139px;">344059</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:391px;">Optima L-100XP&#160; Ultracentrifuge&#160;</td>
			<td style="width:203px;">Beckman Coulter</td>
			<td style="width:139px;">392052</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:391px;">SW 41 Ti ROTOR</td>
			<td style="width:203px;">Beckman Coulter</td>
			<td style="width:139px;">331336</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:391px;">MicroSeal &#39;B&#39; Seal, Seals</td>
			<td style="width:203px;">Biorad</td>
			<td style="width:139px;">MSB1001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:391px;">CFX 384 Touch Real-Time PCR Detection System</td>
			<td style="width:203px;">Biorad</td>
			<td style="width:139px;">185-5484</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:391px;">Acryl/Bis solution (19: 1), 40% (w/v)</td>
			<td style="width:203px;">Bio Basic</td>
			<td style="width:139px;">A0006-500ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:391px;">Urea, Molecular biology grade, 1Kg</td>
			<td style="width:203px;">life technologies</td>
			<td style="width:139px;">AM9902</td>
			<td style="width:248px;"></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

rna catalyst as a reporter for screening drugs against rna editing in trypanosomes

Aanzienlijke vooruitgang is geboekt bij het bepalen van het mechanisme van mitochondriale RNA editing in trypanosomen. Ook heeft aanzienlijke vooruitgang geboekt in het identificeren van de onderdelen van de editosome complex dat RNA editing katalyseren. Het is echter nog niet duidelijk hoe deze eiwitten samenwerken. Chemische verbindingen die wordt verkregen uit een high-throughput-scherm tegen de editosome kunnen blokkeren of invloed hebben op een of meer stappen in de montage cyclus. Daarom zal de identificatie van nieuwe chemische verbindingen waardevolle moleculaire probes voor het ontleden van de editosome functie en assemblage. In eerdere studies, werden in vitro bewerken testen uitgevoerd met behulp van radio-gelabelde RNA. Deze testen zijn tijdrovend, inefficiënt en niet geschikt voor high-throughput doeleinden. Hier, een homogene fluorescentie-based &quot;mix en meet&quot; hammerhead ribozym in vitro reporter assay om RNA editing bewaken, wordt gepresenteerd. Slechts als gevolg van RNA editing vande hamerhaai ribozyme een fluorescentie resonantie energie-overdracht (FRET) oligoribonucleotide substraat ondergaat decollete. Dit resulteert in scheiding van de fluorofoor door de quencher waardoor een signaal produceert. Wanneer daarentegen de editosome functie wordt geremd, het fluorescentie signaal wordt gedoofd. Dit is een zeer gevoelige en eenvoudige test die algemeen voor monitoring van in vitro RNA editing of hoge doorvoer screening van chemische stoffen die de editosome functie kan remmen moeten zijn.

De nodige stappen voor het opzetten van een grootschalige scherm tonen, figuren 2-5 zijn representatief controle-experimenten betreffende de kwaliteit van de assay. Deze zijn essentieel controleproeven voor een consistente bepaling meerdaagse screening of vergelijking van verschillende schermen. Het beoordelen van de fluorescentie-signaal-ruis verhouding Om de stabiliteit en kwaliteit van de met fluoresceïne gemerkte oligoribonu...

Watch this Scientific Journal Video about RNA Catalyst as a Reporter for Screening Drugs against RNA Editing in Trypanosomes at JoVE.com

RNA Catalyst as a Reporter for Screening Drugs against RNA Editing in Trypanosomes

RNA Catalyst als verslaggever voor het screenen van geneesmiddelen tegen RNA Bewerken in Trypanosomen

A highly sensitive ribozyme-based assay, applicable to high-throughput screening of chemicals targeting the unique process of RNA editing in trypanosomatid pathogens, is described in this paper. Inhibitors can be used as tools for hypothesis-driven analysis of the RNA editing process and ultimately as therapeutics.

Substantial progress has been made in determining the mechanism of mitochondrial RNA editing in trypanosomes. Similarly, considerable progress has been ...

Research

JoVE Journal

Biology

Visualizing RNA Localization in Xenopus Oocytes

Visualizing RNA Localization in Xenopus Oocytes

Het visualiseren van RNA Lokalisatie in Xenopus Eicellen

RNA localization is a conserved mechanism of establishing cell polarity.  Vg1 mRNA localizes to the vegetal pole of Xenopus laevis oocytes and acts to ...

In vitro Transcription and Capping of Gaussia Luciferase mRNA Followed by HeLa Cell Transfection

In vitro Transcription and Capping of Gaussia Luciferase mRNA Followed by HeLa Cell Transfection

In vitro transcriptie en aftopping van Gaussia Luciferase mRNA Gevolgd door HeLa celtransfectie

In vitro transcription is the synthesis of RNA transcripts by RNA polymerase from a linear DNA template containing the corresponding promoter sequence ...

Chromatin Isolation by RNA Purification (ChIRP)

Chromatin Isolation by RNA Purification ChIRP

Chromatine Isolatie door RNA-zuivering (Chirp)

Long noncoding RNAs are key regulators of chromatin states for important biological processes such as dosage compensation, imprinting, and developmental ...

Substrate Generation for Endonucleases of CRISPR/Cas Systems

Substraat Generatie voor endonucleasen van CRISPR / Cas Systems

The  interaction of viruses and their prokaryotic hosts shaped the evolution of  bacterial and archaeal life. Prokaryotes developed several strategies to ...

Depletion of Ribosomal RNA for Mosquito Gut Metagenomic RNA-seq

Uitputting van ribosomaal RNA voor Mosquito Gut Metagenomic RNA-seq

The mosquito gut accommodates dynamic microbial communities across different stages of the insect's life cycle. Characterization of the genetic capacity ...

RNA In situ Hybridization in Whole Mount Embryos and Cell Histology Adapted for Marine Elasmobranchs

RNA In situ Hybridization in Whole Mount Embryos and Cell Histology Adapted for Marine Elasmobranchs

RNA<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisatie in Hele Mount Embryo&#39;s en histologie Aangepast voor Marine kraakbeenvissen

Marine  elasmobranchs are valued animal models for biomedical and genomic studies as  they are the most primitive vertebrates to have adaptive immunity ...

A Chemical Screening Procedure for Glucocorticoid Signaling with a Zebrafish Larva Luciferase Reporter System

Een chemische Screening Procedure voor Glucocorticoid Signalering met een zebravis larve luciferasereporter System

Glucocorticoid stress hormones and their artificial derivatives are widely used drugs to treat inflammation, but long-term treatment with glucocorticoids ...

Detection of RNA-binding Proteins by In Vitro RNA Pull-down in Adipocyte Culture

Detection of RNA-binding Proteins by In Vitro RNA Pull-down in Adipocyte Culture

Detectie van RNA-bindende eiwitten door<em&gt; In Vitro</em&gt; RNA Pull-down in Adipocyte Cultuur

RNA-binding proteins (RBPs) are emerging as a regulatory layer in the development and function of adipose. RBPs play a key role in the gene expression ...

Practical Use of RNA Interference: Oral Delivery of Double-stranded RNA in Liposome Carriers for Cockroaches

Praktisch gebruik van RNA-interferentie: mondelinge levering van Double-stranded RNA in liposomen dragers voor kakkerlakken

RNA interference (RNAi) has been widely applied for uncovering the biological functions of numerous genes, and has been envisaged as a pest control tool ...

Imaging FITC-dextran as a Reporter for Regulated Exocytosis

Imaging FITC-dextran als verslaggever voor gereglementeerde exocytose

Regulated exocytosis is a process by which cargo, which is stored in secretory granules (SGs), is released in response to a secretory trigger. Regulated ...