Name: array comparative genomic hybridization (array cgh) for detection of genomic copy number variants
Uploaded: 2015-02-21T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Array Comparative Genomic Hybridization Array CGH for Detection of Genomic Copy Number Variants at JoVE.com

The authors have no acknowledgements.

1. Маркировка Реакция <ol><li> Перед использованием предварительно аликвоту цианин 3 и 5-меченых dUTPs, без маркировки нуклеотидов и случайных праймеров в концентрациях Рекомендуемая производителем в 96-луночные планшеты и хранить при температуре -20 С готов к использованию. Для целей настоящ...

<ol>
	<li>Miller, D. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Consensus+statement:+chromosomal+microarray+is+a+first-tier+clinical+diagnostic+test+for+individuals+with+developmental+disabilities+or+congenital+anomalies.">Consensus statement: chromosomal microarray is a first-tier clinical diagnostic test for individuals with developmental disabilities or congenital anomalies.</a> Am. J. Hum. Genet. 86, 749-764 (2010).</li><li>Ahn, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Array+CGH+as+a+first+line+diagnostic+test+in+place+of+karyotyping+for+postnatal+referrals+-+results+from+four+years'+clinical+application+for+over+8,700+patients.">Array CGH as a first line diagnostic test in place of karyotyping for postnatal referrals - results from four years' clinical application for over 8,700 patients.</a> Mol. Cytogenet. 6 (16), 1755-8166 (2013).</li><li>Ahn, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Validation+and+implementation+of+array+comparative+genomic+hybridisation+as+a+first+line+test+in+place+of+postnatal+karyotyping+for+genome+imbalance.">Validation and implementation of array comparative genomic hybridisation as a first line test in place of postnatal karyotyping for genome imbalance.</a> Mol. Cytogenet. 3 (9), 1755-8166 (2010).</li><li>Beaudet, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+utility+of+chromosomal+microarray+analysis+in+developmental+and+behavioral+pediatrics.">The utility of chromosomal microarray analysis in developmental and behavioral pediatrics.</a> Child Dev. 84, 121-132 (2013).</li><li>Park, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clinical+implementation+of+whole-genome+array+CGH+as+a+first-tier+test+in+5080+pre+and+postnatal+cases.">Clinical implementation of whole-genome array CGH as a first-tier test in 5080 pre and postnatal cases.</a> Mol. Cytogenet. 4, 12 (2011).</li><li>Iafrate, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+large-scale+variation+in+the+human+genome.">Detection of large-scale variation in the human genome.</a> Nat. Genet. 36, 949-951 (2004).</li><li>Redon, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+variation+in+copy+number+in+the+human+genome.">Global variation in copy number in the human genome.</a> Nature. 444, 444-454 (2006).</li><li>Cafferkey, M., Ahn, J. W., Flinter, F., Ogilvie, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phenotypic+features+in+patients+with+15q11.2(BP1-BP2)+deletion:+Further+delineation+of+an+emerging+syndrome.">Phenotypic features in patients with 15q11.2(BP1-BP2) deletion: Further delineation of an emerging syndrome.</a> Am. J. Med. Genet. A. 164, 1916-1922 (2014).</li><li>Molin, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+microdeletion+syndrome+at+3q13.31+characterised+by+developmental+delay,+postnatal+overgrowth,+hypoplastic+male+genitals,+and+characteristic+facial+features.">A novel microdeletion syndrome at 3q13.31 characterised by developmental delay, postnatal overgrowth, hypoplastic male genitals, and characteristic facial features.</a> J. Med. Genet. 49, 104-109 (2012).</li><li>Tropeano, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Male-biased+autosomal+effect+of+16p13.11+copy+number+variation+in+neurodevelopmental+disorders.">Male-biased autosomal effect of 16p13.11 copy number variation in neurodevelopmental disorders.</a> PLoS One. 8, e61365 (2013).</li><li>Bon, B. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Further+delineation+of+the+15q13+microdeletion+and+duplication+syndromes:+a+clinical+spectrum+varying+from+non-pathogenic+to+a+severe+outcome.">Further delineation of the 15q13 microdeletion and duplication syndromes: a clinical spectrum varying from non-pathogenic to a severe outcome.</a> J. Med. Genet. 46, 511-523 (2009).</li></ol>

Массив ГРЭС не будет обнаруживать сбалансированные перестройки или плоидности аномалии, такие как триплоидии. Кроме того, мозаика дисбаланс низкий уровень может быть не обнаружен. Тем не менее, массив ГРЭС имеет более высокое разрешение для обнаружения CNV, чем G-ленточной хромосомного ...

Она была известна в течение многих лет, что делеции или дополнительные копии хромосомных сегментов вызывают интеллектуальной инвалидности, дисморфизм и congentical пороки развития, а в некоторых случаях вызывать генетические синдромы 1. Тем не менее, только технологии, доступные до середины 2000-х годов для генома обнаружения этих изменений было G-диапазонов хромосомный анализ, который имеет разрешение около 5-10MB, в зависимости от региона и характера дисбаланс, и которые не могут обнаружить аномальные хромосомы, где материал был заменен на области с различной хромосомы с той же схеме диапазонов. Вспомогательные цитогенетические методы, такие как флуоресценции в гибридизация и усиления зонда мультиплексной перевязки конкретных были доступны для допроса конкретного локусов, при подозрении на конкретном синдромному дисбаланса, но он не был до введения массива сравнительной геномной гибридизации (массив ГРЭС) в рутинной клинической диагностики се р в 2-5, что генома обнаружение варианты количества копий (ВКК) стало возможным в значительной степени повышенным разрешением (обычно около 120 КБ). Клиническая работа службы наряду исследований показали, что ВКК для некоторых регионов широко распространены в нормальной популяции 6-7, в то время другой ВКК, ранее обнаружить, связаны с neurodisabilities таких как аутизм и эпилепсия 8-11. Протокол, описанный в этой статье, используются в нашей Национальной службы здравоохранения Великобритании (NHS) клинико-диагностической лаборатории; мы используем новые стратегии гибридизации, испытания партии и робототехники для минимизации затрат в этом состоянии, финансируемых службы. До протокола, указанного ниже, высокое качество ДНК должна быть извлечена из соответствующего исходного материала, общ крови, культивируемых клеток или образцов ткани. Спектрофотометрии можно использовать для измерения концентрации (должно быть&gt; 50 нг / мкл) и проверить 260: 280 коэффициентов абсорбции (б следуете 1,8-2,0). Гель-электрофорез может быть использован, чтобы проверить, что ДНК с высокой молекулярной массой без значительного ухудшения. Этот протокол предназначен для более высокую пропускную способность лабораторий, которые нумерующих 96 проб в перспективе с использованием автоматической обработки робототехники жидкие. Тем не менее, он может быть адаптирован для более низких пропускной лабораторий без автоматизации.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="573">
	<tbody>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Name of Material/ Equipment</td>
			<td style="width:71px;">Company</td>
			<td style="width:119px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:167px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">CGH microarray 8 x 60K</td>
			<td style="width:71px;">Agilent</td>
			<td style="width:119px;">G4126</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Array CGH wash buffers</td>
			<td style="width:71px;">Agilent</td>
			<td style="width:119px;">5188-5226</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Array CGH hybridisation buffer</td>
			<td style="width:71px;">Agilent</td>
			<td style="width:119px;">5188-5380</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Minelute purification kit</td>
			<td style="width:71px;">Qiagen</td>
			<td align="right" style="width:119px;">28006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Array CGH labelling kit</td>
			<td style="width:71px;">Enzo</td>
			<td style="width:119px;">ENZ-42672-0000</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

array comparative genomic hybridization (array cgh) for detection of genomic copy number variants

Array CGH for the detection of genomic copy number variants has replaced G-banded karyotype analysis. This paper describes the technology and its application in a clinical diagnostic service laboratory. DNA extracted from a patient&#8217;s sample (blood, saliva or other tissue types) is labeled with a fluorochrome (either cyanine 5 or cyanine 3). A reference DNA sample is labeled with the opposite fluorochrome. There follows a cleanup step to remove unincorporated nucleotides before the labeled DNAs are mixed and resuspended in a hybridization buffer and applied to an array comprising ~60,000 oligonucleotide probes from loci across the genome, with high probe density in clinically important areas. Following hybridization, the arrays are washed, then scanned and the resulting images are analyzed to measure the red and green fluorescence for each probe. Software is used to assess the quality of each probe measurement, calculate the ratio of red to green fluorescence and detect potential copy number variants.

Каждый зонд на гибридизированной массива визуализируется в виде смеси красных и зеленых флуорохромами (рис 1). Отношение красного до зеленого флуоресцентного сигнала для каждого зонда можно измерить с помощью сканера и соответствующего программного обеспечения участки них ?...

Watch this Scientific Journal Video about Array Comparative Genomic Hybridization Array CGH for Detection of Genomic Copy Number Variants at JoVE.com

Array Comparative Genomic Hybridization Array CGH for Detection of Genomic Copy Number Variants

Массив ГРЭС для обнаружения геномных вариантов числа копий заменил G-полосатую анализ кариотипа. Эта статья описывает технологии и их применение в диагностической лаборатории службы.

Массив сравнительная геномная гибридизация (Array CGH) для обнаружения геномной количество копий Варианты

Array CGH for the detection of genomic copy number variants has replaced G-banded karyotype analysis. This paper describes the technology and its ...

Research

JoVE Journal

Biology

Array Comparative Genomic Hybridization (Array CGH) for Detection of Genomic Copy Number Variants

Isolation of Genomic DNA from Mouse Tails

Выделение геномной ДНК из хвостов мышей

Technical Demonstration of Whole Genome Array Comparative Genomic Hybridization

Техническая демонстрация полного генома массива Сравнительный геномной гибридизации

Array comparative genomic hybridization (array CGH) is a method for detecting gains and losses of DNA segments or gene dosage in the genome 1.  Recent ...

Micro-drive Array for Chronic in vivo Recording: Drive Fabrication

Micro-drive Array for Chronic in vivo Recording: Drive Fabrication

Микро-диск массива при хроническом В естественных условиях Запись: Drive Изготовление

Chronic recording of large populations of neurons is a valuable technique for studying the function of neuronal circuits in awake behaving rats. ...

Micro-drive Array for Chronic in vivo Recording: Tetrode Assembly

Micro-drive Array for Chronic in vivo Recording: Tetrode Assembly

Микро-диск массива при хроническом В естественных условиях Запись: Тетроде Ассамблеи

The tetrode, a bundle of four electrodes, has proven to be a valuable tool for the simultaneous recording of multiple neurons in-vivo.  The differential ...

Large Insert Environmental Genomic Library Production

Большой Вставить экологического производства геномной библиотеки

The vast majority of microbes in nature currently remain inaccessible to traditional cultivation methods. Over the past decade, culture-independent ...

DNA Microarrays: Sample Quality Control, Array Hybridization and Scanning

ДНК-микрочипов: Контроль качества образцов, Array Гибридизация и сканирования

Microarray expression profiling of the nervous system provides a powerful approach to identifying gene activities in different stages of development, ...

Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA

Геномная МРТ - общественный ресурс для изучения последовательности Шаблоны в геномной ДНК

Non-coding genomic regions in complex eukaryotes, including intergenic areas, introns, and untranslated segments of exons, are profoundly non-random in ...

Competitive Genomic Screens of Barcoded Yeast Libraries

Конкурентные Геномная Экраны Barcoded Библиотеки дрожжей

By virtue of advances in next generation sequencing technologies, we have access to new genome sequences almost daily.  The tempo of these advances is ...

Detection of Rare Genomic Variants from Pooled Sequencing Using SPLINTER

Выявление редких геномных вариантов с помощью секвенирования Объединенные SPLINTER

As DNA sequencing technology has markedly advanced in recent years2, it has become increasingly evident that the amount of genetic variation between any ...

Genomic Transformation of the Picoeukaryote Ostreococcus tauri

Genomic Transformation of the Picoeukaryote Ostreococcus tauri

Геномная Трансформация Picoeukaryote<em&gt; Ostreococcus Тельца</em

Common problems hindering rapid progress in Plant Sciences include cellular, tissue and whole organism complexity, and notably the high level of genomic ...