Name: sequence-specific labeling of nucleic acids and proteins with methyltransferases and cofactor analogues
Uploaded: 2014-11-22T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues at JoVE.com

The authors thank Kerstin Glensk for preparing the MTases M.BseCI and Set7/9 and gratefully acknowledge funding by the Excellence Initiative of the German Federal and State Governments and RWTH Aachen University. The authors are happy to provide 6BAz and SeAdoYn or other cofactor analogues for collaborative research.

1. التعليمات العامة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> متجر aziridine العامل المساعد 6BAz (في DMSO) والبروتين MTase Set7 / 9 -80 ° C وجميع الكواشف الأخرى بما في ذلك العامل المساعد المزدوج تنشيط SeAdoYn وDNA MTase M.BseCI (في 50٪ الجلسرين) في -20 ° C. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحديد ترك?...

وضع العلامات من خطوة واحدة من الحمض النووي DNA مع MTases والعوامل المساعدة aziridine (DNA يبتسم) هو وسيلة قوية ولكن ينبغي النظر في بعض الجوانب عند التخطيط للتجربة. العامل المساعد Aziridine: وكان تركيز 6BAz لوضع العلامات DNA مع M.BseCI 60 ميكرومتر. ع?...

وضع العلامات معين من الأحماض النووية والبروتينات 1،2 3،4 هو من مصلحة كبيرة للالأوصاف الوظيفية، والتشخيص الطبي و(نانو) التكنولوجيا الحيوية. هنا نقدم طريقة وضع العلامات الأنزيمي لهذه البوليمرات الحيوية التي تقوم على أساس S -adenosyl-L-ميثيونين (AdoMet أو SAM) ميثيل معتمد على (MTases). هذه الفئة من الأنزيمات (EC 2.1.1.) تستهدف مواقع أليفة النواة الفردية (النيتروجين، والأكسجين والكبريت وذرات الكربون) داخل بقايا معينة من الأحماض النووية والبروتينات وبطبيعة الحال ينقل مجموعة الميثيل تفعيلها من AdoMet العامل المساعد (الشكل 1A) 5. وبالإضافة إلى ذلك، يمكن MTases الاستفادة من نظائرها العامل المساعد الاصطناعية لوضع العلامات المحددة مع بطاقة تقارب، fluorophores أو تسميات أخرى (الشكل 1B) 6. وقد وضعت فئتين من نظائرها AdoMet: العوامل المساعدة Aziridine لS equence محددة M ethyltransferase- I </strong&gt; nduced L هابيل جي (يبتسم) 7 ومزدوجة نظائرها AdoMet تفعيلها للم الموجه ethyltransferase T ransfer من A ctivated roups G (mTAG) 8. <img alt="الشكل 1" fo:content-width="7in" src="/files/ftp_upload/52014/52014fig1highres.jpg" width="700" /> الشكل 1: ردود الفعل يحفزه ميثيل (MTases) A. الميثيل نقل مجموعة من العامل المساعد الطبيعي AdoMet (SAM) إلى ركائز مختلفة بما في ذلك DNA، RNA والبروتينات والجزيئات الحيوية صغيرة B. وصفها / functionalization من الأحماض النووية والبروتينات (NNNNN =. أزواج قاعدة لDNA، RNA النيوكليوتيدات لوالأحماض الأمينية للبروتينات، XXXXX = تسلسل الاعتراف MTase مع بقايا الهدف باللون الأخضر) مع نظائرها العامل المساعد الاصطناعية. العوامل المساعدة Aziridine تحتوي على مجموعة مراسل (المجال الأزرق)تعلق على عصابة الأدينين هي تسلسل جانب تحديدا مع بقايا الهدف (يسار) ومزدوجة تنشيط نظائرها AdoMet تؤدي إلى نقل سلاسل ألكيل بمد يحمل مراسل الكيميائية Y (يمين) والتي يمكن أن توصف عن طريق النقر رد فعل bioorthogonal في الخطوة الثانية. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52014/52014fig1highres.jpg" target="_blank">الرجاء الضغط هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم.</a> العوامل المساعدة Aziridine تعمل بشكل أفضل مع MTases DNA. أنها تحتوي على حلقة membered ثلاثة مع ذرة النيتروجين 9 (أو N -mustard 10،11) بدلا من مركز sulfonium مجموعة رد الفعل كما. إضافة بروتون من هذا ذرة النيتروجين ينشط حلقة aziridine لهجوم أليف النواة من قبل النوكليوتيدات الهدف الذي يؤدي إلى اقتران التساهمية من العامل المساعد كله مع DNA. عن طريق ربط مجموعات المراسل إلى حلقة الأدينين والعوامل المساعدة aziridine يمكن استخدامها في تركيبة مع MTases DNA لتسمية DNA في خطوة واحدة ( <stron<html> ز&gt; الشكل 1B، يسار) 7،12. ويتجلى هذا في التفاصيل لbiotinylation من الحمض النووي مع 6BAz 13-15 (aziridine العامل المساعد مع البيوتين تعلق على موقف 6 من عصابة الأدينين) والأدينين محددة DNA MTase من عصوية دهنية أليفة الحرارة (M.BseCI) 16 (الشكل 2، انظر القسم بروتوكول 2: وضع العلامات خطوة واحدة من الحمض النووي عبر aziridine العوامل المساعدة). بالإضافة إلى M.BseCI (&#39;تسلسل الاعتراف، وMTases DNA من مستحرة مائية (M.TaqI، 5&#39;-TCG A -3 5&#39;-ATCG A T-3)&#39;)، من المستدمية heamolyticus (M.HhaI، 5 &quot;-G C GC-3 &#39;) ومن Spiroplasma (M.SssI، وقد استخدمت 5&#39;- C G-3&#39;) بنجاح لbiotinylate DNA مع 6BAz 17. وعلاوة على ذلك، العوامل المساعدة aziridine يمكن استخدام لخطوة واحدة وضع العلامات DNA مضان 18،19. ontent &quot;FO: المحافظة على together.within صفحة =&quot; دائما &quot;&gt; <img alt="الرقم 2" fo:content-width="7in" src="/files/ftp_upload/52014/52014fig2highres.jpg" width="700" /> الشكل 2: تسلسل محدد من خطوة واحدة biotinylation من الحمض النووي مع M.BseCI و6BAz تعترف DNA MTase M.BseCI تسلسل الحمض النووي المزدوج تقطعت بهم السبل 5&#39;-ATCG A T-3 &quot;وبطبيعة الحال methylates المجموعة الأمينية من الأدينين الثاني بقايا (الأخضر) باستخدام AdoMet. مع العامل المساعد aziridine 6BAz يتم تغيير مسار رد الفعل وM.BseCI يؤدي إلى تسلسل الحمض النووي biotinylation معين عن طريق اقتران العامل المساعد كله بما في ذلك البيوتين (الأزرق) مع الأدينين الهدف. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52014/52014fig2highres.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم.</a> مزدوجة نظائرها AdoMet تنشيط تحتوي على تمديد السلاسل الجانبية غير المشبعة بدلا من مجموعة الميثيل في مركز sulfonium (الشكل 1B </stronز&gt;، أليس كذلك) 20. الرابطة المزدوجة أو الثلاثية غير المشبعة في β-موقف لمركز sulfonium يعوض إلكترونيا الآثار الفراغية غير المواتية داخل الدولة الانتقالية لتحقيق الاستقرار اقترانية. نظرا لأن كلا من مركز sulfonium والسندات غير المشبعة تفعيل الجانب سلسلة لنقل الأنزيمية، تم تسمية هذه العوامل المساعدة نظائرها AdoMet تنشيط نقرا مزدوجا. عادة، يتم استخدامها لنقل سلاسل جنب مع مجموعة فريدة الكيميائية (للصحفيين) الكيميائية، مثل مجموعات الأمينية، آلكاين وأزيد، لوضع العلامات الكيماوي انتقائية في الخطوة الثانية 8،21. بشكل عام، يمكن أن تتضاعف تنشيط نظائرها AdoMet ليس فقط وظيفة العوامل المساعدة لDNA MTases 8،20،21 ولكن أيضا لRNA MTases 22،23 وMTases البروتين 24 - 28 يسمح وضع العلامات إضافية من RNA والبروتينات. ومع ذلك، فإن السلاسل الجانبية الممتدة هي sterically أكثر تطلبا من مجموعة الميثيل وتوسيع المواقع المفعلة MTase بواسطة بروتين الهندسة هو الغفور الرحيمأون المطلوبة للحصول على معدلات نقل فعالة. حل آخر لهذه المشكلة هو استخدام التناظرية AdoMet مع مجموعة صغيرة propargyl (ثلاثة الكربونات) حيث يخدم آلكاين محطة وظيفتين: 1. لتحقيق الاستقرار في الحالة الانتقالية خلال نقل الأنزيمية و2. التعامل مع رد الفعل لمتابعة التعديلات الكيميائية نحاسية المحفزة أزيد آلكاين الإضافة الحلقية (CuAAC) انقر الكيمياء. واتضح أن الناتج propargylic AdoMet التناظرية 29 غير مستقر تماما في ظل ظروف محايدة أو الأساسية قليلا وفقط من الاستخدام المحدود. هذا العيب يمكن أن تكون ثابتة عن طريق استبدال ذرة الكبريت مع السيلينيوم. مما أدى العامل المساعد 5 &#39;- [(سي) [(3 S) -3-الأمينية-3-carboxypropyl] دعامة-2-ynylselenonio] -5&#39;-deoxyadenosine (SeAdoYn، الشكل 3) وقبلها البرية من نوع DNA، RNA وMTases بروتين 30-32 التي تلغي الحاجة للهندسة البروتين في كثير من الحالات. وهذا يتجسد من مضان الموالية<html> وضع العلامات البروتين مع يسين هيستون H3 4 (H3K4) MTase Set7 / 9 33 (الشكل 3، انظر القسم بروتوكول 3: خطوتين وضع العلامات البروتين عن طريق تنشيط العوامل المساعدة مزدوجة). <img alt="الشكل (3)" fo:content-width="7in" src="/files/ftp_upload/52014/52014fig3highres.jpg" width="700" /> الشكل (3): من خطوتين وضع العلامات مضان تسلسل محدد من هيستون H3 مع Set7 / 9، SeAdoYn وطمرة أزيد البروتين MTase Set7 / 9 طبيعيا methylates المجموعة الأمينية يسين 4 في H3 هيستون (H3K4 والأخضر) باستخدام AdoMet. مع العامل المساعد المزدوج تنشيط SeAdoYn في MTase نقل مجموعة propargyl صغيرة (أحمر) إلى بقايا يسين. ثم يتم تعديل رابطة ثلاثية محطة تعلق بشكل انتقائي في bioorthogonal نقرة رد فعل (المحفز النحاس وأزيد آلكاين الإضافة الحلقية، CuAAC) مع أزيد derivatized طمرة (tetramethylrhodamine والأزرق) fluorophore.تحميل / 52014 / 52014fig3highres.jpg &quot;الهدف =&quot; _ فارغة &quot;&gt; الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="669">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Name of Reagent/ Equipment</td>
			<td style="width:139px;">Company</td>
			<td style="width:119px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:167px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">6BAz</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Synthesized according to Weinhold et al., Patent number US 8,129,106, published March 6, 2012.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">&#946;-Mercaptoethanol</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">28625</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Acetic acid</td>
			<td style="width:139px;">Fisher Scientific</td>
			<td align="right" style="width:119px;">10304980</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Acrylamide/Bis Solution, 37.5:1</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">10688</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">UltraPure Agarose</td>
			<td style="width:139px;">Invitrogen</td>
			<td align="right" style="width:119px;">16500100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Ammonium persulfate (APS)</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">13375</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Bis-Tris</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1304</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Boric acid</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1115</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Bromophenol blue Na salt</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right">15375</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Copper(II) sulfate</td>
			<td style="width:139px;">Aldrich</td>
			<td style="width:119px;">C1297</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Chloroform</td>
			<td style="width:139px;">Fisher Scientific</td>
			<td align="right">10020090</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Coomassie Brilliant Blue</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">17525</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">EDTA disodium salt</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1034</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Ethanol</td>
			<td style="width:139px;">Merck</td>
			<td align="right" style="width:119px;">100983</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">GelRed (10000x in water)</td>
			<td style="width:139px;">Biotium</td>
			<td align="right" style="width:119px;">41003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Glycerol (99.5%)</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">2006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">FastRuler Low Range DNA Ladder</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">SM1103</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Histone H3</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Expressionplasmid obtained from Dr. Philipp Voigt and Prof. Danny Reinberg; expression and isolation according to T. J. Richmond et al., J. Mol. Biol. 1997, 272, 301-311.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">M.BseCI</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Expressionplasmid obtained from Dr. Michael Kokkinidis; expression and isolation according to Kapetaniou et al., Acta Cryst. 2006, F63, 12-14.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Methanol</td>
			<td style="width:139px;">Fisher Scientific</td>
			<td align="right" style="width:119px;">10675112</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Magnesiumchloride&#160; hexahydrate</td>
			<td style="width:139px;">J.T. Baker</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">MOPS</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1081</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Sodium chloride</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1112</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pH strip (Neutralit)</td>
			<td style="width:139px;">Merck</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1,095,330,001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pBR322</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">SD0041</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">R.TaqI (10u/&#181;l)</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td>ER0671</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">SeAdoYn</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Synthesized according to Willnow et al., ChemBioChem 2012, 13, 1167-1173.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Set7/9</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Expressionplasmid obtained from Prof. Danny Reinberg, expression and isolation according to D. Reinberg et al., Genes Dev.2002, 16, 479-489.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Streptavidin</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">3058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">(+)-Sodium L-ascorbate</td>
			<td style="width:139px;">Sigma Life Science</td>
			<td style="width:119px;">A7631</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">SDS Granular</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1833</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">di-Sodiumhydrogenphosphat</td>
			<td style="width:139px;">Merck</td>
			<td align="right" style="width:119px;">106,586</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">TAMRA-azide</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">TaqI buffer (10x)</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">B28</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:245px;">N,N,N&#39;,N&#39;-Tetramethylethylenediamine (TEMED)</td>
			<td style="width:139px;">Acros Organics</td>
			<td align="right" style="width:119px;">42058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Tris-HCl</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1028</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Tris-X (TRIS-base)</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1018</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:245px;">Tris(3-hydroxypropyltriazolyl-methyl)amine (THPTA)</td>
			<td style="width:139px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td align="right" style="width:119px;">762342</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

sequence-specific labeling of nucleic acids and proteins with methyltransferases and cofactor analogues

S -Adenosyl-L-ميثيونين (AdoMet أو SAM) ميثيل معتمد على (MTase) تحفز نقل مجموعة الميثيل تفعيلها من AdoMet إلى مواقع محددة في DNA، RNA والبروتينات والجزيئات الحيوية الصغيرة. يمكن توسيع هذا رد فعل مثيلة الطبيعي لمجموعة واسعة من ردود الفعل الألكلة باستخدام نظائرها العامل المساعد الاصطناعية. استبدال مركز sulfonium رد الفعل من AdoMet مع حلقة aziridine يؤدي إلى العوامل المساعدة التي يمكن أن يقترن مع الحمض النووي DNA من قبل MTases المختلفة. يمكن تجهيز هذه العوامل المساعدة aziridine مع جماعات مراسل في مواقع مختلفة من شاردة الأدينين واستخدامها لS M equence محددة ethyltransferase- I nduced جي L هابيل من الحمض النووي (DNA يبتسم). وكمثال نموذجي نعطي بروتوكول للbiotinylation من DNA البلازميد pBR322 في التسلسل 5&#39;-ATCG A T-3 &quot;مع DNA MTase M.BseCI والعامل المساعد aziridine 6BAz فيخطوة واحدة. تمديد مجموعة الميثيل تفعيلها مع غير المشبعة النتائج الألكيل في فئة أخرى من نظائرها AdoMet التي تستخدم لم الموجه ethyltransferase T ransfer من A roups G ctivated (mTAG). منذ يتم تنشيط الجانب سلاسل طويلة من قبل مركز sulfonium والسندات غير المشبعة، وتسمى هذه العوامل المساعدة نظائرها AdoMet تنشيط نقرا مزدوجا. هذه نظائرها وظيفة ليس فقط باعتبارها العوامل المساعدة لMTases DNA، مثل العوامل المساعدة aziridine، ولكن أيضا لRNA والبروتين وMTases جزيء صغير. وعادة ما يتم استخدامها لتعديل الأنزيمية من ركائز MTase مع المجموعات الوظيفية الفريدة التي وصفت مع جماعات مراسل في خطوة الكيميائية الثانية. ويتمثل هذا في بروتوكول لوضع العلامات مضان من البروتين هيستون H3. يتم نقل مجموعة propargyl صغيرة من SeAdoYn العامل المساعد التناظرية إلى البروتين بواسطة يسين هيستون H3 4 (H3K4) MTase Set7 / 9 تليها بنقرة وضع العلامات للalkynylated H3 هيستون مع طمرة أزيد. وضع العلامات MTase بوساطة مع نظائرها العامل المساعد هو عبارة عن تقنية تمكن للعديد من التطبيقات المثيرة بما في ذلك تحديد ودراسة وظيفية من ركائز MTase فضلا عن التنميط الجيني DNA وكشف الحامض.

خطوة واحدة وصفها من الحمض النووي عبر Aziridine العوامل المساعدة ويتم هذا التفاعل سبيل المثال بها مع DNA MTase M.BseCI، الذي يعدل بقايا الأدينين الثانية ضمن 5&#39;-ATCG A T-3 &quot;تسلسل المزدوج تقطعت بهم السبل، ولها موقع اعتراف واحد على ...

Watch this Scientific Journal Video about Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues at JoVE.com

Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues

وصفت DNA والبروتينات تسلسل تحديدا مع تقارب أو مجموعات مراسل الفلورسنت باستخدام الحمض النووي أو البروتين ميثيل ونظائرها العامل المساعد الاصطناعية. اعتمادا على خصوصية العامل المساعد للأنزيمات، aziridine أو مزدوجة نظائرها العامل المساعد تنشيط يعملون لواحد أو اثنين من خطوة وصفها.

وصفها تسلسل معين من الأحماض النووية والبروتينات مع ميثيل والعامل المساعد النظائر

S-Adenosyl-l-methionine (AdoMet or SAM)-dependent methyltransferases (MTase) catalyze the transfer of the activated methyl group from AdoMet to specific ...

Research

JoVE Journal

Biology

Immunofluorescent Detection of Two Thymidine Analogues (CldU and IdU) in Primary Tissue

Immunofluorescent Detection of Two Thymidine Analogues CldU and IdU in Primary Tissue

مناعي الكشف عن النظائر ثيميدين الثاني (CldU وإيدو) في الأنسجة الابتدائية

Accurate measurement of cell division is a fundamental challenge in experimental biology that becomes increasingly complex when slowly dividing cells are ...

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry (CCMS)

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry CCMS

التنميط وغيره من Methyltransferases S - adenosyl - L - الهموسيستين ملزم البروتينات المركبة من قبل التقاط الطيف الكتلي (CCMS)

There is a variety of approaches to reduce the complexity of the proteome on the basis of functional small molecule-protein interactions such as affinity ...

NanoDrop Microvolume Quantitation of Nucleic Acids

NanoDrop Microvolume الكميات من الأحماض النووية

Biomolecular assays are continually being developed that use progressively smaller amounts of material, often precluding the use of conventional ...

Examining the Conformational Dynamics of Membrane Proteins in situ with Site-directed Fluorescence Labeling

Examining the Conformational Dynamics of Membrane Proteins in situ with Site-directed Fluorescence Labeling

دراسة ديناميكية بتكوين جزئي للبروتينات الغشاء في الموقع مع الموقع الموجه وصفها الإسفار

Two electrode voltage clamp electrophysiology (TEVC) is a powerful tool to investigate the mechanism of ion transport1 for a wide variety of membrane ...

Lineage Labeling of Zebrafish Cells with Laser Uncagable Fluorescein Dextran

الوسم نسب خلايا اسماك الزرد مع فلوريسئين الليزر ديكستران Uncagable

A central problem in developmental biology is to deduce the origin of the myriad cell types present in vertebrates as they arise from undifferentiated ...

Concentration Determination of Nucleic Acids and Proteins Using the Micro-volume Bio-spec Nano Spectrophotometer

تعيين تركيز الأحماض النووية والبروتينات باستخدام الصغرى ، حجم الطيف نانو بيو المواصفات

Nucleic Acid quantitation procedures have advanced significantly in the last three decades.  More and more, molecular biologists require consistent ...

ReAsH/FlAsH Labeling and Image Analysis of Tetracysteine Sensor Proteins in Cells

ReAsH / فلاش الوسم وتحليل صورة البروتينات في خلايا الاستشعار Tetracysteine

Fluorescent proteins and dyes are essential tools for the study of protein trafficking, localization and function in cells.  While fluorescent 
proteins ...

Metabolic Pathway Confirmation and Discovery Through 13C-labeling of Proteinogenic Amino Acids

Metabolic Pathway Confirmation and Discovery Through 13C-labeling of Proteinogenic Amino Acids

تأكيد المسار الأيضي والاكتشاف من خلال 13 C - وضع العلامات من الأحماض الأمينية Proteinogenic

Microbes have complex metabolic pathways that can be investigated using biochemistry and functional genomics methods. One important technique to examine ...

Measuring Cell Cycle Progression Kinetics with Metabolic Labeling and Flow Cytometry

قياس حركية تقدم دورة الخلية مع وصفها الأيض والتدفق الخلوي

Precise control of the initiation and subsequent progression through the various phases of the cell cycle are of paramount importance in proliferating ...

Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA

تحليل وبناء هياكل الحمض النووي مع 3DNA

The 3DNA software package is a popular and versatile bioinformatics tool with capabilities to analyze, construct, and visualize three-dimensional nucleic ...