Name: sequence-specific labeling of nucleic acids and proteins with methyltransferases and cofactor analogues
Uploaded: 2014-11-22T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues at JoVE.com

The authors thank Kerstin Glensk for preparing the MTases M.BseCI and Set7/9 and gratefully acknowledge funding by the Excellence Initiative of the German Federal and State Governments and RWTH Aachen University. The authors are happy to provide 6BAz and SeAdoYn or other cofactor analogues for collaborative research.

1. Generelle instruktioner <ol><li> Store aziridin cofaktor 6BAz (i DMSO) og protein MTase set7 / 9 ved -80 ° C, og alle andre reagenser, herunder dobbelt-aktiveret cofaktor SeAdoYn og DNA MTase M.BseCI (i 50% glycerol) ved -20 ° C. </li><li> Bestem koncentrationen af 6BAz og SeAdoYn via UV / Vis-spektroskopi hjælp extinktionskoefficienterne ε 269 nm (6BAz) = 16.000 cm -1 M -1 og ε 260 nm (SeAdoYn) = 15400 cm-1 M-1 i deioniseret vand. Bestemme koncen...

Et-trins mærkning af DNA med DNA MTases og aziridinforbindelser cofaktorer (smiler DNA) er en robust metode, men nogle aspekter bør overvejes, når planlægningen af ​​forsøget. Aziridinen cofaktor: The 6BAz koncentration for DNA-mærkning med M.BseCI var 60 pm. Ved brug af andre DNA MTases cofaktoren koncentrationen bør optimeres, f.eks koncentrationer så lave som 20 uM har været ansat med DNA MTase M.TaqI 19. Lave 6BAz koncentrationer har den fordel, ...

Særlig mærkning af nukleinsyrer 1,2 og proteiner 3,4 er af stor interesse for funktionelle karakteriseringer, medicinsk diagnose og (nano) bioteknologi. Her præsenterer vi en enzymatisk mærkning metode til disse biopolymerer som er baseret på S -adenosyl-L-methionin (AdoMet eller SAM) -afhængig methyltransferaser (MTases). Denne klasse af enzymer (EF 2.1.1.) Er rettet mod individuelle nukleofile positioner (nitrogen, oxygen, svovl og carbonatomer) inden for specifikke rester af nukleinsyrer og proteiner og naturligt overfører det aktiverede methylgruppe af cofaktor AdoMet (figur 1A) 5. Desuden kan MTases udnytte syntetiske cofaktor analoger til særlig mærkning med affinitetsmærker, fluorophorer eller andre mærker (Figur 1B) 6. To klasser af AdoMet analoger er blevet udviklet: aziridinen cofaktorer for S Equence-specifikke M ethyltransferase- I </strong&gt; Nduced L abel ing (smiler) 7 og dobbelt aktiverede AdoMet analoger til m ethyltransferase-rettet T ransfer af A ctivated G roups (mTAG) 8. <img alt="Figur 1" fo:content-width="7in" src="/files/ftp_upload/52014/52014fig1highres.jpg" width="700" /> Figur 1: Reaktioner katalyseret af methyltransferaser (MTases) A. Methyl gruppe overførsel fra den naturlige cofaktor AdoMet (SAM) til forskellige substrater, herunder DNA, RNA, proteiner og små biomolekyler B. Mærkning / funktionalisering af nukleinsyrer og proteiner (NNNNN =.. basepar til DNA, nukleotider for RNA og aminosyrer til proteiner; XXXXX = genkendelsessekvens af MTase med målresten i grøn) med syntetiske cofaktor analoger. Aziridinen cofaktorer indeholdende en reportergruppe (blå kugle)fastgjort til adeninringen er sekvens specifikt koblet med målresten (til venstre) og dobbelt-aktiveret AdoMet analoger føre overføre udvidede alkylkæder bærer en kemisk reporter Y (højre), som kan mærkes ved bioorthogonal Click-reaktion i et andet trin. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52014/52014fig1highres.jpg" target="_blank">Klik her for at se en større udgave af dette tal.</a> Aziridinen cofaktorer fungerer bedst med DNA MTases. De indeholder en tre-leddet ring med et nitrogenatom 9 (eller et N -mustard 10,11) i stedet for sulfonium center som reaktiv gruppe. Protonering af dette nitrogenatom aktiverer aziridinringen for nukleofilt angreb af targetnukleotidsekvensen som fører til kovalent kobling af hele cofaktor med DNA. Ved at binde reportergrupper til adeninringen aziridinen cofaktorer kan anvendes i kombination med DNA MTases at mærke DNA i et trin ( <stron<html> g&gt; Figur 1B, venstre) 7,12. Dette påvises i detaljer for biotinylering af DNA med 6BAz 13-15 (aziridin cofaktor med biotin bundet til 6-stillingen af adeninringen) og adenin-specifik DNA MTase fra Bacillus stearothermophilus (M.BseCI) 16 (figur 2, se protokol sektion 2: Et-trins mærkning af DNA via aziridinforbindelser cofaktorer). Ud over M.BseCI (5&#39;-ATCG A T-3 &#39;genkendelsessekvens) DNA MTases fra Thermus aquaticus (M.TaqI, 5&#39;-TCG A -3&#39;) fra Haemophilus heamolyticus (M.HhaI 5 »-G C GC-3 &#39;) og fra Spiroplasma (M.SssI har 5&#39;C G-3&#39;) med succes blevet brugt til at biotinylere DNA med 6BAz 17. Desuden kan aziridinforbindelser cofaktorer anvendes til et-trins fluorescens DNA-mærkning 18,19. Indholdsproduktion &quot;FO: keep-together.within-side =&quot; altid &quot;&gt; <img alt="Figur 2" fo:content-width="7in" src="/files/ftp_upload/52014/52014fig2highres.jpg" width="700" /> Figur 2:. Sekvensspecifikke ettrins-biotinylering af DNA med M.BseCI og 6BAz DNA MTase M.BseCI genkender den dobbeltstrengede DNA-sekvens 5&#39;-ATCG A T-3 &#39;og naturligt methylerer aminogruppen i den anden adenin Resten (grøn) ved hjælp af AdoMet. Med aziridinen cofaktor 6BAz løbet af reaktionen ændres og M.BseCI fører til sekventere specifik DNA biotinylering ved at koble hele cofaktor herunder biotin (blå) med mål adenin. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52014/52014fig2highres.jpg" target="_blank">Klik her for at se en større udgave af dette tal.</a> Dobbelte aktiverede AdoMet analoger indeholder udvidet umættede sidekæder i stedet for en methylgruppe på sulfonium centrum (figur 1B </strong&gt;, højre) 20. Den umættede dobbelt eller tredobbelt binding i β-holdning til sulfonium center elektronisk kompenserer ugunstige steriske virkninger inden overgangstilstanden via konjugering stabilisering. Da både sulfonium centrum og umættet binding aktivere sidekæden til enzymatisk overførsel, blev disse cofaktorer navngivet dobbelt aktiverede AdoMet analoger. Typisk bliver de brugt til at overføre sidekæder med unikke kemiske grupper (kemiske reportere), ligesom amino, alkyn og azidgrupper, for kemo-selektiv mærkning i et andet trin 8,21. Generelt kan dobbeltklikke aktiveret AdoMet analoger ikke blot fungerer som cofaktorer til DNA MTases 8,20,21, men også for RNA MTases 22,23 og proteinafgrøder MTases 24-28 muliggør supplerende mærkning af RNA og proteiner. Men de udvidede sidekæder er sterisk mere krævende end en methylgruppe og udvide MTase aktive steder af protein engineering er ofteDA kræves for at opnå effektive overførselshastigheder. En anden løsning på dette problem er at anvende en AdoMet analog med en lille propargylgruppe (tre carbonatomer), hvor den terminale alkyn tjener to funktioner: 1. Stabilisering af overgangen tilstand under enzymatisk overførsel og 2. reaktiv håndtag til følgende kemiske modifikationer af kobber- katalyseret azid-alkyn cycloaddition (CuAAC) klik kemi. Det viste sig, at den resulterende propargylic AdoMet analog 29 er ganske ustabil under neutrale eller let basiske betingelser og kun af begrænset nytte. Denne ulempe kan fastsættes ved at erstatte svovlatomet med selen. Den resulterende cofaktor 5 &#39;- [(Se) [(3 S) -3-amino-3-carboxypropyl] prop-2-ynylselenonio] -5&#39;-deoxyadenosin (SeAdoYn, figur 3) er accepteret af vildtype-DNA, RNA og protein MTases 30-32 som ophæver behovet for protein engineering i mange tilfælde. Dette er eksemplificeret ved fluorescens pro<html> tein mærkning med histon H3 lysin 4 (H3K4) MTase set7 / 9 33 (figur 3, se protokol afsnit 3: To skridt protein mærkning via dobbelte aktiverede cofaktorer). <img alt="Figur 3" fo:content-width="7in" src="/files/ftp_upload/52014/52014fig3highres.jpg" width="700" /> Figur 3:. Sekvens-specifikke totrins fluorescens mærkning af histon H3 med set7 / 9 SeAdoYn og TAMRA azid protein MTase set7 / 9 naturligt methylerer aminogruppen i lysin 4 i histon H3 (H3K4, grøn) ved hjælp af AdoMet. Med dobbelt-aktiverede cofaktor SeAdoYn den MTase overfører en lille propargylgruppe (rød) til lysinresten. Vedlagte terminal trippelbinding derefter selektivt modificeret på en bioorthogonal klik reaktion (kobber-katalyseret azid-alkyn cycloaddition, CuAAC) med azid-derivatiseret TAMRA (tetramethylrhodamin, blå) fluorophor.load / 52014 / 52014fig3highres.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; Klik her for at se en større udgave af dette tal.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="669">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Name of Reagent/ Equipment</td>
			<td style="width:139px;">Company</td>
			<td style="width:119px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:167px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">6BAz</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Synthesized according to Weinhold et al., Patent number US 8,129,106, published March 6, 2012.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">&#946;-Mercaptoethanol</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">28625</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Acetic acid</td>
			<td style="width:139px;">Fisher Scientific</td>
			<td align="right" style="width:119px;">10304980</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Acrylamide/Bis Solution, 37.5:1</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">10688</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">UltraPure Agarose</td>
			<td style="width:139px;">Invitrogen</td>
			<td align="right" style="width:119px;">16500100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Ammonium persulfate (APS)</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">13375</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Bis-Tris</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1304</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Boric acid</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1115</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Bromophenol blue Na salt</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right">15375</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Copper(II) sulfate</td>
			<td style="width:139px;">Aldrich</td>
			<td style="width:119px;">C1297</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Chloroform</td>
			<td style="width:139px;">Fisher Scientific</td>
			<td align="right">10020090</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Coomassie Brilliant Blue</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">17525</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">EDTA disodium salt</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1034</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Ethanol</td>
			<td style="width:139px;">Merck</td>
			<td align="right" style="width:119px;">100983</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">GelRed (10000x in water)</td>
			<td style="width:139px;">Biotium</td>
			<td align="right" style="width:119px;">41003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Glycerol (99.5%)</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">2006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">FastRuler Low Range DNA Ladder</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">SM1103</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Histone H3</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Expressionplasmid obtained from Dr. Philipp Voigt and Prof. Danny Reinberg; expression and isolation according to T. J. Richmond et al., J. Mol. Biol. 1997, 272, 301-311.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">M.BseCI</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Expressionplasmid obtained from Dr. Michael Kokkinidis; expression and isolation according to Kapetaniou et al., Acta Cryst. 2006, F63, 12-14.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Methanol</td>
			<td style="width:139px;">Fisher Scientific</td>
			<td align="right" style="width:119px;">10675112</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Magnesiumchloride&#160; hexahydrate</td>
			<td style="width:139px;">J.T. Baker</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">MOPS</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1081</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Sodium chloride</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1112</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pH strip (Neutralit)</td>
			<td style="width:139px;">Merck</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1,095,330,001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pBR322</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">SD0041</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">R.TaqI (10u/&#181;l)</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td>ER0671</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">SeAdoYn</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Synthesized according to Willnow et al., ChemBioChem 2012, 13, 1167-1173.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Set7/9</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Expressionplasmid obtained from Prof. Danny Reinberg, expression and isolation according to D. Reinberg et al., Genes Dev.2002, 16, 479-489.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Streptavidin</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">3058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">(+)-Sodium L-ascorbate</td>
			<td style="width:139px;">Sigma Life Science</td>
			<td style="width:119px;">A7631</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">SDS Granular</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1833</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">di-Sodiumhydrogenphosphat</td>
			<td style="width:139px;">Merck</td>
			<td align="right" style="width:119px;">106,586</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">TAMRA-azide</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">TaqI buffer (10x)</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">B28</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:245px;">N,N,N&#39;,N&#39;-Tetramethylethylenediamine (TEMED)</td>
			<td style="width:139px;">Acros Organics</td>
			<td align="right" style="width:119px;">42058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Tris-HCl</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1028</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Tris-X (TRIS-base)</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1018</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:245px;">Tris(3-hydroxypropyltriazolyl-methyl)amine (THPTA)</td>
			<td style="width:139px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td align="right" style="width:119px;">762342</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

sequence-specific labeling of nucleic acids and proteins with methyltransferases and cofactor analogues

S -Adenosyl-L-methionin (AdoMet eller SAM) -afhængig methyltransferaser (MTase) katalyserer overførsel af den aktiverede methylgruppe fra AdoMet til bestemte positioner i DNA, RNA, proteiner og små biomolekyler. Denne naturlige methyleringsreaktion kan udvides til en bred vifte af alkyleringsreaktioner anvendelse af syntetiske cofaktor analoger. Udskiftning af den reaktive sulfonium centrum af AdoMet med en aziridinring fører til cofaktorer, som kan kobles med DNA ved forskellige DNA MTases. Disse aziridinforbindelser cofaktorer kan udstyres med reportergrupper ved forskellige positioner af adeningruppen og anvendt til S Equence-specifikke M ethyltransferase- jeg nduced L abel ning af DNA (SMILING DNA). Som et typisk eksempel giver vi en protokol til biotinylering af pBR322 plasmid-DNA i 5&#39;-ATCG A T-3&#39;-sekvensen med DNA MTase M.BseCI og aziridin cofaktor 6BAz iet trin. Forlængelse af den aktiverede methylgruppe med umættede alkylgrupper resulterer i en anden klasse af AdoMet analoger, som anvendes til m ethyltransferase-rettet T ransfer af A ctivated G roups (mTAG). Da de udvidede sidekæder aktiveres ved sulfonium centrum og umættet binding, er disse cofaktorer kaldes dobbelt aktiverede AdoMet analoger. Disse analoger ikke kun fungerer som cofaktorer for DNA MTases, ligesom aziridin cofaktorer, men også til RNA, protein og små molekyler MTases. De anvendes typisk til enzymatisk modifikation af MTase substrater med unikke funktionelle grupper, der er mærket med reportergrupper i en anden kemisk trin. Dette er eksemplificeret i en protokol til fluorescens mærkning af histon H3 protein. En lille propargylgruppe overføres fra cofaktor analog SeAdoYn til proteinet af histon H3 lysin 4 (H3K4) MTase set7 / 9 efterfulgt af klik mærkningalkynylated histon H3 med TAMRA azid. MTase-medieret mærkning med cofaktor analoger er en nødvendig teknologi for mange spændende applikationer, herunder identifikation og funktionel undersøgelse af MTase substrater samt DNA genotypebestemmelse og methylering detektion.

Et-trins Mærkning af DNA via aziridinen Cofaktorer Dette eksempel reaktion udføres med DNA MTase M.BseCI, som ændrer den anden adeninrest inden den dobbeltstrengede 5&#39;-ATCG A T-3&#39;-sekvensen og har en genkendelsessted på pBR322 plasmid (figur 4A). For at teste plasmid mærkning er pBR322 udfordret med restriktionsendonukleasen (REase) R.TaqI (5&#39;-TCGA-3 &#39;). R.TaqI har syv steder på pBR322, hvoraf den ene er inkluderet i M.BseCI si...

Watch this Scientific Journal Video about Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues at JoVE.com

Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues

DNA og proteiner sekvens-specifikt mærket med affinitet eller fluorescerende reportergrupper hjælp af DNA eller protein methyltransferaser og syntetiske cofaktor analoger. Afhængigt af cofaktor specificitet enzymer, aziridinen eller dobbelt aktiverede cofaktor analoger er ansat for en- eller to-trins mærkning.

Sekvens-specifik mærkning af nukleinsyrer og proteiner med methyltransferaser og cofaktor Analoger

S-Adenosyl-l-methionine (AdoMet or SAM)-dependent methyltransferases (MTase) catalyze the transfer of the activated methyl group from AdoMet to specific ...

Research

JoVE Journal

Biology

Immunofluorescent Detection of Two Thymidine Analogues (CldU and IdU) in Primary Tissue

Immunofluorescent Detection of Two Thymidine Analogues CldU and IdU in Primary Tissue

Accurate measurement of cell division is a fundamental challenge in experimental biology that becomes increasingly complex when slowly dividing cells are ...

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry (CCMS)

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry CCMS

There is a variety of approaches to reduce the complexity of the proteome on the basis of functional small molecule-protein interactions such as affinity ...

NanoDrop Microvolume Quantitation of Nucleic Acids

Biomolecular assays are continually being developed that use progressively smaller amounts of material, often precluding the use of conventional ...

Examining the Conformational Dynamics of Membrane Proteins in situ with Site-directed Fluorescence Labeling

Examining the Conformational Dynamics of Membrane Proteins in situ with Site-directed Fluorescence Labeling

Two electrode voltage clamp electrophysiology (TEVC) is a powerful tool to investigate the mechanism of ion transport1 for a wide variety of membrane ...

Lineage Labeling of Zebrafish Cells with Laser Uncagable Fluorescein Dextran

A central problem in developmental biology is to deduce the origin of the myriad cell types present in vertebrates as they arise from undifferentiated ...

Concentration Determination of Nucleic Acids and Proteins Using the Micro-volume Bio-spec Nano Spectrophotometer

Nucleic Acid quantitation procedures have advanced significantly in the last three decades.  More and more, molecular biologists require consistent ...

ReAsH/FlAsH Labeling and Image Analysis of Tetracysteine Sensor Proteins in Cells

Fluorescent proteins and dyes are essential tools for the study of protein trafficking, localization and function in cells.  While fluorescent 
proteins ...

Metabolic Pathway Confirmation and Discovery Through 13C-labeling of Proteinogenic Amino Acids

Metabolic Pathway Confirmation and Discovery Through 13C-labeling of Proteinogenic Amino Acids

Metaboliseringsvej Bekræftelse og Discovery Gennem 13 C-mærkning af proteinogene aminosyrer

Microbes have complex metabolic pathways that can be investigated using biochemistry and functional genomics methods. One important technique to examine ...

Measuring Cell Cycle Progression Kinetics with Metabolic Labeling and Flow Cytometry

Måling cellecyklusprogression Kinetics med metabolisk mærkning og Flowcytometri

Precise control of the initiation and subsequent progression through the various phases of the cell cycle are of paramount importance in proliferating ...

Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA

Analysere og Building nukleinsyrestrukturer med 3DNA

The 3DNA software package is a popular and versatile bioinformatics tool with capabilities to analyze, construct, and visualize three-dimensional nucleic ...