Name: sequence-specific labeling of nucleic acids and proteins with methyltransferases and cofactor analogues
Uploaded: 2014-11-22T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues at JoVE.com

The authors thank Kerstin Glensk for preparing the MTases M.BseCI and Set7/9 and gratefully acknowledge funding by the Excellence Initiative of the German Federal and State Governments and RWTH Aachen University. The authors are happy to provide 6BAz and SeAdoYn or other cofactor analogues for collaborative research.

1. Algemene instructies <ol><li> WINKEL aziridine cofactor 6BAz (in DMSO) en proteïne MTase Set7 / 9 bij -80 ° C en alle andere reagentia zoals dubbele-geactiveerde cofactor SeAdoYn en DNA MTase M.BseCI (in 50% glycerol) bij -20 ° C. </li><li> Bepaal de concentratie van 6BAz en SeAdoYn via UV / Vis spectroscopie met behulp van de extinctiecoëfficiënten ε 269nm (6BAz) = 16.000 cm -1 M -1 en ε 260 nm (SeAdoYn) = 15.400 cm -1 M -1 in gedeï...

One-step etikettering van DNA met DNA MTases en aziridine- cofactoren (Glimlachend DNA) is een robuuste methode, maar sommige aspecten moeten worden overwogen bij de planning van het experiment. Aziridine cofactor: De 6BAz concentratie DNA labeling met M.BseCI was 60 uM. Wanneer andere DNA MTases de cofactor concentratie worden geoptimaliseerd, bijvoorbeeld concentraties van slechts 20 pM werden toegepast bij de DNA MTase M.TaqI 19. Lage 6BAz concentraties hebben...

Specifieke kenmerken van nucleïnezuren 1,2 en eiwitten 3,4 is van groot belang voor de functionele karakteriseringen, medische diagnose en (nano) biotechnologie. Hier presenteren we een enzymatische labeling methode die biopolymeren die is gebaseerd op S -adenosyl-l-methionine (AdoMet of SAM) -afhankelijke methyltransferase (MTases). Deze klasse van enzymen (EC 2.1.1.) Richt afzonderlijke nucleofiele posities (stikstof, zuurstof, zwavel en koolstofatomen) binnen bepaalde residuen van nucleïnezuren en eiwitten en natuurlijk brengt de geactiveerde methylgroep van de cofactor AdoMet (figuur 1A) 5. Bovendien kunnen MTases gebruik cofactor synthetische analogen voor specifieke labeling met affiniteit tags fluoroforen of andere labels (Figuur 1B) 6. Twee klassen AdoMet analogen ontwikkeld: Aziridine cofactoren voor S equence specifieke M ethyltransferase- I </strong&gt; Nduced L abel ing (glimlachend) 7 en dubbele geactiveerd AdoMet analogen voor m-ethyltransferase geregisseerd T ransfer van A ctivated G de andere groepen (mTAG) 8. <img alt="Figuur 1" fo:content-width="7in" src="/files/ftp_upload/52014/52014fig1highres.jpg" width="700" /> Figuur 1: gekatalyseerd door methyltransferase (MTases) A. Methyl groepstransfer van de natuurlijke cofactor AdoMet (SAM) op diverse substraten, waaronder DNA, RNA, eiwitten en kleine biomoleculen B. Labeling / functionalisering van nucleïnezuren en eiwitten (NNNNN =.. basenparen van DNA nucleotiden voor RNA en aminozuren voor eiwitten; XXXXX = herkenningssequentie van de MTase met doel residuen in groen) met synthetische analoga cofactor. Aziridine- co-factoren die een reporter groep (blauwe bol)aan de adenine ring zijn sequentie specifiek gekoppeld aan het doel residu (links) en dubbel-geactiveerde AdoMet analogen leiden tot de overdracht van uitgebreide alkylketens die een chemische reporter Y (rechts) die aan bioorthogonal click reactie in een tweede stap kan worden gelabeld. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52014/52014fig1highres.jpg" target="_blank">Klik hier om een grotere versie van deze afbeelding te bekijken.</a> Aziridine- cofactoren het beste werken met DNA MTases. Ze bevatten een drieledige ring met een stikstofatoom 9 (of een N -mustard 10,11) in plaats van het sulfonium centrum als reactieve groep. Protonering van het stikstofatoom activeert de aziridine ring voor nucleofiele aanval van de doelwitnucleotidesequentie die leidt tot het koppelen van de gehele cofactor met DNA covalente. Door het aanbrengen reportergroepen de adenine ring de aziridine cofactoren kunnen worden gebruikt in combinatie met DNA MTases DNA label in één stap ( <stron<html> g&gt; Figuur 1B, links) 7,12. Dit blijkt in detail de biotinylering van DNA met 6BAz 13-15 (aziridine cofactor met biotine gehecht aan de 6 positie van de adenine ring) en adenine-specifieke DNA MTase uit Bacillus stearothermophilus (M.BseCI) 16 (figuur 2, zie protocol sectie 2: Eén-stap etikettering van DNA via aziridine- co-factoren). Naast M.BseCI (5&#39;-ATCG A T-3 &#39;herkenningssequentie), het DNA MTases uit Thermus aquaticus (M.TaqI, 5&#39;-TCG A -3&#39;) van Haemophilus heamolyticus (M.HhaI, 5 &#39;-G C GC-3&#39;) en van Spiroplasma (M.SssI, 5&#39;-CG-3 &#39;) zijn met succes gebruikt om DNA biotinyleren met 6BAz 17. Bovendien kan aziridine cofactoren worden voor één stap fluorescentie DNA labeling 18,19. NHOUD &quot;fo: keep-together.within-page =&quot; always &quot;&gt; <img alt="Figuur 2" fo:content-width="7in" src="/files/ftp_upload/52014/52014fig2highres.jpg" width="700" /> Figuur 2:. Sequentiespecifieke één stap biotinylering DNA met M.BseCI en 6BAz De DNA MTase M.BseCI herkent de dubbelstrengige DNA-sequentie 5&#39;-ATCG A T-3 &#39;en natuurlijk methyleert de aminogroep van het tweede adenine residu (groen) met behulp van AdoMet. Met de aziridine- cofactor 6BAz het verloop van de reactie wordt veranderd en M.BseCI leidt tot specifieke DNA biotinilatie sequencen door het koppelen van de hele cofactor waaronder biotine (blauw) met het doel adenine. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52014/52014fig2highres.jpg" target="_blank">Klik hier om een grotere versie van deze afbeelding te bekijken.</a> Dubbele geactiveerd AdoMet analogen bevatten verlengd onverzadigde zijketens in plaats van een methylgroep op de sulfonium centrum (Figuur 1B </strong&gt;, rechts) 20. De onverzadigde dubbele of drievoudige binding in β-positie om de sulfonium- centrum compenseert elektronisch ongunstige sterische effecten binnen de transitie staat via conjugatie stabilisatie. Aangezien zowel de sulfonium- centrum en het onverzadigde binding activeert de zijketen voor enzymatische overdracht, werden deze co-factoren genoemd dubbel-geactiveerde AdoMet analogen. Meestal worden ze gebruikt om zijketens dragen met unieke chemische groepen (chemische reporters), zoals aminozuren, alkyne en azide groepen, voor chemo-selectieve etikettering in een tweede stap 8,21. In het algemeen, dubbel-geactiveerde AdoMet analogen niet alleen kan functioneren als co-factoren voor DNA MTases 8,20,21, maar ook voor RNA MTases 22,23 en eiwit MTases 24-28 waardoor aanvullende etikettering van RNA en eiwitten. Echter, de uitgebreide zijketens zijn sterisch veeleisender dan een methylgroep en het vergroten van de MTase actieve sites door het eiwit engineering is often die nodig is om efficiënt overdrachtsnelheden te verkrijgen. Een andere oplossing voor dit probleem is een AdoMet analoge gebruiken met een kleine propargyl groep (drie koolstofatomen) wanneer de terminal alkyn heeft twee functies: 1. Stabilisatie van de overgangstoestand tijdens enzymatische overdracht en 2. reactief handvat volgende chemische modificaties van koper- gekatalyseerde azide-alkyn cycloadditie (CuAAC) click chemie. Het bleek dat de resulterende propargyl AdoMet analoog 29 is vrij onstabiel onder neutrale of enigszins basische omstandigheden en slechts van beperkt nut. Dit nadeel kan worden verholpen door het vervangen van het zwavelatoom met selenium. De resulterende cofactor 5 &#39;- [(Se) [(3S) -3-amino-3- carboxypropyl] prop-2-ynylselenonio] 5&#39;-deoxyadenosine (SeAdoYn, figuur 3) wordt door wild-type DNA aanvaard, RNA en eiwit MTases 30-32 waarin de behoefte aan eiwit-engineering in veel gevallen af te schaffen. Dit wordt geïllustreerd door fluorescentie pro<html> Tein etikettering met de histon H3 lysine 4 (H3K4) MTase Set7 / 9 33 (Figuur 3, zie protocol hoofdstuk 3: Two-step eiwitmarkerend via dubbele geactiveerde co-factoren). <img alt="Figuur 3" fo:content-width="7in" src="/files/ftp_upload/52014/52014fig3highres.jpg" width="700" /> Figuur 3:. Sequentie-specifieke tweestaps fluorescentie labeling van histon H3 met Set7 / 9 SeAdoYn en TAMRA azide Het eiwit MTase Set7 / 9 nature methyleert de aminogroep van lysine 4 van histon H3 (H3K4, groen) met AdoMet. Met de dubbel-geactiveerde cofactor SeAdoYn de MTase overdraagt ​​een kleine propargylgroep (rood) aan de lysineresidu. De bijgevoegde terminal drievoudige binding wordt vervolgens selectief gewijzigd in een bioorthogonal klik reactie (koper-gekatalyseerde azide-alkyn cycloadditie, CuAAC) met azide gederivatiseerde TAMRA (tetramethylrhodamine, blauw) fluorofoor.belasting / 52014 / 52014fig3highres.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; Klik hier om een ​​grotere versie van deze afbeelding te bekijken.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="669">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Name of Reagent/ Equipment</td>
			<td style="width:139px;">Company</td>
			<td style="width:119px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:167px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">6BAz</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Synthesized according to Weinhold et al., Patent number US 8,129,106, published March 6, 2012.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">&#946;-Mercaptoethanol</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">28625</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Acetic acid</td>
			<td style="width:139px;">Fisher Scientific</td>
			<td align="right" style="width:119px;">10304980</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Acrylamide/Bis Solution, 37.5:1</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">10688</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">UltraPure Agarose</td>
			<td style="width:139px;">Invitrogen</td>
			<td align="right" style="width:119px;">16500100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Ammonium persulfate (APS)</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">13375</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Bis-Tris</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1304</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Boric acid</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1115</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Bromophenol blue Na salt</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right">15375</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Copper(II) sulfate</td>
			<td style="width:139px;">Aldrich</td>
			<td style="width:119px;">C1297</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Chloroform</td>
			<td style="width:139px;">Fisher Scientific</td>
			<td align="right">10020090</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Coomassie Brilliant Blue</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">17525</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">EDTA disodium salt</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1034</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Ethanol</td>
			<td style="width:139px;">Merck</td>
			<td align="right" style="width:119px;">100983</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">GelRed (10000x in water)</td>
			<td style="width:139px;">Biotium</td>
			<td align="right" style="width:119px;">41003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Glycerol (99.5%)</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">2006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">FastRuler Low Range DNA Ladder</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">SM1103</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Histone H3</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Expressionplasmid obtained from Dr. Philipp Voigt and Prof. Danny Reinberg; expression and isolation according to T. J. Richmond et al., J. Mol. Biol. 1997, 272, 301-311.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">M.BseCI</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Expressionplasmid obtained from Dr. Michael Kokkinidis; expression and isolation according to Kapetaniou et al., Acta Cryst. 2006, F63, 12-14.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Methanol</td>
			<td style="width:139px;">Fisher Scientific</td>
			<td align="right" style="width:119px;">10675112</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Magnesiumchloride&#160; hexahydrate</td>
			<td style="width:139px;">J.T. Baker</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">MOPS</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1081</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Sodium chloride</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1112</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pH strip (Neutralit)</td>
			<td style="width:139px;">Merck</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1,095,330,001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pBR322</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">SD0041</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">R.TaqI (10u/&#181;l)</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td>ER0671</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">SeAdoYn</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Synthesized according to Willnow et al., ChemBioChem 2012, 13, 1167-1173.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Set7/9</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Expressionplasmid obtained from Prof. Danny Reinberg, expression and isolation according to D. Reinberg et al., Genes Dev.2002, 16, 479-489.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Streptavidin</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">3058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">(+)-Sodium L-ascorbate</td>
			<td style="width:139px;">Sigma Life Science</td>
			<td style="width:119px;">A7631</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">SDS Granular</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1833</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">di-Sodiumhydrogenphosphat</td>
			<td style="width:139px;">Merck</td>
			<td align="right" style="width:119px;">106,586</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">TAMRA-azide</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">TaqI buffer (10x)</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">B28</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:245px;">N,N,N&#39;,N&#39;-Tetramethylethylenediamine (TEMED)</td>
			<td style="width:139px;">Acros Organics</td>
			<td align="right" style="width:119px;">42058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Tris-HCl</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1028</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Tris-X (TRIS-base)</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1018</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:245px;">Tris(3-hydroxypropyltriazolyl-methyl)amine (THPTA)</td>
			<td style="width:139px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td align="right" style="width:119px;">762342</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

sequence-specific labeling of nucleic acids and proteins with methyltransferases and cofactor analogues

S -Adenosyl-L-methionine (AdoMet of SAM) -afhankelijke methyltransferase (MTase) katalyseren de overdracht van de geactiveerde methylgroep van AdoMet specifieke posities in DNA, RNA, eiwitten en kleine biomoleculen. Deze natuurlijke methylering reactie kan worden uitgebreid naar diverse alkyleringsreacties met synthetische analoga cofactor. Vervanging van het reactieve sulfonium centrum van AdoMet een aziridinering leidt tot cofactoren die kunnen worden gekoppeld met DNA van verschillende DNA MTases. Deze aziridine cofactoren kunnen worden uitgerust met reportergroepen op verschillende posities van de adenine eenheid en voor S equence specifieke M ethyltransferase- I nduced L abel ing van DNA (lachend DNA). Als voorbeeld geven we een protocol voor biotinylering van pBR322 plasmide DNA bij de 5&#39;-ATCG A T-3 &#39;sequentie van het DNA MTase M.BseCI en aziridine cofactor 6BAz ineen stap. Verlenging van de geactiveerde methylgroep met onverzadigde alkylgroepen resultaten in andere klasse van AdoMet analogen die gebruikt worden voor m-ethyltransferase gerichte T ransfer van A ctivated G de andere groepen (mTAG). Aangezien de uitgebreide zijketens worden geactiveerd door het sulfonium- midden en de onverzadigde binding, worden deze cofactoren genoemd dubbel geactiveerde AdoMet analogen. Deze analogen niet slechts als cofactoren voor DNA MTases, zoals aziridine cofactoren, maar ook voor RNA, eiwitten en kleine moleculen MTases. Ze worden doorgaans gebruikt voor enzymatische modificatie van MTase substraten met unieke functionele groepen die zijn gemerkt met reportergroepen in een tweede chemische stap. Dit wordt geïllustreerd in een protocol voor fluorescentie etikettering van histon H3 eiwit. Een kleine propargylgroep wordt overgebracht van de cofactor analoge SeAdoYn aan het eiwit door de histon H3 lysine 4 (H3K4) MTase Set7 / 9 gevolgd door klik etikettering van dealkynylated histon H3 met TAMRA azide. MTase-gemedieerde labeling met cofactor analogen is een enabling technology voor veel spannende toepassingen, waaronder de identificatie en functionele studie van MTase ondergrond, alsmede DNA genotypering en methylatie-detectie.

One-step Labeling van DNA via Aziridine Cofactoren Dit voorbeeld reactie wordt uitgevoerd met het DNA MTase M.BseCI, waarbij de tweede adenine residu wijzigt in het dubbelstrengs 5&#39;-ATCG A T-3 &#39;sequentie en heeft een herkenningsplaats op het pBR322-plasmide (figuur 4A). Om plasmide labeling testen, is pBR322 uitgedaagd met het restrictie endonuclease (Rease) R.TaqI (5&#39;-TCGA-3 &#39;). R.TaqI zeven plaatsen op pBR322, waarvan één in de M...

Watch this Scientific Journal Video about Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues at JoVE.com

Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues

DNA en eiwitten sequentie-specifiek gemerkt met affiniteit of fluorescente reporter groepen met DNA of eiwit methyltransferases en synthetische analogen cofactor. Afhankelijk van de cofactor specificiteit van de enzymen, aziridine of dubbel geactiveerde cofactor analogen worden gebruikt voor één of twee stappen labeling.

Sequentie-specifieke Labeling van nucleïnezuren en eiwitten met methyltransferases en Cofactor Analogues

S-Adenosyl-l-methionine (AdoMet or SAM)-dependent methyltransferases (MTase) catalyze the transfer of the activated methyl group from AdoMet to specific ...

Research

JoVE Journal

Biology

Immunofluorescent Detection of Two Thymidine Analogues (CldU and IdU) in Primary Tissue

Immunofluorescent Detection of Two Thymidine Analogues CldU and IdU in Primary Tissue

Immunofluorescentie detectie van twee thymidine-analogen (CldU en IDU) in het jeugdwerk Tissue

Accurate measurement of cell division is a fundamental challenge in experimental biology that becomes increasingly complex when slowly dividing cells are ...

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry (CCMS)

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry CCMS

Profilering van methyl-en andere S-Adenosyl- L-Homocysteine-bindende eiwitten door Capture Compound-massaspectrometrie (CCMS)

There is a variety of approaches to reduce the complexity of the proteome on the basis of functional small molecule-protein interactions such as affinity ...

NanoDrop Microvolume Quantitation of Nucleic Acids

NanoDrop microvolume Kwantificering van nucleïnezuren

Biomolecular assays are continually being developed that use progressively smaller amounts of material, often precluding the use of conventional ...

Examining the Conformational Dynamics of Membrane Proteins in situ with Site-directed Fluorescence Labeling

Examining the Conformational Dynamics of Membrane Proteins in situ with Site-directed Fluorescence Labeling

Het onderzoeken van de Conformationele dynamiek van membraaneiwitten In situ Met Site-directed fluorescentie Etikettering

Two electrode voltage clamp electrophysiology (TEVC) is a powerful tool to investigate the mechanism of ion transport1 for a wide variety of membrane ...

Lineage Labeling of Zebrafish Cells with Laser Uncagable Fluorescein Dextran

Lineage Labeling van de zebravis Cellen met Laser Uncagable Fluoresceïne Dextran

A central problem in developmental biology is to deduce the origin of the myriad cell types present in vertebrates as they arise from undifferentiated ...

Concentration Determination of Nucleic Acids and Proteins Using the Micro-volume Bio-spec Nano Spectrophotometer

Concentratie Bepaling van nucleïnezuren en eiwitten Met behulp van de Micro-volume Bio-spec Nano Spectrophotometer

Nucleic Acid quantitation procedures have advanced significantly in the last three decades.  More and more, molecular biologists require consistent ...

ReAsH/FlAsH Labeling and Image Analysis of Tetracysteine Sensor Proteins in Cells

ReAsH / Flash Labeling en beeldanalyse van Tetracysteine ​​Sensor eiwitten in cellen

Fluorescent proteins and dyes are essential tools for the study of protein trafficking, localization and function in cells.  While fluorescent 
proteins ...

Metabolic Pathway Confirmation and Discovery Through 13C-labeling of Proteinogenic Amino Acids

Metabolic Pathway Confirmation and Discovery Through 13C-labeling of Proteinogenic Amino Acids

Metabole route Bevestiging en Discovery door 13 C-etikettering van proteïnogene aminozuren

Microbes have complex metabolic pathways that can be investigated using biochemistry and functional genomics methods. One important technique to examine ...

Measuring Cell Cycle Progression Kinetics with Metabolic Labeling and Flow Cytometry

Het meten van voortgang van de celcyclus Kinetics met metabolische labeling en Flow cytometrie

Precise control of the initiation and subsequent progression through the various phases of the cell cycle are of paramount importance in proliferating ...

Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA

Het analyseren en opbouwen nucleinezuurstructuren met 3DNA

The 3DNA software package is a popular and versatile bioinformatics tool with capabilities to analyze, construct, and visualize three-dimensional nucleic ...