Name: sequence-specific labeling of nucleic acids and proteins with methyltransferases and cofactor analogues
Uploaded: 2014-11-22T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues at JoVE.com

The authors thank Kerstin Glensk for preparing the MTases M.BseCI and Set7/9 and gratefully acknowledge funding by the Excellence Initiative of the German Federal and State Governments and RWTH Aachen University. The authors are happy to provide 6BAz and SeAdoYn or other cofactor analogues for collaborative research.

1. Generelle instruksjoner <ol><li> Butikk aziridin kofaktor 6BAz (i DMSO) og protein MTAse Set7 / 9 ved -80 ° C og alle andre reagenser inklusive dobbeltaktiverte kofaktor SeAdoYn og DNA MTAse M.BseCI (i 50% glycerol) ved -20 ° C. </li><li> Bestemme konsentrasjonen av 6BAz og SeAdoYn via UV / Vis-spektroskopi ved bruk av ekstinksjonskoeffisientene ε 269nm (6BAz) = 16,000 cm -1 -1 M og ε 260nm (SeAdoYn) = 15,400 cm -1 -1 M i avionisert vann. Bestemme konsentrasj...

Ett-trinns merking av DNA med DNA MTases og azidirin kofaktorer (smilende DNA) er en robust metode, men noen aspekter bør vurderes når du planlegger forsøket. Aziridine kofaktor: The 6BAz konsentrasjon for DNA merking med M.BseCI var 60 mikrometer. Ved bruk av andre DNA MTases kofaktor konsentrasjonen skal være optimalisert, f.eks konsentrasjoner så lavt som 20 mikrometer har vært ansatt med DNA MTAse M.TaqI 19. Lave konsentrasjoner 6BAz har den fordel at e...

Særlig merking av nukleinsyrer 1,2 og proteiner 3,4 er av stor interesse for funksjonelle karakteristikker, medisinsk diagnose og (nano) bioteknologi. Her presenterer vi en enzymatisk merking metode for disse biopolymerer som er basert på S -adenosyl-l-metionin (AdoMet eller SAM) -avhengige metyltransferaser (MTases). Denne klassen av enzymer (EC 2.1.1.) Er rettet mot individuelle nukleofile posisjoner (nitrogen, oksygen, svovel og karbonatomer) innenfor bestemte rester av nukleinsyrer og proteiner og naturlig overfører den aktiverte metylgruppe av kofaktor AdoMet (figur 1A) 5. I tillegg kan MTases utnytte syntetiske kofaktor analoger til spesifikk merking med affinitet koder, fluoroforene eller andre etiketter (Figur 1b) 6. To klasser av AdoMet analoger har blitt utviklet: Aziridine kofaktorer for S equence spesifikke M ethyltransferase- jeg </strong&gt; Nduced L abel ing (smilende) 7 og doble aktivert AdoMet analoger til m ethyltransferase styrt T ransfer av A ctivated G roups (mTAG) 8. <img alt="Figur 1" fo:content-width="7in" src="/files/ftp_upload/52014/52014fig1highres.jpg" width="700" /> Figur 1: reaksjoner katalysert av metyltransferaser (MTases) A. Metyl-gruppen overføring fra den naturlige kofaktor AdoMet (SAM) til forskjellige substrater, inkludert DNA, RNA, proteiner og små biomolekyler B. Merking / funksjonalisering av nukleinsyrer og proteiner (NNNNN =.. basepar av DNA-nukleotider, for RNA- og aminosyrer til proteiner; XXXXX = gjenkjennelsessekvensen av MTAse med target rest i grønt) med syntetiske analoger kofaktor. Azidirin kofaktorer som inneholder en reporter gruppe (blå sfære)festet til adenin-ringen er sekvensen spesielt kombinert med målet residuet (til venstre) og dobbelt-aktivert AdoMet analoger fører til overføring av lengre alkylkjeder som bærer en kjemisk reporter Y (til høyre), som kan merkes ved å bioorthogonal klikk reaksjon i et annet trinn. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52014/52014fig1highres.jpg" target="_blank">Vennligst klikk her for å se en større versjon av dette tallet.</a> Azidirin kofaktorer fungerer best med DNA MTases. De inneholder en tre-leddet ring med et nitrogenatom 9 (eller et N -mustard 10,11) i stedet for sulfonium senter som reaktiv gruppe. Protonering av dette nitrogenatom aktiverer Åziridinringen for nukleofilt angrep av target-nukleotid som fører til kovalent kobling av hele kofaktor med DNA. Ved å feste rapportørgrupper til adenin ringen aziridinet kofaktorer kan brukes i kombinasjon med DNA-MTases å merke DNA i ett trinn ( <stron<html> g&gt; Figur 1B, venstre) 7,12. Dette er vist i detalj for biotinylering av DNA med 6BAz 13-15 (aziridin kofaktor med biotin festet til 6 stillingen av adenin-ring) og adenin-spesifikk DNA MTAse fra Bacillus stearothermophilus (M.BseCI) 16 (figur 2, se protokoll seksjon 2: Ett-trinns merking av DNA via azidirin kofaktorer). I tillegg til M.BseCI (5&#39;-ATCG A-T-3 &#39;gjenkjenningssekvens), DNA MTases fra Thermus aquaticus (M.TaqI, 5&#39;-TCG A -3&#39;), fra Haemophilus heamolyticus (M.HhaI, 5 &#39;-G C GC-3&#39;) og fra Spiroplasma (M.SssI, 5&#39;-G C-3 &quot;) har blitt brukt til å biotinylere DNA med 6BAz 17. Videre kan azidirin kofaktorer være ansatt for ett-trinns fluorescens DNA merking 18,19. ontent &quot;fo: keep-together.within-side =&quot; always &quot;&gt; <img alt="Figur 2" fo:content-width="7in" src="/files/ftp_upload/52014/52014fig2highres.jpg" width="700" /> Fig. 2: Sekvens spesifikk ett-trinns biotinylering av DNA med M.BseCI og 6BAz DNA MTAse M.BseCI gjenkjenner dobbeltkjedet DNA-sekvens 5&#39;-ATCG A-T-3 &#39;og naturligvis methylates aminogruppen av den andre adenin Residuet (grønn) ved hjelp av AdoMet. Med aziridinet kofaktor 6BAz løpet av reaksjonen endres og M.BseCI fører til sekvensere spesifikk DNA biotinylering ved å koble hele kofaktor inkludert biotin (blå) med målet adenin. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52014/52014fig2highres.jpg" target="_blank">Klikk her for å se en større versjon av dette tallet.</a> Doble aktivert AdoMet analoger inneholder utvidet umettede sidekjeder i stedet for en metylgruppe på sulfonium sentrum (Figur 1B </strong&gt;, høyre) 20. Den umettede dobbelt- eller trippelbinding i β-stilling til sulfonium midt elektronisk kompenserer ugunstige steriske effekter i overgangstilstanden ved konjugativt stabilisering. Siden både sulfonium sentrum og umettet binding aktivere sidekjeden for enzymatisk overføring, ble disse kofaktorer heter dobbel-aktiverte AdoMet analoger. Vanligvis blir de brukt til å overføre sidekjeder med unike kjemiske grupper (kjemiske journalister), som amino, alkyn og azid grupper, for chemo-selektiv merking i et andre trinn 8,21. Generelt, dobbel-aktivert AdoMet analoger kan ikke bare fungere som kofaktorer for DNA MTases 8,20,21 men også for RNA MTases 22,23 og protein MTases 24-28 tillater ytterligere merking av RNA og proteiner. Men de utvidede sidekjedene er sterisk mer krevende enn en metylgruppe og utvide den MTAse aktive områder ved protein engineering er oftno nødvendig for å oppnå effektiv overføringshastigheter. En annen løsning på dette problemet er å bruke en AdoMet analog med en liten propargylgruppe (tre karboner), hvor terminalen alkyn tjener to funksjoner: 1. Stabilisering av overgangstilstanden ved enzymatisk overføring og 2. reaktiv håndtak for følgende kjemiske modifiseringer av kobber katalysert azid-alkyn cykloaddisjon (CuAAC) klikk kjemi. Det viste seg at den resulterende propargylalkoholer AdoMet analog 29 er ganske ustabil under nøytrale eller svakt basiske betingelser, og kun av begrenset nytte. Denne ulempen kan bli løst ved å erstatte svovelatomet med selen. Den resulterende kofaktor 5 &#39;- [(Se) [(3 S) -3-amino-3-karboksypropyl] prop-2-ynylselenonio] -5&#39;-deoksyadenosin (SeAdoYn, figur 3) er akseptert av villtype DNA, RNA og protein MTases 30-32 som opphever behovet for protein engineering i mange tilfeller. Dette eksemplifiseres ved fluorescens pro<html> tein merking med histon H3 lysin 4 (H3K4) MTAse Set7 / 9 33 (figur 3, se protokoll seksjon 3: To-trinns protein merking via doble aktiverte kofaktorer). <img alt="Figur 3" fo:content-width="7in" src="/files/ftp_upload/52014/52014fig3highres.jpg" width="700" /> Fig. 3: Sekvens-spesifikke to-trinns fluorescens-merking av histon H3 med Set7 / 9, SeAdoYn og TAMRA azid Proteinet MTAse Set7 / 9 naturlig methylates aminogruppen av lysin 4 i histon H3 (H3K4, grønn) ved hjelp av AdoMet. Med den dobbeltaktiverte kofaktor SeAdoYn den MTAse overfører en liten propargylgruppe (rød) til lysinresten. Vedlagte terminal trippelbinding er så selektivt modifiseres i en bioorthogonal klikk reaksjon (kobber-katalysert azid-alkyn cykloaddisjon, CuAAC) med azid-avledede TAMRA (tetramethylrhodamine, blå) fluorophore.belastning / 52014 / 52014fig3highres.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; Klikk her for å se en større versjon av dette tallet.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="669">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Name of Reagent/ Equipment</td>
			<td style="width:139px;">Company</td>
			<td style="width:119px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:167px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">6BAz</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Synthesized according to Weinhold et al., Patent number US 8,129,106, published March 6, 2012.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">&#946;-Mercaptoethanol</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">28625</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Acetic acid</td>
			<td style="width:139px;">Fisher Scientific</td>
			<td align="right" style="width:119px;">10304980</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Acrylamide/Bis Solution, 37.5:1</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">10688</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">UltraPure Agarose</td>
			<td style="width:139px;">Invitrogen</td>
			<td align="right" style="width:119px;">16500100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Ammonium persulfate (APS)</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">13375</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Bis-Tris</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1304</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Boric acid</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1115</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Bromophenol blue Na salt</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right">15375</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Copper(II) sulfate</td>
			<td style="width:139px;">Aldrich</td>
			<td style="width:119px;">C1297</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Chloroform</td>
			<td style="width:139px;">Fisher Scientific</td>
			<td align="right">10020090</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Coomassie Brilliant Blue</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">17525</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">EDTA disodium salt</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1034</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Ethanol</td>
			<td style="width:139px;">Merck</td>
			<td align="right" style="width:119px;">100983</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">GelRed (10000x in water)</td>
			<td style="width:139px;">Biotium</td>
			<td align="right" style="width:119px;">41003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Glycerol (99.5%)</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">2006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">FastRuler Low Range DNA Ladder</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">SM1103</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Histone H3</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Expressionplasmid obtained from Dr. Philipp Voigt and Prof. Danny Reinberg; expression and isolation according to T. J. Richmond et al., J. Mol. Biol. 1997, 272, 301-311.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">M.BseCI</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Expressionplasmid obtained from Dr. Michael Kokkinidis; expression and isolation according to Kapetaniou et al., Acta Cryst. 2006, F63, 12-14.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Methanol</td>
			<td style="width:139px;">Fisher Scientific</td>
			<td align="right" style="width:119px;">10675112</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Magnesiumchloride&#160; hexahydrate</td>
			<td style="width:139px;">J.T. Baker</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">MOPS</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1081</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Sodium chloride</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1112</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pH strip (Neutralit)</td>
			<td style="width:139px;">Merck</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1,095,330,001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pBR322</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">SD0041</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">R.TaqI (10u/&#181;l)</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td>ER0671</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">SeAdoYn</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Synthesized according to Willnow et al., ChemBioChem 2012, 13, 1167-1173.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Set7/9</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Expressionplasmid obtained from Prof. Danny Reinberg, expression and isolation according to D. Reinberg et al., Genes Dev.2002, 16, 479-489.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Streptavidin</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">3058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">(+)-Sodium L-ascorbate</td>
			<td style="width:139px;">Sigma Life Science</td>
			<td style="width:119px;">A7631</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">SDS Granular</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1833</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">di-Sodiumhydrogenphosphat</td>
			<td style="width:139px;">Merck</td>
			<td align="right" style="width:119px;">106,586</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">TAMRA-azide</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">TaqI buffer (10x)</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">B28</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:245px;">N,N,N&#39;,N&#39;-Tetramethylethylenediamine (TEMED)</td>
			<td style="width:139px;">Acros Organics</td>
			<td align="right" style="width:119px;">42058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Tris-HCl</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1028</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Tris-X (TRIS-base)</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1018</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:245px;">Tris(3-hydroxypropyltriazolyl-methyl)amine (THPTA)</td>
			<td style="width:139px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td align="right" style="width:119px;">762342</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

sequence-specific labeling of nucleic acids and proteins with methyltransferases and cofactor analogues

S -Adenosyl-L-methionin (AdoMet) -avhengige eller SAM metyltransferaser (MTAse) katalyserer overføringen av den aktiverte metylgruppen fra AdoMet til bestemte stillinger i DNA, RNA, proteiner og små biomolekyler. Denne naturlige metyleringen kan utvides til et bredt utvalg av alkyleringsreaksjoner ved bruk av syntetiske analoger kofaktor. Utskifting av den reaktive sulfonium sentrum av AdoMet med et aziridin ringen fører til kofaktorer som kan kobles sammen med DNA ved hjelp av forskjellige DNA MTases. Disse azidirin kofaktorer kan utstyres med reporter grupper på forskjellige posisjoner på adeninenheten og brukes for S equence spesifikke M ethyltransferase- jeg nduced L abel ing av DNA (smilende DNA). Som et typisk eksempel gir vi en protokoll for biotinylering av pBR322 plasmid DNA i 5&#39;-ATCG A-T-3 &#39;sekvensen med DNA MTAse M.BseCI og aziridinet kofaktor i 6BAzett trinn. Forlengelse av den aktiverte metylgruppe med umettede alkylgrupper resulterer i en annen klasse av AdoMet-analoger som brukes for m ethyltransferase rettet T ransfer av A ctivated G roups (mTAG). Siden de utvidede sidekjeder blir aktivert av sulfonium sentrum og umettet binding, er disse kofaktorer kalles dobbelt-aktiverte AdoMet-analoger. Disse analoger ikke bare fungere som kofaktorer for DNA MTases, som aziridinet kofaktorer, men også for RNA, protein og små molekyl MTases. De blir vanligvis anvendt for enzymatisk modifisering av MTAse-substrater med unike funksjonelle grupper som er markert med rapportørgrupper i en andre kjemisk trinn. Dette er eksemplifisert i en protokoll for fluorescens-merking av histon H3-protein. En liten propargylgruppe overføres fra kofaktor analog SeAdoYn til proteinet av histon H3-lysin 4 (H3K4) MTAse Set7 / 9 etterfulgt av klikk-merking avalkynylated histon H3 med TAMRA azide. MTAse-mediert merking med kofaktor analoger er en slik teknologi for mange spennende bruksområder, inkludert identifisering og funksjonell studie av MTAse underlag samt DNA genotyping og metylering deteksjon.

Ett-trinns Merking av DNA via Aziridine kofaktorer Dette eksempel reaksjonen utføres med DNA MTAse M.BseCI, som modifiserer den andre adeninrest i dobbeltkjedet 5&#39;-ATCG A-T-3 &#39;sekvensen og har en gjenkjenningssete på pBR322-plasmid (figur 4A). For å teste plasmid merking, er pBR322 utfordret med restriksjonsendonuklease (REase) R.TaqI (5&#39;-TCGA-3 &#39;). R.TaqI har sju steder på pBR322, hvorav den ene er inkludert i M.BseCI nettstedet...

Watch this Scientific Journal Video about Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues at JoVE.com

Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues

DNA og proteiner er sekvens-spesifikt merket med affinitet eller fluorescerende reporter grupper som bruker DNA eller protein metyltransferaser og syntetiske kofaktor analoger. Avhengig av kofaktor spesifisiteten av enzymer, aziridin eller dobbelt aktiverte kofaktor-analoger anvendes for en- eller to-trinns merking.

Sekvens-spesifikk merking av nukleinsyrer og proteiner med metyltransferaser og kofaktor analoger

S-Adenosyl-l-methionine (AdoMet or SAM)-dependent methyltransferases (MTase) catalyze the transfer of the activated methyl group from AdoMet to specific ...

Research

JoVE Journal

Biology

Immunofluorescent Detection of Two Thymidine Analogues (CldU and IdU) in Primary Tissue

Immunofluorescent Detection of Two Thymidine Analogues CldU and IdU in Primary Tissue

Accurate measurement of cell division is a fundamental challenge in experimental biology that becomes increasingly complex when slowly dividing cells are ...

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry (CCMS)

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry CCMS

There is a variety of approaches to reduce the complexity of the proteome on the basis of functional small molecule-protein interactions such as affinity ...

NanoDrop Microvolume Quantitation of Nucleic Acids

Biomolecular assays are continually being developed that use progressively smaller amounts of material, often precluding the use of conventional ...

Examining the Conformational Dynamics of Membrane Proteins in situ with Site-directed Fluorescence Labeling

Examining the Conformational Dynamics of Membrane Proteins in situ with Site-directed Fluorescence Labeling

Two electrode voltage clamp electrophysiology (TEVC) is a powerful tool to investigate the mechanism of ion transport1 for a wide variety of membrane ...

Lineage Labeling of Zebrafish Cells with Laser Uncagable Fluorescein Dextran

A central problem in developmental biology is to deduce the origin of the myriad cell types present in vertebrates as they arise from undifferentiated ...

Concentration Determination of Nucleic Acids and Proteins Using the Micro-volume Bio-spec Nano Spectrophotometer

Nucleic Acid quantitation procedures have advanced significantly in the last three decades.  More and more, molecular biologists require consistent ...

ReAsH/FlAsH Labeling and Image Analysis of Tetracysteine Sensor Proteins in Cells

Fluorescent proteins and dyes are essential tools for the study of protein trafficking, localization and function in cells.  While fluorescent 
proteins ...

Metabolic Pathway Confirmation and Discovery Through 13C-labeling of Proteinogenic Amino Acids

Metabolic Pathway Confirmation and Discovery Through 13C-labeling of Proteinogenic Amino Acids

Metabolsk Pathway Bekreftelse og Discovery Through 13 C-merking av Proteinogenic Amino Acids

Microbes have complex metabolic pathways that can be investigated using biochemistry and functional genomics methods. One important technique to examine ...

Measuring Cell Cycle Progression Kinetics with Metabolic Labeling and Flow Cytometry

Måling cellesyklusprogresjon Kinetics med metabolsk Merking og flowcytometrisystemer

Precise control of the initiation and subsequent progression through the various phases of the cell cycle are of paramount importance in proliferating ...

Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA

Analysere og bygningsloven Nukleinsyre Structures med 3DNA

The 3DNA software package is a popular and versatile bioinformatics tool with capabilities to analyze, construct, and visualize three-dimensional nucleic ...