Name: sequence-specific labeling of nucleic acids and proteins with methyltransferases and cofactor analogues
Uploaded: 2014-11-22T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues at JoVE.com

The authors thank Kerstin Glensk for preparing the MTases M.BseCI and Set7/9 and gratefully acknowledge funding by the Excellence Initiative of the German Federal and State Governments and RWTH Aachen University. The authors are happy to provide 6BAz and SeAdoYn or other cofactor analogues for collaborative research.

1. Allmänna Instruktioner <ol><li> Butiks aziridin kofaktor 6BAz (i DMSO) och protein MTAse Set7 / 9 vid -80 ° C och alla andra reagens inklusive dubbla aktiverad kofaktor SeAdoYn och DNA MTAse M.BseCI (i 50% glycerol) vid -20 ° C. </li><li> Bestäm koncentrationen av 6BAz och SeAdoYn via UV / Vis-spektroskopi med hjälp utsläckningskoefficienterna ε 269nm (6BAz) = 16.000 cm -1 M -1 och ε 260 nm (SeAdoYn) = 15.400 cm -1 M -1 i avjoniserat...

Ett steg märkning av DNA med DNA MTases och aziridin kofaktorer (ler DNA) är en robust metod men vissa aspekter bör beaktas vid planeringen av experimentet. Aziridin kofaktör: The 6BAz koncentration för DNA-märkning med M.BseCI var 60 pM. Vid användning av andra DNA MTases cofaktorn koncentrationen bör optimeras, t.ex. om koncentrationerna så lite som 20 ^ M har använts med DNA MTAse M.TaqI 19. Låga 6BAz koncentrationer har den fördelen att en fyrfald...

Specifik märkning av nukleinsyror 1,2 och proteiner 3,4 är av stort intresse för funktionella karakteriseringar, medicinsk diagnos och (nano) bioteknik. Här presenterar vi en enzymatisk märkningsmetod för dessa biopolymerer som är baserad på S -adenosyl-l-metionin (AdoMet eller SAM) -beroende metyltransferaser (MTases). Denna klass av enzymer (EG 2.1.1.) Riktar enskilda nukleofila positioner (kväve, syre, svavel och kolatomer) inom specifika rester av nukleinsyror och proteiner och naturligt överför den aktiverade metylgruppen i kofaktorn AdoMet (Figur 1A) 5. Dessutom kan MTases använda syntetiska kofaktor analoger för särskild märkning med affinitetstaggar, fluoroforer eller andra etiketter (Figur 1B) 6. Två klasser av AdoMet analoger har utvecklats: Aziridine kofaktorer för S equence specifika M ethyltransferase- I </strong&gt; Nduced L abel ing (ler) 7 och dubbla aktiverade AdoMet analoger för m ethyltransferase styrd T verföring av A ctivated G roups (mtag) 8. <img alt="Figur 1" fo:content-width="7in" src="/files/ftp_upload/52014/52014fig1highres.jpg" width="700" /> Figur 1: Reaktioner som katalyseras av metyltransferaser (MTases) A. Metyl gruppöverföring från den naturliga kofaktorn AdoMet (SAM) till olika substrat inklusive DNA, RNA, proteiner och små biomolekyler B. Märkning / funktionalisering av nukleinsyror och proteiner (NNNNN =.. baspar för DNA, nukleotider för RNA och aminosyror för proteiner; XXXXX = igenkänningssekvensen för MTAse med målresten i grönt) med syntetiska kofaktor analoger. Aziridinen kofaktorer som innehåller en reportergrupp (blå sfär)fäst till adeninringen är sekvens specifikt kopplad med målresten (vänster) och dubbels aktiverad AdoMet analoger leder till överföring av utökade alkylkedjor som bär en kemisk reporter Y (till höger), som kan märkas genom bioorthogonal klick reaktion i ett andra steg. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52014/52014fig1highres.jpg" target="_blank">Klicka här för att se en större version av denna siffra.</a> Aziridin kofaktorer fungerar bäst med DNA MTases. De innehåller en tre-ledad ring med en kväveatom 9 (eller en N -mustard 10,11) i stället för den sulfonium mitten som reaktiv grupp. Protonering av denna kväveatom aktiverar aziridinringen för nukleofil attack av målnukleotidsekvensen som leder till kovalent koppling av hela kofaktorn med DNA. Genom att fästa reportergrupper till adeninringen aziridinen kofaktorer kan användas i kombination med DNA MTases att märka DNA i ett steg ( <stron<html> g&gt; Figur 1B, vänster) 7,12. Detta visas i detalj för biotinylering av DNA med 6BAz 13-15 (aziridin kofaktor med biotin fäst till 6-positionen av adeninringen) och adenin-specifika DNA MTAse från Bacillus stearothermophilus (M.BseCI) 16 (figur 2, se protokollet avsnitt 2: Ett steg märkning av DNA via aziridin kofaktorer). Förutom M.BseCI (5&#39;-ATCG A T-3 &#39;igenkänningssekvens), DNA MTases från Thermus aquaticus (M.TaqI, 5&#39;-TCG A -3&#39;), från Haemophilus heamolyticus (M.HhaI, 5 &quot;-G C GC-3 &#39;) och från Spiro (M.SssI, 5&#39;C G-3&#39;) har med framgång använts för att biotinylera DNA med 6BAz 17. Dessutom kan aziridin kofaktorer användas för ett steg fluorescens DNA märkning 18,19. INNEHÅLL &quot;fo: keep-together.within-page =&quot; always &quot;&gt; <img alt="Figur 2" fo:content-width="7in" src="/files/ftp_upload/52014/52014fig2highres.jpg" width="700" /> Figur 2:. Sekvens specifik ett-steg biotinylering av DNA med M.BseCI och 6BAz DNA MTAse M.BseCI erkänner den dubbelsträngade DNA-sekvensen 5&#39;-ATCG En T-3 &#39;och naturligt metylerar aminogruppen hos den andra adenin rester (grön) med hjälp av AdoMet. Med aziridin kofaktor 6BAz loppet av reaktionen förändras och M.BseCI leder till sekvensspecifik DNA biotinylation genom att koppla hela kofaktor inklusive biotin (blå) med målet adenin. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52014/52014fig2highres.jpg" target="_blank">Klicka här för att se en större version av denna siffra.</a> Dubbla aktiverade AdoMet analoger innehåller förlängt omättade sidokedjor i stället för en metylgrupp vid sulfonium centret (Figur 1B </strong&gt;, höger) 20. Den omättade dubbel- eller trippelbindning i β-position till sulfoniumsalt centret kompenserar elektroniskt ogynnsamma steriska effekter inom övergångstillståndet genom konjugativ stabilisering. Eftersom både sulfonium centrum och den omättade bindningen aktiverar sidokedjan för enzymatisk överföring, var dessa kofaktorer som heter dubbel aktiverade AdoMet analoger. Vanligtvis används de för att överföra sidokedjor med unika kemiska grupper (kemiska reportrar), som amino, alkyn- och azid grupper, för kemo-selektiv märkning i ett andra steg 8,21. I allmänhet, dubbel aktiverade AdoMet analoger kan inte bara fungera som kofaktorer för DNA MTases 8,20,21 utan också för RNA MTases 22,23 och protein MTases 24-28 möjliggör ytterligare märkning av RNA och proteiner. Men de förlängda sidokedjor är steriskt mer krävande än en metylgrupp och utvidga de MTAse aktiva webbplatser genom proteinteknik är oftsv krävs för att få effektiva överföringshastigheter. En annan lösning på detta problem är att använda en AdoMet analog med en liten propargylgrupp (tre kolatomer) där den terminala alkynen tjänar två funktioner: 1. Stabilisering av övergångstillståndet under enzymatisk överföring och 2. reaktivt handtag för följande kemiska modifikationer av koppar- katalyserad azid-alkyn cykloaddition (CuAAC) klicka kemi. Det visade sig att den resulte propargylic AdoMet analog 29 är ganska instabil under neutrala eller svagt basiska förhållanden och endast begränsad användning. Denna nackdel kan åtgärdas genom att ersätta svavelatomen med selen. Den resulte cofaktor 5 &#39;- [(Se) [(3S) -3-amino-3-karboxipropyl] prop-2-ynylselenonio] -5&#39;-deoxiadenosin (SeAdoYn, fig 3) accepteras av vildtyp-DNA, RNA och protein MTases 30-32 vilka upphäva behovet av proteinkonstruktion i många fall. Detta exemplifieras genom fluorescens pro<html> protein märkning med histon H3 lysin 4 (H3K4) MTAse Set7 / 9 33 (Figur 3, se protokoll avsnitt 3: Två-stegs proteinmärkning via dubbla aktiverade kofaktorer). <img alt="Figur 3" fo:content-width="7in" src="/files/ftp_upload/52014/52014fig3highres.jpg" width="700" /> Figur 3:. Sekvensspecifik två-steg fluorescens märkning av histon H3 med Set7 / 9, SeAdoYn och TAMRA azid Proteinet MTAse Set7 / 9 metylerar naturligt aminogruppen hos lysin 4 i histon H3 (H3K4, grön) använder AdoMet. Med dubbel aktiverade kofaktor SeAdoYn den MTAse överför en liten propargylgrupp (röd) till lysinrest. Den bifogade terminalen trippelbindning sedan selektivt modifieras i ett bioorthogonal klick reaktion (kopparkatalyse azid-alkyn cykloaddition, CuAAC) med azid-derivatiserat TAMRA (tetrametylrodamin, blå) fluoroforen.belastning / 52014 / 52014fig3highres.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; Klicka här för att se en större version av denna siffra.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="669">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Name of Reagent/ Equipment</td>
			<td style="width:139px;">Company</td>
			<td style="width:119px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:167px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">6BAz</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Synthesized according to Weinhold et al., Patent number US 8,129,106, published March 6, 2012.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">&#946;-Mercaptoethanol</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">28625</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Acetic acid</td>
			<td style="width:139px;">Fisher Scientific</td>
			<td align="right" style="width:119px;">10304980</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Acrylamide/Bis Solution, 37.5:1</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">10688</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">UltraPure Agarose</td>
			<td style="width:139px;">Invitrogen</td>
			<td align="right" style="width:119px;">16500100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Ammonium persulfate (APS)</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">13375</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Bis-Tris</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1304</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Boric acid</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1115</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Bromophenol blue Na salt</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right">15375</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Copper(II) sulfate</td>
			<td style="width:139px;">Aldrich</td>
			<td style="width:119px;">C1297</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Chloroform</td>
			<td style="width:139px;">Fisher Scientific</td>
			<td align="right">10020090</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Coomassie Brilliant Blue</td>
			<td style="width:139px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:119px;">17525</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">EDTA disodium salt</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1034</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Ethanol</td>
			<td style="width:139px;">Merck</td>
			<td align="right" style="width:119px;">100983</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">GelRed (10000x in water)</td>
			<td style="width:139px;">Biotium</td>
			<td align="right" style="width:119px;">41003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Glycerol (99.5%)</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">2006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">FastRuler Low Range DNA Ladder</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">SM1103</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Histone H3</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Expressionplasmid obtained from Dr. Philipp Voigt and Prof. Danny Reinberg; expression and isolation according to T. J. Richmond et al., J. Mol. Biol. 1997, 272, 301-311.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">M.BseCI</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Expressionplasmid obtained from Dr. Michael Kokkinidis; expression and isolation according to Kapetaniou et al., Acta Cryst. 2006, F63, 12-14.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Methanol</td>
			<td style="width:139px;">Fisher Scientific</td>
			<td align="right" style="width:119px;">10675112</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Magnesiumchloride&#160; hexahydrate</td>
			<td style="width:139px;">J.T. Baker</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">MOPS</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1081</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Sodium chloride</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1112</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pH strip (Neutralit)</td>
			<td style="width:139px;">Merck</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1,095,330,001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pBR322</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">SD0041</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">R.TaqI (10u/&#181;l)</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td>ER0671</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">SeAdoYn</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Synthesized according to Willnow et al., ChemBioChem 2012, 13, 1167-1173.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Set7/9</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Expressionplasmid obtained from Prof. Danny Reinberg, expression and isolation according to D. Reinberg et al., Genes Dev.2002, 16, 479-489.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Streptavidin</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">3058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">(+)-Sodium L-ascorbate</td>
			<td style="width:139px;">Sigma Life Science</td>
			<td style="width:119px;">A7631</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">SDS Granular</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1833</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">di-Sodiumhydrogenphosphat</td>
			<td style="width:139px;">Merck</td>
			<td align="right" style="width:119px;">106,586</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">TAMRA-azide</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">TaqI buffer (10x)</td>
			<td style="width:139px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">B28</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:245px;">N,N,N&#39;,N&#39;-Tetramethylethylenediamine (TEMED)</td>
			<td style="width:139px;">Acros Organics</td>
			<td align="right" style="width:119px;">42058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Tris-HCl</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1028</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Tris-X (TRIS-base)</td>
			<td style="width:139px;">Gerbu</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1018</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:245px;">Tris(3-hydroxypropyltriazolyl-methyl)amine (THPTA)</td>
			<td style="width:139px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td align="right" style="width:119px;">762342</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

sequence-specific labeling of nucleic acids and proteins with methyltransferases and cofactor analogues

S -Adenosyl-l-metionin (AdoMet eller SAM) -beroende metyltransferaser (MTAse) katalyserar överföringen av den aktiverade metylgrupp från AdoMet till särskilda positioner i DNA, RNA, proteiner och små biomolekyler. Denna naturliga metyleringsreaktion kan expanderas till en bred variation av alkyleringsreaktioner som använder syntetiska kofaktor analoger. Ersättning av det reaktiva sulfonium centrum AdoMet med en aziridinring leder till kofaktorer som kan kopplas med DNA genom olika DNA MTases. Dessa aziridin kofaktorer kan utrustas med reportergrupper vid olika positioner av adenin molekyldel och användas för S equence specifik M ethyltransferase- jag nduced L abel ning av DNA (ler-DNA). Som ett typiskt exempel ger vi ett protokoll för biotinylering av pBR322 plasmid-DNA vid 5&#39;-ATCG En T-3 &#39;sekvensen med DNA MTAse M.BseCI och aziridin cofaktor 6BAz iett steg. Förlängning av den aktiverade metylgruppen med omättade alkylgrupper resulterar i en annan klass av AdoMet-analoger, vilka används för m ethyltransferase riktad T verföring av A ctivated G roups (mtag). Eftersom de förlängda sidokedjor aktiveras av sulfonium centrum och den omättade bindningen, dessa kofaktorer kallas dubbel aktiverade AdoMet analoger. Dessa analoger inte bara funktion som kofaktorer för DNA MTases, som aziridinen kofaktorer, utan också för RNA, protein och småmolekylära MTases. De används vanligtvis för enzymatisk modifiering av MTAse substrat med unika funktionella grupper som är märkta med reportergrupper i ett andra kemiskt steg. Detta exemplifieras i ett protokoll för fluorescensmärkning av histon H3 protein. En liten propargylgrupp överförs från kofaktorn analoga SeAdoYn till proteinet av histon H3 lysin 4 (H3K4) MTAse Set7 / 9 följt av klick märkning avalkynylated histon H3 med TAMRA azid. MTAse-medierad märkning med kofaktor analoger är en möjliggörande teknik för många spännande tillämpningar inklusive identifiering och funktionell studie av MTAse substrat samt DNA genotypning och metylering upptäckt.

Ett steg Märkning av DNA via aziridin kofaktorer Detta exempel reaktion utförs med DNA MTAse M.BseCI, som modifierar den andra adeninrest inom den dubbelsträngade 5&#39;-ATCG En T-3 &#39;sekvens och har en igenkänningsställe på pBR322-plasmiden (Figur 4A). För att testa plasmiden märkning, är pBR322 utmanas med restriktionsendonukleaset (REase) R.TaqI (5&#39;-TCGA-3 &#39;). R.TaqI har sju platser på pBR322, en av vilka ingår i M.BseCI pla...

Watch this Scientific Journal Video about Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues at JoVE.com

Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues

DNA och proteiner sekvens specifikt märkt med affinitet eller fluorescerande reportergrupper som använder DNA- eller protein metyltransferaser och syntetiska kofaktor analoger. Beroende på kofaktor specificiteten av enzymer, aziridin eller dubbla aktiverade kofaktor analoger används för en eller två steg märkning.

Sekvensspecifik Märkning av nukleinsyror och proteiner med metyltransferaser och kofaktor Analogues

S-Adenosyl-l-methionine (AdoMet or SAM)-dependent methyltransferases (MTase) catalyze the transfer of the activated methyl group from AdoMet to specific ...

Research

JoVE Journal

Biology

Immunofluorescent Detection of Two Thymidine Analogues (CldU and IdU) in Primary Tissue

Immunofluorescent Detection of Two Thymidine Analogues CldU and IdU in Primary Tissue

Immunofluorescens Upptäckt av två tymidinanaloger (CldU och IDU) i Primär Tissue

Accurate measurement of cell division is a fundamental challenge in experimental biology that becomes increasingly complex when slowly dividing cells are ...

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry (CCMS)

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry CCMS

Profilering av metyltransferaser och andra S-Adenosyl- L-Homocystein-bindande proteiner av Capture Compound masspektrometri (CCMS)

There is a variety of approaches to reduce the complexity of the proteome on the basis of functional small molecule-protein interactions such as affinity ...

NanoDrop Microvolume Quantitation of Nucleic Acids

NanoDrop Microvolume Kvantifiering av nukleinsyror

Biomolecular assays are continually being developed that use progressively smaller amounts of material, often precluding the use of conventional ...

Examining the Conformational Dynamics of Membrane Proteins in situ with Site-directed Fluorescence Labeling

Examining the Conformational Dynamics of Membrane Proteins in situ with Site-directed Fluorescence Labeling

Undersöka Conformational Dynamics av ​​membranproteiner På plats Med Site riktad Fluorescens märkning

Two electrode voltage clamp electrophysiology (TEVC) is a powerful tool to investigate the mechanism of ion transport1 for a wide variety of membrane ...

Lineage Labeling of Zebrafish Cells with Laser Uncagable Fluorescein Dextran

Lineage Märkning av Zebrafish Celler med laser Uncagable Fluorescein Dextran

A central problem in developmental biology is to deduce the origin of the myriad cell types present in vertebrates as they arise from undifferentiated ...

Concentration Determination of Nucleic Acids and Proteins Using the Micro-volume Bio-spec Nano Spectrophotometer

Koncentration Fastställande av nukleinsyror och proteiner med hjälp av Micro-volymen Bio-spec Nano Spektrofotometer

Nucleic Acid quantitation procedures have advanced significantly in the last three decades.  More and more, molecular biologists require consistent ...

ReAsH/FlAsH Labeling and Image Analysis of Tetracysteine Sensor Proteins in Cells

ReAsH / Flash märkning och bildanalys av proteiner Tetracysteine ​​sensor i cellerna

Fluorescent proteins and dyes are essential tools for the study of protein trafficking, localization and function in cells.  While fluorescent 
proteins ...

Metabolic Pathway Confirmation and Discovery Through 13C-labeling of Proteinogenic Amino Acids

Metabolic Pathway Confirmation and Discovery Through 13C-labeling of Proteinogenic Amino Acids

Metabolismväg Bekräftelse och upptäckt genom 13 C-märkning av proteinogena aminosyror

Microbes have complex metabolic pathways that can be investigated using biochemistry and functional genomics methods. One important technique to examine ...

Measuring Cell Cycle Progression Kinetics with Metabolic Labeling and Flow Cytometry

Mätning Cell Kinetics cellcykelreglering med metabolisk märkning och flödescytometri

Precise control of the initiation and subsequent progression through the various phases of the cell cycle are of paramount importance in proliferating ...

Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA

Analysera och bygga nukleinsyrastrukturer med 3DNA

The 3DNA software package is a popular and versatile bioinformatics tool with capabilities to analyze, construct, and visualize three-dimensional nucleic ...