Name: chromatin immunoprecipitation assay for the identification of arabidopsis protein-dna interactions in vivo
Uploaded: 2016-01-14T16:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo at JoVE.com

The authors would like to acknowledge The Plant Cell for allowing the use of some data published in this journal to elaborate the representative results described here in Figure 4. This work was supported by the EU 7FP Marie Curie-Initial Training Network EpiTRAITS (Grant Agreement 316965), and by the Spanish Ministerio de Econom&#236;a y Competitividad (grants BIO2010-15589 and BIO2013-43098-R).

1. Fornetting av plantemateriale (1 time) <ol><li> Vokse Arabidopsis linjer som brukes i eksperimentet (villtype - WT - versus mutanter og / eller linjer som uttrykker den kodede versjon av proteinet av interesse i forhold til linjer som uttrykker merkelappen ikke smeltet til ethvert protein) i 12-18 dager i store Petri-skåler (150 mm) med MS-agar-medium (1 L: Murashige og Skoog 1x salter, 10 g sukrose, 0,5 g MES, pH 5,7 (KOH), 1% agar). Alternativt, vokser planter på potter som inneholder 3: 1 blanding av jord og v...

<ol>
	<li>Andres, F., Coupland, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetic+basis+of+flowering+responses+to+seasonal+cues.">The genetic basis of flowering responses to seasonal cues.</a> Nat Rev Genet. 13 (9), 627-639 (2012).</li><li>Capovilla, G., Schmid, M., Pose, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+flowering+by+ambient+temperature.">Control of flowering by ambient temperature.</a> J Exp Bot. 66 (1), 59-69 (2015).</li><li>Jarillo, J. A., Pi&#241;eiro, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Timing+is+everything+in+plant+development.+The+central+role+of+floral+repressors.">Timing is everything in plant development. The central role of floral repressors.</a> Plant Science. 181 (4), 364-378 (2011).</li><li>Pajoro, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+(r)evolution+of+gene+regulatory+networks+controlling+Arabidopsis+plant+reproduction:+a+two-decade+history.">The (r)evolution of gene regulatory networks controlling Arabidopsis plant reproduction: a two-decade history.</a> J Exp Bot. 65 (17), 4731-4745 (2014).</li><li>He, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+regulation+of+flowering.">Chromatin regulation of flowering.</a> Trends Plant Sci. 17 (9), 556-562 (2012).</li><li>Jarillo, J. A., Pineiro, M., Cubas, P., Martinez-Zapater, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+remodeling+in+plant+development.">Chromatin remodeling in plant development.</a> International Journal of Developmental Biology. 53 (8-10), 1581-1596 (2009).</li><li>Saleh, A., Alvarez-Venegas, R., Avramova, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+efficient+chromatin+immunoprecipitation+(ChIP)+protocol+for+studying+histone+modifications+in+Arabidopsis+plants.">An efficient chromatin immunoprecipitation (ChIP) protocol for studying histone modifications in Arabidopsis plants.</a> Nat Protoc. 3 (6), 1018-1025 (2008).</li><li>Haring, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+immunoprecipitation:+optimization,+quantitative+analysis+and+data+normalization.">Chromatin immunoprecipitation: optimization, quantitative analysis and data normalization.</a> Plant Methods. 3, 11 (2007).</li><li>Kaufmann, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+immunoprecipitation+(ChIP)+of+plant+transcription+factors+followed+by+sequencing+(ChIP-SEQ)+or+hybridization+to+whole+genome+arrays+(ChIP-CHIP).">Chromatin immunoprecipitation (ChIP) of plant transcription factors followed by sequencing (ChIP-SEQ) or hybridization to whole genome arrays (ChIP-CHIP).</a> Nat Protoc. 5 (3), 457-472 (2010).</li><li>Gomez-Mena, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=early+bolting+in+short+days:+An+Arabidopsis+mutation+that+causes+early+flowering+and+partially+suppresses+the+floral+phenotype+of+leafy.">early bolting in short days: An Arabidopsis mutation that causes early flowering and partially suppresses the floral phenotype of leafy.</a> Plant Cell. 13 (5), 1011-1024 (2001).</li><li>Pi&#241;eiro, M., Gomez-Mena, C., Schaffer, R., Martinez-Zapater, J. M., Coupland, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=EARLY+BOLTING+IN+SHORT+DAYS+is+related+to+chromatin+remodeling+factors+and+regulates+flowering+in+Arabidopsis+by+repressing+FT.">EARLY BOLTING IN SHORT DAYS is related to chromatin remodeling factors and regulates flowering in Arabidopsis by repressing FT.</a> Plant Cell. 15 (7), 1552-1562 (2003).</li><li>Lopez-Gonzalez, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin-dependent+repression+of+the+Arabidopsis+floral+integrator+genes+involves+plant+specific+PHD-containing+proteins.">Chromatin-dependent repression of the Arabidopsis floral integrator genes involves plant specific PHD-containing proteins.</a> Plant Cell. 26 (10), 3922-3938 (2014).</li><li>Sambrook, J., Fritsch, E. F., Maniatis, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Molecular Cloning: A Laboratory Manual. , (1989).</li><li>Lorenz, T. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Polymerase+Chain+Reaction:+Basic+Protocol+Plus+Troubleshooting+and+Optimization+Strategies.">Polymerase Chain Reaction: Basic Protocol Plus Troubleshooting and Optimization Strategies.</a> J. Vis. Exp. , e3998 (2012).</li><li>Wong, M. L., Medrano, J. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+PCR+for+mRNA+quantitation.">Real-time PCR for mRNA quantitation.</a> Biotechniques. 39 (1), 75-85 (2005).</li><li>Dedon, P. C., Soults, J. A., Allis, C. D., Gorovsky, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simplified+formaldehyde+fixation+and+immunoprecipitation+technique+for+studying+protein-DNA+interactions.">A simplified formaldehyde fixation and immunoprecipitation technique for studying protein-DNA interactions.</a> Anal Biochem. 197 (1), 83-90 (1991).</li><li>Yu, C. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HISTONE+DEACETYLASE6+interacts+with+FLOWERING+LOCUS+D+and+regulates+flowering+in+Arabidopsis.">HISTONE DEACETYLASE6 interacts with FLOWERING LOCUS D and regulates flowering in Arabidopsis.</a> Plant Physiology. 156 (1), 173-184 (2011).</li><li>Zhou, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+profiling+of+histone+H3+lysine+9+acetylation+and+dimethylation+in+Arabidopsis+reveals+correlation+between+multiple+histone+marks+and+gene+expression.">Genome-wide profiling of histone H3 lysine 9 acetylation and dimethylation in Arabidopsis reveals correlation between multiple histone marks and gene expression.</a> Plant Mol Biol. 72 (6), 585-595 (2010).</li><li>Lafos, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+regulation+of+H3K27+trimethylation+during+Arabidopsis+differentiation.">Dynamic regulation of H3K27 trimethylation during Arabidopsis differentiation.</a> PLoS Genet. 7 (4), e1002040 (2011).</li><li>Barcala, M., Fenoll, C., Escobar, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+microdissection+of+cells+and+isolation+of+high-quality+RNA+after+cryosectioning.">Laser microdissection of cells and isolation of high-quality RNA after cryosectioning.</a> Methods Mol Biol. 883, 87-95 (2012).</li><li>Carter, A. D., Bonyadi, R., Gifford, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+fluorescence-activated+cell+sorting+in+studying+plant+development+and+environmental+responses.">The use of fluorescence-activated cell sorting in studying plant development and environmental responses.</a> Int J Dev Biol. 57 (6-8), 545-552 (2013).</li><li>Deal, R. B., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+INTACT+method+for+cell+type-specific+gene+expression+and+chromatin+profiling+in+Arabidopsis+thaliana.">The INTACT method for cell type-specific gene expression and chromatin profiling in Arabidopsis thaliana.</a> Nat Protoc. 6 (1), 56-68 (2011).</li><li>Zeng, P. Y., Vakoc, C. R., Chen, Z. C., Blobel, G. A., Berger, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+dual+cross-linking+for+identification+of+indirect+DNA-associated+proteins+by+chromatin+immunoprecipitation.">In vivo dual cross-linking for identification of indirect DNA-associated proteins by chromatin immunoprecipitation.</a> Biotechniques. 41 (6), 694-698 (2006).</li><li>Das, P. M., Ramachandran, K., vanWert, J., Singal, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+immunoprecipitation+assay.">Chromatin immunoprecipitation assay.</a> Biotechniques. 37 (6), 961-969 (2004).</li><li>Kaufmann, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Target+genes+of+the+MADS+transcription+factor+SEPALLATA3:+integration+of+developmental+and+hormonal+pathways+in+the+Arabidopsis+flower.">Target genes of the MADS transcription factor SEPALLATA3: integration of developmental and hormonal pathways in the Arabidopsis flower.</a> PLoS Biol. 7 (4), e1000090 (2009).</li></ol>

Brikken Protokollen er beskrevet her er en reproduserbar og kraftfull teknikk for å analysere interaksjoner mellom protein og spesifikke DNA-sekvenser in vivo i Arabidopsis planter. En vellykket identifisering av bindingssteder for proteiner av interesse krever et tilstrekkelig utvalg av plante organer eller utviklingsstadier hvor de relevante interaksjoner er faktisk skjer. I tillegg er det viktig å oppnå en tilstrekkelig fiksering av plantematerialet, og en optimal skjæring av kromatin ved ultralydbehandl...

I løpet av de senere år har en rekke genetiske, molekylære og genomiske verktøy har blitt utviklet i modellen Arabidopsis thaliana arter. Denne teknologien har mulig enormt fremdriften i å forstå hvordan planteutvikling er regulert. Blant de utviklingsprosesser studert ved hjelp av Arabidopsis som modell, har den genetiske kontrollen av blomstringstid blitt grundig analysert. Disse studiene har vist at planter modulere meget nøyaktig tidspunktet for blomstring som svar på endogene signaler, slik som hormoner og alder av anlegget, og også miljø signaler slik som fotoperiode og temperatur som synkroniserer blomstrende tid med den naturlige syklus av årstider 1, 2. Isolering og karakterisering av Arabidopsis mutanter med endringer i blomstringstidspunktet har vært avgjørende faktor i avduke et komplekst nettverk av gener som regulerer blomstringstid som svar på endogene og miljøfaktorer. Disse genetiske kretser erintegrert på nivå med noen mester gener som fungerer som brytere av blomstring, og det nøyaktige tidspunktet for floral initiering avhenger av balansen av blomstrende fremme og undertrykke aktiviteter som fungerer oppstrøms floral Integrator gener 1,3. Den funksjonelle karakterisering av genene identifisert for sin rolle i kontrollen av blomstring initiering, hjulpet av den nylig bruk av genomiske tilnærminger, har åpenbart den sentrale rollen til transkripsjonsregulering i modulering av blomstring tid. Faktisk er mange av master gener blomstring kode transkripsjonsfaktorer fire. I tillegg er en rekke av kromatin ombygging proteinkomplekser påvirker ekspresjonen av gener som er av stam blomstring. En rekke av de isolerte mutanter Arabidopsis for deres endrede blomstring tid viste seg å bære mutasjoner i gener som koder for et utvalg av kromatin modifikatorer. Ulike kromatin remodelers som introduserer posttranslational endringer i Histone haler, omplassere nukleosomer forhold til DNA eller utveksle kanoniske histoner av histone variantene er nødvendig for riktig regulering av blomstring i Arabidopsis 5,6. Noen av disse kromatin remodeling aktivitetene kata deponering eller fjerning av kovalente modifikasjoner slik som acetylering eller metylering i bestemte histon rester. Disse histone merkene er spesielt anerkjent av spesialiserte effektorer som rekrutterer andre kromatin remodeling komplekser, transkripsjonsfaktorer eller komponenter av transkripsjons maskiner for å regulere transkripsjonen aktivitet av blomstrende gener. Kromatin immunoutfelling (chip) muliggjør identifikasjon av DNA in vivo-bindingsseter for proteiner av interesse (figur 1). Denne prosedyren utnytter evnen av visse kjemikalier for å kryssbinde proteiner til DNA. De resulterende DNA-proteinkomplekser kan deretter immunopresipitert ved hjelp av spesifikke antistoffer against transkripsjonsfaktorer, kromatin-bindende proteiner, eller bestemte modifikasjoner og heterologe epitoper (ofte referert til som &quot;tags&quot;) festet til proteinet av valget. DNA ble renset fra disse immunopresipitater kan brukes som et templat i kvantitative PCR (qPCR) reaksjoner for å vurdere for anrikning av bestemte sekvenser av interesse. På denne måten, kan bindingssetene av transkripsjonsfaktorer eller fordeling av histon merker i bestemte gener bli etablert 7,8. I tillegg kombineres med Next Generation Sequencing (NGS) som gjør at massiv parallell sekvensering, har chip-teknologi gjort mulig genom-wide identifisering av bindingsstedene for transkripsjonsfaktorer samt avduking epigenomic landskapene histonmodifikasjonene. Videre er den samtidige analyse av genekspresjon muliggjør overvåking hvor binding av transkripsjonelle regulatorer eller avsetning av bestemte histon merkene korrelerer med den transkripsjonelle aktivity av gener 9. Bruken av chip protokoller i Arabidopsis har gjort det mulig å vurdere virkningen at en rekke forskjellige transkripsjonelle regulatorer har på kromatin organiseringen av master-gener av blomstring og hvordan disse strukturelle endringer påvirker genekspresjon 5,6. Tidligere resultater viste at Arabidopsis locus TIDLIG bolting I korte dager (EBS) fungerer som en undertrykker av blomstring og mutanter i dette genet viser en akselerasjon av blomstring og oppregulering av master gen av blomstring FT. I tillegg er tap-av-funksjon-mutasjoner i FT fullstendig undertrykke tidlig blomstring fenotypen til EBS mutant planter, noe som indikerer at FT er nødvendig for tidlig blomstring av EBS mutanter og at EBS er nødvendig for undertrykkelse av denne hoved gen av blomstrende 10 , 11. EBS koder for et PHD holdig protein som spesifikt binder histon H3 di- og trimetylert i the lysin 4 rest (H3K4me2 / 3), noe som tyder på en rolle for EBS i kromatin-mediert undertrykking av FT 12. Bruken av brikken tilnærming vist at Arabidopsis PHD-inneholdende protein EBS 10,11 binder regulatoriske regioner av blomster integrator genet FT for å undertrykke ekspresjon 12. Ytterligere data som oppnås ved bruk av chip teknologi viste at dette proteinet er nødvendig for å opprettholde lave nivåer av histon acetylering, et kjennetegn på aktiv transkripsjon, i kromatin av denne hoved genet av blomstring under innledende stadier av Arabidopsis utvikling. Disse observasjonene, sammen med genetisk og genuttrykk data, viser at denne Arabidopsis PHD holdig protein har en sentral rolle i finjustering av blomstringstid ved å modulere uttrykk for floral integrator genet FT 12. Arbeidet som presenteres her gir en optimalisert metode som er nyttig ikke bare for analyse av histoner, men også for annetkromatin assosierte proteiner, og med økt effektivitet og redusert eksperimentelle tid. Videre viser rapporten hvordan bruken av chip protokoller har gitt ny innsikt i forholdet mellom endringer i kromatin modifikasjoner og transkripsjons tilstander av plantegener, og hvordan disse kromatin-mediert mekanismer for genekspresjon kontroll innvirkning på utbruddet av blomstring i Arabidopsis.

<table border="0">
	<tbody>
		<tr>
			<td>MES</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M8250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MS (Murashige and Skoog Basal Salt Mixture)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M5524</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formaldehyde 37%&#160;</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>F8775-25</td>
			<td>Use under the fume hood</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protease inhibitor mix cOmplete ULTRA Tablets, Mini, EDTA-free, EASYpack</td>
			<td>Roche</td>
			<td>5892791001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bioruptor Standard sonication device</td>
			<td>Diagenode</td>
			<td>B01010002 (UCD200TO)</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>50046</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QIAquick PCR Purification Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>28104</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads&#174; magnetic beads coupled with protein A or protein G</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>10003D/10001D</td>
			<td>Check manufacturer&#8217;s manual for antibody affinity</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Miracloth</td>
			<td>Merck Millipore</td>
			<td>475855</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton&#8482; X-100 Surfact-Amps&#8482; Detergent Solution</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>85112</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>(mouse, rat, rabbit&#8230;)-IgG</td>
			<td>Diagenode</td>
			<td>C15400001, C15420001, C15410206</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnetic rack - DynaMag&#8482;-2</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>12321D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>H3K9/14ac polyclonal antibody - Premium&#160;</td>
			<td>Diagenode</td>
			<td>C15410200-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chelex&#174; 100 Resin</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>142-2832</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Proteinase K</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>17916</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-Myc Tag Antibody, clone 4A6</td>
			<td>Millipore</td>
			<td>05-724</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LightCycler&#174; 480 SYBR Green I Master</td>
			<td>Roche</td>
			<td>4707516001</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

chromatin immunoprecipitation assay for the identification of arabidopsis protein-dna interactions in vivo

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and silencing of genes mediate the response of plants to environmental signals and developmental cues. Therefore, insights into the mechanisms that control plant gene expression are essential to gain a deep understanding of how biological processes are regulated in plants. The chromatin immunoprecipitation (ChIP) technique described here is a procedure to identify the DNA-binding sites of proteins in genes or genomic regions of the model species Arabidopsis thaliana. The interactions with DNA of proteins of interest such as transcription factors, chromatin proteins or posttranslationally modified versions of histones can be efficiently analyzed with the ChIP protocol. This method is based on the fixation of protein-DNA interactions in vivo, random fragmentation of chromatin, immunoprecipitation of protein-DNA complexes with specific antibodies, and quantification of the DNA associated with the protein of interest by PCR techniques. The use of this methodology in Arabidopsis has contributed significantly to unveil transcriptional regulatory mechanisms that control a variety of plant biological processes. This approach allowed the identification of the binding sites of the Arabidopsis chromatin protein EBS to regulatory regions of the master gene of flowering FT. The impact of this protein in the accumulation of particular histone marks in the genomic region of FT was also revealed through ChIP analysis.

Åtte hovedtrinn kan bli utpekt i denne brikken protokoll for identifisering av in vivo protein-DNA-interaksjoner, inkludert dyrking og høsting av plantemateriale, tverrbinding av kromatin, kromatin isolasjon, kromatin fragmentering, selektiv isolering av kompleksene mellom DNA og for proteinet av interesse ved immunoutfelling, protein fordøyelse, DNA-rensing, og qPCR-analyse (figur 1). Et viktig skritt i chip-protokollen er fiksering av DNA-protein interaksjoner i en tverrbindingsre...

Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo at JoVE.com

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Kromatin immunoutfellingen er en kraftfull teknikk for identifisering av DNA-bindende områder av Arabidopsis proteiner in vivo. Denne fremgangsmåten omfatter kromatin tverrbinding og fragmentering, immunopresipitering med selektive antistoffer mot proteinet av interesse, og qPCR-analyse av bundet DNA. Vi beskriver en enkel ChIP assay optimalisert for Arabidopsis planter.

Chromatin Immunutfelling analyse for identifikasjon av Arabidopsis Protein-DNA interaksjoner<em&gt; I Vivo</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...

Research

JoVE Journal

Biology

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

The functional and structural complexity of the myriad of cells in metazoan organisms arises from a small number of stem cells. Stem cells are ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

Chromatin Immunoprecipitation ChIP to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

In response to a variety of extracellular ligands, the STAT (signal transducer and activator of transcription) transcription factors are rapidly recruited ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for Tissue-specific Genes using Early-stage Mouse Embryos

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a powerful tool to identify protein:chromatin interactions that occur in the context of living cells 1-3. This ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) using Drosophila tissue

Chromatin Immunoprecipitation ChIP using Drosophila tissue

Kromatin Immunoprecipitation (chip) ved hjelp Drosophila Vev

Epigenetics remains a rapidly developing field that studies how the chromatin state contributes to differential gene expression in distinct cell types at ...

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

En protokoll for identifikasjon av protein-protein interaksjoner Basert på<sup&gt; 15</sup&gt; N Metabolsk Merking, Immunoutfellingsanalyse, Quantitative massespektrometri og Affinity Modulation

Protein-protein interactions are fundamental for many biological processes in the cell. Therefore, their characterization plays an important role in ...

Efficient Chromatin Immunoprecipitation using Limiting Amounts of Biomass

Effektiv Chromatin immunoprecipitation hjelp Begrense mengder biomasse

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a  widely-used method for determining the interactions of different proteins with  DNA in chromatin of living ...

Combining Single-molecule Manipulation and Imaging for the Study of Protein-DNA Interactions

Kombinere Single-molekyl Manipulasjon og bildebehandling for studier av protein-DNA interaksjoner

The paper describes the combination of optical tweezers and single molecule fluorescence detection for the study of protein-DNA interaction. The method ...