Name: methods to discover alternative promoter usage and transcriptional regulation of murine bcrp1
Uploaded: 2016-05-27T14:00:00
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이 작품은 더글러스 D. 로스와 재향 군인 담당 부서에서 아리프 후세인에 대한 공로 검토 포상에 의해 지원되었다.

마우스 EST 데이터베이스의 BLAST 분석을 사용하여 Bcrp1의 대안 첫 번째 엑손의 실리 예측 1. 참고 :이 프로토콜을 확인하기 위해 게놈 서열에 일치하는 EST 서열을 정렬하는 방법을 다음 마우스 표현 된 시퀀스 태그 (EST) (포함 번역 시작 사이트) Bcrp1의 2 엑손하는 서열의 유사성과 EST를위한 데이터베이스를 검색하는 방법에 대해 설명 자신의 Bcrp1 엑손 (2)의 5 &#39;말단에 마?...

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	<li>Kimura, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversification+of+transcriptional+modulation:+large-scale+identification+and+characterization+of+putative+alternative+promoters+of+human+genes.">Diversification of transcriptional modulation: large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes.</a> Genome Res. 16 (1), 55-65 (2006).</li><li>Doyle, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+multidrug+resistance+transporter+from+human+MCF-7+breast+cancer+cells.">A multidrug resistance transporter from human MCF-7 breast cancer cells.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 95 (26), 15665-15670 (1998).</li><li>Natarajan, K., Xie, Y., Baer, M. R., Ross, D. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+breast+cancer+resistance+protein+(BCRP/ABCG2)+in+cancer+drug+resistance.">Role of breast cancer resistance protein (BCRP/ABCG2) in cancer drug resistance.</a> Biochem Pharmacol. 83 (8), 1084-1103 (2012).</li><li>Qian, X., Cheng, Y. H., Mruk, D. D., Cheng, C. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Breast+cancer+resistance+protein+(Bcrp)+and+the+testis--an+unexpected+turn+of+events.">Breast cancer resistance protein (Bcrp) and the testis--an unexpected turn of events.</a> Asian J Androl. 15 (4), 455-460 (2013).</li><li>Xie, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bcrp1+transcription+in+mouse+testis+is+controlled+by+a+promoter+upstream+of+a+novel+first+exon+(E1U)+regulated+by+steroidogenic+factor-1.">Bcrp1 transcription in mouse testis is controlled by a promoter upstream of a novel first exon (E1U) regulated by steroidogenic factor-1.</a> Biochim Biophys Acta. 1829 (12), 1288-1299 (2013).</li><li>Maliepaard, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Subcellular+localization+and+distribution+of+the+breast+cancer+resistance+protein+transporter+in+normal+human+tissues.">Subcellular localization and distribution of the breast cancer resistance protein transporter in normal human tissues.</a> Cancer Res. 61 (8), 3458-3464 (2001).</li><li>Fetsch, P. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Localization+of+the+ABCG2+mitoxantrone+resistance-associated+protein+in+normal+tissues.">Localization of the ABCG2 mitoxantrone resistance-associated protein in normal tissues.</a> Cancer Lett. 235 (1), 84-92 (2006).</li><li>Cooray, H. C., Blackmore, C. G., Maskell, L., Barrand, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Localisation+of+breast+cancer+resistance+protein+in+microvessel+endothelium+of+human+brain.">Localisation of breast cancer resistance protein in microvessel endothelium of human brain.</a> Neuroreport. 13 (16), 2059-2063 (2002).</li><li>Kolwankar, D., Glover, D. D., Ware, J. A., Tracy, T. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+and+function+of+ABCB1+and+ABCG2+in+human+placental+tissue.">Expression and function of ABCB1 and ABCG2 in human placental tissue.</a> Drug Metab Dispos. 33 (4), 524-529 (2005).</li><li>Xiong, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ABCG2+is+upregulated+in+Alzheimer's+brain+with+cerebral+amyloid+angiopathy+and+may+act+as+a+gatekeeper+at+the+blood-brain+barrier+for+Abeta(1-40)+peptides.">ABCG2 is upregulated in Alzheimer's brain with cerebral amyloid angiopathy and may act as a gatekeeper at the blood-brain barrier for Abeta(1-40) peptides.</a> J Neurosci. 29 (1-40), 5463-5475 (2009).</li><li>Woodward, O. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+urate+transporter,+ABCG2,+with+a+common+functional+polymorphism+causing+gout.">Identification of a urate transporter, ABCG2, with a common functional polymorphism causing gout.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 106 (25), 10338-10342 (2009).</li><li>Huls, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+breast+cancer+resistance+protein+transporter+ABCG2+is+expressed+in+the+human+kidney+proximal+tubule+apical+membrane.">The breast cancer resistance protein transporter ABCG2 is expressed in the human kidney proximal tubule apical membrane.</a> Kidney Int. 73 (2), 220-225 (2008).</li><li>Nakanishi, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Novel+5'+untranslated+region+variants+of+BCRP+mRNA+are+differentially+expressed+in+drug-selected+cancer+cells+and+in+normal+human+tissues:+implications+for+drug+resistance,+tissue-specific+expression,+and+alternative+promoter+usage.">Novel 5' untranslated region variants of BCRP mRNA are differentially expressed in drug-selected cancer cells and in normal human tissues: implications for drug resistance, tissue-specific expression, and alternative promoter usage.</a> Cancer Res. 66 (10), 5007-5011 (2006).</li><li>Ayoubi, T. 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P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+of+mouse+Abcg2+mRNA+during+hematopoiesis+is+regulated+by+alternative+use+of+multiple+leader+exons+and+promoters.">Expression of mouse Abcg2 mRNA during hematopoiesis is regulated by alternative use of multiple leader exons and promoters.</a> J Biol Chem. 281 (40), 29625-29632 (2006).</li><li>Natarajan, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+characterization+of+the+major+alternative+promoter+regulating+Bcrp1/Abcg2+expression+in+the+mouse+intestine.">Identification and characterization of the major alternative promoter regulating Bcrp1/Abcg2 expression in the mouse intestine.</a> Biochim Biophys Acta. 1809 (7), 295-305 (2011).</li><li>Promega. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Wizard&#174; SV Gel and PCR Clean-Up System - INSTRUCTIONS FOR USE OF PRODUCT. , (2009).</li><li>New_England_Biolabs. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Quick Ligation Kit Protocol - M2200S. , (2014).</li><li>Roche. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> XtremeGENE HP DNA Transfection Reagent Protocol - Manual version 1.0). , (2010).</li><li>Promega. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Quick Protocol for the use of the Dual-Luciferase Reporter Assay. , (2009).</li><li>Carninci, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+transcriptional+landscape+of+the+mammalian+genome.">The transcriptional landscape of the mammalian genome.</a> Science. 309 (5740), 1559-1563 (2005).</li><li>VanBuren, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assembly,+verification,+and+initial+annotation+of+the+NIA+mouse+7.4K+cDNA+clone+set.">Assembly, verification, and initial annotation of the NIA mouse 7.4K cDNA clone set.</a> Genome Res. 12 (12), 1999-2003 (2002).</li><li>Bonaldo, M. F., Lennon, G., Soares, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Normalization+and+subtraction:+two+approaches+to+facilitate+gene+discovery.">Normalization and subtraction: two approaches to facilitate gene discovery.</a> Genome Res. 6 (9), 791-806 (1996).</li><li>Okazaki, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+mouse+transcriptome+based+on+functional+annotation+of+60,770+full-length+cDNAs.">Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs.</a> Nature. 420 (6915), 563-573 (2002).</li><li>Landry, J. R., Mager, D. L., Wilhelm, B. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Complex+controls:+the+role+of+alternative+promoters+in+mammalian+genomes.">Complex controls: the role of alternative promoters in mammalian genomes.</a> Trends Genet. (11), 640-648 (2009).</li><li>Park, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIP-seq:+advantages+and+challenges+of+a+maturing+technology.">ChIP-seq: advantages and challenges of a maturing technology.</a> Nat Rev Genet. 10 (10), 669-680 (2009).</li><li>Bulun, S. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+aromatase+expression+in+breast+cancer+tissue.">Regulation of aromatase expression in breast cancer tissue.</a> Ann N Y Acad Sci. 1155, 121-131 (2009).</li></ol>

제시된 방법과 대표적인 결과의 대부분은 2013 5 년에 출판되었다 ​​&quot;마우스 고환에서 B의 crp1 전사 상류 steroidogenic 요소-1에 의해 규제 소설 첫 번째 엑손 (E1U)의 프로모터에 의해 제어된다&quot;라는 이전 작업에 설명되어 있습니다 . 여기에 도시 된 대표적인 결과에 더하여, 이전의 논문은 5&#39;-RACE PCR 및 RT-PCR 방법을 이용하여 대안적인 제 엑손 활용 추정치를 제공 하였다. ?...

더 많은 인간 유전자의 절반 이상은 다른 발기인 (1)에 의해 조절된다. 각 대안 프로모터는 다른 대안 발기인에서와 다를 수 있습니다 조절 요소를 포함 할 수 있습니다. 하나의 조직에 사용되는 프로모터 (들) 다른 조직에서 사용되는 것과 다를 수 있습니다. 예를 들면, 소정의 신호 전달 경로의 활성화는 하나의 조직에 이용되는 유전자 대안 적 프로모터를 실행하면서도에 영향을 미치지 또는 다른 조직에서 이용되는 것과 같은 유전자에 대한 별도의 다른 프로모터를 금할 수있다. Bcrp1 유전자의 발현은 다른 발기인이 적용됩니다. Bcrp1은 인간의 유방암 저항 단백질 (BCRP) 유전자의 쥐 orthologue입니다. BCRP는 ATP 바인딩 카세트 (ABC) 트랜스 포터, 공식적으로 지정 ABCG2 2, 3입니다. 정점 세포막 단백질로서, BCRP / Bcrp1 기능 천연 및 생체이 다양한 기질을 유출하는 <sup&gt; 3,4-. (12) - 인간과 쥐에서 BCRP / Bcrp1은 매우 예컨대 태반, 뇌와 고환 2, 5 등 혈액 조직 장벽과 간 (담즙 누소관), 소장, 신장,뿐만 아니라 기관으로 약학 관련 기관 표현된다. 조혈 암 줄기 세포를 포함한 다른 줄기 세포에서 BCRP / Bcrp1 생체 이물질의 발현은 암 화학 요법 제 약물 (3)에 이들 세포의 내성을 부여 할 수있다. 정상 및 종양 세포에서 BCRP 식의 규정을 이해하는 초기 연구에서 cDNA를 종료 (5&#39;-RACE) BCRP의 mRNA의 분석 5 &#39;빠른 증폭 정확한 전사 개시 사이트 (13)을 결정 하였다. 뿐만 아니라 다수의 발견 전사 개시 사이트시켰다 또한 BCRP에 번역되지 않은 첫 번째 엑손, 세 가지 다른 형태가되었다가 발생했습니다. 이러한 대안 첫 번째 엑손 - E1A 지정, E1B, E1C는 - 인체 조직의 다양한 다르게 표현했다. 두 개의 추가적인 제 엑손 변이체 BCRP 13 번째 엑손을 사용하여 인간의 EST 데이터베이스의 BLAST 검색에서 발견되었다. 네 경기는 상류 E1u를 지정되었다 엑손 2에서 첫 번째 엑손&gt; 70킬로바이트를 한 것으로 밝혀졌습니다; 네 개의 다른 경기는 E1- (13)를 지정되었다 완전히 첫 번째 엑손 부족 BCRP의 mRNA를 밝혔다. 대안 리더 엑손의 존재는 다른 프로모터 사용 (14)의 표현 인 것으로 간주된다. 마우스에서, Bcrp1 네 다른 제 엑손 다른 마우스 조직에서 Bcrp 한 전사를 제어하는 프로모터 대신에 대응할 수 것이 기재되어있다; 이러한 엑손 / 발기인 E1U, E1A, E1B 및 E1C을 지정하고, 약있는 70, Bcrp1 엑손 2 5, 15 상류 58, 15, 및 5킬로바이트 E1A mRNA의 이소 형은 murin에서 지배적 인 것으로 밝혀졌다즉 조혈 줄기 세포, 심장, 폐, 비장, 뇌의 E1B 이성체가 골수 5, 15 마우스 대장, 태아 간 세포 및 적혈구 전구 세포에서 발현 된 반면. 상류 E1B로부터 프로모터 포스 사이 클릭 AMP 반응 요소 결합 단백질 (p-CREB) 그 대안 고유 CREB ​​반응 요소에 의해 적어도 부분적으로 조절 마우스 장내 Bcrp1 전사를 지배하는 중요한 대안 프로모터 것으로 나타났다 Bcrp1 프로모터 (16). E1C mRNA의 이성체가 주로 성인 쥐의 간 및 신장 (5)로 표현된다. E1U 이소 형은 5 표현 지배적 인 이소 인 쥐의 고환을 제외하고 테스트 대부분의 조직에서 발견 할 수없는 것입니다. Bcrp1은 (는 말기 정자 4를 보호 할 수있는 정액을 운반하는 내피 세포에서) 모두 체세포 (내피 꽉 접합, 세뇨관 myoid 세포와 세르 톨리 (Sertoli) 세포)와 배아 세포에서 발견되는 쥐의 고환에 표현했다. 등록상류 E1U에서 이온 steroidogenic 인자 -1 (SF-1) 5 기능 응답 요소가 포함되어 있습니다. Bcrp1의 mRNA와 단백질은 크게 쥐의 세르 톨리 (Sertoli) 세포에서 Bcrp1 발현 SF-1 (5)에 의해 제어되고 있음을 시사 세르 톨리 (Sertoli) 세포의 특정 SF-1 녹아웃 생쥐의 고환에서 감소된다. 구체적 방법을 제시 프로토콜에 실리 Bcrp1 대체 엑손 제를 검출하고, 상류 식별 된 다른 제 엑손에서 추정 프로모터 루시페라아제 기반 리포터 분석법을 확립.

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	<tbody>
		<tr>
			<td>COMMERCIAL BIOLOGIC MATERIALS AND KITS:</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>First Choice RLM-RACE kit</td>
			<td>Ambion Inc., Austin, TX, currently available through Life Technologies</td>
			<td>AM1700</td>
			<td>5&#39;-RACE PCR kit</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TOPO TA cloning kit&#160;</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>K450001</td>
			<td>This kit contains the TOP10 chemically competent E. coli bacteria.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T4 DNA ligase quick ligation kit</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M2200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Faststart high-fidelity Taq- DNA polymerase</td>
			<td>Sigma-Aldrich/Roche</td>
			<td>3553400001/RMB-4738284001&#160;</td>
			<td>Contains a high-fidelity Taq polymerase enzyme blend</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>XtremeGENE HP DNA transfection reagent</td>
			<td>Roche</td>
			<td>6366236001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dual-luciferase reporter assay kit</td>
			<td>Promega</td>
			<td>E1910</td>
			<td>Includes the pGL3-basic empty reporter vector (firefly luciferase), pRLTK renilla luciferase expressing vector, and other control vectors.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QIAprep</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>27104</td>
			<td>For plasmid miniprep - isolation and purification of plasmid DNA from bacterial colonies</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pCR2.1 vector</td>
			<td>part of the TOPO TA cloning kit</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pGL3-basic luciferase containing vector</td>
			<td>Promega</td>
			<td>E1751</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pRL-TK Renilla luciferase expressing vector</td>
			<td>Promega</td>
			<td>E2241</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacterial artificial chromosome</td>
			<td>BACPAC Resources Center, Children&#8217;s Hospital Oakland Research Institute, Oakland, CA</td>
			<td>RP23-285A12 and RP24-314E24</td>
			<td>http://bacpac.chori.org/clones.htm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company&#160;</td>
			<td>Catalog Number&#160;</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>REAGENTS/CHEMICALS/MEDIA/SUPPLIES</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TRIzol</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>15596026</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Wizard&#174; SV Gel and PCR Clean-Up System&#160;</td>
			<td>Promega</td>
			<td>A9281</td>
			<td>Useful for purifying PCR products following digestion with restriction endonucleases</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CRYOVIALS</td>
			<td>Denville Scientific</td>
			<td>V9012</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company&#160;</td>
			<td>Catalog Number&#160;</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SOFTWARE:</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ensembl software</td>
			<td>Ensembl project</td>
			<td>http://Ensembl.org&#160;</td>
			<td>The Ensembl project produces genome databases for vertebrates and other eukaryotic species, and makes this information freely available online.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Blast software</td>
			<td>NCBI</td>
			<td>http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD= 
			Web&#38;PAGE_TYPE=BlastHome</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Primer 3 software</td>
			<td>Simgene</td>
			<td>http://simgene.com/Primer3</td>
			<td>Useful for designing primers for 5&#39;-RACE PCR</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NCBI Nucleotide database</td>
			<td>NCBI</td>
			<td>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company&#160;</td>
			<td>Catalog Number&#160;</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CELL LINES:</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TM4 murine Sertoli cells</td>
			<td>ATCC, Manassas, Virginia</td>
			<td>CRL-1715&#8482;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company&#160;</td>
			<td>Catalog Number&#160;</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>INSTRUMENTS:</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Luminometer</td>
			<td>Turner Biosystems</td>
			<td>TD-20/20</td>
			<td>This is a relatively inexpensive, manually operated luminometer. Automated systems are also available from the same manufacturer that utilize 96 well plates.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NanoDrop spectrophotometers</td>
			<td>Thermo Scientific, Inc.</td>
			<td>NanoDrop 2000</td>
			<td>Spectrophotometer can use very small quantities of sample</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DU 800 UV/VIS spectrophotometer and Nucleic Acid Analysis II software</td>
			<td>BeckmanCoulter Inc, Fullerton, CA</td>
			<td>DU 800</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

methods to discover alternative promoter usage and transcriptional regulation of murine bcrp1

일반적으로 번역되지 않은 - - 첫 번째 엑손 다른 조직에서 유전자 발현은 종종 독특한와의 mRNA의 합성 결과 다른 프로모터에 의해 제어된다. E1U, E1A, E1B 및 E1C : Bcrp1 (ABCG2)는 ABC 트랜스 포터 유방암 저항 단백질 (BCRP, ABCG2)의 쥐 orthologue는, 생산 대응하는 네 개의 대안 첫 번째 엑손에 의해 지정된 적어도 네 개의 대안 발기인이 있습니다. 여기에 실리 프로토콜은 Bcrp1에 대한 대체 발기인 사용량을 예측하기 위해 제공됩니다. 또한, 리포터 분석 방법은 다른 프로모터 리포터 작 제물을 제조하고,이 상류 식별 대안 제 엑손의 추정 프로모터의 기능을 결정하기 위해 설명된다.

리더 엑손의 분석에 의해 마우스 고환에서 Bcrp 한 다른 프로모터 활용의 식별 NCBI의 EST 데이터베이스 프로토콜 1에서 설명 된 단계 (2015 에이프릴) 프로브되었을 때, EST를 게놈에서의 위치와 함께, 하나의 mRNA를 표 1에 나타낸다 ...

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Methods to Discover Alternative Promoter Usage and Transcriptional Regulation of Murine Bcrp1

방법은 쥐 Bcrp1의 대체 발기인 사용 및 전사 규정을 발견 할 수

예로서, 뮤린 ABC 수송 Bcrp1 (ABCG2)을에 실리 프로토콜은 마우스 조직에서 발현하는 유전자로 대체 프로모터 사용량을 검출하고, 리포터 분석법을 사용하여 확인 된 다른 프로모터의 기능을 평가하기 위해 제공된다.

Gene expression in different tissues is often controlled by alternative promoters that result in the synthesis of mRNA with unique &#8212; usually ...

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유전자 발현의 DNA 상호 작용, 디스 전사 레귤레이터, 그리고 소설 안티 종양 에이전트를 식별 : 단백질을 연구하는 정량 분석

Many DNA-binding assays such as electrophoretic mobility shift assays (EMSA), chemiluminescent assays, chromatin immunoprecipitation (ChIP)-based assays, ...

Fluorescence Based Primer Extension Technique to Determine Transcriptional Starting Points and Cleavage Sites of RNases In Vivo

Fluorescence Based Primer Extension Technique to Determine Transcriptional Starting Points and Cleavage Sites of RNases In Vivo

형광 기반 프라이머 확장 기술은 전사 시작 포인트 및 RNases의 쪼개짐 사이트를 확인하는<em&gt; 생체</em

Fluorescence based primer extension (FPE) is a molecular method to determine transcriptional starting points or processing sites of RNA molecules. This is ...

Generation of Plasmid Vectors Expressing FLAG-tagged Proteins Under the Regulation of Human Elongation Factor-1&#945; Promoter Using Gibson Assembly

Generation of Plasmid Vectors Expressing FLAG-tagged Proteins Under the Regulation of Human Elongation Factor-1ÃƒÅ½Ã‚Â± Promoter Using Gibson Assembly

플라스미드 벡터를 생성 깁슨 어셈블리를 사용하여 인간의 신장 요인-1α의 발기인의 규정에 따라 FLAG-태그 단백질을 표현

Gibson assembly (GA) cloning offers a rapid, reliable, and flexible alternative to conventional DNA cloning methods. We used GA to create customized ...

Methods to Classify Cytoplasmic Foci as Mammalian Stress Granules

포유류 스트레스 과립으로 세포질 초점을 분류하는 방법

Cells are often challenged by sudden environmental changes. Stress Granules (SGs), cytoplasmic ribonucleoprotein complexes that form in cells exposed to ...

Plant Promoter Analysis: Identification and Characterization of Root Nodule Specific Promoter in the Common Bean

식물 발기인 분석: 식별 및 일반적인 콩에서 루트 결 절 특정 발기인의 특성

The upstream sequences of gene coding sequences are termed as promoter sequences. Studying the expression patterns of promoters are very significant in ...

Plant-Microbe Interaction: Transcriptional Response of Bacillus Mycoides to Potato Root Exudates

Plant-Microbe Interaction: Transcriptional Response of Bacillus Mycoides to Potato Root Exudates

감자 루트 Exudates 균 Mycoides 의 Transcriptional 응답을 식물 세균 상호 작용:

Beneficial plant-associated bacteria play an important role in promoting growth and preventing disease in plants. The application of plant ...