Name: methods to discover alternative promoter usage and transcriptional regulation of murine bcrp1
Uploaded: 2016-05-27T14:00:00
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Este trabalho foi apoiado por Mérito Revisão concessões para Douglas D. Ross e para Arif Hussain, do Departamento de Assuntos dos Veteranos.

1. predição in silico da alternativa de primeira exons do Bcrp1 Utilizando Análise BLAST of Mouse EST Banco de Dados Nota: Este protocolo descreve como procurar a tag rato sequência expressa (EST) do banco de dados de ESTs com similaridade de sequência com o exão 2 de Bcrp1 (que contém o local de início da tradução) e, em seguida, como alinhar as sequências EST correspondentes a sequências genômicas para determinar a sua Localização no gene relativa Bcrp1 rato com a ext...

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	<li>Kimura, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversification+of+transcriptional+modulation:+large-scale+identification+and+characterization+of+putative+alternative+promoters+of+human+genes.">Diversification of transcriptional modulation: large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes.</a> Genome Res. 16 (1), 55-65 (2006).</li><li>Doyle, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+multidrug+resistance+transporter+from+human+MCF-7+breast+cancer+cells.">A multidrug resistance transporter from human MCF-7 breast cancer cells.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 95 (26), 15665-15670 (1998).</li><li>Natarajan, K., Xie, Y., Baer, M. R., Ross, D. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+breast+cancer+resistance+protein+(BCRP/ABCG2)+in+cancer+drug+resistance.">Role of breast cancer resistance protein (BCRP/ABCG2) in cancer drug resistance.</a> Biochem Pharmacol. 83 (8), 1084-1103 (2012).</li><li>Qian, X., Cheng, Y. H., Mruk, D. D., Cheng, C. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Breast+cancer+resistance+protein+(Bcrp)+and+the+testis--an+unexpected+turn+of+events.">Breast cancer resistance protein (Bcrp) and the testis--an unexpected turn of events.</a> Asian J Androl. 15 (4), 455-460 (2013).</li><li>Xie, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bcrp1+transcription+in+mouse+testis+is+controlled+by+a+promoter+upstream+of+a+novel+first+exon+(E1U)+regulated+by+steroidogenic+factor-1.">Bcrp1 transcription in mouse testis is controlled by a promoter upstream of a novel first exon (E1U) regulated by steroidogenic factor-1.</a> Biochim Biophys Acta. 1829 (12), 1288-1299 (2013).</li><li>Maliepaard, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Subcellular+localization+and+distribution+of+the+breast+cancer+resistance+protein+transporter+in+normal+human+tissues.">Subcellular localization and distribution of the breast cancer resistance protein transporter in normal human tissues.</a> Cancer Res. 61 (8), 3458-3464 (2001).</li><li>Fetsch, P. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Localization+of+the+ABCG2+mitoxantrone+resistance-associated+protein+in+normal+tissues.">Localization of the ABCG2 mitoxantrone resistance-associated protein in normal tissues.</a> Cancer Lett. 235 (1), 84-92 (2006).</li><li>Cooray, H. C., Blackmore, C. G., Maskell, L., Barrand, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Localisation+of+breast+cancer+resistance+protein+in+microvessel+endothelium+of+human+brain.">Localisation of breast cancer resistance protein in microvessel endothelium of human brain.</a> Neuroreport. 13 (16), 2059-2063 (2002).</li><li>Kolwankar, D., Glover, D. D., Ware, J. A., Tracy, T. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+and+function+of+ABCB1+and+ABCG2+in+human+placental+tissue.">Expression and function of ABCB1 and ABCG2 in human placental tissue.</a> Drug Metab Dispos. 33 (4), 524-529 (2005).</li><li>Xiong, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ABCG2+is+upregulated+in+Alzheimer's+brain+with+cerebral+amyloid+angiopathy+and+may+act+as+a+gatekeeper+at+the+blood-brain+barrier+for+Abeta(1-40)+peptides.">ABCG2 is upregulated in Alzheimer's brain with cerebral amyloid angiopathy and may act as a gatekeeper at the blood-brain barrier for Abeta(1-40) peptides.</a> J Neurosci. 29 (1-40), 5463-5475 (2009).</li><li>Woodward, O. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+urate+transporter,+ABCG2,+with+a+common+functional+polymorphism+causing+gout.">Identification of a urate transporter, ABCG2, with a common functional polymorphism causing gout.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 106 (25), 10338-10342 (2009).</li><li>Huls, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+breast+cancer+resistance+protein+transporter+ABCG2+is+expressed+in+the+human+kidney+proximal+tubule+apical+membrane.">The breast cancer resistance protein transporter ABCG2 is expressed in the human kidney proximal tubule apical membrane.</a> Kidney Int. 73 (2), 220-225 (2008).</li><li>Nakanishi, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Novel+5'+untranslated+region+variants+of+BCRP+mRNA+are+differentially+expressed+in+drug-selected+cancer+cells+and+in+normal+human+tissues:+implications+for+drug+resistance,+tissue-specific+expression,+and+alternative+promoter+usage.">Novel 5' untranslated region variants of BCRP mRNA are differentially expressed in drug-selected cancer cells and in normal human tissues: implications for drug resistance, tissue-specific expression, and alternative promoter usage.</a> Cancer Res. 66 (10), 5007-5011 (2006).</li><li>Ayoubi, T. A., Van De Ven, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+gene+expression+by+alternative+promoters.">Regulation of gene expression by alternative promoters.</a> FASEB J. 10 (4), 453-460 (1996).</li><li>Zong, Y., Zhou, S., Fatima, S., Sorrentino, B. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+of+mouse+Abcg2+mRNA+during+hematopoiesis+is+regulated+by+alternative+use+of+multiple+leader+exons+and+promoters.">Expression of mouse Abcg2 mRNA during hematopoiesis is regulated by alternative use of multiple leader exons and promoters.</a> J Biol Chem. 281 (40), 29625-29632 (2006).</li><li>Natarajan, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+characterization+of+the+major+alternative+promoter+regulating+Bcrp1/Abcg2+expression+in+the+mouse+intestine.">Identification and characterization of the major alternative promoter regulating Bcrp1/Abcg2 expression in the mouse intestine.</a> Biochim Biophys Acta. 1809 (7), 295-305 (2011).</li><li>Promega. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Wizard&#174; SV Gel and PCR Clean-Up System - INSTRUCTIONS FOR USE OF PRODUCT. , (2009).</li><li>New_England_Biolabs. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Quick Ligation Kit Protocol - M2200S. , (2014).</li><li>Roche. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> XtremeGENE HP DNA Transfection Reagent Protocol - Manual version 1.0). , (2010).</li><li>Promega. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Quick Protocol for the use of the Dual-Luciferase Reporter Assay. , (2009).</li><li>Carninci, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+transcriptional+landscape+of+the+mammalian+genome.">The transcriptional landscape of the mammalian genome.</a> Science. 309 (5740), 1559-1563 (2005).</li><li>VanBuren, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assembly,+verification,+and+initial+annotation+of+the+NIA+mouse+7.4K+cDNA+clone+set.">Assembly, verification, and initial annotation of the NIA mouse 7.4K cDNA clone set.</a> Genome Res. 12 (12), 1999-2003 (2002).</li><li>Bonaldo, M. F., Lennon, G., Soares, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Normalization+and+subtraction:+two+approaches+to+facilitate+gene+discovery.">Normalization and subtraction: two approaches to facilitate gene discovery.</a> Genome Res. 6 (9), 791-806 (1996).</li><li>Okazaki, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+mouse+transcriptome+based+on+functional+annotation+of+60,770+full-length+cDNAs.">Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs.</a> Nature. 420 (6915), 563-573 (2002).</li><li>Landry, J. R., Mager, D. L., Wilhelm, B. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Complex+controls:+the+role+of+alternative+promoters+in+mammalian+genomes.">Complex controls: the role of alternative promoters in mammalian genomes.</a> Trends Genet. (11), 640-648 (2009).</li><li>Park, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIP-seq:+advantages+and+challenges+of+a+maturing+technology.">ChIP-seq: advantages and challenges of a maturing technology.</a> Nat Rev Genet. 10 (10), 669-680 (2009).</li><li>Bulun, S. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+aromatase+expression+in+breast+cancer+tissue.">Regulation of aromatase expression in breast cancer tissue.</a> Ann N Y Acad Sci. 1155, 121-131 (2009).</li></ol>

A maioria dos métodos e os resultados representativos apresentados encontram-se descritos em trabalhos anteriores, intitulado &quot;B transcrição crp1 no testículo do rato é controlada por um promotor a montante de um novo primeiro exão (E1U) regulado por factor 1 de esteroidogênica&quot;, que foi publicada em 2013 5 . para além dos resultados representativos descritos aqui, o trabalho anterior proporcionou estimativas de utilização exão primeira alternativa utilizando 5&#39;-RACE PCR e RT...

Mais de metade dos genes humanos são regulados por promotores alternativos 1. Cada promotor alternativa pode conter elementos reguladores que podem ser diferentes das de outros promotores alternativos. O promotor (es) utilizado num tecido podem ser diferentes daquelas usadas num outro tecido. Por exemplo, é possível que a activação de uma determinada via de sinalização pode desencadear o promotor alternativo para um gene utilizado em um tecido, mas não têm efeito sobre ou reprimir um promotor separado alternativa para o mesmo gene que é utilizado noutro tecido. A expressão do gene é regulada pelo Bcrp1 promotores alternativos. Bcrp1 é o ortólogo de murídeo do gene humano da mama cancro da Resistência Proteína (BCRP). BCRP é um transportador de cassete de ligação a ATP (ABC), ABCG2 2, 3 designado formalmente. Como uma proteína da membrana plasmática apical, funções / Bcrp1 BCRP efluxo de uma grande variedade de substratos naturais e xenobióticos <sup&gt; 3, 4. Em humanos e ratos, BCRP / Bcrp1 é altamente expresso em órgãos farmacologicamente relevantes, tais como o fígado (canalículos biliares), intestino e rins, bem como órgãos com barreiras sangue-tecido, como placenta, cérebro e testículos 2, 5 - 12. Expressão da BCRP / Bcrp1 em hematopoiético e outras células estaminais, incluindo cancro de células estaminais, pode conferir resistência dessas células a xenobióticos e fármacos quimioterapêuticos de cancro 3. Em trabalho inicial de compreender a regulação da expressão BCRP em células normais e neoplásicas, 5 &#39;amplificação rápida de extremidades de ADNc (5&#39;-RACE) análise de ARNm BCRP foi realizado para determinar o seu local de início da transcrição exacta 13. Não só foram vários locais de início da transcrição encontrados; Também foram encontradas três formas alternativas do primeiro exão, o qual é em BCRP não traduzida. Estes primeiros exons alternativos - designadas E1a, E1b, E1C - foram expressos de forma diferente em uma variedade de tecidos humanos. Duas primeiras variantes de exão adicionais foram descobertos em uma pesquisa BLAST da base de dados EST humana usando o segundo exão do BCRP 13. Quatro partidas revelou um primeiro exão&gt; 70 kb a montante do exão 2, que foram designados E1u; outras quatro partidas revelou mRNA BCRP que faltava um primeiro exão inteiramente, que foram designados E1 13. A presença de exões alternativos líder é considerado ser uma manifestação da utilização promotor alternativa 14. Em ratinhos, quatro primeiros exões alternativos de Bcrp1 são descritos que podem corresponder aos promotores alternativos que governam a transcrição Bcrp 1 em diferentes tecidos de ratinho; estes exons / promotores são designados E1U, E1A, E1B e E1C, e estão localizados cerca de 70, 58, 15 e 5 kb a montante de Bcrp1 exão 2 5, 15. A isoforma de ARNm de E1A foi encontrado para ser predominante em Murine células-tronco hematopoiéticas, coração, pulmão, baço e cérebro, ao passo que a isoforma E1B foi expressa no intestino do rato, células de fígado fetal, e as células precursoras eritróides na medula óssea de 5, 15. O promotor a montante de E1B foi demonstrado que é o principal promotor alternativo que rege Bcrp1 transcrição no intestino do rato, regulada, pelo menos em parte, por fosfo-AMP-cíclico proteína elemento de resposta de ligação (p-CREB) e um elemento de resposta de CREB única para esse alternativa promotor Bcrp1 16. A isoforma ARNm E1C é predominantemente expresso no fígado de murino adulto e o rim 5. A isoforma E1U não é detectável na maioria dos tecidos testados excepto para testículo de murino, em que é a isoforma predominante expressa 5. Bcrp1 expressa em testículos de ratos é encontrado em ambos os somáticas (junções endoteliais apertadas, células mióides peritubulares e células de Sertoli) e células germinativas (no endotélio seminífero, onde ele pode proteger em estágio final spermatids 4). a rega montante do ião E1U contém um elemento de resposta funcional para esteroidogênica factor-1 (SF-1) 5. Bcrp1 ARNm e proteína são marcadamente reduzida nos testículos dos ratinhos knockout de Sertoli específicos de células SF-1, sugerindo que a expressão em células de Sertoli Bcrp1 murino é controlado por SF-1 5. Os protocolos apresentados métodos para detectar detalhe primeiros exões alternativos de Bcrp1 in silico, e para estabelecer ensaios de repórter de luciferase baseados em promotores putativos para a montante dos primeiros exões alternativos identificados.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>COMMERCIAL BIOLOGIC MATERIALS AND KITS:</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>First Choice RLM-RACE kit</td>
			<td>Ambion Inc., Austin, TX, currently available through Life Technologies</td>
			<td>AM1700</td>
			<td>5&#39;-RACE PCR kit</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TOPO TA cloning kit&#160;</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>K450001</td>
			<td>This kit contains the TOP10 chemically competent E. coli bacteria.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T4 DNA ligase quick ligation kit</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M2200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Faststart high-fidelity Taq- DNA polymerase</td>
			<td>Sigma-Aldrich/Roche</td>
			<td>3553400001/RMB-4738284001&#160;</td>
			<td>Contains a high-fidelity Taq polymerase enzyme blend</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>XtremeGENE HP DNA transfection reagent</td>
			<td>Roche</td>
			<td>6366236001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dual-luciferase reporter assay kit</td>
			<td>Promega</td>
			<td>E1910</td>
			<td>Includes the pGL3-basic empty reporter vector (firefly luciferase), pRLTK renilla luciferase expressing vector, and other control vectors.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QIAprep</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>27104</td>
			<td>For plasmid miniprep - isolation and purification of plasmid DNA from bacterial colonies</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pCR2.1 vector</td>
			<td>part of the TOPO TA cloning kit</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pGL3-basic luciferase containing vector</td>
			<td>Promega</td>
			<td>E1751</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pRL-TK Renilla luciferase expressing vector</td>
			<td>Promega</td>
			<td>E2241</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacterial artificial chromosome</td>
			<td>BACPAC Resources Center, Children&#8217;s Hospital Oakland Research Institute, Oakland, CA</td>
			<td>RP23-285A12 and RP24-314E24</td>
			<td>http://bacpac.chori.org/clones.htm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company&#160;</td>
			<td>Catalog Number&#160;</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>REAGENTS/CHEMICALS/MEDIA/SUPPLIES</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TRIzol</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>15596026</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Wizard&#174; SV Gel and PCR Clean-Up System&#160;</td>
			<td>Promega</td>
			<td>A9281</td>
			<td>Useful for purifying PCR products following digestion with restriction endonucleases</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CRYOVIALS</td>
			<td>Denville Scientific</td>
			<td>V9012</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company&#160;</td>
			<td>Catalog Number&#160;</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SOFTWARE:</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ensembl software</td>
			<td>Ensembl project</td>
			<td>http://Ensembl.org&#160;</td>
			<td>The Ensembl project produces genome databases for vertebrates and other eukaryotic species, and makes this information freely available online.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Blast software</td>
			<td>NCBI</td>
			<td>http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD= 
			Web&#38;PAGE_TYPE=BlastHome</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Primer 3 software</td>
			<td>Simgene</td>
			<td>http://simgene.com/Primer3</td>
			<td>Useful for designing primers for 5&#39;-RACE PCR</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NCBI Nucleotide database</td>
			<td>NCBI</td>
			<td>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company&#160;</td>
			<td>Catalog Number&#160;</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CELL LINES:</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TM4 murine Sertoli cells</td>
			<td>ATCC, Manassas, Virginia</td>
			<td>CRL-1715&#8482;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company&#160;</td>
			<td>Catalog Number&#160;</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>INSTRUMENTS:</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Luminometer</td>
			<td>Turner Biosystems</td>
			<td>TD-20/20</td>
			<td>This is a relatively inexpensive, manually operated luminometer. Automated systems are also available from the same manufacturer that utilize 96 well plates.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NanoDrop spectrophotometers</td>
			<td>Thermo Scientific, Inc.</td>
			<td>NanoDrop 2000</td>
			<td>Spectrophotometer can use very small quantities of sample</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DU 800 UV/VIS spectrophotometer and Nucleic Acid Analysis II software</td>
			<td>BeckmanCoulter Inc, Fullerton, CA</td>
			<td>DU 800</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

methods to discover alternative promoter usage and transcriptional regulation of murine bcrp1

a expressão do gene em diferentes tecidos é frequentemente controlada por promotores alternativos que resultam na síntese de ARNm com exclusivos - normalmente não traduzidas - primeiros exões. Bcrp1 (ABCG2), o ortólogo de murídeo da mama ABC transporter Resistência cancro Proteína (BCRP, ABCG2), tem pelo menos quatro promotores alternativos que são designadas pelos quatro primeiros exões alternativos correspondentes produzidos: E1U, E1A, E1B, E1C e. Nisto, in silico protocolos são apresentados para predizer o uso alternativo promotor para Bcrp1. Além disso, os métodos de ensaio de repórter são descritos para produzir construções repórter para promotores alternativos e para determinar a funcionalidade de promotores putativos a montante do primeiro exões alternativos que são identificados.

Identificação de Bcrp utilização promotor 1 alternativo no testículo do rato através da análise de exons líder Quando o banco de dados de EST no NCBI foi sondada (Abril de 2015) utilizando os passos descritos no Protocolo 1, os ESTs encontrados que foram contígua com a extremidade 5 &#39;do exão 2 no Bcrp 1 ARNm estão apresentados ...

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Methods to Discover Alternative Promoter Usage and Transcriptional Regulation of Murine Bcrp1

Métodos para descobrir Uso Promotor Alternativa e regulação da transcrição de Murino Bcrp1

Com o transportador ABC de murino Bcrp1 (ABCG2) como um exemplo, in silico protocolos são apresentados para detectar alternativos de utilização do promotor nos genes expressos em tecidos de ratinho, e para avaliar a funcionalidade dos promotores alternativos identificados utilizando ensaios de repórter.

Gene expression in different tissues is often controlled by alternative promoters that result in the synthesis of mRNA with unique &#8212; usually ...

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Cells are often challenged by sudden environmental changes. Stress Granules (SGs), cytoplasmic ribonucleoprotein complexes that form in cells exposed to ...

Plant Promoter Analysis: Identification and Characterization of Root Nodule Specific Promoter in the Common Bean

Análise do promotor de planta: Identificação e caracterização de raiz nódulo promotor específico no feijão comum

The upstream sequences of gene coding sequences are termed as promoter sequences. Studying the expression patterns of promoters are very significant in ...