Name: removal of exogenous materials from the outer portion of frozen cores to investigate the ancient biological communities harbored inside
Uploaded: 2016-07-03T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Removal of Exogenous Materials from the Outer Portion of Frozen Cores to Investigate the Ancient Biological Communities Harbored Inside at JoVE.com

This work was funded through the U.S. Army Engineer Research and Development Center, Basic Research Program Office. Permission for publishing this information has been granted by the Chief of Engineers.

1. Vorbereitung der Ausrüstung und Permafrost Core Collection <ol><li> Vorbereitung der Ausrüstung und Feldprobe Sammlung und Erhaltung Gang <ol><li> Montieren Schnecke für die Probenentnahme durch den Antriebsadapter in die Spitze des Laufes ein und drehen Sie den Hebel um ihn zu sperren. Pin das Adapterrohr auf den Antriebsadapter und stecken Sie den Motor auf den Adapterrohr. Legen Sie die Messer auf den Lauf. </li><li> Tragen Sie leichte Pflicht Anzüge, Nitril Handschuhe und Masken eine Kontamination der Probe...

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	<li>Solomon, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Climate Change 2007: The Physical Science Basis. , (2007).</li><li>Marchenko, S., Romanovsky, V., Tipenko, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Numerical+Modeling+of+Spatial+Permafrost+Dynamics+in+Alaska.">Numerical Modeling of Spatial Permafrost Dynamics in Alaska.</a> Proc. Ninth Int. Conferen. Permafr. 29, 1125-1130 (2008).</li><li>Pachauri, R. K., Meyer, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Climate Change 2014: Synthesis Report. Contributions of Working Groups I, II, and III to the Fifth Assessment Report of the Intergovernmental Panel on Climate Change. , (2007).</li><li>Osterkamp, T. E., Romanovsky, V. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evidence+for+warming+and+thawing+of+discontinuous+permafrost+in+Alaska.">Evidence for warming and thawing of discontinuous permafrost in Alaska.</a> Permafr. Periglac. Process. 10 (1), 17-37 (1999).</li><li>Wolken, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evidence+and+implications+of+recent+and+projected+climate+change+in+Alaska's+forest+ecosystems.">Evidence and implications of recent and projected climate change in Alaska's forest ecosystems.</a> Ecosphere. 2 (11), 1-35 (2011).</li><li>Hinzman, L. D., Kane, D. L., Gieck, R. E., Everett, K. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydrologic+and+thermal+properties+of+the+active+layer+in+the+Alaskan+Arctic.">Hydrologic and thermal properties of the active layer in the Alaskan Arctic.</a> Cold Reg. Sci. Technol. 19 (2), 95-110 (1991).</li><li>Hinzman, L. D., Goering, D. J., Kane, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+distributed+thermal+model+for+calculating+temperature+profiles+and+depth+of+thaw+in+permafrost+regions.">A distributed thermal model for calculating temperature profiles and depth of thaw in permafrost regions.</a> J. Geophys. Res.: Atmos. 103 (D22), 28975-28991 (1998).</li><li>Osterkamp, T. E., Jorgenson, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Warming+of+Permafrost+in+the+Arctic+National+Wildlife+Refuge.">Warming of Permafrost in the Arctic National Wildlife Refuge.</a> Alaska. Permafr. Periglac. Process. 17, 65-69 (2006).</li><li>Petrone, K. C., Jones, J. B., Hinzman, L. D., Boone, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Seasonal+export+of+carbon,+nitrogen,+and+major+solutes+from+Alaskan+catchments+with+discontinuous+permafrost.">Seasonal export of carbon, nitrogen, and major solutes from Alaskan catchments with discontinuous permafrost.</a> J. Geophys. Res. 111, G02020 (2006).</li><li>Guo, L., Ping, C. -. L., Macdonald, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mobilization+pathways+of+organic+carbon+from+permafrost+to+arctic+rivers+in+a+changing+climate.">Mobilization pathways of organic carbon from permafrost to arctic rivers in a changing climate.</a> Geophys. Res. Lett. 34 (13), L13603 (2007).</li><li>Katayama, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+analysis+of+bacteria+preserved+in+a+permafrost+ice+wedge+for+25,000+years.">Phylogenetic analysis of bacteria preserved in a permafrost ice wedge for 25,000 years.</a> Appl. Environ. Microbiol. 73 (7), 2360-2363 (2007).</li><li>Katayama, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glaciibacter+superstes+gen.+nov.,+sp.+nov.,+a+novel+member+of+the+family+Microbacteriaceae+isolated+from+a+permafrost+ice+wedge.">Glaciibacter superstes gen. nov., sp. nov., a novel member of the family Microbacteriaceae isolated from a permafrost ice wedge.</a> Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59, 482-486 (2009).</li><li>Waldrop, M. P., White, R., Douglas, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+and+identification+of+cold-adapted+fungi+in+the+Fox+Permafrost+Tunnel,+Alaska.">Isolation and identification of cold-adapted fungi in the Fox Permafrost Tunnel, Alaska.</a> Proc. Ninth Int. Conferen. Permafr. , 1887-1891 (2008).</li><li>Douglas, T. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biogeochemical+and+geocryological+characteristics+of+wedge+and+thermokarst-cave+ice+in+the+CRREL+Permafrost+Tunnel.">Biogeochemical and geocryological characteristics of wedge and thermokarst-cave ice in the CRREL Permafrost Tunnel.</a> Alaska Permafr. Periglac. Process. 21 (2), 120-128 (2011).</li><li>Willerslev, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diverse+plant+and+animal+genetic+records+from+Holocene+and+Pleistocene+sediments.">Diverse plant and animal genetic records from Holocene and Pleistocene sediments.</a> Science. 300 (5620), 791-795 (2003).</li><li>Bellemain, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fungal+palaeodiversity+revealed+using+high-throughput+metabarcoding+of+ancient+DNA+from+Arctic+permafrost.">Fungal palaeodiversity revealed using high-throughput metabarcoding of ancient DNA from Arctic permafrost.</a> Environ. Microbiol. 15 (4), 1176-1189 (2013).</li><li>Steven, B., Pollard, W. H., Greer, C. W., Whyte, L. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+diversity+and+activity+through+a+permafrost/ground+ice+core+profile+from+the+Canadian+high+Arctic.">Microbial diversity and activity through a permafrost/ground ice core profile from the Canadian high Arctic.</a> Environ. Microbiol. 10 (12), 3388-3403 (2008).</li><li>Lorenzen, E. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Species-specific+responses+of+Late+Quaternary+megafauna+to+climate+and+humans.">Species-specific responses of Late Quaternary megafauna to climate and humans.</a> Nature. 479 (7373), 359-364 (2011).</li><li>Wilhelm, R. C., Radtke, K., Mykytczuk, N. C. S., Greer, C. W., Whyte, L. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Life+at+the+wedge:+The+activity+and+diversity+of+Arctic+ice+wedge+microbial+communities.">Life at the wedge: The activity and diversity of Arctic ice wedge microbial communities.</a> Astrobiol. 12 (4), 347-360 (2012).</li><li>Sheriden, P. P., Miteva, V. I., Brenchley, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+analysis+of+anaerobic+psychrophilic+enrichment+cultures+obtained+from+a+Greenland+glacier+ice+core.">Phylogenetic analysis of anaerobic psychrophilic enrichment cultures obtained from a Greenland glacier ice core.</a> Appl. Environ. Microbiol. 69 (4), 2153-2160 (2003).</li><li>Rivkina, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biogeochemistry+of+methane+and+methanogenic+archaea+in+permafrost.">Biogeochemistry of methane and methanogenic archaea in permafrost.</a> FEMS Microbiol. Ecol. 61 (1), 1-15 (2007).</li><li>Juck, D. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Utilization+of+fluorescent+microspheres+and+a+green+fluorescent+protein-marked+strain+for+assessment+of+microbiological+contamination+of+permafrost+and+ground+ice+core+samples+from+the+Canadian+High+Arctic.">Utilization of fluorescent microspheres and a green fluorescent protein-marked strain for assessment of microbiological contamination of permafrost and ground ice core samples from the Canadian High Arctic.</a> Appl. Environ. Microbiol. 71 (2), 1035-1041 (2005).</li><li>Griffiths, R. I., Whiteley, A. S., O'Donnell, A. G., Bailey, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+method+for+coextraction+of+DNA+and+RNA+from+natural+environments+for+analysis+of+ribosomal+DNA-+and+rRNA-based+microbial+community+composition.">Rapid method for coextraction of DNA and RNA from natural environments for analysis of ribosomal DNA- and rRNA-based microbial community composition.</a> Appl. Environ. Microbiol. 66 (12), 5488-5491 (2000).</li><li>T&#246;we, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+protocol+for+the+simultaneous+extraction+and+column-based+separation+of+DNA+and+RNA+from+different+soils.">Improved protocol for the simultaneous extraction and column-based separation of DNA and RNA from different soils.</a> J. Microbiol. Methods. 84 (3), 406-412 (2011).</li><li>Nadkarni, M. A., Martin, F. E., Jacques, N. A., Hunter, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+bacterial+load+by+real-time+PCR+using+a+broad+range+(universal)+probe+and+primers+set.">Determination of bacterial load by real-time PCR using a broad range (universal) probe and primers set.</a> Microbiol. 148, 257-266 (2002).</li><li>Takai, K., Horikoshi, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+detection+and+quantification+of+members+of+the+archaeal+community+by+quantitative+PCR+using+fluorogenic+probes.">Rapid detection and quantification of members of the archaeal community by quantitative PCR using fluorogenic probes.</a> Appl. Environ. Microbiol. 66 (11), 5066-5072 (2000).</li><li>Fogel, G. B., Collins, C. R., Brunk, C. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prokaryotic+genome+size+and+SSU+rDNA+copy+number:+Estimation+of+microbial+relative+abundance+from+a+mixed+population.">Prokaryotic genome size and SSU rDNA copy number: Estimation of microbial relative abundance from a mixed population.</a> Microb. Ecol. 38, 93-113 (1999).</li><li>Bodilis, J., Nsigue-Meilo, S., Besaury, L., Quillet, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Variable+copy+number,+intra-genomic+heterogeneities+and+later+transfers+of+the+16S+rRNA+gene+in+Pseudomonas.">Variable copy number, intra-genomic heterogeneities and later transfers of the 16S rRNA gene in Pseudomonas.</a> PLOS One. 7, e35647 (2012).</li><li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=QIIME+allows+analysis+of+high-throughput+community+sequencing+data.">QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data.</a> Nature Methods. 7, 335-336 (2010).</li><li>Sellmann, P. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Geology of the USA CRREL permafrost tunnel, Fairbanks, Alaska. US Army Cold Reg. Res. Eng. Lab. Technical Rep. 199. , (1967).</li><li>Sellmann, P. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Additional information on the geology and properties of materials exposed in the USA CRREL permafrost tunnel. US Army CRREL Special Rep. , (1972).</li><li>Christner, B. C., Mikucki, J. A., Foreman, C. M., Denson, J., Priscu, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glacial+ice+cores:+A+model+system+for+developing+extraterrestrial+decontamination+protocols.">Glacial ice cores: A model system for developing extraterrestrial decontamination protocols.</a> Icarus. 174 (2), 572-584 (2005).</li><li>Mackelprang, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metagenomic+analysis+of+a+permafrost+microbial+community+reveals+a+rapid+response+to+thaw.">Metagenomic analysis of a permafrost microbial community reveals a rapid response to thaw.</a> Nature. 480 (7377), 368-371 (2011).</li><li>Champlot, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+efficient+multistrategy+DNA+decontamination+of+PCR+reagents+for+hyper+sensitive+PCR+applications.">An efficient multistrategy DNA decontamination of PCR reagents for hyper sensitive PCR applications.</a> PLoS One. 5 (9), e13042 (2010).</li><li>Yergeau, E., Hogues, H., Whyte, L. G., Greer, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+functional+potential+of+high+Arctic+permafrost+revealed+by+metagenomic+sequencing,+qPCR,+and+microarray+analyses.">The functional potential of high Arctic permafrost revealed by metagenomic sequencing, qPCR, and microarray analyses.</a> The ISME J. 4 (9), 1206-1214 (2010).</li><li>Welzl, G., Schloter, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+community+structure+in+soils+of+the+Tibetan+Plateau+affected+by+discontinuous+permafrost+or+seasonal+freezing.">Bacterial community structure in soils of the Tibetan Plateau affected by discontinuous permafrost or seasonal freezing.</a> Biol. Fertil. Soils. 50 (3), 555-559 (2014).</li><li>Vishnivetskaya, T. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Commercial+DNA+extraction+kits+impact+observed+microbial+community+composition+in+permafrost+samples.">Commercial DNA extraction kits impact observed microbial community composition in permafrost samples.</a> FEMS Microbiol. Ecol. 87 (1), 217-230 (2014).</li><li>Wagner, D., Kobabe, S., Liebner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+community+structure+and+carbon+turnover+in+permafrost-affected+soils+of+the+Lena+Delta,+northeastern+Siberia.">Bacterial community structure and carbon turnover in permafrost-affected soils of the Lena Delta, northeastern Siberia.</a> Can. J. Microbiol. 55 (1), 73-83 (2009).</li><li>Jiang, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characteristic+microbial+communities+in+the+continuous+permafrost+beside+the+bitumen+in+Qinghai-Tibetan+Plateau.">Characteristic microbial communities in the continuous permafrost beside the bitumen in Qinghai-Tibetan Plateau.</a> Environ. Earth Sci. 74, 1343-1352 (2015).</li></ol>

Die Kryosphäre bietet Zugang zu den erhaltenen Organismen, die im Rahmen früherer Umweltbedingungen bestehen blieb. Obwohl die zurückgewonnene Taxa die komplette historische Gemeinde nicht darstellen können, aus der Analyse von Gletschereis und Permafrostproben gewonnen diejenigen können 15-16 wertvolle historische Informationen über ausgewählte Zeiträume ergeben. So hat beispielsweise sinnvolle biologische Informationen wurden aus Eis Studien zur Untersuchung der anaeroben Aktivität in grönländisc...

Die Kryosphäre (zB Permafrostböden, Eis Features, Gletscher Schnee, Firn und Eis) bietet einen Einblick in welche Arten von Organismen unter vergangener Umweltbedingungen bestehen blieb. Da diese Substrate Zehn- bis Hunderttausende von Jahren sein alt, ihre mikrobiellen Gemeinschaften, wenn da Ablagerung gefroren konserviert, reflektieren alten Umweltbedingungen. Um entsprechend dieser Ökosysteme zu analysieren und aussagekräftige biologische Informationen aus gefrorenen Böden und Eis, die richtige Erfassung und Verarbeitung der gefrorenen Proben extrahieren notwendig. Dies ist von größter Bedeutung , wie Klimaprognosen für das 21. Jahrhundert das Potenzial für eine deutliche Erwärmung in den arktischen und subarktischen Regionen zeigen 1. Insbesondere Interior Alaska und Grönland werden voraussichtlich bis zum Jahr 2100 2,3 etwa 5 ° C und 7 ° C, jeweils zu erwärmen. Dies wird voraussichtlich deutlich von Böden und Gewässern mikrobiellen Gemeinschaften beeinflussen und daher verwandtenbiogeochemische Prozesse. Die wärmeren Temperaturen und veränderte Niederschlagsregimes erwartet Permafrostdegradation in vielen Bereichen zu initiieren 2-5 potenziell zu einem dickeren, was saisonal aufgetaut (aktiv) -Schicht 6,7, das Auftauen von gefrorenen Böden und das Schmelzen von massiven Eiskörper wie Boden, Eis Keile und Segregation Eis 8. Dies würde dramatisch die biogeochemischen Attribute neben der Artenvielfalt von Pflanzen und Tieren in dieser Ökosysteme verändern. Gletschereis und syngenetisch Permafrost Sediment und Eis Merkmale haben chemische und biologische Beweise für eine Umgebung gefangen darstellt, was zu der Zeit dort lebten die Merkmale gebildet. Zum Beispiel in Interior Alaska, beide Illinoisan und Wisconsin im Alter von Permafrost vorhanden sind und diese Permafrost insbesondere bietet einzigartige Orte von modernen Datierung bis 150.000 Jahre vor der Gegenwart (YBP), die biologische und geochemische Beweise für die impa enthaltenct vergangener Klimaveränderungen auf die Biodiversität. Als Ergebnis bieten diese Sedimente eine Aufzeichnung der Biogeochemie und Biodiversität über viele tausend Jahre. Da die Fläche niedrige Sedimentationsraten hat und wurde nie vergletschert, sind ungestörte Proben zugänglich für die Sammlung und Analyse, entweder Bohrungen vertikal in das Bodenprofil oder Bohren horizontal in Tunneln. Noch wichtiger ist , gibt es umfangreiche Datensätze , die vor allem in dieser Region 9-14 die einzigartigen biogeochemische Eigenschaften des Permafrosts hervorzuheben. Insbesondere ermöglicht die Anwendung der DNA-Analyse zur Schätzung Vorhandensein und das Ausmaß der biologischen Vielfalt in den beiden vorhandenen und alten Eis und Permafrost Proben Erforschung der Verknüpfung von alten Umweltbedingungen und Lebensraum der Besatzung durch bestimmte Organismen. Frühere Studien haben klimatischen Auswirkungen auf Säugetiere, Pflanzen und Mikroorganismen aus Proben identifiziert 50k YBP Datierung 11, 15-19, obwohl jeder Studie eine differe verwendetnt Methodik zu sammeln und die Permafrost oder Eisbohrkernen dekontaminieren. In einigen Fällen wurden die Bohrkerne 16 sterilisiert, 20-21, obwohl die spezifische Methodik nicht geklärt werden, ob Fremd Nukleinsäuren auch von den Proben wurden eliminiert. In anderen Studien Isolate bakterielle 15 (beispielsweise Serratia marcescens) sowie fluoreszierenden Mikrokugeln 22 verwendet wurden , um die Wirksamkeit der Dekontaminationsverfahren zu messen. Dieses Experiment war Teil einer größeren Studie mikrobieller Gemeinschaften aus Permafrostproben untersuchen zu etwa 40k YBP Jahrhundert. Das spezifische Ziel dieses Teils der Studie war erfolgreich Kerne Eis und Permafrost zu dekontaminieren. Unseres Wissens hat keine Methodik die Verwendung von Lösungen integriert entwickelt, um fremde Nukleinsäuren und die damit verbundenen Nukleasen aus dem äußeren Bereich der gefrorenen Kerne zu beseitigen. Dies ist trotz der Tatsache, dass diese Lösungen sind commonly verwendet Laborgeräte für die molekulare Experimente zu dekontaminieren. Sobald die Kerne dekontaminiert wurden, wurde genomische DNA extrahiert , die entwickelten Protokolle von Griffiths et al. 23 und Töwe et al. 24, quantifiziert mit einem Spektralphotometer und verdünnt mit sterilen, DNA-freies Wasser 20 ng pro Reaktion zu erreichen. Bakterielle 16S - rRNA - Gene wurden mit den Primern 331f und 797R verstärkt und Sonde BacTaq 25 und Archaea - 16S - rRNA - Gene mit Primern Arch 349F und Arch 806R amplifiziert wurden und die Sonde TM Arch 516f 26 unter den folgenden Bedingungen: 95 ° C für 600 sec , gefolgt von 45 Zyklen von 95 ° C für 30 sec, 57 ° C für 60 sec, und 72 ° C für 25 sec mit abschließende Extension bei 40 ° C für 30 sec. Alle qPCR Reaktionen wurden doppelt durchgeführt. Die 20 &amp; mgr; l Reaktionsvolumina enthalten 20 ng DNA, 10 &amp; mgr; M Primer, 5 &amp; mgr; M der Sonde, und 10 ul der qPCR Reaktionsmischung. Standards for Bakterien und Archaea qPCR wurden unter Verwendung von genomischer DNA , die aus Pseudomonas und Halobacterium salinarum fluorescens, respectively. Beide waren gewachsen Phase zu protokollieren. Plattenzählungen wurden durchgeführt, und die DNA wurde aus den Kulturen isoliert. Genomische DNA wurde mit einem Spektrophotometer unter der Annahme von einem und sechs Kopien des 16S rRNA - Gens pro Genom für H. quantifiziert salinarum und P. fluorescens bzw. 27-28. Kopieren Nummern der Bakterien und Archaea Gene auf der Basis der Standardkurve berechnet wurden, log-transformierten für ungleiche Varianzen zwischen den Behandlungen zu berücksichtigen und durch ANOVA bewertet. Gemeinschafts Zusammensetzung wurde durch Sequenzierung des 16S - rRNA - Gen unter Verwendung von Flusszellen und Brückenverstärkertechnologie und Analyse der Gemeinden mit &quot;quantitative Einblicke in die mikrobielle Ökologie&quot; (QIIME) 29 bestimmt. Vorwärts und rückwärts liest zusammen wurden zusammengefügt und dann wurden Sequenzen gefiltert, indiziert,und qualitativ hochwertige Vertreter wurden für die de novo operativen taxonomischen Einheiten (OTU) Zuordnung durch Sequenzabgleich mit einer Referenzdatenbank ausgewählt. Aligned Sequenzen wurden für taxonomische Zuordnung zu einer separaten Referenzdatenbank verglichen. Ein phylum Ebene OTU Tabelle wurde erstellt allgemeine Gemeinschaft Zusammensetzung zu bestimmen.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1084">
	<tbody>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:439px;">Auger</td>
			<td style="width:300px;">Snow, Ice, and Permafrost Research Establishment (SIPRE), Fairbanks, AK</td>
			<td style="width:161px;">N/A</td>
			<td style="width:185px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">70% Isopropanol</td>
			<td style="width:300px;">Walmart</td>
			<td>551116880</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">95% Ethyl Alcohol (denatured)&#160;</td>
			<td style="width:300px;">Fisher Scientific, Pittsburgh, PA</td>
			<td style="width:161px;">A407-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DNA decontamination solution, DNA Away</td>
			<td>Molecular Bio-Products, Inc., San Diego, CA</td>
			<td style="width:161px;">7010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">RNase decontamination solution, RNase Away</td>
			<td>Molecular Bio-Products, Inc., San Diego, CA&#160;</td>
			<td style="width:161px;">7002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Light Duty Suits</td>
			<td style="width:300px;">Kimberly-Clark Professional, Roswell, GA</td>
			<td style="width:161px;">10606</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Nitrile Gloves</td>
			<td style="width:300px;">Fisher Scientific, Pittsburgh, PA</td>
			<td style="width:161px;">FFS-700</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Antiviral Masks</td>
			<td style="width:300px;">Curad, Walgreens</td>
			<td style="width:161px;">CUR3845</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sterile Sample Bags&#160;</td>
			<td>Nasco, Fort Atkinson, WI</td>
			<td style="width:161px;">B01445</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Steel Microtome Blade&#160;</td>
			<td style="width:300px;">B-Sharp Microknife, Wake Forest, NC</td>
			<td style="width:161px;">N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Metal Rack</td>
			<td style="width:300px;">Fabricated at CRREL, Hanover, NH</td>
			<td style="width:161px;">N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Tray</td>
			<td style="width:300px;">Handy Paint Products, Chanhassen, MN</td>
			<td style="width:161px;">7500-CC</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Aluminum Foil</td>
			<td style="width:300px;">Western Plastics, Temecula, CA</td>
			<td style="width:161px;">N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">500 ml Bottle with 0.22 &#956;m Filter</td>
			<td style="width:300px;">Corning, Corning, NY</td>
			<td style="width:161px;">430513</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Serratia marcescens&#160;</td>
			<td style="width:300px;">ATCC, Manassas, VA</td>
			<td style="width:161px;">17991</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Biosafety Hood</td>
			<td style="width:300px;">NuAire, Plymouth, MN</td>
			<td style="width:161px;">NU-425-400</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Petri Dish</td>
			<td style="width:300px;">Fisher Scientific, Pittsburgh, PA</td>
			<td style="width:161px;">FB0875712</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ATCC Agar 181- Tryptone</td>
			<td style="width:300px;">Acros Organics, NJ</td>
			<td style="width:161px;">61184-5000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ATCC Agar 181- Glucose</td>
			<td style="width:300px;">Fisher Scientific, Pittsburgh, PA</td>
			<td style="width:161px;">BP381-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ATCC Agar 181- Yeast Extract</td>
			<td style="width:300px;">Fisher Scientific, Pittsburgh, PA</td>
			<td style="width:161px;">BP1422-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ATCC Agar 181- Dipotassium Phosphate</td>
			<td style="width:300px;">JT Baker, Phillipsburg, NJ</td>
			<td style="width:161px;">3252-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ATCC Agar 181- Agar</td>
			<td style="width:300px;">Difco, Sparks, MD</td>
			<td style="width:161px;">214530</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">NanoDrop 2000 UV Vis Spectrophotometer</td>
			<td style="width:300px;">Thermo Fisher Scientific, Wilmington, DE</td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:439px;">Lightcycler 480 System</td>
			<td style="width:300px;">Roche Molecular Systems, Inc., Indianapolis, IN</td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:439px;">Halobacterium salinarum</td>
			<td style="width:300px;">American Type Culture Collection (ATCC), Manassas, VA</td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:439px;">Pseudomonas fluorescens&#160;</td>
			<td style="width:300px;">American Type Culture Collection (ATCC), Manassas, VA</td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Microbial DNA Isolation Kit</td>
			<td style="width:300px;">MoBio Laboratories, Carlsbad, CA</td>
			<td style="width:161px;">12224-50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Ear Protection</td>
			<td style="width:300px;">Elvex</td>
			<td style="width:161px;">EP-201</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Hard Hat</td>
			<td style="width:300px;">N/A</td>
			<td style="width:161px;">N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Kimwipes</td>
			<td style="width:300px;">Kimberly-Clark Professional, Roswell, GA</td>
			<td style="width:161px;">34705</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Glass Wool</td>
			<td style="width:300px;">Pyrex</td>
			<td style="width:161px;">430330</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Ruler</td>
			<td style="width:300px;">N/A</td>
			<td style="width:161px;">N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Weighing Tin&#160;</td>
			<td style="width:300px;">Fisher Scientific, Pittsburgh, PA</td>
			<td style="width:161px;">08-732-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Sodium chloride</td>
			<td style="width:300px;">Sigma Aldrich, St Louis, MO</td>
			<td style="width:161px;">S-9625</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Potassium chloride</td>
			<td style="width:300px;">JT Baker, Phillipsburg, NJ</td>
			<td style="width:161px;">3040-04</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Potassium phosphate, monobasic</td>
			<td style="width:300px;">JT Baker, Phillipsburg, NJ</td>
			<td style="width:161px;">&#160;3246-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Potassium phosphate, dibasic</td>
			<td style="width:300px;">JT Baker, Phillipsburg, NJ</td>
			<td>3252-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Sodium phosphate dibasic, anhydrous</td>
			<td style="width:300px;">Fisher Scientific, Pittsburgh, PA</td>
			<td style="width:161px;">BP332-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">50 ml Centrifuge Tubes</td>
			<td style="width:300px;">Corning, Corning, NY</td>
			<td style="width:161px;">4558</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">2 ml Microcentrifuge Tubes</td>
			<td style="width:300px;">MoBio Laboratories, Carlsbad, CA</td>
			<td style="width:161px;">1200-250-T</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">2 ml Ceramic Bead Tubes (1.4 mm)</td>
			<td style="width:300px;">MoBio Laboratories, Carlsbad, CA</td>
			<td style="width:161px;">13113-50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Scoopula</td>
			<td style="width:300px;">Thermo Fisher Scientific, Wilmington, DE</td>
			<td style="width:161px;">1437520</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Balance</td>
			<td style="width:300px;">Ohaus, Parsippany, NJ</td>
			<td style="width:161px;">E12130</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Diethylpyrocarbonate (DEPC)</td>
			<td style="width:300px;">Sigma Aldrich, St Louis, MO</td>
			<td style="width:161px;">D5758</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Hexadecyltrimethylammoniabromide (CTAB)&#160;</td>
			<td style="width:300px;">Acros Organics, NJ</td>
			<td style="width:161px;">22716-5000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Polyethylene glycol 8000&#160;</td>
			<td style="width:300px;">Sigma Aldrich, St Louis, MO</td>
			<td style="width:161px;">P5413-1KG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Phenol-chloroform-isoamyl alcohol (25:24:1) (pH 8)&#160;</td>
			<td style="width:300px;">Fisher Scientific, Pittsburgh, PA</td>
			<td style="width:161px;">BP1752-400</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Centrifuge</td>
			<td style="width:300px;">Eppendorf, Hauppauge, NY</td>
			<td style="width:161px;">5417R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Chloroform-isoamyl alcohol (24:1)</td>
			<td style="width:300px;">Sigma Aldrich, St Louis, MO</td>
			<td style="width:161px;">C0549-1PT</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">TE Buffer</td>
			<td style="width:300px;">Ambion (Thermo Fisher), Wilmington, DE</td>
			<td style="width:161px;">AM9860</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:439px;">Pipets</td>
			<td style="width:300px;">Rainin, Woburn, MA</td>
			<td style="width:161px;">Pipet Lite XLS, 2, 10, 200, 1nd 1000ul pipets</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;width:439px;">Pipet tips</td>
			<td style="width:300px;">Rainin, Woburn, MA</td>
			<td style="width:161px;">Rainin LTS presterilized, low retention, filtered tips, 10, 20, 200, 1000ul</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Vortexor</td>
			<td style="width:300px;">Scientific Industries, Bohemia, NY</td>
			<td style="width:161px;">G-560</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Vortex Adaptor</td>
			<td style="width:300px;">MoBio Laboratories, Carlsbad, CA</td>
			<td style="width:161px;">13000-V1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Clear Bottle</td>
			<td style="width:300px;">Corning, Corning, NY</td>
			<td style="width:161px;">C1395500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Amber Bottle</td>
			<td style="width:300px;">Corning, Corning, NY</td>
			<td style="width:161px;">C5135250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Bottle Top Filters, 0.22um</td>
			<td style="width:300px;">Corning, Corning, NY</td>
			<td style="width:161px;">430513</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:439px;">60 mL Syringe</td>
			<td style="width:300px;">Becton, Dickenson and Company, Franklin Lakes, NJ</td>
			<td style="width:161px;">BD 309653</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Millex Syringe filters, 0.22 &#956;m</td>
			<td style="width:300px;">EMD Millipore, Billerica, MA</td>
			<td style="width:161px;">SLGV033RB</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">70% Ethanol</td>
			<td style="width:300px;">Fisher Scientific, Pittsburgh, PA</td>
			<td style="width:161px;">BP2818-500</td>
			<td>diluted &#38; filter sterilized</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Isotemp 100 L Oven</td>
			<td style="width:300px;">Fisher Scientific, Pittsburgh, PA</td>
			<td style="width:161px;">151030511</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Cell Spreader</td>
			<td style="width:300px;">Fisher Scientific, Pittsburgh, PA</td>
			<td style="width:161px;">08-100-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:439px;">Disposable Inoculating Loops</td>
			<td style="width:300px;">Fisher Scientific, Pittsburgh, PA</td>
			<td style="width:161px;">22-363-602</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

removal of exogenous materials from the outer portion of frozen cores to investigate the ancient biological communities harbored inside

The cryosphere offers access to preserved organisms that persisted under past environmental conditions. In fact, these frozen materials could reflect conditions over vast time periods and investigation of biological materials harbored inside could provide insight of ancient environments. To appropriately analyze these ecosystems and extract meaningful biological information from frozen soils and ice, proper collection and processing of the frozen samples is necessary. This is especially critical for microbial and DNA analyses since the communities present may be so uniquely different from modern ones. Here, a protocol is presented to successfully collect and decontaminate frozen cores. Both the absence of the colonies used to dope the outer surface and exogenous DNA suggest that we successfully decontaminated the frozen cores and that the microorganisms detected were from the material, rather than contamination from drilling or processing the cores.

Die vorgestellte Methode könnte verwendet werden, gefrorenen Proben aus verschiedenen Kryosphäre Umgebungen, von Gletschereis gesammelt zu dekontaminieren Permafrost. Hier präsentieren wir Daten gesammelt speziell aus Eis und Permafrost - Proben gesammelt aus dem Engineering Research and Development Center - Cold Regions Research and Engineering Laboratory (ERDC-CRREL) Permafrost - Tunnel befindet sich in Fox, AK (1A und 1B). Der Permafrost Tunnel ers...

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Removal of Exogenous Materials from the Outer Portion of Frozen Cores to Investigate the Ancient Biological Communities Harbored Inside

Die Kryosphäre bietet Zugang zu den erhaltenen Organismen, die im Rahmen früherer Umweltbedingungen bestehen blieb. Ein Protokoll vorgestellt zu sammeln und Permafrostkerne von Böden und Eis dekontaminieren. Die Abwesenheit von exogenen DNA-Kolonien und schlagen vor, dass Mikroorganismen detektiert das Material darstellen, anstatt Kontamination durch Bohren oder Verarbeitung.

Entfernen von exogenen Materialien aus dem äußeren Teil der gefrorenen Kerne der Antike biologische Gemeinschaften beherbergte Innen zur Untersuchung

The cryosphere offers access to preserved organisms that persisted under past environmental conditions. In fact, these frozen materials could reflect ...

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