Name: synthesis of wavelength-shifting dna hybridization probes by using photostable cyanine dyes
Uploaded: 2016-07-06T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Synthesis of Wavelength-shifting DNA Hybridization Probes by Using Photostable Cyanine Dyes at JoVE.com

독일 연구 협회 (DFG, 1386 / 17-1 워싱턴)에 의해 재정 지원 연구 교육 그룹 (DFG에 의해 자금) GRK 2039 및 KIT는 기꺼이 인정한다.

주의 : 사용하기 전에 모든 관련 물질 안전 보건 자료 (MSDS)를 참조하십시오. 이 합성에 사용 된 화학 물질 중 일부는 독성 및 발암 성이다. 일반적으로, 실험실 코트를 입고 안전 안경, 장갑 등의 유기 화학 실험실에 필요한 모든 적절한 안전 방법을 사용하십시오. 염료의 1. 합성 . 두 염료가 반응 동일한 유형으로 합성 할 수있다 (2) 이러한 반?...

<ol>
	<li>Kobayashi, H., Ogawa, M., Alford, R., Choyke, P. L., Urano, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+strategies+for+fluorescent+probe+design+in+medical+diagnostic+imaging.">New strategies for fluorescent probe design in medical diagnostic imaging.</a> Chem Rev. 110 (5), 2620-2640 (2010).</li><li>Berezin, M. Y., Achilefu, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence+Lifetime+Measurements+and+Biological+Imaging.">Fluorescence Lifetime Measurements and Biological Imaging.</a> Chem. Rev. 110 (5), 2641-2684 (2010).</li><li>Lee, J. S., Vendrell, M., Chang, Y. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity-oriented+optical+imaging+probe+development.">Diversity-oriented optical imaging probe development.</a> Curr. Opin. Chem. Biol. 15 (6), 760-767 (2011).</li><li>Tyagi, S., Bratu, D. P., Kramer, F. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multicolor+molecular+beacons+for+allele+discrimination.">Multicolor molecular beacons for allele discrimination.</a> Nat. Biotechnol. 16 (1), 49-53 (1998).</li><li>Holzhauser, C., Wagenknecht, H. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=#34;DNA+Traffic+Lights&amp;#34;:+Concept+of+Wavelength-Shifting+DNA+Probes+and+Application+in+an+Aptasensor.">#34;DNA Traffic Lights&amp;#34;: Concept of Wavelength-Shifting DNA Probes and Application in an Aptasensor.</a> ChemBioChem. 13 (8), 1136-1138 (2012).</li><li>Holzhauser, C., Wagenknecht, H. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+and+RNA+&amp;#34;Traffic+Lights&amp;#34;:+Synthetic+Wavelength-Shifting+Fluorescent+Probes+Based+on+Nucleic+Acid+Base+Substitutes+for+Molecular+Imaging.">DNA and RNA &amp;#34;Traffic Lights&amp;#34;: Synthetic Wavelength-Shifting Fluorescent Probes Based on Nucleic Acid Base Substitutes for Molecular Imaging.</a> J. Org. Chem. 78 (15), 7373-7379 (2013).</li><li>Berndl, S., Wagenknecht, H. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescent+Color+Readout+of+DNA+Hybridization+with+Thiazole+Orange+as+an+Artificial+DNA+Base.">Fluorescent Color Readout of DNA Hybridization with Thiazole Orange as an Artificial DNA Base.</a> Angew. Chem. Int. Ed. 48 (13), 2418-2421 (2009).</li><li>Bohl&#228;nder, P. R., Wagenknecht, H. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis+of+a+Photostable+Energy-Transfer+Pair+for+&amp;#34;DNA+Traffic+Lights&amp;#34.">Synthesis of a Photostable Energy-Transfer Pair for &amp;#34;DNA Traffic Lights&amp;#34.</a> Eur. J. Org. Chem. 34, 7547-7551 (2014).</li><li>Walter, H. K., Bohl&#228;nder, P. R., Wagenknecht, H. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+Wavelength-Shifting+Fluorescent+Module+for+the+Adenosine+Aptamer+Using+Photostable+Cyanine+Dyes.">Development of a Wavelength-Shifting Fluorescent Module for the Adenosine Aptamer Using Photostable Cyanine Dyes.</a> ChemistryOpen. 4 (2), 92-96 (2015).</li><li>Gierlich, J., Burley, G. A., Gramlicj, P. M. E., Hammond, D. M., Carell, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Click+chemistry+as+a+reliable+method+for+the+high-density+postsynthetic+functionalization+of+alkyne-modified+DNA.">Click chemistry as a reliable method for the high-density postsynthetic functionalization of alkyne-modified DNA.</a> Org. Lett. 8 (17), 3639-3642 (2006).</li><li>Matteucci, M. D., Caruthers, M. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis+of+deoxyoligonucleotides+on+a+polymer+support.">Synthesis of deoxyoligonucleotides on a polymer support.</a> J. Am. Chem. Soc. 103 (11), 3185-3191 (1981).</li><li>Fasman, G. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Handbook of Biochemistry and Molecular Biology, Volume 1: Nucleic Acids. , 589 (1975).</li><li>Puglisi, J. D., Tinoco, J. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Absorbance+melting+curves+of+RNA.">Absorbance melting curves of RNA.</a> Meth. Enzymol. 180, 304-325 (1989).</li><li>Johansson, M. K., Fidder, H., Dick, D., Cook, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intramolecular+Dimers:+A+New+Strategy+to+Fluorescence+Quenching+in+Dual-Labeled+Oligonucleotide+Probes.">Intramolecular Dimers: A New Strategy to Fluorescence Quenching in Dual-Labeled Oligonucleotide Probes.</a> J. Am. Chem. Soc. 124, 6950-6956 (2002).</li><li>Barrois, S., W&#246;rner, S., Wagenknecht, H. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Role+of+Duplex+Stability+for+Wavelength-Shifting+Fluorescent+DNA+Probes:+Energy+Transfer+vs+Excition+Interactions+in+DNA+&amp;#34;Traffic+Lights&amp;#34;,+Photochem.">The Role of Duplex Stability for Wavelength-Shifting Fluorescent DNA Probes: Energy Transfer vs Excition Interactions in DNA &amp;#34;Traffic Lights&amp;#34;, Photochem.</a> Photobiol. Sci. 13, 1126-1129 (2014).</li></ol>

이 프로토콜은 아 지드 수정 형광 염료에 의해 CuAAC 통해 DNA 후 합성 레이블의 전체 과정을 보여줍니다. 이 염료 및 알킨 변성 DNA의 합성뿐만 아니라, 표시 순서를 포함한다. 염료의 합성은 네 단계를 따른다. 모든 제품은 그들의 양전하로 비교적 간단 침전에 의해 수득 할 수 있고 시간 소모적 컬럼 크로마토 그래피는 필요하지 않다. 중앙 커플 링 단계 이전에 아 지드 기능의 ...

분자 이미징은 살아있는 세포 내에서 생물학적 과정을 이해하기위한 기본적인 기술을 나타냅니다. 1-3 화학적 생물학적 응용 프로그램에 대한 형광 핵산 ​​기반 프로브의 개발이 확대 연구 분야가되고있다. 이 형광 프로브는 세포 이미징에 적합한 도구가 될 몇 가지 요구 사항을 충족해야합니다. 첫째, 적용 염료가 높은 양자 수율과 형광을 전시한다, 큰 스톡스 &#39;변화는, 그리고 가장 중요한 것은, 높은 photostabilities는 생체 내 이미징의 장기를 허용합니다. 그리고 둘째로, 그들은 신뢰할 수있는 형광 판독을 표시해야합니다. 종래 발색단 소광-시스템은 형광 농도의 간단한 변경에 의해 하나의 형광 색의 판독에 기초한다. (4)이 접근법으로 인해 세포 내 성분 또는 낮은 신호대 잡음비의 형광도에 위양성 혹은 위음성 결과의 위험을 부담 때문에 다른 COM에 의해 원치 않는 담금질에ponents. 4 최근 개의 상이한 발색단을 사용하여 이중 형광 색 판독을 표시 &quot;DNA 신호등&quot;의 개념을보고 하였다. 5-6 개념은 형광 변화 셉터 염료 도너 염료의 에너지 전달 (ET)에 기초 컬러 (도 1 참조). 이는보다 안정적인 판독이 가능하여 형광 이미징 프로브를위한 강력한 도구를 제공합니다. 형광 염료를 가진 올리고 뉴클레오티드 라벨링 두 가지 방법에 의해 달성 될 수있다. 염료는 상응하는 개질 된 포스 빌딩 블록을 사용하여 고상에서 화학적 DNA 합성 동안 혼입 될 수있다. (7)이 메소드는 표준 포스 탈 보호 조건 하에서 안정한 염료로 제한된다. 대안으로, 사후 합성 수정 방법은 올리고 뉴클레오티드 화학에 설립되었다. 여기, 우리는 우리의 새로운 사진 중 하나의 합성을 보여테이블 에너지 전달 쌍 8,9 및 아 지드와 알킨 (CuAAC) 사이의 구리 촉매 1,3- 사이클로을 사용하여 DNA의 후 합성 라벨. (10)

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="885">
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:409px;">synthesis</td>
			<td style="width:180px;"></td>
			<td style="width:132px;"></td>
			<td style="width:164px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">4-Picoline</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>239615</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">1,3-Diiodopropane</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>238414</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Acetonitrile</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>10660131</td>
			<td>HPLC grade</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ethyl acetate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>10456870</td>
			<td>technical grade</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Sodium azide</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>71290</td>
			<td>p.a. grade</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Dichloromethane</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>10626642</td>
			<td>technical grade</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Indole-3-carboxaldehyde; 98%</td>
			<td>ABCR</td>
			<td>AB112969</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Potassium carbonate, 99+%</td>
			<td>Acros</td>
			<td>424081000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">dimethylcarbonate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>517127</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">N,N-Dimethylformamide, 99.8%, Extra Dry over Molecular Sieve</td>
			<td>Acros</td>
			<td>348435000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Sodium sulfate</td>
			<td>Bernd Kraft</td>
			<td>12623.46</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ethanol, 99.5%</td>
			<td>Acros</td>
			<td>397690010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Piperidine, 99%</td>
			<td>Acros</td>
			<td>147181000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Diethylether</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>10407830</td>
			<td>technical grade</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">2-Phenylindole-3-carboxaldehyde; 97%</td>
			<td>ABCR</td>
			<td>AB125050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">4-Methylquinoline</td>
			<td>ABCR</td>
			<td>AB117222</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">DNA synthesis</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Expedite 8909 Nucleic Acid Synthesizer</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>&#160;-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">DMT-dA(bz) Phosphoramidite</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>A111081</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">DMT-dT Phosphoramidite</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T111081</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">DMT-dG(dmf) Phosphoramidite</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>G11508</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">DMT-dC(bz) Phosphoramidite</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>C11108</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Amidite Diluent for DNA synthesis</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>L010010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ultrapure Acetonitrile for DNA synthesis</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>L010400</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Cap A</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>L840000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Cap B</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>L850000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">CPG dT Column 1.0 &#181;mole</td>
			<td>Proligo Reagents</td>
			<td>T461010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">CPG dA(bz) Column 1.0 &#181;mole</td>
			<td>Proligo Reagents</td>
			<td>A461010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">CPG dG(ib) Column 1.0 &#181;mole</td>
			<td>Proligo Reagents</td>
			<td>G461010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">CPG dC(bz) Column 1.0 &#181;mole</td>
			<td>Proligo Reagents</td>
			<td>C461010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">ammonia (aqueous solution)&#160;</td>
			<td>Fluka Analytical</td>
			<td>318612</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">centrifugal devices nanosep 0.45 &#181;m</td>
			<td>Pall</td>
			<td>ODGHPC34</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">5-(Benzylthio)-1H-tetrazole (Activator)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>75666</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">2&#39;-O-propargyl deoxyuridinephosphoramidite</td>
			<td>Chem Genes</td>
			<td>ANP-7754</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">workup</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">vacuum concentrator</td>
			<td>Christ</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">clicking procedure</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Tetrakis(acetonitrile)copper(I) hexafluorophosphate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>346276</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Sodium acetate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S2889</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">(+)-Sodium L-ascorbate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>A7631</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">EDTA disodium salt</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>E5134</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">TBTA-ligand</td>
			<td>&#160;-</td>
			<td>&#160;-</td>
			<td>synthesized according to a literature procedure [1]</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">HPLC</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">HPLC-system</td>
			<td>Shimadzu</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">MALDI-Biflex-IV spectrometer</td>
			<td>Bruker Daltonics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">LC-318 C18 column</td>
			<td>Supelcosil via Sigma Aldrich</td>
			<td>58368</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">determination of concentration</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">ND 1000 Spectrophotometer</td>
			<td>nanodrop</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">sample preparation and spectroscopy</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Cary 100 Bio</td>
			<td>Varian</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Fluoromax-3 fluorimeter</td>
			<td>Jobin-Yvon</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;"></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:409px;">[1] R. Chan Timothy, R. Hilgraf, K. B. Sharpless, V. Fokin Valery, Org Lett 2004, 6, 2853-2855.</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

synthesis of wavelength-shifting dna hybridization probes by using photostable cyanine dyes

이 프로토콜에서는 2&#39;- 알킨의 합성 방법은 포스 표준 화학을 사용하여 자동화 고상 합성에 의해 디옥시리보 핵산 (DNA) 가닥을 변성 보여준다. 올리고 뉴클레오티드 후 합성 구리 촉매 클릭 화학 제를 사용하여 두 개의 새로운 광 안정성 시아닌 염료로 표시되어 있습니다. 모두 도너와 억 셉터 염료의 합성을 설명하고, 세 개의 연속 단계로 수행된다. 이들은 혼성화에 접할 때 주변 구조와 같은 DNA,이 두 염료의 에너지 전달을 겪는다. 따라서, 두 개의 단일 가닥의 DNA 가닥의 어닐링 형광 색의 변화에​​ 의해 가시화된다. 이 색상 변화는 형광 분광 특징뿐만 아니라, 직접적으로 휴대용 자외선 (UV) 램프를 이용하여 관찰 할 수있다. 이중 색상 형광 판독 값의 개념은 이러한 올리고 뉴클레오티드 프로브를 분자 이미징 특히 기재된 포위한 우수한 툴을 만든다tostable 염료가 사용된다. 이에 따라, 이미징 프로브 광표백은 방지되고, 생물학적 과정은 긴 시간주기 동안 실시간으로 관찰 할 수있다.

도 4에 도시 된 바와 같이, 단일 및 이중 가닥 DNA의 흡수 및 형광 스펙트럼을 기록한다. 기록 된 흡수 스펙트럼 (그림 4 오른쪽) 단일 가닥 DNA1 (염료 1) 및 단일 가닥 DNA2 (염료 2)에 대한 546 nm의 465 nm에서 쇼 흡수 최대의 λ 최대. 어닐링 DNA1_2 (염료 1 염료 2) 469 nm 내지 567 nm의 모두에서 최대 값을 ?...

Watch this Scientific Journal Video about Synthesis of Wavelength-shifting DNA Hybridization Probes by Using Photostable Cyanine Dyes at JoVE.com

Synthesis of Wavelength-shifting DNA Hybridization Probes by Using Photostable Cyanine Dyes

Photostable cyanine dyes are attached to oligonucleotides to monitor hybridization by energy transfer.

광 안정성 시아닌 염료를 사용하여 파장 변환 DNA 혼성화 프로브의 합성

In this protocol, we demonstrate a method for the synthesis of 2&#39;-alkyne modified deoxyribonucleic acid (DNA) strands by automated solid phase ...

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Organic Chemistry

Biology

Unit 1

Alkynes

SCIENTISTS IN ACTION

Selective Labelling of Cell-surface Proteins using CyDye DIGE Fluor Minimal Dyes

CyDye DIGE 플루어 최소 염료를 사용하여 셀 표면 단백질의 선택적 Labelling

Surface  proteins are central to the cell's ability to react to its environment and to interact with neighboring cells. They are known to be inducers of ...

연구

생물학

Generation of RNA/DNA Hybrids in Genomic DNA by Transformation using RNA-containing Oligonucleotides

RNA 함유 Oligonucleotides를 사용하여 변환하여 게놈 DNA에서 RNA / DNA 하이브리드의 생성

Synthetic short nucleic acid polymers, oligonucleotides (oligos), are the most functional and widespread tools of molecular biology. Oligos can be ...

DNA Microarrays: Sample Quality Control, Array Hybridization and Scanning

의 DNA Microarrays : 샘플 품질 제어, 배열 하이브 리다이 제이션 및 스캔

Microarray expression profiling of the nervous system provides a powerful approach to identifying gene activities in different stages of development, ...

Determination of Lipid Raft Partitioning of Fluorescently-tagged Probes in Living Cells by Fluorescence Correlation Spectroscopy (FCS)

Determination of Lipid Raft Partitioning of Fluorescently-tagged Probes in Living Cells by Fluorescence Correlation Spectroscopy FCS

지질 뗏목의 결정은 형광 상관 분광학 (FCS)에 의해 살아있는 세포에서 Fluorescently 태그가 추가된 프로브의 파티션

In the past fifteen years the notion that cell membranes are not homogenous and rely on microdomains to exert their functions has become widely accepted. ...

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization (FISH)

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization FISH

형광에 의한 바이러스성 RNA의 탐지<em&gt; 현장에서</em&gt; 하이브리드화 (물고기)

Viruses  that infect cells elicit specific changes to normal cell functions which serve  to divert energy and resources for viral replication. Many ...

High-throughput Physical Mapping of Chromosomes using Automated in situ Hybridization

High-throughput Physical Mapping of Chromosomes using Automated in situ Hybridization

자동을 사용하여 염색체의 높은 처리량 물리적 매핑<em&gt; 현장에서</em&gt; 하이브리드화

Projects to obtain whole-genome sequences for 10,000 vertebrate species1 and for 5,000 insect and related arthropod species2 are expected to take place ...

Robust 3D DNA FISH Using Directly Labeled Probes

직접 레이블이 프로브를 사용하여 강력한 3D DNA 물고기

3D DNA FISH has become a major tool for  analyzing three-dimensional organization of the nucleus, and several variations  of the technique have been ...

Real-time Imaging of Single Engineered RNA Transcripts in Living Cells Using Ratiometric Bimolecular Beacons

비례 생체 분자 비콘을 사용하여 살아있는 세포의 단일 엔지니어링 RNA 성적 증명서의 실시간 영상

The growing realization that both the temporal and spatial regulation of gene expression can have important consequences on cell function has led to the ...

Studying DNA Looping by Single-Molecule FRET

단일 분자 FRET에 의해 DNA 루핑을 공부

Bending of double-stranded DNA (dsDNA) is associated with many important biological processes such as DNA-protein recognition and DNA packaging into ...

Simple Method for Fluorescence DNA In Situ Hybridization to Squashed Chromosomes

Simple Method for Fluorescence DNA In Situ Hybridization to Squashed Chromosomes

형광 DNA를위한 간단한 방법<em&gt; 현장에서</em&gt; 숙청 염색체에 하이브리드

DNA in situ hybridization (DNA ISH) is a commonly used method for mapping sequences to specific chromosome regions. This approach is particularly ...