Name: methyl-binding dna capture sequencing for patient tissues
Uploaded: 2016-10-31T12:30:00
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काम CPRIT अनुसंधान प्रशिक्षण पुरस्कार RP140105 द्वारा समर्थित है, साथ ही आंशिक रूप के रूप में अमेरिका के राष्ट्रीय स्वास्थ्य संस्थान (एनआईएच) अनुदान R01 GM114142 द्वारा और विलियम और एला ओवेन्स मेडिकल रिसर्च फाउंडेशन द्वारा समर्थित है।

सभी ऊतकों संस्थागत समीक्षा बोर्ड समिति के अनुमोदन के बाद और प्राप्त कर रहे सभी प्रतिभागियों को दोनों आणविक विश्लेषण और अनुवर्ती अध्ययन के लिए सहमति दे दी है। प्रोटोकॉल टेक्सास स्वास्थ्य विज्ञान केंद्र के व?...

<ol>
	<li>Trimarchi, M. P., Mouangsavanh, M., Huang, T. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cancer+epigenetics:+a+perspective+on+the+role+of+DNA+methylation+in+acquired+endocrine.">Cancer epigenetics: a perspective on the role of DNA methylation in acquired endocrine.</a> Chin. J. Cancer. 30, 749-756 (2011).</li><li>Nair, S. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+methyl-DNA+immunoprecipitation+(MeDIP)+and+methyl-CpG+binding+domain+(MBD)+protein+capture+for+genome-wide+DNA+methylation+analysis+reveal+CpG+sequence+coverage+bias.">Comparison of methyl-DNA immunoprecipitation (MeDIP) and methyl-CpG binding domain (MBD) protein capture for genome-wide DNA methylation analysis reveal CpG sequence coverage bias.</a> Epigenetics. 6, 34-44 (2011).</li><li>Zuo, T., Tycko, B., Liu, T. M., Lin, J. J., Huang, T. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+in+DNA+methylation+profiling.">Methods in DNA methylation profiling.</a> Epigenomics. 1, 331-345 (2009).</li><li>Clark, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+comparison+of+the+whole+genome+approach+of+MeDIP-seq+to+the+targeted+approach+of+the+Infinium+HumanMethylation450+BeadChip((R))+for+methylome+profiling.">A comparison of the whole genome approach of MeDIP-seq to the targeted approach of the Infinium HumanMethylation450 BeadChip((R)) for methylome profiling.</a> PLoS One. 7, e50233 (2012).</li><li>Walker, D. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+methylation+profiling:+comparison+of+genome-wide+sequencing+methods+and+the+Infinium+Human+Methylation+450+Bead+Chip.">DNA methylation profiling: comparison of genome-wide sequencing methods and the Infinium Human Methylation 450 Bead Chip.</a> Epigenomics. , 1-16 (2015).</li><li>Huang, Y. W., Huang, T. H., Wang, L. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Profiling+DNA+methylomes+from+microarray+to+genome-scale+sequencing.">Profiling DNA methylomes from microarray to genome-scale sequencing.</a> Technol. Cancer Res. Treat. 9, 139-147 (2010).</li><li>Serre, D., Lee, B. H., Ting, A. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MBD-isolated+Genome+Sequencing+provides+a+high-throughput+and+comprehensive+survey+of+DNA+methylation+in+the+human+genome.">MBD-isolated Genome Sequencing provides a high-throughput and comprehensive survey of DNA methylation in the human genome.</a> Nucleic Acids Res. 38, 391-399 (2010).</li><li>Brinkman, A. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-genome+DNA+methylation+profiling+using+MethylCap-seq.">Whole-genome DNA methylation profiling using MethylCap-seq.</a> Methods. 52, 232-236 (2010).</li><li>Wang, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LOcating+non-unique+matched+tags+(LONUT)+to+improve+the+detection+of+the+enriched+regions+for+ChIP-seq+data.">LOcating non-unique matched tags (LONUT) to improve the detection of the enriched regions for ChIP-seq data.</a> PLoS One. 8, e67788 (2013).</li><li>Gu, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CMS:+a+web-based+system+for+visualization+and+analysis+of+genome-wide+methylation+data+of+human+cancers.">CMS: a web-based system for visualization and analysis of genome-wide methylation data of human cancers.</a> PLoS One. 8, e60980 (2013).</li><li>Lan, X., Bonneville, R., Apostolos, J., Wu, W., Jin, V. X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=W-ChIPeaks:+a+comprehensive+web+application+tool+for+processing+ChIP-chip+and+ChIP-seq+data.">W-ChIPeaks: a comprehensive web application tool for processing ChIP-chip and ChIP-seq data.</a> Bioinformatics. 27, 428-430 (2011).</li><li>Jadhav, R. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+DNA+methylation+analysis+reveals+estrogen-mediated+epigenetic+repression+of+metallothionein-1+gene+cluster+in+breast+cancer.">Genome-wide DNA methylation analysis reveals estrogen-mediated epigenetic repression of metallothionein-1 gene cluster in breast cancer.</a> Clin. Epigenetics. 7, 13 (2015).</li><li>Hsu, Y. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Promoter+hypomethylation+of+EpCAM-regulated+bone+morphogenetic+protein+gene+family+in+recurrent+endometrial+cancer.">Promoter hypomethylation of EpCAM-regulated bone morphogenetic protein gene family in recurrent endometrial cancer.</a> Clin. Cancer Res. 19, 6272-6285 (2013).</li><li>Wang, Y. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Roles+of+Distal+and+Genic+Methylation+in+the+Development+of+Prostate+Tumorigenesis+Revealed+by+Genome-wide+DNA+Methylation+Analysis.">Roles of Distal and Genic Methylation in the Development of Prostate Tumorigenesis Revealed by Genome-wide DNA Methylation Analysis.</a> Sci. Rep. , (2015).</li><li>Plongthongkum, N., Diep, D. H., Zhang, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+the+profiling+of+DNA+modifications:+cytosine+methylation+and+beyond.">Advances in the profiling of DNA modifications: cytosine methylation and beyond.</a> Nat Rev Gen. 15, 647-661 (2014).</li><li>Riebler, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BayMeth:+improved+DNA+methylation+quantification+for+affinity+capture+sequencing+data+using+a+flexible+Bayesian+approach.">BayMeth: improved DNA methylation quantification for affinity capture sequencing data using a flexible Bayesian approach.</a> Genome Biol. 15, R35 (2014).</li></ol>

MBDCap-सेक तकनीक एक समानता संवर्धन दृष्टिकोण 3, जब मरीजों को 15 साल की एक बड़ी संख्या के साथ साथियों की जांच के लिए एक लागत प्रभावी विकल्प के रूप में माना जाता है। यहाँ प्रस्तुत पाइप लाइन डेटा विश्लेषण और व्य?...

डीएनए मेथिलिकरण के माध्यम से जीन की Epigenetic विनियमन शरीर 1 में विभिन्न प्रकार के ऊतकों के स्थिर भेदभाव से सेल भाग्य का निर्धारण करने के लिए आवश्यक आवश्यक तंत्र में से एक है। इस प्रक्रिया के अनियंत्रण कैंसर 2 सहित विभिन्न रोगों का कारण ज्ञात किया गया है। इस प्रक्रिया में मुख्य रूप से डीएनए 3 की सीपीजी dinucleotides में साइटोसिन अवशेषों पर मिथाइल समूहों के अलावा शामिल है। वहाँ कुछ अलग तकनीक वर्तमान में इस तंत्र की जांच करने के लिए, प्रत्येक अपने स्वयं के फायदे होने के रूप में कई अध्ययनों 2-8 में उल्लिखित किया जाता है। यहाँ हम इन तकनीकों, मिथाइल बाध्यकारी डीएनए अनुक्रमण कैद (MBDCap-सेक) कहा जाता है, जहां हम एक समानता संवर्धन तकनीक का उपयोग डीएनए के methylated क्षेत्रों की पहचान करने के लिए चर्चा करेंगे। इस तकनीक MBD2 प्रोटीन की मिथाइल-बाध्यकारी क्षमता methylated सीपीजी साइटों युक्त जीनोमिक डीएनए टुकड़े के लिए समृद्ध करने पर बनाता है। हम एक वाणिज्यिक डीएनए methylated संवर्धन किट का उपयोगइन methylated क्षेत्रों के अलगाव के लिए। हमारी प्रयोगशाला रोगी के नमूने के सैकड़ों इस तकनीक का उपयोग जांच की गई है और यहाँ हम एक व्यापक अनुकूलित प्रोटोकॉल है, जो बड़ी रोगी साथियों जांच करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है प्रदान करते हैं। किसी भी अगली पीढ़ी के अनुक्रमण प्रौद्योगिकी के साथ स्पष्ट रूप में, MBDCap-सेक भी आदेश में सही नमूने भर में मेथिलिकरण के स्तर यों करने के लिए एक विशिष्ट जैव सूचना विज्ञान दृष्टिकोण की आवश्यकता है। वहाँ अनुक्रमण डेटा 9, 10 को सामान्य बनाने और विश्लेषण की प्रक्रिया का अनुकूलन करने के प्रयास में हाल ही में कई अध्ययन किए गए हैं। Lonut - - क्रम में रोगी के नमूने की बड़ी संख्या में निष्पक्ष तुलना में सक्षम करने के लिए प्रत्येक नमूने की रेखीय सामान्य बनाने के द्वारा पीछा इस प्रोटोकॉल में, हम इन तरीकों का एक अनूठा पढ़ें वसूली दृष्टिकोण को लागू करने से एक प्रदर्शित करता है।

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Methylminer DNA enrichment Kit</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>ME10025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads M-280 Streptavidin</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>112-05D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bioruptor Plus Sonication Device</td>
			<td>diagenode</td>
			<td>B01020001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3M sodium acetate pH 5.2</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S7899</td>
			<td>100ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SPRIworks Fragment Library System I</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>A50100</td>
			<td>Fully automated library construction system</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Adapter Primers</td>
			<td>Bioo Scientific</td>
			<td>514104</td>
			<td>PCR primer mix</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>Q32854</td>
			<td>Fluorometric Quantitation System</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR master mix</td>
			<td>KAPA scientific</td>
			<td>KK2621</td>
			<td>PCR master mix</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AMPure XP</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>A63881</td>
			<td>PCR Purification beads</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EB Buffer</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>19086</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HiSeq 2000 Sequencing System</td>
			<td>Illumina</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

methyl-binding dna capture sequencing for patient tissues

मेथिलिकरण डीएनए है, जो स्थिर विकास और विभिन्न प्रकार के ऊतकों के भेदभाव के लिए आवश्यक जीन की सटीक विनियमन के लिए जिम्मेदार है के लिए आवश्यक epigenetic संशोधनों में से एक है। इस प्रक्रिया के अनियंत्रण अक्सर कैंसर जैसी बीमारियों की पहचान है। यहाँ, हम हाल अनुक्रमण तकनीकों में से एक रूपरेखा, मिथाइल बाध्यकारी डीएनए अनुक्रमण कैद (MBDCap-सेक), बड़े रोगी साथियों के लिए विभिन्न सामान्य और रोग के ऊतकों में मेथिलिकरण यों इस्तेमाल किया। हम एक जैव सूचना विज्ञान पाइपलाइन इष्टतम मात्रा का ठहराव को प्राप्त करने के साथ-साथ इस आत्मीयता के संवर्धन के दृष्टिकोण की एक विस्तृत प्रोटोकॉल का वर्णन है। इस तकनीक को 1,000 methylome परियोजना (कैंसर Methylome सिस्टम) के एक भाग के रूप में विभिन्न प्रकार के कैंसर के रोगियों भर के सैकड़ों अनुक्रम करने के लिए इस्तेमाल किया गया है।

हम स्तन 12, एंडोमेट्रियल 13, प्रोस्टेट 14, और जिगर के कैंसर दूसरों के बीच सहित विभिन्न प्रकार के कैंसर से मरीजों की एक बड़ी संख्या में डीएनए मेथिलिकरण परिवर्तन का अध्ययन करने के MBDCap-सेक का इस्तेमाल किया ?...

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Methyl-binding DNA capture Sequencing for Patient Tissues

यहाँ हम बड़े पैमाने पर नैदानिक ​​रोगी स्क्रीनिंग मिथाइल बाध्यकारी डीएनए अनुक्रमण कैद (MBDCap-सेक या एमबीडी-सेक) प्रौद्योगिकी और बाद में जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण पाइपलाइन का उपयोग अध्ययन में जीनोम विस्तृत डीएनए मेथिलिकरण जांच के लिए एक प्रोटोकॉल उपस्थित थे।

मरीज के ऊतकों के लिए मिथाइल बाध्यकारी डीएनए अनुक्रमण कब्जा

Methylation is one of the essential epigenetic modifications to the DNA, which is responsible for the precise regulation of genes required for stable ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Purification of High Molecular Weight Genomic DNA from Powdery Mildew for Long-Read Sequencing

लंबे समय से पढ़ें अनुक्रमण के लिए ख़स्ता फफूंदी से उच्च आण्विक वजन जीनोमिक डीएनए की शुद्धि

The powdery mildew fungi are a group of economically important fungal plant pathogens. Relatively little is known about the molecular biology and genetics ...

Optimization and Comparative Analysis of Plant Organellar DNA Enrichment Methods Suitable for Next-generation Sequencing

अगली पीढ़ी के अनुक्रमण के लिए उपयुक्त प्लांट ऑगेलरल डीएनए संवर्धन के तरीके का अनुकूलन और तुलनात्मक विश्लेषण

Plant organellar genomes contain large, repetitive elements that may undergo pairing or recombination to form complex structures and/or sub-genomic ...

Comprehensive DNA Methylation Analysis Using a Methyl-CpG-binding Domain Capture-based Method in Chronic Lymphocytic Leukemia Patients

क्रोनिक लिम्फोसाइटैटिक ल्यूकेमिया मरीजों में मिथाइल-सीपीजी-बाध्यकारी डोमेन कैप्चर-आधारित पद्धति का उपयोग करके व्यापक डीएनए मेथिलैलेशन विश्लेषण

The role of long noncoding RNAs (lncRNAs) in cancer is coming to the forefront due to growing interest in understanding their mechanistic functions during ...

Robust DNA Isolation and High-throughput Sequencing Library Construction for Herbarium Specimens

वानस्पतिक नमूनों के लिए मजबूत डीएनए अलगाव और उच्च प्रवाह अनुक्रमण पुस्तकालय निर्माण

Herbaria are an invaluable source of plant material that can be used in a variety of biological studies. The use of herbarium specimens is associated with ...

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

जीनोम की पीढ़ी चौड़ा क्रोमेटिन अनुरूप कब्जा पुस्तकालयों जल्दी Drosophila भ्रूण का मंचन

Investigating the three-dimensional architecture of chromatin offers invaluable insight into the mechanisms of gene regulation. Here, we describe a ...

Retrospective MicroRNA Sequencing: Complementary DNA Library Preparation Protocol Using Formalin-fixed Paraffin-embedded RNA Specimens

पूर्वव्यापी MicroRNA अनुक्रमण: पूरक डीएनए लाइब्रेरी तैयारी प्रोटोकॉल का उपयोग Formalin-फिक्स्ड आयल-एंबेडेड आरएनए नमूनों

&#8211;Archived, clinically classified formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues can provide nucleic acids for retrospective molecular studies of ...

Rare Event Detection Using Error-corrected DNA and RNA Sequencing

त्रुटि-सही डीएनए और आरएनए अनुक्रमण का उपयोग कर दुर्लभ घटना का पता लगाने

Conventional next-generation sequencing techniques (NGS) have allowed for immense genomic characterization for over a decade. Specifically, NGS has been ...

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture (4C-seq)

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture 4C-seq

परिपत्र गुणसूत्र अनुरूप कब्जा की अगली पीढ़ी के अनुक्रमण का उपयोग जीन विनियामक अनुक्रम का उच्च प्रवाह पहचान (4c-seq)

The identification of regulatory elements for a given target gene poses a significant technical challenge owing to the variability in the positioning and ...

Semiconductor Sequencing for Preimplantation Genetic Testing for Aneuploidy

एनेउप्लॉयडी के लिए प्रीमेंप्लांटेशन जेनेटिक टेस्टिंग के लिए सेमीकंडक्टर अनुक्रमण

Chromosomal aneuploidy, one of the main causes leading to embryonic development arrest, implantation failure, or pregnancy loss, has been well documented ...

Sequencing of mRNA from Whole Blood using Nanopore Sequencing

पूरे रक्त से mRNA के अनुक्रमण नैनोकोर अनुक्रमण का उपयोग

Sequencing in remote locations and resource-poor settings presents unique challenges. Nanopore sequencing can be successfully used under such conditions, ...