Name: subtyping of campylobacter jejuni ssp. doylei isolates using mass spectrometry-based phyloproteomics (mspp)
Uploaded: 2016-10-30T12:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Subtyping of Campylobacter jejuni ssp. doylei Isolates Using Mass Spectrometry-based PhyloProteomics MSPP at JoVE.com

We are grateful to Hannah Kleinschmidt for excellent technical support. This paper was funded by the Open Access support program of the Deutsche Forschungsgemeinschaft and the publication fund of the Georg August Universita&#776;t Go&#776;ttingen.

1. जैव सुरक्षा की स्थिति पर विचार करके एक सुरक्षित कार्यस्थल तैयार <ol><li> प्रयोगशाला और सुरक्षा नियमों है कि सूक्ष्मजीवों के साथ काम करने के लिए प्रासंगिक हैं के साथ परिचित हो। अधिकांश मानव रोगजनक सूक्ष?...

<ol>
	<li>Seng, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ongoing+revolution+in+bacteriology:+routine+identification+of+bacteria+by+matrix-assisted+laser+desorption+ionization+time-of-flight+mass+spectrometry.">Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry.</a> Clin Infect Dis. 49 (4), 543-551 (2009).</li><li>Bader, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MALDI-TOF-MS-based+species+identification+and+typing+approaches+in+medical+mycology.">MALDI-TOF-MS-based species identification and typing approaches in medical mycology.</a> Proteomics. 13 (5), 788-799 (2013).</li><li>Sandrin, T. R., Goldstein, J. E., Schumaker, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MALDI+TOF+MS+profiling+of+bacteria+at+the+strain+level:+a+review.">MALDI TOF MS profiling of bacteria at the strain level: a review.</a> Mass Spectrom Rev. 32 (3), 188-217 (2013).</li><li>Zautner, A. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Discrimination+of+multilocus+sequence+typing-based+Campylobacter+jejuni+subgroups+by+MALDI-TOF+mass+spectrometry.">Discrimination of multilocus sequence typing-based Campylobacter jejuni subgroups by MALDI-TOF mass spectrometry.</a> BMC Microbiol. 13, 247 (2013).</li><li>Reil, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recognition+of+Clostridium+difficile+PCR-ribotypes+001,+027+and+126/078+using+an+extended+MALDI-TOF+MS+system.">Recognition of Clostridium difficile PCR-ribotypes 001, 027 and 126/078 using an extended MALDI-TOF MS system.</a> Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 30 (11), 1431-1436 (2011).</li><li>Kuhns, M., Zautner, A. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+discrimination+of+Salmonella+enterica+serovar+Typhi+from+other+serovars+by+MALDI-TOF+mass+spectrometry.">Rapid discrimination of Salmonella enterica serovar Typhi from other serovars by MALDI-TOF mass spectrometry.</a> PLoS One. 7 (6), e40004 (2012).</li><li>Wolters, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MALDI-TOF+MS+fingerprinting+allows+for+discrimination+of+major+methicillin-resistant+Staphylococcus+aureus+lineages.">MALDI-TOF MS fingerprinting allows for discrimination of major methicillin-resistant Staphylococcus aureus lineages.</a> Int J Med Microbiol. 301 (1), 64-68 (2011).</li><li>Josten, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-time+of+flight+mass+spectrum+of+Staphylococcus+aureus+identifies+mutations+that+allow+differentiation+of+the+main+clonal+lineages.">Analysis of the matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrum of Staphylococcus aureus identifies mutations that allow differentiation of the main clonal lineages.</a> J Clin Microbiol. 51 (6), 1809-1817 (2013).</li><li>Lu, J. J., Tsai, F. J., Ho, C. M., Liu, Y. C., Chen, C. 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J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+genomic+epidemiological+evaluation+of+human+Campylobacter+isolates+by+use+of+whole-genome+multilocus+sequence+typing.">Real-time genomic epidemiological evaluation of human Campylobacter isolates by use of whole-genome multilocus sequence typing.</a> J Clin Microbiol. 51 (8), 2526-2534 (2013).</li><li>Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MEGA6:+Molecular+Evolutionary+Genetics+Analysis+version+6.0.">MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0.</a> Mol Biol Evol. 30 (12), 2725-2729 (2013).</li><li>Jolley, K. A., Chan, M. S., Maiden, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=mlstdbNet+-+distributed+multi-locus+sequence+typing+(MLST)+databases.">mlstdbNet - distributed multi-locus sequence typing (MLST) databases.</a> BMC Bioinformatics. 5, 86 (2004).</li><li>Verroken, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+Matrix-Assisted+Laser+Desorption+Ionization-Time+of+Flight+Mass+Spectrometry+for+Identification+of+Nocardia+Species.">Evaluation of Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry for Identification of Nocardia Species.</a> J Clinl Microbiol. 48 (11), 4015-4021 (2010).</li><li>El Kh&#233;chine, A., Couderc, C., Flaudrops, C., Raoult, D., Drancourt, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Matrix-Assisted+Laser+Desorption/Ionization+Time-of-Flight+Mass+Spectrometry+Identification+of+Mycobacteria+in+Routine+Clinical+Practice.">Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry Identification of Mycobacteria in Routine Clinical Practice.</a> PLoS ONE. 6 (9), e24720 (2011).</li><li>Goujon, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+bioinformatics+analysis+tools+framework+at+EMBL-EBI.">A new bioinformatics analysis tools framework at EMBL-EBI.</a> Nucleic Acids Research. 38, 695-699 (2010).</li><li>Hall, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BioEdit:+a+user-friendly+biological+sequence+alignment+editor+and+analysis+program+for+Windows+95/98/NT.">BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT.</a> Nucleic Acids Symposium Series. 41, 95-98 (1999).</li><li>Jolley, K. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ribosomal+multilocus+sequence+typing:+universal+characterization+of+bacteria+from+domain+to+strain.">Ribosomal multilocus sequence typing: universal characterization of bacteria from domain to strain.</a> Microbiology. 158, 1005-1015 (2012).</li><li>Suarez, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ribosomal+proteins+as+biomarkers+for+bacterial+identification+by+mass+spectrometry+in+the+clinical+microbiology+laboratory.">Ribosomal proteins as biomarkers for bacterial identification by mass spectrometry in the clinical microbiology laboratory.</a> J Microbiol Methods. 94 (3), 390-396 (2013).</li><li>Teramoto, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+classification+of+Pseudomonas+putida+strains+by+MALDI-MS+using+ribosomal+subunit+proteins+as+biomarkers.">Phylogenetic classification of Pseudomonas putida strains by MALDI-MS using ribosomal subunit proteins as biomarkers.</a> Anal Chem. 79 (22), 8712-8719 (2007).</li><li>Teramoto, K., Kitagawa, W., Sato, H., Torimura, M., Tamura, T., Tao, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+analysis+of+Rhodococcus+erythropolis+based+on+the+variation+of+ribosomal+proteins+as+observed+by+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-mass+spectrometry+without+using+genome+information.">Phylogenetic analysis of Rhodococcus erythropolis based on the variation of ribosomal proteins as observed by matrix-assisted laser desorption ionization-mass spectrometry without using genome information.</a> J Biosci Bioeng. 108 (4), 348-353 (2009).</li><li>Bernhard, M., Weig, M., Zautner, A. E., Gross, U., Bader, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Yeast+on-target+lysis+(YOTL),+a+procedure+for+making+auxiliary+mass+spectrum+data+sets+for+clinical+routine+identification+of+yeasts.">Yeast on-target lysis (YOTL), a procedure for making auxiliary mass spectrum data sets for clinical routine identification of yeasts.</a> J Clin Microbiol. 52 (12), 4163-4167 (2014).</li><li>Stark, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometric+profiling+of+Bacillus+cereus+strains+and+quantitation+of+the+emetic+toxin+cereulide+by+means+of+stable+isotope+dilution+analysis+and+HEp-2+bioassay.">Mass spectrometric profiling of Bacillus cereus strains and quantitation of the emetic toxin cereulide by means of stable isotope dilution analysis and HEp-2 bioassay.</a> Anal Bioanal Chem. 405 (1), 191-201 (2012).</li></ol>

एक MSPP योजना की स्थापना में सबसे महत्वपूर्ण कदम बायोमार्कर आयन पहचान का स्पष्ट आनुवंशिक दृढ़ संकल्प है। यदि यह संभव निस्संदेह एक बायोमार्कर की पहचान करने के लिए नहीं है, तो यह योजना 13 से बाहर रखा जान?...

पिछले दशक के दौरान, मैट्रिक्स की मदद से लेजर desorption आयनीकरण समय की उड़ान मास स्पेक्ट्रोमेट्री (MALDI-TOF एमएस) नैदानिक सूक्ष्म जीव विज्ञान में 1, 2 में माइक्रोबियल जीनस और प्रजातियों की पहचान के लिए एक अत्यधिक मूल्यवान मानक तरीका हो उन्नत किया है। प्रजातियों की पहचान बरकरार कोशिकाओं या सेल lysates के छोटे प्रोटीन उंगलियों के निशान की रिकॉर्डिंग पर आधारित है। एक बड़े पैमाने पर नियमित नैदानिक ​​सूक्ष्म जीव विज्ञान में प्रयोग किया जाता स्पेक्ट्रोमीटर के लिए विशिष्ट जन रेंज 2-20 केडीए है। इसके अतिरिक्त, जिसके परिणामस्वरूप स्पेक्ट्रा नीचे-प्रजातियों में तनाव और नीचे-उप प्रजाति स्तर 3 भेदभाव करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है। प्रारंभिक अग्रणी अध्ययन कैम्पिलोबैक्टर जेजुनी 4 में स्ट्रेन के लिए एक विशेष उपसमूह, क्लोस्ट्रीडियम बेलगाम 5, साल्मोनेला enterica एसएसपी के लिए विशिष्ट बायोमार्कर आयनों की पहचान की है। enterica serovar टाइफी 6, स्ताफ्य्लोकोच्चुस 7 - 9, और ई12 - 10 scherichia कोलाई। कई चर बायोमार्कर allelic isoforms को इसी जनता के संयोजन गहरी subtyping के लिए विकल्प प्रदान करता है। इससे पहले, हम सफलतापूर्वक एक विधि एक सी पर सार्थक और प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य phyloproteomic संबंधों मास स्पेक्ट्रोमेट्री आधारित phyloproteomics (MSPP) कहा जाता है में बड़े पैमाने पर प्रोफाइल में इन बदलावों को परिवर्तित करने के लिए लागू जेजुनी एसएसपी। जेजुनी अलग संग्रह 13। MSPP multilocus अनुक्रम टाइपिंग (MLST) की तरह डीएनए अनुक्रम आधारित subtyping तकनीकों के लिए एक बड़े पैमाने पर spectrometric बराबर इस्तेमाल किया जा सकता है। कैम्पिलोबैक्टर प्रजाति दुनिया भर में बैक्टीरियल आंत्रशोथ का प्रमुख कारण 14, 15 हैं। कैम्पिलोबोक्टिरियोसिस के बाद संक्रामक sequela का एक परिणाम के रूप में, अर्थात्, Guillain Barre सिंड्रोम, प्रतिक्रियाशील गठिया और सूजन आंत्र रोग 16 पैदा कर सकते हैं। संक्रमण का मुख्य स्रोत हैंचिकन, टर्की, सूअर, पशु, भेड़ और बतख, दूध और पानी की सतह से 15, 17 से दूषित मांस पशुधन। इसलिए, खाद्य सुरक्षा के संदर्भ में नियमित रूप से महामारी विज्ञान के अध्ययन निगरानी जरूरी हैं। MLST &quot;सोने के मानक &#39;कैम्पिलोबैक्टर प्रजातियों 18 के लिए आणविक टाइपिंग में है। क्योंकि सेंगर अनुक्रमण आधारित MLST विधि श्रम गहन, समय लेने वाली और अपेक्षाकृत महंगी है, MLST टाइपिंग अपेक्षाकृत छोटे अलग साथियों के लिए प्रतिबंधित है। इसलिए, वहाँ सस्ता और तेज subtyping तरीकों के लिए एक की जरूरत है। इस जरूरत को MSPP की तरह बड़े पैमाने पर spectrometric तरीकों से पूरा किया जा सकता है। इस पत्र कैम्पिलोबैक्टर जेजुनी एसएसपी का एक संग्रह का उपयोग कर MSPP-टाइपिंग के लिए एक विस्तृत प्रोटोकॉल प्रस्तुत करता है। Doylei वियोजन और MLST के साथ अपनी क्षमता की तुलना।

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1348">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:229px;">acetonitrile</td>
			<td style="width:663px;">Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germany</td>
			<td style="width:119px;">34967</td>
			<td style="width:337px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Autoflex III TOF/TOF 200 system</td>
			<td style="width:663px;">Bruker Daltonics, Bremen, Germany</td>
			<td style="width:119px;">GT02554 G201</td>
			<td>Mass spectrometer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:229px;">bacterial test standard BTS</td>
			<td style="width:663px;">Bruker Daltonics, Bremen, Germany</td>
			<td style="width:119px;">604537</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:229px;">BioTools 3.2 SR1</td>
			<td style="width:663px;">Bruker Daltonics, Bremen, Germany</td>
			<td>263564</td>
			<td>Software Package</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:229px;">Bruker IVD Bakterial Test Standard</td>
			<td style="width:663px;">Bruker Daltonics, Bremen, Germany</td>
			<td style="width:119px;">8290190</td>
			<td>5 tubes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Campylobacter jejuni subsp. doylei isolate&#160;</td>
			<td>Belgium coordinated collection of microorganisms/Laboratory of Microbiology UGent BCCM/LMG Ghent, Belgium</td>
			<td>LMG8843</td>
			<td>ATCC 49349;IMVS 1141;NCTC 11951;strain 093</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Campylobacter jejuni subsp. doylei isolate&#160;</td>
			<td>Belgium coordinated collection of microorganisms/Laboratory of Microbiology UGent BCCM/LMG Ghent, Belgium</td>
			<td>LMG9143</td>
			<td>Goossens Z90</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Campylobacter jejuni subsp. doylei isolate&#160;</td>
			<td>Belgium coordinated collection of microorganisms/Laboratory of Microbiology UGent BCCM/LMG Ghent, Belgium</td>
			<td>LMG7790</td>
			<td>ATCC 49350;CCUG 18265;Kasper 71;LMG 8219;NCTC 11847</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Campylobacter jejuni subsp. doylei isolate&#160;</td>
			<td>Belgium coordinated collection of microorganisms/Laboratory of Microbiology UGent BCCM/LMG Ghent, Belgium</td>
			<td>LMG9243</td>
			<td>Goossens N130</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Campylobacter jejuni subsp. doylei isolate&#160;</td>
			<td>Belgium coordinated collection of microorganisms/Laboratory of Microbiology UGent BCCM/LMG Ghent, Belgium</td>
			<td>LMG8871</td>
			<td>NCTC A603/87</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Campylobacter jejuni subsp. doylei isolate&#160;</td>
			<td>Belgium coordinated collection of microorganisms/Laboratory of Microbiology UGent BCCM/LMG Ghent, Belgium</td>
			<td>LMG9255</td>
			<td>Goossens B538</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Campylobacter jejuni subsp. doylei isolate&#160;</td>
			<td>Belgium coordinated collection of microorganisms/Laboratory of Microbiology UGent BCCM/LMG Ghent, Belgium</td>
			<td>LMG8870</td>
			<td>NCTC A613/87</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Columbia agar base&#160;</td>
			<td>Merck, Darmstadt, Germany</td>
			<td style="width:119px;">1.10455 .0500</td>
			<td>500 g</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:229px;">Compass for FlexSeries 1.2 SR1</td>
			<td style="width:663px;">Bruker Daltonics, Bremen, Germany</td>
			<td>251419</td>
			<td>Software Package</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">defibrinated sheep blood&#160;</td>
			<td>Oxoid Deutschland GmbH, Wesel, Germany</td>
			<td>SR0051</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:229px;">ethanol</td>
			<td>Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germany</td>
			<td style="width:119px;">02854 Fluka</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:229px;">formic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germany</td>
			<td style="width:119px;">F0507</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:229px;">HCCA matrix</td>
			<td style="width:663px;">Bruker Daltonics, Bremen, Germany</td>
			<td style="width:119px;">604531</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:229px;">Kimwipes paper tissue</td>
			<td style="width:663px;">Kimtech Science via Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germany</td>
			<td>Z188956</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:229px;">MALDI Biotyper 2.0</td>
			<td style="width:663px;">Bruker Daltonics, Bremen, Germany</td>
			<td>259935</td>
			<td>Software Package</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:229px;">Mast Cryobank vials</td>
			<td>Mast Diagnostica, Reinfeld, Germany</td>
			<td style="width:119px;">CRYO/B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:229px;">MSP 96 polished steel target</td>
			<td style="width:663px;">Bruker Daltonics, Bremen, Germany</td>
			<td>224989</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">QIAamp DNA Mini Kit&#160;</td>
			<td style="width:663px;">Qiagen, Hilden, Germany</td>
			<td style="width:119px;">51304</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:229px;">recombinant human insulin</td>
			<td>Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germany</td>
			<td style="width:119px;">I2643</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:229px;">trifluoroacetic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germany</td>
			<td style="width:119px;">T6508</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:229px;">water, molecular biology-grade</td>
			<td>Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germany</td>
			<td style="width:119px;">W4502</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

subtyping of campylobacter jejuni ssp. doylei isolates using mass spectrometry-based phyloproteomics (mspp)

MALDI-TOF एमएस न केवल प्रजातियों और उप-प्रजाति के स्तर पर है, लेकिन इससे भी कम, तनाव के स्तर पर कुछ बैक्टीरिया को अलग करने की संभावना प्रदान करता है। detectable बायोमार्कर आयनों की allelic isoforms को अलग-विशिष्ट जन पारियों में परिणाम। मास स्पेक्ट्रोमेट्री आधारित phyloproteomics (MSPP) एक उपन्यास तकनीक है कि एक योजना है कि अलग विशिष्ट जन एक जीनोम की तुलना पारियों से phyloproteomic संबंधों की कटौती की अनुमति देता में बड़े पैमाने पर spectrometric detectable बायोमार्कर जनता को जोड़ती संदर्भ तनाव अनुक्रम है। deduced एमिनो एसिड दृश्यों तो MSPP आधारित dendrograms गणना करने के लिए उपयोग किया जाता है। यहाँ हम एक कैम्पिलोबैक्टर जेजुनी एसएसपी टाइप करके MSPP के कार्यप्रवाह का वर्णन है। सात प्रकारों के doylei अलग संग्रह। सभी सात उपभेदों मानव उत्पत्ति और multilocus अनुक्रम टाइपिंग (MLST) के थे उनके आनुवंशिक विविधता का प्रदर्शन किया। MSPP टाइपिंग सात विभिन्न MSPP अनुक्रम प्रकार के परिणामस्वरूप, पर्याप्त रूप से उनकी बनावट को दर्शाती हैlogenetic संबंधों। सी जेजुनी एसएसपी। doylei MSPP योजना 14 विभिन्न बायोमार्कर आयनों, 2 से 11 केडीए के जन रेंज में ज्यादातर ribosomal प्रोटीन भी शामिल है। MSPP सिद्धांत रूप में, एक विस्तारित जन रेंज के साथ अन्य बड़े पैमाने पर spectrometric प्लेटफार्मों के लिए अनुकूलित किया जा सकता है। इसलिए, इस तकनीक संभावित तनाव के स्तर माइक्रोबियल टाइपिंग के लिए एक उपयोगी उपकरण बन गया है।

इससे पहले, हम सफलतापूर्वक सी के लिए एक योजना की स्थापना की MSPP जेजुनी एसएसपी। जेजुनी 13। यहाँ, हम विधि का विस्तार करने के लिए भाई subspecies सी के उद्देश्य से जेजुनी एसएसपी। doylei।...

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Subtyping of Campylobacter jejuni ssp. doylei Isolates Using Mass Spectrometry-based PhyloProteomics MSPP

मास स्पेक्ट्रोमेट्री आधारित phyloproteomics (MSPP) कैम्पिलोबैक्टर जेजुनी एसएसपी का एक संग्रह टाइप करने के लिए इस्तेमाल किया गया था। Doylei multilocus अनुक्रम टाइपिंग (MLST) की तुलना में तनाव के स्तर पर आइसोलेट्स।

के Subtyping<em&gt; कैम्पिलोबैक्टर जेजुनी</em&gt; एसएसपी।<em&gt; doylei</em&gt; का प्रयोग वियोजन मास स्पेक्ट्रोमेट्री आधारित PhyloProteomics (MSPP)

MALDI-TOF MS offers the possibility to differentiate some bacteria not only at the species and subspecies level but even below, at the strain level. ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Subtyping of Campylobacter jejuni ssp. doylei Isolates Using Mass Spectrometry-based PhyloProteomics (MSPP)

Improved Polymerase Chain Reaction-restriction Fragment Length Polymorphism Genotyping of Toxic Pufferfish by Liquid Chromatography/Mass Spectrometry

तरल क्रोमैटोग्राफी / मास स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा विषाक्त पुफेरफिश की बेहतर पोलीमरेज़ चेन रिएक्शन-प्रतिबंध टुकड़ा लंबाई बहुरूपता जीनोटाइपिंग

An improved version of a polymerase chain reaction (PCR)-restriction fragment length polymorphism (RFLP) method for genotyping toxic pufferfish species by ...

Procedure for Adaptive Laboratory Evolution of Microorganisms Using a Chemostat

सूक्ष्मजीवों के अनुकूली प्रयोगशाला विकास के लिए प्रक्रिया एक Chemostat का प्रयोग

Natural evolution involves genetic diversity such as environmental change and a selection between small populations. Adaptive laboratory evolution (ALE) ...

Detection of Copy Number Alterations Using Single Cell Sequencing

नकल संख्या बदलाव की जांच सिंगल सेल अनुक्रमण का उपयोग

Detection of genomic changes at single cell resolution is important for characterizing genetic heterogeneity and evolution in normal tissues, cancers, and ...

Detection of microRNA Expression in Peritoneal Membrane of Rats Using Quantitative Real-time PCR

क्वांटिटेटिव रीयल-टाइम पीसीआर का प्रयोग करके चूहे के पेरिटोनियल झिल्ली में माइक्रोआरएनए एक्सप्रेशन का पता लगाना

MicroRNAs (miRNAs) are small noncoding RNAs that regulate messenger RNA expression post-transcriptionally. The miRNA expression profile has been ...

Analysis of the c-KIT Ligand Promoter Using Chromatin Immunoprecipitation

क्रोमैटिन इम्युनोपर्रेबिज़ का उपयोग करने वाली सी-केट लिगेंड प्रमोटर का विश्लेषण

Multiple cellular processes, including DNA replication and repair, DNA recombination, and gene expression, require interactions between proteins and DNA. ...

Metabolic Labeling and Profiling of Transfer RNAs Using Macroarrays

चयापचय लेबलिंग और स्थानांतरण RNAs Macroarrays का उपयोग कर की रूपरेखा

Transfer RNAs (tRNA) are abundant short non-coding RNA species that are typically 76 to 90 nucleotides in length. tRNAs are directly responsible for ...

Investigation of RNA Synthesis Using 5-Bromouridine Labelling and Immunoprecipitation

5-Bromouridine ्र और Immunoprecipitation का उपयोग कर आरएनए संश्लेषण की जांच

When steady state RNA levels are compared between two conditions, it is not possible to distinguish whether changes are caused by alterations in ...

Candidate Gene Testing in Clinical Cohort Studies with Multiplexed Genotyping and Mass Spectrometry

मल्टीप्लेक्स Genotyping और जनसंचार स्पेक्ट्रोमेट्री के साथ नैदानिक पलटन अध्ययन में उंमीदवार जीन परीक्षण

Complex diseases are often underpinned by multiple common genetic variants that contribute to disease susceptibility. Here, we describe a cost-effective ...

A Fast and Quantitative Method for Post-translational Modification and Variant Enabled Mapping of Peptides to Genomes

एक तेजी से और मात्रात्मक विधि के बाद अनुवाद संशोधन और संस्करण के लिए पेप्टाइड्स की मैपिंग जीनोम के लिए सक्षम

Cross-talk between genes, transcripts, and proteins is the key to cellular responses; hence, analysis of molecular levels as distinct entities is slowly ...

Induction and Evaluation of Inbreeding Crosses Using the Ant, Vollenhovia Emeryi

Induction and Evaluation of Inbreeding Crosses Using the Ant, Vollenhovia Emeryi

प्रवेश और रिश् तों का मूल् यांकन, चींटी का उपयोग करते हुए Vollenhovia Emeryi

The genetic and molecular components of the sex-determination cascade have been extensively studied in the honeybee, Apis mellifera, a hymenopteran model ...