Name: extraction and analysis of microbial phospholipid fatty acids in soils
Uploaded: 2016-08-26T14:00:00
Duration: 10 min 3 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Extraction and Analysis of Microbial Phospholipid Fatty Acids in Soils at JoVE.com

This work was financed in part by the Natural Sciences and Engineering Council of Canada. The authors acknowledge Jela Burkus, Donna Macey, and Jennifer Lloyd for their technical expertise and their contribution to the optimization of this method.

<ol>
	<li>Zelles, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fatty+acid+patterns+of+phospholipids+and+lipopolysaccharides+in+the+characterisation+of+microbial+communities+in+soil:+a+review.">Fatty acid patterns of phospholipids and lipopolysaccharides in the characterisation of microbial communities in soil: a review.</a> Biol. Fert. Soils. 29, 111-129 (1999).</li><li>Swallow, M. J. B., Quideau, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Moisture+effects+on+microbial+communities+in+boreal+forest+floors+are+stand-dependent.">Moisture effects on microbial communities in boreal forest floors are stand-dependent.</a> Appl. Soil Ecol. 63, 120-126 (2012).</li><li>McIntosh, A. C. S., Macdonald, S. E., Quideau, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Linkages+between+the+forest+floor+microbial+community+and+resource+heterogeneity+within+mature+lodgepole+pine+forests.">Linkages between the forest floor microbial community and resource heterogeneity within mature lodgepole pine forests.</a> Soil Biol. Biochem. 63, 61-72 (2013).</li><li>Card, S. M., Quideau, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+community+structure+in+restored+riparian+soils+of+the+Canadian+prairie+pothole+region.">Microbial community structure in restored riparian soils of the Canadian prairie pothole region.</a> Soil Biol. Biochem. 42, 1463-1471 (2010).</li><li>McKinley, V. L., Peacock, A. D., White, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+community+PLFA+and+PHB+responses+to+ecosystem+restoration+in+tallgrass+prairie+soils.">Microbial community PLFA and PHB responses to ecosystem restoration in tallgrass prairie soils.</a> Soil Biol. Biochem. 37, 1946-1958 (2005).</li><li>Bossio, D. A., Scow, K. M., Gunapala, N., Graham, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determinants+of+soil+microbial+communities:+effects+of+agricultural+management,+season,+and+soil+type+on+phospholipid+fatty+acid+profiles.">Determinants of soil microbial communities: effects of agricultural management, season, and soil type on phospholipid fatty acid profiles.</a> Microbial Ecol. 36, 1-12 (1998).</li><li>Hannam, K. D., Quideau, S. A., Kishchuk, B. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Forest+floor+microbial+communities+in+relation+to+stand+composition+and+timber+harvesting+in+northern+Alberta.">Forest floor microbial communities in relation to stand composition and timber harvesting in northern Alberta.</a> Soil Biol. Biochem. 38, 2565-2575 (2006).</li><li>Pettersson, M., B&#229;&#229;th, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+rate+of+change+of+a+soil+bacterial+community+after+liming+as+a+function+of+temperature.">The rate of change of a soil bacterial community after liming as a function of temperature.</a> Microbial Ecol. 46, 177-186 (2003).</li><li>Degrood, S. H., Claassen, V. P., Scow, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+community+composition+on+native+and+drastically+disturbed+serpentine+soils.">Microbial community composition on native and drastically disturbed serpentine soils.</a> Soil Bio.l Biochem. 37, 1427-1435 (2005).</li><li>Quideau, S. A., Swallow, M. J. B., Prescott, C. E., Grayston, S. J., Oh, S. -. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparing+soil+biogeochemical+processes+in+novel+and+natural+boreal+forest+ecosystems.">Comparing soil biogeochemical processes in novel and natural boreal forest ecosystems.</a> Biogeosciences. 10, 5651-5661 (2013).</li><li>Hahn, A. S., Quideau, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Long-term+effects+of+organic+amendments+on+the+recovery+of+plant+and+soil+microbial+communities+following+disturbance+in+the+Canadian+boreal+forest.">Long-term effects of organic amendments on the recovery of plant and soil microbial communities following disturbance in the Canadian boreal forest.</a> Plant Soil. 363, 331-334 (2013).</li><li>Swallow, M., Quideau, S. A., MacKenzie, M. D., Kishchuk, B. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+community+structure+and+function:+The+effect+of+silvicultural+burning+and+topographic+variability+in+northern+Alberta.">Microbial community structure and function: The effect of silvicultural burning and topographic variability in northern Alberta.</a> Soil Biol. Biochem. 41, 770-777 (2009).</li><li>Pennanen, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+communities+in+boreal+coniferous+forest+humus+exposed+to+heavy+metals+and+changes+in+soil+pH-a+summary+of+the+use+of+phospholipid+fatty+acids.+Biolog+(R)+and+H-3-thymidine+incorporation+methods+in+field+studies.">Microbial communities in boreal coniferous forest humus exposed to heavy metals and changes in soil pH-a summary of the use of phospholipid fatty acids. Biolog (R) and H-3-thymidine incorporation methods in field studies.</a> Geoderma. 100, 91-126 (2001).</li><li>Margasin, R., H&#228;mmerle, M., Tscherko, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+activity+and+community+composition+during+bioremediation+of+diesel-oil-contaminated+soil:+effects+of+hydrocarbon+concentration,+fertilizers,+and+incubation+time.">Microbial activity and community composition during bioremediation of diesel-oil-contaminated soil: effects of hydrocarbon concentration, fertilizers, and incubation time.</a> Microbial Ecol. 53, 259-269 (2007).</li><li>&#352;tursov&#225;, M., &#352;najdr, J., Cajthaml, T., B&#225;rta, J., &#352;antr&#367;&#269;kov&#225;, H., Baldrian, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=When+the+forest+dies:+the+response+of+forest+soil+fungi+to+a+bark+beetle-induced+tree+dieback.">When the forest dies: the response of forest soil fungi to a bark beetle-induced tree dieback.</a> ISME J. 8, 1920-1931 (2014).</li><li>Bligh, E. G., Dyer, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+rapid+method+of+total+lipid+extraction.">A rapid method of total lipid extraction.</a> Can. J. Biochem. Phys. 37, 911-917 (1959).</li><li>White, D. C., Davis, W. M., Nickels, J. S., King, J. D., Bobbie, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+the+sedimentary+microbial+biomass+by+extractible+lipid+phosphate.">Determination of the sedimentary microbial biomass by extractible lipid phosphate.</a> Oecologia. 40, 51-62 (1979).</li><li>Tunlid, A., Hoitink, H. A. J., Low, C., White, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+bacteria+that+suppress+Rhizoctonia+damping-off+in+bark+compost+media+by+analysis+of+fatty+acid+biomarkers.">Characterization of bacteria that suppress Rhizoctonia damping-off in bark compost media by analysis of fatty acid biomarkers.</a> Appl. Environ. Microb. 55, 1368-1374 (1989).</li><li>Bobbier, J., White, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+benthic+microbial+community+structure+by+high+resolution+gas+chromatography+of+fatty+acid+methyl+esters.">Characterization of benthic microbial community structure by high resolution gas chromatography of fatty acid methyl esters.</a> Appl. Environ. Microb. 39, 1212-1222 (1980).</li><li>Tunlid, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+phospholipid+ester-linked+fatty+acids+and+poly+P-hydroxybutyrate+for+the+estimation+of+bacterial+biomass+and+activity+in+the+rhizosphere+of+the+rape+plant+Brassica+napus+(L.).">Determination of phospholipid ester-linked fatty acids and poly P-hydroxybutyrate for the estimation of bacterial biomass and activity in the rhizosphere of the rape plant Brassica napus (L.).</a> Can. J. Microbiol. 31, 1113-1119 (1985).</li><li>Frosteg&#229;rd, A., Tunlid, A., B&#229;&#229;th, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+biomass+measured+as+total+lipid+phosphate+in+soils+of+different+organic+content.">Microbial biomass measured as total lipid phosphate in soils of different organic content.</a> J. Microbiol. Meth. 14, 151-163 (1991).</li><li>Frosteg&#229;rd, &. #. 1. 9. 7. ;., B&#229;&#229;th, E., Tunlid, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shifts+in+the+structure+of+soil+microbial+communities+in+limed+forests+as+revealed+by+phospholipid+fatty+acid+analysis.">Shifts in the structure of soil microbial communities in limed forests as revealed by phospholipid fatty acid analysis.</a> Soil Biol. Biochem. 25, 723-730 (1993).</li><li>Burns, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Soil+Biology+and+Biology+Citation+Classic+X.">Soil Biology and Biology Citation Classic X.</a> Soil Biol. Biochem. 43, 1619-1620 (2011).</li><li>Zelles, L., Bai, Q. Y., Beck, T., Beese, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Signature+fatty+acids+in+phospholipid+and+lipopolysaccharides+as+indicators+of+microbial+biomass+and+community+structure+in+agricultural+soils.">Signature fatty acids in phospholipid and lipopolysaccharides as indicators of microbial biomass and community structure in agricultural soils.</a> Soil Biol. Biochem. 24, 317-323 (1992).</li><li>Zelles, L., Bai, Q. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fractionation+of+fatty+acids+derived+from+soil+lipids+by+solid+phase+extraction+and+their+quantitative+analysis+by+GC-MS.">Fractionation of fatty acids derived from soil lipids by solid phase extraction and their quantitative analysis by GC-MS.</a> Soil Biol. Biochem. 25, 495-507 (1993).</li><li>White, D. C., Ringelberg, D. B., Burlage, R. S., Atlas, R., Stahl, D., Geesey, G., Sayler, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Signature+lipid+biomarker+analysis.">Signature lipid biomarker analysis.</a> Techniques in Microbial Ecology. , 255-272 (1998).</li><li>Bird, J. A., Herman, D. J., Firestone, M. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rhizosphere+priming+of+soil+organic+matter+by+bacterial+groups+in+a+grassland+soil.">Rhizosphere priming of soil organic matter by bacterial groups in a grassland soil.</a> Soil Biol. Biochem. 43, 718-725 (2011).</li><li>Waldrop, M. P., Firestone, M. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+community+utilization+of+recalcitrant+and+simple+carbon+compounds:+impact+of+oak-woodland+plant+communities.">Microbial community utilization of recalcitrant and simple carbon compounds: impact of oak-woodland plant communities.</a> Oecologia. 138, 275-284 (2004).</li><li>Chowdhury, T. R., Dick, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Standardizing+methylation+method+during+phospholipid+fatty+acid+analysis+to+profile+soil+microbial+communities.">Standardizing methylation method during phospholipid fatty acid analysis to profile soil microbial communities.</a> J. Microbiol. Meth. 88, 285-291 (2012).</li><li>Buyer, J. S., Sasser, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+throughput+phospholipid+fatty+acid+analysis+of+soils.">High throughput phospholipid fatty acid analysis of soils.</a> Appl. Soil Ecol. 61, 127-130 (2012).</li><li>Christie, W. W., Han, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gas+chromatographic+analysis+of+fatty+acid+derivatives.">Gas chromatographic analysis of fatty acid derivatives.</a> Lipid analysis, isolation, separation, identification, and lipidomic analysis. , 159-180 (2010).</li><li>McCune, B., Grace, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Analysis of ecological communities. , 300 (2002).</li><li>Frosteg&#229;rd, A., Tunlid, A., B&#229;&#229;th, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+and+misuse+of+PLFA+measurements+in+soils.">Use and misuse of PLFA measurements in soils.</a> Soil Biol. Biochem. 43, 1621-1625 (2011).</li><li>H&#246;gberg, M. N., H&#246;gberg, P., Myrold, D. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Is+microbial+community+composition+in+boreal+forest+soils+determined+by+pH,+C-to-N+ratio,+the+trees,+or+all+three.">Is microbial community composition in boreal forest soils determined by pH, C-to-N ratio, the trees, or all three.</a> Oecologia. 150, 590-601 (2007).</li><li>Brennan, P., Ratledge, C., Wilkinson, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mycobacterium+and+other+actinomycetes.">Mycobacterium and other actinomycetes.</a> Microbial Lipids. , 203-298 (1988).</li><li>Olsson, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Signature+fatty+acids+provide+tools+for+determination+of+the+distribution+and+interactions+of+mycorrhizal+fungi+in+soil.">Signature fatty acids provide tools for determination of the distribution and interactions of mycorrhizal fungi in soil.</a> FEMS Microbiol. Ecol. 29, 303-310 (1999).</li><li>Frosteg&#229;rd, &. #. 1. 9. 7. ;., B&#229;&#229;th, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+phospholipid+fatty+acid+analysis+to+estimate+bacterial+and+fungal+biomass+in+soil.">The use of phospholipid fatty acid analysis to estimate bacterial and fungal biomass in soil.</a> Biol. Fert. Soils. 22, 59-65 (1996).</li><li>Myers, R. T., Zak, D. R., White, D. C., Peacock, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Landscape-level+patterns+of+microbial+community+composition+and+substrate+use+in+upland+forest+ecosystems.">Landscape-level patterns of microbial community composition and substrate use in upland forest ecosystems.</a> Soil Sci. Soc. Am. J. 65, 359-367 (2001).</li><li>Swallow, M. J. B., Quideau, S. A., Norris, C. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliate+dependent+production+of+microbial+anthranilic+acid+occurring+within+aspen+litter.">Ciliate dependent production of microbial anthranilic acid occurring within aspen litter.</a> Soil Biol. Biochem. 60, 113-121 (2013).</li><li>Norris, C. E., Quideau, S. A., Macey, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Processing+of+13C+glucose+in+mineral+soil+from+aspen,+spruce,+and+novel+ecosystems+in+the+Athabasca+Oil+Sands+Region.">Processing of 13C glucose in mineral soil from aspen, spruce, and novel ecosystems in the Athabasca Oil Sands Region.</a> Appl. Soil Ecol. 71, 24-32 (2013).</li><li>Ruess, L., Chamberlain, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+fat+that+matters:+Soil+food+web+analysis+using+fatty+acids+and+their+carbon+stable+isotope+signature.">The fat that matters: Soil food web analysis using fatty acids and their carbon stable isotope signature.</a> Soil Biol. Biochem. 42, 1898-1910 (2010).</li></ol>

लेखकों के पास खुलासे के लिए कुछ भी नहीं है।

फॉस्फोलिपिड फैटी एसिड (PLFAs) डोमेन बैक्टीरिया और यूकेरिया से माइक्रोबियल सेलुलर झिल्ली का हिस्सा हैं। सूक्ष्मजीवों सेल झिल्ली अखंडता और उनके तत्काल पर्यावरण की स्थिति के जवाब में सेलुलर समारोह को बनाए रखने के लिए एक साधन के रूप में विभिन्न श्रृंखला लंबाई और रचना के PLFAs उत्पादन; इसलिए यह तर्क दिया जा सकता है कि माइक्रोबियल समुदायों कि भौगोलिक दृष्टि से अलग हो रहे हैं लेकिन इसी मिट्टी की स्थिति के अधीन हैं समान PLFAs व्यक्त करेंगे। 14 और 20 सी परमाणुओं के बीच एक श्रृंखला लंबाई के साथ मिट्टी PLFAs आम तौर पर मुख्य रूप से बैक्टीरियल और फंगल उत्पत्ति 1 का होना माना जाता है। मिश्रित संस्कृतियों में, PLFA विश्लेषण व्यक्ति माइक्रोबियल प्रजातियों की पहचान करने के लिए इस्तेमाल नहीं किया जा सकता है, लेकिन यह मिट्टी में पाया माइक्रोबियल समुदायों की एक समग्र फिंगरप्रिंट प्रदान कर सकते हैं। इसके अलावा, क्योंकि PLFAs तेजी से कोशिका मृत्यु पर अपमानित कर रहे हैं, वे व्यवहार्य मिट्टी माइक्रोबियल समुदाय 2 का प्रतिनिधि माना जा सकता है। इस टीईसीhnique बड़े पैमाने पर वातावरण की एक विस्तृत श्रृंखला में पाया माइक्रोबियल समुदायों, 5-6 घास के मैदानों के लिए जंगलों में 3-4 से लेकर और कृषि क्षेत्रों 7 के संरचनात्मक रचना को चिह्नित करने के लिए इस्तेमाल किया गया है। यह सफलतापूर्वक मिट्टी प्रतिक्रिया निस्र्पक प्रबंधन बदलाव करने के लिए भूमि में लागू किया गया है, जंगल साफ-काटने 8, 9 LiMing, उद्धार 10-12, साथ ही ऐसी आग 13, धातु 14 और हाइड्रोकार्बन 15 से संदूषण के रूप में गड़बड़ी के रूप में शामिल है, और कीट प्रकोप 16 । समकालीन PLFA विश्लेषणात्मक विधि पिछले छह अनुसंधान समूहों की एक संख्या से कई महत्वपूर्ण प्रगति के माध्यम से दशकों के दौरान विकसित हुआ। एक दो अवस्था का सिस्टम 17 में monophasic से मिश्रण में बदलाव करने की निकासी के समाधान में पानी के अनुपात: मेथनॉल: 1958 में, एक महत्वपूर्ण सुधार क्लोरोफॉर्म को एडजस्ट करने से पैदा हुई। यह अनुकूलित लिपिड निकासी और संशोधित अलगाव समर्थकtocol Bligh और डायर पद्धति के रूप में जाना गया। प्रोटोकॉल अगले कुछ दशकों में कई प्रयोगशालाओं द्वारा अपनाया गया था और इस समय के दौरान, सफेद और उनके सहयोगियों ने विधि करने के लिए महत्वपूर्ण प्रगति योगदान दिया; उदाहरण के लिए, वे पानी के लिए एक फॉस्फेट बफर आदान प्रदान से निष्कर्षण कदम में सुधार हुआ है, और वे गैस क्रोमैटोग्राफी (जीसी) बढ़ाया चोटी की पहचान और मात्रा का ठहराव के माध्यम से विश्लेषण अनुकूलित। मृदा विज्ञान के लिए अधिक प्रासंगिकता के शायद, वे 1979 में चुना गया है, जब वे समुद्री तलछट 18 के माइक्रोबियल बायोमास की जांच की कि निकाले लिपिड माइक्रोबियल संरचना का एक सूचकांक के रूप में इस्तेमाल किया जा सकता है। आगे की घटनाओं में 1980 के दशक में हुई के रूप में विधि अधिक व्यापक रूप से, मृदा विज्ञान के क्षेत्र में उपयोग किया जाने लगा विशेष rhizosphere 19 के संबंध में। उस समय, विधि शामिल मिथाइल nonadecanoate (MeC19: 0) एक आंतरिक मानक 19 और लिपिड विभाजन 21 &lt;के लिए एक सिलिका संबंधी एसिड स्तंभ के उपयोग के रूप में/ Sup&gt;। व्हाइट 19,21 के साथ अपने काम के बाद, Tunlid स्वीडन में लौटे और बाथ और Frostegård के साथ सहयोगात्मक अनुसंधान शुरू कर दिया। कार्बनिक पदार्थ सामग्री में बदलती मिट्टी का एक सूट के लिए अलग निकासी buffers की दक्षता की जांच करके, समूह से पता चला कि साइट्रेट बफर लिपिड फॉस्फेट निकाले की राशि में वृद्धि हुई फॉस्फेट बफर 22 की तुलना में। इसके अलावा, मिट्टी माइक्रोबियल समुदायों पर LiMing के प्रभाव पर उनके 1993 के प्रकाशन 23 पर चला गया मिट्टी जीवविज्ञान और जैव रसायन 24 में एक प्रशस्ति पत्र क्लासिक बन जाते हैं। शोधकर्ताओं ने अपने डाटा प्रोसेसिंग में प्रमुख घटक विश्लेषण का उपयोग किया। PLFA विश्लेषण, के रूप में विधि अब कहा जाता है, बड़े डेटा सेट उत्पन्न करता है और बहुभिन्नरूपी सांख्यिकीय प्रक्रियाओं के उपयोग इन आंकड़ों को प्रोसेस करने में अत्यधिक कई लोगों के लिए समय के लिए अभिनव और प्रेरणादायक था। काम करने के लिए समवर्ती स्वीडन में किया जा रहा है, PLFA प्रक्रिया के लिए संशोधन में जांच की जा रही थीजर्मनी द्वारा Zelles और उनके सहयोगियों ने 25-26। प्रक्रिया के अपने संस्करण एक ठोस चरण निष्कर्षण (एसपीई) स्तंभ के बजाय सिलिका संबंधी एसिड स्तंभ के अपने प्रयोग के लिए उल्लेखनीय था लेकिन, कुल मिलाकर, अधिक प्रयोगशाला था गहन। Frostegård के पेपर 23, सफेद और Ringelberg 27 से विस्तृत कार्यप्रणाली के साथ-साथ, PLFA तकनीक के उपयोग के मृदा विज्ञान के क्षेत्र में मौलिक सवालों की जांच करने में एक विस्फोट के लिए नींव प्रदान की है। और C19: तब से, फायरस्टोन और उनके सहयोगियों द्वारा विधि के आगे शोधन के एक आंतरिक जीसी मानक (0 C10): जोड़ने को शामिल किया है मात्रा का ठहराव 28 को सुधारने के लिए एक किराए की मानक के रूप में 0, और जुदा के उपयोग की जगह दौर नीचे शीशियों को सरल करने के लिए funnels निकासी 29। हाल ही में, चौधरी और डिक 30 मेथिलिकरण कदम की जांच की और दो ​​मेथिलिकरण मृदा विज्ञान साहित्य KOH / MeOH विधि अध्यक्ष में इस्तेमाल किया प्रक्रियाओं की सूचना दी है किफैटी एसिड की एक बड़ी रेंज वर्गीकृत। प्रस्तुत विधि काफी हद तक Bligh और डायर द्वारा विकसित मूल पद्धति पर आधारित है, और इस तरह के कदम के लिए मेथिलिकरण methanolic KOH के उपयोग के रूप में संशोधनों से ऊपर उल्लेख किया है, को शामिल किया गया है। दो मानकों प्रत्येक नमूना के लिए उपयोग किया जाता है, जो मिट्टी नमूना पहले निकासी के लिए पहले से जोड़ा जाता है 1,2-dinonadecanoyl- एस.एन. -glycero-3-phosphocholine (: 0/19 0) पीसी (19) की एक किराए की मानक दक्षता और पूरे प्रोटोकॉल की वसूली, और मिथाइल decanoate का एक साधन मानक आकलन करने के लिए (MeC10: 0) है, जो जीसी द्वारा की पहचान और मात्रा का ठहराव करने से पहले जोड़ा जाता है। हम स्वीकार करते हैं कि PLFA विधि आमतौर पर दुनिया भर में कई माइक्रोबियल पारिस्थितिकी प्रयोगशालाओं द्वारा इस्तेमाल किया जाता है, और कई बार दर्ज किया गया है, मानकीकरण 2 के लिए अंतर्राष्ट्रीय संगठन द्वारा भी शामिल है। इस पत्र का उद्देश्य एक आसान पालन करने के लिए और मजबूत प्रोटोकॉल है कि मिट्टी के लिए उपयोगी हो सकता है पेश करने के लिए हैवैज्ञानिकों ने PLFA तकनीक सीखने की कोशिश कर रहे हैं।

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Pierce Reacti-Vap III-evaporator gassing manifold with 27 ports</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Used in Steps 1-3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Compressed Nitrogen</td>
			<td>Praxair</td>
			<td>Ni-T</td>
			<td>Dangerous: Use only after training and minimize contact and use; Used in Steps 1-3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Disposable centrifuge tube and Teflon-lined cap</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>05-569-3</td>
			<td>Used for Step 1 (1 per sample) and Step 2 (1 per sample)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Disposable glass long-necked Pasteur pipettes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-678-20D</td>
			<td>Used for Step 1 (2 per sample)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Disposable glass short-necked Pasteur pipettes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-678-4</td>
			<td>Used for Step 2 (1 per sample), Step 3 (1 per sample), GC analysis (1 per sample),, and one for each type of solution dispensed during PLFA methods (~10 per batch of samples)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Elastic band</td>
			<td>Grand &#38; Toy</td>
			<td>42199</td>
			<td>1 per sample for freeze drying</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Freeze Dryer-Labconco 7806002 and 7753000</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Used for preparing samples for PLFA analysis - use whatever model your lab has</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Freezer (-20 &#176;C, -80 &#176;C)</td>
			<td>Revco</td>
			<td>ULT2586-5-A36</td>
			<td>Minus 80 &#176;C is used for freezing freshly collected soil samples, -20 &#176;C is used for storing samples at end of each of 3 steps of PLFA analysis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gas chromatograph - Agilent 6890 Series capillary gas chromatograph (GC;, Wilmington, DE) equipped with a 50 m Ultra 2 (5%-phenyl)-methylpolysiloxane column</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td></td>
			<td>Used for GC analysis, other models of GC could also be used (1 needed)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Analytical column</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>19091B-105</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gas chromatograph insert</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>5183-4692</td>
			<td>Used for GC analysis (1 per sample)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gas chromatograph vial and lid</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>5188-6592</td>
			<td>Used for GC analysis (1 per sample)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hexanes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>H292-4</td>
			<td>Hazardous: use only in fume hood, Read MSDS, minimize use and wear appropriate PPE; Total volume per sample = 4 ml (2.0 ml + 2.0 ml (step 3)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hot water bath -Isotemp 220</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td></td>
			<td>Used for Step 3 (1 per batch of samples)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kimwipe</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>06-666-2</td>
			<td>Used for freeze drying samples</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KOH,&#160; ACS grade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>P250-500</td>
			<td>Hazardous: Use only in fume hood, Read MSDS, minimize use and wear appropriate PPE; Used for making citrate buffer (used in Step 1) and methanolic KOH (step 3)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lab quake end-over-end shaker for centrifuge tubes</td>
			<td>Barnstead/Thermolyne</td>
			<td>3,625,485</td>
			<td>Used for Step 1 (1 per batch of samples of appropriate holding capacity)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MeC10:0 methyl decanoate internal standard</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>299030-2.5G</td>
			<td>Used for GC analysis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A454-4</td>
			<td>Hazardous: Use only in fume hood, Read MSDS, minimize use and wear appropriate PPE; Total volume per sample = 15.5 ml (5 ml + 5 ml (step 1) + 5 ml (step 2) + 0.5 ml (step 3))</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MIDI Peak Identification Software</td>
			<td>MIDI, Inc., Newark, DE</td>
			<td></td>
			<td>Used for interpreting GC analysis output</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MIDI Calibration Standard Mix for Microbial Identification System</td>
			<td>Lab Sphere Inc</td>
			<td>1200-A</td>
			<td>Used as a Calibration mix for TSBA 40</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nitrile gloves</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>27-058-52</td>
			<td>Used always when conducting PLFA lab work</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pH Meter - Accumet XL200</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td></td>
			<td>Used for making citrate buffer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipette (0.2 - 2 ml)- Socorex -Calibra Digital 832 Macropipette</td>
			<td>Socorex</td>
			<td>832.02</td>
			<td>Used throughout Steps (1 per sample)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>250 &#181;L gastight syringe</td>
			<td>Hamilton&#160;</td>
			<td>1725</td>
			<td>Used for GC analysis (1 per sample)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>silver shield gloves</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Z529575</td>
			<td>For use when handling chloroform</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>solid phase extraction (SPE) column</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>5982-2265</td>
			<td>Used for Step 2 (1 per sample)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SPE glass column holder with spigots&#160; and vacuum apparatus attached</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td></td>
			<td>Used for Step 2 (1 per batch of samples)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex - Barnstead International Maxi Mix II- M37615</td>
			<td>Barnstead International&#160;</td>
			<td>M37615</td>
			<td>Used in Steps 1-3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water -&#160; ultra-pure and Chromosolv HPLC grade</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>270733-4L</td>
			<td>Used throughout analysis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Whirl-Pak&#174; bags</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>01-812-120</td>
			<td>Used in sample collection - 2 bags required per sample collected</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

extraction and analysis of microbial phospholipid fatty acids in soils

फॉस्फोलिपिड फैटी एसिड (PLFAs) माइक्रोबियल कोशिका झिल्ली के प्रमुख घटक हैं। मिट्टी से निकाला PLFAs के विश्लेषण स्थलीय माइक्रोबियल समुदायों के समग्र संरचना के बारे में जानकारी प्रदान कर सकते हैं। PLFA रूपरेखा के बड़े पैमाने पर समग्र मिट्टी की गुणवत्ता का एक जैविक सूचकांक के रूप में पारिस्थितिक तंत्र की एक श्रृंखला में इस्तेमाल किया गया है, और मिट्टी की प्रतिक्रिया का एक संकेतक के रूप में मात्रात्मक प्रबंधन और अन्य पर्यावरणीय तनाव देश के लिए। एक एकल चरण क्लोरोफॉर्म मिश्रण के साथ मिट्टी के नमूने से 1. लिपिड निकासी, 2. विभाजन अन्य निकाले लिपिड से फॉस्फोलिपिड को अलग-थलग करने के लिए ठोस चरण निष्कर्षण स्तंभों का उपयोग, 3. फॉस्फोलिपिड फैटी एसिड का उत्पादन करने के methanolysis: यहां प्रस्तुत मानक पद्धति चार प्रमुख कदम की रूपरेखा मिथाइल एस्टर (fames), और 4. केशिका गैस एक लौ आयनीकरण डिटेक्टर (जीसी खूंटी) का उपयोग कर क्रोमैटोग्राफी द्वारा प्रसिद्धि विश्लेषण। दो मानकों इस्तेमाल कर रहे हैं, 1,2-dinonadecanoyl- एस.एन. -glycero-3-phosphocholine (पीसी (19 सहित:0/19: 0)) निष्कर्षण विधि के समग्र वसूली का आकलन करने के लिए, और मिथाइल decanoate (MeC10: 0) जीसी विश्लेषण के लिए एक आंतरिक मानक (ISTD) के रूप में।

Watch this Scientific Journal Video about Extraction and Analysis of Microbial Phospholipid Fatty Acids in Soils at JoVE.com

Extraction and Analysis of Microbial Phospholipid Fatty Acids in Soils

फॉस्फोलिपिड फैटी एसिड मिट्टी माइक्रोबियल समुदायों की संरचना के बारे में जानकारी प्रदान करते हैं। हम एक एकल चरण क्लोरोफॉर्म मिश्रण, ठोस चरण निष्कर्षण स्तंभों का उपयोग कर निकाला लिपिड के विभाजन, और methanolysis फैटी एसिड मिथाइल एस्टर, जो केशिका गैस क्रोमैटोग्राफी द्वारा विश्लेषण कर रहे हैं का निर्माण करने के साथ मिट्टी के नमूने से निकासी के लिए तरीके प्रस्तुत करते हैं।

निष्कर्षण और मिट्टी में माइक्रोबियल Phospholipid फैटी एसिड का विश्लेषण

Phospholipid fatty acids (PLFAs) are key components of microbial cell membranes. The analysis of PLFAs extracted from soils can provide information about ...

Research

JoVE Journal

Environment

Determination of Microbial Extracellular Enzyme Activity in Waters, Soils, and Sediments using High Throughput Microplate Assays

उच्च Throughput Microplate assays का उपयोग जल, मिट्टी, और तलछट में माइक्रोबियल कोशिकी एंजाइम गतिविधि का निर्धारण

Much of the nutrient cycling and carbon  processing in natural environments occurs through the activity of extracellular  enzymes released by ...

Analysis of Fatty Acid Content and Composition in Microalgae

सूक्ष्म शैवाल में फैटी एसिड सामग्री और संरचना का विश्लेषण

A method to determine the content and composition of total fatty acids present in microalgae is described. Fatty acids are a major constituent of ...

Integrated Field Lysimetry and Porewater Sampling for Evaluation of Chemical Mobility in Soils and Established Vegetation

एकीकृत फील्ड Lysimetry और Porewater सैम्पलिंग मिट्टी में रासायनिक गतिशीलता के मूल्यांकन के लिए और स्थापित वनस्पति

Potentially toxic chemicals are routinely applied to land to meet growing demands on waste management and food production, but the fate of these chemicals ...

A Bending Test for Determining the Atterberg Plastic Limit in Soils

मिट्टी में Atterberg प्लास्टिक सीमा निर्धारण के लिए एक झुकने परीक्षण

The thread rolling test is the most commonly used method to determine the plastic limit (PL) in soils. It has been widely criticized, because a ...

Methods of Soil Resampling to Monitor Changes in the Chemical Concentrations of Forest Soils

मृदा Resampling के तरीके वन मिट्टी के रासायनिक सांद्रता में परिवर्तन की निगरानी

Recent soils research has shown that important chemical soil characteristics can change in less than a decade, often the result of broad environmental ...

A Lipid Extraction and Analysis Method for Characterizing Soil Microbes in Experiments with Many Samples

कई नमूनों के साथ प्रयोगों में मृदा की सूक्ष्मजीवों को वर्णित करने के लिए एक लिपिड निष्कर्षण और विश्लेषण विधि

Microbial communities are important drivers and regulators of ecosystem processes. To understand how management of ecosystems may affect microbial ...

Extraction of Organochlorine Pesticides from Plastic Pellets and Plastic Type Analysis

प्लास्टिक छर्रों और प्लास्टिक प्रकार विश्लेषण से ऑगानोक्लोरीन कीटनाशकों का निकास

Plastic resin pellets, categorized as microplastics (&#8804;5 mm in diameter), are small granules that can be unintentionally released to the environment ...

Collection and Extraction of Occupational Air Samples for Analysis of Fungal DNA

संग्रह और कवक डीएनए के विश्लेषण के लिए व्यावसायिक हवा के नमूनों की निकासी

Traditional methods of identifying fungal exposures in occupational environments, such as culture and microscopy-based approaches, have several ...

Isolation and Analysis of Microbial Communities in Soil, Rhizosphere, and Roots in Perennial Grass Experiments

अलगाव और मिट्टी, Rhizosphere, और जड़ों में बारहमासी घास प्रयोगों में माइक्रोबियल समुदायों के विश्लेषण

Plant and soil microbiome studies are becoming increasingly important for understanding the roles microorganisms play in agricultural productivity. The ...

Sampling Soils in a Heterogeneous Research Plot

नमूना एक विषम अनुसंधान साजिश में मिट्टी

Soils are highly heterogeneous. In general, the number of soil samples required for soil research has always been determined arbitrarily and the ...