Name: the visual colorimetric detection of multi-nucleotide polymorphisms on a pneumatic droplet manipulation platform
Uploaded: 2016-09-27T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about The Visual Colorimetric Detection of Multi-nucleotide Polymorphisms on a Pneumatic Droplet Manipulation Platform at JoVE.com

Ministry of Science and Technology of Taiwan provided financial support of this research under contracts MOST-103-2221-E-002 -097 -MY3.

1. Metode til Detect MNP Bemærk: Dette afsnit beskriver proceduren for at påvise MNP baseret på hybridisering-medierede vækst i guld nanopartikler. <ol><li> Forbered probe-DNA (5&#39;-thiol-GAGCTGGTGGCGTAGGCAAG-3 &#39;) i en koncentration 100 uM. </li><li> Forbered sonden DNA-modificerede AUNP (AUNP sonde) partikler. 21 Bemærk: bruges her volumen afhænger af kravet om sonden DNA-modificerede AUNP (AUNP sonde) partikler. Det er derfor afhængig af antallet af forsøg, der skal udføres. ...

<ol>
	<li>Chorley, B. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Discovery+and+verification+of+functional+single+nucleotide+polymorphisms+in+regulatory+genomic+regions:+current+and+developing+technologies.">Discovery and verification of functional single nucleotide polymorphisms in regulatory genomic regions: current and developing technologies.</a> Mutat. Res. Rev. Mutat. 659 (1), 147-157 (2008).</li><li>Hinds, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-genome+patterns+of+common+DNA+variation+in+three+human+populations.">Whole-genome patterns of common DNA variation in three human populations.</a> Science. 307 (5712), 1072-1079 (2005).</li><li>Rosenfeld, J. A., Malhotra, A. K., Lencz, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Novel+multi-nucleotide+polymorphisms+in+the+human+genome+characterized+by+whole+genome+and+exome+sequencing.">Novel multi-nucleotide polymorphisms in the human genome characterized by whole genome and exome sequencing.</a> Nucleic Acids Res. , 408 (2010).</li><li>Whelan, S., Goldman, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimating+the+frequency+of+events+that+cause+multiple-nucleotide+changes.">Estimating the frequency of events that cause multiple-nucleotide changes.</a> Genetics. 167 (4), 2027-2043 (2004).</li><li>Saiki, R. K., Walsh, P. S., Levenson, C. H., Erlich, H. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+analysis+of+amplified+DNA+with+immobilized+sequence-specific+oligonucleotide+probes.">Genetic analysis of amplified DNA with immobilized sequence-specific oligonucleotide probes.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86 (16), 6230-6234 (1989).</li><li>Kim, S., Misra, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SNP+genotyping:+technologies+and+biomedical+applications.">SNP genotyping: technologies and biomedical applications.</a> Annu. Rev. Biomed. Eng. 9, 289-320 (2007).</li><li>Kwok, P. Y., Chen, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+single+nucleotide+polymorphisms.">Detection of single nucleotide polymorphisms.</a> Curr. Issues Mol. Biol. 5, 43-60 (2003).</li><li>Elghanian, R., Storhoff, J. J., Mucic, R. C., Letsinger, R. L., Mirkin, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selective+colorimetric+detection+of+polynucleotides+based+on+the+distance-dependent+optical+properties+of+gold+nanoparticles.">Selective colorimetric detection of polynucleotides based on the distance-dependent optical properties of gold nanoparticles.</a> Science. 277 (5329), 1078-1081 (1997).</li><li>Lee, J. S., Han, M. S., Mirkin, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Colorimetric+Detection+of+Mercuric+Ion+(Hg2+)+in+Aqueous+Media+using+DNA-Functionalized+Gold+Nanoparticles.">Colorimetric Detection of Mercuric Ion (Hg2+) in Aqueous Media using DNA-Functionalized Gold Nanoparticles.</a> Angew. Chem. 119 (22), 4171-4174 (2007).</li><li>Storhoff, J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gold+nanoparticle-based+detection+of+genomic+DNA+targets+on+microarrays+using+a+novel+optical+detection+system.">Gold nanoparticle-based detection of genomic DNA targets on microarrays using a novel optical detection system.</a> Biosens. Bioelectron. 19 (8), 875-883 (2004).</li><li>Bao, Y. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SNP+identification+in+unamplified+human+genomic+DNA+with+gold+nanoparticle+probes.">SNP identification in unamplified human genomic DNA with gold nanoparticle probes.</a> Nucleic Acids Res. 33 (2), 15-15 (2005).</li><li>Chen, Y. T., Hsu, C. L., Hou, S. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+single-nucleotide+polymorphisms+using+gold+nanoparticles+and+single-strand-specific+nucleases.">Detection of single-nucleotide polymorphisms using gold nanoparticles and single-strand-specific nucleases.</a> Anal. Biochem. 375 (2), 299-305 (2008).</li><li>Li, H., Rothberg, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Colorimetric+detection+of+DNA+sequences+based+on+electrostatic+interactions+with+unmodified+gold+nanoparticles.">Colorimetric detection of DNA sequences based on electrostatic interactions with unmodified gold nanoparticles.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101 (39), 14036-14039 (2004).</li><li>Fang, W. F., Chen, W. J., Yang, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Colorimetric+determination+of+DNA+concentration+and+mismatches+using+hybridization-mediated+growth+of+gold+nanoparticle+probes.">Colorimetric determination of DNA concentration and mismatches using hybridization-mediated growth of gold nanoparticle probes.</a> Sensor. Actuat. B Chem. 192, 77-82 (2014).</li><li>Wang, Z., Zhang, J., Ekman, J. M., Kenis, P. J., Lu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA-mediated+control+of+metal+nanoparticle+shape:+one-pot+synthesis+and+cellular+uptake+of+highly+stable+and+functional+gold+nanoflowers.">DNA-mediated control of metal nanoparticle shape: one-pot synthesis and cellular uptake of highly stable and functional gold nanoflowers.</a> Nano Lett. 10 (5), 1886-1891 (2010).</li><li>Chen, L., Manz, A., Day, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Total+nucleic+acid+analysis+integrated+on+microfluidic+devices.">Total nucleic acid analysis integrated on microfluidic devices.</a> Lab Chip. 7 (11), 1413-1423 (2007).</li><li>Lien, K. Y., Liu, C. J., Lin, Y. C., Kuo, P. L., Lee, G. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraction+of+genomic+DNA+and+detection+of+single+nucleotide+polymorphism+genotyping+utilizing+an+integrated+magnetic+bead-based+microfluidic+platform.">Extraction of genomic DNA and detection of single nucleotide polymorphism genotyping utilizing an integrated magnetic bead-based microfluidic platform.</a> Microfluid. Nanofluid. 6 (4), 539-555 (2009).</li><li>Ng, J. K. K., Feng, H. H., Liu, W. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+discrimination+of+single-nucleotide+mismatches+using+a+microfluidic+device+with+monolayered+beads.">Rapid discrimination of single-nucleotide mismatches using a microfluidic device with monolayered beads.</a> Anal. Chim. Acta. 582 (2), 295-303 (2007).</li><li>Xing, S., Harake, R. S., Pan, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Droplet-driven+transports+on+superhydrophobic-patterned+surface+microfluidics.">Droplet-driven transports on superhydrophobic-patterned surface microfluidics.</a> Lab Chip. 11 (21), 3642-3648 (2011).</li><li>Huang, C. J., Fang, W. F., Ke, M. S., Chou, H. Y. E., Yang, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+biocompatible+open-surface+droplet+manipulation+platform+for+detection+of+multi-nucleotide+polymorphism.">A biocompatible open-surface droplet manipulation platform for detection of multi-nucleotide polymorphism.</a> Lab Chip. 14 (12), 2057-2062 (2014).</li><li>Mirkin, C. A., Letsinger, R. L., Mucic, R. C., Storhoff, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+DNA-based+method+for+rationally+assembling+nanoparticles+into+macroscopic+materials.">A DNA-based method for rationally assembling nanoparticles into macroscopic materials.</a> Nature. 382 (6592), 607-609 (1996).</li><li>Ichimura, K., Oh, S. K., Nakagawa, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Light-driven+motion+of+liquids+on+a+photo-responsive+surface.">Light-driven motion of liquids on a photo-responsive surface.</a> Science. 288 (5471), 1624-1626 (2000).</li><li>Jones, T. B., Gunji, M., Washizu, M., Feldman, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dielectrophoretic+liquid+actuation+and+nanodroplet+formation.">Dielectrophoretic liquid actuation and nanodroplet formation.</a> J. Appl. Phys. 89 (2), 1441-1448 (2001).</li><li>Lee, J., Kim, C. J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surface-tension-driven+microactuation+based+on+continuous+electrowetting.">Surface-tension-driven microactuation based on continuous electrowetting.</a> J. Microelectromech. S. 9 (2), 171-180 (2000).</li><li>Daniel, S., Chaudhury, M. K., De Gennes, P. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Vibration-actuated+drop+motion+on+surfaces+for+batch+microfluidic+processes.">Vibration-actuated drop motion on surfaces for batch microfluidic processes.</a> Langmuir. 21 (9), 4240-4248 (2005).</li><li>Darhuber, A. A., Valentino, J. P., Davis, J. M., Troian, S. M., Wagner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microfluidic+actuation+by+modulation+of+surface+stresses.">Microfluidic actuation by modulation of surface stresses.</a> Appl. Phys. Lett. 82 (4), 657-659 (2003).</li></ol>

I denne protokol, til en simpel kolorimetrisk metode opdage MNP kan implementeres i koncentrationer fra 0.11-0.50 pM i mikrocentrifugerør. Desuden gennemføres den foreslåede MNP afsløring metode på en pneumatisk dråbe manipulation platform, der har et stort potentiale for DNA screening og andre biomedicinske applikationer. I praksis er den påviselige vifte af prøve-DNA-koncentrationen afhænger af blandingseffektivitet af operativsystemer. For at sikre at sammenvokset dråben er fuldstændigt blandede, det kriti...

Enkeltnukleotidpolymorfi (SNP), som er en enkelt basepar forskel i en DNA-sekvens, er en af ​​de mest almindelige genetiske variationer. Aktuelle undersøgelser rapporterer, at SNP&#39;er er forbundet med sygdomsrisiko, narkotika effekt og bivirkninger af borgerne ved at påvirke gen-funktion. 1,2 Nylige undersøgelser viste også, at to eller flere punktmutationer (multi-nukleotid polymorfi) forårsager bestemte sygdomme og individuelle forskelle i virkningerne af sygdom. 3,4 Afsløringen af nukleotidpolymorfisme er derfor bydende nødvendigt i prescreening sygdom. Enkle og effektive metoder til hurtig påvisning af sekvensspecifikke oligonukleotider højt udviklet i de seneste to årtier. 1,5 Aktuelle metoder til at identificere DNA-mutationer typisk involverer procedurer, herunder sonde immobilisering, fluorescens mærkning, gelelektroforese, osv, 6,7 men disse metoder kræver generelt en lang analytiske proces, Convientlytende udstyr, veluddannede teknikere, og væsentligt forbrug af prøver og reagenser. En nanopartikel med et stort forhold mellem overfladeareal og volumen og unikke fysisk-kemiske egenskaber er et ideelt materiale som en meget følsom og billig påvisning platform for specifikke biomarkører. Guld nanopartikler (AUNP) er almindeligt brugt til DNA-detektion på grund af deres store evne til at blive modificeret med oligonukleotidprober. 8-10 SNP detekteringsteknikker blev også udviklet under anvendelse AUNP. 11-13 I dette arbejde har vi vedtaget en hidtil ukendt kolorimetrisk metode til påvisning af multi-nukleotid polymorfisme (MNP) gennem DNA-hybridisering-medieret vækst af AUNP prober. 14 Denne enkle og hurtige probing metode er baseret på den teori, at forskellige længder af enkeltstrenget DNA (ssDNA) eller dobbeltstrenget DNA (dsDNA) konjugeret til AUNP påvirke væksten størrelsen og formen af den AUNP (se figur 1). 15 Denne fremgangsmåde til DNA-detektionhar et lille forbrug af reagenser, en lille assay varighed (et par minutter), og en enkel procedure uden termisk kontrol, der er fremadrettet gælder for klinisk diagnose og indenlandske medicinsk screening. Adskillige mikrofluide systemer til detektion af DNA-sekvensen er udviklet; 16 disse mikrofluide systemer, udviklet sig fra traditionelle eksperimentelle protokoller, der kræves færre stykker af omfattende udstyr og forenkles de eksperimentelle protokoller for at forbedre følsomheden, detektionsgrænse og specificitet af DNA biosensor. DNA påvisningsmetoder i mikrofluide systemer stadig kræver dog, instrumenter en efterfølgende proces, såsom en PCR (polymerase chain reaction) maskine til signalforstaerkning og en fluorescenslæser for en enkelt udlæsning til at identificere den heterogene SNP. 17,18 Udvikling af en simpel platform uden efterfølgende behandling til direkte at læse om resultaterne af multi-nukleotid polymorfismeer yderst ønskelig. Sammenlignet med godt bruges, konventionel, lukket mikrofluide systemer, open-overfladen mikrofluidenheder promisingly tilbyde flere fordele, såsom en klar optisk vej, en nem måde at få adgang til prøven, en direkte miljømæssig tilgængelighed og ingen nemt dannes kavitation eller grænsefladepolymerisering obstruktion i kanalen. 19. Vores tidligere arbejde blev indført en simpel pneumatisk platform for open overflade dråber manipulation (se figur 2). 20 på denne platform, dråber samtidigt kan transporteres og håndteres uden indblanding fra en drivende energi ved anvendelse af en sugekraft, som har en stort potentiale i biologiske og kemiske applikationer. Denne pneumatiske platform blev således anvendt til at udføre manipulering af DNA-prøver for MNP detektion i kombination med den kolorimetriske metode ved hjælp af begrebet DNA-hybridisering-medieret vækst af AUNP prober. Protokollen i dette papir beskriveren simpel visuel påvisning af multi-polymorfier på den pneumatiske dråbe manipulation platform på en åben flade. Dette arbejde bekræfter, at multi-nukleotid polymorfisme kan påvises med det blotte øje; den foreslåede pneumatiske platform er velegnet til biologiske og kemiske applikationer.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="735">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:245px;">PDMS</td>
			<td style="width:204px;">Dow Corning</td>
			<td style="width:119px;">SYLGARD 184</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">benchtop engravers</td>
			<td style="width:204px;">&#160;Roland DG</td>
			<td style="width:119px;">EGX-400</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">laser cutting machine</td>
			<td style="width:204px;">Universal Laser Systems, Inc.</td>
			<td style="width:119px;">VLS 3.50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Oxygen plasma treatment system</td>
			<td style="width:204px;">Femto Science Inc. Korea</td>
			<td style="width:119px;">CUTE-MPR</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">solenoid valve</td>
			<td style="width:204px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>home built</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">vacuum pump</td>
			<td>ULVAC KIKO, Inc.</td>
			<td style="width:119px;">DA-30D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">13-nm AuNP solution</td>
			<td style="width:204px;">TAN Bead Inc., Taiwan</td>
			<td style="width:119px;">NG-13</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">DNA (with 5 -end labeled thiol)</td>
			<td style="width:204px;">MDBio, Inc., Taiwan</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">phosphate buffered saline (PBS)</td>
			<td>UniRegion&#160;Bio-Tech,. Taiwan</td>
			<td>PBS001-1L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">sodium dodecyl sulfate (SDS)</td>
			<td style="width:204px;">J. T. baker</td>
			<td style="width:119px;">4095-04</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:245px;">Hydroxylamine solution (NH2OH)</td>
			<td style="width:204px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:119px;">467804</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:245px;">Chloroauric acid (HAuCl4)</td>
			<td style="width:204px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>G4022</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">sodium chloride (NaCl)</td>
			<td style="width:204px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:245px;">vortex mixer</td>
			<td style="width:204px;">Digisystem Laboratory Instruments Inc.</td>
			<td style="width:119px;">VM-2000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">centrifuge</td>
			<td style="width:204px;">Hermle Labortechnik GmbH.</td>
			<td style="width:119px;">Z 216 MK</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

the visual colorimetric detection of multi-nucleotide polymorphisms on a pneumatic droplet manipulation platform

En enkel og visuel metode til påvisning multi-nukleotid polymorfisme (MNP) blev udført på en pneumatisk dråbe manipulation platform på en åben flade. Denne tilgang til kolorimetrisk påvisning af DNA var baseret på hybridisering-medierede vækst af guld nanopartikel prober (AUNP prober). Væksten størrelse og konfiguration af AUNP er domineret af antallet af DNA-prøver hybridiseret med proberne. Baseret på de specifikke størrelse-og form-afhængige optiske egenskaber af nanopartiklerne, antallet af fejlparringer i en prøve-DNA-fragment til proberne er i stand til at blive diskrimineret. Forsøgene blev udført via dråber indeholdende reagenser og DNA-prøver henholdsvis og blev transporteret og blandet på det pneumatiske platform med den styrede pneumatiske sugning af fleksible PDMS-baserede superhydrofobe membran. Dråber kan leveres samtidig og præcist på en åben overflade på den foreslåede pneumatiske platform, der er yderst biokompatible med nogen side effect af DNA-prøver inden dråberne. Kombination af de to foreslåede metoder, kan det multi-nukleotid polymorfisme detekteres ved synet på den pneumatiske dråbe manipulation platform; ingen yderligere instrument er påkrævet. Proceduren i at installere dråberne på platformen til det endelige resultat tager mindre end 5 min, langt mindre end med eksisterende metoder. Desuden denne kombinerede MNP detektering tilgang kræver et prøvevolumen på kun 10 pi i hver enkelt operation, hvilket er bemærkelsesværdigt mindre end for en makro system.

I dette arbejde blev tre DNA-prøver testet ved anvendelse af en enkel og hidtil ukendt fremgangsmåde til detektion gennem DNA-hybridisering-medieret vækst af AUNP prober. Sekvenserne af probe-DNA og DNA-prøver fra tre slags, specifikt cDNA (fuldstændig komplementær til sonde DNA), TMDNA (tre basepar fejlparret DNA), og SixMDNA (seks basepar fejlparrede DNA) er anført i protokol trin 1. fejlparringerne til proben af DNA-prøverne testet her er begge i de midterste segmenter af DNA-...

Watch this Scientific Journal Video about The Visual Colorimetric Detection of Multi-nucleotide Polymorphisms on a Pneumatic Droplet Manipulation Platform at JoVE.com

The Visual Colorimetric Detection of Multi-nucleotide Polymorphisms on a Pneumatic Droplet Manipulation Platform

Dette arbejde præsenterer en enkel og visuel metode til påvisning multi-polymorfier på et pneumatisk dråbe manipulation platform. Med den foreslåede metode, hele eksperimentet, herunder dråbe manipulation og detektion af multi-polymorfier, kan udføres i nærheden af ​​23 ° C uden hjælp af avancerede instrumenter.

Visual Kolorimetrisk påvisning af Multi-polymorfier på et Pneumatisk Droplet Manipulation Platform

A simple and visual method to detect multi-nucleotide polymorphism (MNP) was performed on a pneumatic droplet manipulation platform on an open surface. ...

Research

JoVE Journal

Genetics

A Robotic Platform for High-throughput Protoplast Isolation and Transformation

En robot platform for High-throughput protoplastisolering og Transformation

Over the last decade there has been a resurgence in the use of plant protoplasts that range from model species to crop species, for analysis of signal ...

Conjugative Mating Assays for Sequence-specific Analysis of Transfer Proteins Involved in Bacterial Conjugation

Konjugering Parring Analyser for Sekvens-specifik analyse af Transfer proteiner involveret i konjugation

The transfer of genetic material by bacterial conjugation is a process that takes place via complexes formed by specific transfer proteins. In Escherichia ...

Detection of Copy Number Alterations Using Single Cell Sequencing

Påvisning af Copy Number Ændringer Brug Single Cell Sequencing

Detection of genomic changes at single cell resolution is important for characterizing genetic heterogeneity and evolution in normal tissues, cancers, and ...

Single Molecule Analysis of Laser Localized Psoralen Adducts

Single Molecule Analyse af Laser Lokaliserede Psoralen Adducts

The DNA Damage Response (DDR) has been extensively characterized in studies of double strand breaks (DSBs) induced by laser micro beam irradiation in live ...

Manipulation of Ploidy in Caenorhabditis elegans

Manipulation of Ploidy in Caenorhabditis elegans

Manipulation af Ploidi i Caenorhabditis elegans

Mechanisms that involve whole genome polyploidy play important roles in development and evolution; also, an abnormal generation of tetraploid cells has ...

Methodology for Accurate Detection of Mitochondrial DNA Methylation

Metoder til nøjagtig detektering af mitokondrie-DNA methylering

Quantification of DNA methylation can be achieved using bisulfite sequencing, which takes advantage of the property of sodium bisulfite to convert ...

Single Droplet Digital Polymerase Chain Reaction for Comprehensive and Simultaneous Detection of Mutations in Hotspot Regions

Enkelt dråbe Digital Polymerase Chain Reaction for omfattende og samtidige påvisning af mutationer i Hotspot regioner

Droplet digital polymerase chain reaction (ddPCR) is a highly sensitive quantitative polymerase chain reaction (PCR) method based on sample fractionation ...

Exploring the Effects of Spaceflight on Mouse Physiology using the Open Access NASA GeneLab Platform

At udforske effekter rumflyvninger på musen fysiologi ved hjælp af den åbne adgang NASA GeneLab Platform

Performing biological experiments in space requires special accommodations and procedures to ensure that these investigations are performed effectively ...

Purification of Low-abundant Cells in the Drosophila Visual System

Rensning af lav-rigelige celler i Drosophila visuelle System

Recent improvements in the sensitivity of next generation sequencing have facilitated the application of transcriptomic and genomic analyses to small ...

Manipulation of Gene Function in Mexican Cavefish

Manipulation af genfunktioner i mexicansk Cavefish

Cave animals provide a compelling system for investigating the evolutionary mechanisms and genetic bases underlying changes in numerous complex traits, ...