Name: the visual colorimetric detection of multi-nucleotide polymorphisms on a pneumatic droplet manipulation platform
Uploaded: 2016-09-27T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about The Visual Colorimetric Detection of Multi-nucleotide Polymorphisms on a Pneumatic Droplet Manipulation Platform at JoVE.com

Ministry of Science and Technology of Taiwan provided financial support of this research under contracts MOST-103-2221-E-002 -097 -MY3.

MNPを検出するために、1の方法注：このセクションでは、金ナノ粒子のハイブリダイゼーション媒介成長に基づいて、MNPを検出するための手順を説明します。 <ol><li>プローブDNA濃度100μMで（5&#39;-チオールGAGCTGGTGGCGTAGGCAAG-3 &#39;）溶液を調製します。 </li><li>プローブDNA修飾されたAuNP（AuNPプローブ）粒子を準備します。21 注：ここで使用されるボリュームは、プローブDNA修飾?...

<ol>
	<li>Chorley, B. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Discovery+and+verification+of+functional+single+nucleotide+polymorphisms+in+regulatory+genomic+regions:+current+and+developing+technologies.">Discovery and verification of functional single nucleotide polymorphisms in regulatory genomic regions: current and developing technologies.</a> Mutat. Res. Rev. Mutat. 659 (1), 147-157 (2008).</li><li>Hinds, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-genome+patterns+of+common+DNA+variation+in+three+human+populations.">Whole-genome patterns of common DNA variation in three human populations.</a> Science. 307 (5712), 1072-1079 (2005).</li><li>Rosenfeld, J. A., Malhotra, A. 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S., Pan, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Droplet-driven+transports+on+superhydrophobic-patterned+surface+microfluidics.">Droplet-driven transports on superhydrophobic-patterned surface microfluidics.</a> Lab Chip. 11 (21), 3642-3648 (2011).</li><li>Huang, C. J., Fang, W. F., Ke, M. S., Chou, H. Y. E., Yang, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+biocompatible+open-surface+droplet+manipulation+platform+for+detection+of+multi-nucleotide+polymorphism.">A biocompatible open-surface droplet manipulation platform for detection of multi-nucleotide polymorphism.</a> Lab Chip. 14 (12), 2057-2062 (2014).</li><li>Mirkin, C. A., Letsinger, R. L., Mucic, R. C., Storhoff, J. 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J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dielectrophoretic+liquid+actuation+and+nanodroplet+formation.">Dielectrophoretic liquid actuation and nanodroplet formation.</a> J. Appl. Phys. 89 (2), 1441-1448 (2001).</li><li>Lee, J., Kim, C. J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surface-tension-driven+microactuation+based+on+continuous+electrowetting.">Surface-tension-driven microactuation based on continuous electrowetting.</a> J. Microelectromech. S. 9 (2), 171-180 (2000).</li><li>Daniel, S., Chaudhury, M. K., De Gennes, P. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Vibration-actuated+drop+motion+on+surfaces+for+batch+microfluidic+processes.">Vibration-actuated drop motion on surfaces for batch microfluidic processes.</a> Langmuir. 21 (9), 4240-4248 (2005).</li><li>Darhuber, A. A., Valentino, J. P., Davis, J. M., Troian, S. M., Wagner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microfluidic+actuation+by+modulation+of+surface+stresses.">Microfluidic actuation by modulation of surface stresses.</a> Appl. Phys. Lett. 82 (4), 657-659 (2003).</li></ol>

このプロトコルでは、MNPを検出するための単純な比色法は、マイクロ遠心管中で0.11から0.50μMの範囲の濃度で実施することができます。さらに、提案されたMNPの検出方法は、DNAのスクリーニングおよび他の生物医学的用途のための高い可能性を有する空気圧液滴操作プラットフォーム上で実施されます。実際には、サンプルのDNA濃度を検出可能な範囲は、オペレーティングプラットフォーム?...

DNA配列中の単一塩基対の差である一塩基多型（SNP）は、最も一般的な遺伝子変異の一つです。現在の研究では、SNPは、疾患のリスク、薬効及び遺伝子機能に影響を与えることにより、個人の副作用と関連していることを報告する。1,2最近の研究はまた、二または多点変異（多塩基多型）は、特定の疾患と個体を引き起こすことを明らかにしました病気の影響の違い。3,4塩基多型の検出は、疾患をプレスクリーニングで、したがって不可欠です。配列特異的オリゴヌクレオチドの迅速な検出のための簡単で効率的な方法が非常に過去20年間に開発された。DNAの突然変異を同定するために1,5の現在のアプローチは、典型的には6,7、 などのプローブ固定化、蛍光標識、ゲル電気泳動などの手順を含みますしかし、これらの方法は、一般的に長い分析プロセス、expenを必要としますSIVE機器、よく訓練された技術者、およびサンプルおよび試薬の大幅な消費。 体積に対する表面積の比率が大きいとユニークな物理化学的特性を持つナノ粒子は、特定のバイオマーカーのための高感度かつ安価な検出プラットフォームとして理想的な材料です。金ナノ粒子（AuNP）が広くオリゴヌクレオチドプローブを用いて変更されるので、それらの優れた能力のDNA検出のために使用される。8-10 SNP検出技法もAuNPを用いて開発された。11-13本研究において、我々は、検出するための新規な比色分析的アプローチを採用しましたAuNPプローブのDNAハイブリダイゼーションにより媒介される成長により多塩基多型（MNP）。14この単純かつ迅速なプロービング方法は、一本鎖DNA（ssDNA）または二本鎖DNA（dsDNA）の多様な長さとコンジュゲートという理論に基づいていますAuNP（ 図1参照 ）AuNPの成長の大きさと形状に影響を与える。15 DNAの検出のこの方法試薬の小さな消費、小さなアッセイ時間（数分）、および臨床診断と国内医療スクリーニングのための将来に向かって適用される熱制御することなく、簡単な手順を提供しています。 感度を向上させるために、DNAの検出限界および特異性を、それらのマイクロ流体システムは、16伝統的な実験プロトコルから進化した、大規模な設備の少ない部品を必要とし、実験プロトコルを単純化し、DNA配列を検出するためのいくつかのマイクロ流体システムが開発されていますバイオセンサー。マイクロ流体システム中のDNAの検出方法は、まだ異種のSNPを同定するための単一の読み出しのために、しかし、信号増幅及び蛍光リーダーのためのそのようなPCR（ポリメラーゼ連鎖反応）のようなその後の処理の機器機械を必要とする。17,18を単純な開発します直接多塩基多型の結果を読み出すために、後続の処理を行わずプラットフォーム非常に望ましいです。よく使用される、従来、マイクロ流体システムを閉じに比べ、オープン表面マイクロ流体デバイスは有望でサンプル、直接的な環境アクセシビリティと全く容易に形成されていないキャビテーションまたは界面障害物に簡単にアクセスすることができ、このような明確な光路などのいくつかの利点を提供しますチャンネル。19私たちの前の仕事は持っている、このプラットフォーム、液滴が同時に運ばれ、吸引力を用いた駆動エネルギーから干渉されることなく操作することができる上に、オープン表面の液滴操作（ 図2参照）。20のための簡単な空気圧のプラットフォームを導入しました生物学的および化学的用途で大きな可能性。この空気圧プラットフォームは、このようAuNPプローブのDNAハイブリダイゼーションにより媒介される増殖の概念を用いて比色分析的アプローチと組み合わせてMNP検出用DNA試料の操作を実行するために利用されました。 本論文でプロトコルが説明します開放表面上の空気圧液滴操作プラットフォーム上でのマルチ塩基多型の単純な視覚的検出。この作品は、多塩基多型は、肉眼で検出可能であることを確認します。提案された空気圧式プラットフォームは、生物学的および化学的用途に適しています。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="735">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:245px;">PDMS</td>
			<td style="width:204px;">Dow Corning</td>
			<td style="width:119px;">SYLGARD 184</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">benchtop engravers</td>
			<td style="width:204px;">&#160;Roland DG</td>
			<td style="width:119px;">EGX-400</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">laser cutting machine</td>
			<td style="width:204px;">Universal Laser Systems, Inc.</td>
			<td style="width:119px;">VLS 3.50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Oxygen plasma treatment system</td>
			<td style="width:204px;">Femto Science Inc. Korea</td>
			<td style="width:119px;">CUTE-MPR</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">solenoid valve</td>
			<td style="width:204px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>home built</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">vacuum pump</td>
			<td>ULVAC KIKO, Inc.</td>
			<td style="width:119px;">DA-30D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">13-nm AuNP solution</td>
			<td style="width:204px;">TAN Bead Inc., Taiwan</td>
			<td style="width:119px;">NG-13</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">DNA (with 5 -end labeled thiol)</td>
			<td style="width:204px;">MDBio, Inc., Taiwan</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">phosphate buffered saline (PBS)</td>
			<td>UniRegion&#160;Bio-Tech,. Taiwan</td>
			<td>PBS001-1L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">sodium dodecyl sulfate (SDS)</td>
			<td style="width:204px;">J. T. baker</td>
			<td style="width:119px;">4095-04</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:245px;">Hydroxylamine solution (NH2OH)</td>
			<td style="width:204px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:119px;">467804</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:245px;">Chloroauric acid (HAuCl4)</td>
			<td style="width:204px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>G4022</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">sodium chloride (NaCl)</td>
			<td style="width:204px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:245px;">vortex mixer</td>
			<td style="width:204px;">Digisystem Laboratory Instruments Inc.</td>
			<td style="width:119px;">VM-2000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">centrifuge</td>
			<td style="width:204px;">Hermle Labortechnik GmbH.</td>
			<td style="width:119px;">Z 216 MK</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

the visual colorimetric detection of multi-nucleotide polymorphisms on a pneumatic droplet manipulation platform

多塩基多型（MNP）を検出するための簡単かつ視覚的方法は、開放面に空気圧液滴操作プラットフォーム上で行いました。比色DNA検出へのこのアプローチは、金ナノ粒子プローブ（AuNPプローブ）のハイブリダイゼーションを媒介成長に基づいていました。 AuNPの成長の大きさおよび構成は、プローブとハイブリダイズしたDNAサンプルの数によって支配されます。ナノ粒子の特定のサイズ - 及び形状に依存する光学特性に基づいて、プローブへの試料DNA断片におけるミスマッチの数を判別することが可能です。試験は、それぞれの試薬およびDNAサンプルを含む液滴を介して行われ、柔軟なPDMSベースの超疎水性膜の制御された空気圧式吸引搬送空気圧プラットフォーム上で混合しました。液滴が無い側effを持つ生体適合性の高い提案されている空気圧プラットフォーム上でオープン表面上で同時にかつ正確に配信することができます液滴内部のDNAサンプルの電気ショック療法。 2つの推奨方法を組み合わせ、多塩基多型は、空気圧、液滴操作プラットフォーム上で視覚で検出することができます。追加の機器が必要とされません。最終的な結果にプラットフォーム上での液滴をインストールからの手順は、既存の方法よりもはるかに少ない、5分未満を取ります。また、この複合MNP検出アプローチは、マクロシステムのものよりも著しく小さい各操作にのみ10μlのサンプル容量を必要とします。

この研究では、3つのDNAサンプルは、AuNPプローブのDNAハイブリダイゼーションにより媒介される増殖を介して、検出の簡単かつ新規な方法を用いて試験しました。プローブDNAと3種類のDNAサンプルの配列は、具体的には、cDNAは議定書のステップ1に記載されている、TMDNA（3塩基対ミスマッチDNA）、およびSixMDNA（6塩基対ミスマッチDNA）を（完全に相補的DNAをプローブしま...

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The Visual Colorimetric Detection of Multi-nucleotide Polymorphisms on a Pneumatic Droplet Manipulation Platform

この作品は、空気圧、液滴操作プラットフォーム上で多塩基多型を検出するためのシンプルで視覚的な方法を提示します。提案手法では、多塩基多型の液滴操作および検出を含む全体の実験は、高度な機器の助けを借りずに、23℃付近で行うことができます。

空気圧液滴操作プラットフォームのマルチ塩基多型の視覚比色検出

A simple and visual method to detect multi-nucleotide polymorphism (MNP) was performed on a pneumatic droplet manipulation platform on an open surface. ...

Research

JoVE Journal

Genetics

A Robotic Platform for High-throughput Protoplast Isolation and Transformation

ハイスループットプロトプラスト単離と変革のためのロボットプラットフォーム

Over the last decade there has been a resurgence in the use of plant protoplasts that range from model species to crop species, for analysis of signal ...

Conjugative Mating Assays for Sequence-specific Analysis of Transfer Proteins Involved in Bacterial Conjugation

細菌接合に関与する転写タンパク質の配列特異的分析のための接合交配アッセイ

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Detection of Copy Number Alterations Using Single Cell Sequencing

単一細胞のシーケンシングを使用したコピー数変化の検出

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Single Molecule Analysis of Laser Localized Psoralen Adducts

レーザーローカライズソラレン付加物の単一分子解析

The DNA Damage Response (DDR) has been extensively characterized in studies of double strand breaks (DSBs) induced by laser micro beam irradiation in live ...

Manipulation of Ploidy in Caenorhabditis elegans

Manipulation of Ploidy in Caenorhabditis elegans

カエノラブディティス ・ エレガンスにおける倍数性の操作

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Methodology for Accurate Detection of Mitochondrial DNA Methylation

ミトコンドリア DNA のメチル化の正確な検出のための方法論

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Single Droplet Digital Polymerase Chain Reaction for Comprehensive and Simultaneous Detection of Mutations in Hotspot Regions

ホット スポット領域の変異の包括的かつ同時検出のための単一液滴デジタル ポリメラーゼの連鎖反応

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Exploring the Effects of Spaceflight on Mouse Physiology using the Open Access NASA GeneLab Platform

オープン アクセス NASA GeneLab プラットフォームを使用してマウスの生理学上の宇宙飛行の効果を探る

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Purification of Low-abundant Cells in the Drosophila Visual System

ショウジョウバエ視覚系における低豊富な細胞の浄化

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Manipulation of Gene Function in Mexican Cavefish

メキシコの血脈遺伝子機能の操作

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