Name: the visual colorimetric detection of multi-nucleotide polymorphisms on a pneumatic droplet manipulation platform
Uploaded: 2016-09-27T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about The Visual Colorimetric Detection of Multi-nucleotide Polymorphisms on a Pneumatic Droplet Manipulation Platform at JoVE.com

Ministry of Science and Technology of Taiwan provided financial support of this research under contracts MOST-103-2221-E-002 -097 -MY3.

1. Способ для обнаружения MNP Примечание: В данном разделе описывается процедура выявления MNP на основе роста гибридизация опосредованной наночастиц золота. <ol><li> Готовят ДНК-зонд (5&#39;-тиол-GAGCTGGTGGCGTAGGCAAG-3 &#39;) растворе при концентрации 100 мкМ. </li><li> Подготовьте ДНК - зонд-модифицированны...

<ol>
	<li>Chorley, B. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Discovery+and+verification+of+functional+single+nucleotide+polymorphisms+in+regulatory+genomic+regions:+current+and+developing+technologies.">Discovery and verification of functional single nucleotide polymorphisms in regulatory genomic regions: current and developing technologies.</a> Mutat. Res. Rev. Mutat. 659 (1), 147-157 (2008).</li><li>Hinds, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-genome+patterns+of+common+DNA+variation+in+three+human+populations.">Whole-genome patterns of common DNA variation in three human populations.</a> Science. 307 (5712), 1072-1079 (2005).</li><li>Rosenfeld, J. A., Malhotra, A. K., Lencz, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Novel+multi-nucleotide+polymorphisms+in+the+human+genome+characterized+by+whole+genome+and+exome+sequencing.">Novel multi-nucleotide polymorphisms in the human genome characterized by whole genome and exome sequencing.</a> Nucleic Acids Res. , 408 (2010).</li><li>Whelan, S., Goldman, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimating+the+frequency+of+events+that+cause+multiple-nucleotide+changes.">Estimating the frequency of events that cause multiple-nucleotide changes.</a> Genetics. 167 (4), 2027-2043 (2004).</li><li>Saiki, R. K., Walsh, P. S., Levenson, C. H., Erlich, H. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+analysis+of+amplified+DNA+with+immobilized+sequence-specific+oligonucleotide+probes.">Genetic analysis of amplified DNA with immobilized sequence-specific oligonucleotide probes.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86 (16), 6230-6234 (1989).</li><li>Kim, S., Misra, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SNP+genotyping:+technologies+and+biomedical+applications.">SNP genotyping: technologies and biomedical applications.</a> Annu. Rev. Biomed. Eng. 9, 289-320 (2007).</li><li>Kwok, P. Y., Chen, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+single+nucleotide+polymorphisms.">Detection of single nucleotide polymorphisms.</a> Curr. Issues Mol. Biol. 5, 43-60 (2003).</li><li>Elghanian, R., Storhoff, J. J., Mucic, R. C., Letsinger, R. L., Mirkin, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selective+colorimetric+detection+of+polynucleotides+based+on+the+distance-dependent+optical+properties+of+gold+nanoparticles.">Selective colorimetric detection of polynucleotides based on the distance-dependent optical properties of gold nanoparticles.</a> Science. 277 (5329), 1078-1081 (1997).</li><li>Lee, J. S., Han, M. S., Mirkin, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Colorimetric+Detection+of+Mercuric+Ion+(Hg2+)+in+Aqueous+Media+using+DNA-Functionalized+Gold+Nanoparticles.">Colorimetric Detection of Mercuric Ion (Hg2+) in Aqueous Media using DNA-Functionalized Gold Nanoparticles.</a> Angew. Chem. 119 (22), 4171-4174 (2007).</li><li>Storhoff, J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gold+nanoparticle-based+detection+of+genomic+DNA+targets+on+microarrays+using+a+novel+optical+detection+system.">Gold nanoparticle-based detection of genomic DNA targets on microarrays using a novel optical detection system.</a> Biosens. Bioelectron. 19 (8), 875-883 (2004).</li><li>Bao, Y. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SNP+identification+in+unamplified+human+genomic+DNA+with+gold+nanoparticle+probes.">SNP identification in unamplified human genomic DNA with gold nanoparticle probes.</a> Nucleic Acids Res. 33 (2), 15-15 (2005).</li><li>Chen, Y. T., Hsu, C. L., Hou, S. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+single-nucleotide+polymorphisms+using+gold+nanoparticles+and+single-strand-specific+nucleases.">Detection of single-nucleotide polymorphisms using gold nanoparticles and single-strand-specific nucleases.</a> Anal. Biochem. 375 (2), 299-305 (2008).</li><li>Li, H., Rothberg, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Colorimetric+detection+of+DNA+sequences+based+on+electrostatic+interactions+with+unmodified+gold+nanoparticles.">Colorimetric detection of DNA sequences based on electrostatic interactions with unmodified gold nanoparticles.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101 (39), 14036-14039 (2004).</li><li>Fang, W. F., Chen, W. J., Yang, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Colorimetric+determination+of+DNA+concentration+and+mismatches+using+hybridization-mediated+growth+of+gold+nanoparticle+probes.">Colorimetric determination of DNA concentration and mismatches using hybridization-mediated growth of gold nanoparticle probes.</a> Sensor. Actuat. B Chem. 192, 77-82 (2014).</li><li>Wang, Z., Zhang, J., Ekman, J. M., Kenis, P. J., Lu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA-mediated+control+of+metal+nanoparticle+shape:+one-pot+synthesis+and+cellular+uptake+of+highly+stable+and+functional+gold+nanoflowers.">DNA-mediated control of metal nanoparticle shape: one-pot synthesis and cellular uptake of highly stable and functional gold nanoflowers.</a> Nano Lett. 10 (5), 1886-1891 (2010).</li><li>Chen, L., Manz, A., Day, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Total+nucleic+acid+analysis+integrated+on+microfluidic+devices.">Total nucleic acid analysis integrated on microfluidic devices.</a> Lab Chip. 7 (11), 1413-1423 (2007).</li><li>Lien, K. Y., Liu, C. J., Lin, Y. C., Kuo, P. L., Lee, G. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraction+of+genomic+DNA+and+detection+of+single+nucleotide+polymorphism+genotyping+utilizing+an+integrated+magnetic+bead-based+microfluidic+platform.">Extraction of genomic DNA and detection of single nucleotide polymorphism genotyping utilizing an integrated magnetic bead-based microfluidic platform.</a> Microfluid. Nanofluid. 6 (4), 539-555 (2009).</li><li>Ng, J. K. K., Feng, H. H., Liu, W. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+discrimination+of+single-nucleotide+mismatches+using+a+microfluidic+device+with+monolayered+beads.">Rapid discrimination of single-nucleotide mismatches using a microfluidic device with monolayered beads.</a> Anal. Chim. Acta. 582 (2), 295-303 (2007).</li><li>Xing, S., Harake, R. S., Pan, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Droplet-driven+transports+on+superhydrophobic-patterned+surface+microfluidics.">Droplet-driven transports on superhydrophobic-patterned surface microfluidics.</a> Lab Chip. 11 (21), 3642-3648 (2011).</li><li>Huang, C. J., Fang, W. F., Ke, M. S., Chou, H. Y. E., Yang, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+biocompatible+open-surface+droplet+manipulation+platform+for+detection+of+multi-nucleotide+polymorphism.">A biocompatible open-surface droplet manipulation platform for detection of multi-nucleotide polymorphism.</a> Lab Chip. 14 (12), 2057-2062 (2014).</li><li>Mirkin, C. A., Letsinger, R. L., Mucic, R. C., Storhoff, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+DNA-based+method+for+rationally+assembling+nanoparticles+into+macroscopic+materials.">A DNA-based method for rationally assembling nanoparticles into macroscopic materials.</a> Nature. 382 (6592), 607-609 (1996).</li><li>Ichimura, K., Oh, S. K., Nakagawa, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Light-driven+motion+of+liquids+on+a+photo-responsive+surface.">Light-driven motion of liquids on a photo-responsive surface.</a> Science. 288 (5471), 1624-1626 (2000).</li><li>Jones, T. B., Gunji, M., Washizu, M., Feldman, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dielectrophoretic+liquid+actuation+and+nanodroplet+formation.">Dielectrophoretic liquid actuation and nanodroplet formation.</a> J. Appl. Phys. 89 (2), 1441-1448 (2001).</li><li>Lee, J., Kim, C. J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surface-tension-driven+microactuation+based+on+continuous+electrowetting.">Surface-tension-driven microactuation based on continuous electrowetting.</a> J. Microelectromech. S. 9 (2), 171-180 (2000).</li><li>Daniel, S., Chaudhury, M. K., De Gennes, P. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Vibration-actuated+drop+motion+on+surfaces+for+batch+microfluidic+processes.">Vibration-actuated drop motion on surfaces for batch microfluidic processes.</a> Langmuir. 21 (9), 4240-4248 (2005).</li><li>Darhuber, A. A., Valentino, J. P., Davis, J. M., Troian, S. M., Wagner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microfluidic+actuation+by+modulation+of+surface+stresses.">Microfluidic actuation by modulation of surface stresses.</a> Appl. Phys. Lett. 82 (4), 657-659 (2003).</li></ol>

В этом протоколе простой колориметрический метод обнаружения МНП может быть реализован при концентрациях в пределах от 0.11-0.50 мкМ в микроцентрифужных пробирках. Кроме того, предлагаемый метод обнаружения МНП проводится на платформе манипуляции пневматической капельным, которая имее?...

Однонуклеотидных полиморфизма (SNP), который представляет собой единый разница пар оснований в ДНК-последовательности, является одним из наиболее распространенных генетических изменений. Текущие исследования сообщают , что ОНП связаны с риском заболевания, эффективности препарата и побочные эффекты лиц, воздействуя функции гена. 1,2 Недавние исследования также показали , что двух- или многоточечные мутации (мульти-нуклеотид полиморфизм) вызывают специфические заболевания и индивидуальные различия в эффектах заболевания. 3,4 обнаружение нуклеотидных полиморфизма поэтому крайне важно в предварительный скрининг болезни. Простые и эффективные методы быстрого обнаружения олигонуклеотидами последовательностей специфических были высоко развиты в последние два десятилетия. 1,5 Современные подходы к выявлению мутации ДНК , как правило , включают процедуры , в том числе зонда иммобилизации, флуоресцентной маркировки, гель - электрофореза и т.д., 6,7 но эти методы, как правило требуют длительного аналитического процесса, expenSIVE оборудование, хорошо обученные техники, и значительное потребление образцов и реагентов. Наночастица с большим отношением площади поверхности к объему и уникальных физико-химических свойств является идеальным материалом в качестве высокочувствительного и дешевой платформы обнаружения для конкретных биомаркеров. Наночастицы золота (AuNP) широко используются для обнаружения ДНК из - за их большой способности быть изменены с помощью олигонуклеотидных зондов. 8-10 методики обнаружения SNP были также разработаны с использованием AuNP. 11-13 В этой работе мы приняли новый колориметрический подход для обнаружения мульти-нуклеотидного полиморфизма (МНП) через ДНК роста гибридизации опосредованного AuNP зондов. 14 Этот простой и быстрый метод зондирования основан на теории , что различные длины одноцепочечной ДНК (оцДНК) или двухцепочечной ДНК (дцДНК) , конъюгированного с AuNP влияют на размер роста и форму AuNP (см рисунок 1). 15 Этот метод обнаружения ДНКимеет небольшой расход реагентов, небольшой продолжительности анализа (несколько минут), а также простую процедуру без теплового контроля, которое перспективно применяется для клинической диагностики и внутреннего медицинского обследования. Несколько микрофлюидальные систем обнаружения ДНК - последовательности были разработаны; 16 эти микрожидкостных систем, эволюционировали от традиционных экспериментальных протоколов, требуется меньшее количество единиц крупногабаритного оборудования и упрощена экспериментальные протоколы , с тем, чтобы улучшить чувствительность, предел обнаружения и специфичности ДНК биосенсора. Методы обнаружения ДНК в Микрожидкостных системах все еще требуют, однако, инструменты последующего процесса , такого как ПЦР (полимеразной цепной реакции) машины для усиления сигнала и флюоресцентный детектор для одного считывания для идентификации гетерогенную SNP. 17,18 Разработка простого платформа без последующей обработки непосредственно зачитывает результаты нескольких нуклеотидных полиморфизмаявляется весьма желательным. По сравнению с хорошо использовать, обычные, закрытые микрожидкостных системы, открытой поверхностью микрофлюидальные устройства многообещающе имеют ряд преимуществ, таких как четкий оптический путь, легкий способ получить доступ к примеру, прямой экологической доступности и не легко образуется кавитация или на границе раздела фаз препятствий в канал. 19 Наша предыдущая работа представила простой пневматическую платформу для открытой поверхности манипулирования капельным (смотри рисунок 2). 20 на этой платформе, капли могут быть одновременно транспортировать и манипулировать без помех со стороны движущей энергии с помощью всасывающей силы, которая имеет большой потенциал в биологических и химических применений. Эта пневматическая платформа была, таким образом, используется для выполнения манипуляций с образцами ДНК для обнаружения МНП в сочетании с колориметрическим подход с использованием концепции ДНК роста гибридизация опосредованного AuNP зондов. Протокол, представленные в настоящем документе описываетсяПростой визуальный обнаружение нескольких нуклеотидных полиморфизмов на пневматическом манипулирования капелька платформы на открытой поверхности. Эта работа подтверждает, что мульти-нуклеотидного полиморфизма можно обнаружить невооруженным глазом; предлагаемая пневматическая платформа пригодна для биологических и химических применений.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="735">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:245px;">PDMS</td>
			<td style="width:204px;">Dow Corning</td>
			<td style="width:119px;">SYLGARD 184</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">benchtop engravers</td>
			<td style="width:204px;">&#160;Roland DG</td>
			<td style="width:119px;">EGX-400</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">laser cutting machine</td>
			<td style="width:204px;">Universal Laser Systems, Inc.</td>
			<td style="width:119px;">VLS 3.50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Oxygen plasma treatment system</td>
			<td style="width:204px;">Femto Science Inc. Korea</td>
			<td style="width:119px;">CUTE-MPR</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">solenoid valve</td>
			<td style="width:204px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>home built</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">vacuum pump</td>
			<td>ULVAC KIKO, Inc.</td>
			<td style="width:119px;">DA-30D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">13-nm AuNP solution</td>
			<td style="width:204px;">TAN Bead Inc., Taiwan</td>
			<td style="width:119px;">NG-13</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">DNA (with 5 -end labeled thiol)</td>
			<td style="width:204px;">MDBio, Inc., Taiwan</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">phosphate buffered saline (PBS)</td>
			<td>UniRegion&#160;Bio-Tech,. Taiwan</td>
			<td>PBS001-1L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">sodium dodecyl sulfate (SDS)</td>
			<td style="width:204px;">J. T. baker</td>
			<td style="width:119px;">4095-04</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:245px;">Hydroxylamine solution (NH2OH)</td>
			<td style="width:204px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:119px;">467804</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:245px;">Chloroauric acid (HAuCl4)</td>
			<td style="width:204px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>G4022</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">sodium chloride (NaCl)</td>
			<td style="width:204px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:245px;">vortex mixer</td>
			<td style="width:204px;">Digisystem Laboratory Instruments Inc.</td>
			<td style="width:119px;">VM-2000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">centrifuge</td>
			<td style="width:204px;">Hermle Labortechnik GmbH.</td>
			<td style="width:119px;">Z 216 MK</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

the visual colorimetric detection of multi-nucleotide polymorphisms on a pneumatic droplet manipulation platform

Простой и визуальный метод обнаружения мульти-нуклеотидный полиморфизм (MNP) проводили на пневматической манипулирования капелька платформы на открытой поверхности. Такой подход к обнаружению колориметрического ДНК на основе роста гибридизация опосредованного наночастиц золота зондов (AuNP зондам). Размер роста и конфигурация AuNP преобладают количества образцов ДНК гибридизации с зондами. На основании конкретных формы и размера молекул зависят оптические свойства наночастиц, число несовпадений в фрагменте ДНК-образец для зондов способен дискриминировать. Испытания проводились с помощью капель, содержащих реагенты и образцы ДНК, соответственно, и были перевезены и замешанный на пневматической платформе с регулируемым пневматическим отсосом гибкой ПДМС основе супергидрофобной мембраны. Капельки могут быть доставлены одновременно и точно на открытой поверхности, на предлагаемой пневматической платформы, которая обладает высокой биосовместимостью без побочных эфECT образцов ДНК внутри капель. Объединение двух предложенных методов, мульти-нуклеотидного полиморфизма могут быть обнаружены при виде на пневматическом манипулирования капелька платформы; никакого дополнительного инструмента не требуется. Процедура установки от капель на платформе до конечного результата занимает менее 5 минут, гораздо меньше, чем с существующими методами. Более того, этот комбинированный подход обнаружения МНП требует объема образца только 10 мкл в каждой операции, что значительно меньше, чем у макро-системы.

В этой работе, три образца ДНК были протестированы с использованием простой и новый способ обнаружения посредством роста гибридизация опосредованную ДНК зондов AuNP. Последовательности ДНК зонда и образцов ДНК трех видов, в частности, кДНК (полностью комплементарной Д...

Watch this Scientific Journal Video about The Visual Colorimetric Detection of Multi-nucleotide Polymorphisms on a Pneumatic Droplet Manipulation Platform at JoVE.com

The Visual Colorimetric Detection of Multi-nucleotide Polymorphisms on a Pneumatic Droplet Manipulation Platform

Эта работа представляет собой простой и визуальный метод обнаружения нескольких нуклеотидных полиморфизмов на пневматической манипуляции капелька платформой. С помощью предложенного метода, всего эксперимента, в том числе манипулирования капельным и обнаружение нескольких нуклеотидных полиморфизмов, может быть выполнено около 23 ° С, без помощи передовых инструментов.

Визуальный колориметрический Обнаружение Multi-нуклеотидных полиморфизмов на Manipulation платформы Пневматический дроплета

A simple and visual method to detect multi-nucleotide polymorphism (MNP) was performed on a pneumatic droplet manipulation platform on an open surface. ...

Research

JoVE Journal

Genetics

A Robotic Platform for High-throughput Protoplast Isolation and Transformation

Роботизированной платформы для высокой пропускной способности выделения протопластов и трансформации

Over the last decade there has been a resurgence in the use of plant protoplasts that range from model species to crop species, for analysis of signal ...

Conjugative Mating Assays for Sequence-specific Analysis of Transfer Proteins Involved in Bacterial Conjugation

Конъюгативных Спаривание Анализы для последовательности конкретного анализа переноса белков, участвующих в конъюгации бактерий

The transfer of genetic material by bacterial conjugation is a process that takes place via complexes formed by specific transfer proteins. In Escherichia ...

Detection of Copy Number Alterations Using Single Cell Sequencing

Обнаружение Copy Number Изменений Использование Single Cell Секвенирование

Detection of genomic changes at single cell resolution is important for characterizing genetic heterogeneity and evolution in normal tissues, cancers, and ...

Single Molecule Analysis of Laser Localized Psoralen Adducts

Одно Молекула Анализ лазерных локализованные псоральны аддукты

The DNA Damage Response (DDR) has been extensively characterized in studies of double strand breaks (DSBs) induced by laser micro beam irradiation in live ...

Manipulation of Ploidy in Caenorhabditis elegans

Manipulation of Ploidy in Caenorhabditis elegans

Манипуляция плоидности в Caenorhabditis elegans

Mechanisms that involve whole genome polyploidy play important roles in development and evolution; also, an abnormal generation of tetraploid cells has ...

Methodology for Accurate Detection of Mitochondrial DNA Methylation

Методология для точного обнаружения метилирования митохондриальной ДНК

Quantification of DNA methylation can be achieved using bisulfite sequencing, which takes advantage of the property of sodium bisulfite to convert ...

Single Droplet Digital Polymerase Chain Reaction for Comprehensive and Simultaneous Detection of Mutations in Hotspot Regions

Одной капли цифровой полимеразной цепной реакции для комплексного и одновременного обнаружения мутаций в регионах Hotspot

Droplet digital polymerase chain reaction (ddPCR) is a highly sensitive quantitative polymerase chain reaction (PCR) method based on sample fractionation ...

Exploring the Effects of Spaceflight on Mouse Physiology using the Open Access NASA GeneLab Platform

Изучение воздействия космических полетов по физиологии мыши, с помощью платформы GeneLab НАСА открытого доступа

Performing biological experiments in space requires special accommodations and procedures to ensure that these investigations are performed effectively ...

Purification of Low-abundant Cells in the Drosophila Visual System

Очистка низким обильные клеток в зрительной системе дрозофилы

Recent improvements in the sensitivity of next generation sequencing have facilitated the application of transcriptomic and genomic analyses to small ...

Manipulation of Gene Function in Mexican Cavefish

Манипуляции функции гена в мексиканской Cavefish

Cave animals provide a compelling system for investigating the evolutionary mechanisms and genetic bases underlying changes in numerous complex traits, ...