Name: utilizing functional genomics screening to identify potentially novel drug targets in cancer cell spheroid cultures
Uploaded: 2016-12-26T12:00:00
Duration: 7 min 48 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Utilizing Functional Genomics Screening to Identify Potentially Novel Drug Targets in Cancer Cell Spheroid Cultures at JoVE.com

The authors would like to thank Fredrik Walberg (FACS and imaging facility, ICR) for assistance with microscopy. This work was funded by Breast Cancer Now. RN is the recipient of a Breast Cancer Now Career Development Fellowship (2011MaySF01).

1. إعداد لوحات سيرنا 96-جيدا ملاحظة: الحواف الخارجية للوحة 96-جيدا أكثر عرضة للتبخر مقارنة مع الآبار الأخرى، وبالتالي الحد من كمية الرناوات siRNAs إلى 60 في 96-جيدا لوحة. ملء الآبار الخارجي مع المتوسط ​​العادي أو برنامج تلفزيوني للحد من هذه. وبالإضافة إلى ذلك، فمن المستحسن شاشة التحقق من الزيارات للتخفيف من التحيز لوحة. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تمييع الرناوات siRNAs إلى 250-500 نانوغرام / ميكرولتر في خفض سيرم (حسب توصيات الشركة الصانعة) وقسامة 10 ميكرولتر من آبار المناسبة من لوحة مرفق منخفضة للغاية. أداء جميع الشاشات في ثلاث نسخ. ملاحظة: تتضمن عدم استهداف (سلبية) وقتل (إيجابية، مثل UBB وPLK1) الضوابط المناسبة سيرنا في تصميم لوحة لضمان كفاءة ترنسفكأيشن يمكن تقييم. استخدام لوحات التعلق منخفض للعمل سيرنا أمر بالغ الأهمية، كما سيتم إضافة الخلايا إلى خليط ترنسفكأيشن. نحن لا نستطيع أن نستبعد بعض الشركات المصنعة منخفضة للغاية التعلققد يكون لوحات آثار خفية على النمو كروي. على هذا النحو فإننا نوصي بأن هذه يتم اختبارها من قبل المستخدم النهائي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بطانات مع أختام لاصقة ومخزن في -20 درجة مئوية. </li></ol> 2. عكسي ترنسفكأيشن من الخط خلية <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في يوم من الشاشة، وتذويب لوحات في درجة حرارة الغرفة وتدور لمدة 5 دقائق في 1000 x ج باستخدام جهاز للطرد المركزي المقعد العلوي. إضافة 10 ميكرولتر من انخفاض سيرم التي تحتوي على كاشف الأمثل ترنسفكأيشن إلى كل بئر باستخدام ماصة الأقنية. ترك لوحات لمدة 15 دقيقة للمجمعات ترنسفكأيشن التي تحتوي على سيرنا لتشكيل. ملاحظة: استخدمت هذه الدراسة خط سرطان الثدي خلية BT474 للفحص الجيني وظيفية (مثقف في ارتفاع DMEM الجلوكوز (Dulbecco لتعديل النسر متوسطة) تستكمل مع المصل 10٪ بقري جنيني (FBS) والمضادات الحيوية). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يعرض للتريبسين الخلايا ليتم عرضه (0.05٪ التربسين و 0.53 ملي EDTA) حتى فصل من القارورة، تحييد باستخدام حجم مناسب من specif خط الخليةجيم المتوسطة وتدور لمدة 5 دقائق في 1000 x ج على مقعد بين كبار الطرد المركزي لإزالة التربسين. و resuspend الخلايا مع حجم مناسب من المتوسط ​​وتحديد عدد الخلايا دقيقة باستخدام عداد الخلية. ملاحظة: عادة 5000 خلية لكل جيدا كافية لتكوين كروي في معظم خطوط الخلايا التي تم اختبارها. ومن المهم أن العد بدقة الخلايا كما تعليق خلية واحدة لإجراء مقارنات حجم دقيقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تمييع الخلايا إلى 5000 خلية لكل ميكرولتر 180 في المتوسط ​​الباردة (4 درجة مئوية). ملاحظة: سيتم إضافة عناصر مصفوفة الغشاء القاعدي المعاد تؤثر سلبا على كفاءة ترنسفكأيشن ومن المستحسن أن لا يتم استخدامه. خلية خط الأمثل لتأكيد قدرة كروي تشكيل وفعالية ضربة قاضية يجب أن يتم تنفيذ قبل الشاشة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل تعليق خلية إلى الخزان، الماصة لخلط وإضافة 180 ميكرولتر من كل بئر من 96 جيد جدا منخفض لوحة مرفق يحتوي على سيرنا معدة مسبقا (2.1). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Centrifugالبريد لوحة في 1000 x ج في precooled 4 درجات مئوية الطرد المركزي لمدة 10 دقيقة ثم العودة إلى حاضنة الثقافة 37 ° C الأنسجة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ملاحظة: سوف تظهر الخلايا كما فسيفساء في قاع الآبار. على مدى المقبلة 12-24 ساعة الخلايا وتجميع معا لتشكيل مجال واحد. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد 24 ساعة، ومراقبة الخلايا تشكل كروي واحد في وسط البئر. إضافة 100 ميكرولتر من المتوسط ​​كاملة إلى كل بئر لتشجيع النمو. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تجديد المتوسطة بعد ثلاثة أيام. إزالة بلطف 100 ميكرولتر من المتوسط ​​من كل بئر وإضافة 100 ميكرولتر من متوسطة جديدة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في يوم 7، قياس حجم كروي الآلي على قارئ لوحة التي يمكن رصد كميا نمو كروي على مر الزمن (انظر القسم 3). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد ذلك، وتحديد بقاء الخلية باستخدام الانارة صبغ بقاء الخلية (انظر القسم 4). </li></ol> 3. الآلي الحصول على الصور <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مسح لوحات على المقعد العلوي، الصغيرة بشكل جيد لوحة التصوير الكريات في يوم 7. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"> &lt;لى&gt; افتح البرنامج، حدد ما يلي: &#39;96 -well لوحة &quot;، حدد نوع لوحة المناسب وإدخال اسم التجربة. ملاحظة: يمكن أيضا إضافة أي معلومات إضافية في البرنامج. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حدد التطبيق &quot;Tumorsphere&quot;. تغيير التركيز بحيث كروي هو في التركيز وعلى النقيض الأمثل. ملاحظة: نوصي &quot;صورة التركيز على أساس&quot; كما اختلافات كبيرة في أحجام كروي من المتوقع. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حدد الآبار التي تتطلب مسح و &quot;مسح البداية&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> باستخدام برنامج الماسح الضوئي لوحة، وتأكد من أن قناع كائن يمثل بدقة حجم كروي. القيام بذلك عن طريق ضبط إعدادات قطر مستعمرة، اتساع الحدود، والحد الأدنى سمك والدقة، الخاصة بكل خط اختبار الخلية 11،12. ملاحظة: سيتم بعد ذلك احتساب مساحة كروي باستخدام خوارزمية البرنامج. على سبيل المثال، لحساب دقيق لمنطقة الكروية BT474 نمت لمدة سبعة أيام ضبط الدقة إلى &#39;العالية&#39; لتعيين د الحد الأدنى لقطر مستعمرة إلى 200 ميكرومتر. هذا يجب أن ينتج ممثل قناع كروي المناسب للمنطقة كروي. ملاحظة: يمكن بعد ذلك يتم تصدير هذه البيانات من الجهاز، وذلك باستخدام وظيفة التصدير، في في شكل ملف البيانات المشروح. التاريخ هو لوحة متوسط ​​تطبيع، جنبا إلى جنب وتحليلها إما عن طريق ض النتيجة أو موحد صارم فرق المتوسط ​​(SSMD) لتحديد الرناوات siRNAs التي كان لها تأثير ذو دلالة إحصائية في منطقة كروي. </li></ol></li></ol> 4. تحديد بقاء الخلية <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد أن تم احتساب مساحة كروي، تحديد صلاحية استخدام الانارة صبغ الخلايا قدرتها على البقاء. تحضير كاشف وفقا لتعليمات الشركة الصانعة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة بعناية 100 ميكرولتر من المتوسط ​​من كل بئر وإضافة 100 ميكرولتر من صبغ جدوى. احتضان لوحات لمدة 15 دقيقة ثم مسح باستخدام قارئ لوحة الانارة. ملاحظة: يمكن بعد ذلك يتم تصدير هذه البيانات من الجهاز، وذلك باستخدام وظيفة التصدير، في فيشكل ملف البيانات المشروح. التاريخ هو لوحة متوسط ​​تطبيع، جنبا إلى جنب وتحليلها إما عن طريق ض النتيجة أو موحد صارم فرق المتوسط ​​(SSMD) لتحديد الرناوات siRNAs التي كان لها تأثير ذو دلالة إحصائية على حيوية كروي. </li></ol>

<ol>
	<li>Seton-Rogers, S. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cooperation+of+the+ErbB2+receptor+and+transforming+growth+factor+beta+in+induction+of+migration+and+invasion+in+mammary+epithelial+cells.">Cooperation of the ErbB2 receptor and transforming growth factor beta in induction of migration and invasion in mammary epithelial cells.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 101 (5), 1257-1262 (2004).</li><li>Debnath, J., Muthuswamy, S. K., Brugge, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Morphogenesis+and+oncogenesis+of+MCF-10A+mammary+epithelial+acini+grown+in+three-dimensional+basement+membrane+cultures.">Morphogenesis and oncogenesis of MCF-10A mammary epithelial acini grown in three-dimensional basement membrane cultures.</a> Methods. 30 (3), 256-268 (2003).</li><li>Chia, S. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prognostic+significance+of+a+novel+hypoxia-regulated+marker,+carbonic+anhydrase+IX,+in+invasive+breast+carcinoma.">Prognostic significance of a novel hypoxia-regulated marker, carbonic anhydrase IX, in invasive breast carcinoma.</a> J Clin Oncol. 19 (16), 3660-3668 (2001).</li><li>Trastour, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIF-1alpha+and+CA+IX+staining+in+invasive+breast+carcinomas:+prognosis+and+treatment+outcome.">HIF-1alpha and CA IX staining in invasive breast carcinomas: prognosis and treatment outcome.</a> Int J Cancer. 120 (7), 1451-1458 (2007).</li><li>Wilson, W. R., Hay, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+hypoxia+in+cancer+therapy.">Targeting hypoxia in cancer therapy.</a> Nat Rev Cancer. 11 (6), 393-410 (2011).</li><li>Ros, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+metabolic+screen+identifies+6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase+4+as+an+important+regulator+of+prostate+cancer+cell+survival.">Functional metabolic screen identifies 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase 4 as an important regulator of prostate cancer cell survival.</a> Cancer Discov. 2 (4), 328-343 (2012).</li><li>Baenke, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+screening+identifies+MCT4+as+a+key+regulator+of+breast+cancer+cell+metabolism+and+survival.">Functional screening identifies MCT4 as a key regulator of breast cancer cell metabolism and survival.</a> J Pathol. 237 (2), 152-165 (2015).</li><li>Schug, Z. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Acetyl-CoA+synthetase+2+promotes+acetate+utilization+and+maintains+cancer+cell+growth+under+metabolic+stress.">Acetyl-CoA synthetase 2 promotes acetate utilization and maintains cancer cell growth under metabolic stress.</a> Cancer Cell. 27 (1), 57-71 (2015).</li><li>Mashimo, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Acetate+is+a+bioenergetic+substrate+for+human+glioblastoma+and+brain+metastases.">Acetate is a bioenergetic substrate for human glioblastoma and brain metastases.</a> Cell. 159 (7), 1603-1614 (2014).</li><li>Comerford, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Acetate+dependence+of+tumors.">Acetate dependence of tumors.</a> Cell. 159 (7), 1591-1602 (2014).</li><li>Vinci, M., Box, C., Eccles, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-dimensional+(3D)+tumor+spheroid+invasion+assay.">Three-dimensional (3D) tumor spheroid invasion assay.</a> J Vis Exp. (99), e52686 (2015).</li><li>Vinci, M., Box, C., Zimmermann, M., Eccles, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tumor+spheroid-based+migration+assays+for+evaluation+of+therapeutic+agents.">Tumor spheroid-based migration assays for evaluation of therapeutic agents.</a> Methods Mol Biol. 986, 253-266 (2013).</li><li>Barretina, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Cancer+Cell+Line+Encyclopedia+enables+predictive+modelling+of+anticancer+drug+sensitivity.">The Cancer Cell Line Encyclopedia enables predictive modelling of anticancer drug sensitivity.</a> Nature. 483 (7391), 603-607 (2012).</li><li>Maguire, S. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SF3B1+mutations+constitute+a+novel+therapeutic+target+in+breast+cancer.">SF3B1 mutations constitute a novel therapeutic target in breast cancer.</a> J Pathol. 235 (4), 571-580 (2015).</li><li>Brough, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+viability+profiles+of+breast+cancer.">Functional viability profiles of breast cancer.</a> Cancer Discov. 1 (3), 260-273 (2011).</li><li>Ferber, E. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FOXO3a+regulates+reactive+oxygen+metabolism+by+inhibiting+mitochondrial+gene+expression.">FOXO3a regulates reactive oxygen metabolism by inhibiting mitochondrial gene expression.</a> Cell Death Differ. 19 (6), 968-979 (2012).</li><li>Jensen, K. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FoxO3A+promotes+metabolic+adaptation+to+hypoxia+by+antagonizing+Myc+function.">FoxO3A promotes metabolic adaptation to hypoxia by antagonizing Myc function.</a> EMBO J. 30 (22), 4554-4570 (2011).</li><li>Ivascu, A., Kubbies, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity+of+cell-mediated+adhesions+in+breast+cancer+spheroids.">Diversity of cell-mediated adhesions in breast cancer spheroids.</a> Int J Oncol. 31 (6), 1403-1413 (2007).</li><li>Bitler, B. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthetic+lethality+by+targeting+EZH2+methyltransferase+activity+in+ARID1A-mutated+cancers.">Synthetic lethality by targeting EZH2 methyltransferase activity in ARID1A-mutated cancers.</a> Nat Med. 21 (3), 231-238 (2015).</li><li>Dow, L. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inducible+in+vivo+genome+editing+with+CRISPR-Cas9.">Inducible in vivo genome editing with CRISPR-Cas9.</a> Nat Biotechnol. 33 (4), 390-394 (2015).</li></ol>

Open Access fees were supported by Nexcelom Bioscience, LLC.

يجري استخدام نماذج ثلاثية الأبعاد للسرطان على نحو متزايد لتقييم فعالية من المركبات المعروفة والجديدة التي تم تصميمها لقتل انتقائي الخلايا السرطانية. الكروية الخلايا السرطانية هي هياكل التي تعرض ظروف أكثر مماثلة لتلك التي واجهتها في الأورام في الجسم الحي، وبالتالي المركبات التي زادت فعالية في 3D هم أكثر عرضة ليكون لها تأثير في الجسم الحي. ومع ذلك، هذه الطرائق لا تسمح لتحديد أهداف محتملة الرواية التي لم تكن موضوع تصميم الأدوية التي يمكن أن يكون لها فعالية كبيرة في علاج السرطان. قمنا بتطوير سيرنا علم الجينوم الوظيفي النهج الذي سمح لإسكات الجينات دائم لمدة تصل إلى سبعة أيام في سرطان الكروية خط الخلية. هناك العديد من الخطوات الهامة للبروتوكول التي تتطلب التحسين قبل لا يمكن أن يؤديها شاشة سيرنا. القدرة على تكوين الأجسام الشبه الكروية قابلة للحياة استنساخه على نطاق واسع أمر ضروري. علاوة على ذلك،شروط ترنسفكأيشن ppropriate ينبغي أن يكون الأمثل بدقة. نقترح عليك تجريب عدة الكواشف ترنسفكأيشن مختلفة مع عدم استهداف المناسب وقتل الضوابط قبل محاولة الشاشة. كنا قادرين على إظهار أن العديد من يشيع استخدامها خطوط خلايا سرطان الثدي، وهي BT474، كانت MCF10DCIS.com، MDA-MB-231 وJIMT1 قابلة للسيرنا ترنسفكأيشن. وعلاوة على ذلك، ونحن نقدم إثبات صحة المبدأ البيانات فحص 200 من الجين المتحول في أغلب الأحيان في سرطان الثدي في الكروية BT474، أكدت اعتمادها على التضخيم من HER2 وطفرة أنكجنيك من PIK3CA. ومن المثير للاهتمام، أدى إسكات FOXO3 عامل النسخ إلى انخفاض في حجم كروي ولكن ليس له تأثير كبير على قدرتها على البقاء. ومن المعروف FOXO3 لتنظيم استجابة لنقص الأكسجين، وتغيير القدرة على التمثيل الغذائي للخلايا السرطانية مما يسمح لهم للتكيف بسهولة أكبر مع بيئتها 16. هذا الدور الذي يمكن أن يحتمل تتداخل مع القراءة بقاء الخلية كما يكشف ATP وفرة، واحدة من المنتجات الرئيسية للاستقلاب الخلية. ودعما للمراقبة انخفاض في حجم كروي، فقد تبين أن إسكات FOXO3 في هيلا xenografts ضعف نمو الورم ويتسبب موت الخلايا المبرمج 17. من المهم أن نلاحظ أن بعض الجينات قد تؤثر على قدرة الخلايا السرطانية على الاحتفاظ الهندسة المعمارية 3D، والتي يمكن أن تؤدي إلى ايجابيات كاذبة. على سبيل المثال، أدت ضربة قاضية من E-كادهيرين في حل BT474 هيكل كروي. تم الإبلاغ عن هذا مسبقا باستخدام E-كادهيرين المستهدفة الأجسام المضادة 18. كما هو الحال مع أي منصة الفرز، يجب rescreened الأهداف المحتملة لتقييم استنساخ تأثير ملاحظتها. هناك قيود على هذه التقنية، وهي طبيعة عابرة للضربة قاضية الجينات بوساطة سيرنا. كانت متواصلة إسكات أكثر من سبعة أيام لا يمكن تحقيقها مع سيرنا. وميزة هذا النهج هو أنه يمكن أن يقترن مع مختلف إحيائية أخرىالأصباغ TRIC ليس فقط تلك التي تقيم الجدوى كروي، على سبيل المثال، وإعطاء المعلومات المكانية من نقص الأكسجة كروي أو مراقبة الخلايا التي تمر موت الخلايا المبرمج. وعلاوة على ذلك، لأن بمسح لوحة القارئ سريعة نسبيا وغير الغازية، وتأثير الرناوات siRNAs على حجم كروي يمكن تقييم مرور الوقت بدلا من مجرد عند نقطة نهاية التجريبية. في الواقع، ونحن حاليا بصدد استكشاف العديد من هذه السبل في خط أنابيب الفحص والتدقيق. نهجا بديلا التي تستخدم الثقافات 3D لتحديد تبعيات جديدة هو استخدام المكتبات الكيميائية التي تمنع أي مجموعة واسعة من الأهداف أو أسر معينة من البروتينات. في الواقع، Bitler وآخرون. تستخدم هذه الطريقة تستهدف التعرف على التفاعل الفتك الاصطناعية بين الحالة ARID1A ومثبطات EZH2 في المبيض سرطان الخلايا واضحة (19). وقد سمح اكتشاف كريسبر-Cas9 تكنولوجيا التحرير الجين أيضا لتطوير شاشات الوراثية في الثقافات عضي وفي الجسم الحي. ومع ذلك، رمنهجه يعتمد على وجود مرافق الحيوانات المناسبة ويمكن أن تكلف باهظة 20. في الختام، ونحن نعتقد أننا قمنا بتحديد البروتوكول الذي أكثر دقة النماذج الأكسجين والمغذيات التدرجات، التي هي من سمات المكروية الورم في الجسم الحي، والسماح لتحديد أهداف سرطان جديدة أو التحقق من صحة قوية من الأهداف المحددة. وعلاوة على ذلك، يمكن تطبيق بروتوكول لدينا أي نوع من خط الخلية التي تشكل الكروية، وبالتالي يمكن استخدامها بشكل روتيني في المجتمع أبحاث السرطان للشاشات سيرنا الإنتاجية العالية.

الأورام الصلبة عرض النسيجية كبيرة، وراثي والجزئي البيئي التجانس داخل الورم، الذي يعرض الأطباء مع تحديا كبيرا في القدرة على علاج المرضى بنجاح. غالبية النماذج المستخدمة لتحديد رواية استهدفت العلاجات لا تتضمن الكثير من هذه الميزات. في الواقع، لقد تم تطوير العلاجات المستهدفة الحالية المستخدمة في عيادة في العقد الماضي باستخدام نهج الفرز التي تعتمد على خطوط الخلايا السرطانية المزروعة في ظل ظروف ثنائي الأبعاد (2D) الثقافة. على الرغم من أن هذا أدى إلى نجاحات مختلفة، مثل مثبطات مستقبلات التيروزين كيناز، أصبح من الواضح أن المزيد من النماذج المعقدة من السرطان المطلوبة لنقدر تماما العوامل المساهمة التي تدفع تكون الأورام في الجسم الحي، وزيادة عدد من العلاجات الجديدة التي تجعل الانتقال من نماذج ما قبل السريرية إلى التجارب السريرية. وعلاوة على ذلك، فإنه الآن بتقدير جيد أن أنظمة ثقافة 2D تفشل لتعكس فيفيفو سلوك 1،2. على سبيل المثال، في أورام أوعية دموية سيئة، حيث أن الطلب على الأوكسجين والمواد المغذية داخل المكروية يفوق العرض، ومناطق من الولادات العالية والمنخفضة تتطور. وجود الأكسجين المنخفض (نقص الأكسجين) في الأورام، والكشف عنها من قبل تلطيخ المناعى من المقاطع الورم لعلامات نقص الأوكسجين إنشاء مثل الأنهيدراز الكربونيك التاسع (CAIX)، يرتبط مع نتائج السريرية الأكثر فقرا في سرطان الثدي 3،4 ميزات وهكذا دمج مثل نقص الأكسجين في نماذج الفحص قد يؤدي إلى تعزيز قدرتنا على اكتشاف أهداف المخدرات الرواية التي سوف تكون أكثر فعالية في الجسم الحي. في الواقع، تمكنت بنجاح من استهداف الأورام العدوانية التي تحتوي على نقص الأكسجين هو الأولوية السريرية 5. ويغير التقليدية فحص 2D سيرنا، في محاولة لتلخيص أكثر دقة عناصر من الشروط التي الخلايا السرطانية التي واجهتها في المكروية الورم، وأدى إلى تحديد عدة جينات عشرفي وقد وجد أن تكون مهمة لنمو الورم في الجسم الحي. وتشمل هذه الشاشات الجينومية الوظيفية التي تجرى في ظروف المصل منخفضة 6، 7 ظروف نقص الأوكسجين وفي تركيبة 8. على سبيل المثال، إسكات 6 فوسفو-2-كيناز / الفركتوز-2،6-Biphosphatase 4 (PFKFB4)، وهو بروتين مسؤول عن تنظيم الكربون تحلل الدخول، يتسبب فقط في موت الخلايا المبرمج خطوط سرطان البروستاتا المستمدة من ورم خبيث عندما نمت في مصل الدم المنخفض. كان إسكات PFKFB4 في خطوط خلايا البروستاتا الطبيعية في ظل نفس الظروف أي تأثير، في حين، ونضوب PFKFB4 ذاب تماما نمو البروستاتا خط الخلايا السرطانية xenografts 6. في لوحة طويلة من خطوط خلايا سرطان الثدي، وإسكات أحادية كربوكسيلاز نقل 4 (MCT4) أدى بشكل تفضيلي في الحد من نمو خط الخلية تحت ظروف نقص الأوكسجين. تم التحقق من صحة هذا الضعف في الجسم الحي في سرطان الثدي خط الخلية xenogra المتعامدةFTS. وكان ربما أكثر لافت للنظر، إسكات أسيتيل التميم مخلقة 2 (ACSS2)، وهو الانزيم المسؤول عن تحويل خلات إلى أسيتيل التميم، وانخفاض عدد الخلايا السرطانية تحت ظروف الإجهاد المغذيات (انخفاض الأكسجين والدم) ولكن القليل أو أي تأثير في ظل ظروف ثقافة العادية 8. أثرت الاجتثاث من ACSS2 نمو الثدي وسرطان البروستاتا xenografts مما يشير إلى أن التدرجات الغذائية لا وجود لها في عزلة داخل المكروية الورم وأن الخلايا الموجودة في هذه المناطق ضرورية لتطور الورم 8. وعلاوة على ذلك، تم العثور على ACSS2 أيضا أن من المهم في الإصابة بالورم الأرومي الدبقي وسرطان الخلايا الكبدية 9،10، مما يعني أن زيادة النشاط ACSS2 في الأورام يمكن أن تكون آلية الأساسية التي تدعم النمو في ظل ظروف غير مواتية. بشكل جماعي، هذه الدراسات تثبت أن تلخص الظروف التي واجهتها في الجسم الحي وأداء شاشات سيرنا يسمح لتحديد زأنيس الأساسية للبقاء على قيد الحياة سرطان. وكذلك تؤثر على نمو الخلايا السرطانية 2D تحت ظروف الإجهاد المغذيات، تحول دون استنزاف الجينات المستهدفة في هذه الدراسات السرطان نمو كروي خط الخلية، وهو ما يعكس ما لوحظ في xenografts الورم 6،8. وهكذا، الكروية خط الخلايا السرطانية تحتوي على العديد من الشروط التي واجهتها في المكروية الورم الذي نقل حساسية لإسكات ACSS2. في الواقع، الكروية عرض التدرجات المواد الغذائية (المصل والأوكسجين)، والتغيرات في درجة الحموضة، وثلاثي الأبعاد (3D) خلية خلية الاتصال، ولكن أيضا، وتعديلات في سرعته التكاثري مع الخلايا التي تمر اعتقال دورة الخلية وموت الخلايا المبرمج. ويتمثل ذلك من خلال وجود في الكروية سرطان المناطق الميتة، وهي ميزة لا توجد في ثقافة 2D التقليدية. وقد تم بالفعل استخدام الكروية الخلايا السرطانية كما النماذج ذات الصلة أكثر بيولوجيا لفحص مثبطات جزيء صغير ولكن هذا يسمح فقط للتحقق من صحة فعالية مركب أو تطويعها لأغراض أخرى من كومبوجهاز الأمم المتحدة الإنمائي تصميم أصلا لأمراض أخرى (11). طرق كروي الفحص الحالية لا تسمح لتحليل نضوب جين معين في الإنتاجية العالية من الطريقة عالية المحتوى. هنا، نحن تصف لأول مرة، خط أنابيب علم الجينوم وظيفية لكشف تبعيات جينية معينة باستخدام تكنولوجيا الصغيرة بالتدخل RNA (سيرنا) في سرطان الكروية خط الخلية. لقد قمنا بتصميم مكتبة مفصل مع الرناوات siRNAs استهداف 200 من الجين المتحول في أغلب الأحيان في سرطانات الثدي البشرية وتقييم تأثير استنفاد الجينات على حجم كروي والنشاط الأيضي في BT474 الكروية سرطان الثدي. كنا قادرين على بقوة وبتكاثر كشف عن تأثير ERBB2 وPIK3CA إسكات في الثقافات 3D. وعلاوة على ذلك، فإننا لا يمكن تقييم أثر نضوب الجينات على بنية المكانية الكروية BT474 باستخدام المناعية.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="890">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:273px;">Lullaby</td>
			<td style="width:163px;">Oz Biosciences</td>
			<td style="width:191px;">LL70500&#160;</td>
			<td style="width:263px;">lipid-based transfection reagent</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Viromer</td>
			<td>Lipocalyx</td>
			<td>VB-01LB-01</td>
			<td>virus-like polymer transfection reagent</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Ultra-low attachment plate</td>
			<td>Corning</td>
			<td>CLS7007</td>
			<td>96 well plate</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Foil plate seals</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>AB-0626</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Luminescent cell viability dye</td>
			<td>Promega</td>
			<td style="width:191px;">G7570</td>
			<td>CellTitre-Glo</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Pipette tips (200ul)</td>
			<td>Starlab</td>
			<td>S1111-0806</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Pipette tips (10ul)</td>
			<td>Starlab</td>
			<td>S1111-3800</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Pipette tips (1000ul)</td>
			<td>Starlab</td>
			<td>S1122-1830</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Serological pipettes (5ml)</td>
			<td>Sarstedt</td>
			<td>86.1253.025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Serological pipettes (10ml)</td>
			<td>Sarstedt</td>
			<td>86.1254.025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Serological pipettes (25ml)</td>
			<td>Sarstedt</td>
			<td>86.1685.020</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">RPMI Media</td>
			<td>GIBCO</td>
			<td>11875-093</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DMEM Media</td>
			<td>GIBCO</td>
			<td>11965-084</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Opti-MEM</td>
			<td>GIBCO</td>
			<td>31985070</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Feta bovine serum</td>
			<td>GIBCO</td>
			<td style="width:191px;">16140063</td>
			<td style="width:263px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">siRNA</td>
			<td>Dharmacon</td>
			<td>Cherry picked library</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Countess Cell Counter</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>AMQAX1000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Cell counting chamber slides</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>C10312</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Celigo S</td>
			<td>Nexcelom</td>
			<td>contact company</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Victor X5</td>
			<td>Perkin Elmer</td>
			<td>contact company</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Benchtop centrifuge</td>
			<td>Various</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Axiovert Inverted brightfield microscope</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td>contact company</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Tissue culture C02 Incubator</td>
			<td>Various</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Mulitichannel pipette</td>
			<td>Various</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

utilizing functional genomics screening to identify potentially novel drug targets in cancer cell spheroid cultures

تحديد الأحداث سائق وظيفية في سرطان أمر أساسي لتعزيز فهمنا للبيولوجيا السرطان والتي لا غنى عنها لاكتشاف الجيل القادم من أهداف عقار جديد. أصبح من الواضح أن المزيد من النماذج المعقدة من السرطان يطلب منها أن نقدر العوامل المساهمة التي تدفع تكون الأورام في الجسم الحي، وزيادة فعالية العلاجات الجديدة التي تجعل الانتقال من نماذج ما قبل السريرية إلى التجارب السريرية. هنا نقدم منهجية لتوليد الأجسام الشبه الكروية الورم موحدة وقابلة للتكرار التي يمكن أن تخضع لفحص وظيفي سيرنا. هذه الأجسام الشبه الكروية تعرض العديد من الخصائص التي توجد في الأورام الصلبة التي ليست موجودة في الثقافة يومين البعد التقليدية. وتبين لنا أن العديد من خطوط خلايا سرطان الثدي شيوعا هي قابلة للهذا البروتوكول. وعلاوة على ذلك، ونحن نقدم إثبات صحة المبدأ البيانات باستخدام سرطان الثدي خط الخلية BT474، مؤكدا علىالاعتماد على التضخيم من عامل نمو البشرة مستقبلات HER2 وتحور فوسفتيدلينوستول-4،5-biphosphate 3-كيناز (PIK3CA) عندما نمت كما الكروية الورم. وأخيرا، ونحن قادرون على مواصلة التحقيق والتأكد من تأثير المكاني لهذه التبعيات باستخدام المناعية.

Watch this Scientific Journal Video about Utilizing Functional Genomics Screening to Identify Potentially Novel Drug Targets in Cancer Cell Spheroid Cultures at JoVE.com

Utilizing Functional Genomics Screening to Identify Potentially Novel Drug Targets in Cancer Cell Spheroid Cultures (Video) | JoVE

Identifying novel drug targets that transition from pre-clinical testing to human trials is a scientific priority. To that end, here we describe a functional genomics approach for examining the impact of gene depletion on cancer cell line spheroids, which more appropriately model human cancers in vivo.

الاستفادة من علم الجينوم وظيفية الفرز لتحديد أهداف المخدرات رواية يحتمل في الثقافات كروي الخلية السرطانية

The identification of functional driver events in cancer is central to furthering our understanding of cancer biology and indispensable for the discovery ...

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Utilizing Functional Genomics Screening to Identify Potentially Novel Drug Targets in Cancer Cell Spheroid Cultures

Using RNA-sequencing to Detect Novel Splice Variants Related to Drug Resistance in In Vitro Cancer Models

Using RNA-sequencing to Detect Novel Splice Variants Related to Drug Resistance in In Vitro Cancer Models (Video) | JoVE

باستخدام الحمض النووي الريبي لكشف التسلسل رواية لصق المتغيرات ذات الصلة لمقاومة المخدرات في<em&gt; في المختبر</em&gt; نماذج السرطان

Drug resistance remains a major problem in the treatment of cancer for both hematological malignancies and solid tumors. Intrinsic or acquired resistance ...

Preparation and Metabolic Assay of 3-dimensional Spheroid Co-cultures of Pancreatic Cancer Cells and Fibroblasts

Preparation and Metabolic Assay of 3-dimensional Spheroid Co-cultures of Pancreatic Cancer Cells and Fibroblasts (Video) | JoVE

الإعداد والتحليل الأيضي الثقافات المشارك كروي ثلاثي الأبعاد لخلايا سرطان البنكرياس والخلايا الليفية

Many cancer types, including pancreatic cancer, have a dense fibrotic stroma that plays an important role in tumor progression and invasion. Activated ...

Longitudinal Intravital Imaging of Brain Tumor Cell Behavior in Response to an Invasive Surgical Biopsy

Longitudinal Intravital Imaging of Brain Tumor Cell Behavior in Response to an Invasive Surgical Biopsy (Video) | JoVE

التصوير التحيئي الطولي لسلوك خلايا أورام الدماغ استجابة لخزعة جراحية غازية

Biopsies are standard of care for cancer treatment and are clinically beneficial as they allow solid tumor diagnosis, prognosis, and personalized ...

Assessing Cell Viability and Death in 3D Spheroid Cultures of Cancer Cells

Assessing Cell Viability and Death in 3D Spheroid Cultures of Cancer Cells (Video) | JoVE

تقييم صلاحية الخلية والموت في الثقافات الكروية ثلاثية الأبعاد للخلايا السرطانية

Three-dimensional spheroids of cancer cells are important tools for both cancer drug screens and for gaining mechanistic insight into cancer cell biology. ...

Isolation of Stem-like Cells from 3-Dimensional Spheroid Cultures

Isolation of Stem-like Cells from 3-Dimensional Spheroid Cultures (Video) | JoVE

عزل خلايا شبيهه بالجذعية من ثقافات كروي ثلاثية الابعاد

Despite advances in adult stem cell research, identification and isolation of stem cells from tissue specimens remains a major challenge. While resident ...

A Novel Stromal Fibroblast-Modulated 3D Tumor Spheroid Model for Studying Tumor-Stroma Interaction and Drug Discovery

A Novel Stromal Fibroblast-Modulated 3D Tumor Spheroid Model for Studying Tumor-Stroma Interaction and Drug Discovery (Video) | JoVE

رواية سترومال ليفيبليوم-تعديل 3D نموذج الورم كرويويد لدراسة الورم ستروما التفاعل واكتشاف المخدرات

Tumor-stroma interactions play an important role in cancer progression. Three-dimensional (3D) tumor spheroid models are the most widely used in vitro ...

Evaluating Cell Death Using Cell-Free Supernatant of Probiotics in Three-Dimensional Spheroid Cultures of Colorectal Cancer Cells

Evaluating Cell Death Using Cell-Free Supernatant of Probiotics in Three-Dimensional Spheroid Cultures of Colorectal Cancer Cells (Video) | JoVE

تقييم موت الخلية باستخدام الخلايا الخالية من البروبيوتيك في الثقافات الكروية ثلاثية الأبعاد للخلايا السرطانية القولون والمستقيم

This manuscript describes a protocol to evaluate cancer cell deaths in three dimensional (3D) spheroids of multicellular types of cancer cells using ...

A Rapid Screening Workflow to Identify Potential Combination Therapy for GBM using Patient-Derived Glioma Stem Cells

A Rapid Screening Workflow to Identify Potential Combination Therapy for GBM using Patient-Derived Glioma Stem Cells (Video) | JoVE

سير عمل الفحص السريع لتحديد العلاج المركب المحتمل ل GBM باستخدام الخلايا الجذعية الدبقي المشتقة من المريض

The glioma stem cells (GSCs) are a small fraction of cancer cells which play essential roles in tumor initiation, angiogenesis, and drug resistance in ...

Circulating Tumor Cell Lines: an Innovative Tool for Fundamental and Translational Research

Circulating Tumor Cell Lines: an Innovative Tool for Fundamental and Translational Research (Video) | JoVE

تعميم خطوط الخلايا السرطانية: أداة مبتكرة للبحوث الأساسية والترجمة

Metastasis is a leading cause of cancer death. Despite improvements in treatment strategies, metastatic cancer has a poor prognosis. We thus face an ...

Pooled shRNA Library Screening to Identify Factors that Modulate a Drug Resistance Phenotype

Pooled shRNA Library Screening to Identify Factors that Modulate a Drug Resistance Phenotype (Video) | JoVE

فحص مكتبة shRNA المجمعة لتحديد العوامل التي تعدل النمط الظاهري لمقاومة الأدوية

Understanding clinically relevant driver mechanisms of acquired chemo-resistance is crucial for elucidating ways to circumvent resistance and improve ...