Name: an optimized protocol for electrophoretic mobility shift assay using infrared fluorescent dye-labeled oligonucleotides
Uploaded: 2016-11-29T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about An Optimized Protocol for Electrophoretic Mobility Shift Assay Using Infrared Fluorescent Dye-labeled Oligonucleotides at JoVE.com

This work was supported by an Alfred P. Sloan Research Fellowship (to C.-F.C.) and an NIH R01 grant (5R01GM098026-05 to C.-F.C.). We thank David Crowe for access to the advanced infrared imaging system.

MERK: EMSAs ved hjelp av fluorescensmerkede DNA-prober eller andre former for merket DNA deler de samme protokollene for proteinet eller celleekstrakt preparat, protein-DNA-bindingsreaksjon, og PAGE-gel forberedelse og drift (figur 1A). De viktigste forskjellene er DNA-merking prosedyrer, post-run gel behandlingstrinn, og deteksjonsmetoder. 1. Gel Forberedelse <ol><li> Fremstille 5% opprinnelige polyakrylamid gel inneholdende 0,5x TBE (45 mM Tris-borat, 1 mM EDTA) og 2,5% glycerol, ved anvende...

<ol>
	<li>Hellman, L. M., Fried, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electrophoretic+mobility+shift+assay+(EMSA)+for+detecting+protein-nucleic+acid+interactions.">Electrophoretic mobility shift assay (EMSA) for detecting protein-nucleic acid interactions.</a> Nat Protoc. 2, 1849-1861 (2007).</li><li>Ludwig, L. B., Hughes, B. J., Schwartz, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biotinylated+probes+in+the+electrophoretic+mobility+shift+assay+to+examine+specific+dsDNA,+ssDNA+or+RNA-protein+interactions.">Biotinylated probes in the electrophoretic mobility shift assay to examine specific dsDNA, ssDNA or RNA-protein interactions.</a> Nucleic Acids Res. 23, 3792-3793 (1995).</li><li>Engler-Blum, G., Meier, M., Frank, J., Muller, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reduction+of+background+problems+in+nonradioactive+northern+and+Southern+blot+analyses+enables+higher+sensitivity+than+32P-based+hybridizations.">Reduction of background problems in nonradioactive northern and Southern blot analyses enables higher sensitivity than 32P-based hybridizations.</a> Anal Biochem. 210, 235-244 (1993).</li><li>Jing, D., Agnew, J., Patton, W. F., Hendrickson, J., Beechem, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+sensitive+two-color+electrophoretic+mobility+shift+assay+for+detecting+both+nucleic+acids+and+protein+in+gels.">A sensitive two-color electrophoretic mobility shift assay for detecting both nucleic acids and protein in gels.</a> Proteomics. 3, 1172-1180 (2003).</li><li>Alqadah, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Postmitotic+diversification+of+olfactory+neuron+types+is+mediated+by+differential+activities+of+the+HMG-box+transcription+factor+SOX-2.">Postmitotic diversification of olfactory neuron types is mediated by differential activities of the HMG-box transcription factor SOX-2.</a> EMBO J. 34, 2574-2589 (2015).</li><li>Jullien, N., Herman, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LUEGO:+a+cost+and+time+saving+gel+shift+procedure.">LUEGO: a cost and time saving gel shift procedure.</a> Biotechniques. 51, 267-269 (2011).</li><li>Poulin-Laprade, D., Burrus, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electrophoretic+Mobility+Shift+Assay+Using+Radiolabeled+DNA+Probes.">Electrophoretic Mobility Shift Assay Using Radiolabeled DNA Probes.</a> Methods Mol Biol. 1334, 1-15 (2015).</li><li>Ruscher, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+fluorescence+based+non-radioactive+electrophoretic+mobility+shift+assay.">A fluorescence based non-radioactive electrophoretic mobility shift assay.</a> J Biotechnol. 78, 163-170 (2000).</li><li>Pagano, J. M., Clingman, C. C., Ryder, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+approaches+to+monitor+protein-nucleic+acid+interactions+using+fluorescent+probes.">Quantitative approaches to monitor protein-nucleic acid interactions using fluorescent probes.</a> RNA. 17, 14-20 (2011).</li><li>Alqadah, A., Hsieh, Y. W., Chuang, C. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sox2+goes+beyond+stem+cell+biology.">Sox2 goes beyond stem cell biology.</a> Cell cycle. , (2016).</li><li>Larouche, K., Bergeron, M. J., Leclerc, S., Guerin, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimization+of+competitor+poly(dI-dC).poly(dI-dC)+levels+is+advised+in+DNA-protein+interaction+studies+involving+enriched+nuclear+proteins.">Optimization of competitor poly(dI-dC).poly(dI-dC) levels is advised in DNA-protein interaction studies involving enriched nuclear proteins.</a> Biotechniques. 20, 439-444 (1996).</li><li>Sorenson, A. E., Schaeffer, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In-gel+detection+of+biotin-protein+conjugates+with+a+green+fluorescent+streptavidin+probe.">In-gel detection of biotin-protein conjugates with a green fluorescent streptavidin probe.</a> Anal. Methods. 7, 2087-2092 (2015).</li><li>Onizuka, T., Endo, S., Hirano, M., Kanai, S., Akiyama, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Design+of+a+fluorescent+electrophoretic+mobility+shift+assay+improved+for+the+quantitative+and+multiple+analysis+of+protein-DNA+complexes.">Design of a fluorescent electrophoretic mobility shift assay improved for the quantitative and multiple analysis of protein-DNA complexes.</a> Biosci Biotechnol Biochem. 66, 2732-2734 (2002).</li><li>Steiner, S., Pfannschmidt, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence-based+electrophoretic+mobility+shift+assay+in+the+analysis+of+DNA-binding+proteins.">Fluorescence-based electrophoretic mobility shift assay in the analysis of DNA-binding proteins.</a> Methods Mol Biol. 479, 273-289 (2009).</li></ol>

fEMSAs er et effektivt verktøy for å undersøke protein-DNA-interaksjoner, og er et alternativ til radioaktiv merking av DNA. Fluorescerende fargestoffer som for eksempel infrarøde fargestoffer er kommersielt tilgjengelige, og tilveiebringe en sikrere og mer miljøvennlig metode sammenlignet med radioaktiv DNA-merking. EMSAs via infrarød fluorescerende fargestoff-merket oligonukleotider krever ikke postrun gel behandlingstrinn, og dermed spare tid og kostnader sammenlignet med andre DNA merkingsteknikker. Tiden for ...

EMSAs blir brukt til å analysere interaksjoner mellom DNA og proteiner ved hjelp av naturlig polyakrylamidgel-elektroforese (PAGE) å løse en blanding av et protein av interesse og et merket DNA-probe som inneholdt potensielle måls av proteinet 1. En DNA-probe bundet med protein vil vandre langsommere sammenlignet med en fri DNA-probe, og er derfor retardert i sin vandring gjennom en polyakrylamid matriks. Radiomerking av DNA ved hjelp av 32P har vært den dominerende metoden for deteksjon i EMSAs. Selv om bruk av radiomerking i biokjemisk forskning har vært gunstig, er metoder for alternativ DNA merking med sammenlignbare følsomheten blir ansatt på grunn av helse- og sikkerhetsrisikoer forbundet med håndtering av radioaktivitet. Disse alternative metodene omfatter konjugering av DNA med biotin to eller digoxigenin (DIG) 3 (som begge er deretter oppdaget av kjemiluminescerende systemer), SYBR grønn farging av siden gels 4,eller direkte påvisning av DNA-fluorescerende fargestoff konjugater ved å skanne gel 5,6. Oppklarte gels av EMSAs bruker radioaktivt merkede DNA-prober krever postrun behandling gjennom autoradiografi filmer eller et phosphorimager system for å oppdage radioaktive signaler 1,7. Geler av EMSAs ved hjelp av biotin- to eller DIG-konjugerte tre DNA-prober må også behandles og overføres til en egnet membran og deretter detektert av kjemiluminescens 6. SYBR grønn farging av gelen krever postrun gel farging og et fluorescerende skanner 4. Siden postrun gel behandlingstrinn er nødvendig for EMSAs ved hjelp av disse DNA-merkingsteknikker, kan den løses gelen bli analysert bare en gang. I motsetning til dette kan DNA-prober merket med fluoroforer bli direkte detektert i gelen på innsiden av glassplatene ved en skanner. Derfor kan DNA-protein interaksjoner bli overvåket og analysert flere ganger på forskjellige tidspunkter under kjøringen, somreduserer tiden og kostnadene betydelig. DNA-fluorescerende fargestoff konjugater som har blitt brukt for EMSAs inkluderer Cy3 6,8, Cy5 6,8, fluorescein 9, og infrarøde fluorescerende fargestoffer 4-6. Transkripsjonsregulering krever protein-DNA interaksjoner av transkripsjonsfaktorer og deres mål gener. Samordning av disse interaksjonene genererer ulike celletyper fra en felles stamfar løpet dyr utvikling. En objektiv frem genetisk skjermen identifisert en missense mutasjon, G73E, i den svært konservert HMG DNA-bindende domene av Caenorhabditis elegans transkripsjonsfaktor SOX-2. Mutasjonen resulterer i en celle identitet transformasjon av AWB olfactory nevroner i AWC olfactory nevroner på molekylære, morfologiske og funksjonelle nivåer 5,10. SOX-to forskjellig regulerer terminal differensiering av AWB og AWC nevroner ved å samhandle med kontekstavhengig partner transkripsjonsfaktorer og respektiveDNA målse 5,10. SOX-2 partnere med LIM-4 (LHX) i terminalen AWB neuronal differensiering, mens SOX-2 partnere med CEH-36 (OTX / OTD) i terminal AWC neuronal differensiering. Luciferaserapportørplasmid analyser viser at SOX-2 og mutante SOX-2 G73E proteiner har samarbeids interaksjoner med transkripsjons kofaktorer LIM-4 og CEH-36 for å aktivere en promoter uttrykt i AWB og AWC nevroner. Men SOX-2 og mutant SOX-2 G73E vises differensial aktiverings egenskapene til arrangøren. For å undersøke molekylære grunnlaget for differensial DNA-bindende aktiviteter SOX-2 og SOX-2 G73E, ble fEMSAs utført med disse proteinene og deres potensielle målse. Først en bioinformatikk tilnærmingen ble tatt for å identifisere den biologisk relevant DNA-bindingssekvenser innenfor en kb-promoter-regionen anvendt i luciferase-assay. Siden flere potensielle SOX-2 bindingsseter var tilstede under hele promoter, vi fokusertpå predikerte SOX-to bindingssteder i tilknytning til antatte CEH-36 eller LIM-fire bindingsseter og evolusjonært konserverte mellom ulike nematode arter. Disse sekvensene ble slettet eller mutert, og deretter testet in vivo for sin aktivitet til å uttrykke GFP reporter transgener i AWB eller AWC nevroner. Gjennom denne tilnærmingen, har vi identifisert potensielle LIM-4 / SOX-2 og CEH-36 / SOX-2 tilstøtende målse som er spesielt nødvendig for uttrykket av GFP i AWB og AWC nevroner henholdsvis fem. Vi har undersøkt de potensielle forskjeller i DNA binding av SOX-2 og SOX-2 G73E hjelp FEMSA med de identifiserte LIM-4 / SOX-2 og CEH-36 / SOX-2 tilstøtende målse. Vår EMSA analyse viste at SOX-2 G73E ikke binde DNA probe som inneholder LIM-4 / SOX-2 tilstøtende målse (som kreves for genekspresjon i AWB) så effektivt som WT SOX-2 gjorde. Men, SOX-2 og SOX-2 G73E hadde ingen forskjell i binding av DNA probe som inneholder CEH-36 / SOX-2 endjacent målområde (kreves for genekspresjon i AWC) 5,10. Våre analyser FEMSA gi mekanistisk innsikt i naturen av SOX-2 G73E mutasjon i å påvirke spesifikk DNA-bindende aktivitet for AWB-til-AWC celleidentiteten transformasjon fenotype. Her beskriver vi en optimalisert protokoll fra FEMSA å bruke rensede 6xHis-SOX-2 eller 6xHis-SOX-2 G73E sammen med infrarød fluorescerende fargestoff-merkede DNA-prober som inneholder LIM-4 / SOX-2 tilstøtende målområder som en casestudie for å takle en viktig biologisk spørsmål.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1019">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:332px;">30% Acrylamide/Bis Solution, 37.5:1&#160;</td>
			<td style="width:199px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:207px;">1610158</td>
			<td style="width:281px;">Acrylamide is harmful and toxic.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:332px;">6x-His Epitope Tag Antibody (HIS.H8)</td>
			<td style="width:199px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:207px;">MA1-21315</td>
			<td style="width:281px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:332px;">Anti Flag M2 antibody&#160;</td>
			<td style="width:199px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:207px;">F3165-.2MG</td>
			<td style="width:281px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:332px;">Bovine Serum Albumin molecular-biology-grade</td>
			<td style="width:199px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:207px;">B9000S</td>
			<td style="width:281px;"></td>
		</tr>
		<tr height="126">
			<td height="126" style="height:126px;width:332px;">5&#39;IRDye700-labeled DNA Oligos</td>
			<td style="width:199px;">Integrated DNA Technologies</td>
			<td style="width:207px;">Custom DNA oligo</td>
			<td style="width:281px;">These are referred as 5&#39;Dye-labeled or infrared fluorescent dye-labeled DNA oligos in the manuscript. The company will custom synthesize 5&#39; IRDye labeled DNA oligonucleotides.&#160; Requires minimum 100&#956;M scale synthesis and HPLC purification.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:332px;">Klenow Fragment (3&#39;--&#62;5&#39; exo-)</td>
			<td style="width:199px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:207px;">M0212S</td>
			<td style="width:281px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:332px;">LightShif Poly (dI-dC)</td>
			<td style="width:199px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:207px;">20148E</td>
			<td style="width:281px;"></td>
		</tr>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;width:332px;">Mini-PROTEAN&#160;Vertical Electrophoresis Cell&#160;</td>
			<td style="width:199px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:207px;">1658000FC&#160;</td>
			<td style="width:281px;">This is referred as a mini protein gel system in the manuscript. Any electrophoretic system can be used as long as they are clear glass plates of less than 25cm x 25cm in size.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:332px;">Odyssey CLx Infrared Imaging System</td>
			<td style="width:199px;">LI-COR Biotechnology</td>
			<td style="width:207px;">Odyssey CLx Infrared Imagng System</td>
			<td style="width:281px;">This is referred as an advanced infrared imaging system in the mansucript.</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;">Odyssey Fc Imaging System&#160;</td>
			<td style="width:199px;">LI-COR Biotechnology</td>
			<td style="width:207px;">Odyssey Fc Dual-Mode Imaging System</td>
			<td style="width:281px;">This is referred as a near-infrared fluorescent imaging system primarily for Western blots in the mansucript.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:332px;">Image Studio software (version 4.0)</td>
			<td style="width:199px;">LI-COR Biotechnology</td>
			<td style="width:207px;">Image Studio software&#160;</td>
			<td style="width:281px;">This is referred as a particular imaging software in the mansucript.&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:332px;">Orange G</td>
			<td style="width:199px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:207px;">O3756-25G</td>
			<td style="width:281px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:332px;">6x Orange loading dye</td>
			<td style="width:199px;"></td>
			<td style="width:207px;"></td>
			<td>0.25% Orange G; 30% Glycerol</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">0.5x TBE</td>
			<td style="width:199px;"></td>
			<td style="width:207px;"></td>
			<td>45 mM Tris-Borate; 1 mM EDTA</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:332px;">1x TE</td>
			<td style="width:199px;"></td>
			<td style="width:207px;"></td>
			<td>10 mM Tris-HCl; 1 mM EDTA, pH8.0</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:332px;">1x STE</td>
			<td style="width:199px;"></td>
			<td style="width:207px;"></td>
			<td style="width:281px;">100 mM NaCl; 10 mM Tris-HCl, pH8.0; 1 mM EDTA</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;">5x Binding Buffer</td>
			<td style="width:199px;"></td>
			<td style="width:207px;"></td>
			<td style="width:281px;">50 mM Tris-HCl, pH7.5; 50 mM NaCl; 200 mM KCl; 5 mM MgCl2; 5 mM EDTA, pH8.0; 5 mM DTT; 250 ug/ml BSA</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

an optimized protocol for electrophoretic mobility shift assay using infrared fluorescent dye-labeled oligonucleotides

Elektro Shift Mobility Analyser (EMSA) er en instrumental verktøy for å karakterisere samspillet mellom proteiner og deres mål DNA-sekvenser. Radioaktivitet har vært den dominerende metoden for DNA-merking i EMSAs. Imidlertid har de siste fremskritt i fluorescerende fargestoffer og skannemetoder førte til at bruk av fluoriserende merking av DNA som et alternativ til radioaktivitet for fordelene ved enkel håndtering, spare tid, redusere kostnader og bedre sikkerhet. Vi har nylig brukt fluorescerende EMSA (FEMSA) for å ta opp en viktig biologisk spørsmålet. Vår FEMSA analysen gir mekanistisk innsikt i effekten av en missense mutasjon, G73E, i den svært konservert HMG transkripsjonsfaktor SOX-2 på olfactory neuron typen diversifisering. Vi fant at mutante SOX-2 G73E protein forandrer spesifikk DNA-bindingsaktivitet, og dermed forårsaker olfaktorisk nervecelle identitet transformasjon. Her presenterer vi en optimalisert og kostnadseffektiv steg-for-steg-protokollenfor FEMSA ved hjelp av infrarød fluorescerende fargestoff-merket oligonukleotider inneholder LIM-4 / SOX-2 tilstøtende målse og renset SOX-2 proteiner (WT og mutante SOX-2 G73E proteiner) som en biologisk eksempel.

Orange G lasting fargestoff (6x: 0,12 g orange G i 100 ml 30% glyserol) kan tilsettes til bindingsreaksjonen før lasting for å visualisere utviklingen av elektroforese. Andre lasting fargestoffer inkludert bromfenolblått vil bli oppdaget under skanning og derfor forstyrrer bildeanalyse (figur 1B). I noen tilfeller av EMSAs, særlig hvis atom ekstrakt preparat anvendes, er poly-deoxyinosinic deoxycytidylic (...

Watch this Scientific Journal Video about An Optimized Protocol for Electrophoretic Mobility Shift Assay Using Infrared Fluorescent Dye-labeled Oligonucleotides at JoVE.com

An Optimized Protocol for Electrophoretic Mobility Shift Assay Using Infrared Fluorescent Dye-labeled Oligonucleotides

Vi beskriver her en optimalisert protokoll av fluorescerende Elektrofore Shift Mobility Analyser (FEMSA) med rensede SOX-2 proteiner sammen med infrarøde fluorescerende fargestoff-merkede DNA-prober som en case-studie for å takle en viktig biologisk spørsmålet.

En optimalisert protokoll for Elektro Mobility Skift Assay bruker infrarød Fluorescent Dye-merkede oligonukleotider

Electrophoretic Mobility Shift Assays (EMSA) are an instrumental tool to characterize the interactions between proteins and their target DNA sequences. ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Optimized Protocol for the Extraction of Proteins from the Human Mitral Valve

Optimalisert protokoll for ekstraksjon av proteiner fra Human Mitral Valve

Analysis of the cellular proteome can help to elucidate the molecular mechanisms underlying diseases due to the development of technologies that permit ...

DNA Polymerase Activity Assay Using Near-infrared Fluorescent Labeled DNA Visualized by Acrylamide Gel Electrophoresis

DNA Polymerase aktivitet analysen med nær-infrarøde fluorescerende merket DNA visualisert ved akrylamid Gel geleelektroforese

For any enzyme, robust, quantitative methods are required for characterization of both native and engineered enzymes. For DNA polymerases, DNA synthesis ...

Detection of Heterodimerization of Protein Isoforms Using an in Situ Proximity Ligation Assay

Detection of Heterodimerization of Protein Isoforms Using an in Situ Proximity Ligation Assay

Deteksjon av Heterodimerization av Protein isoformene bruker in Situ nærhet Ligation analysen

Regulated protein-protein interactions are a guiding principle for many signaling events, and the detection of such events is an important element in ...

Structure Solution of the Fluorescent Protein Cerulean Using MeshAndCollect

Strukturen løsning av fluorescerende Protein Cerulean bruker MeshAndCollect

X-ray crystallography is the major technique used to obtain high resolution information concerning the 3-dimensional structures of biological ...

Single Liposome Measurements for the Study of Proton-Pumping Membrane Enzymes Using Electrochemistry and Fluorescent Microscopy

Enkelt Liposome mål for studiet av Proton pumpe membran enzymer elektrokjemi og fluorescerende mikroskopi

Proton-pumping enzymes of electron transfer chains couple redox reactions to proton translocation across the membrane, creating a proton-motive force used ...

Localization of SUMO-modified Proteins Using Fluorescent Sumo-trapping Proteins

Lokalisering av SUMO-modifisert proteiner bruke fluorescerende Sumo-fangst proteiner

Here we are presenting a novel method to study the sumoylation of proteins and their sub-cellular localization in mammalian cells and nematode oocytes. ...

Characterizing Individual Protein Aggregates by Infrared Nanospectroscopy and Atomic Force Microscopy

Karakteriserer individuelle protein aggregater av infrarød Nanospectroscopy og Atomic Force mikroskopi

The phenomenon of protein misfolding and aggregation results in the formation of highly heterogeneous protein aggregates, which are associated with ...

Acyl-PEGyl Exchange Gel Shift Assay for Quantitative Determination of Palmitoylation of Brain Membrane Proteins

Acyl-PEGyl Exchange Gel Shift Analyse for kvantitativ bestemmelse av palmitoylering av hjernemembranproteiner

Activity-dependent alterations in the levels of synaptic AMPA receptors (AMPARs) within the postsynaptic density (PSD) is thought to represent a cellular ...

An Electrochemiluminescence-Based Assay for MeCP2 Protein Variants

En elektrochemiluminescensbasert analyse for MeCP2 proteinvarianter

The ECLIA is a versatile method which is able to quantify endogenous and recombinant protein amounts in a 96-well format. To demonstrate ECLIA efficiency, ...

Assessment of Cellular Oxidation using a Subcellular Compartment-Specific Redox-Sensitive Green Fluorescent Protein

Vurdering av cellulær oksidasjon ved hjelp av et subcellulært romspesifikt Redox-Sensitive Green Fluorescerende protein

Measuring the intracellular oxidation/reduction balance provides an overview of the physiological and/or pathophysiological redox status of an organism. ...