Name: drug repurposing hypothesis generation using the "re:fine drugs" system
Uploaded: 2016-12-11T15:00:00
Duration: 5 min 10 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Drug Repurposing Hypothesis Generation Using the "RE:fine Drugs" System at JoVE.com

This work was partially supported by the National Institutes of Health (NIH) Clinical and Translational Science Awards (CTSA) Grant (UL1TR001070) to the Ohio State University's Center for Clinical and Translational Science (CCTS) and the National Library Of Medicine under Award Number T15LM011270.

1. Einleitung von Abfragen von Gene, Drogen- oder Krankheitsbedingungen <ol><li> Besuchen Sie die Homepage für &quot;RE: Fein Drugs&quot; unter folgendem Link: http://drug-repurposing.nationwidechildrens.org. Beginnen Sie mit einem Suchbegriff in die Suchleiste aus einem der folgenden drei Kategorien eingeben: Arzneimittel (Generika-Name), Krankheit (neue medizinische Indikation) oder Gen (offizielle HGNC Gen-Symbol). </li><li> Filtern Sie die Suchleiste Funktion, um nur &quot;Drug Name&quot;, &quot;Neue medizinische Indikation&quot;, &quot;Gene Symbol&quot; oder &quot;Alle&quot; Kategorien. Die Suchleiste enthält eine automatische Füllfunktion für die Suche nach Einträgen. </li><li> Legen Sie in einem Schlüsselwort, und klicken Sie auf die Schaltfläche &quot;Suchen&quot;. Sortieren Sie die Tabelle der Ergebnisse durch eine der folgenden Spalten: &quot;Drug&quot;, &quot;Registrierte Indikation&quot;, &quot;P-Value&quot;, &quot;P-Wert eingestellt&quot;, &quot;Odds Ratio&quot;, &quot;Studie&quot;, &quot;Neue Anzeige&quot;, Drug &quot; Bank-Anzeige &quot;,&quot; # von Medline Abstracts &quot;,&quot; # von Clinische Test Registry &quot;,&quot; Potenzial &quot;,&quot; SNP &quot;,&quot; Gene &quot;oder&quot; Aktion &quot;. </li><li> Navigieren Sie zu der erweiterten Suche, um die Informationen über die Drogen-Funktion zu aktivieren. Klicken Sie auf das Symbol in der Spalte &quot;Info&quot; für ein bestimmtes Medikament. Beachten Sie eine Seite, die alle die entsprechenden Informationen, einschließlich p-Wert für den Verein führt, Krankheitsname, Drug Name, Gene Details (NCBI Gene Link) und Drug Details (Drugbank Link). </li></ol> 2. Erforschung von Erweiterte Optionen <ol><li> Klicken Sie auf die Schaltfläche &quot;Erweitert&quot; auf der rechten Seite der Seite befindet, und mehrere Möglichkeiten, um die Ergebnisse weiter verfeinern werden zur Verfügung gestellt. Die erweiterte Suchoptionen umfassen Modifikationen an folgende: Droge, Assoziation, Krankheit, Potenzial, Gen und Handeln. </li><li> Export Ergebnistabellen, indem Sie auf die Schaltfläche &quot;Exportieren&quot; auf der rechten Seite der Seite klicken. Klicken Sie auf das &quot;Simple&quot; Taste, um das erweiterte Suchfenster nach unten klappen. &lt;/ Li&gt; <li> Im Rahmen der erweiterten Option &quot;Arzneimittel&quot; Registerkarte, geben Sie eine bestimmte Droge Anzeige oder eine zusätzliche Medikamentennamen Ergebnisse zu filtern. </li><li> Im Rahmen der &quot;Vereinigung&quot; Registerkarte Filter Ergebnisse der Signifikanzniveau P-Wert, das bereinigte P-Wert mit FDR, Effektgröße (Odds Ratio), und / oder Studientyp (GWAS, PheWAS oder beides). </li><li> Unter der &quot;Krankheit&quot; Registerkarte, geben Sie eine bestimmte Krankheit Beschreibung für die vorhergesagte neue Verwendung. </li><li> Unter dem &quot;Potenzial&quot; Registerkarte Filter Ergebnisse nach einem der folgenden Kriterien: (i) ob die Droge Indikation in der Drugbank Datenbank enthalten ist, (ii) Anzahl der Medline Abstracts mit Co-Auftreten des Arzneimittels und der Krankheit, ( iii) Anzahl der ClinicalTrials.gov Datenbankeinträge mit Co-Auftreten des Arzneimittels und der Krankheit und (iv) Repurposing Potential. HINWEIS: Die Repurposing Mögliche Option beschreibt die Neuheit der Entdeckung: (i) bekannt: Beziehung bereits in der Datenbank existiert Drugbank, (ii) stark unterstützt: Einige Unterstützung sowohl in der klinischen Studie Registrierung und die Abstracts Medline, (iii) Likely: eine gewisse Unterstützung in entweder klinischen Studie Registrierung oder die Medline Abstracts und (iv) Neuartige: keine Beweise in klinischen Studien Register noch in Medline Abstracts. </li><li> Unter dem &quot;Gen&quot;, geben Sie eine SNP-Kennung oder Gene Symbol Ergebnisse durch spezifische Droge Zielgene zu filtern. </li><li> Unter der Registerkarte &quot;Aktion&quot;, geben Sie den Drogenaktionstyp gegen das Medikament Ziel (n), einschließlich Agonist, Antagonist, andere, unbekannte oder alle (Quelle: Drugbank-Datenbank). </li></ol>

<ol>
	<li>Borisy, A. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+discovery+of+multicomponent+therapeutics.">Systematic discovery of multicomponent therapeutics.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 100 (13), 7977-7982 (2003).</li><li>Zhang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+synergy+screening+identifies+microbial+metabolites+as+combination+agents+for+the+treatment+of+fungal+infections.">High-throughput synergy screening identifies microbial metabolites as combination agents for the treatment of fungal infections.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 104 (11), 4606-4611 (2007).</li><li>Adams, C. P., Brantner, V. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimating+the+cost+of+new+drug+development:+is+it+really+802+million+dollars?.">Estimating the cost of new drug development: is it really 802 million dollars?.</a> Health Aff (Millwood). 25 (2), 420-428 (2006).</li><li>Bunnage, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Getting+pharmaceutical+R&amp;D+back+on+target.">Getting pharmaceutical R&amp;D back on target.</a> Nat Chem Biol. 7 (6), 335-339 (2011).</li><li>Ashburn, T. T., Thor, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drug+repositioning:+identifying+and+developing+new+uses+for+existing+drugs.">Drug repositioning: identifying and developing new uses for existing drugs.</a> Nat Rev Drug Discov. 3 (8), 673-683 (2004).</li><li>Hurle, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Computational+drug+repositioning:+from+data+to+therapeutics.">Computational drug repositioning: from data to therapeutics.</a> Clin Pharmacol Ther. 93 (4), 335-341 (2013).</li><li>Jin, G., Wong, S. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toward+better+drug+repositioning:+prioritizing+and+integrating+existing+methods+into+efficient+pipelines.">Toward better drug repositioning: prioritizing and integrating existing methods into efficient pipelines.</a> Drug Discov Today. 19 (5), 637-644 (2014).</li><li>Moosavinasab, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=34;RE:fine+Drugs&amp;#34;:+An+Interactive+Dashboard+to+Access+Drug+Repurposing+Opportunities.">34;RE:fine Drugs&amp;#34;: An Interactive Dashboard to Access Drug Repurposing Opportunities.</a> Database (Oxford). , (2016).</li><li>Zhang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+genome-wide+association+studies+for+cancer+research+and+drug+repositioning.">Use of genome-wide association studies for cancer research and drug repositioning.</a> PLoS One. 10 (3), e0116477 (2015).</li><li>Rastegar-Mojarad, M., Ye, Z., Kolesar, J. M., Hebbring, S. J., Lin, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Opportunities+for+drug+repositioning+from+phenome-wide+association+studies.">Opportunities for drug repositioning from phenome-wide association studies.</a> Nat Biotechnol. 33 (4), 342-345 (2015).</li><li>Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+survey+of+current+trends+in+computational+drug+repositioning.">A survey of current trends in computational drug repositioning.</a> Brief Bioinform. 17 (1), 2-12 (2016).</li><li>Denny, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+comparison+of+phenome-wide+association+study+of+electronic+medical+record+data+and+genome-wide+association+study+data.">Systematic comparison of phenome-wide association study of electronic medical record data and genome-wide association study data.</a> Nat Biotechnol. 31 (12), 1102-1110 (2013).</li><li>Wang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mining+drug-disease+relationships+as+a+complement+to+medical+genetics-based+drug+repositioning:+Where+a+recommendation+system+meets+genome-wide+association+studies.">Mining drug-disease relationships as a complement to medical genetics-based drug repositioning: Where a recommendation system meets genome-wide association studies.</a> Clin Pharmacol Ther. 97 (5), 451-454 (2015).</li><li>Sanseau, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+genome-wide+association+studies+for+drug+repositioning.">Use of genome-wide association studies for drug repositioning.</a> Nat Biotechnol. 30 (4), 317-320 (2012).</li><li>Xu, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Validating+drug+repurposing+signals+using+electronic+health+records:+a+case+study+of+metformin+associated+with+reduced+cancer+mortality.">Validating drug repurposing signals using electronic health records: a case study of metformin associated with reduced cancer mortality.</a> J Am Med Inform Assoc. 22 (1), 179-191 (2015).</li></ol>

The authors declare that they have no competing financial interests.

The protocol described here for the RE:fine Drugs interactive dashboard can be modified in different ways according to the user's preferences. This method uniquely integrates GWAS and PheWAS data as a novel paradigm underlying drug repurposing hypothesis generation. Specifically, this system provides access to both 52,966 PheWAS associations and 7,945 GWAS associations with advanced options to filter the results by the study type, effect size and/or significance level. Another advantage of this method over existing computational drug repurposing tools is that queries may be made from drug, gene or disease perspectives. 
There are several limitations to this method. Currently, the PheWAS data is limited to primarily adult patient population from five institutions contained in the Electronic Medical Records and Genomics (eMERGE) network with a mean age of 69.5 years 12. Additionally, the "repurposing potential" feature uses co-occurrence of search terms in Medline abstracts as one of its criteria. It is well known that text mining methods using co-occurrence have limitations with respect to syntactical structure and literature bias. Thus, we recommend this feature be used as a starting point to explore the potential novelty and/or evidence supporting specific drug repurposing hypotheses and recommend additional investigation into the biomedical literature and clinical trial databases. 
Future directions for this work not described here would be to extend this database to additional sources of GWAS and PheWAS data as they become available. Similar efforts to systematically translate results from large-scale GWAS studies into drug repurposing hypotheses have been previously published 9,13-14. It may be useful to compare these different workflows to predict drug candidates from GWAS data in future studies. Additionally, several other methods exist to computationally generate drug repurposing hypotheses from different data sources, including: genomics, transcriptomics, chemical structures, drug side effect profiles, as previously summarized 6,11. Future methodological advancements could also include automating drug combination predictions and providing information on drug toxicity to guide follow up studies for drug candidates. 
Furthermore, the hypotheses generated from RE:fine Drugs may be further validated using electronic health records, before initiating clinical trials 15. Finally, future studies will be needed to compare this system to other target-based drug repurposing methods.

Die teure und ineffiziente Prozesse mit traditionellen Entdeckung Ansätze Droge verbunden sind , einschließlich Hochdurchsatz - Wirkstoff und Leitsubstanz - Screening, tragen zu Verzögerungen bei der Übersetzung von 1,2 Forschung Entdeckungen in Therapien für Patienten. Ein Durchschnitt von 1 Milliarde US - Dollar und von 15 bis 20 Jahren ist erforderlich , um das Bett 3 ein neues Medikament von der Bank zu bringen. Ferner scheitern 52% der Medikamente während der Entwicklung in klinischen Phase - 1 - Studien, und nur 25% der Verbindungen , die 4 Phase 2 gehen in die volle Phase 3 der klinischen Studien eintreten. Das Ziel der Drogen Umwidmung oder Drogen Neupositionierung ist gescheitert Drogen zu erneuern und / oder neue Indikationen für zugelassene Medikamente, um neue Therapien für die Patienten schneller und mit einer höheren Erfolgsrate zu liefern, finden. Drug Repurposing kann die Timeline zu verringern , um für 5 bei Patienten von 3-12 Jahren Gebrauch Medikamente zur Verfügung zu stellen. Wichtige medizinische Anwendungen für die Arzneimittel Repurposing sind: Krankheiten mit schlechter prognosist und niedrige Überlebensraten, arzneimittelresistenten Krankheiten, unterfinanziert Krankheit Forschungsbereiche und verarmten und unterversorgte Patientengruppen. Computational Medikament Repurposing wird definiert als der Prozess der Entwicklung und Validierung von automatisierten Workflows , die 6 Hypothesen für neue Indikationen für einen Medikamentenkandidaten generieren können. Bestehende Rechendrogen Repurposing Methoden wurden zielbasierte kategorisiert, wissensbasierte, signaturbasierten, netzwerkbasierte und gezielte-Mechanismus-basierte, und kann von Gen, Krankheit oder Drogen Perspektiven ausgerichtet sein. Darüber hinaus können Rechenansätze weiter Proof-of-Concept - Experimente Validierung beschleunigen und kleine klinische Studien für repurposed Wirkstoffkandidaten 7. Wir haben früher auf &quot;RE: Fein Drugs&quot; berichtet, eine frei verfügbare, interaktive Web-basiertes Tool für die Generierung Medikament Repurposing Hypothese basiert auf der Theorie der transitive Drug-Gene-Krankheit Beziehungen 8. Die Gesamt goal dieser Methode ist es, systematisch verschiedene Arten von Drogen, genetischen und klinischen Daten integrieren Arzneimittel zu ermöglichen, für die Nutzer aus verschiedenen Gemeinden Adaptierung einschließlich klinischer, Industrie und Regulierungs Gemeinden. Die grundlegenden Methoden für dieses System wurden für die Verwendung von genomweiten Assoziationsstudie (GWAS) und phenome weite Assoziationsstudie (PheWAS) Daten in Droge Repurposing Forschung 9,10 zuvor berichtet. Die neuartige Kombination dieser Arten von Daten unterscheidet unser Webtool von anderen zielbasierte Methoden 6,11. Die RE: Fein Drugs System enthält derzeit 60.911 Droge Repurposing Hypothesen Abdeckung 916 Drogen, 567 Gene und 1.770 Erkrankungen. Das Webtool bietet eine benutzerfreundliche Schnittstelle für Forscher interaktiv Hypothesen Droge Umwidmung zu suchen und zu priorisieren sie diverse Kriterien. Zum Beispiel kann der Anwender Medikament Repurposing Hypothesen mit Unterstützung in der biomedizinischen Literatur und klinischen Studien filtern Database signifikante p-Werte, Vereinigungs- Odds Ratios oder durch spezifische Indikationen. Die einzige Voraussetzung für dieses System ist ein Internetzugang.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="797">
	<tbody>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:389px;">Access the homepage for &#8220;RE:fine Drugs&#8221; at the following link: http://drug-repurposing.nationwidechildrens.org.&#160;</td>
			<td style="width:81px;">n/a</td>
			<td style="width:136px;">n/a</td>
			<td style="width:191px;">The only requirement for this system is Internet access</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

drug repurposing hypothesis generation using the "re:fine drugs" system

The promise of drug repurposing is that existing drugs may be used for new disease indications in order to curb the high costs and time for approval. The goal of computational methods for drug repurposing is to enable solutions for safer, cheaper and faster drug discovery. Towards this end, we developed a novel method that integrates genetic and clinical phenotype data from large-scale GWAS and PheWAS studies with detailed drug information on the concept of transitive Drug-Gene-Disease triads. We created "RE:fine Drugs," a freely available, interactive dashboard that automates gene, disease and drug-based searches to identify drug repurposing candidates. This web-based tool supports a user-friendly interface that includes an array of advanced search and export options. Results can be prioritized in a variety of ways, including but not limited to, biomedical literature support, strength and statistical significance of GWAS and/or PheWAS associations, disease indications and molecular drug targets. Here we provide a protocol that illustrates the functionalities available in the "RE:fine Drugs" system and explores the different advanced options through a case study.

In diesem Beispiel wurde das Gen &quot;IL2RB&quot; als ein Gen-Abfrage eingegeben, und wurde als solches durch die auto-fill - Funktion (Abbildung 1) automatisch erkannt. Die zwölf Medikament Repurposing Hypothesen für die IL2RB Gen zurückgegeben werden , wie in Abbildung 2 dargestellt. Detaillierte Informationsseite für ein bestimmtes Medikament Repurposing Hypothese &quot;Daclizumab&quot; in diesem Fall wird aus der Spalte &quot;Info&quot; (Abbildung 3) zur Verfügung gestellt. Die Ergebnisse wurden gefiltert auf die Droge Register von allen Ergebnissen wurde auf die &quot;Daclizumab&quot; Droge entspricht, wie in Abbildung 4 dargestellt. Abbildung 5 zeigt nur die Arzneimittel mit einer bekannten Indikation für die &quot;Transplantation&quot; Krankheit Begriff (Quelle: Drugbank - Datenbank). Der Verband Registerkarte ermöglicht es dem Benutzer SNP-Phänotyp-Beziehungen durch statistische Signifikanz zu filtern (P-Wert) und genetische Effekt Größe (Odds Ratio), als das Verhältnis von der Quote von pr definiertEsence der Krankheit bei Patienten mit einem bestimmten Genotyp (SNP-Allel) über die Chancen der Gegenwart von Krankheiten bei Menschen ohne die SNP-Allel. Abbildung 6 zeigt die Ergebnisse gefiltert unter der Registerkarte Zuordnung innerhalb des P-Wertebereich von 0,000001-0,05. Abbildung 7 zeigt Droge Repurposing Hypothesen spezifisch für &quot;Asthma&quot; auf der Grundlage der neuen Indikationen wir in der Studie gefunden. 8 zeigt Ergebnisse , die unter dem Potential Register durch eine Mindestanzahl von 5 Medline abstracts zu filtern , um eine gleichzeitige Auftreten von Arzneimittel und Krankheits Begriffe enthalten. In diesem Beispiel werden alle Medikamente Ergebnisse unter dem Gen Register für die &quot;IL2RB&quot; Gen gezielt auf die ursprüngliche Abfrage Ausdruck entspricht (Abbildung 9). Schließlich unter der Registerkarte &quot;Aktion&quot; gefilterte Bild 10 zeigt die Ergebnisse alle Medikamente zurück , die als Agonisten auf dem IL2RB Gen handeln. <img alt="Abbildung 1"src = &quot;/ files / ftp_upload / 54948 / 54948fig1.jpg&quot; /&gt; Abbildung 1: Die RE: Fein Drugs interaktive Dashboard - Homepage. Benutzer können eine Abfrage durch die Eingabe eines Medikamentennamen, neue medizinische Indikation oder Gen-Symbol beginnen. Links sind auch für die GWAS und PheWAS Referenzpapiere zur Verfügung gestellt Methoden zur Erzeugung von Drogen Repurposing Hypothesen zu beschreiben. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig1large.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier</a> , um <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig1large.jpg" target="_blank">eine größere Version dieser Figur zu sehen.</a> <img alt="Figur 2" src="/files/ftp_upload/54948/54948fig2.jpg" /> Abbildung 2: Auto-Fill - Funktion für die Suche nach Einträgen. Als Beispiel wurde das Gen Abfrage Begriff &quot;IL2RB&quot; automatisch als Gen Begriff erfasst. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig2large.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier</a> , um <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig2large.jpg" target="_blank">eine größere Version dieser Figur zu sehen.</a> <pclass = &quot;jove_content&quot; fo: keep-together.within-page = &quot;1&quot;&gt; <img alt="Figur 3" src="/files/ftp_upload/54948/54948fig3.jpg" /> Abbildung 3: Drug Repurposing Ergebnistabelle von einem Gen-Abfrage erzeugt (zB IL2RB). Zwölf Medikament Repurposing Hypothesen für die IL2RB Gen produziert. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig3large.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier</a> , um <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig3large.jpg" target="_blank">eine größere Version dieser Figur zu sehen.</a> <img alt="Abbildung 4" src="/files/ftp_upload/54948/54948fig4.jpg" /> Abbildung 4: Informationsseite für einzelne Wirkstoffe aus Ergebnisseite. Ein Klick auf das Symbol aus der Spalte &quot;Info&quot; zeigt detaillierte Informationen für das Medikament Daclizumab. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig4large.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier</a> , um <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig4large.jpg" target="_blank">eine größere Version dieser Figur zu sehen.</a> Abbildung 5: Erweiterte Suchoptionen unter Drogen Tab von einem bestimmten Medikament zu filtern. In diesem Beispiel sind drei Ergebnisse für das Medikament Daclizumab gezeigt. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig5large.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier</a> , um <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig5large.jpg" target="_blank">eine größere Version dieser Figur zu sehen.</a> <img alt="Figur 6" src="/files/ftp_upload/54948/54948fig6.jpg" /> Abbildung 6: Erweiterte Suchoptionen unter Drogen Registerkarte durch eine bestimmte Krankheit Anzeige von der Drugbank Datenbank zu filtern. Alle Medikamente mit einem bekannten Anzeichen für die Krankheit Begriff &quot;Transplantation&quot; gezeigt. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig6large.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier</a> , um <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig6large.jpg" target="_blank">eine größere Version dieser Figur zu sehen.</a> Abbildung 7: Erweiterte Suchoptionen unter Registerkarte Zuordnung von Signifikanzniveau zu filtern. In diesem Fall werden acht Ergebnisse, deren Vereinigung Signifikanzniveau zur Verfügung gestellt fällt in den P-Wertebereich von 0.000001 zu 0,05 liegt. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig7large.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier</a> , um <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig7large.jpg" target="_blank">eine größere Version dieser Figur zu sehen.</a> <img alt="Abbildung 8" src="/files/ftp_upload/54948/54948fig8.jpg" /> Abbildung 8: Erweiterte Suchoptionen unter Krankheit Tab durch eine bestimmte Krankheit Anzeige zu filtern wir in dieser Studie extrahiert. In diesem Beispiel sind vier Ergebnisse für Asthma als neue Verwendung Krankheitsanzeige gezeigt. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig8large.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier einen größeren versi zu sehen</a>auf dieser Figur. <img alt="9" src="/files/ftp_upload/54948/54948fig9.jpg" /> Abbildung 9: Erweiterte Suche Option unter Potenzial Registerkarte Filter durch eine gleichzeitige Auftreten von Drogen und Krankheit Bedingungen in Medline Abstracts. In diesem Beispiel sind vier Ergebnisse gezeigt, die durch eine Mindestanzahl von 5 Medline abstracts enthaltend eine gleichzeitige Auftreten von Arzneimittel und Krankheits Bedingungen unterstützt werden. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig9large.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier</a> , um <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig9large.jpg" target="_blank">eine größere Version dieser Figur zu sehen.</a> <img alt="10" src="/files/ftp_upload/54948/54948fig10.jpg" /> Abbildung 10: Erweiterte Suchoptionen unter Gen Tab von einem spezifischen Gen - Symbol zu filtern, in dem alle Ergebnisse der IL2RB Gen entsprechen , die für die ursprüngliche Abfrage verwendet. In diesem Beispiel werden alle Medikamente Ergebnisseunter dem Gen Register für die &quot;IL2RB&quot; Gen gezielt auf die ursprüngliche Abfrage Begriff entspricht. Erweiterte Suchoptionen im Rahmen der Aktion Registerkarte durch Agonisten Drogen zu filtern nur. In diesem Beispiel sind sechs Ergebnisse für alle Medikamente zurückgeführt, die als Agonisten am IL2RB Gen handeln. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig10large.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier</a> , um <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54948/54948fig10large.jpg" target="_blank">eine größere Version dieser Figur zu sehen.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Drug Repurposing Hypothesis Generation Using the "RE:fine Drugs" System at JoVE.com

Drug Repurposing Hypothesis Generation Using the "RE:fine Drugs" System

Here we describe a protocol using the web-based drug repurposing hypothesis generation tool: "RE:fine Drugs." This protocol can be modified to a user's preferences at the level of the query type (gene, drug or disease) and/or the range of available advanced options.

Drug Repurposing Hypothesengenerierung Mit der &quot;RE: Fein Drugs&quot; System

The promise of drug repurposing is that existing drugs may be used for new disease indications in order to curb the high costs and time for approval. The ...

Research

JoVE Journal

Medicine

Method for Novel Anti-Cancer Drug Development using Tumor Explants of Surgical Specimens

Verfahren zur Novel Anti-Cancer Drug Development mit Tumor Explantate von chirurgischen Proben


The current therapies for malignant glioma have only palliative effect. For therapeutic development, one hurdle is the discrepancy of efficacy determined ...

Forschung

Medizin

Use of Animal Model of Sepsis to Evaluate Novel Herbal Therapies

Die Verwendung Tiermodell für Sepsis zu neuartigen Therapien zu beurteilen Herbal

Sepsis refers to a systemic inflammatory response syndrome resulting from a microbial infection. It has been routinely simulated in animals by several ...

Generation and 3-Dimensional Quantitation of Arterial Lesions in Mice Using Optical Projection Tomography

Generation und 3-Dimensional Quantifizierung der arterielle Läsionen in Mäuse mit optischen Projektionstomographie

The generation and analysis of vascular lesions in appropriate animal models is a cornerstone of research into cardiovascular disease, generating ...

Collection and Extraction of Saliva DNA for Next Generation Sequencing

Sammlung und Extraktion von DNA-Speichel für Next Generation Sequencing

The preferred source of DNA in human genetics research is blood, or cell lines derived from blood, as these sources yield large quantities of high quality ...

Quantification of the Immunosuppressant Tacrolimus on Dried Blood Spots Using LC-MS/MS

Die Quantifizierung des Immunsuppressivums Tacrolimus auf Getrocknetes Blut mittels LC-MS / MS

The calcineurin inhibitor tacrolimus is the cornerstone of most immunosuppressive treatment protocols after solid organ transplantation in the United ...

An In Vitro Dormancy Model of Estrogen-sensitive Breast Cancer in the Bone Marrow: A Tool for Molecular Mechanism Studies and Hypothesis Generation

An In Vitro Dormancy Model of Estrogen-sensitive Breast Cancer in the Bone Marrow: A Tool for Molecular Mechanism Studies and Hypothesis Generation

Ein<em&gt; In-vitro-</em&gt; Winterruhe Model of Östrogen-sensitiven Brustkrebs im Knochenmark: Ein Werkzeug für Molecular Mechanism Studien und Hypothesengenerierung

The study of breast cancer dormancy in the bone marrow is an exceptionally difficult undertaking due to the complexity of the interactions of dormant ...

Generation of Microtumors Using 3D Human Biogel Culture System and Patient-derived Glioblastoma Cells for Kinomic Profiling and Drug Response Testing

Die Erzeugung von Microtumors Mit 3D Human Biogel Kultursystem und Patienten stammGlioblastomZellen für Kinomic Profilieren and Drug Response-Testing

The use of patient-derived xenografts for modeling cancers has provided important insight into cancer biology and drug responsiveness. However, they are ...

Using Multi-fluorinated Bile Acids and In Vivo Magnetic Resonance Imaging to Measure Bile Acid Transport

Using Multi-fluorinated Bile Acids and In Vivo Magnetic Resonance Imaging to Measure Bile Acid Transport

Mit Multi-fluorierten Bile Acids und<em&gt; In Vivo</em&gt; Magnetic Resonance Imaging Maßnahme Gallensäure-Transport

Along with their traditional role as detergents that facilitate fat absorption, emerging literature indicates that bile acids are potent signaling ...

Using Retinal Imaging to Study Dementia

Retinale Bildgebung bei der Demenz zu studieren

The retina offers a unique &#8220;window&#8221; to study pathophysiological processes of dementia in the brain, as it is an extension of the central ...

Studying the Hypothalamic Insulin Signal to Peripheral Glucose Intolerance with a Continuous Drug Infusion System into the Mouse Brain

Studium der Hypothalamus Insulin-Signal an peripheren Glukoseintoleranz mit einem kontinuierlichen Medikament Infusion System in das Gehirn der Maus

Insulin regulates systematic metabolism in the hypothalamus and the peripheral insulin response. An inflammatory reaction in peripheral adipose tissues ...