Name: reliable identification of living dopaminergic neurons in midbrain cultures using rna sequencing and th-promoter-driven egfp expression
Uploaded: 2017-02-10T12:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Reliable Identification of Living Dopaminergic Neurons in Midbrain Cultures Using RNA Sequencing and TH-promoter-driven eGFP Expression at JoVE.com

This work was supported by grants from the U.S. National Institutes of Health (DA017279, AG033954, DA037743), the Michael J. Fox Foundation, and the Caltech Innovation Initiative funding the Millard and Muriel Jacobs Genetics and Genomics Laboratory at the California Institute of Technology. We thank Brian Williams for optimising the RNA-Seq library protocol and for providing assistance. We thank Henry Amrhein for computational training. We thank Barbara J. Wold for the use of her equipment and laboratory space. We thank Igor Antoshechkin for library sequencing, and for facility management.

ملاحظة: تم إجراء جميع التجارب وفقا للمبادئ التوجيهية للرعاية واستخدام الحيوانات التي تقدمها المعاهد الوطنية للصحة، وبروتوكولات تمت الموافقة من قبل لجنة رعاية واستخدام الحيوان المؤسسي في معهد كاليفورنيا للتكنولوجيا. 1. اشتقاق ال...

<ol>
	<li>Henley, B. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptional+regulation+by+nicotine+in+dopaminergic+neurons.">Transcriptional regulation by nicotine in dopaminergic neurons.</a> Biochem Pharmacol. 86 (8), 1074-1083 (2013).</li><li>Marinov, G. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+single-cell+to+cell-pool+transcriptomes:+stochasticity+in+gene+expression+and+RNA+splicing.">From single-cell to cell-pool transcriptomes: stochasticity in gene expression and RNA splicing.</a> Genome Res. 24 (3), 496-510 (2014).</li><li>Kim, D. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+transcriptome+analysis+reveals+dynamic+changes+in+lncRNA+expression+during+reprogramming.">Single-cell transcriptome analysis reveals dynamic changes in lncRNA expression during reprogramming.</a> Cell Stem Cell. 16 (1), 88-101 (2015).</li><li>Ramskold, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Full-length+mRNA-Seq+from+single-cell+levels+of+RNA+and+individual+circulating+tumor+cells.">Full-length mRNA-Seq from single-cell levels of RNA and individual circulating tumor cells.</a> Nat Biotechnol. 30 (8), 777-782 (2012).</li><li>Gertz, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transposase+mediated+construction+of+RNA-seq+libraries.">Transposase mediated construction of RNA-seq libraries.</a> Genome Res. 22 (1), 134-141 (2012).</li><li>Morris, J., Singh, J. M., Eberwine, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptome+analysis+of+single+cells.">Transcriptome analysis of single cells.</a> J Vis Exp. (50), (2011).</li><li>Trapnell, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+gene+and+transcript+expression+analysis+of+RNA-seq+experiments+with+TopHat+and+Cufflinks.">Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks.</a> Nat Protoc. , 562-578 (2012).</li><li>Srinivasan, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Smoking-Relevant+Nicotine+Concentration+Attenuates+the+Unfolded+Protein+Response+in+Dopaminergic+Neurons.">Smoking-Relevant Nicotine Concentration Attenuates the Unfolded Protein Response in Dopaminergic Neurons.</a> The Journal of Neuroscience. 36 (1), 65-79 (2016).</li><li>Henderson, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Menthol+Alone+Upregulates+Midbrain+nAChRs,+Alters+nAChR+Subtype+Stoichiometry,+Alters+Dopamine+Neuron+Firing+Frequency,+and+Prevents+Nicotine+Reward.">Menthol Alone Upregulates Midbrain nAChRs, Alters nAChR Subtype Stoichiometry, Alters Dopamine Neuron Firing Frequency, and Prevents Nicotine Reward.</a> J Neurosci. 36 (10), 2957-2974 (2016).</li><li>Gong, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+gene+expression+atlas+of+the+central+nervous+system+based+on+bacterial+artificial+chromosomes.">A gene expression atlas of the central nervous system based on bacterial artificial chromosomes.</a> Nature. 425 (6961), 917-925 (2003).</li><li>Kim, J., Henley, B. M., Kim, C. H., Lester, H. A., Yang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Incubator+embedded+cell+culture+imaging+system+(EmSight)+based+on+Fourier+ptychographic+microscopy.">Incubator embedded cell culture imaging system (EmSight) based on Fourier ptychographic microscopy.</a> Biomed Opt Express. (8), 3097-3110 (2016).</li><li>Lammel, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity+of+transgenic+mouse+models+for+selective+targeting+of+midbrain+dopamine+neurons.">Diversity of transgenic mouse models for selective targeting of midbrain dopamine neurons.</a> Neuron. 85 (2), 429-438 (2015).</li><li>Wang, Z., Gerstein, M., Snyder, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA-Seq:+a+revolutionary+tool+for+transcriptomics.">RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics.</a> Nat Rev Genet. 10 (1), 57-63 (2009).</li><li>Dryanovski, D. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Calcium+entry+and+alpha-synuclein+inclusions+elevate+dendritic+mitochondrial+oxidant+stress+in+dopaminergic+neurons.">Calcium entry and alpha-synuclein inclusions elevate dendritic mitochondrial oxidant stress in dopaminergic neurons.</a> J Neurosci. 33 (24), 10154-10164 (2013).</li><li>Kimm, T., Khaliq, Z. M., Bean, B. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+Regulation+of+Action+Potential+Shape+and+Burst-Frequency+Firing+by+BK+and+Kv2+Channels+in+Substantia+Nigra+Dopaminergic+Neurons.">Differential Regulation of Action Potential Shape and Burst-Frequency Firing by BK and Kv2 Channels in Substantia Nigra Dopaminergic Neurons.</a> J Neurosci. 35 (50), 16404-16417 (2015).</li></ol>

نحن هنا عزل الخلايا واحد من السكان غير متجانسة باستخدام علامة فلوري، ثم دراسة كل خلية مع وحيدة الخلية RNA وما يليها. نفيدكم أن 100٪ من خلايا TH-EGFP حية أننا حصادها والتسلسل كانت الخلايا العصبية الدوبامين في الواقع، على أساس وجود ثلاث نسخ الجينات المرتبطة DA التالية، TH، DDC وs...

مرض باركنسون (PD) هو، اضطراب الاعصاب عضال المرتبطة بالعمر. سبب هذا الاضطراب شائع نسبيا لا تزال غير مفهومة. هناك خسارة واسعة النطاق العصبية في جميع أنحاء الدماغ، مع انحطاط الخلايا العصبية وضوحا من الخلايا العصبية الدوبامين في المادة السوداء (SNC)، مما يؤدي إلى مظاهر سريرية التشخيص من بطء الحركة والجمود والهزة. الثقافات المختلطة الابتدائية التي تحتوي على SNC الخلايا العصبية الدوبامين هي ذات الصلة وخاصة لمرض الشلل الرعاش. قد تورطت بطني السقيفية المنطقة (VTA) الخلايا العصبية الدوبامين في الثواب والإدمان. بطني الدماغ المتوسط ​​(VM) الابتدائية الثقافات الجنينية مختلطة تحتوي على كل SNC وVTA الدوبامين (DA) الخلايا العصبية والخلايا العصبية GABAergic. يمكن VM الثقافات الأولية أن تكون مفيدة لفحوصات العصبية ولإلقاء الضوء على ضعف انتقائي من الخلايا العصبية الدوبامين. لا توجد وسيلة يمكن الاعتماد عليها لتحديد الخلايا الدوبامين في ثقافة تقوم على التشكل. هوإعادة نطور تقنيات لتحديد وحصاد الخلايا العصبية الدوبامين واحدة، وبناء وحيدة الخلية، وارتفاع العائد المكتبات RNA التسلسل. نحن إبلاغ بيانات الحمض النووي الريبي Transcriptome على تمثيلية للالدوبامين واحد والخلايا العصبية GABAergic معزولة عن الثقافات الدماغ المتوسط. هذا البروتوكول يمكن استخدامها لالعصبية، التنكس العصبي، والمقايسات الدوائية لدراسة آثار العلاجات المختلفة على Transcriptome على DA / GABA. لأن الخلايا العصبية الدوبامين تمثل أقلية صغيرة من الخلايا العصبية التي أعرب عنها في الثقافات VM الأولية، فإن القدرة على تحديد موثوق هذه الخلايا العصبية في الثقافات التي تعيش تمكين مجموعة محسنة من الدراسات وحيدة الخلية. وهذه التقنيات الجديدة تسهيل التقدم في فهم الآليات التي تجري على المستوى الخلوي، ويمكن أن تكون لها تطبيقات في أماكن أخرى في مجالات علم الأعصاب وعلم الأحياء الجزيئي.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="921">
	<tbody>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:395px;">Papain</td>
			<td style="width:241px;">Worthington Biochemical Corporation&#160;</td>
			<td style="width:108px;">LS003126</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Hanks&#8217; Balanced Salt Solution (HBSS), 1X</td>
			<td style="width:241px;">Gibco&#160;</td>
			<td style="width:108px;">14175-095</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Donor Equine Serum</td>
			<td style="width:241px;">Thermo Scientific&#160;</td>
			<td style="width:108px;">SH30074.03</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Bovine Serum Albumin (BSA)</td>
			<td style="width:241px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:108px;">A7030-50G</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Medium: Neurobasal medium</td>
			<td style="width:241px;">Gibco&#160;</td>
			<td style="width:108px;">21103-049</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:395px;">Culture media that contains a stabilized form of L-glutamine, L-alanyl-L-glutamine: GlutaMAX</td>
			<td style="width:241px;">Gibco&#160;</td>
			<td style="width:108px;">35050-061</td>
			<td style="width:177px;">0.5 mM final concentration.</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">L-Ascorbic acid</td>
			<td style="width:241px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:108px;">A7506</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:395px;">B27</td>
			<td style="width:241px;">Gibco&#160;</td>
			<td style="width:108px;">17504-044</td>
			<td style="width:177px;">50 X stock solution, 1 X final concentration.</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">35 mm glass bottom dishes</td>
			<td style="width:241px;">MatTek&#160;&#160;</td>
			<td style="width:108px;">P35GC-1.5-10-C</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Poly-L-Ornithine</td>
			<td style="width:241px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:108px;">P4957</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:395px;">Laminin</td>
			<td style="width:241px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:108px;">L2020</td>
			<td style="width:177px;">Stored at -20&#176;C in 20 &#181;L aliquots</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Deoxyribonuclease I (DNase)</td>
			<td style="width:241px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:108px;">DN25</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Blue pipette tips</td>
			<td style="width:241px;">Sorenson Bioscience,</td>
			<td style="width:108px;">&#160;Inc. 10130</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">P1000</td>
			<td style="width:241px;"></td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">10 mm shallow Petri dish</td>
			<td style="width:241px;">VWR&#160;</td>
			<td style="width:108px;">25384-324</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">37&#176;C Water bath</td>
			<td style="width:241px;"></td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">37&#176;C, 5% humidity incubator</td>
			<td style="width:241px;"></td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">16% paraformaldehyde (PFA)</td>
			<td style="width:241px;">Electron Microscopy Sciences&#160;</td>
			<td style="width:108px;">15710</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Triton X-100</td>
			<td style="width:241px;">Sigma</td>
			<td style="width:108px;">&#160;X100-500ML</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:395px;">Donkey serum</td>
			<td style="width:241px;">Equitech&#160;</td>
			<td style="width:108px;">SD-0100HI</td>
			<td style="width:177px;">100% stock solution, 1% final concentration.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Standard Pattern surgical scissors</td>
			<td style="width:241px;">Fine Science Tools</td>
			<td style="width:108px;">14000-14</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Forceps - 2x3 teeth</td>
			<td style="width:241px;">Fine Science Tools</td>
			<td style="width:108px;">11022-14</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Forceps - Dumont #55</td>
			<td style="width:241px;">Fine Science Tools</td>
			<td style="width:108px;">11295-51</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Forceps - Dumont #5</td>
			<td style="width:241px;">Fine Science Tools</td>
			<td style="width:108px;">11252-23</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">10X PBS, pH 7.4</td>
			<td style="width:241px;">Gibco&#160;</td>
			<td style="width:108px;">70011-044</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Dulbecco&#39;s Phosphate Buffered solution (DPBS) 1X</td>
			<td style="width:241px;">Gibco</td>
			<td style="width:108px;">14190-144</td>
			<td style="width:177px;">500 ml&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">21 guage needle&#160;</td>
			<td style="width:241px;">BD PrecisionGlide Needle</td>
			<td style="width:108px;">305167</td>
			<td style="width:177px;">100 needles</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Micropipette puller</td>
			<td style="width:241px;">Sutter Instrument.</td>
			<td style="width:108px;">model P-87</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Micromanipulator&#160;</td>
			<td style="width:241px;">Sutter Instrument</td>
			<td style="width:108px;">&#160;MP-285</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:395px;">Sequencing Kit: SMARTer Ultra Low RNA Kit for Illumina Sequencing</td>
			<td style="width:241px;">Clontech</td>
			<td style="width:108px;">634936</td>
			<td style="width:177px;">100rnxs,incl Advantage2PCR Kit</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:395px;">oligonucleotide (12 &#181;M): SMARTer IIA oligonucleotide (12 &#181;M)</td>
			<td style="width:241px;"></td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;">From the SMARTer Kit&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Reverse transcriptase (100 units)</td>
			<td style="width:241px;">SMARTcribe reverse transcriptase</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;">From the SMARTer Kit&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Primer 1</td>
			<td style="width:241px;">3&#8217; CDSIIa primer&#160;</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;">From the SMARTer Kit</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Primer 2</td>
			<td style="width:241px;">IS PCR primer</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;">From the SMARTer Kit</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">50X 2 polymerase mix</td>
			<td style="width:241px;">50X Advantage 2 polymerase mix</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;">From the SMARTer Kit</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">10X PCR buffer</td>
			<td style="width:241px;">10X Advantage 2 PCR buffer</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;">From the SMARTer Kit</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">RNA Spikes</td>
			<td style="width:241px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:108px;">4456740</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">PCR cooler rack</td>
			<td style="width:241px;">IsoFreeze PCR cooler rack.</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">DNA Sample Preparation Kit&#160;</td>
			<td style="width:241px;">(Illumina/Nextera) Nexter</td>
			<td style="width:108px;">FC-121-1030</td>
			<td style="width:177px;">24 Samples</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">PCR master mix</td>
			<td style="width:241px;">Nextera PCR master mix (NPM)</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;">From the Nextera Kit&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">PCR primer cocktail (PPC)&#160;</td>
			<td style="width:241px;">Nextera PCR primer cocktail (PPC)&#160;</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;">From the Nextera Kit</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Fluorometer</td>
			<td style="width:241px;">The Qubit ThermoFisher</td>
			<td style="width:108px;">Q33216</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">HS DNA BioAnalyzer kit</td>
			<td style="width:241px;">Agilent</td>
			<td style="width:108px;">5067-4626</td>
			<td style="width:177px;">110rxns</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Electrophoresis system&#160;</td>
			<td style="width:241px;">Agilent 2100 Bioanalyzer.</td>
			<td style="width:108px;">G2938C</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Magnetic beads: Agencourt AMPure&#160;</td>
			<td style="width:241px;">Beckman Coulter</td>
			<td style="width:108px;">A63880</td>
			<td style="width:177px;">5ml</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">RNAse wipe: RNAse Zap wipes</td>
			<td style="width:241px;">Ambion</td>
			<td style="width:108px;">AM9786</td>
			<td style="width:177px;">Size 100 Sheets</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Qubit ds HS Assay Kit</td>
			<td style="width:241px;">Molecular probes&#160;</td>
			<td style="width:108px;">Q32854</td>
			<td style="width:177px;">500 assays</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Gel extraction kit: Qiaquick Gel Extraction Kit</td>
			<td style="width:241px;">Qiagen&#160;</td>
			<td style="width:108px;">28704</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Glass capillary tubing</td>
			<td style="width:241px;">(Kimax-51, 1.5&#8211;1.8 mm o.d.)</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Microforge</td>
			<td style="width:241px;">Narishige (or equivalent)&#160;</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Sequencer</td>
			<td style="width:241px;">Illumina HiSeq instrument</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="80">
			<td height="80" style="height:80px;width:395px;">GENSAT tyrosine hydroxylase-eGFP mouse strain&#160;</td>
			<td style="width:241px;"></td>
			<td style="width:108px;">MMRRC stock number: 000292-UNC</td>
			<td style="width:177px;">Stock Tg(Th-EGFP)DJ76Gsat/Mutant Mouse Regional Research Center</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

reliable identification of living dopaminergic neurons in midbrain cultures using rna sequencing and th-promoter-driven egfp expression

<html> في مرض باركنسون (PD) هناك فقدان الخلايا العصبية على نطاق واسع في جميع أنحاء الدماغ مع انحطاط وضوحا من الخلايا العصبية الدوبامين في المجلس الوطني السوري، مما يؤدي إلى بطء الحركة، وصلابة، والزلزال. تحديد يعيشون الخلايا العصبية الدوبامين في الثقافات الأولية بطني الدماغ المتوسط ​​(VM) باستخدام علامة فلوري يوفر وسيلة بديلة لدراسة الضعف الانتقائي لهذه الخلايا العصبية دون الاعتماد على المناعية للخلايا ثابتة. هنا، نحن عزل، فصل، والثقافة الماوس VM الخلايا العصبية لمدة 3 أسابيع. ثم نحدد الخلايا العصبية الدوبامين في الثقافات باستخدام EGFP مضان (يقودها المروج هيدروكسيلاز التيروزين (TH)). ويتم حصاد الخلايا العصبية الفردية في أنابيب microcentrifuge باستخدام بال micropipettes الزجاج. المقبل، ونحن ليز الخلايا تحصد، وإجراء توليف [كدنا وبوساطة ينقول &quot;tagmentation&quot; لإنتاج خلية واحدة-RNA يليها مكتبات 1، 2،الحمار = &quot;XREF&quot;&gt; 3، 4، 5. بعد اجتياز فحص لمراقبة الجودة، والتسلسل المكتبات وحيدة الخلية ويتم تحليلها لاحقا إلى قياس التعبير الجيني. نفيدكم النتائج Transcriptome على لالدوبامين الفردية والخلايا العصبية GABAergic معزولة عن الثقافات الدماغ المتوسط. نفيدكم أن 100٪ من خلايا TH-EGFP الحية التي تم حصادها والتسلسل كانت الخلايا العصبية الدوبامين. وهذه التقنيات لها تطبيقات واسعة في علم الأعصاب وعلم الأحياء الجزيئي.

نحن هنا نورد بروتوكول لزراعة الخلايا العصبية الدماغ المتوسط بطني من ماوس معربا عن EGFP يقودها تسلسل المروج هيدروكسيلاز التيروزين، حصاد الخلايا العصبية الفلورسنت الفردية من الثقافات، وقياس Transcriptome على RNA وذلك باستخدام الحمض النووي الريبي يليها (...

Watch this Scientific Journal Video about Reliable Identification of Living Dopaminergic Neurons in Midbrain Cultures Using RNA Sequencing and TH-promoter-driven eGFP Expression at JoVE.com

Reliable Identification of Living Dopaminergic Neurons in Midbrain Cultures Using RNA Sequencing and TH-promoter-driven eGFP Expression

في مرض باركنسون (PD)، المادة السوداء (SNC) الخلايا العصبية الدوبامين تتحول، مما يؤدي إلى خلل وظيفي السيارات. نحن هنا نورد بروتوكول لزراعة الخلايا العصبية الدماغ المتوسط ​​بطني من ماوس معربا عن EGFP يقودها تسلسل المروج هيدروكسيلاز التيروزين (TH)، حصاد الخلايا العصبية الفلورسنت الفردية من الثقافات، وقياس Transcriptome على الخاصة بهم باستخدام الحمض النووي الريبي يليها.

تحديد موثوق المعيشة الدوبامين الخلايا العصبية في الدماغ المتوسط ​​الثقافات عن طريق RNA تسلسل وTH يحركها المروج EGFP التعبير

In Parkinson&#39;s Disease (PD) there is widespread neuronal loss throughout the brain with pronounced degeneration of dopaminergic neurons in the SNc, ...

Research

JoVE Journal

Neuroscience

Application of a NMDA Receptor Conductance in Rat Midbrain Dopaminergic Neurons Using the Dynamic Clamp Technique

تطبيق المواصلة NMDA مستقبلات الخلايا العصبية في الدماغ المتوسط ​​الجرذ الدوبامينية باستخدام تقنية المشبك الحيوي

Neuroscientists study the function of the brain by investigating how neurons in the brain communicate. Many investigators look at changes in the ...

Organotypic Slice Cultures of Embryonic Ventral Midbrain: A System to Study Dopaminergic Neuronal Development in vitro

Organotypic Slice Cultures of Embryonic Ventral Midbrain: A System to Study Dopaminergic Neuronal Development in vitro

الثقافات شريحة عضوي النمط من المخ الأوسط بطني الجنينية : نظام لدراسة التنمية متعلق بالخلايا العصبية الدوبامينية في المختبر</em

The  mouse is an excellent model organism to study mammalian brain development due  to the abundance of molecular and genetic data. However, the ...

In ovo Electroporation in Chick Midbrain for Studying Gene Function in Dopaminergic Neuron Development

In ovo Electroporation in Chick Midbrain for Studying Gene Function in Dopaminergic Neuron Development

في Electroporation البيضة في الدماغ المتوسط ​​الفرخ لدراسة وظيفة الجينات في الخلية العصبية الدوبامين التنمية

Dopaminergic neurons located in the ventral midbrain control movement, emotional behavior, and reward mechanisms1-3. The dysfunction of ventral midbrain ...

In ovo Expression of MicroRNA in Ventral Chick Midbrain

In ovo Expression of MicroRNA in Ventral Chick Midbrain

في التعبير البيضة من الرنا الميكروي في بطني الدماغ المتوسط ​​الفرخ

Non-coding RNAs are additional players in regulating gene expression. Targeted in ovo electroporation of specific areas provides a unique tool for spatial ...

Assessing Neurodegenerative Phenotypes in Drosophila Dopaminergic Neurons by Climbing Assays and Whole Brain Immunostaining

Assessing Neurodegenerative Phenotypes in Drosophila Dopaminergic Neurons by Climbing Assays and Whole Brain Immunostaining

تقييم الظواهر الاعصاب في<em&gt; ذبابة الفاكهة</em&gt; الخلايا العصبية الدوبامين عن طريق تسلق فحوصات والجامعة المناعية الدماغ

Drosophila melanogaster is a valuable model organism to study aging and pathological degenerative processes in the nervous system. The advantages of the ...

Primary Culture of Mouse Dopaminergic Neurons

الثقافة الابتدائية من الخلايا العصبية الدوبامين ماوس

Dopaminergic neurons represent less than 1% of the total number of neurons in the brain. This low amount of neurons regulates important brain functions ...

Environmental Modulations of the Number of Midbrain Dopamine Neurons in Adult Mice

التحويرات البيئية لعدد من الدماغ المتوسط ​​الدوبامين العصبية في الفئران الكبار

Long-lasting changes in the brain or &#8216;brain plasticity&#8217; underlie adaptive behavior and brain repair following disease or injury. Furthermore, ...

Isolation, Culture and Long-Term Maintenance of Primary Mesencephalic Dopaminergic Neurons From Embryonic Rodent Brains

العزلة والثقافة وطويل الأجل صيانة الابتدائية الدماغ المتوسط ​​الدوبامين العصبية من المخ الجنينية القوارض

Degeneration of mesencephalic dopaminergic (mesDA) neurons is the pathological hallmark of Parkinson&#8217;s diseae. Study of the biological processes ...

External Excitation of Neurons Using Electric and Magnetic Fields in One- and Two-dimensional Cultures

الإثارة الخارجية من الخلايا العصبية باستخدام المجالات الكهربائية والمغناطيسية في واحدة والثقافات ثنائي الأبعاد

A neuron will fire an action potential when its membrane potential exceeds a certain threshold. In typical activity of the brain, this occurs as a result ...

Determining Cell-surface Expression and Endocytic Rate of Proteins in Primary Astrocyte Cultures Using Biotinylation

تحديد التعبير عن سطح الخلية ومعدل إندوسيتيك من البروتينات في الثقافات أستروسيت الابتدائية باستخدام بيوتينيلاتيون

Cell-surface proteins mediate a wide array of functions. In many cases, their activity is regulated by endocytic processes that modulate their levels at ...

تحديد موثوق المعيشة الدوبامين الخلايا العصبية في الدماغ المتوسط ​​الثقافات عن طريق RNA تسلسل وTH يحركها المروج EGFP التعبير

تحديد موثوق المعيشة الدوبامين الخلايا العصبية في الدماغ المتوسط الثقافات عن طريق RNA تسلسل وTH يحركها المروج EGFP التعبير