Name: reliable identification of living dopaminergic neurons in midbrain cultures using rna sequencing and th-promoter-driven egfp expression
Uploaded: 2017-02-10T12:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Reliable Identification of Living Dopaminergic Neurons in Midbrain Cultures Using RNA Sequencing and TH-promoter-driven eGFP Expression at JoVE.com

This work was supported by grants from the U.S. National Institutes of Health (DA017279, AG033954, DA037743), the Michael J. Fox Foundation, and the Caltech Innovation Initiative funding the Millard and Muriel Jacobs Genetics and Genomics Laboratory at the California Institute of Technology. We thank Brian Williams for optimising the RNA-Seq library protocol and for providing assistance. We thank Henry Amrhein for computational training. We thank Barbara J. Wold for the use of her equipment and laboratory space. We thank Igor Antoshechkin for library sequencing, and for facility management.

注：全ての実験は、国立衛生研究所により提供される動物の管理と使用に関するガイドラインに従って行った、およびプロトコルはカリフォルニア工科大学施設内動物管理使用委員会によって承認されました。 マウス胎児の脳からの初代ドーパミン作動性細胞培養の1導出<ol><li>ソリューションおよび培養培地<ol><li>アスコルビン酸原液の調製<ol><li>アスコルビン酸の352?...

<ol>
	<li>Henley, B. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptional+regulation+by+nicotine+in+dopaminergic+neurons.">Transcriptional regulation by nicotine in dopaminergic neurons.</a> Biochem Pharmacol. 86 (8), 1074-1083 (2013).</li><li>Marinov, G. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+single-cell+to+cell-pool+transcriptomes:+stochasticity+in+gene+expression+and+RNA+splicing.">From single-cell to cell-pool transcriptomes: stochasticity in gene expression and RNA splicing.</a> Genome Res. 24 (3), 496-510 (2014).</li><li>Kim, D. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+transcriptome+analysis+reveals+dynamic+changes+in+lncRNA+expression+during+reprogramming.">Single-cell transcriptome analysis reveals dynamic changes in lncRNA expression during reprogramming.</a> Cell Stem Cell. 16 (1), 88-101 (2015).</li><li>Ramskold, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Full-length+mRNA-Seq+from+single-cell+levels+of+RNA+and+individual+circulating+tumor+cells.">Full-length mRNA-Seq from single-cell levels of RNA and individual circulating tumor cells.</a> Nat Biotechnol. 30 (8), 777-782 (2012).</li><li>Gertz, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transposase+mediated+construction+of+RNA-seq+libraries.">Transposase mediated construction of RNA-seq libraries.</a> Genome Res. 22 (1), 134-141 (2012).</li><li>Morris, J., Singh, J. M., Eberwine, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptome+analysis+of+single+cells.">Transcriptome analysis of single cells.</a> J Vis Exp. (50), (2011).</li><li>Trapnell, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+gene+and+transcript+expression+analysis+of+RNA-seq+experiments+with+TopHat+and+Cufflinks.">Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks.</a> Nat Protoc. , 562-578 (2012).</li><li>Srinivasan, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Smoking-Relevant+Nicotine+Concentration+Attenuates+the+Unfolded+Protein+Response+in+Dopaminergic+Neurons.">Smoking-Relevant Nicotine Concentration Attenuates the Unfolded Protein Response in Dopaminergic Neurons.</a> The Journal of Neuroscience. 36 (1), 65-79 (2016).</li><li>Henderson, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Menthol+Alone+Upregulates+Midbrain+nAChRs,+Alters+nAChR+Subtype+Stoichiometry,+Alters+Dopamine+Neuron+Firing+Frequency,+and+Prevents+Nicotine+Reward.">Menthol Alone Upregulates Midbrain nAChRs, Alters nAChR Subtype Stoichiometry, Alters Dopamine Neuron Firing Frequency, and Prevents Nicotine Reward.</a> J Neurosci. 36 (10), 2957-2974 (2016).</li><li>Gong, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+gene+expression+atlas+of+the+central+nervous+system+based+on+bacterial+artificial+chromosomes.">A gene expression atlas of the central nervous system based on bacterial artificial chromosomes.</a> Nature. 425 (6961), 917-925 (2003).</li><li>Kim, J., Henley, B. M., Kim, C. H., Lester, H. A., Yang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Incubator+embedded+cell+culture+imaging+system+(EmSight)+based+on+Fourier+ptychographic+microscopy.">Incubator embedded cell culture imaging system (EmSight) based on Fourier ptychographic microscopy.</a> Biomed Opt Express. (8), 3097-3110 (2016).</li><li>Lammel, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity+of+transgenic+mouse+models+for+selective+targeting+of+midbrain+dopamine+neurons.">Diversity of transgenic mouse models for selective targeting of midbrain dopamine neurons.</a> Neuron. 85 (2), 429-438 (2015).</li><li>Wang, Z., Gerstein, M., Snyder, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA-Seq:+a+revolutionary+tool+for+transcriptomics.">RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics.</a> Nat Rev Genet. 10 (1), 57-63 (2009).</li><li>Dryanovski, D. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Calcium+entry+and+alpha-synuclein+inclusions+elevate+dendritic+mitochondrial+oxidant+stress+in+dopaminergic+neurons.">Calcium entry and alpha-synuclein inclusions elevate dendritic mitochondrial oxidant stress in dopaminergic neurons.</a> J Neurosci. 33 (24), 10154-10164 (2013).</li><li>Kimm, T., Khaliq, Z. M., Bean, B. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+Regulation+of+Action+Potential+Shape+and+Burst-Frequency+Firing+by+BK+and+Kv2+Channels+in+Substantia+Nigra+Dopaminergic+Neurons.">Differential Regulation of Action Potential Shape and Burst-Frequency Firing by BK and Kv2 Channels in Substantia Nigra Dopaminergic Neurons.</a> J Neurosci. 35 (50), 16404-16417 (2015).</li></ol>

ここでは、単一細胞RNA-seqの各セルを研究、蛍光タグを使用して、不均一な集団から単一細胞を単離。私たちは、私たちが収穫し、配列決定し、ライブTH-EGFP細胞の100％は、次の3つのDA関連遺伝子の転写産物、TH、DDCおよびSLC6A3の存在に基づいて、実際にドーパミン作動性ニューロンであったことを報告しています。 RNA-のSeqによって評価されるように、TH-EGFP陽性細胞のすべては、これらの3つ?...

パーキンソン病（PD）は、不治の、年齢関連神経変性疾患です。この比較的一般的な障害の原因はよくわかっていないままです。脳全体広まっニューロンの損失は緩慢、硬直及び振戦の診断臨床的特徴につながる、黒質におけるドーパミン作動性ニューロンの顕著な神経変性（SNC）と、があります。 SNCドーパミン作動性ニューロンを含む初代混合培養物は、パーキンソン病のために特に関連しています。腹側被蓋領域（VTA）ドーパミン作動性ニューロンは報酬と中毒に関与しています。腹側中脳（VM）の一次混合胚の培養は、SNCとVTAのドーパミン作動性（DA）ニューロン及びGABA作動性ニューロンの両方を含みます。 VM初代培養物は、神経保護アッセイに有用であることができ、ドーパミン作動性ニューロンの選択的脆弱性を明らかにすること。形態に基づいて、培養中のドーパミン作動性細胞を同定する信頼できる方法はありません。彼再我々は特定し、収穫単一ドーパミン作動性ニューロンを、および単一セル、高収量RNAシーケンシングライブラリーを構築するための技術を開発します。 我々は、単一のドーパミン作動性および中脳培養物から単離しGABA作動性ニューロンのための代表的なRNAトランスクリプトームデータを報告しています。このプロトコルは、DA / GABAのトランスクリプトームの様々な治療の効果を研究するため、神経保護、神経変性、および薬理学的アッセイのために使用することができます。ドーパミン作動性ニューロンは、一次VM培養で発現したニューロンの少数を代表しているので、確実に生きている培養物中のこれらのニューロンを同定する能力は、単一細胞研究の強化された範囲を可能にします。これらの新規の技術は、細胞レベルで起こるメカニズムの理解の進歩を促進し、他の場所で神経科学と分子生物学の分野での用途を有することができます。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="921">
	<tbody>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:395px;">Papain</td>
			<td style="width:241px;">Worthington Biochemical Corporation&#160;</td>
			<td style="width:108px;">LS003126</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Hanks&#8217; Balanced Salt Solution (HBSS), 1X</td>
			<td style="width:241px;">Gibco&#160;</td>
			<td style="width:108px;">14175-095</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Donor Equine Serum</td>
			<td style="width:241px;">Thermo Scientific&#160;</td>
			<td style="width:108px;">SH30074.03</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Bovine Serum Albumin (BSA)</td>
			<td style="width:241px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:108px;">A7030-50G</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Medium: Neurobasal medium</td>
			<td style="width:241px;">Gibco&#160;</td>
			<td style="width:108px;">21103-049</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:395px;">Culture media that contains a stabilized form of L-glutamine, L-alanyl-L-glutamine: GlutaMAX</td>
			<td style="width:241px;">Gibco&#160;</td>
			<td style="width:108px;">35050-061</td>
			<td style="width:177px;">0.5 mM final concentration.</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">L-Ascorbic acid</td>
			<td style="width:241px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:108px;">A7506</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:395px;">B27</td>
			<td style="width:241px;">Gibco&#160;</td>
			<td style="width:108px;">17504-044</td>
			<td style="width:177px;">50 X stock solution, 1 X final concentration.</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">35 mm glass bottom dishes</td>
			<td style="width:241px;">MatTek&#160;&#160;</td>
			<td style="width:108px;">P35GC-1.5-10-C</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Poly-L-Ornithine</td>
			<td style="width:241px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:108px;">P4957</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:395px;">Laminin</td>
			<td style="width:241px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:108px;">L2020</td>
			<td style="width:177px;">Stored at -20&#176;C in 20 &#181;L aliquots</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Deoxyribonuclease I (DNase)</td>
			<td style="width:241px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:108px;">DN25</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Blue pipette tips</td>
			<td style="width:241px;">Sorenson Bioscience,</td>
			<td style="width:108px;">&#160;Inc. 10130</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">P1000</td>
			<td style="width:241px;"></td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">10 mm shallow Petri dish</td>
			<td style="width:241px;">VWR&#160;</td>
			<td style="width:108px;">25384-324</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">37&#176;C Water bath</td>
			<td style="width:241px;"></td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">37&#176;C, 5% humidity incubator</td>
			<td style="width:241px;"></td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">16% paraformaldehyde (PFA)</td>
			<td style="width:241px;">Electron Microscopy Sciences&#160;</td>
			<td style="width:108px;">15710</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Triton X-100</td>
			<td style="width:241px;">Sigma</td>
			<td style="width:108px;">&#160;X100-500ML</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:395px;">Donkey serum</td>
			<td style="width:241px;">Equitech&#160;</td>
			<td style="width:108px;">SD-0100HI</td>
			<td style="width:177px;">100% stock solution, 1% final concentration.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Standard Pattern surgical scissors</td>
			<td style="width:241px;">Fine Science Tools</td>
			<td style="width:108px;">14000-14</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Forceps - 2x3 teeth</td>
			<td style="width:241px;">Fine Science Tools</td>
			<td style="width:108px;">11022-14</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Forceps - Dumont #55</td>
			<td style="width:241px;">Fine Science Tools</td>
			<td style="width:108px;">11295-51</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Forceps - Dumont #5</td>
			<td style="width:241px;">Fine Science Tools</td>
			<td style="width:108px;">11252-23</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">10X PBS, pH 7.4</td>
			<td style="width:241px;">Gibco&#160;</td>
			<td style="width:108px;">70011-044</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Dulbecco&#39;s Phosphate Buffered solution (DPBS) 1X</td>
			<td style="width:241px;">Gibco</td>
			<td style="width:108px;">14190-144</td>
			<td style="width:177px;">500 ml&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">21 guage needle&#160;</td>
			<td style="width:241px;">BD PrecisionGlide Needle</td>
			<td style="width:108px;">305167</td>
			<td style="width:177px;">100 needles</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Micropipette puller</td>
			<td style="width:241px;">Sutter Instrument.</td>
			<td style="width:108px;">model P-87</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Micromanipulator&#160;</td>
			<td style="width:241px;">Sutter Instrument</td>
			<td style="width:108px;">&#160;MP-285</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:395px;">Sequencing Kit: SMARTer Ultra Low RNA Kit for Illumina Sequencing</td>
			<td style="width:241px;">Clontech</td>
			<td style="width:108px;">634936</td>
			<td style="width:177px;">100rnxs,incl Advantage2PCR Kit</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:395px;">oligonucleotide (12 &#181;M): SMARTer IIA oligonucleotide (12 &#181;M)</td>
			<td style="width:241px;"></td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;">From the SMARTer Kit&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Reverse transcriptase (100 units)</td>
			<td style="width:241px;">SMARTcribe reverse transcriptase</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;">From the SMARTer Kit&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Primer 1</td>
			<td style="width:241px;">3&#8217; CDSIIa primer&#160;</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;">From the SMARTer Kit</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Primer 2</td>
			<td style="width:241px;">IS PCR primer</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;">From the SMARTer Kit</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">50X 2 polymerase mix</td>
			<td style="width:241px;">50X Advantage 2 polymerase mix</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;">From the SMARTer Kit</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">10X PCR buffer</td>
			<td style="width:241px;">10X Advantage 2 PCR buffer</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;">From the SMARTer Kit</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">RNA Spikes</td>
			<td style="width:241px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:108px;">4456740</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">PCR cooler rack</td>
			<td style="width:241px;">IsoFreeze PCR cooler rack.</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">DNA Sample Preparation Kit&#160;</td>
			<td style="width:241px;">(Illumina/Nextera) Nexter</td>
			<td style="width:108px;">FC-121-1030</td>
			<td style="width:177px;">24 Samples</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">PCR master mix</td>
			<td style="width:241px;">Nextera PCR master mix (NPM)</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;">From the Nextera Kit&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">PCR primer cocktail (PPC)&#160;</td>
			<td style="width:241px;">Nextera PCR primer cocktail (PPC)&#160;</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;">From the Nextera Kit</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Fluorometer</td>
			<td style="width:241px;">The Qubit ThermoFisher</td>
			<td style="width:108px;">Q33216</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">HS DNA BioAnalyzer kit</td>
			<td style="width:241px;">Agilent</td>
			<td style="width:108px;">5067-4626</td>
			<td style="width:177px;">110rxns</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Electrophoresis system&#160;</td>
			<td style="width:241px;">Agilent 2100 Bioanalyzer.</td>
			<td style="width:108px;">G2938C</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Magnetic beads: Agencourt AMPure&#160;</td>
			<td style="width:241px;">Beckman Coulter</td>
			<td style="width:108px;">A63880</td>
			<td style="width:177px;">5ml</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">RNAse wipe: RNAse Zap wipes</td>
			<td style="width:241px;">Ambion</td>
			<td style="width:108px;">AM9786</td>
			<td style="width:177px;">Size 100 Sheets</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Qubit ds HS Assay Kit</td>
			<td style="width:241px;">Molecular probes&#160;</td>
			<td style="width:108px;">Q32854</td>
			<td style="width:177px;">500 assays</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Gel extraction kit: Qiaquick Gel Extraction Kit</td>
			<td style="width:241px;">Qiagen&#160;</td>
			<td style="width:108px;">28704</td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Glass capillary tubing</td>
			<td style="width:241px;">(Kimax-51, 1.5&#8211;1.8 mm o.d.)</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Microforge</td>
			<td style="width:241px;">Narishige (or equivalent)&#160;</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:395px;">Sequencer</td>
			<td style="width:241px;">Illumina HiSeq instrument</td>
			<td style="width:108px;"></td>
			<td style="width:177px;"></td>
		</tr>
		<tr height="80">
			<td height="80" style="height:80px;width:395px;">GENSAT tyrosine hydroxylase-eGFP mouse strain&#160;</td>
			<td style="width:241px;"></td>
			<td style="width:108px;">MMRRC stock number: 000292-UNC</td>
			<td style="width:177px;">Stock Tg(Th-EGFP)DJ76Gsat/Mutant Mouse Regional Research Center</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

reliable identification of living dopaminergic neurons in midbrain cultures using rna sequencing and th-promoter-driven egfp expression

<html>パーキンソン病（PD）で動作緩慢、硬直、振戦につながるのSNcにおけるドーパミン作動性ニューロンの顕著な変性と脳全体広まっ神経細胞の損失があります。蛍光マーカーを使用して、プライマリ腹側中脳（VM）の文化に住んでドーパミン作動性ニューロンの同定は、固定した細胞の免疫染色に頼ることなく、これらのニューロンの選択的脆弱性を研究するための代替方法を提供します。ここでは、単離、解離、および培養マウスVMニューロン3週間。私たちは、その後、（チロシンヒドロキシラーゼ（TH）プロモーターによって駆動される）eGFP蛍光を用いて、培養物中のドーパミン作動性ニューロンを識別します。個々のニューロンは、ガラスマイクロピペットを用いて、マイクロ遠心チューブに回収します。次に、我々は、採取した細胞を溶解し、単一細胞RNA-のSeqライブラリ1、2を生成するために、cDNA合成およびトランスポゾン媒介」tagmentation」を実施しますお尻= &quot;外部参照&quot;&gt; 3、4、5。品質管理チェックを通過した後、単一細胞ライブラリーを配列決定され、その後の分析は、遺伝子発現を測定するために行われます。私たちは、個々のドーパミン作動性および中脳培養物から単離しGABA作動性ニューロンのためのトランスクリプトームの結果を報告します。私たちは、収穫し、配列決定したライブTH-EGFP細胞の100％がドーパミン作動性ニューロンであったことを報告しています。これらの技術は、神経科学および分子生物学において広範な用途を持つことになります。

ここでは、チロシンヒドロキシラーゼプロモーター配列によって駆動されたeGFPを発現するマウスから腹側中脳の神経細胞を培養する培養物から個々の蛍光ニューロンを収穫し、RNA-seqの（ 図1）を使用して、それらのRNAトランスクリプトームを測定するためのプロトコルを報告しています。データを収集し、配列決定したTH-EGFP陽性細胞の100％?...

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Reliable Identification of Living Dopaminergic Neurons in Midbrain Cultures Using RNA Sequencing and TH-promoter-driven eGFP Expression

パーキンソン病（PD）では、黒質（SNC）ドーパミン作動性ニューロンは、運動機能障害につながる、退化します。ここでは、チロシンヒドロキシラーゼ（TH）プロモーター配列によって駆動されるeGFPを発現するマウスから腹側中脳の神経細胞を培養する培養物から個々の蛍光ニューロンを収穫し、RNA-seqのを使用して、それらのトランスクリプトームを測定するためのプロトコルを報告しています。

RNA配列決定およびTH-プロモーター駆動EGFP発現を使用して中脳培養における生活ドーパミン作動性ニューロンの信頼性の高い同定

In Parkinson&#39;s Disease (PD) there is widespread neuronal loss throughout the brain with pronounced degeneration of dopaminergic neurons in the SNc, ...

Research

JoVE Journal

Neuroscience

Application of a NMDA Receptor Conductance in Rat Midbrain Dopaminergic Neurons Using the Dynamic Clamp Technique

ダイナミッククランプ法を用いたラット中脳ドーパミン作動性ニューロンにおけるNMDA受容体のコンダクタンスのアプリケーション

Neuroscientists study the function of the brain by investigating how neurons in the brain communicate. Many investigators look at changes in the ...

Organotypic Slice Cultures of Embryonic Ventral Midbrain: A System to Study Dopaminergic Neuronal Development in vitro

Organotypic Slice Cultures of Embryonic Ventral Midbrain: A System to Study Dopaminergic Neuronal Development in vitro

胚腹側中脳の器官型スライス培養：ドーパミン作動性ニューロンの発達を研究するための体制 in vitroで</em

The  mouse is an excellent model organism to study mammalian brain development due  to the abundance of molecular and genetic data. However, the ...

In ovo Electroporation in Chick Midbrain for Studying Gene Function in Dopaminergic Neuron Development

In ovo Electroporation in Chick Midbrain for Studying Gene Function in Dopaminergic Neuron Development

ドーパミン作動性ニューロンの開発における遺伝子機能を研究するためのニワトリ中脳でのOVOエレクトロポレーションに

Dopaminergic neurons located in the ventral midbrain control movement, emotional behavior, and reward mechanisms1-3. The dysfunction of ventral midbrain ...

In ovo Expression of MicroRNA in Ventral Chick Midbrain

In ovo Expression of MicroRNA in Ventral Chick Midbrain

腹チック中脳マイクロRNAの発現OVO中

Non-coding RNAs are additional players in regulating gene expression. Targeted in ovo electroporation of specific areas provides a unique tool for spatial ...

Assessing Neurodegenerative Phenotypes in Drosophila Dopaminergic Neurons by Climbing Assays and Whole Brain Immunostaining

Assessing Neurodegenerative Phenotypes in Drosophila Dopaminergic Neurons by Climbing Assays and Whole Brain Immunostaining

神経変性表現型を評価する<em&gt;ショウジョウバエ</em&gt;クライミングアッセイによりドーパミン作動性ニューロンと脳全体の免疫染色

Drosophila melanogaster is a valuable model organism to study aging and pathological degenerative processes in the nervous system. The advantages of the ...

Primary Culture of Mouse Dopaminergic Neurons

マウスドーパミン作動性ニューロンの初代培養

Dopaminergic neurons represent less than 1% of the total number of neurons in the brain. This low amount of neurons regulates important brain functions ...

Environmental Modulations of the Number of Midbrain Dopamine Neurons in Adult Mice

成体マウスにおける中脳ドーパミンニューロンの数の環境モジュレーション

Long-lasting changes in the brain or &#8216;brain plasticity&#8217; underlie adaptive behavior and brain repair following disease or injury. Furthermore, ...

Isolation, Culture and Long-Term Maintenance of Primary Mesencephalic Dopaminergic Neurons From Embryonic Rodent Brains

胚性齧歯類の脳から単離、プライマリ脳ドーパミンニューロンの文化と長期メンテナンス

Degeneration of mesencephalic dopaminergic (mesDA) neurons is the pathological hallmark of Parkinson&#8217;s diseae. Study of the biological processes ...

External Excitation of Neurons Using Electric and Magnetic Fields in One- and Two-dimensional Cultures

電気を使用してニューロンと1次元と2次元培養における磁場の外部励起

A neuron will fire an action potential when its membrane potential exceeds a certain threshold. In typical activity of the brain, this occurs as a result ...

Determining Cell-surface Expression and Endocytic Rate of Proteins in Primary Astrocyte Cultures Using Biotinylation

ビオチン化を用いた初代星状細胞培養におけるタンパク質の細胞表面発現およびエンドサイトーシス速度の測定

Cell-surface proteins mediate a wide array of functions. In many cases, their activity is regulated by endocytic processes that modulate their levels at ...