Name: qtl mapping and crispr/cas9 editing to identify a drug resistance gene in toxoplasma gondii
Uploaded: 2017-06-22T12:30:00
Duration: 11 min 37 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about QTL Mapping and CRISPR/Cas9 Editing to Identify a Drug Resistance Gene in Toxoplasma gondii at JoVE.com

हम एल। डेविड सिबली और असीस खान को मूल प्रकाशन में उनके योगदान के लिए धन्यवाद देना चाहते हैं, जिस पर ये प्रोटोकॉल आधारित हैं। यह काम नेशनल इंस्टीट्यूट ऑफ हेल्थ ग्रांट AI108721 द्वारा वित्त पोषित किया गया था।

The authors declare that they have no competing financial interests.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1146">
	<tbody>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">T25 flasks</td>
			<td style="width:168px;">Corning</td>
			<td style="width:301px;">430639</td>
			<td style="width:439px;"></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">HFF</td>
			<td>ATCC</td>
			<td>SCRC-1041</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">T. gondii ME49 strain</td>
			<td>ATCC</td>
			<td>50840</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">T. gondii VAND strain</td>
			<td>ATCC</td>
			<td>PRA-344</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">DMEM (No Sodium Bicarbonate)</td>
			<td>Life Sciences</td>
			<td>12800017</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">Sodium Bicarbonate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S5761</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">HEPES</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>H3375</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">Fetal Bovine Serum Premium Grade</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>97068-085</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">L-Glutamine&#160; 200mM</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>G7513</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">Gentamicin (10 mg/mL)</td>
			<td>Life Technologies&#160;</td>
			<td>15710064</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">Cell Scraper for Flasks</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>10062-904</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">Syringe 10ml</td>
			<td>BD</td>
			<td>309604</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">Blunt needles 22g x 1&#34;</td>
			<td>BRICO Products</td>
			<td>BN2210</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">Nuclepore Filter 3.0 &#181;m, 25mm</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>110612</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">Swin-Lok Filter Holder 25mm</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>420200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">Hemacytometer</td>
			<td>Propper MFG</td>
			<td>90001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">Sinefungin</td>
			<td>Enzo Life Sciences</td>
			<td>380-070-M001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">R&#160;</td>
			<td>The R Foundation</td>
			<td>https://www.r-project.org/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">J/qtl</td>
			<td>The Churchill Group</td>
			<td>http://churchill.jax.org/software/jqtl.shtml</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Bowtie2</td>
			<td>John Hopkins University</td>
			<td colspan="2">http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">NCBI SRA Toolkit</td>
			<td>NCBI</td>
			<td colspan="2">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?view=toolkit_doc</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">SAMtools</td>
			<td>Wellcome Trust Sanger Institute</td>
			<td>http://www.htslib.org/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">VarScan</td>
			<td>Washington University, St Louis</td>
			<td>http://varscan.sourceforge.net/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">MUMmer</td>
			<td>JCVI &#38; Univ Hamburg</td>
			<td>http://mummer.sourceforge.net/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">pSAG1::CAS9-U6::sgUPRT</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>Plasmid #54467</td>
			<td>T. gondii CRISPR plasmid to cut the UPRT gene</td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">pSAG1::CAS9-U6::sg290860-6</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>Plasmid #59855</td>
			<td>T. gondii CRISPR plasmid to cut the TG*_290860 SNR1 gene</td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">pUPRT::DHFR-D</td>
			<td style="width:168px;">Addgene</td>
			<td style="width:301px;">Plasmid #58528</td>
			<td style="width:439px;">Template for DHFR* mini gene</td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">Q5 Site-Directed Mutagenesis Kit&#160;</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>E0552S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">QIAprep Spin Miniprep Kit</td>
			<td>QIAGEN</td>
			<td>27106</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">NanoDrop 2000</td>
			<td style="width:168px;">Thermo Scientific</td>
			<td>ND-2000</td>
			<td style="width:439px;"></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">LB Broth</td>
			<td style="width:168px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:301px;">DF0446-07-5</td>
			<td style="width:439px;"></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">Potassium chloride</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>P9541</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">Calcium chloride</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>746495</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">Potassium phosphate monobasic</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>P9791</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">Potassium phosphate dibasic</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>P5504</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">EDTA</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>E5134</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">Magnesium chloride</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M1028</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">Adenosine triposhpate (ATP)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>A6419</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">L-glutathione (GSH)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>G4251</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:239px;">ECM 830 Electroporation System</td>
			<td>BTX</td>
			<td>45-0002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">Electroporation Cuvette&#160; 4 mm</td>
			<td>Harvard Apparatus</td>
			<td style="width:301px;">45-0126</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">Crytal Violet</td>
			<td>Alfa Aesar</td>
			<td style="width:301px;">B21932-14</td>
			<td style="width:439px;"></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">6-well TC plate</td>
			<td>Corning</td>
			<td style="width:301px;">353046</td>
			<td style="width:439px;"></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">24-well TC plate</td>
			<td>Corning</td>
			<td>353935</td>
			<td style="width:439px;"></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">Cover glass 12mm round</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>89015-724</td>
			<td style="width:439px;"></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;width:239px;">96-well TC plate</td>
			<td>Corning</td>
			<td>353075</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">Gibson Assembly Cloning Kit (Multi-fragment)</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>E5510S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="16">
			<td height="16" style="height:16px;">Q5 High-Fidelity Polymerase&#160;</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0491S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Pyrimethamine</td>
			<td>TCI AMERICA</td>
			<td>P2037-1G</td>
			<td>Use cuation when using pyrimethamine resistant parasites - see Protocol</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

qtl mapping and crispr/cas9 editing to identify a drug resistance gene in toxoplasma gondii

वैज्ञानिक ज्ञान आंतरिक रूप से उपलब्ध तकनीकों और तरीकों से जुड़ा हुआ है। यह आलेख दो तरीके पेश करेगी जो अपिकॉम्पलेक्सान परजीवी टोक्सोप्लाज्मा गोंडी में एक प्रतिरोधी जीवाणु की पहचान और सत्यापन के लिए अनुमति प्रदान करते हैं, एक संपूर्ण जीनोम अनुक्रम (डब्लूजीएस) आधारित आनुवंशिक मानचित्र और पद्धति का उपयोग करते हुए मात्रात्मक विशेषता लोकस (QTL) मैपिंग की विधि क्लस्टर किए गए नियमित नियमित अंतर्सपेड लघु पालिंड्रोमिक दोहराव (सीआरआईएसपीआर) / कैस 9-आधारित जीन एडिटिंग का क्यू एल एल मैपिंग के दृष्टिकोण से एक जांच हो सकती है कि जीनोमिक क्षेत्र (एस) और एक फेनोटाइप के बीच कोई संबंध है या नहीं। एक क्यूटीएल स्कैन चलाने के लिए दो डेटासेट की आवश्यकता होती है, एक रीकॉम्बनेंट क्रॉस की संतान पर आधारित एक आनुवांशिक नक्शा और उस क्रॉस के प्रत्येक संतान में मूल्यांकन किया जाने वाला एक क्वांटिफेएबल फेनोटाइप। ये डेटासेट फिर आर / qtl सॉफ़्टवेयर के साथ संगत होने के लिए स्वरूपित किए जाते हैं जो कि फेनोटाइप से संबंधित महत्वपूर्ण लोकी की पहचान करने के लिए एक क्यूटीएल स्कैन उत्पन्न करता है। यद्यपि यह बहुत खोज w को संकुचित कर सकता हैसंभव उम्मीदवारों की कंडोम, क्यूटीएल के कई क्षेत्रों में जिन जीनों से युक्त जीन को पहचानने की जरूरत होती है। संतान के डब्ल्यूजीएस होने के कारण जीन स्तर पर कारण तंत्रिका प्रतिरोध प्रतिरोध को पहचानना महत्वपूर्ण था। एक बार पहचाने जाने पर, उम्मीदवार के उत्परिवर्तन की जांच नशीली दवाओं के परजीवी आनुवांशिक हेरफेर द्वारा की जा सकती है। आनुवांशिक रूप से टी गोंडी को संशोधित करने के लिए सबसे आसान और कुशल तरीका है सीआरआईएसपीआर / सीएस 9 प्रणाली। इस प्रणाली में केवल 2 घटक शामिल होते हैं, जो एक एकल प्लाज्मिड, एक एकल गाइड आरएनए (जीआरएनए) में जीनोमिक लक्ष्य के पूरक 20 बीपी अनुक्रम युक्त होते हैं और कैस 9 एंडोन्यूक्लेज़ जो लक्ष्य पर एक डबल-स्ट्रैंड डीएनए ब्रेक (डीएसबी) उत्पन्न करता है, मरम्मत जिसमें ब्रेक साइट के आसपास दृश्यों को सम्मिलन या हटाने की अनुमति मिलती है। इस लेख में सीरीएसपीआर / कास 9 आधारित जीनोम संपादन उपकरण का उपयोग करने के लिए विस्तृत प्रोटोकॉल प्रदान करता है ताकि ये साबुन के लिए जिम्मेदार जीन को सत्यापित कर सके और ट्रांसजेनिक परजीवी का निर्माण कर सके।

इस लेख में कई तरीकों का विस्तार किया गया है जिनका इस्तेमाल दवा प्रतिरोध के लिए जिम्मेदार जीन की पहचान के लिए उत्तराधिकार में किया जा सकता है ( चित्रा 1 )। प्रोटोकॉल 1 में बताया गया है कि ME49-FUDR r एक्स VAND-SNF r क्रॉस की 24 संतानों को ड्रग साइनइनफिन के प्रतिरोध के लिए मूल्यांकन किया गया था। आनुवंशिक नक्शा और संतान के एसएनएफ आर फेनोटाइप का प्रयोग करते हुए, एक क्यूटीएल स्कैन आर / Qtl - प्रोटोकॉल 2 ( चित्रा 2 )। इसके परिणामस्वरूप क्रोमोसोम आईएक्स पर लगभग 1 एमबीपी फैला हुआ एक महत्वपूर्ण पीक है। यह इस क्षेत्र में है कि कारण उत्परिवर्तन स्थित है। कारण उत्परिवर्तन की पहचान करने के लिए, डब्ल्यूजीएस ने पढ़ा है कि संतान से बोन्डि 2 - प्रोटोकॉल 3.1 का उपयोग करते हुए VAND-SNF के संदर्भ जीनोम के साथ गठबंधन किया गया था, SNPs को वारसैन mpileup2snp - प्रोटोकॉल 3.2 का उपयोग करते हुए कहा गया था, और वैंड जीनोम में क्यूटीएल लोकस मममार का उपयोग करके पहचान की गई थी - ProtocOl 3.3। क्यूटीएल लोकस के अंदर प्रोजेनी एसएनपी निकाले और स्कैन किए गए थे, जहां एसएनएफ आर संतान में एक एसएनपी और एसएनएफ है, जो संभव नहीं है, क्योंकि संतान एसएनपी VAND-SNF के संदर्भ जीनोम ( चित्रा 3 ) के मुकाबले प्राप्त किए गए थे । केवल एक ही एसएनपी ने इस पैटर्न से मेल खाया है जो एसएएनआर 1 नामित एक पुसी अमीनो एसिड ट्रांसपोर्टर जीन में प्रारंभिक स्टॉप कोडन में परिणाम देता है। पुष्टि है कि एसएनआर 1 एसएनएफ आर प्रतिरोध जीन को सीआरआईएसपीआर / सीएस 9 प्रणाली का उपयोग कर किया गया है। टी। गौंडी जीन संपादन के लिए इंजीनियर एक नया क्रिस्प / कैस 9 प्लाज्मिड बनाया गया था जिसमें जीआरएनए युक्त एसएनआर 1 जीन को एसएनएफ आर उत्परिवर्तन के पास लक्षित किया गया था जो प्रोटैली 4 ( चित्रा 4 ए ) में दिखाया गया था। सीआरआईएसआरआर / कैस 9 प्लाज्मिड को लक्षित एसएनआर 1 को एसएनएफ के डब्ल्यूटीटी परजीवी तनाव में प्रतिरोध किया गया और प्रतिरोधी म्यूटेंट प्राप्त हुए जब पंथ0.3 सुक्ष्ममापी sinefungin में इलाज सीआरआईएसपी / कैस 9 प्लाज्मिड को लक्षित करने के लिए यूपीआरटी के साथ electroporated जब कोई एसएनएफ आर परजीवी प्राप्त नहीं थे। कई एसएनएफ आर क्रिस्प्र म्यूटेंट क्लोन किए गए थे और एसएनआर 1 जीआरएनए लक्ष्य के आसपास का क्षेत्र अनुक्रमित था। प्रत्येक उत्परिवर्ती व्यक्ति में एक इंडेल था जो एसएनआर 1 जीन ( चित्रा 4 बी ) के कोडन अनुक्रम को बाधित करता था। इस पद्धति का उपयोग एनएचईजे ( चित्रा 5) के माध्यम से या एचआर ( चित्रा 6 ) - पूरक फाइल 2 के माध्यम से एसएनआर 1 स्थान में तैयार लक्ष्यीकरण को सम्मिलित करने के लिए भी किया जा सकता है। <img alt="आकृति 1" src="/files/ftp_upload/55185/55185fig1.jpg" /> चित्रा 1: प्रोटोकॉल में उल्लिखित प्रयोगों के लिए योजनाबद्ध कार्यप्रवाह। ME49-FUDR r एक्स VAND-SNF r क्रॉस का उपयोग करते हुए एसएनएफ आर जीन की पहचान और पुष्टि करने में मुख्य कदम उपयुक्त प्रोटोकॉल के संदर्भ में दिखाए गए हैं।उनके लेख <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55185/55185fig1large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े के एक बड़े संस्करण को देखने के लिए कृपया यहां क्लिक करें</a> <img alt="चित्र 2" src="/files/ftp_upload/55185/55185fig2.jpg" /> चित्रा 2: आर / क्यूटीएल एसएनएफ आर फीनोटाइप पर क्यूएलएल स्कैन चलाने के लिए कमान। आज्ञा के अनुसार प्रोटोकॉल 2 में उल्लिखित किए गए थे जो qtl पैकेज का उपयोग करते हुए आर में चलाए गए थे। प्रतिनिधि आदेश और साजिश दिखाए जाते हैं। <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55185/55185fig2large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े के एक बड़े संस्करण को देखने के लिए कृपया यहां क्लिक करें</a> <img alt="चित्र तीन" src="/files/ftp_upload/55185/55185fig3.jpg" /> चित्रा 3: कारण एसएनपी का स्थान प्रोजेनी डब्लूजीएस पढ़ता है, वेंड-एसएनएफ के सन्दर्भ जीनोम को बोटी 2 के साथ गठबंधन किया गया था, एसएनपी को वारस्केन के साथ बुलाया गया था, और इसके अनुरूप<html> मममार के साथ पहचाने गए VAND QTL स्थल क्यूएलएल लोकस के भीतर स्थित एसएनपी एक स्प्रेडशीट में आयात किया गया था और कारण एसएनपी की पहचान की गई थी। एसएनएफ आर संतान (पीला), एसएनएफ एस संतान (हरा), एसएनएफ आर एसएनपी (लाल) ( डेटा फाइल देखें 3 )। <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55185/55185fig3large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े के एक बड़े संस्करण को देखने के लिए कृपया यहां क्लिक करें</a> <img alt="चित्रा 4" src="/files/ftp_upload/55185/55185fig4.jpg" /> चित्रा 4: एसआरआईआर एसएनआर 1 के रूप में एसआरएनआर आर जीआरआई का उपयोग करके सीआरआईएसपीआर / कास 9 की पुष्टि करना । ( ए ) सीआरआईएसपीआर / सीएएसआर 1 लोकस में सीएएसएसआर प्रेरित इंडेल म्यूटेशन (हरा)। ( बी ) एसएनआर 1 में प्रतिनिधि इंडेल्स के कारण दो अलग-अलग एसएनआर 1 विशिष्ट सीआरआईएसपीआर प्लास्मिड (सी 5 और सी 6 क्रमशः) के कारण होता है। आरएच डब्ल्यूटी तनाव है और सी 5 और सी 6 एसएनएफ आर म्यूटेंट हैं। (बी संदर्भ से लिया गया हैS = &quot;xref&quot;&gt; 2)। <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55185/55185fig4large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े के एक बड़े संस्करण को देखने के लिए कृपया यहां क्लिक करें</a> <img alt="चित्रा 5" src="/files/ftp_upload/55185/55185fig5.jpg" /> चित्रा 5. सीआरआईएसपीआर / कास्ड 9 का उपयोग करके सम्मिलितिक उत्परिवर्तन। ( ए ) सीआरआईएसआर / कैस 9 मध्यस्थता वाले साइट-विशिष्ट एकीकरण द्वारा एसएनआर 1 स्थान में पूरक या ट्रांसजेनिक जीनों को सम्मिलित करना । सम्मिलित डीएचएफआर * मिनी जीन और पहचान के लिए इस्तेमाल किए जाने वाले प्राइमरों के दो संभावित अभिविन्यास, एफ 1/2 और आर 1/2 डायग्नोस्टिक पीसीआर में उपयोग किए गए ऑलिगोस की भड़काने वाली जगहों का प्रतिनिधित्व करते हैं। ( बी ) एक snr1 :: डीएचएफआर * क्लोन के डायग्नोस्टिक पीसीआर, आरएच को एक WT नियंत्रण के रूप में उपयोग किया जाता है जीआरए 1 पी के पीसीआर को नियंत्रण के रूप में शामिल किया गया है जो टेम्प्लेट के रूप में जीनोमिक डीएनए की गुणवत्ता की जांच कर रहा है। तारांकन से अनिश्चित बैंड के साथ गलियों का संकेत मिलता है (चित्रा 5 बी संदर्भ से लिया जाता हैसीई 2 ) <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55185/55185fig5large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े के एक बड़े संस्करण को देखने के लिए कृपया यहां क्लिक करें</a> <img alt="चित्रा 6" src="/files/ftp_upload/55185/55185fig6.jpg" /> चित्रा 6: जीआईएन नॉकआउट सीआरआईएसपीआर / कास 9 का प्रयोग कर रहा है। टी । गोन्डी में क्रिस्टीज़ / सीएस 9 मध्यस्थता वाले मौखिक जीन प्रतिस्थापन के लिए एक क्लासिक डिजाइन। इस मामले में सम्मिलित ट्रांसजीन की स्थिति तय हो गई है। एफ 1 / आर 1, एफ 2 / आर 2 और एफ 3 / आर 3 डायग्नोस्टिक पीसीआर में इस्तेमाल किए गए ऑलिगोस की भड़काने की जगहों का प्रतिनिधित्व करते हैं। <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55185/55185fig6large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े के एक बड़े संस्करण को देखने के लिए कृपया यहां क्लिक करें</a> डेटा फ़ाइल 1: ME49-FUDR r एक्स VAND-SNF r क्रॉस फ़ाइल चया आर / qtl, &quot;csv&quot; प्रारूप में उपयोग करें। एक। Csv फ़ाइल जिसे प्रारूप = &quot;csv&quot; विकल्प के साथ आर / qtl में लोड किया जा सकता है। <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55185/Data_File_1.csv" target="_blank">कृपया इस फाइल को डाउनलोड करने के लिए यहां क्लिक करें।</a> डेटा फ़ाइल 2: (chrid txt, जीनोटाइप txt, markerpos.txt, mname.txt, phenonames.txt, और phenos.txt)। एमई 4 9-एफयूडीआर आर एक्स वैंड-एसएनएफ़ आर क्रॉस फाइल आर / क्यूटीएल, &quot;गैरी&quot; प्रारूप में उपयोग के लिए। छह .txt फ़ाइलें जो प्रारूप = &quot;गैरी&quot; विकल्प के साथ आर / qtl में लोड हो सकती हैं <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55185/Data_File_2.zip" target="_blank">कृपया इस फाइल को डाउनलोड करने के लिए यहां क्लिक करें।</a> डेटा फ़ाइल 3. एसएनएफ आर के पार प्रोजी SNPs के साथ स्प्रेडशीट <stronजी&gt; क्यूटीएल लोकस इसमें संतान एसएनपी के साथ एक वर्कशीट और क्रॉस के माता-पिता और संतानों के फेनोटाइपिक डेटा के साथ एक दूसरा वर्कशीट शामिल है। <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55185/Data_File_3.xlsx" target="_blank">कृपया इस फाइल को डाउनलोड करने के लिए यहां क्लिक करें।</a> पूरक फ़ाइल 1: अतिरिक्त प्रोटोकॉल विवरण। <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55185/Supplementary_File_1_-_101916.docx" target="_blank">कृपया इस फाइल को डाउनलोड करने के लिए यहां क्लिक करें।</a> पूरक फ़ाइल 2: प्रोटोकॉल 5 - जेनेटिक कॉम्प्लेमेंटेशन या ट्रांसजेनिक तनाव निर्माण के लिए एसएनआर 1 लोकस में नकारात्मक चयन का उपयोग । <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55185/Supplementary_File_2_-_101916.docx" target="_blank">कृपया इस फाइल को डाउनलोड करने के लिए यहां क्लिक करें।</a></a>

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QTL Mapping and CRISPR/Cas9 Editing to Identify a Drug Resistance Gene in Toxoplasma gondii

विवरण कैसे प्रस्तुत किया जाता है कि कैसे संपूर्ण जीनोम अनुक्रम आधारित आनुवंशिक मानचित्र के साथ QTL मैपिंग का प्रयोग टोक्सोप्लाज्मा गोंडी में एक दवा प्रतिरोध जीन की पहचान के लिए किया जा सकता है और यह कैसे CRISPR / Cas9 प्रणाली से सत्यापित किया जा सकता है, जो इस मामले में कुशलता से जीनोमिक लक्ष्य का संपादन करता है दवा प्रतिरोध जीन

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The CRISPR/Cas9 genome engineering system has revolutionized biology by allowing for precise genome editing with little effort. Guided by a single guide ...

A Standard Methodology to Examine On-site Mutagenicity As a Function of Point Mutation Repair Catalyzed by CRISPR/Cas9 and SsODN in Human Cells

एक मानक पद्धति पर जांच करने के लिए साइट Mutagenicity के एक समारोह के रूप में बिंदु उत्परिवर्तन मरंमत Catalyzed द्वारा CRISPR/Cas9 और SsODN मानव कोशिकाओं में

Combinatorial gene editing using CRISPR/Cas9 and single-stranded oligonucleotides is an effective strategy for the correction of single-base point ...

Microinjection of CRISPR/Cas9 Protein into Channel Catfish, Ictalurus punctatus, Embryos for Gene Editing

Microinjection of CRISPR/Cas9 Protein into Channel Catfish, Ictalurus punctatus, Embryos for Gene Editing

Microinjection CRISPR/Cas9 प्रोटीन की चैनल कैटफ़िश, Ictalurus punctatus, जीन संपादन के लिए भ्रूण

The complete genome of the channel catfish, Ictalurus punctatus, has been sequenced, leading to greater opportunities for studying channel catfish gene ...

Efficient Production and Identification of CRISPR/Cas9-generated Gene Knockouts in the Model System Danio rerio

Efficient Production and Identification of CRISPR/Cas9-generated Gene Knockouts in the Model System Danio rerio

मॉडल प्रणाली ढाणियो rerio में कुशल उत्पादन और CRISPR/Cas9 जनित जीन नॉकआउट की पहचान

Characterization of the clustered, regularly interspaced, short, palindromic repeat (CRISPR) system of Streptococcus pyogenes has enabled the development ...

Highly Efficient Gene Disruption of Murine and Human Hematopoietic Progenitor Cells by CRISPR/Cas9

Murine और मानव टेम जनक कोशिकाओं के अत्यधिक कुशल जीन व्यवधान CRISPR द्वारा Cas9/

Advances in the hematopoietic stem cell (HSCs) field have been aided by methods to genetically engineer primary progenitor cells as well as animal models. ...

CRISPR/Cas9 Gene Editing to Make Conditional Mutants of Human Malaria Parasite P. falciparum

CRISPR/Cas9 Gene Editing to Make Conditional Mutants of Human Malaria Parasite P. falciparum

CRISPR/Cas9 जीन संपादन मानव मलेरिया परजीवी पी. फाल्सीपेरम की सशर्त म्यूटेंट बनाने के लिए

Malaria is a significant cause of morbidity and mortality worldwide. This disease, which primarily affects those living in tropical and subtropical ...

CRISPR/Cas9 Ribonucleoprotein-mediated Precise Gene Editing by Tube Electroporation

CRISPR/Cas9 Ribonucleoप्रोटीन-मध्यस्थ सटीक जीन संपादन द्वारा ट्यूब इलेक्ट्रोपोरेशन

Gene editing nucleases, represented by CRISPR-associated protein 9 (Cas9), are becoming mainstream tools in biomedical research. Successful delivery of ...

Introducing a Gene Knockout Directly Into the Amastigote Stage of Trypanosoma cruzi Using the CRISPR/Cas9 System

Introducing a Gene Knockout Directly Into the Amastigote Stage of Trypanosoma cruzi Using the CRISPR/Cas9 System

एक जीन नॉकआउट का परिचय सीधे Trypanosoma cruzi के Amastigote चरण में CRISPR/Cas9 प्रणाली का उपयोग

Trypanosoma cruzi is a pathogenic protozoan parasite that causes Chagas&#8217; disease mainly in Latin America. In order to identify a novel drug target ...

Investigation of the Transcriptional Role of a RUNX1 Intronic Silencer by CRISPR/Cas9 Ribonucleoprotein in Acute Myeloid Leukemia Cells

Investigation of the Transcriptional Role of a RUNX1 Intronic Silencer by CRISPR/Cas9 Ribonucleoprotein in Acute Myeloid Leukemia Cells

तीव्र माइलॉयड ल्यूकेमिया कोशिकाओं में CRISPR/Cas9 Ribonucleoप्रोटीन द्वारा एक RUNX1 Intronic साइलेंसर की ट्रांसक्रिप्शनल भूमिका की जांच

The bulk of the human genome (~98%) is comprised of non-coding sequences. Cis-regulatory elements (CREs) are non-coding DNA sequences that contain binding ...

CRISPR-Cas9-Mediated Genome Editing in the Filamentous Ascomycete Huntiella omanensis

CRISPR-Cas9-Mediated Genome Editing in the Filamentous Ascomycete Huntiella omanensis

CRISPR-Cas9-मध्यस्थता जीनोम संपादन में फिलामेंटस Ascomycete व्याईला ओमानेन्सिस

The CRISPR-Cas9 genome editing system is a molecular tool that can be used to introduce precise changes into the genomes of model and non-model species ...