Name: using synthetic biology to engineer living cells that interface with programmable materials
Uploaded: 2017-03-09T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Using Synthetic Biology to Engineer Living Cells That Interface with Programmable Materials at JoVE.com

המחברים בתודה להכיר תמיכה בפרס FA9550-13-1-0108 מלשכת חיל האוויר של המחקר המדעי של ארה&quot;ב. המחברים גם מכירים תמיכה מן הפרס N00014-15-1-2502 מן משרד המחקר של הצי של ארה&quot;ב, מימון מהמכון לטכנולוגיה קריטית ומדע יישומי במכון הפוליטכני וירג&#39;יניה סטייט, ומן מחקר לתארים מתקדמים הקרן הלאומית למדע אחוות תוכנית, מספר הפרסים 1,607,310.

1. מדיה והכנה תרבות <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כן lysogeny מרק (LB) בתקשורת על ידי ערבוב 25 גרם של מניית אבקת LB עם 1 ליטר של deionized (DI) מי מעוקר הפתרון ב 121 מעלות צלזיוס במשך 20 דקות לעקר. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי להכין צלח?...

<ol>
	<li>Zhang, R., Heyde, K. C., Scott, F. Y., Paek, S. -. H., Ruder, W. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Programming+Surface+Chemistry+with+Engineered+Cells.">Programming Surface Chemistry with Engineered Cells.</a> ACS Synth. Biol. , (2016).</li><li>Zhou, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reduced+graphene+oxide+films+used+as+matrix+of+MALDI-TOF-MS+for+detection+of+octachlorodibenzo-p-dioxin.">Reduced graphene oxide films used as matrix of MALDI-TOF-MS for detection of octachlorodibenzo-p-dioxin.</a> Chem. Commun. 46, 6974-6976 (2010).</li><li>Pardee, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Low-Cost+Detection+of+Zika+Virus+Using+Programmable+Biomolecular+Components.">Low-Cost Detection of Zika Virus Using Programmable Biomolecular Components.</a> Cell. 165, 1255-1266 (2016).</li><li>B&#228;hring, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Design+and+Sensing+Properties+of+a+Self-Assembled+Supramolecular+Oligomer.">Design and Sensing Properties of a Self-Assembled Supramolecular Oligomer.</a> Chem. Eur. J. 22, 1958-1967 (2016).</li><li>Nicolau Jr, D. V., Armitage, J. P., Maini, P. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Directional+persistence+and+the+optimality+of+run-and-tumble+chemotaxis.">Directional persistence and the optimality of run-and-tumble chemotaxis.</a> Comp. Biol. Chem. 33, 269-274 (2009).</li><li>Du, J., Shao, Z., Zhao, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Engineering+microbial+factories+for+synthesis+of+value-added+products.">Engineering microbial factories for synthesis of value-added products.</a> J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 38, 873-890 (2011).</li><li>Kim, H., Kim, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electric+Field+Control+of+Bacteria-Powered+Microrobots+Using+a+Static+Obstacle+Avoidance+Algorithm.">Electric Field Control of Bacteria-Powered Microrobots Using a Static Obstacle Avoidance Algorithm.</a> IEEE Trans. Rob. 32, 125-137 (2016).</li><li>Gardner, T. S., Cantor, C. R., Collins, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Construction+of+a+genetic+toggle+switch+in+Escherichia+coli.">Construction of a genetic toggle switch in Escherichia coli.</a> Nature. 403, 339-342 (2000).</li><li>Heyde, K. C., Ruder, W. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exploring+Host-Microbiome+Interactions+using+an+in+Silico+Model+of+Biomimetic+Robots+and+Engineered+Living+Cells.">Exploring Host-Microbiome Interactions using an in Silico Model of Biomimetic Robots and Engineered Living Cells.</a> Sci. Rep. 5, 11988 (2015).</li><li>Rice, M. K., Ruder, W. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Creating+biological+nanomaterials+using+synthetic+biology.">Creating biological nanomaterials using synthetic biology.</a> Sci. Tech. Adv. Mater. 15, 014401 (2014).</li><li>Green, N. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Avidin.+3.+The+nature+of+the+biotin-binding+site.">Avidin. 3. The nature of the biotin-binding site.</a> Biochem. J. 89, 599-609 (1963).</li><li>Mesulam, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tetramethyl+benzidine+for+horseradish+peroxidase+neurohistochemistry:+a+non-carcinogenic+blue+reaction+product+with+superior+sensitivity+for+visualizing+neural+afferents+and+efferents.">Tetramethyl benzidine for horseradish peroxidase neurohistochemistry: a non-carcinogenic blue reaction product with superior sensitivity for visualizing neural afferents and efferents.</a> J Histochem. Cytochem. 26, 106-117 (1978).</li><li>Litcofsky, K. D., Afeyan, R. B., Krom, R. J., Khalil, A. S., Collins, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Iterative+plug-and-play+methodology+for+constructing+and+modifying+synthetic+gene+networks.">Iterative plug-and-play methodology for constructing and modifying synthetic gene networks.</a> Nat. Meth. 9, 1077-1080 (2012).</li><li>Gibson, D. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Complete+Chemical+Synthesis,+Assembly,+and+Cloning+of+a+Mycoplasma+genitalium+Genome.">Complete Chemical Synthesis, Assembly, and Cloning of a Mycoplasma genitalium Genome.</a> Science. 319, 1215-1220 (2008).</li><li>Diamandis, E. P., Christopoulos, T. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+biotin-(strept)avidin+system:+principles+and+applications+in+biotechnology.">The biotin-(strept)avidin system: principles and applications in biotechnology.</a> Clin. Chem. 37, 625-636 (1991).</li><li>Nerurkar, L. S., Namba, M., Brashears, G., Jacob, A. J., Lee, Y. J., Sever, J., L, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+detection+of+herpes+simplex+virus+in+clinical+specimens+by+use+of+capture+biotin-streptavidin+enzyme-linked+immunosorbent+assay.">Rapid detection of herpes simplex virus in clinical specimens by use of capture biotin-streptavidin enzyme-linked immunosorbent assay.</a> J. Clin. Micro. 20, 109-114 (1984).</li><li>Cui, Y., Wei, Q., Park, H., Lieber, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nanowire+Nanosensors+for+Highly+Sensitive+and+Selective+Detection+of+Biological+and+Chemical+Species.">Nanowire Nanosensors for Highly Sensitive and Selective Detection of Biological and Chemical Species.</a> Science. 293, 1289-1292 (2001).</li></ol>

הצגנו אסטרטגיה חדשה עבור התממשקות תאים מהונדסים חיים עם משטח חומר פונקציונלי. הדבר זה הושג על ידי פיתוח קו תא מסוגל לסנתז רמות גבוהות של ביוטין כאשר מושרה עם IPTG. הרמות הגבוהות של ביוטין יכולות לשמש כדי לשנות את פני השטח הפונקציונליים. הפרוטוקולים המפורטים כיצד להנדס ...

כאן אנו מדווחים בנהלי פיתוח מצע לתכנות מסוגל להגיב אות כימית מן קו תא מהונדס. 1 אנו עושים זאת על ידי יצירת ממשק streptavidin ביוטין שמגיב ביוטין מיוצר על ידי coli Escherichia המהונדס סינטטי (E. coli) תאים. בעבר, משטחים לתכנות כבר מהונדסים עבור מגוון רחב של יישומים מ זיהוי הרעלן 2 ונקודה של טיפול אבחון 3 עד הגנה וביטחון. 4 בעוד משטחים לתכנות יכולים להיות שימושיים כמו חיישנים ומפעיל, הם יכולים להיעשות &quot;חכמים&quot; על ידי להנחיל להם את היכולת להסתגל לאתגרים סביבתיים שונים. לעומת זאת, אפילו מיקרואורגניזמים פשוטים, כגון E. coli, יש הסתגלות טמונה ומסוגלים להגיב לאתגרים עם פתרונות מתוחכמים ולעתים קרובות בלתי צפויים. הסתגלות זו אפשרה E.אוכלוסיות coli, בשליטת רשתות גנים המורכבים שלהן, חסכונית לחפש משאבים, 5 ליצור מוצרים בעלי ערך מוסף, 6 ואפילו רובוטיקה כוח בקנה מידה מיקרו. 7 על ידי צימוד היתרונות אדפטיבית של תאי חיים עם שימוש משטחים לתכנות, נוכל ליצור מצע חכם מסוגל להגיב לתנאי סביבה שונים. ביולוגיה סינתטית נתן החוקרים יכולות חדשות כדי לתכנת את ההתנהגות של היצורים החיים. באמצעות הנדסה לתאים להכיל רשתות רגולטוריות גן חדש, חוקרים יכולים לעצב תאים כי תערוכה מגוונת של התנהגויות מתוכנות. 8, 9 מעבר מחקר בסיסי, התנהגויות אלו עשויות לשמש ליישומים כגון שליטת הרכבת חומר ביולוגי לייצר מוצרים בעלי ערך מוסף. 10 בזאת, אנו בפירוט כיצד השתמשנו בכלים של ביולוגיה סינתטית כדי engineer זן החיידק כי מסנתז ביוטין על אינדוקציה. זן זה פותח באמצעות שיטות שיבוט אנזים הגבלה להרכיב פלסמיד, pKE1-לאצי-bioB. פלסמיד זה, כאשר הפך K-12 זן E. coli MG1655, מעניק לתאים עם יכולת להביע רמות גבוהות של bioB, אנזים חיוני לסינתזת ביוטין. כאשר תאים שהשתנו היו מושרים עם איזופרופיל β-D-1-thiogalactopyranoside (IPTG) ובתנאי עם מבשר ביוטין, desthiobiotin (DTB), רמות גבוהות של ביוטין יוצרו. האינטראקציה המחייבת של ביוטין עם streptavidin היא אחת איגרות החוב הלא-קוולנטיים החזקים המצויים בטבע. ככזה, האינטראקציה streptavidin ביוטין הוא גם היטב מאופיין והעסיק מאוד בביוטכנולוגיה. 11 בתוך כתב היד הזה, אנו מציגים שתי אסטרטגיות העסקת אינטראקצית streptavidin ביוטין לחוש ולזהות ביוטין בייצור תאים עם משטח פונקציונלי. אָנוּמתייחסים משטחים מנוגדים אלה תוכניות שליטה &quot;עקיפה&quot; ו &quot;ישירה&quot;. בתכנית השליטה העקיפה, ביוטין-מיוצר תא מתחרה עם ביוטין כי כבר מצומדות ו משותק על משטח קלקר streptavidin אתרי קישור. בנוסף, streptavidin הוא מצומדות עם peroxidase חזרת (HRP). HRP משנה 3, 3 &#39;, 5, 5&#39;-tetramethylbenzidine (TMB), להפקת אותות אופטיים, 12 אשר עשוי להיות במעקב על ידי לכימות ספיגת ספקטרלי (כלומר, צפיפות אופטית) ב -450 ננומטר (OD 450). לפיכך, את ערכת השליטה העקיפה מאפשרת לחוקרים למדוד ביוטין בייצור תאים על ידי ניטור attentuation של אות OD 450. ערכת השליטה הישירה מנצלת את האירוע ביוטין-streptavidin על ידי streptavidin משתק ישירות משטח חומר ומאפשר ביוטין תא-פיק biotinylated HRP להתחרות על streptavidin אתרי קישור. שוב,רמות יחסיות של ביוטין בייצור התאים מנוטר על ידי מדידת אות OD 450. יחדיו, התאים המהונדסים משטחים פונקציונליים מאפשרים לנו לשלוט על התכונות של משטח לתכנות על ידי גרימת רשתות בתאים חיים. במילים אחרות, יצרנו מערכת שמנצלת את יכולת ההתאמה של היצורים החיים ואת אמינות מפרט של ממשק חומר מהונדס ידי קישור המערכות הללו יחד.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1072">
	<tbody>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:527px;">LB Broth, Miller&#160;</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">12-795-027</td>
			<td style="width:219px;"></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:527px;">Agar</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">BP9744500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:527px;">Carbenicillin&#160;</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">BP26481</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:527px;">M9, Minimimal Salts, 5X</td>
			<td style="width:209px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:119px;">M6030</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:527px;">Casamino Acids&#160;</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">BP1424-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Magnesium Sulfate, Anhydrous</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">M65-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Calcium Chloride, Dihydrate</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">C79-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Dextrose (D-Glucose), Anhydrous</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">D16-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:527px;">NEB Turbo Cell Line</td>
			<td style="width:209px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:119px;">C2984l</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:527px;">Oligonucleotide Primers</td>
			<td style="width:209px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">N/A</td>
			<td>25N synthesis, DSL purification</td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:527px;">Q5 High-Fidelity Polymerase</td>
			<td style="width:209px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:119px;">M0491S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:527px;">Q5 Reaction Buffer</td>
			<td style="width:209px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:119px;">B9027S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:527px;">dNTP Solution Mix</td>
			<td style="width:209px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:119px;">N0447S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:527px;">Agarose</td>
			<td style="width:209px;">Bioexpress</td>
			<td style="width:119px;">E-3120-125</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:527px;">Ethidium Bromide, 1%</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">BP1302-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Gel Extraction Kits</td>
			<td style="width:209px;">Epoch Biolabs</td>
			<td style="width:119px;">2260250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">GenCatch Plasmid DNA Miniprep Kit</td>
			<td style="width:209px;">Epoch Biolabs</td>
			<td style="width:119px;">2160250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">AatII</td>
			<td style="width:209px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:119px;">R0117S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">SacII</td>
			<td style="width:209px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:119px;">R0157S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">HindIII-HF</td>
			<td style="width:209px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:119px;">R3104S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:527px;">EcoRI-HF</td>
			<td style="width:209px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:119px;">R3101S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:527px;">Cutsmart Buffer</td>
			<td style="width:209px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:119px;">B7204S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:527px;">T4 DNA Ligase</td>
			<td style="width:209px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:119px;">M0202S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:527px;">T4 DNA Ligase Reaction Buffer</td>
			<td style="width:209px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:119px;">B0202S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">ColiRolle Glass Plating Beads&#160;</td>
			<td style="width:209px;">EMD Millipore</td>
			<td style="width:119px;">7101-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Glycerol</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">BP229-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Isopropyl &#946;-D-1-thiogalactopyranoside (IPTG)</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">BP1755-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:527px;">NHS-Desthiobiotin (DTB)</td>
			<td style="width:209px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">16129</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Succinimidyl Trans-4-(maleimidylmethyl) Cyclohexane-1-Carboxylate (SMCC)&#160;</td>
			<td style="width:209px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">S1534</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Dimethyl Sulfoxide (DMSO)&#160;</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">BP231-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Succinimidyl 3-(2-pyridyldithio) Propionate (SPDP)&#160;</td>
			<td style="width:209px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">S1531</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">NHS-LC-LC-biotin</td>
			<td style="width:209px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">21343</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Horseradish Peroxidase (HRP)&#160;</td>
			<td style="width:209px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">31490</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Phosphate Buffered Saline (PBS), 10X Solution</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">BP399500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Streptavidin (SA)&#160;</td>
			<td style="width:209px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">21145</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Bovine Serum Albumin (BSA)</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">BP1600-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Dithiothreitol (DTT)</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">BP172-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Ethylenediaminetetaacetic acid (EDTA)&#160;</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">S311-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Tween 80&#160;</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">T164-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Hydrogen Peroxide</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">H325-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">3, 3&#39;, 5, 5&#39;-tetramethylbenzidine (TMB)</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">AC229280050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Vivaspin 500 Centrifugal Concentrators&#160;</td>
			<td style="width:209px;">Viva Products</td>
			<td style="width:119px;">VS0192</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">Sodium Acetate, Anhydrous</td>
			<td style="width:209px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">BP333-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;">96-Well Polystyrene Plates</td>
			<td style="width:209px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">266120</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

using synthetic biology to engineer living cells that interface with programmable materials

פתחנו ממשק אביוטי-ביוטיים המאפשר תאים מהונדסים לשלוט בתכונות החומר של משטח פונקציונלי. מערכת זו נעשית על ידי יצירת שני מודולים: זן מהונדס סינטטי של תאי חיידק וממשק חומר פונקציונלי. בתוך נייר זה, אנו פרטנו פרוטוקול עבור גנטית הנדסת התנהגויות נבחרות בתוך זן של חיידק באמצעות אסטרטגיות שיבוט מולקולריות. לאחר שפותח, זן זה מייצר רמות גבוהות של ביוטין כאשר הם נחשפים inducer כימי. בנוסף, אנו פרוטוקולי פרט ליצירת שני משטחים פונקציונליים שונים, שכל אחת מהן מסוגלת להגיב ביוטין תא-מסונתז. יחדיו, אנו מציגים מתודולוגיה ליצירה צמודה, מערכת אביוטי-ביוטיים המאפשר מהונדסת תאים לשלוט רכב חומר והרכבה על מצעים דוממים.

תוצאות נציגים מוצגות חמש דמויות המצורפות. ראשית, אנו מציגים את תהליך השיבוט גרפי (איור 1), כך שהקורא יכול חזותי בצע את השלבים הקריטיים ליצירת זן החיידק המהונדס הסינטטי. על מנת לאפיין את הדינמיקה באוכלוסייה של התאים, אנו מספקים עקומת צמי?...

Watch this Scientific Journal Video about Using Synthetic Biology to Engineer Living Cells That Interface with Programmable Materials at JoVE.com

Using Synthetic Biology to Engineer Living Cells That Interface with Programmable Materials

מאמר זה מציג סדרה של פרוטוקולים לפיתוח תאים מהונדסים ומשטחים פונקציונליים המאפשרים מהונדס חיידק סינטטי לשלוט ולטפל משטחי חומר לתכנות.

באמצעות ביולוגיה סינתטית מהנדס תאים חיים המתממשקות חומרים לתכנות

We have developed an abiotic-biotic interface that allows engineered cells to control the material properties of a functionalized surface. This system is ...

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Fluorescence Lifetime Imaging of Molecular Rotors in Living Cells

חיים דימות פלואורסצנטי של הרוטורים מולקולרית בתאים חיים

Diffusion is often an important rate-determining step in chemical reactions or biological processes and plays a role in a wide range of intracellular ...

Bridging the Bio-Electronic Interface with Biofabrication

גישור ממשק ביו אלקטרונית עם Biofabrication

Advancements in lab-on-a-chip technology promise to revolutionize both research and medicine through lower costs, better sensitivity, portability, and ...

Measuring the Mechanical Properties of Living Cells Using Atomic Force Microscopy

מדידת התכונות המכאניות של תאי חיים באמצעות מיקרוסקופ כוח אטומי

Mechanical  properties of cells and extracellular matrix (ECM) play important roles in many  biological processes including stem cell differentiation, ...

Ratiometric Biosensors that Measure Mitochondrial Redox State and ATP in Living Yeast Cells

Biosensors רציומטרי שלמדוד את מצב חיזור מיטוכונדריאלי וה-ATP בתאי שמרי חיים

Mitochondria have roles in many cellular processes, from energy metabolism and calcium homeostasis to control of cellular lifespan and programmed cell ...

Generation of Shear Adhesion Map Using SynVivo Synthetic Microvascular Networks

דור של שאר הידבקות מפה באמצעות רשתות כלי הדם סינטטיים SynVivo

Cell/particle adhesion assays are critical to understanding the biochemical interactions involved in disease pathophysiology and have important ...

Characterization Of Multi-layered Fish Scales (Atractosteus spatula) Using Nanoindentation, X-ray CT, FTIR, and SEM

Characterization Of Multi-layered Fish Scales Atractosteus spatula Using Nanoindentation, X-ray CT, FTIR, and SEM

אפיון של קשקשים דגים שכבתיים Multi-(<em&gt; מרית Atractosteus</em&gt;) באמצעות Nanoindentation, רנטגן CT, FTIR, וSEM

The hierarchical architecture of protective biological materials such as mineralized fish scales, gastropod shells, ram&#8217;s horn, antlers, and turtle ...

Development of Amelogenin-chitosan Hydrogel for In Vitro Enamel Regrowth with a Dense Interface

Development of Amelogenin-chitosan Hydrogel for In Vitro Enamel Regrowth with a Dense Interface

פיתוח של Hydrogel Amelogenin-chitosan עבור<em&gt; במבחנה</em&gt; אמייל לצמיחה מחודשת עם ממשק צפוף

Biomimetic enamel reconstruction is a significant topic in material science and dentistry as a novel approach for the treatment of dental caries or ...

Sealable Femtoliter Chamber Arrays for Cell-free Biology

מערכים רבים סגר Femtoliter הלשכה לביולוגיה ללא סלולארי

Cell-free systems provide a flexible platform for probing specific networks of biological reactions isolated from the complex resource sharing (e.g., ...

Studying the Stoichiometry of Epidermal Growth Factor Receptor in Intact Cells using Correlative Microscopy

לומד את ההרכב של עוריות Growth Factor Receptor בתאים השלמים באמצעות מתאם מיקרוסקופית

This protocol describes the labeling of epidermal growth factor receptor (EGFR) on COS7 fibroblast cells, and subsequent correlative fluorescence ...

Creating a Structurally Realistic Finite Element Geometric Model of a Cardiomyocyte to Study the Role of Cellular Architecture in Cardiomyocyte Systems Biology

יצירת מודל גיאומטרי מבנית מציאותי סופיים של Cardiomyocyte ללמוד את התפקיד של אדריכלות הסלולר Cardiomyocyte במערכות ביולוגיות

With the advent of three-dimensional (3D) imaging technologies such as electron tomography, serial-block-face scanning electron microscopy and confocal ...