Name: identification of plasmodesmal localization sequences in proteins in planta
Uploaded: 2017-08-15T12:30:00
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अंतरिक्ष की कमी के लिए, हम ज्यादातर समीक्षा लेख उद्धृत, और हम अपने सहयोगियों के लिए माफी मांगता हूं जिसका मूल काम उद्धृत नहीं किया गया । विद्याचरण प्रयोगशाला में काम NIH, NSF, USDA/निफा, भाट, और बीएसएफ से विद्याचरण के लिए अनुदान द्वारा समर्थित है, और S.G.L. प्रयोगशाला NIH और संयंत्र विकृति विज्ञान और संयंत्र के विभागों से धन का समर्थन किया है-सूक्ष्म जीवविज्ञान S.G.L. के लिए

1. पौध सामग्री
<ol><li>पादप प्रजातियों के विकल्प</li>
	<li>संयंत्र ब्याज के प्रोटीन के लिए देशी प्रजातियों का प्रयोग करें, यानी, एक हैजो अंतर्जात प्रोटीन के लिए इस प्रोटीन सांकेतिक शब्दों में बदलना या जो वायर?...

इस प्रोटोकॉल चार मुख्य घटक है: एक अनुक्रम है कि दोनों आवश्यक है और पीडी को लक्षित करने के लिए पर्याप्त है, जो उत्तरोत्तर लंबाई में कम कर रहे है कि टुकड़ों में ब्याज की प्रोटीन की व्यवस्थित विभाजन की पहचा?...

Plasmodesmata (पीडी) संयंत्र विकास और morphogenesis के प्रमुख नियामकों के सेलुलर परिवहन के लिए नाली के रूप में कार्य, प्रतिलेखन कारकों से mRNA और छोटे आरएनए अणुओं को लेकर. इसके अलावा, पीडी के इस macromolecular परिवहन क्षमता संक्रमण के दौरान उनके सेलुलर प्रसार के लिए सबसे संयंत्र वायरस द्वारा उपयोग किया जाता है; पीडी के माध्यम से स्थानांतरित करने के लिए, संयंत्र वायरस विशेष प्रोटीन विकसित किया है, आंदोलन प्रोटीन (सांसदों), कि विशेष रूप से पीडी को लक्ष्य1,2,3,4,5,6 , 7. पीडी परिवहन के आण्विक रास्ते सबसे अधिक संभावना परिचित विशिष्ट अनुक्रम है कि इन रास्ते में परिवहन प्रोटीन लक्ष्य के साथ जुड़े हुए हैं । इस प्रकार, इन पीडी स्थानीयकरण संकेतों की पहचान (PLSs) इसी पीडी परिवहन मार्ग का निदान हो सकता है. यह पीडी परिवहन8के सादृश्य से है, उदाहरण के लिए, विभिन्न परमाणु आयात रास्ते, जो अलग परमाणु स्थानीयकरण संकेत (एनएलएस) अनुक्रम9,10के लिए विशिष्ट किया जा सकता है । वैचारिक रूप से, NLSs और PLSs, दोनों ही लक्ष्यीकरण के लिए आवश्यक और पर्याप्त गैर-सट उपसेलुलर लक्ष्यीकरण अनुक्रम दर्शाते हैं. हालांकि, NLSs11के विपरीत, PLSs के बारे में अनुक्रम जानकारी गंभीर रूप से सीमित है । विशेष रूप से, पीडी लक्ष्यीकरण में शामिल केवल चार प्रोटीन अनुक्रम रिपोर्ट किया गया है, उन सभी के साथ अंतर्जात संयंत्र प्रोटीन से व्युत्पंन । पहले एक KN112 के एक homeobox डोमेन द्वारा प्रतिनिधित्व किया है-एक प्रतिलेखन कारक है कि भीतरी कोशिका परतों से संयंत्र पत्ती13 के एपिडर्मिस के लिए चलता है-और उसके KNOX homologs14। दूसरा एक भी एक प्रतिलेखन कारक है, Dof, जो एक ख्यात के रूप में वर्णित है PLS से है सेलुलर तस्करी (यह) आकृति15। तीसरा अनुक्रम PDLP1 plasmodesmata-निवासी प्रकार 1 झिल्ली प्रोटीन से है, और यह एक transmembrane डोमेन16द्वारा प्रतिनिधित्व किया है । अंत में, चौथे पीडी लक्ष्यीकरण अनुक्रम हाल ही में glycosylphosphatidylinositol (जीपीआई)-लंगर प्रोटीन के लिए रिपोर्ट किया गया था और यह glycosylphosphatidylinositol (जीपीआई) संशोधन संकेत17द्वारा प्रतिनिधित्व है ।
दिलचस्प है, जब तक बहुत हाल ही में, कोई PLSs वायरल सांसदों के लिए सूचित किया गया है । पिछले अध्ययन संयंत्र वायरल सांसद18,19में ख्यात PLS दृश्यों की उपस्थिति का संकेत दिया है, लेकिन कोई सच PLS, यानी, एक ंयूनतम एमिनो एसिड अनुक्रम दोनों आवश्यक और एक असंबंधित कार्गो अणु के पीडी लक्ष्यीकरण के लिए पर्याप्त ( उदाहरणके लिए, एक वायरल सांसद की पहचान की गई है । अभी तक इन प्रोटीनों में से एक, तंबाकू मोज़ेक वायरस (TMV) के सांसद, सबसे पहले के लिए पीडी स्थानीयकरण और परिवहन20प्रदर्शन किया गया है ।
इस अंतर को संबोधित करने के लिए, हम एक प्रयोगात्मक रणनीति TMV सांसद PLS की पहचान विकसित की है । यह रणनीति तीन अवधारणाओं पर आधारित थी । (i) हम एक ंयूनतम एमिनो एसिड अनुक्रम है कि दोनों आवश्यक है और पर्याप्त है पीडी21को लक्षित प्रोटीन के लिए के रूप में PLS परिभाषित । (ii) क्योंकि TMV MP पहले पीडी को टारगेट करता है और फिर इन22चैनलों के माध्यम से translocates, हम इन दो गतिविधियों को युग्मित करने के उद्देश्य से और सदाशई की पहचान PLS, जो केवल पीडी लक्ष्यीकरण के लिए कार्य करता है, और बाद में परिवहन के लिए नहीं. (iii) हम अपने पीडी लक्ष्यीकरण गतिविधि के लिए महत्वपूर्ण एमिनो एसिड अवशेषों के लिए पहचान PLS का विश्लेषण, चाहे संरचनात्मक या कार्यात्मक । इस दृष्टिकोण का उपयोग करना, हम delineated एक ५० अमीनो एसिड अवशेष अनुक्रम में एमिनो-TMV सांसद के टर्मिनस कि सदाशई के रूप में कार्य करता है PLS । यह TMV सांसद टुकड़े की एक श्रृंखला है कि प्रोटीन की पूरी लंबाई संतृप्त द्वारा किया गया था, उनके carboxyl-टर्मिनी के साथ टैगिंग और क्षणिक उंहें संयंत्र के ऊतकों में व्यक्त । प्रत्येक परीक्षण अंशों के पीडी स्थानीयकरण उन्हें एक पीडी मार्कर प्रोटीन के साथ coexpressing द्वारा निर्धारित किया गया था, PDCB1 (पीडी callose बाइंडिंग प्रोटीन 1)23. सबसे छोटा टुकड़ा अभी भी पीडी के लिए स्थानीयकृत, लेकिन पीडी पार नहीं किया, PLS का प्रतिनिधित्व करने के लिए माना जाता था. अंत में, PLS alanine था-कुंजी एमिनो एसिड अपनी संरचना और/या समारोह के लिए आवश्यक अवशेषों का निर्धारण करने के लिए स्कैन ।
यहां हम TMV सांसद PLS की पहचान का वर्णन करके इस दृष्टिकोण उदाहरण देकर स्पष्ट करना, यह किसी भी अंय पीडी में PLSs की खोज के लिए नियोजित किया जा सकता है प्रोटीन लक्षित, कि संयंत्र रोगजनकों द्वारा या पौधों को खुद द्वारा इनकोडिंग; इसका कारण यह है कि हमारी विधि के साथ वायरल सांसदों के किसी भी अनूठी विशेषताओं का लाभ नहीं ले पीडी को लक्ष्य करने के लिए उनकी क्षमता के संबंध है ।

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1086">
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:293px;">Confocal laser scanning microscope (CLSM)</td>
			<td style="width:176px;">Zeiss</td>
			<td style="width:268px;">LSM5</td>
			<td style="width:349px;">Any CLSM with similar capabilities is appropriate</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Zen software for confocal microscope imaging</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td>2009 version</td>
			<td>The software should be compatible with the CLSM used</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Quickchange II site-directed mutagenesis kit&#160;</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>200523</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Acetosyringone</td>
			<td style="width:176px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>D134406</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MES</td>
			<td style="width:176px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>69892</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Syringes without needles</td>
			<td>BD</td>
			<td>309659</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">MgCl2</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>M33-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Spectinomycin&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S4014</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Rifampicin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R3501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ampicillin&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A0166</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

identification of plasmodesmal localization sequences in proteins in planta

Plasmodesmata (पीडी) कक्ष के लिए सेल कनेक्शन है कि गेटवे के माध्यम से जो छोटे और बड़े अणुओं संयंत्र कोशिकाओं के बीच पहुंचाया जाता है के रूप में कार्य कर रहे हैं । ऐसे आयनों और पानी के रूप में छोटे अणुओं के पीडी परिवहन जबकि, निष्क्रिय होने के लिए माना है, कोशिका से कोशिका परिवहन जैविक अणुओं की, ऐसे प्रोटीन, सबसे अधिक संभावना एक सक्रिय तंत्र है कि पर विशिष्ट लक्ष्यीकरण संकेतों शामिल है के माध्यम से होता है उत्पात अणु. पहचान plasmodesmata (पीडी) स्थानीयकरण संकेतों (PLSs) की किल्लत गंभीर रूप से संयंत्र सेल-टू-सेल macromolecular परिवहन और संचार में शामिल प्रोटीन छँटाई रास्ते की समझ को प्रतिबंधित किया है । पीडी के माध्यम से यातायात के लिए जाना जाता संयंत्र अंतर्जात और वायरल प्रोटीन के एक धन से, केवल तीन PLSs तिथि करने के लिए सूचित किया गया है, उन सभी अंतर्जात संयंत्र प्रोटीन से । इस प्रकार, यह एक कार्यात्मक PLS अनुक्रम की पहचान करने के लिए एक विश्वसनीय और व्यवस्थित प्रयोगात्मक रणनीति विकसित करने के लिए महत्वपूर्ण है, कि दोनों आवश्यक है और पीडी लक्ष्यीकरण के लिए पर्याप्त है, सीधे रहने वाले संयंत्र कोशिकाओं में. यहां, हम एक ऐसी रणनीति का वर्णन एक प्रतिमान सेल के रूप में उपयोग करने वाली सेल आंदोलन प्रोटीन (सांसद) के तंबाकू मोज़ेक वायरस (TMV) । इन प्रयोगों, कि पहचान और पहली संयंत्र वायरल pls विशेषता, सबसे पीडी-लक्षित प्रोटीन में PLS दृश्यों की खोज के लिए अनुकूलित किया जा सकता है.

प्रतिनिधि डेटा, जो ईमानदारी से वर्णित प्रोटोकॉल से अपेक्षित परिणाम वर्णन और TMV सांसद PLS की पहचान, युआन एट अल से अनुकूलित कर रहे हैं । 21. चित्र 1a सबसे पहले प्रमुख constructs पूर्ण लं?...

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Identification of Plasmodesmal Localization Sequences in Proteins In Planta

संयंत्र सेलुलर कनेक्शन, plasmodesmata (पीडी), संयंत्र शरीर क्रिया विज्ञान और संयंत्र-वायरस बातचीत में केंद्रीय भूमिका निभाते हैं । पीडी परिवहन के लिए महत्वपूर्ण संकेत है कि पीडी के लिए सीधे प्रोटीन छंटाई कर रहे हैं । हालांकि, इन दृश्यों के बारे में हमारी जानकारी अभी भी अपनी प्रारंभिक अवस्था में है । हम पीडी-लक्षित प्रोटीन में पीडी स्थानीयकरण संकेतों की पहचान करने के लिए एक रणनीति का वर्णन.

Planta में प्रोटीन में Plasmodesmal स्थानीयकरण अनुक्रम की पहचान

Plasmodesmata (Pd) are cell-to-cell connections that function as gateways through which small and large molecules are transported between plant cells. ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Identification of Plasmodesmal Localization Sequences in Proteins In Planta

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प्रतिदीप्ति<em&gt; बगल में</emवायरस और संयंत्र और कीट ऊतकों में एंडोसिम्बायोटक जीवाणु के स्थानीयकरण के लिए&gt; hybridizations (मछली)

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कल्पना और quantitate फ्लोरोसेंट प्रोटीन का उपयोग<em&gt; क्लैमाइडिया</em&gt; रिक्तिका विकास की गतिशीलता जीवित कोशिकाओं में

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MALDI-TOF मास स्पेक्ट्रोमेट्री का उपयोग रक्त संस्कृति शोरबा से ग्राम नकारात्मक जीवाणुओं की तेजी से पहचान

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न्युट्रोफिल अलगाव और विश्लेषण करने के लिए चिकित्सीय एजेंट लिंफोमा सेल संवेदनशीलता में उनकी भूमिका का निर्धारण करने के लिए

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