Name: identification of plasmodesmal localization sequences in proteins in planta
Uploaded: 2017-08-15T12:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Identification of Plasmodesmal Localization Sequences in Proteins In Planta at JoVE.com

Yeterli yer olmaması, çoğunlukla gözden makaleler gösterdi ve meslektaşlarımıza orijinal eserleri değil gösterildi özür dileriz. V.C. laboratuvar çalışmalarında V.C. NIH, NSF, USDA/NIFA, Ozan ve BSF hibe tarafından desteklenmektedir ve S.G.L. laboratuvar NIH ve bitki patoloji bölümleri ve bitki-mikrop Biyoloji fonlarından için S.G.L. tarafından desteklenmektedir

1. bitki materyali
<ol><li>Bitki türlerinin seçimi</li>
	<li>Faiz, Yani, hangi endojen proteinler için bu protein kodlar ya da patojen viral proteinler için doğal konağını temsil eden bir protein için yerli bitki türü kullanın. Buna ek olarak, seçilen bitki türleri için geçici genetik dönüşüm yöntemi seçilen mükellef olması gerekir. Not: Çalışmalar düzenli olarak TMV için iyi bir ev sahibi gösteren ve verimli bir şekilde genetik dönüşümü Agrobacterium aracılı tekniği, ...

Bu iletişim kuralının dört çekirdek bileşenlerinin vardır: gerekli ve yeterli test eritme merkeze sistematik lige uzunluğu, giderek azalır parçaları ilgi proteinin hedefleme için bir dizi tanımlama kavramı Hem etiketi hem makromoleküllerin kargo ve Pd yaşayan hedefleme için fonksiyonel tahlil olarak hizmet veren bir autofluorescent protein parçaları test füzyon proteinlerin geçici ifade aşağıdaki dokular bitki. Not geçici ifade Agrobacterium aracılı zaman, Yani, birkaç gün, sık sık...

Plasmodesmata (Pd) anahtar düzenleyiciler bitki gelişme ve mRNA ve küçük RNA molekülleri transkripsiyon faktörleri kadar morfogenez, hücreler arası taşıma için kanalların görevi. Ayrıca, polis bu makromoleküllerin taşıma kapasitesi onların hücreler arası forma için çoğu bitki virüsler tarafından enfeksiyon sırasında kullanılmaktadır; PD taşımak için bitki virüs hareketi proteinler (MPs), özellikle Pd1,2,3,4,5,6 için hedef olarak adlandırdığı özel proteinler geliştiğini , 7. Pd taşıma moleküler yollar büyük olasılıkla bu yolları taşınan proteinler hedef belirli serileri ile yakından bağlantılı. Böylece, bu Pd yerelleştirme sinyaller (PLSs) tanımlaması karşılık gelen Pd taşıma yolu tanı olabilir. Örneğin, farklı nükleer yerelleştirme sinyal (NLS) dizileri9,10için belirli olabilir farklı nükleer alma yolları için Pd taşıma8, kıyasen olacaktır. Kavramsal olarak, NLSs ve PLSs gerekli ve yeterli hedefleme için yarilabilir hücre altı hedefleme sıraları temsil eder. Ancak, NLSs11farklı olarak, PLSs sıra vukuf ciddi sınırlıdır. Özellikle, sadece dört protein sequences Pd hedefleme dahil, hepsiyle endojen bitki proteinleri türetilmiş bildirilmiştir. İlki KN112 -iç hücre katmanlardan bitki yaprak13 epidermis için hamle bir transkripsiyon faktörü-ve onun KNOX homologs14homeobox etki alanı tarafından temsil edilir. İkincisi de bir transkripsiyon faktörü, hücreler arası (BT) ticareti olarak açıklanan bir sözde PLS içerir Dof motifi15uzaklıktadır. PDLP1 plasmodesmata yerleşik tip 1 membran protein üçüncü dizisidir ve bir transmembran etki alanı16tarafından temsil edilir. Son olarak, sıra hedefleme dördüncü Pd son zamanlarda glycosylphosphatidylinositol (GPI) rapor edilmiştir-bağlantılı protein ve glycosylphosphatidylinositol (GPI) değişiklik sinyali17tarafından temsil edilir.
İlginçtir, çok yakın zamana kadar hiçbir PLSs bildirilmiştir için viral MPs. Önceki çalışmalarda sözde PLS serilerinde bitki viral MPs18,19ama hiçbir gerçek PLS Yani, gerekli ve yeterli Pd bir ilişkisiz kargo molekül () hedefleme için en az amino asit dizisi varlığı belirtilen örn., CFP) viral bir MP olduğu belirlendi. Henüz bu proteinler, Tütün mozaik virüsü (TMV), MP için hangi Pd Yerelleştirme ve taşıma gösterdiği20olmuştur ilk biriydi.
Bu boşluğu adrese TMV MP PLS tanımlamak için deneysel bir stratejisi geliştirdi. Bu strateji üç kavramlar üzerine dayanıyordu. (i) biz PLS gerekli ve yeterli protein Pd21' e hedefleme için en az amino asit dizisi olarak tanımlanır. (ii) çünkü TMV MP Öncelikle Pd hedefleyen ve bu kanalları22translocates, biz bu iki etkinlikler uncoupling ve iyi niyetli PLS, hangi görev sonraki taşıma için değil de yalnızca Pd hedefleme için tanımlama amaçlı. (iii) biz etkinlik, yapısal veya fonksiyonel olarak hedefleme onun Pd amino asit kalıntıları eklenmesi önemli için tanımlanan PLS analiz edildi. Bu yaklaşımı kullanarak, bir 50-amino asit kalıntı sıra amino-terminus iyi niyetli PLS davranır TMV MP, belirlendi. Bu protein tüm uzunluğu doymuş TMV MP parçaları bir dizi üreten, onların karboksil termini CFP ile etiketleme ve geçici onları bitki dokularda ifade tarafından yapıldı. PD yerelleştirme her test parçaları bir Pd marker protein, PDCB1 (Pd callose bağlayıcı protein 1)23coexpressing tarafından tespit edilmiştir. PLS temsil etmek için hala merkeze lokalize ama polisi, dizinlere değil en küçük parçası olarak kabul edildi. Son olarak, PLS alanin onun yapısı ve/veya işlev için gerekli anahtar amino asit kalıntıları belirlemek için taranan.
Oysa burada TMV MP PLS tanımlaması açıklayarak bu yaklaşım göstermek, o herhangi bir diğer Pd hedeflenmiş proteinler arasında PLSs keşfetmek için bitki patojenleri veya bitkiler kendileri ile kodlanmış olup olmadığını istihdam edilebilir; Bunun nedeni bizim yöntem viral MPs onların yetenek-e doğru hedef açısından herhangi bir benzersiz özelliklerinin avantajlarından merkeze almaz.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1086">
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:293px;">Confocal laser scanning microscope (CLSM)</td>
			<td style="width:176px;">Zeiss</td>
			<td style="width:268px;">LSM5</td>
			<td style="width:349px;">Any CLSM with similar capabilities is appropriate</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Zen software for confocal microscope imaging</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td>2009 version</td>
			<td>The software should be compatible with the CLSM used</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Quickchange II site-directed mutagenesis kit&#160;</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>200523</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Acetosyringone</td>
			<td style="width:176px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>D134406</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MES</td>
			<td style="width:176px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>69892</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Syringes without needles</td>
			<td>BD</td>
			<td>309659</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">MgCl2</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>M33-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Spectinomycin&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S4014</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Rifampicin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R3501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ampicillin&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A0166</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

identification of plasmodesmal localization sequences in proteins in planta

Plasmodesmata (Pd) ağ geçitleri üzerinden bitki hücreleri arasında küçük ve büyük moleküllerin taşınmaktadır olarak işlev hücre hücre bağlantılardır. PD taşıma ile küçük moleküllerin, iyonlar ve su, pasif gerçekleşmesi için kabul edilir ise, biyolojik oluştururlar, böyle proteinler, hücre hücre aktarımı büyük olasılıkla belirli hedefleme sinyalleri içerir etkin bir mekanizma yoluyla oluşur molekül nakletti. Tanımlanan plasmodesmata (Pd) yerelleştirme sinyalleri (PLSs) kıtlığı ciddi protein sıralama anlayış kısıtladı yollar dahil bitki hücre hücre makromoleküllerin ulaşım ve iletişim. Bitki zenginliği endojen ve viral proteinler Pd, trafikten bilinen sadece üç PLSs bildirilmiştir bugüne kadar hepsi endojen bitki proteinleri. Böylece, gerekli ve Pd hedefleme, doğrudan yaşam için yeterli olan fonksiyonel bir PLS sırasını, tanımlamak için güvenilir ve sistematik deneysel bir strateji geliştirmek önemlidir bitki hücreleri. Burada, biz bir paradigma olarak Tütün mozaik virüsü (TMV) hücre hücre hareketi protein (MP) kullanarak böyle bir strateji tanımlarlar. Bu deneyler, tespit ve ilk karakterize viral PLS dikmek, en Pd hedeflenmiş proteinler serilerinde PLS keşfi için adapte edilebilir.

Sadakatle açıklanan kurallarından beklenen sonuçlar göstermek ve TMV MP PLS tanımlamak, temsilcisi verileri Yuan ve ark. adapte olmuşlardır 21. şekil 1A ilk özetleyen önemli yapılar tam uzunlukta TMV MP (1-268), TMV MP PLS (oluşan ilk 50 amino asit kalıntıları protein 1-50), ifade ve onun alanin V4A türevleri tarama erimiş (olarak üretilen CFP için açıklanan adımları 2.2, 5.2 ve 6) şekil 1B özetle...

Watch this Scientific Journal Video about Identification of Plasmodesmal Localization Sequences in Proteins In Planta at JoVE.com

Identification of Plasmodesmal Localization Sequences in Proteins In Planta

Bitki hücreler arası bağlantıları, plasmodesmata (Pd), Fizyoloji ve bitki-virüs etkileşimleri bitki merkezi rol oynarlar. Kritik Pd taşıma olarak proteinler Pd için doğrudan sinyalleri sıralama. Ancak, bu DNA dizileri hakkında bilgimizi henüz emekleme aşamasında olduğunu. Pd yerelleştirme sinyalleri Pd hedeflenmiş proteinler tanımlamak için bir strateji tanımlarlar.

Proteinlerin içinde Planta serilerinde Plasmodesmal yerelleştirme tanımlaması

Plasmodesmata (Pd) are cell-to-cell connections that function as gateways through which small and large molecules are transported between plant cells. ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Identification of Plasmodesmal Localization Sequences in Proteins In Planta

Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3

HIV-1 tropizm genotipik Çıkarım kullanarak Nüfus tabanlı Sıralama V3

Background: Prior to receiving a drug from CCR5-antagonist class in HIV therapy, a patient must undergo an HIV tropism test to confirm that his or her ...

Visualizing Dengue Virus through Alexa Fluor Labeling

Alexa Fluor Etiketleme Dang Virüs görselleştirme

The early events in the interaction between virus and cell can have profound influence on the outcome of infection. Determining the factors 
that ...

Culturing Microglia from the Neonatal and Adult Central Nervous System

Yenidoğan ve Erişkin Merkezi sinir sisteminin Kültüre Mikroglia

Microglia are the resident macrophage-like cells of the central nervous system (CNS) and, as such, have critically important roles in physiological and ...

Fluorescence in situ Hybridizations (FISH) for the Localization of Viruses and Endosymbiotic Bacteria in Plant and Insect Tissues

Fluorescence in situ Hybridizations FISH for the Localization of Viruses and Endosymbiotic Bacteria in Plant and Insect Tissues

Floresan<em&gt; In situ</emVirüsler ve Bitki ve Böcek Dokularda Endosimbiyotik Bakterilerin lokalizasyonu&gt; Hibritlemeler (FISH)

Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a name given to a variety of techniques commonly used for visualizing gene transcripts in eukaryotic cells ...

Using Fluorescent Proteins to Visualize and Quantitate Chlamydia Vacuole Growth Dynamics in Living Cells

Using Fluorescent Proteins to Visualize and Quantitate Chlamydia Vacuole Growth Dynamics in Living Cells

Görselleştirme ve Miktarının Belirlenmesi için floresan proteinleri kullanarak<em&gt; Chlamydia</em&gt; Vakuol Büyüme Dinamikleri Yaşayan Hücrelerde

The obligate intracellular bacterium Chlamydia elicits a great burden on global public health. C.&#160;trachomatis is the leading bacterial cause of ...

Rapid Identification of Gram Negative Bacteria from Blood Culture Broth Using MALDI-TOF Mass Spectrometry

MALDI-TOF kütle spektrometrisi kullanılarak kan kültür besi yerinden, Gram negatif bakterilerin hızlı belirlenmesi

An important role of the clinical microbiology laboratory is to provide rapid identification of bacteria causing bloodstream infection. Traditional ...

Neutrophil Isolation and Analysis to Determine their Role in Lymphoma Cell Sensitivity to Therapeutic Agents

Nötrofil İzolasyon ve Analiz Terapötik Ajanların için Lenfoma Hücre Duyarlılık kendi Rolü belirleme

Neutrophils are the most abundant (40% to 75%) type of white blood cells and among the first inflammatory cells to migrate towards the site of ...

Purification of Viral DNA for the Identification of Associated Viral and Cellular Proteins

Teşhis edilmesi için kullanılan ilişkili Viral ve hücresel proteinler Viral DNA'ın arıtma

The goal of this protocol is to isolate herpes simplex virus type 1 (HSV-1) DNA from infected cells for the identification of associated viral and ...

Isolation of Salmonella typhimurium-containing Phagosomes from Macrophages

Isolation of Salmonella typhimurium-containing Phagosomes from Macrophages

Salmonella typhimuriumyalıtım-makrofajlar üzerinden Phagosomes içeren

Salmonella typhimurium is a facultative intracellular bacterium that causes gastroenteritis in humans. After invasion of the lamina propria, S. ...

Identification of Virulence Markers of Mycobacterium abscessus for Intracellular Replication in Phagocytes

Identification of Virulence Markers of Mycobacterium abscessus for Intracellular Replication in Phagocytes

Mycobacterium abscessus virülans işaretleri tanımlaması fagositler hücre içi çoğaltma için

What differentiates Mycobacterium abscessus from other saprophytic mycobacteria is the ability to resist phagocytosis by human macrophages and the ability ...