Name: a lipid extraction and analysis method for characterizing soil microbes in experiments with many samples
Uploaded: 2017-07-16T13:00:00
Duration: 17 min 39 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Lipid Extraction and Analysis Method for Characterizing Soil Microbes in Experiments with Many Samples at JoVE.com

وقد تم تمويل هذا العمل جزئيا من قبل مركز البحيرات العظمى لبحوث الطاقة الحيوية التابع لوزارة الطاقة (مكتب العلوم البيولوجية التابع لوزارة الطاقة دي-FC02-07ER64494) ومكتب كفاءة الطاقة والطاقة المتجددة التابع لوزارة الطاقة (دي-AC05-76RL01830). ويود المؤلفون أن يعترفوا بأندرس غوردا لصاحبه ومساهمته الماهرة في التصوير بالفيديو والتحرير.

الكتاب ليس لديهم ما يكشف.

لفحص عينات متعددة من التجارب مع العديد من مكررات و / أو وحدات تجريبية، قد يجد الباحثون تحليل الدهون الدهنية الفوسفورية (بلفا) لتكون باهظة من حيث الوقت والمواد 25 . مع طريقة بلفا، يتم استخراج فوسفوليبيدس غشاء الخلية، وتنقيته، وتحديدها باستخدام تعديل بل و ديير 26 ثنائي الطور استخراج المائي العضوي. ويلي ذلك مرحلة الكروماتوجرافيا السيليكا الصلبة المرحلة لفصل الدهون عن طريق قطبية، ومثيلة القلوية من الأحماض الدهنية الفوسفاتية في استرات الميثيل الأحماض الدهنية. في بلفا التنميط العائد الدهون يمكن أن تكون منخفضة ولكن من نقاء عالية جدا. أدخلت هوية الميكروبية طريقة بديلة، الإجراء الأحماض الدهنية ميثيل استر (ميدي-فا). في طريقة ميدي-فا، يتم استخراج جميع الدهون مباشرة من الثقافات النقية أو التربة / الرواسب عينات 11 ، 12 ، 27 من خلالالتصبين. هذه الطريقة لديها فقدان الدهون أقل وسريع لأنه ليس لديه أي من تركيز أو تنقية الخطوات من طريقة بلفا. ومع ذلك، في حين أن طريقة ميدي-فا سريعة وأقل تكلفة، لأنه كان مصمم أصلا لتحديد الكائنات الحية في الثقافة الخالصة، لا توجد خطوات أولية استخراج أو تنقية. وهكذا، يمكن أن تشمل مركبات تشبه الدهون تشترك في استخراجها من المادة العضوية في التربة التي تشوه توقيع المجتمع 27 ، 28 ، 29 . لأن هذا الإدراج يمكن أيضا تشويه التدابير الكتلة الحيوية، وعادة ما تستخدم ميدي-فا فقط لوصف نوعيا الخشنة الدهون في التربة 13 . الإجراء الذي وصفنا هنا يجمع بين أفضل من اثنين من إجراءات استخراج منفصلة: 1) استخراج وتركيز الدهون باستخدام طريقة بلي و داير 26 المعدلة، و 2) حمض الدهني ميثيل استر سابونيفيكاتيون، المثيلة، واستخراج، وإجراءات غسل قاعدة وضعت تجاريا. وقد تم تطوير هذه الطريقة لتحقيق فوائد كل من هذه البروتوكولات مع التقليل من عيوب 15 . من خلال إجراء استخراج الأولي وعزل المكونات القابلة للذوبان العضوية ( مثل الدهون) قبل أداء ميدي-فا، واستكمال هذا مع خطوة تنقية، ويوفر هذا البروتوكول التوازن بين السرعة والدقة. على الرغم من أن هذه الطريقة قد لا تكون مناسبة عند الحاجة إلى نقاء عالية ( أي لتحليل 13 C بلفا) أو عند تحليل الدهون الفوسفاتية والدهون المحايدة بشكل منفصل، في كثير من الحالات فإنه يسمح للكشف عن استجابات المجتمع الميكروبي للظروف البيئية مع حساسية أكبر من الحمض النووي القائم الأساليب 30 ، 31 ، 32 ، 33 . تتحلل الدهون الغشائية بسرعة بعد موت الخلايا مما يسمح لهمتعكس المجتمع الميكروبي الحية في وقت أخذ العينات 5 ، 7 ، على النقيض من الحمض النووي البيئي التي يأتي الكثير من المعلومات من الكائنات الميتة أو غير النشطة 34 . وبالنظر إلى ارتفاع معدل السكون لوحظ بين الكائنات الحية الدقيقة التربة 35 ، توصيف الكتلة الحيوية الحية يمكن استخدامها لفهم التفاعلات الزئبق النباتي الزماني على نطاق زمني غرامة نسبيا ويمكن استخدام المؤشرات الحيوية للدهون لفحص الحالة الفسيولوجية للمجتمع الميكروبية 7 . وقد تبين أن هناك حاجة إلى أساليب الإنتاجية العالية لتقييم الاستجابة الميكروبية في إعدادات حقل كبير 25 ، وبينما الطريقة التي نقترح هنا لا تكرار دقة بلفا العلامات البيولوجية التنميط، فإنه يزيد الإنتاجية مع التقليل من التقلب أدركت مع ميدي-فا إجراء. وقد أثبتت هذه الطريقة أن تكون أداة فعالة في معالجةالمسائل المتعلقة بديناميات المجتمع الميكروبي على مجموعة واسعة من التربة في الدراسات الزراعية والنظم الإيكولوجية واسعة النطاق 36 و 37 و 38 و 42 و 43 و 44 و 45 و 46 و 47 و 48 و 49 و 50 . يتم الجمع بين الطبقات الدهنية مع هذا الأسلوب، وربما يكون هناك فقدان المعلومات الواردة في تلك الطبقات منفصلة 22 ، 39 ، ولكن الجمع بين الطبقات الدهون قد تعزز القدرة على الكشف عن أصل الفطريات الفطرية ميكروهيزال من ω5c 16: 1 من كل من الفوسفور - ومحايدة الدهون 40 . وبالإضافة إلى ذلك، في حين رقد يكون عدد الأحماض الدهنية غير المعروفة (التي يمكن أن تكون مشتقة من المواد العضوية غير الحية) أعلى مع هذا الأسلوب، فقد تبين أن أقل من ميدي-فا ويسمح للمقارنة العلاج من التشكيلات الدهنية من الدراسات مع العديد من العينات حيث عينة والقدرة الإنتاجية هي مصدر قلق 15 . ويعتقد عموما أن الجزء المحايد ينبع أساسا من دهون التخزين التي تنتجها الفطريات، على الرغم من أنه قد يكون هناك أيضا بعض المساهمة الأصغر من حيوانات التربة 41 . في ضوء هذا، فإن الطريقة الموصوفة هنا قد تسفر عن نتائج تظهر مساهمة أكبر من الدهون الفطرية 18: 2 ω 6،9c و 18: 1 ω 9C من بلفا. وتشمل الدهون الأخرى التي تميل إلى الظهور في جزء محايد بعض الأحماض الدهنية المشبعة، على سبيل المثال 16: 0، 18: 0، 20: 0. هناك طرق مختلفة حيث يمكن التعبير عن البيانات الدهنية وتحليلها. التمثيل الأكثر شيوعا هي وفرة (نمول ز -1 التربة)، كسور الخلدن (نمول الدهون الفردية نمول -1 مجموع الدهون)، و الخلد في المئة (جزء الخلد * 100). تطبيع من قبل الدهون الكلية في العينة، وجزء الخلد والخلية في المئة هي قياسات للوفرة النسبية من الدهون معين. بعد التحول المناسب، على سبيل المثال ، أركسين الجذر التربيعي، جزء الخلد هو مناسب للاستخدام في التحليل من قبل المكونات الرئيسية أو التكرار تحليل التحليل. وفرة هو المبلغ المطلق للدهون المستخرجة المستخرجة لكل غرام من التربة. لأن كمية الدهون في الخلية ثابتة بشكل معقول، واستخراج الدهون عالية الكفاءة وشاملة، وفرة الكلي هو تقدير جيد من الدهون الإجمالية ووفرة من المؤشرات الرئيسية تعكس الكتلة الحيوية للمجموعة الإيكولوجية التي تمثل 17 . وأخيرا، طريقة جيدة للنظر في تكوين المجتمع الميكروبي هو استخدام طرق تحليل متعددة المتغيرات 16 ، على سبيل المثال ، أساليب التنسيق مثل التحجيم متعدد الأبعاد غير المتماثلة (نمدس -التي لا تحتاج إلى تحويل البيانات) أو تحليل المكونات الرئيسية (يكا)، يمكن أن تكون مفيدة لمقارنة الوفرة النسبية لجميع المؤشرات الحيوية للدهون.

<html> ونظرا للدور الرئيسي للكائنات المجهرية في دورة المغذيات 1 ، وتعديل تكوين المجتمع النباتي 2 ، وتنظيم إنتاجية النبات 3 ، وتحلل المادة العضوية 4 ، فهم المجتمعات الميكروبية للتربة أمر حيوي لفهم النظم الإيكولوجية الأرضية. وبسبب وفرة عالية نسبيا في التربة، وتوقيعها الكيميائي، يمكن استخدام المؤشرات الحيوية للدهون لتعريف المجموعات الإيكولوجية المهيمنة التي تضم المجتمعات الميكروبية للتربة 5 . من خلال تحديد المؤشرات الحيوية للدهون التي هي سمة من مجموعات الميكروبات المختلفة، يمكننا تقدير الدهون الكلية، ومن ثم فصل هذه الدهون في المجموعات ذات الصلة إيكولوجيا مثل الجرام إيجابية (غم +) والبكتيريا السالبة الغرام (غم)، الفطريات الفطرية (آم) و سابروتروفيك الفطريات، و أكتينوميستس 5 ،<html> سس = &quot;كريف&quot;&gt; 6 ، 7 ، 8 . هناك العديد من الطرق لتوصيف جوانب المجتمعات الميكروبية. طريقة بلفا هي واحدة تستخدم عادة لفهم بنية المجتمع الميكروبية الأساسية. بل هو وسيلة فعالة لتقييم وفرة النسبية من المجموعات الميكروبية وكذلك الكتلة الحيوية الميكروبية الكلية. بسبب دوران الدهون السريع، كما يسمح التنميط بلفا نسبيا الكشف السريع للتغيرات في المجتمع الميكروبي التربة ويعطي المعلومات التي تسمح المقارنة بين وظيفة النظام الإيكولوجي، على سبيل المثال، الفطرية: نسب البكتيريا لتقييم معدلات الدراجات المغذية 1 ، 9 ، 10 . ومع ذلك، في حين أن طريقة استخراج بلفا هي وقت تكريم ويحظى باحترام جيد، بل هو أيضا مضيعة للوقت ولا يفي جيدا لدراسات على نطاق النظام الإيكولوجي التي تتطلب عددا كبيرا من العينات من نطاق مكرراتf &quot;&gt; 11 ، 12 . في المقابل، فإن طريقة استخراج استر الميثيل الأحماض الدهنية (ميدي-فا) لديه القدرة على السماح الإنتاجية السريعة. في هذه الطريقة، يتم سابونيفيد العينات، وتحويلها إلى فام، المستخرجة، ومن ثم تحليلها. طريقة ميدي-فا سريعة ولكن أقل تمييزا من بلفا، الذي يجمع بين استخراج الدهون مع فصل فئات الدهون المختلفة 13 (الدهون الفوسفاتية، الدهون المحايدة، والسكرية). في هذا البروتوكول، ونحن تصف الطريقة التي تجمع بين عناصر كل من بلفا و ميدي-فا التنميط الدهون. فإنه يستخدم استخراج الدهون باستخدام الخطوات الأولية استخراج الكلوروفورم من طريقة بلي و ديير المعدلة، ومن ثم التصبن والتحويل إلى فامس. وهذا يوفر وسيلة قوية للكشف عن هيكل المجتمع الميكروبي مع استبعاد الكثير من الضوضاء الخلفية من المواد غير الميكروبية 5 ، 14 </suص&gt;. وقد تم تطوير هذه الطريقة لتحقيق التوازن بين كل من بلفا و ميدي-فا البروتوكولات، أي الاحتفاظ بالجزء الأكبر من الدقة مع زيادة الإنتاجية لجعلها لوجستية واقتصادية مجدية لتحليل الدهون من الدراسات واسعة النطاق مع العديد من العينات 15 . من خلال إجراء استخراج الأولي وعزل المكونات القابلة للذوبان العضوية ( مثل الدهون) قبل أداء ميدي-فا، واستكمال هذا مع خطوة تنقية، بروتوكول يوفر التوازن بين السرعة والدقة.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="934">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:376px;">RapidVap</td>
			<td style="width:117px;">Labconco</td>
			<td style="width:119px;">7900000</td>
			<td style="width:323px;">Evaporative system</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">RapidVap</td>
			<td>Labconco</td>
			<td>7491400</td>
			<td>Sample block</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Chem-resistant vacuum pump</td>
			<td>Labconco</td>
			<td>7584000</td>
			<td>Vacuum pump</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Chemical trap cannister</td>
			<td>Labconco</td>
			<td>7815300</td>
			<td>Trap cannister</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Solvent insert</td>
			<td>Labconco</td>
			<td>7515200</td>
			<td>Solvent trap insert</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Diaphragm pump</td>
			<td>Welch</td>
			<td>7398000</td>
			<td>DryFast vacuum pump</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Water bath</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>15-462-15Q</td>
			<td>2 well water bath</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Gas chromatograph</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For sample analysis</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Centrifuge</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For sample separation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Freeze Dryer</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For sample lyophilization</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Repipet (6)</td>
			<td>BrandTech</td>
			<td>4720440</td>
			<td>For dispensing reagents</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Vortex</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>02-215-365</td>
			<td>Analog vortex mixer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Teflon centrifuge tubes</td>
			<td>Thermo/Nalgene</td>
			<td>3114-0030</td>
			<td>Teflon sample tubes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Caps</td>
			<td>Thermo/Nalgene</td>
			<td>DS3131-0020</td>
			<td>Caps for teflon tubes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Test tube</td>
			<td>Corning</td>
			<td>9825-16</td>
			<td>16x100mm tubes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Test tube</td>
			<td>Corning</td>
			<td>9825-16xx</td>
			<td>16x150mm tubes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Caps</td>
			<td>Corning</td>
			<td>9998-15</td>
			<td>15-415 thread black phenolic caps w/PTFE liner</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Pasteur pipets</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>13-678-20B</td>
			<td>14.6cm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">500 uL glass syringe</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>13684106LC</td>
			<td>Hamilton 81217</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Amber vials</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5182-0716</td>
			<td>4mL Amber vials</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Caps</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5182-0717</td>
			<td>Blue screw caps</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Inserts</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5181-3377</td>
			<td>400uL flat bottom glass inserts</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Standards</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">19:0 ethyl nonadecanoate (Ethyl nonadecanoate)</td>
			<td>VWR</td>
			<td>TCN0459-5G</td>
			<td>Analytical standard</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Chemicals</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Dipotassium phosphate (K2HPO4 - ACS grade or better)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Phosphate-Buffer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Potassium phosphate monobasic (KH2PO4 - ACS grade or better)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Phosphate-Buffer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Methanol (CH3OH - HPLC grade or better)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Reagents 1 &#38; 2</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sodium hydroxide (NaOH - ACS grade or better)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Reagents 1 &#38; 4</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Hydrochloric acid (6N HCL)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Reagent 2</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Hexane (HPLC grade or better)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Reagent 3</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MTBE (Methyl tert-butyl ether - HPLC grade or better)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Reagent 3</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a lipid extraction and analysis method for characterizing soil microbes in experiments with many samples

وتعتبر المجتمعات الميكروبية من العوامل المهمة والمنظمين لعمليات النظم الإيكولوجية. لفهم كيفية إدارة النظم الإيكولوجية قد تؤثر على المجتمعات الميكروبية، وتقنية دقيقة نسبيا ولكن جهد كثيف لتقليل تكوين المجتمع الميكروبي هو تحليل الأحماض الدهنية الفوسفورية (بلفا). وقد وضعت بلفا لتحليل المؤشرات الحيوية الفوسفورية، والتي يمكن استخدامها كمؤشرات للكتلة الحيوية الميكروبية وتكوين مجموعات وظيفية واسعة من الفطريات والبكتيريا. وقد استخدمت عادة لمقارنة التربة تحت المجتمعات النباتية البديلة، والبيئة، ونظم الإدارة. وقد تبين أن طريقة بفا حساسة للكشف عن التحولات في تكوين المجتمع الميكروبي. وقد تم تطوير طريقة بديلة، واستخلاص واستخلاص ميثيل الأحماض الدهنية (ميدي-فا) للاستخراج السريع من الدهون الكلية، دون فصل جزء الفوسفورية، من الثقافات الخالصة ك تقنية تحديد الميكروبية. هذه الطريقة هيسريع ولكن أقل ملاءمة لعينات التربة لأنها تفتقر إلى خطوة أولية تفصل جزيئات التربة وتبدأ بدلا من ذلك مع رد فعل التصبن التي من المرجح أن تنتج التحف من المادة العضوية الأساسية في التربة. توضح هذه المقالة الطريقة التي تزيد الإنتاجية بينما موازنة الجهد والدقة لاستخراج الدهون من أغشية الخلايا من الكائنات الحية الدقيقة لاستخدامها في توصيف كل من الدهون الكلية والوفرة النسبية للدهون مؤشر لتحديد بنية المجتمع الميكروبية التربة في الدراسات مع العديد من العينات. الطريقة تجمع بين الدقة التي تحققت من خلال التنميط بلفا عن طريق استخراج وتركيز الدهون في التربة كخطوة أولى، والحد من الجهد من خلال سابونيفينغ المواد العضوية المستخرجة ومعالجة مع طريقة ميدي-فا كخطوة ثانية.

يمكن تجميع جداول البيانات من التقارير في جدول بيانات أو قاعدة بيانات. بعد تعديل عامل الاستجابة (عامل تصحيح يطبع الاستجابة لأطوال سلسلة مختلفة)، يمكن مقارنة مناطق الذروة مع منطقة الذروة من المعايير الخارجية أو الداخلية للوصول إلى تركيز في المستخلص. من خلال تقسيم من خلال كتلة من التربة المستخرجة، ويمكن التعبير عن البيانات كما كتلة من فام لكل غرام من التربة، أو باستخدام الوزن الجزيئي لكل فام، وأكثر شيوعا ذكرت نمول في كل غرام من التربة. مجموع فامس الميكروبية يدل على إجمالي الكتلة الحيوية الميكروبية، ويمكن مقارنة بين العلاجات ( الشكل 1 ). ويمكن أيضا أن ترتبط بعض فاميس مع مجموعات ميكروبية معينة مثل الجرام إيجابية أو البكتيريا سالبة الجرام، الشعيات، الفطريات الفطرية ميكروهيزال، والفطريات سابروتروفيك 19 ، 20 ، <sأوب كلاس = &quot;كريف&quot;&gt; 21 ، 22 ، 23 ، 24 . نسب الكتلة من المؤشرات الحيوية محددة يمكن أن تعكس وفرة النسبية لهذه المجموعات ( الشكل 2 ). عموما أنماط وفرة فام خلق بصمات على مستوى المجتمع، والتي تسمح بمقارنة الاختلاف المجتمع الميكروبي من خلال تقنيات متعددة المتغيرات مثل التنسيق ( الشكل 3 ). وعلى النقيض من معظم النهج القائمة على الحمض النووي، يمكن تحليل بيانات الدهون على مستوى المجتمع إما كوفرة نسبية أو مطلقة. وإذا اختلف مجموع الكتلة الحيوية اختلافا كبيرا بين العينات، فإن هذين النهجين سيعطيان نتائج مختلفة جدا؛ فإن الأسئلة الإيكولوجية التي تقوم عليها التجربة ينبغي أن تحدد النهج الذي يستخدم. <img alt="شكل 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55310/55310fig1.jpg" /> F<html> إيغور 1 : مجموع الكتلة الحيوية فام. مقارنة بين إجمالي الكتلة الحيوية فام العلامات الحيوية (نمول ز -1 التربة) من الذرة المستمرة، المخصبة المرج، والمروج غير المخصبة. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55310/55310fig1large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.</a> <img alt="الشكل 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55310/55310fig2.jpg" /> الشكل 2 : الكتلة الحيوية فام من البكتيريا والفطريات. مقارنة العلاج من البكتيرية والفاكهة فام بيوماركر الكتلة الحيوية (نمول ز -1 التربة) من الذرة المستمرة، المخصبة المرج، و البراعم غير المخصبة.كتلة فطرية وبكتيرية من وفرة المطلقة. متوسط ​​(سوم f / سوم b). <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55310/55310fig2large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.</a> ve_content &quot;فو: كيب-together.within-بادج =&quot; 1 &quot;&gt; <img alt="الشكل 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55310/55310fig3.jpg" /> الشكل 3 : غير متري الأبعاد التحجيم من المؤشرات الحيوية الدهون فام. مقارنة بين المجتمع الميكروبي الكلي باستخدام ملامح وفرة المطلقة من جميع المؤشرات الحيوية الدهون فام الميكروبية. وفي هذا المثال، تفصل المجتمعات المتواصلة من الذرة والمراعي غير المخصبة عن بعضها البعض وهي متباعدة جدا في حين أن بعض عينات البراري المخصبة لها مجتمعات ميكروبية تشبه تلك التي تنتمي إلى الذرة، بينما تشبه غيرها من البراري غير المخصب. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55310/55310fig3large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.</a> <img alt="الجدول 1" src="/files/ftp_upload/55310/55310table1.jpg" /> الجدول 1: T ح ه حتىوأضاف ل فين نوع تي، propor منظمة الشفافية الدولية على الصورة ز -1 التربة، وهو د ر ح مجلة إكزكتف إنتلجنس ريفيو أوردي ص س و إضافة ITI س ن. هذا أمر مهم لاستخلاص صحيح وفصل من العضوي ومائي طور.

Watch this Scientific Journal Video about A Lipid Extraction and Analysis Method for Characterizing Soil Microbes in Experiments with Many Samples at JoVE.com

A Lipid Extraction and Analysis Method for Characterizing Soil Microbes in Experiments with Many Samples (Video) | JoVE

ويصف المقال طريقة تزيد من الإنتاجية في حين موازنة الجهد والدقة لاستخراج الدهون من أغشية الخلايا من الكائنات الحية الدقيقة لاستخدامها في توصيف كل من الدهون الكلية والوفرة النسبية للدهون مؤشر لتحديد بنية المجتمع الميكروبية التربة في الدراسات مع العديد من العينات.

A استخراج الدهون وتحليل طريقة لتوصيف ميكروبات التربة في تجارب مع العديد من العينات

Microbial communities are important drivers and regulators of ecosystem processes. To understand how management of ecosystems may affect microbial ...

Research

JoVE Journal

Environment

A Lipid Extraction and Analysis Method for Characterizing Soil Microbes in Experiments with Many Samples

Design and Operation of a Continuous 13C and 15N Labeling Chamber for Uniform or Differential, Metabolic and Structural, Plant Isotope Labeling

Design and Operation of a Continuous 13C and 15N Labeling Chamber for Uniform or Differential, Metabolic and Structural, Plant Isotope Labeling (Video) | JoVE

تصميم وتشغيل المستمر<sup&gt; 13</sup&gt; C و<sup&gt; 15</sup&gt; N غرفة صفها الموحدة لأو التفاضلية، الأيض والإنشائية، مصنع النظائر وصفها

Tracing rare stable isotopes from plant material through the ecosystem provides the most sensitive information about ecosystem processes; from CO2 fluxes ...

A Simple Method for Automated Solid Phase Extraction of Water Samples for Immunological Analysis of Small Pollutants

A Simple Method for Automated Solid Phase Extraction of Water Samples for Immunological Analysis of Small Pollutants (Video) | JoVE

طريقة بسيطة لالآلي المرحلة الصلبة استخراج عينات المياه للتحليل المناعية من الملوثات الصغيرة

A new method for solid phase extraction (SPE) of environmental water samples is proposed. The developed prototype is cost-efficient and user friendly, and ...

Extracting Metrics for Three-dimensional Root Systems: Volume and Surface Analysis from In-soil X-ray Computed Tomography Data

Extracting Metrics for Three-dimensional Root Systems: Volume and Surface Analysis from In-soil X-ray Computed Tomography Data (Video) | JoVE

استخراج المقاييس لأنظمة جذر ثلاثي الأبعاد: حجم والسطحية تحليل من في التربة الأشعة السينية بالكمبيوتر بيانات التصوير المقطعي

Plant roots play a critical role in plant-soil-microbe interactions that occur in the rhizosphere, as well as processes with important implications to ...

Soil Lysimeter Excavation for Coupled Hydrological, Geochemical, and Microbiological Investigations

Soil Lysimeter Excavation for Coupled Hydrological, Geochemical, and Microbiological Investigations (Video) | JoVE

التربة مقياس الذوبان الحفر في جانب الهيدرولوجي، الجيوكيميائية، والتحقيقات الميكروبيولوجية

Studying co-evolution of hydrological and biogeochemical processes in the subsurface of natural landscapes can enhance the understanding of coupled ...

Nanopore DNA Sequencing for Metagenomic Soil Analysis

Nanopore DNA Sequencing for Metagenomic Soil Analysis (Video) | JoVE

نانوبوري تسلسل الحمض النووي لتحليل التربة الجينومية

This article describes the steps for construction of a DNA library from soil, preparation and use of the nanopore flow cell, and analysis of the DNA ...

Measuring and Mapping Patterns of Soil Erosion and Deposition Related to Soil Carbonate Concentrations Under Agricultural Management

Measuring and Mapping Patterns of Soil Erosion and Deposition Related to Soil Carbonate Concentrations Under Agricultural Management (Video) | JoVE

قياس وتحديد أنماط من تآكل التربة وترسب المتصلة بتركيزات كربونات التربة تحت الإدارة الزراعية

Spatial patterns of soil erosion and deposition can be inferred from differences in ground elevation mapped at appropriate time increments. Such changes ...

Collection and Extraction of Occupational Air Samples for Analysis of Fungal DNA

Collection and Extraction of Occupational Air Samples for Analysis of Fungal DNA (Video) | JoVE

جمع واستخراج عينات من الهواء المهنية لتحليل الحمض النووي الفطرية

Traditional methods of identifying fungal exposures in occupational environments, such as culture and microscopy-based approaches, have several ...

Isolation and Analysis of Microbial Communities in Soil, Rhizosphere, and Roots in Perennial Grass Experiments

Isolation and Analysis of Microbial Communities in Soil, Rhizosphere, and Roots in Perennial Grass Experiments (Video) | JoVE

عزل وتحليل المجتمعات الميكروبية في التربة، رهيزوسفيري، وجذور في تجارب الأعشاب المعمرة

Plant and soil microbiome studies are becoming increasingly important for understanding the roles microorganisms play in agricultural productivity. The ...

Single-throughput Complementary High-resolution Analytical Techniques for Characterizing Complex Natural Organic Matter Mixtures

Single-throughput Complementary High-resolution Analytical Techniques for Characterizing Complex Natural Organic Matter Mixtures (Video) | JoVE

واحد الإنتاجية التكميلية التقنيات التحليلية عالية الدقة لوصف خليط معقد من المواد العضوية الطبيعية

Natural organic matter (NOM) is composed of a highly complex mixture of thousands of organic compounds which, historically, proved difficult to ...

High-throughput Siderophore Screening from Environmental Samples: Plant Tissues, Bulk Soils, and Rhizosphere Soils

High-throughput Siderophore Screening from Environmental Samples: Plant Tissues, Bulk Soils, and Rhizosphere Soils (Video) | JoVE

الفحص سيديروفوري الفائق من العينات البيئية: زراعة الأنسجة، والتربة السائبة، وتربة Rhizosphere

Siderophores (low-molecular weight metal chelating compounds) are important in various ecological phenomenon ranging from iron (Fe) biogeochemical cycling ...