Name: a lipid extraction and analysis method for characterizing soil microbes in experiments with many samples
Uploaded: 2017-07-16T13:00:00
Duration: 17 min 39 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Lipid Extraction and Analysis Method for Characterizing Soil Microbes in Experiments with Many Samples at JoVE.com

Dit werk is gedeeltelijk gefinancierd door het DOE Great Lakes Bioenergie Research Center (DOE BER Office of Science DE-FC02-07ER64494) en DOE OBP Office of Energy Efficiency and Renewable Energy (DE-AC05-76RL01830). De auteurs willen Anders Gurda graag erkennen voor zijn geduldige en bekwame bijdrage aan videografie en editing.

OPMERKING: Draag altijd geschikte persoonlijke beschermingsmiddelen (PPE) gedurende de hele procedure. Om potentiële monsterverontreiniging te vermijden, raakt u geen glaswerk met blote handen aan. Draag geschikte handschoenen bij het uitvoeren van protocolstappen die de behandeling van chloroform vereisen. 1. Voorbereidingen (2 dagen voor ~ 40 monsters) <ol><li> Verzamel grond in steriele zakken en vervoeren van het veld in een ijskoeler. Als het niet mogelijk is om verse grond onmiddellijk te sijpen en onmiddellijk te bevriezen, bewaart u de monsters in een -80 ° C diepvries totdat u klaar bent met de analyse. </li><li> Bereid de grond door homogeniseren. Verwijder wortels en stenen en knip het door grof zeven ( bijv. 2 mm). </li><li> Bereid u voor vriesdrogen door submonsters in een geschikte container volgens instructies van de handvries van de vriesdroger zo snel mogelijk te vriezen. Zodra de bodems zijn bevroren, bewaren ze in een afgesloten houder met droogmiddel tot extractie. Het is het beste om te sGescheurde bevroren grond op een minimum van -20 ° C, maar bij voorkeur bij -80 ° C. </li><li> Ter voorbereiding op de extractie, verwijder bevroren gedroogde grondstoffen uit de opslag en maal tot een bloemachtige consistentie. Methoden voor het slijpen omvatten kogelmolen, kogelkoker en mortel en stamper. Bewaar in een diepvriezer na het slijpen (zie 1.3). OPMERKING: De hoeveelheid monster die wordt gebruikt voor extractie hangt af van het gehalte aan organische stoffen. Een algemene richtlijn is om 0,5 tot 1 g van een bodem te gebruiken die 12 tot 18 gew.% Koolstof is en 3 tot 5 g voor een bodem van 1 tot 3 gew.% Koolstof. </li><li> Spoel 30 ml centrifugebuizen met hexaan af. Voeg ongeveer 2 tot 3 ml hexaan toe aan buizen en vortex gedurende 5 sec. Dek hexaan aan een andere buis en vortex. Hexaan (2 tot 3 ml) kan worden gebruikt om zes buizen serieel te spoelen. Houd de met hexaan gespoelde buizen om in de afzuigkap omgedraaid en verwijder tweedehands hexaan in een geschikte afvalbak. </li><li> Wikkel de glaswerk in 2 tot 3 lagen aluminiumfolie en plaats in de muffeoven. Bakken(Muffle) glaswerk bij 450 ° C gedurende 4,5 uur. </li><li> Reagens reageren. <ol><li> Voor de bodem hoeveelheid gebruikte chemicaliën toe te voegen in een 0,8: 1: 2 volumeverhouding op fosfaat-buffer (P-buffer): CHCl3: MeOH. </li><li> Bereid P-bufferoplossing: Fosfaatbuffer: 0,1 M, pH 7,0. <ol><li> Voeg 61 ml 1M K 2 HPO 4 voorraad toe, steriel (chemisch moet ACS gecertificeerd zijn of beter). Voeg 39 ml 1 M KH 2 PO 4 voorraad toe, steriel (chemisch moet ACS gecertificeerd zijn of beter). Vul tot 1000 ml met type 1 water. Pas de pH aan op 7,0 met NaOH of HC1. Bewaar ongebruikte oplossing voor maximaal 7 d bij omgevingstemperatuur of 30 dagen in de koelkast. </li><li> Alternatief weeg 10,62 g K 2 HPO 4 en 5,31 g KH 2 PO 4 af ; Verdund tot 1 liter met type 1 water. Controleer de pH, pas indien nodig aan. </li></ol></li><li> Reagent 1, Saponificatie Reagens Repareer. <ol><li> Dispenseer 300 ml van type 1 water.Voeg 300 mL CH3OH (HPLC-kwaliteit of hoger). Voeg 90,00 g NaOH (gecertificeerd ACS of beter) toe. Voeg NaOH pellets toe aan de oplossing onder roeren. Roer tot de pellets oplossen. Het is aan te bevelen deze oplossing niet meer dan 30 d te bewaren. </li></ol></li><li> Reagent 2 opstellen, methyleringsreagens. <ol><li> Afzien 275 ml CH3OH (HPLC-kwaliteit of hoger). Voeg 325 ml gecertificeerd 6,00 N HCL bij roeren. Het is aan te bevelen deze oplossing niet meer dan 30 d te bewaren. </li></ol></li><li> Bereid Reagens 3, Extraction Reagent: 50% C 6H 14 (hexaan), 50% C 5 H 12 O (MTBE). <ol><li> Combineer 200 ml C 6 H 14 (HPLC-gehalte of hoger) en 200 ml C 5 H 12 O (HPLC-gehalte of hoger) in de afzuigkap. Goed mengen; Cap stevig. Bewaar in vlamkastenkast of afzuigkap voor maximaal 1 jaar. </li></ol></li><li> Reagent 4 opmaken, Reagens op basiswas reageren. <ol><li> Dispense 900Ml van type 1 water aan beker. Voeg 10,80 g NaOH (gecertificeerde ACS of beter) bij roeren toe. Roer tot de pellets oplossen. Het is aan te bevelen deze oplossing niet meer dan 30 d te bewaren. </li></ol></li><li> Bereid voorraadoplossing van de interne standaard op. <ol><li> Weeg 100 mg van 19: 0 EE-standaard af. Voeg toe aan 50 ml hexaan gespoeld volumetrische fles. Voeg ~ 15 ml Hexane-MTBE-oplossing (reagens 3) toe aan de fles, wervel om op te lossen. Boven 50 ml met Hexane-MTBE-oplossing (reagens 3). Cap en wervel om te mengen. Overbrengen naar hexaan gespoelde glazen buizen met PTFE gevoerde caps en opslaan bij -20 ° C. </li></ol></li></ol></li></ol> 2. DAG 1 - Extractie van vetzuren uit de grond (4 tot 5 uur voor ~ 40 monsters) <ol><li> Bereid drie 5 tot 10 ml afgiftepipetten voor P-buffer, chloroform en methanol. OPMERKING: Minder gevaarlijke alternatieven voor chloroform zijn voorgesteld als extractiemiddelen. Deze kunnen resulteren in equivalente lipide herstelwaarden 16 </sUp&gt; , 17 , maar worden niet geëvalueerd in dit protocol. </li><li> Weeg gevriesdroogde bodems in 30 ml centrifugebuizen en registreer de bodemmassa. </li><li> Maak twee spaties en sluit een checkstandaard in (een grond die eerder is geëxtraheerd). </li><li> In de zuurkast, voeg de reagentia om de bodem van de centrifugebuis in de volgende volgorde: P-buffer, CHCl3 en MeOH (tabel 1). Laat de bodem na het toevoegen van de CHCl 3 na het toevoegen van de P-buffer nat worden. Cap de centrifuge buizen stevig en bedek om te beschermen tegen licht. </li><li> Plaats ze op de schudder horizontaal en zorg ervoor dat ze goed beveiligd zijn. Met de snelheid instelling op 280 rpm, schud 1 uur 18 . </li><li> Bereid twee 16 mm x 150 mm glazen buizen voor elk monster als volgt: Label de buis en voeg dezelfde hoeveelheid CHCI3 en een gelijk volume van P-buffer. </li><li> Verwijder de centrifugebuizen uit de shaker en centrifugeer gedurende 10 minuten bij 1.430Xg en 25 ° C. Fasescheiding moet zichtbaar zijn in de glazen buis. </li><li> Dek de supernatant uit de centrifugebuis in een dampkoker in een van de buizen bereid in stap 2.6. Herhaal stappen 2.4 tot en met 2.5 en dek de supernatant in de tweede buis. </li><li> Beveilig alle 16 mm × 150 mm glazen buizen met PTFE-beklede kapjes en draai invert 10 x om te mengen. </li><li> Laat de monsters &#39;s nachts ongestoord staan ​​om de twee fasen te scheiden. Om dit te doen, houd de monsters in een donkere kast / ruimte of bedekt met aluminiumfolie bij kamertemperatuur. Het is aanvaardbaar om de extracten in het weekend te laten scheiden. <ol><li> Als alternatief, als u direct naar de volgende stap wilt gaan, of als u de volgende dag verstoord raakt, centrifuge u de monsters gedurende 10 minuten bij 1.000 xg en 25 ° C. OPMERKING: Onderwerp alle monsters binnen een vergelijkingsgroep tot dezelfde fase van de scheiding van de fase. </li></ol></li></ol> 3 DAGEN2 - Isolatie van lipiden (3 tot 4 uur voor ~ 40 monsters) <ol><li> Zet de verdampingsapparaat en de oplosmiddelafleider aan. Stel verdampingsapparaat op 33 ° C en voorverwarmen. </li><li> Zuig een vacuüm aspirator in de kap: een zijarmkolf verbonden met een vacuümpomp, een lengte met hoge zuiverheidslang en een glazen pipet. </li><li> Aspireer de bovenste laag en de interface (ongeveer 2/3 van de weg naar beneden) van de twee glazen buizen, houd de waterlaag vast. Herhaal het proces met een schoon pipet voor elk monster. </li><li> Combineer de waterige extraktlagen van de tweede buis met die in de eerste buis door zorgvuldig af te decanteren. Zorg ervoor dat de buis die afvalt, vrij is van krassen of krassen. </li><li> Zodra de CHCl 3 extracten zijn gecombineerd, controleer de vloeistof - het moet duidelijk zijn. Voeg MeOH niet toe totdat het duidelijk is. </li><li> Droog alle monsters af met behulp van de vacuümverdampingsapparaat. Begin met instellingen van temperatuur 33 ° C, draaikolk snelheid 26% en druk 400 mbar. </li><li> PKant de monsters in het verdampingssysteem en laat na 10 minuten de druk langzaam tot 350 mbar verlagen. </li><li> Controleer de voortgang en wanneer het vloeistofniveau in de buis het niveau van het verwarmingsblok heeft bereikt, verlaag de druk naar 300 mbar. </li><li> Controleer de hoogte van de resterende vloeistof en wanneer het ongeveer 1 cm diep is, verminder de druk tot 200 mbar. </li><li> Nadat de monsters gedroogd zijn, verwijder u monsters en laat de pomp 10 minuten verder lopen om dampen te verwijderen. </li><li> Pak de buizen stevig vast en houd de lipiden in een vriezer op -80 ° C. </li><li> Verwijder de aangezogen vloeistof volgens de geldende chemische veiligheidsvoorschriften. </li></ol> 4. DAG 3 - Saponificatie en methylering (6 tot 7 uur voor ~ 40 monsters) <ol><li> Zet de waterbaden aan. Stel bad 1 tot 95 ° C en bad 2 tot 80 ° C. </li><li> Stel de pipet dispensers in en zorg ervoor dat ze het juiste volume verdelen. Reagens 1: 1 ml per monster Reagens 2: 2 ml per monster Reagens 3: 1,25 ml per monster Reagens 4: 3 ml per monster OPMERKING: Het verwarmingsproces zal druk in de buis bouwen. Gebruik geen krassen, gebarsten of gescheurde buizen. </li><li> Met behulp van een pipet dispenser voeg 1,0 ml Reagent 1 toe aan de gedroogde lipiden. Cap stevig, vortex voor 5 s en plaats in een rek. </li><li> Plaats het rek van de monsterbuizen in het waterbad van 95 ° C gedurende 5 minuten. Verwijder het rek van buizen uit het bad en controleer de buizen voor lekken, aangegeven door bellen die in de buis stijgen. Houd de kapjes van lekkende buizen vast of vervang ze en controleer ze opnieuw op kraken of chips. Verhit de buizen in het waterbad gedurende nog 10 minuten. </li><li> Verwijder monsters uit bad 1 en plaats in bad 2 (80 ° C) en voer de incubatie gedurende nog eens 15 minuten door. </li><li> Verwijder de buizen en afkoel de monsters door het rack in een bak met kraanwater te plaatsen voor koeling. </li><li> Voeg 2 ml Reagent 2 toe aan elk monster. Dop strak en vortex voor 5 tot 10s. </li&gt; <li> Plaats het rek in het waterbad van 80 ° C en incubeer gedurende 10 minuten. </li><li> Verwijder het rek van buizen uit het waterbad en plaats in een bakje kraanwater voor koeling. Roer het rek van buizen om het koelproces te versnellen. OPMERKING: Tijd en temperatuur niet overschrijden. Te veel verwarming kan FAMEs afbreken. </li><li> Met behulp van de pipet dispenser voeg 1,25 ml Reagent 3 toe aan elke monsterbuis om de vetzuurmethylesters te extraheren. Doe de stekker stevig vast en zet de buizen op de shaker gedurende 10 minuten. </li><li> Na het schudden, laat het rack van de buizen 10 minuten zitten, zodat de fasen kunnen scheiden. Breng de organische fase (bovenste laag) over op een glasbuis van 16 mm x 100 mm met een glazen pipet. </li><li> Herhaal de extractie door Reagent 3 opnieuw toe te voegen, te schudden, fasen te scheiden en de bovenste fase over te dragen. OPMERKING Zet geen van de onderste fase over. Het is goed om een ​​kleine hoeveelheid topfase in de buis te verlaten. </li><li> Met behulp van de pipet dispenser, voeg 3 ml Reagent 4 tot th toeE 16 mm x 100 mm buizen. </li><li> Doe de proefbuizen stevig en vortex voor 20-30 s. </li><li> Na vortexing centrifugeer gedurende 3 minuten bij 1.000 × g. </li><li> Met een schone glazen pipet, aspireer de bovenste organische fase en overbrengen naar een 4- ml amber flesje. </li><li> Zet de verdampingsapparaat en de oplosmiddelafleider aan. Stel de verdampingsinrichting op 30 ° C, de vortex snelheid tot 26%, het vacuüm tot 200 mbar, en druk voorverwarming. </li><li> Monitor de voortgang. Nadat de monsters gedroogd zijn, verwijder u monsters en laat de pomp 10 minuten verder lopen om dampen te verwijderen. </li><li> Verwijder pipet uit de reagensflessen 1 en 4 en pomp door middel van verdund zuur ( bijv. 1% HCl), gevolgd door DI water. Spoel de pipet die wordt gebruikt voor Reagent 2 door te pumpen via DI water. In het afzuigkap moet u het oplosmiddel van de pipet die Reagent 3 gebruikt, in een passende houder afvoeren en in de afzuigkap houden totdat de oplosmiddelresiduen zijn verdampt. </li><li> Bewaar de pipetten omgekeerd, met de plunjer verwijderd om de klep te voorkomenG van de controleventielen. </li><li> Gebruik eenmaal een glaspijp en doe dan een passende houder in. </li><li> In de afzuigkap laten oplosmiddelresiduen op glaswerk om te verdampen. </li><li> Spoel glaswerk met schoon water en wasmiddeloplossing. </li></ol> 5. DAG 4 - Voorbereiding van de werkoplossing en overdracht van FAMEs naar de GC-injectieflacons (2-3 uur voor ~ 40 monsters) <ol><li> Verzamel materialen: 4 ml amber flesjes met gedroogde monsters; Amber 2 ml GC flesjes; 400 μL platte bodem glazen inserts en caps; 500 μL glazen spuit; 50 ml volumetrische fles; Voorraadoplossing - Ethyleanadecanoaat (19: 0 EE interne standaard) in 50/50 hexaan / MTBE (Reagent 3). </li><li> Met behulp van de glazen spuit, voeg 500 μL ethyl nonadecanoaat (19: 0 EE) voorraadoplossing toe aan een 50 ml volumetrische fles. </li><li> Vulkolf in volumetrische score met Reagent 3. </li><li> Cap fles en omgekeerde 5x om te mengen. </li><li> Breng 3 ml over aan een schone 4 ml injectieflacon voor een werkoplossingsreservoir. </li><li> Met behulp van thE glazen spuit, voeg 300 μL van de werkoplossing toe aan elk van de 4 ml flesjes die de gedroogde vetzuurmethylesters en pet bevatten. </li><li> Vortex het monster gedurende 15 s en zet opzij om 15 minuten te staan. </li><li> Met behulp van een glaspasteurpipet, zet de gesuspendeerde vetzuurmethylesters zorgvuldig over op een 2 ml GC-injectieflacon met de 400 μL insert. </li><li> Bewaar verzegelde GC-injectieflacons in een -20 ° C vriezer voorafgaand aan de analyse. </li><li> Stuur monsters voor GC analyse. OPMERKING: De analyse moet worden uitgevoerd met behulp van een specifieke GC-kolom en voorwaarden die worden beschreven in aanvullend bestand S1 . Het is best dat de GC-analyse binnen 2 weken na methylering wordt voltooid. </li></ol>

De auteurs hebben niets te onthullen.

Voor het onderzoek van meerdere monsters uit experimenten met veel replicaten en / of experimentele eenheden, kunnen onderzoekers fosfolipide vetzuuranalyse (PLFA) onvoldoende vinden in termen van tijd en materialen 25 . Met de PLFA-methode worden celmembraanfosfolipiden geëxtraheerd, gezuiverd en geïdentificeerd met gebruikmaking van de gemodificeerde Bligh en Dyer 26 tweefase waterige organische extractie. Dit wordt gevolgd door vaste fase silica chromatografie om lipiden door polariteit te scheiden en een alkalische methylering van fosfolipide vetzuren in vetzuurmethylesters. In PLFA kan profielen lipide opbrengst laag zijn maar met een zeer hoge zuiverheid. Microbiële ID introduceerde een alternatieve methode, de methyleester-methode van de vetzuur (MIDI-FA). In de MIDI-FA methode worden alle lipiden rechtstreeks geëxtraheerd uit pure culturen of grond- / sedimentmonsters 11 , 12 , 27 tot en metverzeping. Deze methode heeft een lager lipideverlies en is snel omdat het geen van de concentratie- of zuiveringsstappen van de PLFA-methode heeft. Hoewel de MIDI-FA methode snel en minder duur is, omdat het oorspronkelijk is ontworpen voor het identificeren van organismen in pure cultuur, zijn er geen initiële extractie- of zuiveringsstappen. Zo kan het lipide-achtige verbindingen omvatten die gecoëxtraheerd zijn uit bodem organisch materiaal dat de gemeenschapshandtekening 27 , 28 , 29 vervormt. Omdat deze opname ook biomassa-maatregelen kan vervormen, is MIDI-FA doorgaans alleen gebruikt om grondlipiden 13 grof kwalitatief te beschrijven. De procedure die we hier beschrijven combineert het beste van de twee afzonderlijke extractieprocedures: 1) een extractie en concentratie van lipiden met behulp van de gemodificeerde methode Bligh and Dyer 26 , en 2) de vetzuurmethylester saPonificatie-, methylering-, extractie- en basiswasprocedure die commercieel is ontwikkeld. Deze methode is ontwikkeld om de voordelen van beide van deze protocollen te bereiken, terwijl de nadeel 15 tot een minimum wordt beperkt. Door de initiële extractie uit te voeren en de organische oplosbare componenten ( bijv. Lipiden) te isoleren voorafgaand aan het uitvoeren van MIDI-FA, en dit te voltooien met een zuiveringsstap, biedt dit protocol een evenwicht tussen snelheid en precisie. Hoewel deze methode mogelijk niet geschikt is wanneer hoge zuiverheid vereist is (dat wil zeggen bij 13 C PLFA analyse) of bij het analyseren van fosfolipiden en neutrale lipiden afzonderlijk, kan het in veel gevallen het detecteren van microbiële gemeenschapsreacties op milieuomstandigheden met grotere gevoeligheid dan DNA-gebaseerd Methoden 30 , 31 , 32 , 33 . Membraanlipiden ontleden snel na de dood van de cel waardoor ze kunnenWeerspiegelen de levende microbiële gemeenschap ten tijde van steekproefneming 5 , 7 , in tegenstelling tot milieu-DNA waarin veel van de informatie afkomstig is van dode of inactieve organismen 34 . Gezien het hoge dormiteitsniveau tussen bodemmicro-organismen 35 , kan de karakterisering van levende biomassa worden gebruikt om temporele plant-microbe-interacties op een relatief fijne temporale schaal te begrijpen en lipidbiomarkers kunnen gebruikt worden om de fysiologische status van de microbiële gemeenschap te beoordelen 7 . Er is gebleken dat hoge doorvoermethoden nodig zijn om microbiële respons in grote veldinstellingen 25 te beoordelen en terwijl de methode die we hier voorstellen niet de nauwkeurigheid van PLFA biomarkerprofielen repliceert, verhoogt het de doorvoer, terwijl de variabiliteit die met de MIDI-FA gerealiseerd wordt, worden beperkt procedure. De methode is bewezen een effectief hulpmiddel bij het aanpakkenVragen over microbiële gemeenschapsdynamiek op een breed scala aan gronden in grootschalige landbouw- en ecosysteemstudies 36 , 37 , 38 , 42 , 43 , 44 , 45 , 46 , 47 , 48 , 49 , 50 . Lipid klassen worden gecombineerd met deze methode en er kan een verlies van de informatie in die afzonderlijke klassen 22 , 39 zijn , maar het combineren van de lipideclassen kan de kracht versterken om de arbusculaire mycorrhizale schimmels herkenning van de 16: 1 co5c van beide fosfo - en neutrale lipiden 40 . Bovendien, terwijl tHet aantal onbekende vetzuren (die afkomstig is van niet-levend organisch materiaal) kan bij deze methode hoger zijn, het bleek lager te zijn dan MIDI-FA en zorgt voor een vergelijking van de lipidenprofielen van de behandeling bij studies met veel monsters waarbij het monster Doorvoercapaciteit is een zorg 15 . De neutrale fractie wordt meestal geacht hoofdzakelijk afkomstig te zijn van opslaglipiden die door schimmels worden geproduceerd, hoewel er ook een kleinere bijdrage kan leveren uit de bodem fauna 41 . In dit licht kan de hier beschreven werkwijze resultaten opleveren die een grotere bijdrage van de schimmellipiden 18: 2 co 6,9c en 18: 1 co 9c tonen dan PLFA. De andere lipiden die in de neutrale fractie voorkomen zijn enkele van de verzadigde vetzuren, bijv. 16: 0, 18: 0, 20: 0. Er zijn verschillende manieren waarop lipide data uitgedrukt en geanalyseerd kunnen worden. De meest voorkomende voorstellingen zijn overvloed (nmol g -1 grond), mole fractioN (nmol individuele lipide nmol -1 totale lipide) en molprocent (molfractie * 100). Normaliseerd door de totale lipiden in een monster, molfractie en molprocent zijn maatregelen van de relatieve overvloed van een gegeven lipide. Na een geschikte transformatie, bijvoorbeeld , arcsine vierkantswortel, molefractie is geschikt voor gebruik in analyse door hoofdcomponenten of redundantieanalyse-coördinatie. Overvloed is de absolute hoeveelheid van een gegeven lipide geëxtraheerd per gram grond. Omdat de hoeveelheid lipide per cel redelijk constant is en de lipidextractie zeer efficiënt en uitgebreid is, is totale overvloed een goede schatting van de totale lipiden en het overvloed aan sleutelindicatoren weerspiegelt de biomassa van de ecologische groep die het vertegenwoordigt 17 . Tenslotte is een goede manier om naar de microbiële gemeenschapssamenstelling te kijken, gebruik te maken van multivariate analysemethoden 16 , bijvoorbeeld ordeningsmethoden zoals nonmetrische multidimensionale schaling (NMDS -Die geen data transformatie nodig heeft) of principe componenten analyse (PCA), kan nuttig zijn voor het vergelijken van de relatieve overvloed van alle lipide biomarkers.

<html> Gezien de sleutelrol van micro-organismen in de voedingscyclus 1 , wijziging van plantengemeenschapssamenstelling 2 , regulering van plantproductiviteit 3 en decompositie van organische stof 4 , is het begrip van bodemmicrobiële gemeenschappen van vitaal belang om terrestrische ecosystemen te begrijpen. Vanwege hun relatief hoge overvloed in bodem en hun chemische handtekening kunnen lipide biomarkers worden gebruikt om de dominante ecologische groepen te profileren die bodemmicrobiële gemeenschappen omvatten 5 . Door het kwantificeren van lipide biomarkers die kenmerkend zijn voor verschillende microbiële groepen, kunnen we de totale lipiden schatten en deze lipiden vervolgens scheiden in ecologisch relevante groepen, zoals Gram-positieve (Gm +) en Gram-negatieve (GM) bacteriën, arbusculaire mycorrhizale (AM) en saprotrofe Schimmels en actinomyceten 5 ,<html> Ss = &quot;xref&quot;&gt; 6 , 7 , 8 . Er zijn veel methoden om aspecten van microbiële gemeenschappen te karakteriseren. De PLFA-methode is een die algemeen gebruikt wordt om de basis microbiële gemeenschap structuur te begrijpen. Het is een effectieve manier om de relatieve overvloed aan microbiële groepen en totale microbiële biomassa te beoordelen. Door de snelle lipideverschakeling maakt PLFA-profilering ook relatief snelle detectie van veranderingen in de bodemmicrobiële gemeenschap mogelijk en geeft informatie die een vergelijking van de ecosysteemfunctie mogelijk maakt, bijvoorbeeld schimmel: bacterieverhoudingen om de voedingscyclus 1 , 9 , 10 te beoordelen . Echter, terwijl de PLFA-extractiemethode wordt geëerd en gerespecteerd, is het ook tijdrovend en leent het zich niet goed aan ecosysteem-schaalstudies die een groot aantal monsters van veldschaalreplicaten vereisenF &quot;&gt; 11 , 12 . In tegenstelling hiermee kan de extractiemethode voor vetzuurmethylester (MIDI-FA) het mogelijk maken om snel door te voeren. Bij deze methode worden monsters gesaponeerd, geconverteerd naar FAMEs, geëxtraheerd en vervolgens geanalyseerd. De MIDI-FA methode is snel maar minder discriminerend dan PLFA, die de extractie van lipiden combineert met scheiding van verschillende lipidklasse 13 (fosfolipiden, neutrale lipiden en glycolipiden). In dit protocol beschrijven we een methode die elementen combineert van zowel lipofilamenten als PLFA. Het maakt gebruik van extractie van lipiden met behulp van de initiële chloroform extractie stappen van de gemodificeerde Bligh en Dyer methode, en vervolgens verzeping en conversie naar FAMEs. Dit biedt een robuuste manier om microbiële gemeenschapsstructuur te detecteren, terwijl veel van het achtergrondgeluid uit niet-microbiële materialen 5 , 14 wordt uitgesloten </sup&gt;. Deze methode is ontwikkeld om een ​​evenwicht te vinden tussen zowel de PLFA- als MIDI-FA-protocollen, dwz de meeste nauwkeurigheid behouden terwijl de doorvoer verhoogd wordt, zodat het logistisch en economisch haalbaar is om lipiden uit grootschalige studies met veel monsters 15 te analyseren. Door de initiële extractie uit te voeren en de organische oplosbare componenten ( bijv. Lipiden) te isoleren voordat MIDI-FA wordt uitgevoerd, en dit met een zuiveringsstap afronden, biedt het protocol een evenwicht tussen snelheid en precisie.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="934">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:376px;">RapidVap</td>
			<td style="width:117px;">Labconco</td>
			<td style="width:119px;">7900000</td>
			<td style="width:323px;">Evaporative system</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">RapidVap</td>
			<td>Labconco</td>
			<td>7491400</td>
			<td>Sample block</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Chem-resistant vacuum pump</td>
			<td>Labconco</td>
			<td>7584000</td>
			<td>Vacuum pump</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Chemical trap cannister</td>
			<td>Labconco</td>
			<td>7815300</td>
			<td>Trap cannister</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Solvent insert</td>
			<td>Labconco</td>
			<td>7515200</td>
			<td>Solvent trap insert</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Diaphragm pump</td>
			<td>Welch</td>
			<td>7398000</td>
			<td>DryFast vacuum pump</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Water bath</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>15-462-15Q</td>
			<td>2 well water bath</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Gas chromatograph</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For sample analysis</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Centrifuge</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For sample separation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Freeze Dryer</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For sample lyophilization</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Repipet (6)</td>
			<td>BrandTech</td>
			<td>4720440</td>
			<td>For dispensing reagents</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Vortex</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>02-215-365</td>
			<td>Analog vortex mixer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Teflon centrifuge tubes</td>
			<td>Thermo/Nalgene</td>
			<td>3114-0030</td>
			<td>Teflon sample tubes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Caps</td>
			<td>Thermo/Nalgene</td>
			<td>DS3131-0020</td>
			<td>Caps for teflon tubes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Test tube</td>
			<td>Corning</td>
			<td>9825-16</td>
			<td>16x100mm tubes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Test tube</td>
			<td>Corning</td>
			<td>9825-16xx</td>
			<td>16x150mm tubes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Caps</td>
			<td>Corning</td>
			<td>9998-15</td>
			<td>15-415 thread black phenolic caps w/PTFE liner</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Pasteur pipets</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>13-678-20B</td>
			<td>14.6cm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">500 uL glass syringe</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>13684106LC</td>
			<td>Hamilton 81217</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Amber vials</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5182-0716</td>
			<td>4mL Amber vials</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Caps</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5182-0717</td>
			<td>Blue screw caps</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Inserts</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5181-3377</td>
			<td>400uL flat bottom glass inserts</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Standards</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">19:0 ethyl nonadecanoate (Ethyl nonadecanoate)</td>
			<td>VWR</td>
			<td>TCN0459-5G</td>
			<td>Analytical standard</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Chemicals</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Dipotassium phosphate (K2HPO4 - ACS grade or better)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Phosphate-Buffer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Potassium phosphate monobasic (KH2PO4 - ACS grade or better)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Phosphate-Buffer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Methanol (CH3OH - HPLC grade or better)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Reagents 1 &#38; 2</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sodium hydroxide (NaOH - ACS grade or better)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Reagents 1 &#38; 4</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Hydrochloric acid (6N HCL)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Reagent 2</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Hexane (HPLC grade or better)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Reagent 3</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MTBE (Methyl tert-butyl ether - HPLC grade or better)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Reagent 3</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a lipid extraction and analysis method for characterizing soil microbes in experiments with many samples

Microbiële gemeenschappen zijn belangrijke bestuurders en regelgevers van ecosysteemprocessen. Om te begrijpen hoe het beheer van ecosystemen microbiële gemeenschappen kan beïnvloeden, is een analyse van fosfolipide vetzuur (PLFA) een relatief precieze, maar inspannende intensieve techniek om microbiële samenleving te analyseren. PLFA is ontwikkeld om fosfolipide biomarkers te analyseren, die kan worden gebruikt als indicatoren van microbiële biomassa en de samenstelling van de brede functionele groepen schimmels en bacteriën. Het is meestal gebruikt om grondsoorten te vergelijken onder alternatieve plantengemeenschappen, ecologie en beheersregimes. De PLFA-methode blijkt gevoelig te zijn voor het opsporen van verschuivingen in de microbiële gemeenschapssamenstelling. Een alternatieve methode, extractie en analyse van vetzuurmethylester (MIDI-FA) werd ontwikkeld voor snelle extractie van totale lipiden, zonder scheiding van de fosfolipidfractie, uit pure culturen als een microbiële identificatie techniek. Deze methode isSnel, maar is minder geschikt voor bodemmonsters omdat het een eerste stap ontbreekt die gronddeeltjes scheidt en in plaats daarvan begint met een verzepingstoestand die waarschijnlijk artefacten op de achtergrond organische stof in de bodem produceert. Dit artikel beschrijft een methode die de doorvoer vergroot, terwijl de inspanningen en nauwkeurigheid worden gecompenseerd voor de extractie van lipiden uit de celmembranen van micro-organismen voor gebruik bij het karakteriseren van zowel totale lipiden als de relatieve overvloed aan indicatorlipiden om de microbiële structuur van de bodem te bepalen in studies met veel monsters. De methode combineert de nauwkeurigheid die wordt bereikt door PLFA-profilering door het opvullen en concentreren van bodemlipiden als een eerste stap, en een vermindering van de inspanning door het organisch materiaal te extraheren en te verwerken met de MIDI-FA methode als tweede stap.

De data tabellen uit de rapporten kunnen worden verzameld in een spreadsheet of database. Na het aanpassen van de responsfactor (een correctiefactor die het antwoord voor verschillende ketenlengten normaliseert) kunnen piekgebieden worden vergeleken met het piekgebied van externe of interne normen om tot een concentratie in het extract te komen. Door te delen door de massa uitgetrokken grond, kunnen de gegevens worden uitgedrukt als massa FAME per gram grond of, door het molecuulgewicht van elke FAME te gebruiken, de meer algemeen gemelde nmol per gram grond. De som van microbiële FAME&#39;s is indicatief voor totale microbiële biomassa, en kan vergeleken worden onder behandelingen ( Figuur 1 ). Bepaalde FAME&#39;s kunnen ook worden geassocieerd met bepaalde microbiële groepen zoals Gram-positieve of Gram-negatieve bacteriën, actinomyceten, arbusculaire mycorrhizale schimmels en saprotrofe schimmels 19 , 20 , , 22 , 23 , 24 . Verhoudingen van de massa van specifieke biomarkers kunnen de relatieve overvloed van deze groepen weerspiegelen ( Figuur 2 ). De totale FAME-overvloedpatronen maken vingerafdrukken op de community-niveau, waardoor vergelijking van microbiologische gemeenschapsverschillen mogelijk is door middel van multivariate technieken zoals ordinatie ( figuur 3 ). In tegenstelling tot de meeste DNA-gebaseerde benaderingen kan lipidegegevens op gemeenschapsniveau zowel als relatieve of absolute overvloed worden geanalyseerd. Als de totale biomassa aanzienlijk verschilt tussen monsters, zullen deze twee benaderingen zeer verschillende resultaten geven; De ecologische vragen die aan het experiment liggen, moeten bepalen welke aanpak wordt gebruikt. <img alt="Figuur 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55310/55310fig1.jpg" /> F<html> Iguur 1 : Totale FAME biomassa. Vergelijking van de totale biomassa Biomassa Biomassa (nmol g -1 bodem) van continue FAME-biomassa van continentale maïs, bevruchte prairie en niet-geperforeerde prairie. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55310/55310fig1large.jpg" target="_blank">Klik hier om een ​​grotere versie van deze figuur te bekijken.</a> <img alt="Figuur 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55310/55310fig2.jpg" /> Figuur 2 : FAME biomassa van bacteriën en schimmels. Behandeling vergelijking van biologische biologische biomassa (nmol g -1 grond) van bacteriële en schimmelvormige FAME-biomassa van continentale maïs, bevruchte prairie, en onbevruchte prairie. Zwam- en bacteriemassa uit absolute overvloed. Gemiddeld (som f / som b). <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55310/55310fig2large.jpg" target="_blank">Klik hier om een ​​grotere versie van deze figuur te bekijken.</a> Ve_content &quot;voor: keep-together.within-page =&quot; 1 &quot;&gt; <img alt="Figuur 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55310/55310fig3.jpg" /> Figuur 3 : Niet-metrische dimensionale schaal van FAME lipide biomarkers. Vergelijking van de totale microbiële gemeenschap met behulp van absolute overvloed profielen van alle microbiologische FAME lipide biomarkers. In dit voorbeeld zijn permanente maïs- en onbevruchte prairiegemeenschappen gescheiden en zijn ze heel ver van elkaar, terwijl sommige bevruchte prairiemonsters microbiële gemeenschappen hebben die lijken op maïs, en andere lijken op de onbevruchte prairie. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55310/55310fig3large.jpg" target="_blank">Klik hier om een ​​grotere versie van deze figuur te bekijken.</a> <img alt="tafel 1" src="/files/ftp_upload/55310/55310table1.jpg" /> Tabel 1: T h e zol t ven soort, evenre tie s toegevoegd g -1 bodem e n t h EIR orde r d e toe ITI o n. Dit is belangrijk voor de juiste extractie en scheiding van de organische en waterige fasen.

Watch this Scientific Journal Video about A Lipid Extraction and Analysis Method for Characterizing Soil Microbes in Experiments with Many Samples at JoVE.com

A Lipid Extraction and Analysis Method for Characterizing Soil Microbes in Experiments with Many Samples

Het artikel beschrijft een methode die de doorvoer vergroot, terwijl de inspanningen en nauwkeurigheid voor de extractie van lipiden uit de celmembranen van micro-organismen worden gecompenseerd voor gebruik bij het karakteriseren van beide totale lipiden en de relatieve overvloed aan indicatorlipiden om de microbiële structuur van de bodem te bepalen in studies met veel monsters.

Een methode voor de extractie en analyse van lipiden voor het karakteriseren van bodemmicrobollen in experimenten met veel monsters

Microbial communities are important drivers and regulators of ecosystem processes. To understand how management of ecosystems may affect microbial ...

Research

JoVE Journal

Environment

Design and Operation of a Continuous 13C and 15N Labeling Chamber for Uniform or Differential, Metabolic and Structural, Plant Isotope Labeling

Design and Operation of a Continuous 13C and 15N Labeling Chamber for Uniform or Differential, Metabolic and Structural, Plant Isotope Labeling

Opzet en werking van een continue<sup&gt; 13</sup&gt; C<sup&gt; 15</sup&gt; N Labeling Kamer voor Uniform of Differentieel, Metabole en structurele, Plant isotooplabelen

Tracing rare stable isotopes from plant material through the ecosystem provides the most sensitive information about ecosystem processes; from CO2 fluxes ...

A Simple Method for Automated Solid Phase Extraction of Water Samples for Immunological Analysis of Small Pollutants

Een eenvoudige methode voor Automated Solid Phase Extraction van watermonsters voor immunologische Analyse van Kleine verontreinigende stoffen

A new method for solid phase extraction (SPE) of environmental water samples is proposed. The developed prototype is cost-efficient and user friendly, and ...

Extracting Metrics for Three-dimensional Root Systems: Volume and Surface Analysis from In-soil X-ray Computed Tomography Data

Het halen van Metrics voor Driedimensionale Root Systems: Volume en Surface Analysis van In-bodem X-ray Computed Tomography Gegevens

Plant roots play a critical role in plant-soil-microbe interactions that occur in the rhizosphere, as well as processes with important implications to ...

Use of a Filter Cartridge for Filtration of Water Samples and Extraction of Environmental DNA

Het gebruik van een filter cartridge voor filtratie van watermonsters en Winning van Environmental DNA

Recent studies demonstrated the use of environmental DNA (eDNA) from fishes to be appropriate as a non-invasive monitoring tool. Most of these studies ...

Nanopore DNA Sequencing for Metagenomic Soil Analysis

Nanopore DNA rangschikkend voor Metagenomic bodemanalyse

This article describes the steps for construction of a DNA library from soil, preparation and use of the nanopore flow cell, and analysis of the DNA ...

Measuring and Mapping Patterns of Soil Erosion and Deposition Related to Soil Carbonate Concentrations Under Agricultural Management

Meten en in kaart brengen van patronen van bodemerosie en afzetting aan de bodem carbonaat concentraties onder beheer van de landbouw gerelateerde

Spatial patterns of soil erosion and deposition can be inferred from differences in ground elevation mapped at appropriate time increments. Such changes ...

Collection and Extraction of Occupational Air Samples for Analysis of Fungal DNA

Collectie en extractie van beroepsmatige Air monsters voor analyse van schimmel DNA

Traditional methods of identifying fungal exposures in occupational environments, such as culture and microscopy-based approaches, have several ...

Isolation and Analysis of Microbial Communities in Soil, Rhizosphere, and Roots in Perennial Grass Experiments

Isolatie en analyse van microbiële gemeenschappen in bodem, rhizosfeer en wortels in de overblijvende gras experimenten

Plant and soil microbiome studies are becoming increasingly important for understanding the roles microorganisms play in agricultural productivity. The ...

Single-throughput Complementary High-resolution Analytical Techniques for Characterizing Complex Natural Organic Matter Mixtures

Single-doorvoer complementaire High-resolution analytische technieken voor het karakteriseren van complexe natuurlijke organische stof mengsels

Natural organic matter (NOM) is composed of a highly complex mixture of thousands of organic compounds which, historically, proved difficult to ...

High-throughput Siderophore Screening from Environmental Samples: Plant Tissues, Bulk Soils, and Rhizosphere Soils

Siderofoor High-throughput Screening van milieu monsters: plantaardige weefsels, Bulk bodems en rhizosfeer bodems

Siderophores (low-molecular weight metal chelating compounds) are important in various ecological phenomenon ranging from iron (Fe) biogeochemical cycling ...