Name: a lipid extraction and analysis method for characterizing soil microbes in experiments with many samples
Uploaded: 2017-07-16T13:00:00
Duration: 17 min 39 s
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यह काम डीओई ग्रेट लेक्स बायोनेर्जी रिसर्च सेंटर (डीओई बीईआर ऑफिस डीओ-एफसी02-07ER64494) और डीओई ओबीपी ऊर्जा दक्षता और अक्षय ऊर्जा (डीए-एसी05 -76आरएलए 08030) के कार्यालय द्वारा भाग में किया गया था। लेखकों ने अपने मरीज के लिए एंडरस गुर्दा को वीडियोग्राफी और संपादन के लिए निपुण योगदान के लिए स्वीकार करना चाहूंगा।

लेखकों के पास खुलासे के लिए कुछ भी नहीं है।

कई प्रतिकृतियां और / या प्रयोगात्मक इकाइयों के प्रयोग से कई नमूने की परीक्षा के लिए, शोधकर्ताओं को समय और सामग्री 25 के संदर्भ में फॉस्फोलिपिड फैटी एसिड विश्लेषण (पीएलएफए) निषेधात्मक हो सकता है। पीएलएफए विधि के साथ, सेल झिल्ली फॉस्फोलाइपिड्स को निकाले, शुद्ध और संशोधित ब्लीय और डायर 26 दो-चरण जलीय-कार्बनिक निष्कर्षण का उपयोग करके पहचान की जाती है। इसके बाद ठोस-चरण सिलिका क्रोमैटोग्राफी द्वारा अलग-अलग लिपिड्स को ध्रुवीकरण से अलग किया जाता है, और फॉस्फोलिपिड फैटी एसिड का फैटी एसिड मिथाइल एस्टर में एक आंशिक मेथिलैलेशन होता है। पीएलएफए प्रोफाइलिंग लिपिड यील्ड में कम हो सकता है लेकिन बहुत ही उच्च शुद्धता माइक्रोबियल आईडी ने वैकल्पिक विधि, फैटी एसिड मिथाइल-एस्टर प्रक्रिया (मिडी-एफए) पेश की। मिडी-एफए पद्धति में, सभी लिपिड सीधे शुद्ध संस्कृतियों या मिट्टी / तलछट के नमूने 11 , 12 , 27 से निकाले जाते हैंसैपोनिफिकेशन। इस विधि में लिपिड हानि कम है और यह तेजी से है क्योंकि इसमें पीएलएफए पद्धति का कोई एकाग्रता या शुद्धि कदम नहीं है। हालांकि, मिडी-एए पद्धति तेजी से और कम खर्चीली है, क्योंकि यह मूल रूप से शुद्ध संस्कृति में जीवों की पहचान के लिए डिजाइन किया गया था, कोई प्रारंभिक निष्कर्षण या शुद्धि कदम नहीं हैं। इस प्रकार, इसमें लिपिड जैसे यौगिकों को मिट्टी कार्बनिक पदार्थ से सह-निकाला जा सकता है जो समुदाय हस्ताक्षर 27 , 28 , 2 को बिगाड़ देता है। चूंकि यह समावेशन बायोमास उपायों को बिगाड़ सकता है, इसलिए मिडी-एफए आमतौर पर केवल मृदा लिपिड 13 का वर्णन करने के लिए क्वॉलिफायर रूप से इस्तेमाल किया जाता है। हम जो प्रक्रिया का वर्णन करते हैं वह यहां दो अलग-अलग निष्कर्षण प्रक्रियाओं को जोड़ती है: 1) संशोधित ब्लेघ और डायर 26 विधि का उपयोग करके लिपिड का एक निष्कर्षण और एकाग्रता, और 2) फैटी एसिड मिथाइल एस्टर सापोनीकरण, मेथिलिकेशन, निष्कर्षण, और आधार धोने की प्रक्रिया व्यावसायिक रूप से विकसित हुई। इस पद्धति को इन प्रोटोकॉल दोनों के लाभों को प्राप्त करने के लिए विकसित किया गया था जबकि नुकसान कम करने में 15 मिडी-एफए प्रदर्शन करने से पहले जैविक-घुलनशील घटकों ( उदाहरण के लिपिड) को प्रारंभ करने और अलग करने से, और यह शुद्धिकरण चरण के साथ पूरा करने से, यह प्रोटोकॉल गति और सटीक के बीच संतुलन प्रदान करता है हालांकि यह विधि उपयुक्त नहीं हो सकती है जब उच्च शुद्धता की आवश्यकता होती है ( यानी , 13 सी पीएलएएएस विश्लेषण के लिए) या जब फॉस्फोलिपिड्स और तटस्थ लिपिड का विश्लेषण अलग से किया जाता है, तो कई मामलों में यह सूक्ष्मजीव समुदाय की प्रतिक्रियाओं को डीएनए आधारित विधियों 30 , 31 , 32 , 33 झिल्ली लिपिड कोशिका मृत्यु के बाद उन्हें तेजी से विघटित कर देते हैंपर्यावरणीय डीएनए के विपरीत 5 , 7 नमूना लेने के समय रहने वाले माइक्रोबियल समुदाय को प्रतिबिंबित करते हैं, जिसमें अधिकांश जानकारी मृत या निष्क्रिय जीवों 34 से होती है । मिट्टी के सूक्ष्मजीवों 35 में देखे गए निष्क्रियता की उच्च दर को देखते हुए, जीवित बायोमास की विशेषता का इस्तेमाल अपेक्षाकृत बेहतर अस्थायी पैमाने पर अस्थायी पौध-सूक्ष्म अंतर को समझने के लिए किया जा सकता है और लिपिड बायोमार्करों का उपयोग माइक्रोबियल समुदाय 7 की शारीरिक स्थिति परखने के लिए किया जा सकता है। यह दिखाया गया है कि बड़े क्षेत्र की सेटिंग 25 में सूक्ष्म जैविक प्रतिक्रिया का आकलन करने के लिए उच्च थ्रूपूट तरीकों की आवश्यकता होती है, और जब भी हम जिस पद्धति का प्रस्ताव करते हैं वह पीएलएफा बायोमार्कर प्रोफाइलिंग की सटीकता को दोहराते नहीं हैं, यह मिडआई-एफए के साथ एहसास परिवर्तनशीलता को कम करते हुए इसे बढ़ा देता है प्रक्रिया। इस तरीके से संबोधित करने में एक प्रभावी उपकरण साबित हुआ हैबड़े पैमाने पर कृषि और पारिस्थितिकी तंत्र अध्ययन में मादक द्रव्यों की एक विस्तृत श्रृंखला पर माइक्रोबियल समुदाय की गतिशीलता से संबंधित प्रश्न 36 , 37 , 38 , 42 , 43 , 44 , 45 , 46 , 47 , 48 , 49 , 50 । लिपिड कक्षाओं को इस पद्धति के साथ जोड़ दिया जाता है और उन अलग कक्षा 22 , 3 9 में निहित जानकारी का नुकसान हो सकता है, लेकिन लिपिड कक्षाओं के संयोजन से दोनों phospho से 16: 1 ω5c के arbuscular mycorrhizal कवक उत्पत्ति का पता लगाने की शक्ति को मजबूत कर सकता है - और तटस्थ-लिपिड 40 इसके अलावा, टी जबकिवह अज्ञात फैटी एसिड की संख्या (जो गैर-जीवित कार्बनिक पदार्थ से प्राप्त किया जा सकता है) इस पद्धति से अधिक हो सकती है, यह मिडी-एफए से कम दिखाया गया था और कई नमूनों के साथ लिपिड प्रोफाइल की तुलना में इलाज की अनुमति देता है जहां नमूना इनपुट क्षमता एक चिंता का विषय है 15 साधारण रूप से तटस्थ अंश को मुख्य रूप से कवक द्वारा निर्मित भंडारण लिपिडों से प्राप्त करना माना जाता है, यद्यपि मादा प्रजाति 41 से कुछ छोटे योगदान भी हो सकते हैं। इस के प्रकाश में, यहां वर्णित विधि पीएलएफए की तुलना में फंगल लिपिड्स 18: 2 ω 6, 9 सी और 18: 1 ω 9 सी का बड़ा योगदान दिखा सकता है। अन्य लिपिड जो तटस्थ अंश में दिखते हैं, उनमें से कुछ संतृप्त फैटी एसिड, जैसे कि 16: 0, 18: 0, 20: 0 ऐसे कई तरीके हैं जिनमें लिपिड डेटा व्यक्त और विश्लेषण किया जा सकता है। सबसे आम प्रस्तुति बहुतायत (एनएमोल जी -1 मिट्टी), तिल फ्रैक्टियो हैएन (एनएमओएल व्यक्तिगत लिपिड एनएमएल -1 कुल लिपिड), और तिल प्रतिशत (मोल अंश * 100)। नमूना में कुल लिपिड्स द्वारा सामान्यीकृत, तिल अंश और तिल प्रतिशत दिए गए लिपिड के रिश्तेदार बहुतायत के उपाय हैं। एक उपयुक्त परिवर्तन के बाद, उदाहरण के लिए , आर्सेलस वर्ग-रूट, तिल अंश प्रमुख घटक या अतिरेक विश्लेषण समन्वय द्वारा विश्लेषण में उपयोग के लिए उपयुक्त है। प्रचुर मात्रा में दिए गए लिपिड की प्रति ग्राम मिट्टी की प्रति ग्राम निकाली गई है। क्योंकि प्रति सेल लिपिड की मात्रा काफी स्थिर है, और लिपिड निष्कर्षण अत्यधिक कुशल और व्यापक है, कुल बहुतायत कुल लिपिड का अच्छा अनुमान है और प्रमुख संकेतकों की बहुतायत यह पारिस्थितिक समूह के बायोमास को दर्शाती है जो यह 17 को दर्शाती है। अंत में, माइक्रोबियल समुदाय संरचना को देखने का एक अच्छा तरीका मल्टीवीरेट विश्लेषण पद्धतियों का उपयोग करना है 16 , जैसे , समन्वय पद्धति जैसे कि गैर-बहुविध आयामी स्केलिंग (एनएमडीएस -जो डेटा परिवर्तन की आवश्यकता नहीं है) या प्रिंसिपल घटकों का विश्लेषण (पीसीए), सभी लिपिड बायोमार्करों की सापेक्ष बहुतायत की तुलना करने के लिए उपयोगी हो सकता है।

<html> पौष्टिक साझेदारी 1 में सूक्ष्मजीवों की महत्वपूर्ण भूमिका, पौधों की सामजिक संरचना 2 , पौधे की उत्पादकता 3 के संशोधन, और कार्बनिक पदार्थों का अपघटन 4 में संशोधन, स्थलीय पारिस्थितिक तंत्र को समझने के लिए मिट्टी की सूक्ष्मजीवों को समझना महत्वपूर्ण है। मिट्टी में उनके अपेक्षाकृत उच्च बहुतायत के कारण, और उनके रासायनिक हस्ताक्षर, लिपिड बायोमार्करों का इस्तेमाल मिट्टी के माइक्रोबियल समुदायों 5 के प्रमुख पर्यावरणीय समूहों को प्रोफाइल करने के लिए किया जा सकता है। लिपिड बायोमार्कर की मात्रा को बढ़ाकर हम अलग-अलग लिपिड्स का अनुमान लगा सकते हैं, और फिर इन लिपिड को पारिस्थितिक रूप से संबंधित समूहों जैसे कि ग्राम पॉजिटिव (ग्राम +) और ग्राम नेगेटिव (जीएम) जीवाणु, अर्बुस्क्युलर मायकोर्हाजल (एएम) और एसप्रोट्रॉफिक कवक, और एक्टिनोमायसीस 5 ,<html> Ss = &quot;xref&quot;&gt; 6 , 7 , 8 माइक्रोबियल समुदायों के पहलुओं को चिह्नित करने के लिए कई तरीके हैं। मूलभूत माइक्रोबियल समुदाय संरचना को समझने के लिए पीएलएफए विधि आमतौर पर इस्तेमाल की जाती है। यह माइक्रोबियल समूह के सापेक्ष बहुतायत के साथ-साथ कुल माइक्रोबियल बायोमास का आकलन करने का एक प्रभावी तरीका है। तेजी से लिपिड टर्नओवर के कारण, पीएलएफए प्रोफाइलिंग ने मिट्टी माइक्रोबियल समुदाय में बदलावों की तुलना में तेजी से पहचान की है और सूचना देता है जो पारिस्थितिक तंत्र की कार्यप्रणाली की तुलना करने की अनुमति देता है, उदा। फंगल: बैक्टीरियल अनुपात पोषक तत्व साइकिल चलाना 1 , 9 , 10 की दर का आकलन करने के लिए। हालांकि, जबकि पीएलएफए निष्कर्षण पद्धति का समय सम्मानित और अच्छी तरह से सम्मानित है, यह भी समय लगता है और खुद को पारिस्थितिक तंत्र-स्तरीय अध्ययनों में अच्छी तरह से उधार नहीं करता है, जिसके लिए बड़े पैमाने पर नमूने फ़ील्ड स्केल से नकल की आवश्यकता होती हैच &quot;&gt; 11 , 12 इसके विपरीत, फैटी एसिड मिथाइल एस्टर निष्कर्षण पद्धति (मिडी-एफए) में तेजी से प्रवाह की अनुमति देने की क्षमता है। इस पद्धति में, नमूनों को saponified, FAMEs में परिवर्तित, निकाले गए, और फिर विश्लेषण किया गया। मिडी एफए विधि तेजी से लेकिन पीएलएफए से कम भेदभाव है, जो विभिन्न लिपिड कक्षाओं 13 (फास्फोलिपिड्स, तटस्थ लिपिड, और ग्लाइकोलीपिड) के अलग होने के साथ लिपिड निकासी को जोड़ती है। इस प्रोटोकॉल में, हम एक विधि का वर्णन करते हैं जो पीएलएफए और मिडी-एफए दोनों लिपिड प्रोफाइलिंग के तत्वों को जोड़ती है। यह संशोधित ब्लीच और डायर विधि के प्रारंभिक क्लोरोफॉर्म निष्कर्षण कदमों का उपयोग करते हुए लिपिड निकालने का कार्य करता है, और फिर फेपे में सैपोनिफिकेशन और रूपांतरण। यह माइक्रोबियल सामुदायिक संरचना का पता लगाने का एक मजबूत तरीका प्रदान करता है जबकि गैर-माइक्रोबियल सामग्री 5 , 14 </sup&gt;। पीएलएफए और मिडी-एफए प्रोटोकॉल दोनों के बीच एक संतुलन हासिल करने के लिए इस पद्धति का विकास किया गया था, यानी, कई सटीक 15 नमूनों के साथ बड़े पैमाने पर अध्ययन से लिपिड का विश्लेषण करने के लिए यह तर्कसंगत और आर्थिक रूप से व्यावहारिक बनाने के लिए अधिक सटीकता को बनाए रखते हुए सटीकता को बरकरार रखता है। मिडी-एफए प्रदर्शन करने से पूर्व, कार्बनिक-घुलनशील घटकों ( उदाहरण के लिपिड) को अलग करने और पृथक करने से, और इसे शुद्धिकरण चरण के साथ पूरा करने से, प्रोटोकॉल गति और सटीक के बीच संतुलन प्रदान करता है

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="934">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:376px;">RapidVap</td>
			<td style="width:117px;">Labconco</td>
			<td style="width:119px;">7900000</td>
			<td style="width:323px;">Evaporative system</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">RapidVap</td>
			<td>Labconco</td>
			<td>7491400</td>
			<td>Sample block</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Chem-resistant vacuum pump</td>
			<td>Labconco</td>
			<td>7584000</td>
			<td>Vacuum pump</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Chemical trap cannister</td>
			<td>Labconco</td>
			<td>7815300</td>
			<td>Trap cannister</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Solvent insert</td>
			<td>Labconco</td>
			<td>7515200</td>
			<td>Solvent trap insert</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Diaphragm pump</td>
			<td>Welch</td>
			<td>7398000</td>
			<td>DryFast vacuum pump</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Water bath</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>15-462-15Q</td>
			<td>2 well water bath</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Gas chromatograph</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For sample analysis</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Centrifuge</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For sample separation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Freeze Dryer</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For sample lyophilization</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Repipet (6)</td>
			<td>BrandTech</td>
			<td>4720440</td>
			<td>For dispensing reagents</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Vortex</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>02-215-365</td>
			<td>Analog vortex mixer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Teflon centrifuge tubes</td>
			<td>Thermo/Nalgene</td>
			<td>3114-0030</td>
			<td>Teflon sample tubes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Caps</td>
			<td>Thermo/Nalgene</td>
			<td>DS3131-0020</td>
			<td>Caps for teflon tubes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Test tube</td>
			<td>Corning</td>
			<td>9825-16</td>
			<td>16x100mm tubes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Test tube</td>
			<td>Corning</td>
			<td>9825-16xx</td>
			<td>16x150mm tubes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Caps</td>
			<td>Corning</td>
			<td>9998-15</td>
			<td>15-415 thread black phenolic caps w/PTFE liner</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Pasteur pipets</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>13-678-20B</td>
			<td>14.6cm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">500 uL glass syringe</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>13684106LC</td>
			<td>Hamilton 81217</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Amber vials</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5182-0716</td>
			<td>4mL Amber vials</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Caps</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5182-0717</td>
			<td>Blue screw caps</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Inserts</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5181-3377</td>
			<td>400uL flat bottom glass inserts</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Standards</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">19:0 ethyl nonadecanoate (Ethyl nonadecanoate)</td>
			<td>VWR</td>
			<td>TCN0459-5G</td>
			<td>Analytical standard</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Chemicals</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Dipotassium phosphate (K2HPO4 - ACS grade or better)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Phosphate-Buffer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Potassium phosphate monobasic (KH2PO4 - ACS grade or better)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Phosphate-Buffer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Methanol (CH3OH - HPLC grade or better)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Reagents 1 &#38; 2</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sodium hydroxide (NaOH - ACS grade or better)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Reagents 1 &#38; 4</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Hydrochloric acid (6N HCL)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Reagent 2</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Hexane (HPLC grade or better)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Reagent 3</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MTBE (Methyl tert-butyl ether - HPLC grade or better)</td>
			<td>Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For making Reagent 3</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a lipid extraction and analysis method for characterizing soil microbes in experiments with many samples

माइक्रोबियल समुदाय महत्वपूर्ण चालकों और पारिस्थितिक तंत्र प्रक्रियाओं के नियामक हैं। पारिस्थितिक तंत्र का प्रबंधन माइक्रोबियल समुदायों को कैसे प्रभावित कर सकता है यह समझने के लिए, माइक्रोबियल समुदाय संरचना परखने के लिए एक अपेक्षाकृत सटीक लेकिन प्रयास-गहन तकनीक है फॉस्फोलिपिड फैटी एसिड (पीएलएफए) विश्लेषण। पीएलएफा को फॉस्फोलाइपिड बायोमार्कर का विश्लेषण करने के लिए विकसित किया गया था, जिसका उपयोग माइक्रोबियल बायोमास के संकेतकों और कवक और जीवाणु के व्यापक कार्यात्मक समूहों के रूप में किया जा सकता है। यह आमतौर पर वैकल्पिक वनस्पति समुदायों, पारिस्थितिकी और प्रबंधन शासनों के अंतर्गत मिट्टी की तुलना करने के लिए उपयोग किया जाता है। पीएलएफए विधि को माइक्रोबियल समुदाय संरचना में बदलाव का पता लगाने के लिए संवेदनशील होना दिखाया गया है। एक वैकल्पिक विधि, फैटी एसिड मिथाइल एस्टर निष्कर्षण और विश्लेषण (मिडी-एफए) को कुल लिपिडों के तेजी से निकालने के लिए विकसित किया गया था, जो फास्फोलिपिड अंश के बिना, शुद्ध संस्कृतियों से माइक्रोबियल पहचान तकनीक के रूप में विकसित किया गया था। यह विधि हैमिट्टी के नमूनों के लिए तेज़ लेकिन कम अनुकूल है क्योंकि इसमें मिट्टी के कणों को अलग करने के लिए एक प्रारंभिक कदम नहीं है और इसके बजाय एक saponification प्रतिक्रिया के साथ शुरू होता है जो संभावना है कि मिट्टी में पृष्ठभूमि कार्बनिक पदार्थ से कलाकृतियों का उत्पादन होता है। यह आलेख एक ऐसी विधि का वर्णन करता है जो कई नमूनों के साथ अध्ययन में मिट्टी की सूक्ष्म जैविक समुदाय संरचना को निर्धारित करने के लिए कुल लिपिड्स और रिश्तेदार लिपिड दोनों को चित्रित करने में उपयोग के लिए सूक्ष्मजीवों के सेल झिल्ली से लिपिड के लिपिडों के निष्कासन के लिए प्रयास और सटीकता को बढ़ाते हुए एक तरीका का वर्णन करता है। विधि पहले चरण के रूप में मिट्टी लिपिड निकालने और ध्यान केंद्रित करके PLFA रूपरेखा के माध्यम से हासिल की गई सटीकता को जोड़ती है, और दूसरे चरण के रूप में मिडी-एफए पद्धति के साथ कार्बनिक पदार्थ निकाले जाने और प्रसंस्करण के प्रयासों में कमी।

रिपोर्ट से डेटा तालिकाओं को एक स्प्रैडशीट या डेटाबेस में जोड़ा जा सकता है। प्रतिक्रिया कारक के समायोजन के बाद (अलग-अलग श्रृंखला लंबाई के लिए प्रतिक्रिया को सुधारने वाला सुधार कारक), पीक क्षेत्रों को बाहरी या आंतरिक मानकों के चोटी के क्षेत्र से तुलना में निकालने में एकाग्रता प्राप्त करने के लिए किया जा सकता है। मिट्टी के द्रव्यमान के माध्यम से विभाजित करके, डेटा को प्रत्येक ग्राम के फेम प्रति ग्राम के द्रव्यमान के रूप में व्यक्त किया जा सकता है या प्रत्येक फ़ेम के आणविक वजन का उपयोग करके, अधिक सामान्यतः सूचना दी गई ग्राम ग्राम की मात्रा माइक्रोबियल FAMEs का योग कुल माइक्रोबियल बायोमास का संकेत है, और उपचार के बीच तुलना की जा सकती है ( चित्रा 1 )। कुछ फैमेल्स भी विशिष्ट सूक्ष्म जैविक समूहों जैसे ग्राम-पॉजिटिव या ग्राम-नकारात्मक बैक्टीरिया, एक्टिनोमायसीस, अर्बस्क्युलर मायकोर्हिजल कवक और सप्राट्रॉफ़िक कवक 19 , 20 , के साथ जुड़े हो सकते हैं। <sअप क्लास = &quot;xref&quot;&gt; 21 , 22 , 23 , 24 विशिष्ट जैवमार्करों के द्रव्यमान के अनुपात इन समूहों ( चित्रा 2 ) के रिश्तेदार बहुतायत को प्रतिबिंबित कर सकते हैं। कुल मिलाकर फैम बहुतायत के पैटर्न समुदाय के स्तर के उंगलियों के निशान बनाते हैं, जो कि बहुविध तंत्र जैसे कि समन्वय ( चित्रा 3 ) के माध्यम से माइक्रोबियल समुदाय असमानता की तुलना की अनुमति देते हैं। अधिकांश डीएनए आधारित दृष्टिकोण के विपरीत, सामुदायिक स्तर के लिपिड डेटा का विश्लेषण या तो रिश्तेदार या पूर्ण बहुतायत के रूप में किया जा सकता है। यदि कुल बायोमास नमूनों के बीच काफी अलग है, तो ये दो दृष्टिकोण बहुत अलग परिणाम देंगे; प्रयोग के अंतर्निहित पारिस्थितिक प्रश्नों का निर्धारण करना चाहिए कि किस दृष्टिकोण का उपयोग किया जाता है <img alt="आकृति 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55310/55310fig1.jpg" /> एफ<html> Iigure 1 : कुल FAME बायोमास निरंतर मक्का, निषेचित प्रेयरी, और उर्वरित प्रेयरी से कुल फेम बायोमाकर बायोमास (एनएमोल जी -1 मिट्टी) की तुलना में। <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55310/55310fig1large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े के एक बड़े संस्करण को देखने के लिए कृपया यहां क्लिक करें</a> <img alt="चित्र 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55310/55310fig2.jpg" /> चित्रा 2 : बैक्टीरिया और कवक के फाम बायोमास। निरंतर मकई, निषेचित प्रेयरी, और बिना खुलने वाले प्राइरी से जीवाणु और कवक फॅम बायोमाकर बायोमास (एनएमोल जी -1 मिट्टी) की उपचार की तुलना। पूर्ण बहुतायत से फंगल और बैक्टीरिया मास। औसत (राशि एफ / राशि बी) <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55310/55310fig2large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े के एक बड़े संस्करण को देखने के लिए कृपया यहां क्लिक करें</a> Ve_content &quot;fo: keep-together.within-page =&quot; 1 &quot;&gt; <img alt="चित्र तीन" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55310/55310fig3.jpg" /> चित्रा 3 : फेम लिपिड बायोमार्कर की गैर-मीट्रिक आयामी स्केलिंग सभी माइक्रोबियल फेम लिपिड बायोमार्कर के पूर्ण बहुतायत प्रोफाइल का उपयोग करके समग्र माइक्रोबियल समुदाय की तुलना। इस उदाहरण में, निरंतर मकई और बिना खारिज वाले प्रेयरी समुदायों को अलग कर दिया गया है और बहुत दूर हैं जबकि कुछ निषेचित प्रैरी नमूनों में माइक्रोबियल समुदाय हैं जो मकई से होते हैं, और दूसरों को बिना खुलने वाली प्रेयरी के समान मिलता है। <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55310/55310fig3large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े के एक बड़े संस्करण को देखने के लिए कृपया यहां क्लिक करें</a> <img alt="तालिका एक" src="/files/ftp_upload/55310/55310table1.jpg" /> तालिका 1: टी एच ई इतनाएल ven टी प्रकार, रों पर propor ti जी -1 मिट्टी, एक घ टी एच eir आर orde ओ च आईटीआई हीं जोड़ने गयी। उचित निष्कर्षण और जैविक और जलीय चरणों के विभाजन के लिए यह महत्वपूर्ण है।

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A Lipid Extraction and Analysis Method for Characterizing Soil Microbes in Experiments with Many Samples

लेख में एक विधि का वर्णन किया गया है जो कई नमूनों के साथ अध्ययन में मिट्टी की सूक्ष्म जैविक समुदाय संरचना को निर्धारित करने के लिए कुल लिपिड्स और रिश्तेदार लिपिड दोनों को चित्रित करने में उपयोग के लिए सूक्ष्मजीवों के सेल झिल्ली से लिपिड के लिपिडों के निष्कासन के लिए प्रयास और सटीकता को संतुलित करता है।

कई नमूनों के साथ प्रयोगों में मृदा की सूक्ष्मजीवों को वर्णित करने के लिए एक लिपिड निष्कर्षण और विश्लेषण विधि

Microbial communities are important drivers and regulators of ecosystem processes. To understand how management of ecosystems may affect microbial ...

Research

JoVE Journal

Environment

Design and Operation of a Continuous 13C and 15N Labeling Chamber for Uniform or Differential, Metabolic and Structural, Plant Isotope Labeling

Design and Operation of a Continuous 13C and 15N Labeling Chamber for Uniform or Differential, Metabolic and Structural, Plant Isotope Labeling

एक सतत के डिजाइन और ऑपरेशन<sup&gt; 13</sup&gt; सी और<sup&gt; 15</supवर्दी या अंतर के लिए&gt; एन लेबल चैंबर, मेटाबोलिक और स्ट्रक्चरल, संयंत्र आइसोटोप लेबल

Tracing rare stable isotopes from plant material through the ecosystem provides the most sensitive information about ecosystem processes; from CO2 fluxes ...

A Simple Method for Automated Solid Phase Extraction of Water Samples for Immunological Analysis of Small Pollutants

छोटे प्रदूषण की रोग प्रतिरक्षण विश्लेषण के लिए पानी के नमूनों की स्वचालित ठोस चरण निष्कर्षण के लिए एक सरल विधि

A new method for solid phase extraction (SPE) of environmental water samples is proposed. The developed prototype is cost-efficient and user friendly, and ...

Extracting Metrics for Three-dimensional Root Systems: Volume and Surface Analysis from In-soil X-ray Computed Tomography Data

में मिट्टी एक्स-रे गणना टोमोग्राफी डेटा से मात्रा और सतह विश्लेषण: तीन आयामी जड़ सिस्टम के लिए मेट्रिक्स निकालने

Plant roots play a critical role in plant-soil-microbe interactions that occur in the rhizosphere, as well as processes with important implications to ...

Use of a Filter Cartridge for Filtration of Water Samples and Extraction of Environmental DNA

पानी के नमूने निस्पंदन और पर्यावरण डीएनए की निकासी के लिए एक फिल्टर कारतूस का प्रयोग करें

Recent studies demonstrated the use of environmental DNA (eDNA) from fishes to be appropriate as a non-invasive monitoring tool. Most of these studies ...

Nanopore DNA Sequencing for Metagenomic Soil Analysis

Metagenomic मृदा विश्लेषण के लिए ट्विटर डीएनए अनुक्रमण

This article describes the steps for construction of a DNA library from soil, preparation and use of the nanopore flow cell, and analysis of the DNA ...

Measuring and Mapping Patterns of Soil Erosion and Deposition Related to Soil Carbonate Concentrations Under Agricultural Management

मापने और मिट्टी के कटाव और कृषि प्रबंधन के तहत मिट्टी कार्बोनेट सांद्रता से संबंधित जमाव के पैटर्न मानचित्रण

Spatial patterns of soil erosion and deposition can be inferred from differences in ground elevation mapped at appropriate time increments. Such changes ...

Collection and Extraction of Occupational Air Samples for Analysis of Fungal DNA

संग्रह और कवक डीएनए के विश्लेषण के लिए व्यावसायिक हवा के नमूनों की निकासी

Traditional methods of identifying fungal exposures in occupational environments, such as culture and microscopy-based approaches, have several ...

Isolation and Analysis of Microbial Communities in Soil, Rhizosphere, and Roots in Perennial Grass Experiments

अलगाव और मिट्टी, Rhizosphere, और जड़ों में बारहमासी घास प्रयोगों में माइक्रोबियल समुदायों के विश्लेषण

Plant and soil microbiome studies are becoming increasingly important for understanding the roles microorganisms play in agricultural productivity. The ...

Single-throughput Complementary High-resolution Analytical Techniques for Characterizing Complex Natural Organic Matter Mixtures

निस्र्पक जटिल प्राकृतिक कार्बनिक पदार्थ मिश्रण के लिए एकल-प्रवाह पूरक उच्च संकल्प विश्लेषणात्मक तकनीक

Natural organic matter (NOM) is composed of a highly complex mixture of thousands of organic compounds which, historically, proved difficult to ...

High-throughput Siderophore Screening from Environmental Samples: Plant Tissues, Bulk Soils, and Rhizosphere Soils

पर्यावरण के नमूनों से उच्च प्रवाह Siderophore स्क्रीनिंग: संयंत्र के ऊतकों, थोक मिट्टी, और Rhizosphere मिट्टी

Siderophores (low-molecular weight metal chelating compounds) are important in various ecological phenomenon ranging from iron (Fe) biogeochemical cycling ...