Name: generation of fluorescent protein fusions in candida species
Uploaded: 2017-03-04T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Generation of Fluorescent Protein Fusions in Candida Species at JoVE.com

Vi takker N. Dean for at give den oprindelige mCherry FP sekvens, M. Gerami-Nejad til opførelse af plasmider, B. Larson til teknisk bistand, og T. Heisel for nyttige råd under udviklingen af ​​dette projekt. JB blev støttet af Det Europæiske Forskningsråd Advanced Award 340.087 (RAPLODAPT). Mikroskopi og billeddannende systemer blev leveret af University of Minnesota Pediatrics Foundation og University of Minnesota Imaging Center.

1. Isoler Template plasmider fra E. coli <ol><li> Grow E. coli indeholdende skabelonen plasmidet natten over i 10 ml lysogeni bouillon (LB) + 200 mg / l ampicillin (AMP) ved 37 ° C under omrystning. </li><li> Harvest celler ved centrifugering ved 6.000 xg i 2 min. </li><li> Dekanteres væske, isolere og oprense DNA fra E. coli-celler ved en standard fremgangsmåde som tidligere beskrevet i Ausubel et al. 8. </li><li> Resuspender DNA i Tris-EDTA (TE; 10 mM Tr...

<ol>
	<li>Bendel, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Colonization+and+epithelial+adhesion+in+the+pathogenesis+of+neonatal+candidiasis.">Colonization and epithelial adhesion in the pathogenesis of neonatal candidiasis.</a> Semin. Perinatol. 27 (5), 357-364 (2003).</li><li>Gerami-Nejad, M., Berman, J., Gale, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cassettes+for+PCR-mediated+construction+of+green,+yellow,+and+cyan+fluorescent+protein+fusions+in+Candida+albicans.">Cassettes for PCR-mediated construction of green, yellow, and cyan fluorescent protein fusions in Candida albicans.</a> Yeast. 18 (9), 859-864 (2001).</li><li>Gerami-Nejad, M., Dulmage, K., Berman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Additional+cassettes+for+epitope+and+fluorescent+fusion+proteins+in+Candida+albicans.">Additional cassettes for epitope and fluorescent fusion proteins in Candida albicans.</a> Yeast. 26 (7), 399-406 (2009).</li><li>Gerami-Nejad, M., Forche, A., McClellan, M., Berman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+protein+function+in+clinical+C.+albicans+isolates.">Analysis of protein function in clinical C. albicans isolates.</a> Yeast. 29 (8), 303-309 (2012).</li><li>Gerami-Nejad, M., Hausauer, D., McClellan, M., Berman, J., Gale, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cassettes+for+the+PCR-mediated+construction+of+regulatable+alleles+in+Candida+albicans.">Cassettes for the PCR-mediated construction of regulatable alleles in Candida albicans.</a> Yeast. 21 (5), 429-436 (2004).</li><li>Gonia, S., Larson, B., Gale, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PCR-mediated+gene+modification+strategy+for+construction+of+fluorescent+protein+fusions+in+Candida+parapsilosis.">PCR-mediated gene modification strategy for construction of fluorescent protein fusions in Candida parapsilosis.</a> Yeast. 33 (2), 63-69 (2016).</li><li>Milne, S. W., Cheetham, J., Lloyd, D., Aves, S., Bates, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cassettes+for+PCR-+mediated+gene+tagging+in+Candida+albicans+utilizing+nourseothricin+resistance.">Cassettes for PCR- mediated gene tagging in Candida albicans utilizing nourseothricin resistance.</a> Yeast. 28 (12), 833-841 (2011).</li><li>Ausubel, F. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Current Protocols in Molecular Biology. , (1995).</li><li>Wilson, R. B., Davis, D., Mitchell, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+hypothesis+testing+with+Candida+albicans+through+gene+disruption+with+short+homology+regions.">Rapid hypothesis testing with Candida albicans through gene disruption with short homology regions.</a> J. Bacteriol. 181 (6), 1868-1874 (1999).</li><li>Pulver, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rsr1+focuses+Cdc42+activity+at+hyphal+tips+and+promotes+maintenance+of+hyphal+development+in+Candida+albicans.">Rsr1 focuses Cdc42 activity at hyphal tips and promotes maintenance of hyphal development in Candida albicans.</a> Eukaryotic Cell. 12 (4), 482-495 (2013).</li><li>Falgier, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Candida+species+differ+in+their+interactions+with+immature+human+gastrointestinal+epithelial+cells.">Candida species differ in their interactions with immature human gastrointestinal epithelial cells.</a> Pediatr. Res. 69 (5), 384-389 (2011).</li><li>Nosek, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+manipulation+of+the+pathogenic+yeast+Candida+parapsilosis.">Genetic manipulation of the pathogenic yeast Candida parapsilosis.</a> Curr. Genet. 42 (1), 27-35 (2002).</li><li>Zemanova, J., Nosek, J., Tomaska, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-efficiency+transformation+of+the+pathogenic+yeast+Candida+parapsilosis.">High-efficiency transformation of the pathogenic yeast Candida parapsilosis.</a> Curr. Genet. 45 (3), 183-186 (2004).</li><li>Benjamin, D. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neonatal+candidiasis+among+extremely+low+birth+weight+infants:+risk+factors,+mortality+rates,+and+neurodevelopmental+outcomes+at+18+to+22+months.">Neonatal candidiasis among extremely low birth weight infants: risk factors, mortality rates, and neurodevelopmental outcomes at 18 to 22 months.</a> Pediatrics. 117 (1), 84-92 (2006).</li><li>Kullberg, B. J., Arendrup, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Invasive+Candidiasis.">Invasive Candidiasis.</a> N Engl J Med. 373 (15), 1445-1456 (2015).</li></ol>

Konstruktion af epitop-tagget sekvenser i Candida-arter ved hjælp af PCR-medieret gen modifikation er beskrevet ovenfor kan sammenfattes som en tre-trins proces. Først en kassette fremstillet ved PCR, der koder både den ønskede for integration og regioner homolog til stedet for indsættelse i gærgenomet sekvens. For det andet er gærcellerne skal transformeres foretages kemisk kompetente med lithiumacetat og co-inkuberet med kassetten. Tredje cellerne udpladet på selektive medier for at inddrive transform...

Candida-arter er kommensale svampe, der koloniserer tarmen og urogenitale kanaler for alle mennesker. Under forhold med immundefekt, såsom at forekomme med for tidlig fødsel eller immunosuppressive virkninger fra behandlinger for kræft, kan Candida arter blive opportunistiske patogener. De Candida arter, Candida albicans er den mest udbredte svampe colonizer og forårsager størstedelen af invasive svampeinfektioner. Andre Candida arter såsom C. glabrata, C. parapsilosis, C. tropicalis og C. kruseii også forårsage alvorlige infektioner hos immunkompromitterede patienter, med nogle udstiller iboende modstand mod almindeligt anvendte anti-svampe antibiotika såsom fluconazol og amphotericin B. Derfor infektioner med nogle af disse arter er ved at blive hyppigere, især hos patienter, der behandles profylaktisk med anti-svampe agenter. Selv med passende og rettidig enNTI-fungal behandling, invasive Candida-infektioner fortsat forbundet med betydelig morbiditet og mortalitet 1. På grund af betydningen af Candida-arter i menneskers sundhed, er der behov for let tilgængelige molekylære værktøjer, der giver undersøgelse og belysning af deres sygdomsfremkaldende mekanismer. Et vigtigt værktøj, der giver forskerne at visualisere og kvantificere mikrobielle celler, og de proteiner, som de udtrykker er FP fusionsteknologi. Polymerasekædereaktion (PCR) -medieret genetiske modifikation, som beskrevet i dette dokument, muliggør konstruktionen af fusioner mellem FP-sekvenser og en Candida-protein kodende sekvens af interesse ved dens genomiske locus. Stabil integration af konstruktionen letter analyse af proteinekspression samt proteinlokalisering dynamik. Plasmider indeholdende FP-sekvenser, der er optimeret til ekspression i Candida albicans, og som kan anvendes i PCR-medieret gene modifikation strategi, er tidligere blevet konstrueret 2, 3, 4, 5. Plasmider indeholder FP transformation &quot;kassetter&quot;: en FP-sekvens bundet til en ernæringsmæssig markør-gen, der letter omdannelse af C. albicans og C. parapsilosis 2, 3, 4, 5, 6, 7. Øjeblikket tilgængelige plasmider indeholde forskellige selekterbare ernæringsmæssige markørgener (URA3, His1, ARG4) til transformation af auxotrofe stammer samt en dominerende lægemiddelresistensmarkør (Nat1), hvilket letter omdannelsen af kliniske stammer mangler auxotrofier. Hertil kommer, plasmider indeholder muligheder for op til fire forskellige FP sekvenser (grøn [GFP] yellow [YFP], cyan [FFP], og kirsebær [mCherry]) og enten en ADH1 termineringssekvens til konstruktion af carboxyterminus proteinfusioner, eller en promotorsekvens til konstruktion af aminoterminal proteinfusioner. Primere er designet med homologi til plasmid-DNA&#39;et omkring FP kassetten. Desuden primerne indeholder også 5&#39;-forlængelse sekvenser bærer homologi med gær genet af interesse, der skal mærkes, hvilket letter integration af kassetten i det genomiske locus via homolog rekombination (figur 1). Genspecifikke FP kassetter genereres ved PCR og derefter transformeret ind i Candida celler gjort kompetente til optagelse af DNA ved behandling med lithiumacetat. <img alt="figur 1" src="/files/ftp_upload/55333/55333fig1.jpg" /> Figur 1: Diagram over hvordan FP sekvens-fusioner genereres i Candida-arter. (A) Plasmid DNA herundes en FP og en sekvens, der koder nourseothricin resistens (Nat1). Relative placeringer af Forward (FWD) og reverse (REV) primere er vist, med sorte dele af primerne angiver regionen af ​​homologi til plasmidet sekvensen og den lilla dele der angiver genspecifikke homologi region eller primerforlængelse. (B) FP kassetter omdannes til Candida og integrere i ENO1 genomiske locus via homolog rekombination (stiplede linjer). (C) Resulterende FP fusion sekvens i 3&#39;-enden af ENO1. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55333/55333fig1large.jpg" target="_blank">Klik her for at se en større version af dette tal.</a> Heri præsenterer vi et eksempel på protein fusion (Eno1-FP) konstruktioner i Candida arter. Vi bruger tagging plasmider indeholdende Nat1 transformation markørgenet sammen med sekvenser, der koder GFP, YFP, ellermCherry (figur 2). Disse plasmider anvendes sammen med primere i PCR til at generere genspecifikke kassetter, der letter fusion af rammeprogrammerne til 3&#39;-enden af ENO1, hvilket resulterer i ekspression af Eno1 fusioneret til fps ved dets carboxyterminal. <img alt="Figur 2" src="/files/ftp_upload/55333/55333fig2.jpg" /> Figur 2: Kort over FP kassette-holdige plasmider. Forward (F) og reverse (R) primere anvendt til generering af kassetterne fra plasmiderne er indikeret sammen med den relative placering af deres homologi med plasmiderne. Primersekvenser er som opregnet i tabel 1. F1 og R1 blev også anvendt til at generere pYFP- Nat1 kassetten. Plasmidet indeholdende YFP- Nat1 kassetten (pMG2263) er identisk med pMG2120 med undtagelse af YFP i stedet for GFP-sekvensen. Kassette størrelser: GFP-Nat1, 3,7 kbp; mCherry- Nat1, 3,2 kb; YFP- Nat1, 3.7 kb. Dette tal har været ændret siden Gerami-Nejad, et al. 4 <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55333/55333fig2large.jpg" target="_blank">Klik her for at se en større version af dette tal.</a>

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>100W mercury lamp</td>
			<td>CHIU Technical Corporation</td>
			<td>M-100T</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>95% Ethanol</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Adenine</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ampicillin</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Carrier DNA</td>
			<td>Ambion</td>
			<td>AM9680</td>
			<td>Sheared Salmon Sperm DNA 10 mg/ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CCD Camera</td>
			<td>Photometrics</td>
			<td>CoolSNAP HQ</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Conical Tube</td>
			<td>Corning</td>
			<td>430828</td>
			<td>50ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Culture Tube Rotator</td>
			<td>New Brunswick</td>
			<td>2013923</td>
			<td>TC-8, or Any Culture Tube Rotator</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deoxynucleotides (dNTP) PCR Grade</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf Tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>022363719, 022363212</td>
			<td>0.5ml, 1.5ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Erlenmeyer Flask</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>7250089</td>
			<td>125ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethylenediaminetetraacetic Acid (EDTA)</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Freezer (-80 &#176;C )</td>
			<td>Thermo Electron Corporation</td>
			<td>ULT-1386-9-V</td>
			<td>Revco Ultima II</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GFP, YFP and Texas Red Filter Sets</td>
			<td>Chroma Technology Corporation</td>
			<td>49002, 86004v2, 49008</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass culture tubes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>1496126</td>
			<td>75mm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HRP goat anti-mouse antibody</td>
			<td>Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td>SC-2005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HRP goat anti-rabbit antibody</td>
			<td>Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td>SC-2301</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubator (30 &#176;C )</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lithium Acetate</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lysogeny Broth (LB) Media</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium Chloride</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5415 D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope</td>
			<td>Nikon</td>
			<td>E600</td>
			<td>Nikon Eclipse E600</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope Image Analysis Software</td>
			<td>Universal Imaging Corporation</td>
			<td>6.3r7</td>
			<td>MetaMorph Software Series 6.3r7</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mouse anti-GFP antibody</td>
			<td>Roche</td>
			<td>11814460001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nourseothricin</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50997939</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR Thermocycler</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>9700</td>
			<td>GeneAmp PCR System</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR tubes</td>
			<td>BioExpress, GeneMate</td>
			<td>T-3035-1</td>
			<td>0.2ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polyethylene Glycol 3350</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium Chloride</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rabbit anti-mCherry antibody</td>
			<td>BioVision</td>
			<td>5993-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Refrigerator (4&#176;C)</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Acetate</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stereomicroscope</td>
			<td>Nikon</td>
			<td>SMZ1500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Table Top Centrifuge</td>
			<td>Labnet</td>
			<td>Z 400</td>
			<td>Hermle Z 400</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Taq DNA Polymerase</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris)</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex Mixer</td>
			<td>Scientific Industries</td>
			<td>SI-0236</td>
			<td>Vortex Genie 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast Extract Peptone Dextrose (YPD) Media</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

generation of fluorescent protein fusions in candida species

Candida-arter, fremherskende kolonisatorer af intestinale og urogenitale kanaler, er årsag til hovedparten af invasive svampeinfektioner hos mennesker. Således er der behov molekylære og genetiske værktøjer til at lette undersøgelsen af ​​deres sygdomsfremkaldende mekanismer. PCR-medieret gen modifikation er en enkel og hurtig fremgangsmåde til at generere epitopmærkede proteiner for at lette deres detektion. Navnlig fluorescerende protein (FP) fusioner er kraftfulde værktøjer, der giver visualisering og kvantificering af både gærceller og proteiner ved fluorescensmikroskopi og immunoblotting hhv. Plasmider indeholdende FP-kodende sekvenser, sammen med ernæringsmæssige markørgener, som letter omdannelsen af Candida arter, der er blevet genereret i forbindelse med FP konstruktion og ekspression i Candida. Heri præsenterer vi en strategi til at konstruere en FP fusion i en Candida-arter. Plasmider indeholdende nourseothricin Resistance transformation markørgen (Nat1) sammen med sekvenser for enten grøn, gul eller kirsebær RP&#39;er (GFP, YFP, mCherry) anvendes sammen med primere, der omfatter genspecifikke sekvenser i en polymerasekædereaktion (PCR) til at generere en FP kassette . Dette gen-specifik kassette har evnen til at blive integreret i 3&#39;-enden af ​​det tilsvarende gen locus ved homolog rekombination. Vellykket i ramme fusion af FP-sekvensen i genet locus af interesse er verificeret genetisk, efterfulgt af analyse af fusionsprotein-ekspression ved mikroskopi og / eller immuno-detektionsmetoder. Endvidere i tilfælde af højt udtrykte proteiner, succesrige fusioner kan screenes for primært ved fluorescens billeddannelsesteknikker.

Som et eksempel har vi benyttet forskrift ovenfor beskrevet for at konstruere GFP og mCherry fusioner til Eno1 i en C. parapsilosis laboratoriestamme. Hver formodet transformant blev oprindeligt genudstrøget for vækst. I dette eksempel, eftersom det resulterende fusionsprotein udtrykkes kraftigt (enolase) og rammeprogrammerne er lyse, kunne vi screene transformanter ved fluorescensmikroskopi forud for udførelse diagnostisk PCR (figur 3) 6.</...

Watch this Scientific Journal Video about Generation of Fluorescent Protein Fusions in Candida Species at JoVE.com

Generation of Fluorescent Protein Fusions in Candida Species

PCR-medieret gen modifikation kan anvendes til at danne fluorescerende protein fusioner i Candida arter, hvilket letter visualisering og kvantificering af gærceller og proteiner. Heri præsenterer vi en strategi for at konstruere en fluorescerende protein fusion (Eno1-FP) i Candida parapsilosis.

Dannelse af fluorescerende protein-fusioner i<em&gt; Candida</em&gt; Arter

Candida species, prevalent colonizers of the intestinal and genitourinary tracts, are the cause of the majority of invasive fungal infections in humans. ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Generation of Fluorescent Protein Fusions in Candida Species

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

Høj opløsning fluorescerende In Situ hybridisering i Drosophila fostre og væv ved hjælp af Tyramide Signal forstærkning

In our efforts to determine the patterns of expression and subcellular localization of Drosophila RNAs on a genome-wide basis, and in a variety of ...

Targeted Next-generation Sequencing and Bioinformatics Pipeline to Evaluate Genetic Determinants of Constitutional Disease

Målrettet næste generation Sequencing og bioinformatik rørledningen for at evaluere genetiske determinanter for forfatningsmæssige sygdom

Next-generation sequencing (NGS) is quickly revolutionizing how research into the genetic determinants of constitutional disease is performed. The ...

CRISPR-mediated Genome Editing of the Human Fungal Pathogen Candida albicans

CRISPR-mediated Genome Editing of the Human Fungal Pathogen Candida albicans

CRISPR-medieret genom-redigering af menneskelige svampe patogen Candida albicans

This method describes the efficient CRISPR mediated genome editing of the diploid human fungal pathogen Candida albicans. CRISPR-mediated genome editing ...

Use of Single Molecule Fluorescent In Situ Hybridization (SM-FISH) to Quantify and Localize mRNAs in Murine Oocytes

Use of Single Molecule Fluorescent In Situ Hybridization SM-FISH to Quantify and Localize mRNAs in Murine Oocytes

Brug af enkelt molekyle fluorescerende i Situ hybridisering (SM-fisk) til tal og Oversæt mRNAs i Murine oocyter

Current methods routinely used to quantify mRNA in oocytes and embryos include digital reverse-transcription polymerase chain reaction (dPCR), ...

Mass Spectrometry-Based Proteomics Analyses Using the OpenProt Database to Unveil Novel Proteins Translated from Non-Canonical Open Reading Frames

Massespektrometri-baseret Proteomics analyser ved hjælp af OpenProt Database til at afsløre nye proteiner oversat fra ikke-kanoniske åbne læserammer

Genome annotation is central to today's proteomic research as it draws the outlines of the proteomic landscape. Traditional models of open reading frame ...

A Bioinformatics Pipeline to Accurately and Efficiently Analyze the MicroRNA Transcriptomes in Plants

En Bioinformatik rørledning til præcist og effektivt at analysere MicroRNA Transkriptomes i planter

MicroRNAs (miRNAs) are 20- to 24-nucleotide (nt) endogenous small RNAs (sRNAs) extensively existing in plants and animals that play potent roles in ...

Genetic Mapping of Thermotolerance Differences Between Species of Saccharomyces Yeast via Genome-Wide Reciprocal Hemizygosity Analysis

Genetic Mapping of Thermotolerance Differences Between Species of Saccharomyces Yeast via Genome-Wide Reciprocal Hemizygosity Analysis

Genetisk kortlægning af termo Toleranceforskelle mellem arter af Saccharomyces gær via Genome-Wide gensidig Hemizygosity analyse

A central goal of modern genetics is to understand how and why organisms in the wild differ in phenotype. To date, the field has advanced largely on the ...

Generation of Defined Genomic Modifications Using CRISPR-CAS9 in Human Pluripotent Stem Cells

Generation af definerede genomiske modifikationer med CRISPR-CAS9 i humane pluripotente stamceller

Human pluripotent stem cells offer a powerful system to study gene function and model specific mutations relevant to disease. The generation of precise ...

Dissection of Drosophila melanogaster Flight Muscles for Omics Approaches

Dissection of Drosophila melanogaster Flight Muscles for Omics Approaches

Dissektion af Drosophila melanogaster Flight muskler for omics tilgange

Drosophila flight muscle is a powerful model to study diverse processes such as transcriptional regulation, alternative splicing, metabolism, and ...

Application of CRISPR Interference (CRISPRi) for Gene Silencing in Pathogenic Species of Leptospira

Application of CRISPR Interference CRISPRi for Gene Silencing in Pathogenic Species of Leptospira

Anvendelse af CRISPR-interferens (CRISPRi) til genhæmning i patogene arter af Leptospira

Leptospirosis is a global neglected zoonosis, responsible for at least 1 million cases per year and almost 60 thousand deaths. The disease is caused by ...