Name: generation of fluorescent protein fusions in candida species
Uploaded: 2017-03-04T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Generation of Fluorescent Protein Fusions in Candida Species at JoVE.com

Wij danken N. Dean voor het verstrekken van de oorspronkelijke mCherry FP-sequentie, M. Gerami-Nejad voor de constructie van plasmiden, B. Larson voor technische ondersteuning, en T. Heisel voor nuttig advies bij de ontwikkeling van dit project. JB werd gesteund door de European Research Council Geavanceerde Award 340.087 (RAPLODAPT). Microscopie en imaging systemen werden verstrekt door de Universiteit van Minnesota Kindergeneeskunde Stichting en de Universiteit van Minnesota Imaging Center.

1. Isoleer Template plasmiden uit E. coli <ol><li> Kweek E. coli die het plasmide template nacht in 10 ml lysogenie bouillon (LB) + 200 mg / L ampicilline (AMP) bij 37 ° C onder schudden. </li><li> Oogst cellen door centrifugeren bij 6000 xg gedurende 2 minuten. </li><li> Decanteren vloeistof, isoleren en zuiveren van DNA uit E. coli cellen door een standaard werkwijze zoals eerder beschreven in Ausubel et al. 8. </li><li> Resuspendeer DNA in Tris-EDTA (TE; ...

<ol>
	<li>Bendel, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Colonization+and+epithelial+adhesion+in+the+pathogenesis+of+neonatal+candidiasis.">Colonization and epithelial adhesion in the pathogenesis of neonatal candidiasis.</a> Semin. Perinatol. 27 (5), 357-364 (2003).</li><li>Gerami-Nejad, M., Berman, J., Gale, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cassettes+for+PCR-mediated+construction+of+green,+yellow,+and+cyan+fluorescent+protein+fusions+in+Candida+albicans.">Cassettes for PCR-mediated construction of green, yellow, and cyan fluorescent protein fusions in Candida albicans.</a> Yeast. 18 (9), 859-864 (2001).</li><li>Gerami-Nejad, M., Dulmage, K., Berman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Additional+cassettes+for+epitope+and+fluorescent+fusion+proteins+in+Candida+albicans.">Additional cassettes for epitope and fluorescent fusion proteins in Candida albicans.</a> Yeast. 26 (7), 399-406 (2009).</li><li>Gerami-Nejad, M., Forche, A., McClellan, M., Berman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+protein+function+in+clinical+C.+albicans+isolates.">Analysis of protein function in clinical C. albicans isolates.</a> Yeast. 29 (8), 303-309 (2012).</li><li>Gerami-Nejad, M., Hausauer, D., McClellan, M., Berman, J., Gale, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cassettes+for+the+PCR-mediated+construction+of+regulatable+alleles+in+Candida+albicans.">Cassettes for the PCR-mediated construction of regulatable alleles in Candida albicans.</a> Yeast. 21 (5), 429-436 (2004).</li><li>Gonia, S., Larson, B., Gale, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PCR-mediated+gene+modification+strategy+for+construction+of+fluorescent+protein+fusions+in+Candida+parapsilosis.">PCR-mediated gene modification strategy for construction of fluorescent protein fusions in Candida parapsilosis.</a> Yeast. 33 (2), 63-69 (2016).</li><li>Milne, S. W., Cheetham, J., Lloyd, D., Aves, S., Bates, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cassettes+for+PCR-+mediated+gene+tagging+in+Candida+albicans+utilizing+nourseothricin+resistance.">Cassettes for PCR- mediated gene tagging in Candida albicans utilizing nourseothricin resistance.</a> Yeast. 28 (12), 833-841 (2011).</li><li>Ausubel, F. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Current Protocols in Molecular Biology. , (1995).</li><li>Wilson, R. B., Davis, D., Mitchell, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+hypothesis+testing+with+Candida+albicans+through+gene+disruption+with+short+homology+regions.">Rapid hypothesis testing with Candida albicans through gene disruption with short homology regions.</a> J. Bacteriol. 181 (6), 1868-1874 (1999).</li><li>Pulver, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rsr1+focuses+Cdc42+activity+at+hyphal+tips+and+promotes+maintenance+of+hyphal+development+in+Candida+albicans.">Rsr1 focuses Cdc42 activity at hyphal tips and promotes maintenance of hyphal development in Candida albicans.</a> Eukaryotic Cell. 12 (4), 482-495 (2013).</li><li>Falgier, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Candida+species+differ+in+their+interactions+with+immature+human+gastrointestinal+epithelial+cells.">Candida species differ in their interactions with immature human gastrointestinal epithelial cells.</a> Pediatr. Res. 69 (5), 384-389 (2011).</li><li>Nosek, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+manipulation+of+the+pathogenic+yeast+Candida+parapsilosis.">Genetic manipulation of the pathogenic yeast Candida parapsilosis.</a> Curr. Genet. 42 (1), 27-35 (2002).</li><li>Zemanova, J., Nosek, J., Tomaska, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-efficiency+transformation+of+the+pathogenic+yeast+Candida+parapsilosis.">High-efficiency transformation of the pathogenic yeast Candida parapsilosis.</a> Curr. Genet. 45 (3), 183-186 (2004).</li><li>Benjamin, D. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neonatal+candidiasis+among+extremely+low+birth+weight+infants:+risk+factors,+mortality+rates,+and+neurodevelopmental+outcomes+at+18+to+22+months.">Neonatal candidiasis among extremely low birth weight infants: risk factors, mortality rates, and neurodevelopmental outcomes at 18 to 22 months.</a> Pediatrics. 117 (1), 84-92 (2006).</li><li>Kullberg, B. J., Arendrup, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Invasive+Candidiasis.">Invasive Candidiasis.</a> N Engl J Med. 373 (15), 1445-1456 (2015).</li></ol>

Constructie van epitoop-gemerkte sequenties in Candida soort, volgens de PCR-gemedieerde genmodifcatie strategie hierboven beschreven kan worden samengevat als een drie-stappen. Eerst wordt een cassette door PCR dat codeert voor zowel de gewenste integratie en gebieden homoloog aan de plaats van insertie in het gist genoom. Ten tweede worden de gistcellen te transformeren chemisch competente met lithium acetaat en co-geïncubeerd met de cassette uit. Ten derde worden de cellen uitgeplaat op selectieve media om ...

Candida species zijn commensaal schimmels die de darm- en genito-urinaire stukken alle mensen koloniseren. Onder omstandigheden van immunodeficiëntie, zoals die optreden bij vroeggeboorte of immunosuppressieve effecten van behandelingen voor kanker, kan Candida species opportunistische pathogenen worden. Van de Candida species, Candida albicans is de meest voorkomende schimmel kolonisator en doet de meerderheid van invasieve schimmelinfecties. Andere Candida soorten zoals C. glabrata, C. parapsilosis, C. tropicalis en C. kruseii ook leiden tot ernstige infecties bij immuungecompromitteerde patiënten, met enkele vertonen intrinsieke weerstand tegen veelgebruikte anti-schimmel antibiotica zoals fluconazol en amfotericine B. Vandaar infecties met sommige van deze soorten worden vaker waargenomen, vooral bij patiënten die profylactisch behandeld met anti-schimmelmiddelen. Zelfs met de juiste en tijdige eennti-schimmel behandeling, invasieve Candida infecties blijven geassocieerd met significante morbiditeit en mortaliteit 1. Gezien het belang van Candida soorten menselijke gezondheid, is er een behoefte aan direct beschikbare moleculaire hulpmiddelen die de studie en onderzoek naar hun pathogenese mechanismen mogelijk. Een belangrijk instrument waarmee onderzoekers te visualiseren en te kwantificeren microbiële cellen en de eiwitten die ze uiten is FP fusietechnologie. Polymerase kettingreactie (PCR) gemedieerde genetische modificatie, zoals beschreven in dit document, kan de constructie van fusies tussen FP sequenties en Candida eiwit coderende sequentie van belang in de genomische locus. Stabiele integratie van het construct vergemakkelijkt de analyse van eiwitexpressie en eiwit lokalisatie dynamiek. Plasmiden die FP sequenties geoptimaliseerd voor expressie in Candida albicans en die kunnen worden gebruikt in de PCR-gemedieerde gene modificatie strategie eerder geconstrueerd 2, 3, 4, 5. Plasmiden FP transformatie &quot;cassettes&quot;: een FP-sequentie gekoppeld aan een nutritionele merker gen dat de transformatie van C. albicans en C. parapsilosis 2, 3, 4, 5, 6, 7 vergemakkelijkt. Momenteel verkrijgbare plasmiden bevatten verschillende selecteerbare merkergenen voeding (URA3, HIS1, ARG4) voor transformatie van auxotrofe stammen en dominante resistentie merker (NAT1), die transformatie van klinische stammen ontbreekt auxotrophies vergemakkelijkt. Bovendien plasmiden opties voor maximaal vier verschillende FP sequenties (groen [GFP], yellow [YFP], cyaan [GVB] en kersen [mCherry]) en ofwel een ADH1 terminatiesequentie voor de bouw van carboxy-terminus eiwitfusies of een promotersequentie voor de bouw van amino-terminus eiwitfusies. Primers zijn ontworpen met homologie met het plasmide-DNA rond de FP cassette. Bovendien, de primers bevatten ook 5&#39;-extensie sequenties waarop homologie met het gist-gen van belang te hebben, wat de integratie van de cassette vergemakkelijkt in de genomische locus via homologe recombinatie (Figuur 1). Genspecifieke FP cassettes worden gegenereerd door PCR en vervolgens getransformeerd in Candida cellen die voor opname van DNA door behandeling met lithium acetaat. <img alt="Figuur 1" src="/files/ftp_upload/55333/55333fig1.jpg" /> Figuur 1: Diagram van hoe FP reeks fusies worden gegenereerd in Candida soorten. (A) Plasmide DNA includes een FP-sequentie en een sequentie die codeert nourseothricin weerstand (NAT1). Relatieve locaties van de Vooruit (FWD) en achteruit (REV) primers worden getoond, met zwarte delen van de primers met vermelding van het gebied van homologie op het plasmide sequentie en de paarse delen aanduiding van de gen-specifieke homologie regio of primer extensie. (B) FP cassettes worden omgezet in Candida en te integreren binnen de ENO1 genomische locus via homologe recombinatie (stippellijnen). (C) Resulterend FP fusie sequentie aan het 3&#39;-uiteinde van ENO1. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55333/55333fig1large.jpg" target="_blank">Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.</a> Hierin geven we een voorbeeld van eiwitfusie (Eno1-FP) constructies in Candida species. We maken gebruik van tagging plasmiden die de NAT1 transformatie marker-gen, samen met sequenties die coderen voor GFP, YFP, ofmCherry (Figuur 2). Deze plasmiden worden gebruikt in combinatie met primers in PCR te genspecifieke cassettes die fusie van KP vergemakkelijken het 3&#39;-einde van ENO1 ontwikkeld, waardoor expressie van Eno1 gefuseerd aan KP bij de carboxy-terminus. <img alt="Figuur 2" src="/files/ftp_upload/55333/55333fig2.jpg" /> Figuur 2: Kaarten van FP-cassette die plasmiden. Voorwaartse (F) en reverse (R) primers gebruikt om de cassettes van de plasmiden worden aangeduid met de relatieve locatie van hun homologie met de plasmiden. Primer sequenties zoals vermeld in tabel 1. F1 en R1 werden gebruikt om de pYFP- NAT1 cassette genereren. Het plasmide dat de YFP- NAT1 cassette (pMG2263) is identiek aan pMG2120 behalve YFP in plaats van de GFP sequentie. Cassette maten: GFP-NAT1, 3,7 kbp; mCherry- NAT1, 3,2 kbp; YFP- NAT1, 3.7 kbp. Dit cijfer is gewijzigd ten opzichte van Gerami-Nejad, et al. 4 <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55333/55333fig2large.jpg" target="_blank">Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.</a>

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>100W mercury lamp</td>
			<td>CHIU Technical Corporation</td>
			<td>M-100T</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>95% Ethanol</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Adenine</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ampicillin</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Carrier DNA</td>
			<td>Ambion</td>
			<td>AM9680</td>
			<td>Sheared Salmon Sperm DNA 10 mg/ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CCD Camera</td>
			<td>Photometrics</td>
			<td>CoolSNAP HQ</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Conical Tube</td>
			<td>Corning</td>
			<td>430828</td>
			<td>50ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Culture Tube Rotator</td>
			<td>New Brunswick</td>
			<td>2013923</td>
			<td>TC-8, or Any Culture Tube Rotator</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deoxynucleotides (dNTP) PCR Grade</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf Tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>022363719, 022363212</td>
			<td>0.5ml, 1.5ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Erlenmeyer Flask</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>7250089</td>
			<td>125ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethylenediaminetetraacetic Acid (EDTA)</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Freezer (-80 &#176;C )</td>
			<td>Thermo Electron Corporation</td>
			<td>ULT-1386-9-V</td>
			<td>Revco Ultima II</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GFP, YFP and Texas Red Filter Sets</td>
			<td>Chroma Technology Corporation</td>
			<td>49002, 86004v2, 49008</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass culture tubes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>1496126</td>
			<td>75mm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HRP goat anti-mouse antibody</td>
			<td>Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td>SC-2005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HRP goat anti-rabbit antibody</td>
			<td>Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td>SC-2301</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubator (30 &#176;C )</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lithium Acetate</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lysogeny Broth (LB) Media</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium Chloride</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5415 D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope</td>
			<td>Nikon</td>
			<td>E600</td>
			<td>Nikon Eclipse E600</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope Image Analysis Software</td>
			<td>Universal Imaging Corporation</td>
			<td>6.3r7</td>
			<td>MetaMorph Software Series 6.3r7</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mouse anti-GFP antibody</td>
			<td>Roche</td>
			<td>11814460001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nourseothricin</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50997939</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR Thermocycler</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>9700</td>
			<td>GeneAmp PCR System</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR tubes</td>
			<td>BioExpress, GeneMate</td>
			<td>T-3035-1</td>
			<td>0.2ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polyethylene Glycol 3350</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium Chloride</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rabbit anti-mCherry antibody</td>
			<td>BioVision</td>
			<td>5993-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Refrigerator (4&#176;C)</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Acetate</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stereomicroscope</td>
			<td>Nikon</td>
			<td>SMZ1500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Table Top Centrifuge</td>
			<td>Labnet</td>
			<td>Z 400</td>
			<td>Hermle Z 400</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Taq DNA Polymerase</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris)</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex Mixer</td>
			<td>Scientific Industries</td>
			<td>SI-0236</td>
			<td>Vortex Genie 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast Extract Peptone Dextrose (YPD) Media</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

generation of fluorescent protein fusions in candida species

Candida species, gangbare kolonisators van de darmen en urogenitalis, de oorzaak van de meeste invasieve schimmelinfecties bij mensen. Aldus worden moleculaire en genetische instrumenten om de studie van de pathogenese mechanismen te vergemakkelijken. PCR-gemedieerde gen modificatie een eenvoudige en snelle manier van epitoop-gemerkte eiwitten te genereren om detectie te vergemakkelijken. In het bijzonder, fluorescerend eiwit (FP) fusies zijn krachtige instrumenten die visualisatie en kwantificering van zowel gistcellen en eiwitten mogelijk met behulp van fluorescentie microscopie en immunoblotting, respectievelijk. Plasmiden die FP coderende sequenties, samen met nutritionele merker genen dat de transformatie van Candida species te vergemakkelijken, zijn gegenereerd ten behoeve van FP constructie en expressie in Candida. Hierin presenteren we een strategie voor het construeren van een fusie-FP in een Candida species. Plasmiden die de nourseothricin resistantnce transformatie markergen (NAT1) samen met sequenties voor zowel groen, geel of kersen FP (GFP, YFP, mCherry) worden gebruikt tezamen met primers die genspecifieke sequenties in een polymerasekettingreactie (PCR) worden uitgevoerd, om FP cassette genereren . Deze genspecifieke cassette in staat om te integreren in het 3&#39;-uiteinde van het corresponderende gen-locus via homologe recombinatie. Succesvolle in-frame fusie van het KP sequentie in het gen locus van belang genetisch gecontroleerd, gevolgd door analyse van fusie-eiwit expressie door microscopie en / of immuno-detectiemethoden. Bovendien, in het geval van sterk tot expressie gebrachte eiwitten, succesvolle fusies kunnen worden gescreend op de eerste plaats door fluorescentie beeldvorming technieken.

Als voorbeeld gebruikten we de hierboven beschreven protocol voor GFP en mCherry fusies construeren Eno1 in C. parapsilosis laboratoriumstam. Elke vermoedelijke transformant werd initieel opnieuw uitgestreken voor groei. In dit voorbeeld, omdat de resulterende fusieproteïne hoog tot expressie (enolase) en KP zijn licht, konden we transformanten door fluorescentie microscopie screenen voor het uitvoeren van diagnostische PCR (figuur 3) 6....

Watch this Scientific Journal Video about Generation of Fluorescent Protein Fusions in Candida Species at JoVE.com

Generation of Fluorescent Protein Fusions in Candida Species

PCR-gemedieerde genetische modificatie kan worden gebruikt voor fluorescent proteïne fusies in Candida soorten die visualisatie en kwantificering van gistcellen en eiwitten vergemakkelijkt genereren. Hierin presenteren we een strategie voor het construeren van een fluorescerend eiwit fusie (Eno1-FP) Candida parapsilosis.

Generatie Fluorescent Protein Fusies<em&gt; Candida</em&gt; Species

Candida species, prevalent colonizers of the intestinal and genitourinary tracts, are the cause of the majority of invasive fungal infections in humans. ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Generation of Fluorescent Protein Fusions in Candida Species

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

Hoge resolutie fluorescentie In Situ hybridisatie in Drosophila embryo's en weefsels met behulp van Tyramide signaal versterking

In our efforts to determine the patterns of expression and subcellular localization of Drosophila RNAs on a genome-wide basis, and in a variety of ...

Targeted Next-generation Sequencing and Bioinformatics Pipeline to Evaluate Genetic Determinants of Constitutional Disease

Next-generation Sequencing en Bioinformatics pijpleiding om te evalueren van genetische determinanten van constitutionele ziekte gericht

Next-generation sequencing (NGS) is quickly revolutionizing how research into the genetic determinants of constitutional disease is performed. The ...

CRISPR-mediated Genome Editing of the Human Fungal Pathogen Candida albicans

CRISPR-mediated Genome Editing of the Human Fungal Pathogen Candida albicans

CRISPR-gemedieerde genoom uitgeven van het menselijke schimmel pathogeen Candida albicans

This method describes the efficient CRISPR mediated genome editing of the diploid human fungal pathogen Candida albicans. CRISPR-mediated genome editing ...

Use of Single Molecule Fluorescent In Situ Hybridization (SM-FISH) to Quantify and Localize mRNAs in Murine Oocytes

Use of Single Molecule Fluorescent In Situ Hybridization SM-FISH to Quantify and Localize mRNAs in Murine Oocytes

Gebruik van één molecuul fluorescentie In Situ hybridisatie (SM-vis) om Quantify en lokaliseer mRNAs in lymfkliertest eicellen

Current methods routinely used to quantify mRNA in oocytes and embryos include digital reverse-transcription polymerase chain reaction (dPCR), ...

Mass Spectrometry-Based Proteomics Analyses Using the OpenProt Database to Unveil Novel Proteins Translated from Non-Canonical Open Reading Frames

Massa spectrometrie gebaseerde Proteomics Analyses met behulp van de OpenProt Database te onthullen nieuwe eiwitten vertaald uit niet-canonieke Open lezing Frames

Genome annotation is central to today's proteomic research as it draws the outlines of the proteomic landscape. Traditional models of open reading frame ...

A Bioinformatics Pipeline to Accurately and Efficiently Analyze the MicroRNA Transcriptomes in Plants

Een bioinformatica-pijpleiding om de MicroRNA Transcriptomes in fabrieken nauwkeurig en efficiënt te analyseren

MicroRNAs (miRNAs) are 20- to 24-nucleotide (nt) endogenous small RNAs (sRNAs) extensively existing in plants and animals that play potent roles in ...

Genetic Mapping of Thermotolerance Differences Between Species of Saccharomyces Yeast via Genome-Wide Reciprocal Hemizygosity Analysis

Genetic Mapping of Thermotolerance Differences Between Species of Saccharomyces Yeast via Genome-Wide Reciprocal Hemizygosity Analysis

Genetische mapping van Thermotolerance verschillen tussen soorten Saccharomyces gist via genoom-brede wederzijdse Hemizygosity analyse

A central goal of modern genetics is to understand how and why organisms in the wild differ in phenotype. To date, the field has advanced largely on the ...

Generation of Defined Genomic Modifications Using CRISPR-CAS9 in Human Pluripotent Stem Cells

Generatie van gedefinieerde genomische modificaties met CRISPR CAS9 in menselijke pluripotente stamcellen

Human pluripotent stem cells offer a powerful system to study gene function and model specific mutations relevant to disease. The generation of precise ...

Dissection of Drosophila melanogaster Flight Muscles for Omics Approaches

Dissection of Drosophila melanogaster Flight Muscles for Omics Approaches

Dissectie van vlucht spieren van Drosophila melanogaster voor omics-benaderingen

Drosophila flight muscle is a powerful model to study diverse processes such as transcriptional regulation, alternative splicing, metabolism, and ...

Application of CRISPR Interference (CRISPRi) for Gene Silencing in Pathogenic Species of Leptospira

Application of CRISPR Interference CRISPRi for Gene Silencing in Pathogenic Species of Leptospira

Toepassing van CRISPR-interferentie (CRISPRi) voor genuitschakeling bij pathogene soorten leptospira

Leptospirosis is a global neglected zoonosis, responsible for at least 1 million cases per year and almost 60 thousand deaths. The disease is caused by ...