Name: generation of fluorescent protein fusions in candida species
Uploaded: 2017-03-04T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Generation of Fluorescent Protein Fusions in Candida Species at JoVE.com

Мы благодарим Н. Дина за предоставление исходной последовательности mCherry FP, М. герами-Неджад для построения плазмид, Б. Ларсон об оказании технической помощи, а также Т. Heisel за полезные советы в процессе разработки этого проекта. JB был поддержан Европейским Research Council Advanced Award 340087 (RAPLODAPT). Микроскопия и системы визуализации были предоставлены Университетом штата Миннесота Pediatrics Foundation и Университета Миннесоты Центра обработки изображений.

1. Изолировать Шаблон Плазмиды из E.coli <ol><li> Grow E.coli , содержащий плазмиду шаблон в течение ночи в 10 мл лизогении бульона (LB) + 200 мг / л ампициллина (АМФ) при 37 ° C при встряхивании. </li><li> Урожай клеток путем центрифугирования при 6000 мкг в течение 2 мин. </li><li> Декантируют жидкость, выдел...

<ol>
	<li>Bendel, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Colonization+and+epithelial+adhesion+in+the+pathogenesis+of+neonatal+candidiasis.">Colonization and epithelial adhesion in the pathogenesis of neonatal candidiasis.</a> Semin. Perinatol. 27 (5), 357-364 (2003).</li><li>Gerami-Nejad, M., Berman, J., Gale, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cassettes+for+PCR-mediated+construction+of+green,+yellow,+and+cyan+fluorescent+protein+fusions+in+Candida+albicans.">Cassettes for PCR-mediated construction of green, yellow, and cyan fluorescent protein fusions in Candida albicans.</a> Yeast. 18 (9), 859-864 (2001).</li><li>Gerami-Nejad, M., Dulmage, K., Berman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Additional+cassettes+for+epitope+and+fluorescent+fusion+proteins+in+Candida+albicans.">Additional cassettes for epitope and fluorescent fusion proteins in Candida albicans.</a> Yeast. 26 (7), 399-406 (2009).</li><li>Gerami-Nejad, M., Forche, A., McClellan, M., Berman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+protein+function+in+clinical+C.+albicans+isolates.">Analysis of protein function in clinical C. albicans isolates.</a> Yeast. 29 (8), 303-309 (2012).</li><li>Gerami-Nejad, M., Hausauer, D., McClellan, M., Berman, J., Gale, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cassettes+for+the+PCR-mediated+construction+of+regulatable+alleles+in+Candida+albicans.">Cassettes for the PCR-mediated construction of regulatable alleles in Candida albicans.</a> Yeast. 21 (5), 429-436 (2004).</li><li>Gonia, S., Larson, B., Gale, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PCR-mediated+gene+modification+strategy+for+construction+of+fluorescent+protein+fusions+in+Candida+parapsilosis.">PCR-mediated gene modification strategy for construction of fluorescent protein fusions in Candida parapsilosis.</a> Yeast. 33 (2), 63-69 (2016).</li><li>Milne, S. W., Cheetham, J., Lloyd, D., Aves, S., Bates, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cassettes+for+PCR-+mediated+gene+tagging+in+Candida+albicans+utilizing+nourseothricin+resistance.">Cassettes for PCR- mediated gene tagging in Candida albicans utilizing nourseothricin resistance.</a> Yeast. 28 (12), 833-841 (2011).</li><li>Ausubel, F. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Current Protocols in Molecular Biology. , (1995).</li><li>Wilson, R. B., Davis, D., Mitchell, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+hypothesis+testing+with+Candida+albicans+through+gene+disruption+with+short+homology+regions.">Rapid hypothesis testing with Candida albicans through gene disruption with short homology regions.</a> J. Bacteriol. 181 (6), 1868-1874 (1999).</li><li>Pulver, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rsr1+focuses+Cdc42+activity+at+hyphal+tips+and+promotes+maintenance+of+hyphal+development+in+Candida+albicans.">Rsr1 focuses Cdc42 activity at hyphal tips and promotes maintenance of hyphal development in Candida albicans.</a> Eukaryotic Cell. 12 (4), 482-495 (2013).</li><li>Falgier, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Candida+species+differ+in+their+interactions+with+immature+human+gastrointestinal+epithelial+cells.">Candida species differ in their interactions with immature human gastrointestinal epithelial cells.</a> Pediatr. Res. 69 (5), 384-389 (2011).</li><li>Nosek, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+manipulation+of+the+pathogenic+yeast+Candida+parapsilosis.">Genetic manipulation of the pathogenic yeast Candida parapsilosis.</a> Curr. Genet. 42 (1), 27-35 (2002).</li><li>Zemanova, J., Nosek, J., Tomaska, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-efficiency+transformation+of+the+pathogenic+yeast+Candida+parapsilosis.">High-efficiency transformation of the pathogenic yeast Candida parapsilosis.</a> Curr. Genet. 45 (3), 183-186 (2004).</li><li>Benjamin, D. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neonatal+candidiasis+among+extremely+low+birth+weight+infants:+risk+factors,+mortality+rates,+and+neurodevelopmental+outcomes+at+18+to+22+months.">Neonatal candidiasis among extremely low birth weight infants: risk factors, mortality rates, and neurodevelopmental outcomes at 18 to 22 months.</a> Pediatrics. 117 (1), 84-92 (2006).</li><li>Kullberg, B. J., Arendrup, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Invasive+Candidiasis.">Invasive Candidiasis.</a> N Engl J Med. 373 (15), 1445-1456 (2015).</li></ol>

Конструирование эпитопа помечено последовательностей в видов Candida с использованием ПЦР-опосредованный стратегии генной модификации , описанной выше , может быть охарактеризован как трехступенчатый процесс. Во-первых, кассета выполнена с помощью ПЦР, который кодирует и последова...

Виды Candida являются синантропных грибы , которые колонизируют кишечника и мочеполового трактов всех людей. В условиях иммунодефицитом, таких как , которые происходят с преждевременными родами или иммуносупрессивные эффекты от лечения рака, виды Candida может стать условно - патогенные возбудители. Из видов Candida, Candida Albicans является наиболее распространенным грибковым колонизатор и вызывает большинство инвазивных грибковых инфекций. Другие виды Candida , такие как C. glabrata, C. parapsilosis, C. tropicalis и C. kruseii также вызывают серьезные инфекции у пациентов с ослабленным иммунитетом, с некоторым проявляющего внутреннее сопротивление к часто используемым противогрибковые антибиотики , такие как флуконазол и амфотерицин В. Следовательно, инфекции с некоторыми из этих видов наблюдаются чаще, особенно у пациентов, проходящих лечение профилактически с противогрибковыми средствами. Даже при надлежащей и своевременной аNTI-грибковое лечение, инвазивные инфекции Candida по- прежнему связаны со значительной заболеваемостью и смертностью 1. Из - за важности видов Candida в состоянии здоровья людей, существует потребность в легко доступных молекулярных инструментов , которые позволяют исследование и выяснение механизмов их патогенеза. Одним из важных инструментов, который позволяет исследователям визуализировать и количественно микробных клеток и белков, которые они выражают это технология слияния FP. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) -опосредованного модификацию гена, как описано в данной работе, позволяет строить слитых конструкций , между ПС последовательностей и белок Кандида интерес последовательность кодирования на его геномного локуса. Стабильной интеграции конструкции облегчает анализ экспрессии белка, а также динамику локализации белков. Плазмиды , содержащие FP последовательности, оптимизированные для экспрессии в Candida Albicans и которые могут быть использованы в ПЦР-опосредованный гСтратегия модификации ена, которые были ранее построены 2, 3, 4, 5. Плазмиды содержат FP трансформация &quot;кассеты&quot;: последовательность FP , связанный с питательной маркерного гена , который облегчает преобразование C. Albicans и С. parapsilosis 2, 3, 4, 5, 6, 7. Существующие в настоящее время Плазмиды содержат множество выбираемых питательных генов - маркеров (URA3, HIS1, arg4) для трансформации ауксотрофных штаммов, а также доминирующий устойчивости к лекарственному средству маркер (NAT1), что облегчает преобразование клинических штаммов , не имеющих auxotrophies. Кроме того, плазмиды содержат варианты до четырех различных последовательностей FP (зеленый [GFP], YelloW [YFP], циан [КФП], и вишня [mCherry]) и либо последовательность терминации ADH1 для построения карбоксиконец слитых белков, или последовательность промотора для построения аминоконца слитых белков. Праймеры конструируют с гомологией к плазмидной ДНК, окружающей кассету FP. Кроме того, праймеры также содержат 5&#39;-удлинительные последовательности , несущие гомологию с геном дрожжей , представляющие интерес для быть помеченным, что облегчает интеграцию кассеты в геномную локус посредством гомологичной рекомбинации (рисунок 1). Гено-специфические FP кассеты генерируются с помощью ПЦР , а затем трансформировали в клетки Candida , сделанные компетентными для поглощения ДНК путем обработки ацетатом лития. <img alt="Рисунок 1" src="/files/ftp_upload/55333/55333fig1.jpg" /> Рисунок 1: Схема , как слитые последовательности FP генерируются видов Candida. (А) плазмидной ДНК ВКЛЮЧАЕТэс последовательность FP и последовательности, кодирующей nourseothricin сопротивления (NAT1). Относительное расположение вперед (FWD) и обратном (REV) праймеров показаны с черными частями праймеров, обозначающих область гомологии с последовательностью плазмиды и фиолетовых участков, обозначающих геноспецифических область гомологии или удлинение праймера. (В) FP кассеты превращаются в Кандида и интегрировать в ENO1 геномного локуса посредством гомологичной рекомбинации (пунктирные линии). (C) результирующую последовательность слитого FP на 3&#39;-ENO1. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55333/55333fig1large.jpg" target="_blank">Пожалуйста</a> , <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55333/55333fig1large.jpg" target="_blank">нажмите здесь</a> , <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55333/55333fig1large.jpg" target="_blank">чтобы посмотреть увеличенную версию этой фигуры.</a> Здесь мы приведем пример слитого белка (Eno1-FP) конструкций у видов Candida. Мы используем мечения плазмид , содержащих ген NAT1 преобразование маркера вместе с последовательностями , кодирующими GFP, YFP, илиmCherry (Рисунок 2). Эти плазмиды используются вместе с праймеров в ПЦР для генерации геноспецифических кассет , которые облегчают слияние РЗУ к 3&#39;-концу ENO1, что приводит к экспрессии слитого с Eno1 FPs на его карбокси-конце. <img alt="фигура 2" src="/files/ftp_upload/55333/55333fig2.jpg" /> Рисунок 2: Карты FP кассет , содержащих плазмид. Вперед (F) и обратный праймеры (R), которые используются для создания кассеты из плазмид показаны вместе с относительным расположением их гомологии с плазмидами. Последовательности праймеров, которые перечислены в таблице 1. F1 и R1 были также использованы для создания кассеты pYFP- NAT1. Плазмида , содержащая кассету YFP- NAT1 (pMG2263) идентичен pMG2120 за исключением YFP вместо последовательности GFP. Размеры кассеты: GFP-NAT1, 3,7 KBP; mCherry- NAT1, 3,2 т.п.н.; YFP- NAT1, 3.7 т.п.н.. Эта цифра была изменена из герами-Нежада и др. 4 <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55333/55333fig2large.jpg" target="_blank">Пожалуйста</a> , <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55333/55333fig2large.jpg" target="_blank">нажмите здесь</a> , <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55333/55333fig2large.jpg" target="_blank">чтобы посмотреть увеличенную версию этой фигуры.</a>

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>100W mercury lamp</td>
			<td>CHIU Technical Corporation</td>
			<td>M-100T</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>95% Ethanol</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Adenine</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ampicillin</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Carrier DNA</td>
			<td>Ambion</td>
			<td>AM9680</td>
			<td>Sheared Salmon Sperm DNA 10 mg/ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CCD Camera</td>
			<td>Photometrics</td>
			<td>CoolSNAP HQ</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Conical Tube</td>
			<td>Corning</td>
			<td>430828</td>
			<td>50ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Culture Tube Rotator</td>
			<td>New Brunswick</td>
			<td>2013923</td>
			<td>TC-8, or Any Culture Tube Rotator</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deoxynucleotides (dNTP) PCR Grade</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf Tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>022363719, 022363212</td>
			<td>0.5ml, 1.5ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Erlenmeyer Flask</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>7250089</td>
			<td>125ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethylenediaminetetraacetic Acid (EDTA)</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Freezer (-80 &#176;C )</td>
			<td>Thermo Electron Corporation</td>
			<td>ULT-1386-9-V</td>
			<td>Revco Ultima II</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GFP, YFP and Texas Red Filter Sets</td>
			<td>Chroma Technology Corporation</td>
			<td>49002, 86004v2, 49008</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass culture tubes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>1496126</td>
			<td>75mm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HRP goat anti-mouse antibody</td>
			<td>Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td>SC-2005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HRP goat anti-rabbit antibody</td>
			<td>Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td>SC-2301</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubator (30 &#176;C )</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lithium Acetate</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lysogeny Broth (LB) Media</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium Chloride</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5415 D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope</td>
			<td>Nikon</td>
			<td>E600</td>
			<td>Nikon Eclipse E600</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope Image Analysis Software</td>
			<td>Universal Imaging Corporation</td>
			<td>6.3r7</td>
			<td>MetaMorph Software Series 6.3r7</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mouse anti-GFP antibody</td>
			<td>Roche</td>
			<td>11814460001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nourseothricin</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50997939</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR Thermocycler</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>9700</td>
			<td>GeneAmp PCR System</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR tubes</td>
			<td>BioExpress, GeneMate</td>
			<td>T-3035-1</td>
			<td>0.2ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polyethylene Glycol 3350</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium Chloride</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rabbit anti-mCherry antibody</td>
			<td>BioVision</td>
			<td>5993-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Refrigerator (4&#176;C)</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Acetate</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stereomicroscope</td>
			<td>Nikon</td>
			<td>SMZ1500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Table Top Centrifuge</td>
			<td>Labnet</td>
			<td>Z 400</td>
			<td>Hermle Z 400</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Taq DNA Polymerase</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris)</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex Mixer</td>
			<td>Scientific Industries</td>
			<td>SI-0236</td>
			<td>Vortex Genie 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast Extract Peptone Dextrose (YPD) Media</td>
			<td>Any</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

generation of fluorescent protein fusions in candida species

Видов Candida, распространенных колонизаторами кишечника и мочеполового трактов, являются причиной большинства инвазивных грибковых инфекций у людей. Таким образом, молекулярные и генетические инструменты необходимы, чтобы облегчить изучение механизмов их патогенеза. ПЦР-опосредованный модификация гена является простой и быстрый подход к генерации эпитоп-меченных белков для облегчения их обнаружения. В частности, флуоресцентный белок (FP) расплавы являются мощными инструментами, которые позволяют визуализировать и количественно оценивать обоих дрожжевых клеток и белков с помощью флуоресцентной микроскопии и иммуноблотинга, соответственно. Плазмиды , содержащие кодирующие последовательности FP, наряду с питательными маркерные гены , которые облегчают превращение видов Candida, были получены с целью строительства FP и экспрессии в кандида. Здесь мы представляем стратегию построения фьюжн FP в видах Candida. Плазмиды, содержащие nourseothricin resistaсть гена трансформации маркера (NAT1) наряду с последовательностями либо зеленым, желтым или вишневого FPs (GFP, YFP, mCherry) используются наряду с использованием праймеров , которые включают в себя последовательность генов специфических в полимеразной цепной реакции (ПЦР) , чтобы создать кассету FP , Этот ген-специфический кассета имеет возможность интеграции в 3&#39;-конце соответствующего локуса гена посредством гомологичной рекомбинации. Успешное в рамке считывания слияние последовательности FP в локус гена интереса проверяется генетически, с последующим анализом экспрессии слитого белка с помощью микроскопа и / или методов иммуно-обнаружения. Кроме того, для случая с высоким уровнем экспрессии белков, успешные слитые конструкции могут быть подвергнуты скринингу на в основном с помощью методов флуоресцентной томографии.

В качестве примера, мы использовали протокол , описанный выше для построения GFP и mCherry слитые к Eno1 в С. parapsilosis лабораторного штамма. Каждый предполагаемый трансформант был первоначально пересевали штрихом для роста. В этом примере, поскольку полученный гибридный б...

Watch this Scientific Journal Video about Generation of Fluorescent Protein Fusions in Candida Species at JoVE.com

Generation of Fluorescent Protein Fusions in Candida Species

ПЦР-опосредованный модификация гена может быть использован для создания флуоресцентного белка слитые в видов Candida, что облегчает визуализацию и количественное определение дрожжевых клеток и белков. Здесь мы представляем стратегию построения флуоресцентного белка слияния (Eno1-FP) в Candida parapsilosis.

Поколение флуоресцентных слитых белков в<em&gt; Кандида</em&gt; Виды

Candida species, prevalent colonizers of the intestinal and genitourinary tracts, are the cause of the majority of invasive fungal infections in humans. ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Generation of Fluorescent Protein Fusions in Candida Species

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

Высокое разрешение флуоресцентные в Situ гибридизация дрозофилы эмбрионов и тканей с помощью усиления сигнала Tyramide

In our efforts to determine the patterns of expression and subcellular localization of Drosophila RNAs on a genome-wide basis, and in a variety of ...

Targeted Next-generation Sequencing and Bioinformatics Pipeline to Evaluate Genetic Determinants of Constitutional Disease

Секвенирование нового поколения и биоинформатики трубопровода для оценки генетических детерминант конституционных болезни

Next-generation sequencing (NGS) is quickly revolutionizing how research into the genetic determinants of constitutional disease is performed. The ...

CRISPR-mediated Genome Editing of the Human Fungal Pathogen Candida albicans

CRISPR-mediated Genome Editing of the Human Fungal Pathogen Candida albicans

ТРИФОСФАТЫ опосредованной редактирование генома человека грибкового патогена Candida albicans

This method describes the efficient CRISPR mediated genome editing of the diploid human fungal pathogen Candida albicans. CRISPR-mediated genome editing ...

Use of Single Molecule Fluorescent In Situ Hybridization (SM-FISH) to Quantify and Localize mRNAs in Murine Oocytes

Use of Single Molecule Fluorescent In Situ Hybridization SM-FISH to Quantify and Localize mRNAs in Murine Oocytes

Использование одной молекулы флуоресцентные в гибридизации Situ (SM-рыбы) для Quantify и Localize mRNAs в мышиных ооцитов

Current methods routinely used to quantify mRNA in oocytes and embryos include digital reverse-transcription polymerase chain reaction (dPCR), ...

Mass Spectrometry-Based Proteomics Analyses Using the OpenProt Database to Unveil Novel Proteins Translated from Non-Canonical Open Reading Frames

Масса на основе спектрометрии протеомики анализа с использованием базы данных OpenProt откроет новые белки перевод с неканоническим открытом чтения фреймов

Genome annotation is central to today's proteomic research as it draws the outlines of the proteomic landscape. Traditional models of open reading frame ...

A Bioinformatics Pipeline to Accurately and Efficiently Analyze the MicroRNA Transcriptomes in Plants

Биоинформатика трубопровод точно и эффективно анализировать microRNA транскриптомы в растениях

MicroRNAs (miRNAs) are 20- to 24-nucleotide (nt) endogenous small RNAs (sRNAs) extensively existing in plants and animals that play potent roles in ...

Genetic Mapping of Thermotolerance Differences Between Species of Saccharomyces Yeast via Genome-Wide Reciprocal Hemizygosity Analysis

Genetic Mapping of Thermotolerance Differences Between Species of Saccharomyces Yeast via Genome-Wide Reciprocal Hemizygosity Analysis

Генетическое картирование различий термотерпимости между видами дрожжей Сахаромицес с помощью геномно-широкого взаимного анализа гемизигоси

A central goal of modern genetics is to understand how and why organisms in the wild differ in phenotype. To date, the field has advanced largely on the ...

Generation of Defined Genomic Modifications Using CRISPR-CAS9 in Human Pluripotent Stem Cells

Поколение определенных геномных модификаций с использованием CRISPR-CAS9 в стволовых клетках человека

Human pluripotent stem cells offer a powerful system to study gene function and model specific mutations relevant to disease. The generation of precise ...

Dissection of Drosophila melanogaster Flight Muscles for Omics Approaches

Dissection of Drosophila melanogaster Flight Muscles for Omics Approaches

Рассечение Drosophila меланогастер полет мышц для омичи подходы

Drosophila flight muscle is a powerful model to study diverse processes such as transcriptional regulation, alternative splicing, metabolism, and ...

Application of CRISPR Interference (CRISPRi) for Gene Silencing in Pathogenic Species of Leptospira

Application of CRISPR Interference CRISPRi for Gene Silencing in Pathogenic Species of Leptospira

Применение ИНТЕРФЕРЕНЦИИ CRISPR (CRISPRi) для глушения генов у патогенных видов лептоспир

Leptospirosis is a global neglected zoonosis, responsible for at least 1 million cases per year and almost 60 thousand deaths. The disease is caused by ...