Name: dissection, microct scanning and morphometric analyses of the baculum
Uploaded: 2017-03-19T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Dissection, MicroCT Scanning and Morphometric Analyses of the Baculum at JoVE.com

Tim Daley ve Andrew Smith ilk günlerinde birçok yararlı hesaplama tartışmalar sağlanan; Tim Daley Hesaplamalı kaynakları Güney Kaliforniya Üniversitesi&#39;nde Yüksek Başarımlı Hesaplama Cluster tarafından sağlanan Protokolün 5. için gerekli program rotate_translate_cylindrical yazdı. Bu çalışma NIH hibe # GM098536 (MDD) tarafından desteklenmiştir.

Tüm prosedürler ve personel Hayvan Bakımı ve Kullanımı Komitesi Güney Kaliforniya Enstitüsü Üniversitesi (IACUC), protokol # 11394 tarafından onaylanmıştır. 1. baculum Diseksiyon ve Hazırlık <ol><li> İlgili Kurumsal Hayvan Bakım ve Kullanım Komitesi (IACUC) tarafından belirlenen protokollere göre, aşırı maruz kalma karbondioksit yoluyla cinsel olgun erkek fare Euthanize. </li><li> yatar pozisyonda hayvan Lay ve başparmak prepusyal açılması yanal ile basınç uyg...

<ol>
	<li>Slice, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Geometrics+morphometrics.">Geometrics morphometrics.</a> Annu. Rev. Anthropol. 36, 261-281 (2007).</li><li>Slice, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Modern morphometrics in physical anthropology. 6, (2005).</li><li>Zelditch, M. L., Swiderski, D. L., Sheets, H. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Geometric morphometrics for biologists: a primer. , (2012).</li><li>Bookstein, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Morphometric tools for landmark data: geometry and biology. , (1991).</li><li>Rohlf, F. J., Marcus, L. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Revolution+in+Morphometrics.">A Revolution in Morphometrics.</a> Trends. Ecol. Evol. 8 (4), 129-132 (1993).</li><li>Zelditch, M. L., Swiderski, D. L., Sheets, H. D., Fink, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Geometric morphometrics for biologists: a primer. , (2004).</li><li>Rohlf, F. J., Slice, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extensions+of+the+Procrustes+method+for+the+optimal+superimposition+of+landmarks.">Extensions of the Procrustes method for the optimal superimposition of landmarks.</a> Syst. Zool. 39 (1), 40-59 (1990).</li><li>Gunz, P., Mitteroecker, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Semilandmarks:+a+method+for+quantifying+curves+and+surfaces.">Semilandmarks: a method for quantifying curves and surfaces.</a> Hystrix. 24 (1), 103-109 (2013).</li><li>Gunz, P., Ramsier, M., Kuhrig, M., Hublin, J. J., Spoor, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+mammalian+bony+labyrinth+reconsidered,+introducing+a+comprehensive+geometric+morphometric+approach.">The mammalian bony labyrinth reconsidered, introducing a comprehensive geometric morphometric approach.</a> J. Anat. 220 (6), 529-543 (2012).</li><li>Mitteroecker, P., Gunz, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+geometric+morphometrics.">Advances in geometric morphometrics.</a> Evol. Biol. 36 (2), 235-247 (2009).</li><li>Bookstein, F. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Landmark+methods+for+forms+without+landmarks:+morphometrics+of+group+differences+in+outline+shape.">Landmark methods for forms without landmarks: morphometrics of group differences in outline shape.</a> Med. Im. Anal. 1 (3), 225-243 (1997).</li><li>Gunz, P., Mitteroecker, P., Bookstein, F., Slice, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Modern morphometrics in physical anthropology. , 73-98 (2005).</li><li>Oxnard, C., O'Higgins, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biology+Clearly+Needs+Morphometrics.+Does+Morphometrics+Need+Biology?.">Biology Clearly Needs Morphometrics. Does Morphometrics Need Biology?.</a> Biological Theory. 4 (1), 84-97 (2009).</li><li>Schultz, N. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetic+basis+of+baculum+size+and+shape+variation+in+mice.">The genetic basis of baculum size and shape variation in mice.</a> G3. 6 (5), 1141-1151 (2016).</li><li>Schultz, N. G., Lough-Stevens, M., Abreu, E., Orr, T. J., Dean, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+baculum+was+gained+and+lost+multiple+times+during+mammalian+evolution.">The baculum was gained and lost multiple times during mammalian evolution.</a> Integr Comp Biol. 56 (4), 644-656 (2016).</li><li>Dines, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sexual+selection+targets+cetacean+pelvic+bones.">Sexual selection targets cetacean pelvic bones.</a> Evolution. 68 (11), 3296-3306 (2014).</li><li>Adams, D. C., Ot&#225;rola-Castillo, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=geomorph:+an+R+package+for+the+collection+and+analysis+of+geometric+morphometric+shape+data.">geomorph: an R package for the collection and analysis of geometric morphometric shape data.</a> Methods Ecol. Evol. 4 (4), 393-399 (2013).</li></ol>

Yukarıdaki protokol kritik adımlar 1) Bacula diseksiyon vardır, 2) MikroBT&#39;lerin görüntüleri toplama, 3) xyz düz bir dosyaya MikroBT&#39;lerin çıktı dönüştürme, 4) Her numune en nokta bulutu dışarı segmentlere koordinatları, 5) Her numune dönüştürülmesi standart koordinat sistemi, ve 6) yarı yerler tanımlayan. Bu adımlar kolayca farklı nesneleri yerleştirmek için modifiye edilmiştir. Bu yöntemler, olasılıkla çok kavisli en azından esas olarak &quot;çub...

Morfometrik alan boyutu ve biyolojik formunun biçimine, bilimsel araştırma, 1, 2, 3, 4, 5, 6 temel bir adım ölçmek için yöntemler çeşitlilik bulunmaktadır. Geleneksel olarak, boyut ve şekil istatistiksel analizi, bir biyolojik yapısına işaretlerini belirlenmesi ve daha sonra, bir çok değişkenli çerçevesinde analiz edilebilir, doğrusal uzaklık, açı ve oranları ölçülerek başlar. Landmark tabanlı Geometrik Morfometri analizi ve görselleştirme 5 üzerinden veri toplama geometrik bilgiler koruyarak yerlerinden uzaysal konumunu koruyan bir yaklaşımdır. Genelleştirilmiş Procrust Analizi (GPA) m numuneler arasında bir uyum üretmek için konum, ölçek ve yerlerinden rotasyon farklılıkları ortadan kaldırmak için uygulanabilironların kare farklılıkları inimizes - ne kalır şekil farklılık 7&#39;dir. Herhangi bir morfometrik analizi önemli bir kavram benzerliği veya bir güvenilir örneklerin ya da yapılar arasında uygun biyolojik olarak anlamlı ve ayrık özellikler gösteren yerler belirleyebilir fikirdir. Örneğin, insan kafatasları morfometrik analizleri etkinleştirebilirsiniz homolog süreçleri, foraminanın, sütürler ve kanalları var. Ne yazık ki, karşılık gelen noktalara tanımlanması düz yüzeyler veya eğri 8, 9, 10, özellikle de, bir çok biyolojik yapılar arasında zordur. Biz hesaplamalı geometri kullanarak aşağıda bu sorunu yaklaşım. genel iş akışı hepsi bu böylece nokta bulutu noktaları bir bulut olarak temsil edilebilir nesnenin üç boyutlu tarama oluşturmak ve sonra döndürmek ve dönüştürmektirpecimens ortak bir koordinat sistemi üzerinde odaklı. Sonra matematiksel nesnenin belirli bölgelerde yarı-işaretlerini tanımlar. Bu tür bölgelere yerleştirilen ayrık yarı görülecek 11 biyolojik keyfi vardır. Keyfi yerleştirilen görülecek biyolojik homolog olmayabilir çünkü not ortalamasına ve sonraki istatistiksel analizler yürütülmesi istenmeyen eserler 8, 12 üretebilir. Bu nedenle, biz bu yarı-görülecek matematiksel &quot;slayt&quot; için izin verir. Bu prosedür, yapılar arasında potansiyel farkı en aza indirir. Başka bir yerde açıklandığı gibi burada kullanılan kayar algoritması yoksun içindeki anatomik bölge ölçmek için uygun olan, kolayca görülecek 3, 6, 8, 10, 11, 12 karşılık gelen tespit edilmiştir. Bu yöntemler kendi li varmitations 13 fakat farklı bir boyut ve şekle sahip nesnelere uyarlanabilir olmalıdır. Burada, bu yöntemin fare baculum 14 son çalışmada uygulanan nasıl göstermek, kazanmış ve memeli evrimi 15 sırasında birden çok bağımsız kez kesildi penis bir kemik. Diseksiyon ve belirli bir kemik hazırlanmasını baculum (Protokol 1), MikroBT&#39;lerin görüntülerin üretimi (Protokol 2) ve tüm alt hesaplama geometri sağlayan bir biçime, bu görüntülerin dönüşüm ele (Protokoller 3 ve 4). ~ 100K xyz koordinatları bu adımlardan sonra, her numune temsil edilir. Biz o zaman etkili bir şekilde ortak yönelim içine tüm örnekler (Protokol 5) hizalamak dönüşümün bir dizi yürümek, sonra hizalanmış numunelerden yarı işaretlerini (Protokol 6) tanımlar. Protokoller 1-4 bakılmaksızın nesne analiz edilen benzer olmalıdır. Protokol 5 ve Protokol 6 SPE vardırkabinini bir baculum için tasarlanmış, ancak bu adımları ayrıntılı tarafından, araştırmacılar kendi ilgi nesnesi için uygun olacağını değişiklikler hayal edebiliyorum bizim umudumuz. Örneğin, bu yöntemlerin değişiklikler balina pelvik kemikleri ve kaburga kemikleri 16 çalışma uygulandı.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="743">
	<tbody>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:211px;">Dissecting scissors</td>
			<td style="width:287px;">VWR</td>
			<td style="width:79px;">470106-338</td>
			<td style="width:167px;">Most sizes should work</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:211px;">Dissecting Forceps, Fine Tip, Curved</td>
			<td style="width:287px;">VWR</td>
			<td style="width:79px;">82027-406</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:211px;">1.7 mL microcentrifuge tube</td>
			<td style="width:287px;">VWR</td>
			<td style="width:79px;">87003-294</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:211px;">Absolute Ethanol</td>
			<td style="width:287px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:79px;">CAS 64-17-5</td>
			<td>To be diluted to 70% for dissections</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:211px;">Floral Foam</td>
			<td style="width:287px;">Wholesale Floral</td>
			<td style="width:79px;">6002-48-07</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">uCT50 scanner&#160;</td>
			<td colspan="2">Scanco Medical AG, Bruttisellen, Switzerland</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

dissection, microct scanning and morphometric analyses of the baculum

Modern Morfometri boyutu ve şekli varyasyonu ölçmek için güçlü bir yöntem sağlar. Bir temel gereksinimi yerlerinden tanımlayan koordinatların bir listesi; ancak bu tür koordinatlar örneklerin arasında homolog yapılar temsil etmelidir. Birçok biyolojik nesneler homoloji varsayımı karşılamak için kolayca tespit yerlerinden oluşan ederken, birçok tür yapıları yoksundur. Bir potansiyel çözüm örneklerinin arasında aynı morfolojik bölgeyi temsil bir nesne üzerinde yer yarı işaretlerini matematiksel olarak etmektir. Burada, matematiksel fare baculum (penis kemiği) yarı-işaretlerini tanımlamak için yeni geliştirilmiş bir boru hattı göstermektedir. Bizim yöntemler nesnelerin geniş bir geçerli olmalıdır.

Protokolde 6 üretilen yarı yerlerinden xyz koordinatlar doğrudan herhangi bir dönüm noktası tabanlı geometrik morfometrik analizi 17 içine alınabilir. Hesaplamalı boru hattı üzerinde fare Bacula 14, yanı sıra balina pelvik ve kaburga kemikleri 16 incelemek için uygulanmıştır. Yarı yerlerinden hesaplama tanımı ile ilgili daha fazla detay araştırmacıların ilgi kendi özel nesne karşılamak iç...

Watch this Scientific Journal Video about Dissection, MicroCT Scanning and Morphometric Analyses of the Baculum at JoVE.com

Dissection, MicroCT Scanning and Morphometric Analyses of the Baculum

Birçok biyolojik yapılar zor, modern morfometrik yöntemleri uygulamak için yapım, kolayca tanımlanabilir yerlerinden yoksundur. İşte biz boyutunu ölçmek ve varyasyonu şekillendirmek için kullanılan yarı işaretlerini belirlemek için hesaplama yöntemleri takip diseksiyon ve MikroBT&#39;lerin tarama dahil fare baculum (penis bir kemik), çalışma yöntemleri göstermektedir.

Baculum diseksiyonu, mikroBT Tarama ve Morfometrik Analizleri

Modern morphometrics provides powerful methods to quantify size and shape variation. A basic requirement is a list of coordinates that define landmarks; ...

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Specimen Preparation, Imaging, and Analysis Protocols for Knife-edge Scanning Microscopy

Bıçak kenar Tarama Mikroskopi için Numune Hazırlama, Görüntüleme ve Analiz Protokolleri

Major advances in high-throughput, high-resolution, 3D microscopy techniques have enabled the acquisition of large volumes of neuroanatomical data at ...

Video-rate Scanning Confocal Microscopy and Microendoscopy

Video-rate Tarama Konfokal Mikroskop ve Mikroendoskopi

Confocal microscopy has become an invaluable tool in biology and the biomedical sciences, enabling rapid, high-sensitivity, and high-resolution optical ...

Evaluation of Biomaterials for Bladder Augmentation using Cystometric Analyses in Various Rodent Models

Çeşitli Kemirgen Modeller sistometrik Analizleri kullanarak Mesane Büyütme için Biyomalzeme Değerlendirilmesi

Renal function and continence of urine are critically dependent on the proper function of the urinary bladder, which stores urine at low pressure and ...

Aplysia Ganglia Preparation for Electrophysiological and Molecular Analyses of Single Neurons

Aplysia Ganglia Preparation for Electrophysiological and Molecular Analyses of Single Neurons

Aplysia Tek Nöronların Elektrofizyolojik ve Moleküler Analizleri için Gangliyon Hazırlama

A major challenge in neurobiology is to understand the molecular underpinnings of neural circuitry that govern a specific behavior. Once the specific ...

Large-area Scanning Probe Nanolithography Facilitated by Automated Alignment and Its Application to Substrate Fabrication for Cell Culture Studies

Otomatik hizalama ve substrat imalat hücre kültür araştırmaları için uygulama tarafından kolaylaştırdı geniş alan tarama prob Nanolithography

Scanning probe microscopy has enabled the creation of a variety of methods for the constructive (&#39;additive&#39;) top-down fabrication of ...

Automated Slide Scanning and Segmentation in Fluorescently-labeled Tissues Using a Widefield High-content Analysis System

Otomatik slayt tarama ve segmentasyon Fluorescently etiketli dokularda Widefield yüksek-içeriği analiz sistemi kullanılarak

Automated slide scanning and segmentation of fluorescently-labeled tissues is the most efficient way to analyze whole slides or large tissue sections. ...

Multimodal Volumetric Retinal Imaging by Oblique Scanning Laser Ophthalmoscopy (oSLO) and Optical Coherence Tomography (OCT)

Multimodal Volumetric Retinal Imaging by Oblique Scanning Laser Ophthalmoscopy oSLO and Optical Coherence Tomography OCT

Eğik tarama Lazer Ophthalmoscopy (oSLO) ve optik koherens tomografi (OCT) tarafından Multimodal hacimsel Retina Görüntüleme

While fluorescence imaging is widely used in ophthalmology, a large field of view (FOV) three-dimensional (3D) fluorescence retinal image is still a big ...

Morphometric Protocol for the Objective Assessment of Blastocyst Behavior During Vitrification and Warming Steps

Blastosist davranış objektif değerlendirme Vitrifiye ve ısınma adımları sırasında için xarakteristikaları Protokolü

This article describes the noninvasive method of blastocyst morphometry based on time-lapse microphotography for the accurate monitoring of a ...

Evaluation of Photosynthetic Behaviors by Simultaneous Measurements of Leaf Reflectance and Chlorophyll Fluorescence Analyses

Yaprak Reflektasyonu ve Klorofil Floresan Analizlerinin Eşzamanlı Ölçümleri ile Fotosentetik Davranışların Değerlendirilmesi

Chlorophyll a fluorescence analysis is widely used to measure photosynthetic behaviors in intact plants, and has resulted in the development of many ...

Near Simultaneous Laser Scanning Confocal and Atomic Force Microscopy (Conpokal) on Live Cells

Near Simultaneous Laser Scanning Confocal and Atomic Force Microscopy Conpokal on Live Cells

Canlı Hücrelerde Eşzamanlı Lazer Tarama Konfokal ve Atomik Kuvvet Mikroskobu (Conpokal) Yakınında

Techniques available for micro- and nano-scale mechanical characterization have exploded in the last few decades. From further development of the scanning ...