Name: analyzing dendritic morphology in columns and layers
Uploaded: 2017-03-23T15:00:00
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इस काम के स्वास्थ्य के राष्ट्रीय संस्थानों के अंदर का रिसर्च प्रोग्राम द्वारा समर्थित किया गया था, यूनिस कैनेडी श्राइवर राष्ट्रीय बाल स्वास्थ्य और मानव विकास (सी-एच एल के लिए अनुदान HD008913) के संस्थान, और सूचना प्रौद्योगिकी के लिए केंद्र (PGM, एनपी, ईएसएम और मिमी)।

नोट: दोहरे दृश्य इमेजिंग (1 वर्गों - 3), वृक्ष के समान ट्रेसिंग और पंजीकरण (4 वर्गों - 6), और वृक्ष के समान विश्लेषण (वर्गों 7 - 9) (चित्रा 1): प्रोटोकॉल तीन वर्गों में शामिल है। कोड और उदाहरण फाइलों सामग्री ...

<ol>
	<li>Kaas, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Topographic+maps+are+fundamental+to+sensory+processing.">Topographic maps are fundamental to sensory processing.</a> Brain Res Bull. 44 (2), 107-112 (1997).</li><li>Sanes, J. R., Zipursky, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Design+principles+of+insect+and+vertebrate+visual+systems.">Design principles of insect and vertebrate visual systems.</a> Neuron. 66 (1), 15-36 (2010).</li><li>Huberman, A. D., Clandinin, T. R., Baier, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+and+cellular+mechanisms+of+lamina-specific+axon+targeting.">Molecular and cellular mechanisms of lamina-specific axon targeting.</a> CSH Perspect Biol. 2 (3), a001743 (2010).</li><li>Clandinin, T. R., Feldheim, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Making+a+visual+map:+mechanisms+and+molecules.">Making a visual map: mechanisms and molecules.</a> Curr Opin Neurobiol. 19 (2), 174-180 (2009).</li><li>Luo, J., McQueen, P. G., Shi, B., Lee, C. H., Ting, C. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Wiring+dendrites+in+layers+and+columns.">Wiring dendrites in layers and columns.</a> J Neurogenet. 30 (2), 69-79 (2016).</li><li>Meinertzhagen, I. A., Hanson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The development of the optic lobe. In The Development of Drosophila melanogaster. , 1363-1491 (1993).</li><li>Takemura, S. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+visual+motion+detection+circuit+suggested+by+Drosophila+connectomics.">A visual motion detection circuit suggested by Drosophila connectomics.</a> Nature. 500 (7461), 175-181 (2013).</li><li>Takemura, S. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synaptic+circuits+and+their+variations+within+different+columns+in+the+visual+system+of+Drosophila.">Synaptic circuits and their variations within different columns in the visual system of Drosophila.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 112 (44), 13711-13716 (2015).</li><li>Gao, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+neural+substrate+of+spectral+preference+in+Drosophila.">The neural substrate of spectral preference in Drosophila.</a> Neuron. 60 (2), 328-342 (2008).</li><li>Karuppudurai, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+hard-wired+glutamatergic+circuit+pools+and+relays+UV+signals+to+mediate+spectral+preference+in+Drosophila.">A hard-wired glutamatergic circuit pools and relays UV signals to mediate spectral preference in Drosophila.</a> Neuron. 81 (3), 603-615 (2014).</li><li>Strother, J. A., Nern, A., Reiser, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+observation+of+ON+and+OFF+pathways+in+the+Drosophila+visual+system.">Direct observation of ON and OFF pathways in the Drosophila visual system.</a> Curr Biol. 24 (9), 976-983 (2014).</li><li>Ting, C. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Photoreceptor-derived+activin+promotes+dendritic+termination+and+restricts+the+receptive+fields+of+first-order+interneurons+in+Drosophila.">Photoreceptor-derived activin promotes dendritic termination and restricts the receptive fields of first-order interneurons in Drosophila.</a> Neuron. 81 (4), 830-846 (2014).</li><li>Ting, C. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tiling+of+R7+axons+in+the+Drosophila+visual+system+is+mediated+both+by+transduction+of+an+activin+signal+to+the+nucleus+and+by+mutual+repulsion.">Tiling of R7 axons in the Drosophila visual system is mediated both by transduction of an activin signal to the nucleus and by mutual repulsion.</a> Neuron. 56 (5), 793-806 (2007).</li><li>Peng, H., Ruan, Z., Long, F., Simpson, J. H., Myers, E. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=V3D+enables+real-time+3D+visualization+and+quantitative+analysis+of+large-scale+biological+image+data+sets.">V3D enables real-time 3D visualization and quantitative analysis of large-scale biological image data sets.</a> Nat Biotechnol. 28 (4), 348-353 (2010).</li><li>Takemura, S. Y., Lu, Z., Meinertzhagen, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synaptic+circuits+of+the+Drosophila+optic+lobe:+the+input+terminals+to+the+medulla.">Synaptic circuits of the Drosophila optic lobe: the input terminals to the medulla.</a> J Comp Neurol. 509 (5), 493-513 (2008).</li><li>Takemura, S. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cholinergic+circuits+integrate+neighboring+visual+signals+in+a+Drosophila+motion+detection+pathway.">Cholinergic circuits integrate neighboring visual signals in a Drosophila motion detection pathway.</a> Curr Biol. 21 (24), 2077-2084 (2011).</li><li>Keller, P. J., Schmidt, A. D., Wittbrodt, J., Stelzer, E. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reconstruction+of+zebrafish+early+embryonic+development+by+scanned+light+sheet+microscopy.">Reconstruction of zebrafish early embryonic development by scanned light sheet microscopy.</a> Science. 322 (5904), 1065-1069 (2008).</li><li>Wu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatially+isotropic+four-dimensional+imaging+with+dual-view+plane+illumination+microscopy.">Spatially isotropic four-dimensional imaging with dual-view plane illumination microscopy.</a> Nat Biotechnol. 31 (11), 1032-1038 (2013).</li><li>Popko, J., Fernandes, A., Brites, D., Lanier, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+analysis+of+NeuronJ+tracing+data.">Automated analysis of NeuronJ tracing data.</a> Cytometry A. 75 (4), 371-376 (2009).</li><li>Meijering, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Design+and+validation+of+a+tool+for+neurite+tracing+and+analysis+in+fluorescence+microscopy+images.">Design and validation of a tool for neurite tracing and analysis in fluorescence microscopy images.</a> Cytometry A. 58 (2), 167-176 (2004).</li><li>Pool, M., Thiemann, J., Bar-Or, A., Fournier, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NeuriteTracer:+a+novel+ImageJ+plugin+for+automated+quantification+of+neurite+outgrowth.">NeuriteTracer: a novel ImageJ plugin for automated quantification of neurite outgrowth.</a> J Neurosci Methods. 168 (1), 134-139 (2008).</li><li>Scorcioni, R., Polavaram, S., Ascoli, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=L-Measure:+a+web-accessible+tool+for+the+analysis,+comparison+and+search+of+digital+reconstructions+of+neuronal+morphologies.">L-Measure: a web-accessible tool for the analysis, comparison and search of digital reconstructions of neuronal morphologies.</a> Nat Protoc. 3 (5), 866-876 (2008).</li><li>Kaplan, E. L., Meier, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nonparametric+Estimation+from+Incomplete+Observations.">Nonparametric Estimation from Incomplete Observations.</a> JASA. 53, 457-481 (1958).</li></ol>

यहाँ, हम कैसे छवि को और ड्रोसोफिला मज्जा न्यूरॉन्स के वृक्ष के समान arbors विश्लेषण दिखा। प्रथम खंड, दोहरे दृश्य इमेजिंग, deconvolution और दो छवि के ढेर के संयोजन एक उच्च संकल्प छवि ढेर में वर्णन करता है। दूसरे ख?...

विकास के दौरान, जटिल लेकिन टकसाली शाखाओं पैटर्न में न्यूरॉन्स विस्तृत डेन्ड्राइट उनकी प्रेस्य्नाप्तिक सहयोगियों के साथ synapses के रूप में। वृक्ष के समान शाखाओं में बंटी पैटर्न न्यूरोनल पहचान और कार्यों के साथ सहसंबंधी। वृक्ष के समान arbors के स्थानों, प्रेस्य्नाप्तिक आदानों वे प्राप्त के प्रकार का निर्धारण करते हुए वृक्ष के समान शाखाओं में जटिलता और क्षेत्र आकार इनपुट संख्या को नियंत्रित। इस प्रकार, वृक्ष के समान गुण रूपात्मक synaptic कनेक्टिविटी और neuronal अभिकलन के लिए महत्वपूर्ण निर्धारक हैं। मक्खी ऑप्टिक पालियों और कशेरुकी रेटिना के रूप में जटिल दिमाग के कई क्षेत्रों में, synaptic सर्किट कॉलम और परतों में आयोजन किया जाता सूचना प्रोसेसिंग 1, 2 की सुविधा के लिए। (इतनी-कल्ले इस तरह के एक स्तंभ और परत संगठन में, एक अलग साधन परियोजना axons की प्रेस्य्नाप्तिक न्यूरॉन्स एक विशेष परत (तथाकथित परत विशिष्ट लक्षित) पर समाप्त करने के लिए और एक अर्दली दो आयामी सरणी बनाने के लिएडी स्थलाकृतिक नक्शा) है, जबकि पोस्टअन्तर्ग्रथनी न्यूरॉन्स विशिष्ट परतों में उचित आकार के डेन्ड्राइट का विस्तार सही प्रकार और संख्या का प्रेस्य्नाप्तिक आदानों प्राप्त करने के लिए। जबकि axonal परतों और स्तंभों के लिए लक्षित कर अच्छी तरह से 3, 4 अध्ययन किया गया है, बहुत कम कैसे डेन्ड्राइट विशिष्ट परतों से कराई और सही प्रेस्य्नाप्तिक भागीदारों के साथ 5 synaptic कनेक्शन के लिए फार्म का उचित रूप से विस्तार ग्रहणशील क्षेत्रों आकार रहे हैं के बारे में जाना जाता है। इमेजिंग और बढ़ाता वृक्ष के समान परतों और स्तंभों को लक्षित करने की कठिनाई स्तंभ और टुकड़े टुकड़े में मस्तिष्क संरचना में वृक्ष के समान विकास के अध्ययन रुकावट है। ड्रोसोफिला मज्जा न्यूरॉन्स वृक्ष के समान रूटिंग और स्तंभों और परतों में सर्किट विधानसभा के अध्ययन के लिए एक आदर्श मॉडल हैं। मक्खी मज्जा neuropil 10 परतों के एक 3 डी जाली और लगभग 750 स्तंभों के रूप में आयोजित किया जाता है। प्रत्येक स्तंभ पी सहित afferents का एक सेट, द्वारा आच्छादित हैhotoreceptors R7 / R8 और पटल न्यूरॉन्स एल 1 - L5, जिसका axonal टर्मिनलों एक परत-विशिष्ट फैशन 6 में स्थलाकृतिक नक्शे के रूप में। मज्जा न्यूरॉन्स के बारे में 38 प्रकार हर मज्जा स्तंभ और विशिष्ट परतों में और उपयुक्त क्षेत्र आकार के साथ विस्तृत dendrites में मौजूद इन afferents 7 से जानकारी प्राप्त करने के लिए कर रहे हैं। मज्जा में synaptic सर्किट इलेक्ट्रॉन सूक्ष्म स्तर पर खंगाला गया है; इस प्रकार, synaptic भागीदारी खैर, 8 7 स्थापित कर रहे हैं। इसके अलावा, मज्जा न्यूरॉन्स के विभिन्न प्रकार लेबलिंग के लिए आनुवंशिक उपकरण उपलब्ध 9, 10, 11 हैं। transmedulla के तीन प्रकार (टीएम) न्यूरॉन्स (Tm2, Tm9 और Tm20) की जांच करके, हम पहले दो सेल प्रकार विशिष्ट वृक्ष के समान गुण की पहचान की है: (i) टीएम न्यूरॉन्स या तो पूर्वकाल या पीछे दिशा में dendrites परियोजना (तलीय projection दिशा), सेल प्रकार पर निर्भर करता है और (ii) मज्जा न्यूरॉन्स की dendrites एक सेल प्रकार विशिष्ट फैशन (परत-विशिष्ट समाप्ति) 12 में विशिष्ट मज्जा परतों में समाप्त। Planar प्रक्षेपण की दिशा और परत-विशिष्ट समाप्ति, टीएम न्यूरॉन्स के इन तीन प्रकार के भेद करने के लिए पर्याप्त हैं, जबकि म्यूटेशन कि परत और स्तंभ संकेतों के टीएम प्रतिक्रियाओं को बाधित इन विशेषताओं के विशिष्ट पहलुओं को प्रभावित करते हैं। यहाँ, हम कॉलम और परतों (चित्रा 1) में ड्रोसोफिला मज्जा न्यूरॉन्स के वृक्ष के समान आकृति की जांच के लिए एक पूरा कार्यप्रवाह प्रस्तुत करते हैं। सबसे पहले, हम एक दोहरे दृश्य इमेजिंग विधि है, जो दो confocal छवि गठबंधन करने के लिए अनुकूलित सॉफ्टवेयर का उपयोग करता है उच्च गुणवत्ता वाले isotropic छवियों को उत्पन्न करने के लिए ढेर दिखा। इस विधि, उच्च गुणवत्ता के चित्र है कि वृक्ष के समान शाखाओं के विश्वसनीय ट्रेसिंग के लिए अनुमति उत्पन्न करने के लिए सुपर संकल्प माइक्रोस्कोपी का सहारा लिए बिना केवल पारंपरिक confocal माइक्रोस्कोपी की आवश्यकता है इस तरह के एकएस STED (प्रेरित उत्सर्जन कमी) या संरचनात्मक रोशनी। दूसरा, हम वृक्ष के समान arbors पता लगाने के लिए और एक संदर्भ स्तंभ सरणी के लिए जिसके परिणामस्वरूप neurite निशान पंजीकरण के लिए एक तरीका मौजूद है। तीसरा, हम वृक्ष के समान शाखाओं में बंटी और समाप्ति आवृत्तियों के लिए अनुमान पाने के लिए तलीय प्रक्षेपण की दिशा और dendrites की परत-विशिष्ट समाप्ति पर जानकारी निकालने, साथ ही साथ के लिए कम्प्यूटेशनल विधियों दिखा। साथ में, इन तरीकों में 3 डी, वृक्ष के समान morphologies के आधार पर सेल प्रकार के वर्गीकरण में वृक्ष के समान पैटर्न के लक्षण, और म्यूटेंट में संभावित दोषों की पहचान के लिए अनुमति देते हैं।

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1632">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:464px;">Software</td>
			<td style="width:301px;"></td>
			<td style="width:227px;"></td>
			<td style="width:640px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Huygens Professional&#160;</td>
			<td>Scientific Volume Imaging</td>
			<td>version 16.05</td>
			<td>for image deconvolution (https://svi.nl).&#160; commercial software</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MIPAV</td>
			<td></td>
			<td>version 7.3.0</td>
			<td>for image recombination and registration (http://mipav.cit.nih.gov/.).&#160; freeware</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MIPAV plugin: PlugInDrosophilaRetinalRegistration.class</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>freeware</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MIPAV plugin: PlugInDrosophilaStandardColumnRegistration.class</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>freeware</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Imaris</td>
			<td>Bitplane</td>
			<td></td>
			<td>for tracing neurites and assigning reference points for image registration (http://www.bitplane.com). commercial software</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Vaa3D</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>for visualizing swc files (https://github.com/Vaa3D/release/releases/).&#160; freeware</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Matlab</td>
			<td>Mathworks</td>
			<td>R2014b</td>
			<td>for morphometric analysis of dendrites (http://www.mathworks.com).&#160; commercial software</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Matlab toolbox: TREES1.14</td>
			<td></td>
			<td>v1.14</td>
			<td>for analyzing dendritic morphometric parameters (http://www.treestoolbox.org/download.html).&#160; freeware</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Matlab toolbox: Dendritic_Tree_Toolbox</td>
			<td></td>
			<td>v1.0</td>
			<td>for calculating morphometric parameters (https://science.nichd.nih.gov/confluence/display/snc/Data+collections+for+imagines+combination+and+standardize+column+registration). Freeware</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sample files</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">SWC file definition</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>http://www.neuronland.org/NLMorphologyConverter/MorphologyFormats/SWC/Spec.html</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">The codes and sample files for image combination and registration</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>https://science.nichd.nih.gov/confluence/display/snc/Data+collections+for+imagines+combination+and+standardize+column+registration</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Reference point example&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>https://science.nichd.nih.gov/confluence/download/attachments/117216914/points.csv?version=1&#38;modificationDate=1471880596000&#38;api=v2</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Computer system</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MS Windows Windows 7 x64 or Macintosh OS X 10.7 or later</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>3GHz 64-bit quad-core processor, 16G RAM (minimal)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Optional: Quadro4000&#160; (or above) graphic card</td>
			<td>Nvidia</td>
			<td></td>
			<td>for stereographic visualization of dendrites.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Optional: NVIDIA 3D vision2</td>
			<td>Nvidia</td>
			<td></td>
			<td>http://www.nvidia.com/object/3d-vision-main.html</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Optional: 120 Hz LCD display for NVIDIA 3D vision2</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>http://www.nvidia.com/object/3d-vision-system-requirements.html</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Reagents for imaging</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">24B10 antibody</td>
			<td>The Developmental Studies Hybridoma Bank</td>
			<td>24B10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">GFP Tag Antibody</td>
			<td>Thermofisher Scientific</td>
			<td>G10362</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Goat anti-Rabbit (H+L), Alexa Fluor 488</td>
			<td>Thermofisher Scientific</td>
			<td>A11034</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Goat anti-Mouse (H+L), Alexa Fluor 568</td>
			<td>Thermofisher Scientific</td>
			<td>A21124</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">VECTASHIELD Antifade Mounting Medium</td>
			<td>Vector Laboratories</td>
			<td>H-1000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Mounting&#160;Clay&#160;</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>S04179</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">70% glycerol in 1X PBS</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Cover glasses, high performance, D=0.17mm</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td>474030-9000-000</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

analyzing dendritic morphology in columns and layers

मक्खी ऑप्टिक पालियों और कशेरुकी कोर्टेक्स के रूप में केंद्रीय नर्वस सिस्टम, के कई क्षेत्रों में, synaptic सर्किट परतों और स्तंभों में आयोजित कर रहे हैं विकास और विकसित पशुओं में सूचना प्रोसेसिंग के दौरान मस्तिष्क के तारों की सुविधा के लिए। विशिष्ट परतों में प्रकार विशिष्ट पैटर्न में पोस्टअन्तर्ग्रथनी न्यूरॉन्स विस्तृत डेन्ड्राइट उचित presynaptic टर्मिनलों के साथ स्य्नाप्स करने के लिए। मक्खी मज्जा neuropil 10 परतों और 750 के बारे में स्तंभों से बना है; प्रत्येक स्तंभ मज्जा न्यूरॉन्स के 38 से अधिक प्रकार है, जो एक विशेष प्रकार के फैशन में afferents के कुछ 7 प्रकार की axonal टर्मिनलों के साथ मैच के डेन्ड्राइट द्वारा आच्छादित है। इस रिपोर्ट में छवि के लिए प्रक्रियाओं का विवरण और मज्जा न्यूरॉन्स की dendrites का विश्लेषण। कार्यप्रवाह तीन वर्गों में शामिल हैं: (i) दोहरे दृश्य इमेजिंग खंड डेन्ड्राइट के एक उच्च संकल्प 3 डी छवि में ओर्थोगोनल झुकाव पर एकत्र दो confocal छवि के ढेर को जोड़ती है; (Ii) डेन्ड्राइट ट्रेसिंग और पंजीकरण खंड वृक्ष के समान निशान3 डी में arbors और संदर्भ स्तंभ सरणी के वृक्ष के समान निशान रजिस्टरों; (Iii) वृक्ष के समान विश्लेषण अनुभाग कॉलम और परतें, वृक्ष के समान arbors की परत-विशिष्ट समाप्ति और तलीय प्रक्षेपण दिशा सहित के लिए सम्मान के साथ वृक्ष के समान पैटर्न का विश्लेषण करती है, और वृक्ष के समान शाखाओं में बंटी और समाप्ति आवृत्तियों का अनुमान निकला है। प्रोटोकॉल खुला स्रोत MIPAV (मेडिकल इमेजिंग प्रोसेसिंग, विश्लेषण, और दृश्य) मैट्रिक्स प्रयोगशाला भाषा में मंच और कस्टम toolboxes पर बनाया गया कस्टम plugins का उपयोग। साथ में, इन प्रोटोकॉल परतों और स्तंभों में ड्रोसोफिला मज्जा न्यूरॉन्स के वृक्ष के समान रूटिंग विश्लेषण करने के लिए, सेल प्रकार की पहचान करने के लिए, और म्यूटेंट में दोष का निर्धारण करने के लिए एक पूरा कार्यप्रवाह प्रदान करते हैं।

दोहरे दृश्य इमेजिंग यहाँ प्रस्तुत की प्रक्रिया का उपयोग करना, एक मक्खी कम लेबल Tm20 न्यूरॉन्स युक्त मस्तिष्क दो orthogonal दिशाओं में imaged किया गया था। इमेजिंग के लिए पहले, मस्तिष्क की झिल्ली सीमित GFP ...

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Analyzing Dendritic Morphology in Columns and Layers

यहाँ, हम कैसे कॉलम और परतों में ड्रोसोफिला मज्जा न्यूरॉन्स के वृक्ष के समान मार्ग के विश्लेषण के लिए दिखा। कार्यप्रवाह, ट्रेसिंग संदर्भ स्तंभ सरणी के वृक्ष के समान arbors पंजीकरण के लिए और 3 डी अंतरिक्ष में वृक्ष के समान संरचनाओं का विश्लेषण करने के लिए छवि गुणवत्ता और कम्प्यूटेशनल उपकरण में सुधार करने के लिए एक दोहरे दृश्य इमेजिंग तकनीक भी शामिल है।

कॉलम और परतों में वृक्ष के समान आकृति विज्ञान का विश्लेषण

In many regions of the central nervous systems, such as the fly optic lobes and the vertebrate cortex, synaptic circuits are organized in layers and ...

Research

JoVE Journal

Neuroscience

Automated Sholl Analysis of Digitized Neuronal Morphology at Multiple Scales

एकाधिक लीब्रा डिजीटल Neuronal आकृति विज्ञान के स्वचालित Sholl विश्लेषण

Neuronal morphology plays a significant role in determining how neurons function and communicate1-3.  Specifically, it affects the ability of neurons to ...

Analysis of Dendritic Spine Morphology in Cultured CNS Neurons

संवर्धित सीएनएस न्यूरॉन्स में वृक्ष के समान रीढ़ आकृति विज्ञान के विश्लेषण

Dendritic spines are the sites of the majority of excitatory connections within the brain, and form the post-synaptic 
compartment of synapses. These ...

Inducing Dendritic Growth in Cultured Sympathetic Neurons

संवर्धित सहानुभूति न्यूरॉन्स में वृक्ष के समान विकास उत्प्रेरण

The shape of the dendritic arbor determines the total synaptic input a neuron can receive 1-3, and influences the types and distribution of these inputs ...

The Analysis of Purkinje Cell Dendritic Morphology in Organotypic Slice Cultures

Organotypic टुकड़ा संस्कृतियों में Purkinje सेल वृक्ष के समान आकृति विज्ञान के विश्लेषण

Purkinje cells are an attractive model system for studying dendritic development, because they have an impressive dendritic tree which is strictly ...

Visualizing the Effects of a Positive Early Experience, Tactile Stimulation, on Dendritic Morphology and Synaptic Connectivity with Golgi-Cox Staining

Golgi-कॉक्स धुंधला के साथ वृक्ष के समान आकृति विज्ञान और synaptic कनेक्टिविटी पर सकारात्मक जल्दी अनुभव, स्पर्श उत्तेजना का प्रभाव, Visualizing

To generate longer-term changes in behavior, experiences must be producing stable changes in neuronal morphology and synaptic connectivity. Tactile ...

Fast Micro-iontophoresis of Glutamate and GABA: A Useful Tool to Investigate Synaptic Integration

ग्लूटामेट और गाबा की फास्ट माइक्रो योणोगिनेसिस: Synaptic एकता की जांच के लिए एक उपयोगी उपकरण

One of the fundamental interests in neuroscience is to understand the integration of excitatory and inhibitory inputs along the very complex structure of ...

Genetic Manipulation of Cerebellar Granule Neurons In Vitro and In Vivo to Study Neuronal Morphology and Migration

Genetic Manipulation of Cerebellar Granule Neurons In Vitro and In Vivo to Study Neuronal Morphology and Migration

अनुमस्तिष्क ग्रेन्युल न्यूरॉन्स की आनुवंशिक हेरफेर<em&gt; इन विट्रो</em&gt; और<em&gt; में Vivo</em&gt; Neuronal आकृति विज्ञान और प्रवास का अध्ययन करने के लिए

Developmental events in the brain including neuronal morphogenesis and migration are highly orchestrated processes. In vitro and in vivo analyses allow ...

The Indirect Neuron-astrocyte Coculture Assay: An In Vitro Set-up for the Detailed Investigation of Neuron-glia Interactions

The Indirect Neuron-astrocyte Coculture Assay: An In Vitro Set-up for the Detailed Investigation of Neuron-glia Interactions

अप्रत्यक्ष न्यूरॉन astrocyte coculture परख: एक<em&gt; इन विट्रो</em&gt; न्यूरॉन glia बातचीत की विस्तृत जांच के लिए सेट-अप

Proper neuronal development and function is the prerequisite of the developing and the adult brain. However, the mechanisms underlying the highly ...

Quantitative Analysis of Neuronal Dendritic Arborization Complexity in Drosophila

Quantitative Analysis of Neuronal Dendritic Arborization Complexity in Drosophila

Drosophila में न्यूरॉनी वृक्ष Arborization जटिलता का मात्रात्मक विश्लेषण

Dendrites are the branched projections of a neuron, and dendritic morphology reflects synaptic organization during the development of the nervous system. ...

Visualizing and Analyzing Intracellular Transport of Organelles and Other Cargos in Astrocytes

एस्ट्रोसाइट्स में ऑर्गेनेल्स और अन्य कार्गो के इंट्रासेल्यूलर ट्रांसपोर्ट का दृश्य और विश्लेषण करना

Astrocytes are among the most abundant cell types in the adult brain, where they play key roles in a multiplicity of functions. As a central player in ...