Name: high-resolution single particle analysis from electron cryo-microscopy images using sphire
Uploaded: 2017-05-16T12:30:00
Duration: 13 min 28 s
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हम डी। रोधर को धन्यवाद प्रदान करते हैं, जो हमें टीसीडीए 1 माइक्रोग्राफ प्रदान करते हैं। हम ईएमएएन 2 अवसंरचना के चल रहे समर्थन के लिए स्टीव लडटके का धन्यवाद करते हैं। यह काम मैक्स प्लैंक सोसाइटी (एसआर) और यूरोपीय परिषद के यूरोपीय संघ के सातवें फ्रेमवर्क कार्यक्रम (एफपी 7 / 2007-2013) (अनुदान संख्या 615 9 4) (एसआर के अधीन) और राष्ट्रीय संस्थानों पीएपी के लिए स्वास्थ्य R01 GM60635)।

<ol>
	<li>Nogales, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+development+of+cryo-EM+into+a+mainstream+structural+biology+technique.">The development of cryo-EM into a mainstream structural biology technique.</a> Nature Methods. 13 (1), 24-27 (2016).</li><li>Liao, M., Cao, E., Julius, D., Cheng, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure+of+the+TRPV1+ion+channel+determined+by+electron+cryo-microscopy.">Structure of the TRPV1 ion channel determined by electron cryo-microscopy.</a> Nature. 504 (7478), 107-112 (2013).</li><li>Bai, X. -. 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A., Raunser, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure+of+the+F-actin-tropomyosin+complex.">Structure of the F-actin-tropomyosin complex.</a> Nature. 519 (7541), 114-117 (2015).</li><li>Tang, G., Peng, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=EMAN2:+An+extensible+image+processing+suite+for+electron+microscopy.">EMAN2: An extensible image processing suite for electron microscopy.</a> Journal of Structural Biology. 157 (1), 38-46 (2007).</li><li>van Heel, M., Harauz, G., Orlova, E. V., Schmidt, R., Schatz, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+generation+of+the+IMAGIC+image+processing+system.">A new generation of the IMAGIC image processing system.</a> Journal of Structural Biology. 116 (1), 17-24 (1996).</li><li>Grigorieff, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FREALIGN:+high-resolution+refinement+of+single+particle+structures.">FREALIGN: high-resolution refinement of single particle structures.</a> Journal of Structural Biology. 157 (1), 117-125 (2007).</li><li>Scheres, S. H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RELION:+implementation+of+a+Bayesian+approach+to+cryo-EM+structure+determination.">RELION: implementation of a Bayesian approach to cryo-EM structure determination.</a> Journal of Structural Biology. 180 (3), 519-530 (2012).</li><li>Shaikh, T. R., Gao, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SPIDER+image+processing+for+single-particle+reconstruction+of+biological+macromolecules+from+electron+micrographs.">SPIDER image processing for single-particle reconstruction of biological macromolecules from electron micrographs.</a> Nature Protocols. 3 (12), 1941-1974 (2008).</li><li>Hohn, M., Tang, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SPARX,+a+new+environment+for+Cryo-EM+image+processing.">SPARX, a new environment for Cryo-EM image processing.</a> Journal of Structural Biology. 157 (1), 47-55 (2007).</li><li>Lander, G. C., Stagg, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Appion:+an+integrated,+database-driven+pipeline+to+facilitate+EM+image+processing.">Appion: an integrated, database-driven pipeline to facilitate EM image processing.</a> Journal of Structural Biology. 166 (1), 95-102 (2009).</li><li>de la Rosa-Trev&#236;n, J. M., Quintana, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scipion:+A+software+framework+toward+integration,+reproducibility+and+validation+in+3D+electron+microscopy.">Scipion: A software framework toward integration, reproducibility and validation in 3D electron microscopy.</a> Journal of Structural Biology. 195 (1), 93-99 (2016).</li><li>Grant, T., Grigorieff, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measuring+the+optimal+exposure+for+single+particle+cryo-EM+using+a+2.6+&#197;+reconstruction+of+rotavirus+VP6.">Measuring the optimal exposure for single particle cryo-EM using a 2.6 &#197; reconstruction of rotavirus VP6.</a> eLife. 4, 06980 (2015).</li><li>Pettersen, E. F., Goddard, T. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=UCSF+Chimera?A+visualization+system+for+exploratory+research+and+analysis.">UCSF Chimera?A visualization system for exploratory research and analysis.</a> Journal of Computational Chemistry. 25 (13), 1605-1612 (2004).</li><li>Penczek, P. A., Fang, J., Li, X., Cheng, Y., Loerke, J., Spahn, C. M. 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J., Penczek, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Iterative+Stable+Alignment+and+Clustering+of+2D+Transmission+Electron+Microscope+Images.">Iterative Stable Alignment and Clustering of 2D Transmission Electron Microscope Images.</a> Structure/Folding and Design. 20 (2), 237-247 (2012).</li><li>Gatsogiannis, C., Merino, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Membrane+insertion+of+a+Tc+toxin+in+near-atomic+detail.">Membrane insertion of a Tc toxin in near-atomic detail.</a> Nature Publishing Group. , (2016).</li><li>Gatsogiannis, C., Lang, A. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+syringe-like+injection+mechanism+in+Photorhabdus+luminescens+toxins.">A syringe-like injection mechanism in Photorhabdus luminescens toxins.</a> Nature. 495 (7442), 520-523 (2013).</li><li>Meusch, D., Gatsogiannis, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanism+of+Tc+toxin+action+revealed+in+molecular+detail.">Mechanism of Tc toxin action revealed in molecular detail.</a> Nature. 508 (7494), 61-65 (2014).</li><li>Penczek, P. A., Frank, J., Spahn, C. M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+of+focused+classification,+based+on+the+bootstrap+3D+variance+analysis,+and+its+application+to+EF-G-dependent+translocation.">A method of focused classification, based on the bootstrap 3D variance analysis, and its application to EF-G-dependent translocation.</a> Journal of Structural Biology. 154 (2), 184-194 (2006).</li><li>Emsley, P., Lohkamp, B., Scott, W. G., Cowtan, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Features+and+development+of+Coot.">Features and development of Coot.</a> Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography. 66, 486-501 (2010).</li><li>Callaway, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+revolution+will+not+be+crystallized:+a+new+method+sweeps+through+structural+biology.">The revolution will not be crystallized: a new method sweeps through structural biology.</a> Nature. 525 (7568), 172-174 (2015).</li></ol>

लेखकों ने घोषणा की कि उनके पास कोई प्रतिस्पर्धात्मक वित्तीय हित नहीं है

एकल कण cryo-EM हाल के वर्षों में तेजी से विकास दिखाया है और प्रमुख जैविक महत्व 25 के macromolecular परिसरों के कई परमाणु रिज़ॉल्यूशन संरचनाओं को वितरित किया है। वर्तमान में क्षेत्र में प्रवेश करने वाले बड़ी संख्या में नौसिखिए उपयोगकर्ताओं को समर्थन देने के लिए, हमने एकल कण छवि विश्लेषण प्लेटफ़ॉर्म स्पीयर विकसित किया है और यहां फिल्म संरेखण, कण चयन, सीटीएफ आकलन, प्रारंभिक मॉडल सहित पूरे वर्कफ़्लो के लिए एक चलने वाला प्रोटोकॉल पेश किया है गणना, 2 डी और 3 डी विविधता विश्लेषण, उच्च संकल्प 3 डी शोधन और स्थानीय संकल्प अनुमान और फ़िल्टरिंग यहाँ वर्णित प्रोटोकॉल ब्याज की प्रोटीन के cryo-EM micrographs और SPHIRE के स्टैंड-अलोन जीयूआई द्वारा उपलब्ध कराए गए कम्प्यूटेशनल औजारों की सहायता से 3 डी संरचना निर्धारण के लिए एक संक्षिप्त गाइड के रूप में लक्षित है। वर्कफ़्लो की मुख्य विशेषता यह है कि सबसे ज्यादाप्रक्रियाओं को केवल एक बार चलाने की जरूरत है, क्योंकि वे प्रत्यावर्तनीयता 1 9 द्वारा मान्यता की अवधारणा पर भरोसा करते हैं और पैरामीटर टेक्कींग की आवश्यकता नहीं होती है। यह स्वत: प्रमाणीकरण तंत्र अन्य सॉफ्टवेयर संकुलों के ऊपर स्पीयर का मुख्य लाभ है क्योंकि इसके परिणाम के रूप में साथ ही प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य और, सबसे महत्वपूर्ण, एक स्वीकार्य कम्प्यूटेशनल लागत पर प्राप्य प्राप्य होते हैं। पाइपलाइन अनुभवी उपयोगकर्ताओं के लिए अपने स्वयं के तरीकों के साथ और अधिक स्वतंत्र सत्यापन और मूल्यांकन करने के लिए नैदानिक ​​जानकारी के अतिरिक्त धन प्रदान करता है। फिर भी, एक नौसिख़ उपयोगकर्ता जो संरचनात्मक जीव विज्ञान और इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी में कम से कम मौलिक सैद्धांतिक पृष्ठभूमि वाले हैं, स्वयं के डेटा और स्वचालित सत्यापन प्रक्रियाओं के उपयोग से निकट-परमाणु रिज़ॉल्यूशन संरचनाओं को प्राप्त करने में सक्षम होना चाहिए। हालांकि, निकट-परमाणु रिज़ॉल्यूशन संरचना प्राप्त करना हमेशा सीधा नहीं होता है और परिणाम बहुत नमूना की गुणवत्ता और इनपुट डेटा पर निर्भर करेगाए। यहां प्रस्तुत प्रक्रियाओं के लिए यह माना जाता है कि उच्च गुणवत्ता वाले अनारक्षित कच्चे ईएम फिल्मों की पर्याप्त संख्या उपलब्ध है, उनकी औसत के साथ स्पष्ट रूप से स्पष्ट रूप से देखा जा सकता है सजातीय और बेतरतीब ढंग से केंद्रित कणों। सामान्य तौर पर, अणु के समरूपता, आकार या संपूर्ण आकार के संबंध में कोई प्रतिबंध नहीं है, लेकिन कम आणविक भार एक सीमित कारक हो सकता है, खासकर जब प्रोटीन में एक अनन्य गोलाकार आकार होता है। आमतौर पर, उच्च बिंदु-समूह समरूपता वाले बड़े, सु-ऑर्डर किए गए कणों का विश्लेषण कम मांग है। इसलिए, यह जोरदार ढंग से नौसिखिए उपयोगकर्ताओं के लिए वर्तमान प्रोटोकॉल को अच्छी तरह से क्रू-ईएम डेटासेट के साथ चलाने के लिए अनुशंसा करता है। या तो स्पियर ट्यूटोरियल डेटा (http: /sphire.mpg.de) या एक EMPIAR प्रस्तुत डेटासेट (https://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/empiar/) कच्ची फिल्मों के साथ एक अच्छा प्रारंभिक बिंदु है । जब स्वयं का डेटा प्रसंस्करण होता है, तो यह बहुत संभावना है कि कुछ डेटासेट या कुछ छवियां कुछ विशेषताओं को संतुष्ट नहीं करती हैंTy मापदंड इस संदर्भ में, वर्कफ़्लो के प्रमुख चरणों के लिए प्रोग्राम द्वारा निष्पादित स्वचालित स्थिरता और पुनरुत्पादन की जांच के अतिरिक्त, यह अभी भी सिफारिश करता है कि उपयोगकर्ता प्रोटोकॉल के कुछ &quot;चेकपॉइंट&quot; पर नज़र आए, खासकर अगर अंतिम पुनर्निर्माण संतोषजनक नहीं है फिल्म संरेखण (प्रोटोकॉल चरण 2 ) और सीटीएफ आकलन (प्रोटोकॉल चरण 3 ) के बाद पहली दृश्य निरीक्षण माइक्रोग्राफ स्तर पर किया जा सकता है। परिणामस्वरूप गति-सुधारित औसत स्पष्ट रूप से स्पष्ट और स्पष्ट रूप से पृथक एकल कणों को दिखाना चाहिए और उनकी शक्ति स्पेक्ट्रा को स्पष्ट रूप से दिखना चाहिए, आइसोट्रोपिक थान रिंग्स। स्थानिक आवृत्ति जो वे दिखाई दे रहे हैं, ज्यादातर मामलों में, सर्वोच्च संकल्प जिसे संरचना सिद्धांत रूप में अंततः निर्धारित किया जा सकता है। पर्याप्त गुणवत्ता के एक गति-सही औसत के उदाहरण और इसके पावर स्पेक्ट्रम अनुभाग और # में दिखाए गए हैं34; प्रतिनिधि परिणाम &quot;। बाहरी छवियां जिन पर अंतिम परिणाम पर नकारात्मक प्रभाव पड़ सकता है, उन्हें SPHIRE के बहाव और सीटीएफ मूल्यांकन GUI टूल (http://sphire.mpg.de/wiki/doku.php) की मदद से हटाया जा सकता है। कण स्क्रीनिंग के संबंध में, स्पीयर पाइपलाइन में महत्वपूर्ण कदम ISAC (प्रोटोकॉल चरण 5.2) का उपयोग कर 2 डी वर्गीकरण है। यहां, उपयोगकर्ता को यह नियंत्रित करना चाहिए कि प्रोग्राम द्वारा स्वचालित रूप से प्रतिलिपि प्रस्तुत करने वाली 2 डी कक्षा की औसत स्वचालित रूप से आकलन के लिए पर्याप्त दूरी के तरीकों को अपनाने के लिए कोयोलर स्पेस को कवर करती है। अगर क्लास एवरेज की गुणवत्ता संतोषजनक (शोर और / या धुँधली छवियों) नहीं है और / या पुन: उत्पादक वर्ग की औसत संख्या की संख्या बहुत कम है, तो ऑटो-पिकिंग की गुणवत्ता में सुधार, डेटासेट इमेजिंग को अनुकूलित करने या नमूना तैयार करने पर विचार करें। ज्यादातर मामलों में, एक डाटासेट से विश्वसनीय पुनर्निर्माण की गणना करना संभव नहीं है जो कि 2 डी कक्षा की औसत औसत प्राप्त नहीं करता है। उच्च गुणवत्ता 2 डी कक्षा एवे के उदाहरणक्रोध &quot;प्रतिनिधि परिणाम&quot; अनुभाग में दिखाए गए हैं स्वचालित तरीके से आरवीआईपीईआर (प्रोटोकॉल चरण 6.1 ) का उपयोग करके एक विश्वसनीय प्रारंभिक 3 डी मॉडल प्राप्त करने के लिए कम से कम 100 कक्षा औसत की आवश्यकता है। इस चरण के लिए, उपयोगकर्ता को उच्चतम गुणवत्ता के साथ औसत का चयन करना चाहिए और संभवतः कण के कई अलग-अलग झुकावों को शामिल करना चाहिए। प्रारंभिक मॉडल की गुणवत्ता बाद के उच्च-रिज़ॉल्यूशन 3 डी शोधन की सफलता के लिए महत्वपूर्ण है। अन्य सॉफ़्टवेयर संकुल में, &quot;बेड़े&quot; कण 8 , 9 को हटाने के लिए कभी-कभी 3 डी वर्गीकरण किया जाता है। हालांकि, स्पीयर में, इन कणों में से अधिकांश अपने आप ही आईएसएसी का इस्तेमाल करते हुए 2 डी वर्गीकरण के दौरान समाप्त हो जाते हैं। इस प्रकार, 3 डी सॉर्टिंग के कम्प्यूटेशनल गहन चरण को केवल अगर पुनर्निर्माण और 3 डी वैरिएबिलिटी विश्लेषण डेटासेट की विविधता दर्शाते हैं, तो यह अनुशंसा की जाती है। सबसे महत्वपूर्ण बात, उपयोगकर्ता को ध्यान से परिणामस्वरूप 3 डी वॉल्यूम का सावधानीपूर्वक निरीक्षण करना चाहिए (प्रोटोकॉल 9.3 चरण ), और पुष्टि करें कि संबंधित घनत्व की विशेषताएं नाममात्र संकल्प के साथ अच्छी तरह सहमत हैं। &lt;9 Å के एक संकल्प पर, α-helices के अनुरूप रॉड-जैसी घनत्व दिखाई दे। एक संकल्प &lt;4.5 Å पर, β-शीट में किस्में के अनुरूप घनत्व सामान्य रूप से अलग होते हैं और भारी अमीनो एसिड दिखाई देते हैं। एक उच्च-रिज़ॉल्यूशन मानचित्र (&lt;3 Å) स्पष्ट रूप से स्पष्ट साइड चेन दिखाना चाहिए, इस प्रकार इस प्रकार एक सटीक परमाणु मॉडल का निर्माण करने की अनुमति हो। तिथि से प्राप्त परिणाम दर्शाते हैं कि, स्पीयर के स्वचालित प्रजनन परीक्षणों और न्यूनतम दृश्य निरीक्षण की सहायता से, वर्तमान प्रोटोकॉल आमतौर पर किसी भी प्रकार के एकल कण क्रायो-ईएम परियोजना पर लागू होता है। प्रत्येक प्रसंस्करण चरण के प्रतिनिधि परिणाम TcdA1 के पुनर्निर्माण के लिए दिखाए जाते हैंPhotorhabdus luminescens 21 , जो निकट-परमाणु संकल्प को हल किया गया है इसी तरह की गुणवत्ता के घनत्व के नक्शे का उपयोग नवा रीढ़ की ट्रेसिंग के साथ-साथ पारस्परिक या वास्तविक-स्थान शोधन द्वारा विश्वसनीय परमाणु मॉडल के निर्माण के लिए किया जा सकता है, और इस प्रकार जटिल आणविक तंत्र की समझ के लिए एक ठोस संरचनात्मक ढांचा प्रदान करता है। अभिलेख कोड: ईएम संरचना और अनप्रोसेड फिल्मों के निर्देशांक को क्रमशः इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी डेटा बैंक और इलेक्ट्रोन माइक्रोस्कोपी पाइलट इमेज आर्काइव में क्रमशः संख्या ईएमडी -3645 और एएमपीआईएआर -100 9 8 के तहत जमा किया गया है।

प्रत्यक्ष इलेक्ट्रॉन डिटेक्टर प्रौद्योगिकी के विकास के बाद, एकल कण क्रायो-ईएम में उल्लेखनीय प्रगति वर्तमान में संरचनात्मक जीव विज्ञान 1 में बदल रही है । एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफी के मुकाबले, इस तकनीक को क्रिस्टलाइजेशन की आवश्यकता के बिना केवल प्रोटीन सामग्री की एक छोटी मात्रा की आवश्यकता होती है, जबकि एक साथ नमूना की शुद्धता के बारे में कम प्रतिबंध लग जाता है और अब भी पास-परमाणु रिजोल्यूशन में संरचनाओं को निर्धारित करने की अनुमति देता है। महत्वपूर्ण बात, विभिन्न रचनाएं या राज्यों को अब कम्प्यूटेशनल रूप से पृथक किया जा सकता है और अलग-अलग रूपों के निर्धारण का निर्धारण अभूतपूर्व स्तर पर किया जा सकता है। हाल ही में, चुनौतीपूर्ण अणुओं के घनत्व वाले नक्शे, नोवो मॉडल मॉडल की अनुमति के प्रस्तावों पर तैयार किए जा सकते हैं और इस प्रकार उनके क्रिया 2 , 3 , 4 , 5 की गहरी समझ। इमेज प्रोसेसिंग सॉफ्टवेयर पैकेज की एक विस्तृत विविधता 3DEM (3D इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी) समुदाय (https://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecular_Microscopy) में उपलब्ध है और इनमें से अधिकतर निरंतर विकास के अंतर्गत हैं एएमएएन 2 6 , इमैजिक 7 , फ्रीलाइन 8 , रायन 9 , स्पाइडर 10 , और स्पार्क 11 सहित कई अलग-अलग सॉफ़्टवेयर पैकेजों के साथ विभिन्न आणविक भार और सममितियों का प्रदर्शन करने वाले प्रोटीन के लिए परमाणु संकल्प प्राप्त किया गया है। प्रत्येक पैकेज में उपयोगकर्ता विशेषज्ञता का एक अलग स्तर की आवश्यकता होती है और उपयोगकर्ता मार्गदर्शन, स्वचालन और अनुकूलता का एक अलग स्तर प्रदान करता है। इसके अलावा, कुछ कार्यक्रम छवि विश्लेषण के सभी चरणों को सुविधाजनक बनाने के लिए पूर्ण वातावरण प्रदान करते हैं, अन्य विशिष्ट कार्यों को अनुकूलित करने के लिए डिज़ाइन किए जाते हैं, जैसे कि किसी ज्ञात आर से शुरू होने वाले संरेखण पैरामीटरों के शोधनपरिधान संरचना हाल ही में, कई प्लेटफार्मों को विकसित किया गया है, जिसमें एपशन 12 और एससीआईपीआई 13 शामिल है , जो एक एकल प्रसंस्करण पाइपलाइन प्रदान करते हैं जो उपरोक्त सूचीबद्ध विभिन्न सॉफ़्टवेयर संकुल से दृष्टिकोण और प्रोटोकॉल को एकीकृत करता है। क्रायो-ईएम के वर्तमान विकास में योगदान करने के लिए, SPARX को एकल कण विश्लेषण के लिए एक नया स्टैंड-अलोन और पूर्ण मंच में पुनः विकसित किया गया, जिसे स्पीयर (उच्च-संकल्प इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी के लिए SPARX) कहा जाता है। क्षेत्र में नए शोधकर्ताओं के लिए तकनीक की पहुंच बढ़ाने के लिए और आधुनिक पूरी तरह से स्वचालित उच्च अंत इलेक्ट्रॉन सूक्ष्मदर्शी द्वारा उत्पादित बड़ी मात्रा में डेटा से निपटने के लिए, प्रसंस्करण पाइपलाइन को आसान-से-उपयोग शुरू करने के द्वारा बदल दिया गया और सरल किया गया। ग्राफिकल यूजर इंटरफेस (जीयूआई) और कार्यप्रवाह के प्रमुख चरणों को स्वचालित। इसके अलावा, सीआर से तेजी से, प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य और स्वचालित संरचना निर्धारण की अनुमति देने के लिए नए एल्गोरिदम जोड़े गए थेयो-ईएम चित्र इसके अलावा, शोधन और विविधता विश्लेषण के दौरान उत्पादित सामान्य कलाकृतियों से बचने के लिए पुनरुत्पादन द्वारा सत्यापन शुरू किया गया था। यद्यपि कार्यक्रम को बड़े पैमाने पर संशोधित किया गया था, इसकी सराहनीय मुख्य विशेषताएं बनाए रखी गई थीं: सीधी खुला ओपन सोर्स कोड, आधुनिक ऑब्जेक्ट ओरिएंटेड डिज़ाइन और पायथन इंटरफेस सभी बुनियादी कार्यों के लिए इस प्रकार, यह एक ब्लैक बॉक्स प्रोग्राम में परिवर्तित नहीं हुआ, जिससे उपयोगकर्ताओं को पढ़ाई और आसानी से पायथन कोड को संशोधित करने, अतिरिक्त एप्लिकेशन बनाने या संपूर्ण वर्कफ़्लो को संशोधित करने में सक्षम बना दिया गया। यह विशेष रूप से गैर-मानक क्रायो-ईएम परियोजनाओं के लिए उपयोगी है। यहां हम प्राइएआरआई के जीयूआई का इस्तेमाल करते हुए क्रायो-ईएम चित्रों से निकट-परमाणु रिज़ॉल्यूशन घनत्व मानचित्र प्राप्त करने के लिए प्रोटोकॉल पेश करते हैं। यह कच्चे क्रॉय-ईएम डायरेक्ट डिटेक्टर फिल्मों के घनत्व के नक्शे को बनाने के लिए आवश्यक सभी चरणों का विवरण देता है और यह किसी भी विशिष्ट macromolecule प्रकार तक सीमित नहीं है। यह प्रोटोकॉल मुख्यतः न्यूक गाइड करने का इरादा रखता हैकार्यप्रवाह के माध्यम से क्षेत्र में omers और प्रसंस्करण के महत्वपूर्ण चरणों के बारे में महत्वपूर्ण जानकारी प्रदान करते हैं और साथ ही संभावित कुछ नुकसान और बाधाएं और अधिक उन्नत सुविधाओं और भूतल के पीछे सैद्धांतिक पृष्ठभूमि का कहीं और वर्णन किया जाएगा।

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="790">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:216px;">SPHIRE</td>
			<td style="width:288px;">Max Planck Institute of Molecular Physiology- Dortmund&#160; and Houston Medical School, Houston, Texas&#160;</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;">http://sphire.mpg.de</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">UCSF Chimera</td>
			<td style="width:288px;">University of California, San Francisco</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Unblur</td>
			<td style="width:288px;">Janelia Farm Research Campus, Ashburn</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>http://grigoriefflab.janelia.org/unblur</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Coot</td>
			<td style="width:288px;">MRC Laboratory of Molecular Biology,&#160; Cambridge</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/personal/pemsley/coot/</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">EMAN2</td>
			<td style="width:288px;">Baylor College of Medicine, Houston</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>http://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Computing Cluster with 1824 cores</td>
			<td style="width:288px;">Max Planck Institute of Molecular Physiology</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Linux Cluster with 76&#160; nodes, each with 2 Processors Xeon E5-2670v3 12C 2.30 GHz and 128 Gb RAM</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">TITAN KRIOS electron microscope&#160;</td>
			<td style="width:288px;">FEI</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>300 kV, Cs correction, XFEG</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Falcon II direct electron detector</td>
			<td style="width:288px;">FEI</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">EPU (automated data acquisition software)</td>
			<td style="width:288px;">FEI</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>https://www.fei.com/software/epu/</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-resolution single particle analysis from electron cryo-microscopy images using sphire

स्पीयर (उच्च संकल्प इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी के लिए SPARX) एकल कण इलेक्ट्रॉन क्रायो-माइक्रोस्कोपी (क्रायो-ईएम) डेटा के अर्द्ध स्वचालित प्रसंस्करण के लिए एक उपन्यास ओपन-सोर्स, उपयोगकर्ता-अनुकूल सॉफ़्टवेयर सुइट है। यहां प्रस्तुत प्रोटोकॉल में विस्तार से वर्णन किया गया है कि एकल कण संरचना निर्धारक पाइप लाइन के सभी चरणों के माध्यम से उपयोगकर्ताओं को मार्गदर्शन करके क्रायो-ईएम माइक्रोग्राफ की फिल्मों से शुरू होने वाली निकट-परमाणु संकल्प संरचना कैसे प्राप्त करें। ये चरण नए स्पीयर ग्राफिकल यूजर इंटरफेस से नियंत्रित होते हैं और न्यूनतम उपयोगकर्ता हस्तक्षेप की आवश्यकता होती है। इस प्रोटोकॉल का उपयोग करते हुए, टीसीडीए 1 की 3.5 आकृति संरचना , फोटोरहाब्सस ल्यूमिनेसस्केंस से एक टीसी टेक्न कॉम्प्लेक्स , केवल 9 00 एकल कणों से प्राप्त हुई थी। यह सुव्यवस्थित दृष्टिकोण अपने मूल राज्य में उनके शुद्ध मैक्रोमोलेकुलर कॉम्प्लेक्स के शोर-मुक्त और निष्पक्ष परमाणु मॉडल को प्राप्त करने के लिए, व्यापक प्रसंस्करण अनुभव और पूर्व प्राथमिक संरचना के बिना नौसिखिया उपयोगकर्ताओं की सहायता करेगा।

<html> ऊपर वर्णित प्रोटोकॉल को Photorhabdus luminescens टीसी परिसर (टीसीडीए 1) 20 , 21 , 22 के ए घटक के 112 प्रत्यक्ष डिटेक्टर फिल्मों से शुरू किया गया था। यह डाटासेट सीएस-रिकॉर्डेड इलेक्ट्रॉन क्रायो-माइक्रोस्कोप पर उच्च-चमक क्षेत्र उत्सर्जन बंदूक (एक्सएफईजी) के साथ दर्ज किया गया था, जो 300 केवी के त्वरण वोल्टेज पर संचालित होता है। नमूने पैमाने पर 1.14 ए के पिक्सेल आकार में 60 ई - / ए -2 की कुल खुराक के साथ छवियों को स्वचालित रूप से अधिग्रहण किया गया था। मूवी फ्रेम (प्रोटोकॉल चरण 2 ) के संरेखण के बाद, परिणामी गति-सुधारित औसत में उच्च-रिज़ॉल्यूशन ( चित्रा 2 ए ) तक पहुंचने वाले थियो रिंगों के एओट्रॉफिक थे। व्यक्तिगत कण आसानी से दिखाई और अच्छी तरह से अलग थे ( चित्रा 2 बी )। कणों को तब ई-बॉक्सर के झुंड टूल का उपयोग करके चुना गयाLass = &quot;xref&quot;&gt; 18 ( प्रोटोकॉल चरण 4.1 )। इस स्थिति में, अधिक उपयुक्त विकल्प ( चित्रा 2 सी ) का उपयोग करके एक उचित सीमा तय की गई थी। 112 डिजिटल माइक्रोग्राफ 9,652 कण मिले थे। निकाले गए छवियों (प्रोटोकॉल चरण 4.2 ) के अधिकांश में अच्छी तरह से परिभाषित कण थे और उनके बॉक्स आकार की सिफारिश की गई थी ( चित्रा 2 डी ), कण आकार से 1.5 गुना अधिक है। इसके बाद, आईएसएसी का उपयोग करके, 2 डी विविधता विश्लेषण किया गया था (प्रोटोकॉल चरण 5 )। यह 98 वर्गों की औसत ( चित्रा 3 ए ) उत्पन्न हुई । इन 2 डी कक्षा की औसत का उपयोग करते हुए, एक एबी इनिटियो मॉडल का इंटरमीडिएट रिजोल्यूशन ( चित्रा 3 बी ) पर VIPER (प्रोटोकॉल चरण 6 ) का उपयोग करके गणना की गई थी। यह मॉडल TcdA1 की क्रिस्टल संरचना के साथ उत्कृष्ट समझौता दिखाता है जो पहले 3. 9 ए संकल्प 22 ( चित्रा 3 सी ) पर हल हुआ था। यह अ initio मॉडल एक प्रारंभिक tem के रूप में इस्तेमाल किया गया था<html> प्लेट के लिए 3 डी शोधन (मेरिडेन), 3.5 ए (0.143 मानदंड) पुनर्निर्माण (प्रोटोकॉल चरण 7 ) केवल ~ 40,000 असममित इकाइयों ( चित्रा 4 ) से उपज। यह निकट-परमाणु रिज़ॉल्यूशन मानचित्र 24 घंटे के भीतर प्राप्त किया गया था, जो कि कई कोर से लाभ वाले वर्कफ़्लो के चरण के लिए 96 सीपीयू तक का उपयोग करता है। 3 डी परिवर्तनशीलता विश्लेषण ( प्रोटोकॉल चरण 8) के लिए, प्रत्येक समूह में केवल 2,000 कण छवि चरण 8.3.3 ( अर्थात 5 आरंभिक 3 डी समूह के साथ शुरू होती है) और 200 छवियों के लिए चरण 8.3.4 में सबसे छोटी समूह आकार के लिए उपयोग की गई थी कणों की छोटी संख्या (~ 10,000) विश्लेषण ने मुख्य रूप से परिसर के एन-टर्मिनल क्षेत्र में स्थानीयकृत लचीलेपन का खुलासा किया जिसमें शुद्धिकरण ( चित्रा 5 ए ) के लिए इस्तेमाल किया गया उनका टैग शामिल है। दरअसल, बारह एन टर्मिनल अवशेषों और उनका टैग TcdA1 के पहले प्रकाशित क्रिस्टल संरचना में हल नहीं किया गया&quot;&gt; 22 और यह शायद सबसे ज्यादा बेदखल क्षेत्र मौजूदा क्रायो-ईएम घनत्व में लचीलापन के कारण अनसुलझे रह गया है। संभवतः इसके लचीलेपन के कारण अतिरिक्त परिवर्तनशीलता रिसेप्टर बाध्यकारी डोमेन और बीसी-बाध्यकारी डोमेन ( चित्रा 5 ए ) में हुई थी। संरचना का संतोषजनक समाधान और डाटासेट के बजाय छोटे आकार, इस विविधता को सहनीय होने का निर्णय लिया गया था और इसलिए एक केंद्रित 3 डी वर्गीकरण 23 का प्रदर्शन नहीं किया गया था। अंत में, अंतिम घनत्व के मानचित्र का स्थानीय संकल्प गणना (प्रोटोकॉल चरण 9.1, चित्रा 5b ) और तीव्रता वाला 3 डी नक्शा स्थानीय रूप से फ़िल्टर्ड (प्रोटोकॉल 9.2 कदम) था । इस गुणवत्ता का एक वॉल्यूम Coot 24 या किसी अन्य शोधन उपकरण ( चित्रा 6 ) का उपयोग करके नोवो मॉडल बिल्डिंग के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है । <img alt="आकृति 1" src="/files/ftp_upload/55448/55448fig1.jpg" /> &lt;मजबूत&gt; चित्रा 1: छवि प्रसंस्करण का उपयोग कर SPHIRE। ( ए ) स्पीयर सॉफ्टवेयर पैकेज का जीयूआई वर्कफ़्लो का एक विशिष्ट कदम GUI (&quot;कार्यप्रवाह कदम&quot;) के बाईं ओर संबंधित चित्रचित्र को चुनकर सक्रिय किया जा सकता है। वर्कफ़्लो के इस चरण से जुड़े कमांड और उपयोगिताओं GUI के केंद्रीय क्षेत्र में दिखाई देंगे। एक आदेश को चुनने के बाद, संबंधित पैरामीटर जीयूआई के सही क्षेत्र पर दिखाए जाते हैं। उन्नत पैरामीटर को आमतौर पर पूर्व निर्धारित डिफ़ॉल्ट मानों के संशोधन की आवश्यकता नहीं होती है। ( बी ) स्पीयर जीयूआई का उपयोग करके एकल कण छवि प्रसंस्करण के कार्यप्रवाह में चरण। <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55448/55448fig1large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े के एक बड़े संस्करण को देखने के लिए कृपया यहां क्लिक करें</a> <img alt="चित्र 2" src="/files/ftp_upload/55448/55448fig2.jpg" /> चित्रा 2: मोशन सुधार और आंशिकले एक्सट्रैक्शन ( ए , बी ) 1.7 माइक्रोन के डिफोकस पर दर्ज की गई विशेष उच्च गुणवत्ता, कम खुराक, बहाव-सही डिजिटल माइक्रोग्राफ। बिजली के स्पेक्ट्रम (ए) और 2 डी छवि ( बी ) में अच्छी तरह से देखे जाने वाले कणों में 2.7 Å के संकल्प के लिए विस्तार करने वाले आईओट्रॉपीक थान रिंगों को ध्यान दें। ( सी ) कण चयन e2boxer का उपयोग कर हरे रंग की मंडलियां चयनित कणों का संकेत देती हैं ( डी ) खुराक भारित माइक्रोग्राफ से निकाले गए विशिष्ट कच्चे कण। स्केल सलाखों = 20 एनएम <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55448/55448fig2large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े के एक बड़े संस्करण को देखने के लिए कृपया यहां क्लिक करें</a> <img alt="चित्र तीन" src="/files/ftp_upload/55448/55448fig3.jpg" /> चित्रा 3: 2 डी क्लस्टरिंग और प्रारंभिक मॉडल पीढ़ी। ( ए ) 2 डी कक्षा की औसत गैलरी, बहुमत वाले पक्ष विचारों के साथ ओ<html> क कण स्केल बार = 20 एनएम ( बी ) टीसीडीए 1 के एबी इनिटियो 3 डी मानचित्र को संदर्भ-मुक्त वर्ग औसत से आरवीआईपीईआर प्राप्त करना। ( सी ) टीसीडीए 1 क्रिस्टल संरचना (रिबन) (पीडीबी-आईड 1VW1) की प्रारंभिक क्रायो ईएम घनत्व (पारदर्शी ग्रे) में कठोर शरीर फिटिंग। <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55448/55448fig3large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े के एक बड़े संस्करण को देखने के लिए कृपया यहां क्लिक करें</a> <img alt="चित्रा 4" src="/files/ftp_upload/55448/55448fig4.jpg" /> चित्रा 4: टीसीडीए 1 का क्रायो-ईएम 3 डी संरचना। ( ए , बी ) टीसीडीए 1 का अंतिम 3.5 ए घनत्व का नक्शा ~ 9,500 कण छवियों का उपयोग करके गणना किया गया है: ( ए ) तरफ और ( बी ) शीर्ष दृश्य ( सी ) α-हेलिक्स और एक बी-चादर के लिए क्रायो-ईएम घनत्व के प्रतिनिधि क्षेत्रोंArge.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; कृपया इस आंकड़े के एक बड़े संस्करण को देखने के लिए यहां क्लिक करें। <img alt="चित्रा 5" src="/files/ftp_upload/55448/55448fig5.jpg" /> चित्रा 5: परिवर्तनशीलता विश्लेषण और स्थानीय संकल्प ( ए ) तेज TcdA1 cryo-EM नक्शा (ग्रे) और परिवर्तनशीलता मानचित्र (हरा) की सतह। बेहतर स्पष्टता के लिए, परिवर्तनशीलता का नक्शा न्यूनतम पास 30 Å तक फ़िल्टर्ड था। ( बी ) स्थानीय संकल्प (ए) के अनुसार टीसीडीए 1 तीक्ष्ण क्रायो-ईएम नक्शा रंग की सतह प्रतिपादन। उच्च परिवर्तनशीलता और कम स्थानीय संकल्प के क्षेत्रों के बीच सामरिक समझौता ध्यान दें। <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55448/55448fig5large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े के एक बड़े संस्करण को देखने के लिए कृपया यहां क्लिक करें</a> <img alt="चित्रा 6" src="/files/ftp_upload/55448/55448fig6.jpg" /> चित्र 6: 3 डी मॉडकुट का उपयोग करते हुए टीसीडीए 1 की एल बिल्डिंग क्रायो-ईएम घनत्व और परमाणु मॉडल के प्रतिनिधि क्षेत्रों को एक α-हेलिक्स के लिए दिखाया गया है। परमाणु मॉडल Coot का उपयोग करके नो नोवो बनाया गया था <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55448/55448fig6large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े के एक बड़े संस्करण को देखने के लिए कृपया यहां क्लिक करें</a>

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High-resolution Single Particle Analysis from Electron Cryo-microscopy Images Using SPHIRE

यह पत्र सॉफ़्टवेयर सुइट स्पीयर द्वारा क्रियो-ईएम छवियों को प्रसंस्करण के लिए एक प्रोटोकॉल प्रस्तुत करता है। वर्तमान प्रोटोकॉल लगभग सभी एकल कण ईएम परियोजनाओं के लिए लागू किया जा सकता है जो निकट-परमाणु संकल्प को लक्षित करते हैं।

उच्च-रिज़ॉल्यूशन एकल कण विश्लेषण, इलेक्ट्रॉन क्रायो-माइक्रोस्कोपी इमेजिंग स्पैयर का उपयोग करना

SPHIRE (SPARX for High-Resolution Electron Microscopy) is a novel open-source, user-friendly software suite for the semi-automated processing of single ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Semi-automated Biopanning of Bacterial Display Libraries for Peptide Affinity Reagent Discovery and Analysis of Resulting Isolates

सेमी स्वचालित के लिए बैक्टीरियल प्रदर्शन पुस्तकालयों के साथ पेप्टाइड समानता एजेंट खोज और परिणामस्वरूप अलग करने का विश्लेषण

Biopanning bacterial display libraries is a proven technique for peptide affinity reagent discovery for recognition of both biotic and abiotic targets. ...

Expression and Purification of the Human Lipid-sensitive Cation Channel TRPC3 for Structural Determination by Single-particle Cryo-electron Microscopy

मानव लिपिड के प्रति संवेदनशील कटियन चैनल TRPC3 के एकल कण क्रायो-इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी द्वारा संरचनात्मक निर्धारण के लिए अभिव्यक्ति और शुद्धि

Transient receptor potential channels (TRPCs) of the canonical TRP subfamily are nonselective cation channels that play an essential role in calcium ...

High-Resolution Complexome Profiling by Cryoslicing BN-MS Analysis

Cryoslicing BN-MS विश्लेषण द्वारा उच्च संकल्प Complexome प्रोफ़ेशनल

Proteins generally exert biological functions through interactions with other proteins, either in dynamic protein assemblies or as a part of stably formed ...

Cryo-EM and Single-Particle Analysis with Scipion

क्रायो-ईएम और Scipion के साथ एकल कण विश्लेषण

Cryo-electron microscopy has become one of the most important tools in biological research to reveal the structural information of macromolecules at ...

Preparing Lamellae from Vitreous Biological Samples Using a Dual-Beam Scanning Electron Microscope for Cryo-Electron Tomography

क्रायो-इलेक्ट्रॉन टोमोग्राफी के लिए दोहरी-बीम स्कैनिंग इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप का उपयोग करके विट्रियस जैविक नमूनों से लैमेला तैयार करना

Presented here is a protocol for preparing cryo-lamellae from plunge-frozen grids of Plasmodium falciparum-infected&#160;human erythrocytes, which could ...

Single Particle Cryo-Electron Microscopy: From Sample to Structure

एकल कण क्रायो-इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी: नमूना से संरचना तक

Cryo-electron microscopy (cryoEM) is a powerful technique for structure determination of macromolecular complexes, via single particle analysis (SPA). The ...

Manual Blot-and-Plunge Freezing of Biological Specimens for Single-Particle Cryogenic Electron Microscopy

मैनुअल धब्बा-और-डुबकी एकल कण क्रायोजेनिक इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी के लिए जैविक नमूनों की ठंड

Imaging biological specimens with electrons for high-resolution structure determination by single-particle cryogenic electron microscopy (cryoEM) requires ...

A Robust Single-Particle Cryo-Electron Microscopy (cryo-EM) Processing Workflow with cryoSPARC, RELION, and Scipion

A Robust Single-Particle Cryo-Electron Microscopy cryo-EM Processing Workflow with cryoSPARC, RELION, and Scipion

एक मजबूत एकल कण क्रायो-इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी (क्रायो-ईएम) क्रायोस्पार्क, RELION, और Scipion के साथ प्रसंस्करण वर्कफ़्लो

Recent advances in both instrumentation and image processing software have made single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) the preferred method ...

Routine Collection of High-Resolution cryo-EM Datasets Using 200 KV Transmission Electron Microscope

200 केवी ट्रांसमिशन इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप का उपयोग करके उच्च-रिज़ॉल्यूशन क्रायो-ईएम डेटासेट का नियमित संग्रह

Cryo-electron microscopy (cryo-EM) has been established as a routine method for protein structure determination during the past decade, taking an ...

Advancing High-Resolution Imaging of Virus Assemblies in Liquid and Ice

तरल और बर्फ में वायरस असेंबली की उच्च-रिज़ॉल्यूशन इमेजिंग को आगे बढ़ाना

Interest in liquid-electron microscopy (liquid-EM) has skyrocketed in recent years as scientists can now observe real-time processes at the nanoscale. It ...