Name: transcriptomic analysis of c. elegans rna sequencing data through the tuxedo suite on the galaxy project
Uploaded: 2017-04-08T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Transcriptomic Analysis of C. elegans RNA Sequencing Data Through the Tuxedo Suite on the Galaxy Project at JoVE.com

लेखकों प्रयोगशालाओं, समूहों और व्यक्तियों, जो आकाशगंगा और डेविड का विकास किया है, और इस तरह के वैज्ञानिक समुदाय के लिए NGS व्यापक रूप से सुलभ बना दिया करने के लिए अपने आभार व्यक्त करना चाहते हैं। मदद और सलाह हमारे जैव सूचना विज्ञान प्रशिक्षण के दौरान पिट्सबर्ग विश्वविद्यालय में उनके सहयोगियों द्वारा प्रदान की स्वीकार किया है। इस काम के पुरस्कार (एजी-NS-0879-12) और राष्ट्रीय स्वास्थ्य संस्थान एजी के लिए (R01AG051659) से अनुदान एजिंग में एक एलिसन मेडिकल फाउंडेशन नई विद्वान द्वारा समर्थित किया गया।

1. आरएनए अलगाव <ol><li> एहतियाती उपाय <ol><li> वर्तमान में किसी भी RNases को खत्म करने की एक वाणिज्यिक रूप से उपलब्ध RNase स्प्रे का उपयोग कर पूरे काम कर सतह, उपकरणों और pipettes नीचे साफ कर लें। </li><li> हर समय दस्ताने पहनें, ?...

<ol>
	<li>Venter, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+sequence+of+the+human+genome.">The sequence of the human genome.</a> Science. 291 (5507), 1304-1351 (2001).</li><li>Lander, E. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Initial+sequencing+and+analysis+of+the+human+genome.">Initial sequencing and analysis of the human genome.</a> Nature. 409 (6822), 860-921 (2001).</li><li>Afgan, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Galaxy+platform+for+accessible,+reproducible+and+collaborative+biomedical+analyses:+2016+update.">The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2016 update.</a> Nucleic Acids Res. 44 (W1), W3-W10 (2016).</li><li>Trapnell, C., Pachter, L., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TopHat:+discovering+splice+junctions+with+RNA-Seq.">TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq.</a> Bioinformatics. 25 (9), 1105-1111 (2009).</li><li>Trapnell, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcript+assembly+and+quantification+by+RNA-Seq+reveals+unannotated+transcripts+and+isoform+switching+during+cell+differentiation.">Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation.</a> Nat Biotechnol. 28 (5), 511-515 (2010).</li><li>Roberts, A., Trapnell, C., Donaghey, J., Rinn, J. L., Pachter, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improving+RNA-Seq+expression+estimates+by+correcting+for+fragment+bias.">Improving RNA-Seq expression estimates by correcting for fragment bias.</a> Genome Biol. 12 (3), R22 (2011).</li><li>Roberts, A., Pimentel, H., Trapnell, C., Pachter, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+novel+transcripts+in+annotated+genomes+using+RNA-Seq.">Identification of novel transcripts in annotated genomes using RNA-Seq.</a> Bioinformatics. 27 (17), 2325-2329 (2011).</li><li>Trapnell, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+gene+and+transcript+expression+analysis+of+RNA-seq+experiments+with+TopHat+and+Cufflinks.">Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks.</a> Nat Protoc. 7 (3), 562-578 (2012).</li><li>Trapnell, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+analysis+of+gene+regulation+at+transcript+resolution+with+RNA-seq.">Differential analysis of gene regulation at transcript resolution with RNA-seq.</a> Nat Biotechnol. 31 (1), 46-53 (2013).</li><li>Huang da, W., Sherman, B. T., Lempicki, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+and+integrative+analysis+of+large+gene+lists+using+DAVID+bioinformatics+resources.">Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources.</a> Nat Protoc. 4 (1), 44-57 (2009).</li><li>Giardine, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Galaxy:+a+platform+for+interactive+large-scale+genome+analysis.">Galaxy: a platform for interactive large-scale genome analysis.</a> Genome Res. 15 (10), 1451-1455 (2005).</li><li>Han, Y., Gao, S., Muegge, K., Zhang, W., Zhou, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advanced+Applications+of+RNA+Sequencing+and+Challenges.">Advanced Applications of RNA Sequencing and Challenges.</a> Bioinform Biol Insights. 9 (1), 29-46 (2015).</li><li>Mardis, E. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Next-generation+sequencing+platforms.">Next-generation sequencing platforms.</a> Annu Rev Anal Chem (Palo Alto Calif). 6, 287-303 (2013).</li><li>Yang, I. S., Kim, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+Whole+Transcriptome+Sequencing+Data:+Workflow+and+Software.">Analysis of Whole Transcriptome Sequencing Data: Workflow and Software.</a> Genomics Inform. 13 (4), 119-125 (2015).</li><li>Khatri, P., Draghici, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ontological+analysis+of+gene+expression+data:+current+tools,+limitations,+and+open+problems.">Ontological analysis of gene expression data: current tools, limitations, and open problems.</a> Bioinformatics. 21 (18), 3587-3595 (2005).</li><li>Huang da, W., Sherman, B. T., Lempicki, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bioinformatics+enrichment+tools:+paths+toward+the+comprehensive+functional+analysis+of+large+gene+lists.">Bioinformatics enrichment tools: paths toward the comprehensive functional analysis of large gene lists.</a> Nucleic Acids Res. 37 (1), 1-13 (2009).</li><li>Shaye, D. D., Greenwald, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=OrthoList:+a+compendium+of+C.+elegans+genes+with+human+orthologs.">OrthoList: a compendium of C. elegans genes with human orthologs.</a> PLoS One. 6 (5), e20085 (2011).</li><li>Consortium, C. e. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome+sequence+of+the+nematode+C.+elegans:+a+platform+for+investigating+biology.">Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology.</a> Science. 282 (5396), 2012-2018 (1998).</li><li>Agarwal, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+and+calibration+of+transcriptome+data+from+RNA-Seq+and+tiling+arrays.">Comparison and calibration of transcriptome data from RNA-Seq and tiling arrays.</a> BMC Genomics. 11, 383 (2010).</li><li>Mortazavi, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scaffolding+a+Caenorhabditis+nematode+genome+with+RNA-seq.">Scaffolding a Caenorhabditis nematode genome with RNA-seq.</a> Genome Res. 20 (12), 1740-1747 (2010).</li><li>Bohnert, R., Ratsch, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=rQuant.web:+a+tool+for+RNA-Seq-based+transcript+quantitation.">rQuant.web: a tool for RNA-Seq-based transcript quantitation.</a> Nucleic Acids Res. 38, W348-W351 (2010).</li><li>Lamm, A. T., Stadler, M. R., Zhang, H., Gent, J. I., Fire, A. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multimodal+RNA-seq+using+single-strand,+double-strand,+and+CircLigase-based+capture+yields+a+refined+and+extended+description+of+the+C.+elegans+transcriptome.">Multimodal RNA-seq using single-strand, double-strand, and CircLigase-based capture yields a refined and extended description of the C. elegans transcriptome.</a> Genome Res. 21 (2), 265-275 (2011).</li><li>Amrit, F. R., Ratnappan, R., Keith, S. A., Ghazi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+C.+elegans+lifespan+assay+toolkit.">The C. elegans lifespan assay toolkit.</a> Methods. 68 (3), 465-475 (2014).</li><li>Hsin, H., Kenyon, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Signals+from+the+reproductive+system+regulate+the+lifespan+of+C.+elegans.">Signals from the reproductive system regulate the lifespan of C. elegans.</a> Nature. 399 (6734), 362-366 (1999).</li><li>Alper, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Caenorhabditis+elegans+germ+line+regulates+distinct+signaling+pathways+to+control+lifespan+and+innate+immunity.">The Caenorhabditis elegans germ line regulates distinct signaling pathways to control lifespan and innate immunity.</a> J Biol Chem. 285 (3), 1822-1828 (2010).</li><li>Steinbaugh, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lipid-mediated+regulation+of+SKN-1/Nrf+in+response+to+germ+cell+absence.">Lipid-mediated regulation of SKN-1/Nrf in response to germ cell absence.</a> Elife. 4, (2015).</li><li>Lapierre, L. R., Gelino, S., Melendez, A., Hansen, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Autophagy+and+lipid+metabolism+coordinately+modulate+life+span+in+germline-less.">Autophagy and lipid metabolism coordinately modulate life span in germline-less.</a> C. elegans. Curr Biol. 21 (18), 1507-1514 (2011).</li><li>Rourke, E. J., Soukas, A. A., Carr, C. E., Ruvkun, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=C.+elegans+major+fats+are+stored+in+vesicles+distinct+from+lysosome-related+organelles.">C. elegans major fats are stored in vesicles distinct from lysosome-related organelles.</a> Cell Metab. 10 (5), 430-435 (2009).</li><li>Ghazi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptional+networks+that+mediate+signals+from+reproductive+tissues+to+influence+lifespan.">Transcriptional networks that mediate signals from reproductive tissues to influence lifespan.</a> Genesis. 51 (1), 1-15 (2013).</li><li>Ghazi, A., Henis-Korenblit, S., Kenyon, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+transcription+elongation+factor+that+links+signals+from+the+reproductive+system+to+lifespan+extension+in+Caenorhabditis+elegans.">A transcription elongation factor that links signals from the reproductive system to lifespan extension in Caenorhabditis elegans.</a> PLoS Genet. 5 (9), e1000639 (2009).</li><li>Amrit, F. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DAF-16+and+TCER-1+Facilitate+Adaptation+to+Germline+Loss+by+Restoring+Lipid+Homeostasis+and+Repressing+Reproductive+Physiology+in+C.+elegans.">DAF-16 and TCER-1 Facilitate Adaptation to Germline Loss by Restoring Lipid Homeostasis and Repressing Reproductive Physiology in C. elegans.</a> PLoS Genet. 12 (2), e1005788 (2016).</li><li>Wang, M. C., O'Rourke, E. J., Ruvkun, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fat+metabolism+links+germline+stem+cells+and+longevity+in+C.+elegans.">Fat metabolism links germline stem cells and longevity in C. elegans.</a> Science. 322 (5903), 957-960 (2008).</li><li>McCormick, M., Chen, K., Ramaswamy, P., Kenyon, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+genes+that+extend+Caenorhabditis+elegans'+lifespan+in+response+to+reproductive+signals.">New genes that extend Caenorhabditis elegans' lifespan in response to reproductive signals.</a> Aging Cell. 11 (2), 192-202 (2012).</li><li>Kartashov, A. V., Barski, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BioWardrobe:+an+integrated+platform+for+analysis+of+epigenomics+and+transcriptomics+data.">BioWardrobe: an integrated platform for analysis of epigenomics and transcriptomics data.</a> Genome Biol. 16, 158 (2015).</li><li>Goncalves, A., Tikhonov, A., Brazma, A., Kapushesky, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+pipeline+for+RNA-seq+data+processing+and+quality+assessment.">A pipeline for RNA-seq data processing and quality assessment.</a> Bioinformatics. 27 (6), 867-869 (2011).</li></ol>

आधुनिक जीव विज्ञान में आकाशगंगा अनुक्रमण मंच का महत्व आकाशगंगा परियोजना की प्रक्रिया और एक तेज और कुशल तरीके से उच्च throughput अनुक्रमण डेटा का विश्लेषण करने जैव सूचना विज्ञान प्रशिक्षण के बिना ...

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>RNase spray&#160;</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>21-402-178</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trizol&#160;</td>
			<td>Ambion</td>
			<td>15596026</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sonicator</td>
			<td>Sonics Vibra Cell&#160;</td>
			<td>VCX130</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge&#160;</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5415C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>chloroform&#160;</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>288306</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-propanol&#160;</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A416P-4</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol</td>
			<td>Decon Labs</td>
			<td>2705HC</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RNase-free water&#160;</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP561-1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bioanalyzer&#160;</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G2940CA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mac/PC</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

transcriptomic analysis of c. elegans rna sequencing data through the tuxedo suite on the galaxy project

अगली पीढ़ी अनुक्रमण (NGS) प्रौद्योगिकियों जैविक जांच की प्रकृति में क्रांति ला दिया है। इनमें से शाही सेना अनुक्रमण (आरएनए Seq) जीन अभिव्यक्ति विश्लेषण और transcriptome मानचित्रण के लिए एक शक्तिशाली उपकरण के रूप में उभरा है। हालांकि, आरएनए Seq डेटासेट से निपटने परिष्कृत कम्प्यूटेशनल विशेषज्ञता की आवश्यकता और जीव विज्ञान शोधकर्ताओं के लिए निहित चुनौतियों बन गया है। इस टोंटी खुली पहुंच आकाशगंगा परियोजना है कि जैव सूचना विज्ञान कौशल के बिना उन आरएनए Seq डेटा का विश्लेषण करने की अनुमति देता है, और एनोटेशन, दृश्य, और एकीकृत डिस्कवरी (डेविड) के लिए डाटाबेस से कम किया गया है, एक जीन आंटलजी (GO) अवधि विश्लेषण सुइट है जो बड़े डेटा सेट से जैविक अर्थ निकाले जाते हैं। हालांकि, पहली बार के उपयोगकर्ताओं और जैव सूचना विज्ञान &#39;शौकीनों, इन प्लेटफार्मों के साथ स्वयं सीखने और परिचय के लिए समय लेने वाली और कठिनाई आ सकती है। हम कीड़ा शाही सेना को अलग करने के सी.एलेगन्स शोधकर्ताओं में मदद मिलेगी कि एक सीधा कार्यप्रवाह का वर्णन है, एक आरएनए-Seq प्रयोग का संचालनऔर आकाशगंगा और डेविड प्लेटफार्मों का उपयोग कर डेटा का विश्लेषण। यह प्रोटोकॉल हर कदम पर, कच्चे NGS डेटा, गुणवत्ता नियंत्रण की जाँच, संरेखण, और अंतर जीन अभिव्यक्ति विश्लेषण तक पहुँचने मानकों के साथ उपयोगकर्ता मार्गदर्शन के लिए विभिन्न आकाशगंगा मॉड्यूल का उपयोग कर एक जीन की सूची है कि के संवर्धन के लिए जांच की जा सकती है उत्पन्न करने के लिए के लिए चरणबद्ध निर्देश प्रदान करता है जीन वर्गों या जैविक प्रक्रियाओं डेविड का उपयोग कर। कुल मिलाकर, हम आशा करते हैं कि इस लेख के बारे में जानकारी प्रदान करेगा सी पहली बार के लिए शाही सेना Seq प्रयोगों के साथ ही बार-बार उन नमूनों की एक छोटी संख्या में चल रहे उपक्रम शोधकर्ताओं एलिगेंस करने के लिए।

सी.एलेगन्स में, germline स्टेम सेल (GSCs) उम्र फैली हुई है, के उन्मूलन तनाव लचीलापन बढ़ाता है, और शरीर में वसा 24, 28 उठ। GSCs न लगना, या तो लेजर पृथक से या इस तरह के जीएलपी -1 के रूप ?...

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Transcriptomic Analysis of C. elegans RNA Sequencing Data Through the Tuxedo Suite on the Galaxy Project

आकाशगंगा और डेविड लोकप्रिय टूल दिए गए जैव सूचना विज्ञान प्रशिक्षण के बिना जांचकर्ताओं का विश्लेषण और आरएनए Seq डेटा व्याख्या करने की अनुमति के रूप में उभरा है। सी.एलेगन्स शोधकर्ताओं आरएनए Seq प्रयोगों, पहुँच प्रदर्शन करने के लिए और आकाशगंगा का उपयोग कर डाटासेट संसाधित करने और डेविड का उपयोग कर जीन सूचियों से सार्थक जैविक जानकारी प्राप्त करने के लिए हम एक प्रोटोकॉल का वर्णन।

की transcriptomic विश्लेषण<em&gt; स</em&gt;।<em&gt; एलिगेंस</emआकाशगंगा परियोजना पर टक्सेडो सूट के माध्यम से&gt; शाही सेना अनुक्रमण डाटा

Next generation sequencing (NGS) technologies have revolutionized the nature of biological investigation. Of these, RNA Sequencing (RNA-Seq) has emerged ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Transcriptomic Analysis of C. elegans RNA Sequencing Data Through the Tuxedo Suite on the Galaxy Project

Optogenetic Random Mutagenesis Using Histone-miniSOG in C. elegans

Optogenetic Random Mutagenesis Using Histone-miniSOG in C. elegans

Optogenetic यादृच्छिक mutagenesis में Histone-miniSOG का प्रयोग<em&gt; सी। एलिगेंस</em

Forward genetic screening in model organisms is the workhorse to discover functionally important genes and pathways in many biological processes. In most ...

Conjugative Mating Assays for Sequence-specific Analysis of Transfer Proteins Involved in Bacterial Conjugation

बैक्टीरियल संयुग्मन में शामिल स्थानांतरण प्रोटीन के अनुक्रम विशिष्ट विश्लेषण के लिए संयुग्मी संभोग Assays

The transfer of genetic material by bacterial conjugation is a process that takes place via complexes formed by specific transfer proteins. In Escherichia ...

Detection of Copy Number Alterations Using Single Cell Sequencing

नकल संख्या बदलाव की जांच सिंगल सेल अनुक्रमण का उपयोग

Detection of genomic changes at single cell resolution is important for characterizing genetic heterogeneity and evolution in normal tissues, cancers, and ...

Controllable Ion Channel Expression through Inducible Transient Transfection

Inducible क्षणिक अभिकर्मक के माध्यम से चलाया आयन चैनल अभिव्यक्ति

Transfection, the delivery of foreign nucleic acids into a cell, is a powerful tool in protein research. Through this method, ion channels can be ...

Analysis of the c-KIT Ligand Promoter Using Chromatin Immunoprecipitation

क्रोमैटिन इम्युनोपर्रेबिज़ का उपयोग करने वाली सी-केट लिगेंड प्रमोटर का विश्लेषण

Multiple cellular processes, including DNA replication and repair, DNA recombination, and gene expression, require interactions between proteins and DNA. ...

Manipulation of Ploidy in Caenorhabditis elegans

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Caenorhabditis एलिगेंस में Ploidy का हेरफेर

Mechanisms that involve whole genome polyploidy play important roles in development and evolution; also, an abnormal generation of tetraploid cells has ...

Informatic Analysis of Sequence Data from Batch Yeast 2-Hybrid Screens

बैच खमीर 2 से अनुक्रम डेटा का स्वरूप विश्लेषण-संकर स्क्रीन

We have adapted the yeast 2-hybrid assay to simultaneously uncover dozens of transient and static protein interactions within a single screen utilizing ...

Single-cell RNA Sequencing and Analysis of Human Pancreatic Islets

एकल कोशिका आरएनए अनुक्रमण और मानव अग्नाशय Islets का विश्लेषण

Pancreatic islets comprise of endocrine cells with distinctive hormone expression patterns. The endocrine cells show functional differences in response to ...

Identification of Footprints of RNA:Protein Complexes via RNA Immunoprecipitation in Tandem Followed by Sequencing (RIPiT-Seq)

Identification of Footprints of RNA:Protein Complexes via RNA Immunoprecipitation in Tandem Followed by Sequencing RIPiT-Seq

आरएनए के पैरों के निशान की पहचान: TANDEM में आरएनए इम्यूनोएरिफ़िएसिस के माध्यम से प्रोटीन कॉम्प्लेक्स अनुक्रमण द्वारा पीछा किया (RIPIT-सेक)

RNA immunoprecipitation in tandem (RIPiT) is a method for enriching RNA footprints of a pair of proteins within an RNA:protein (RNP) complex. RIPiT ...

Identification of Circular RNAs using RNA Sequencing

आरएनए अनुक्रमण का उपयोग करके परिपत्र आरएनए की पहचान

Circular RNAs (circRNAs) are a class of non-coding RNAs involved in functions including micro-RNA (miRNA) regulation, mediation of protein-protein ...