Name: a tandem liquid chromatography&#8211;mass spectrometry-based approach for metabolite analysis of staphylococcus aureus
Uploaded: 2017-03-28T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Tandem Liquid ChromatographyÃ¢â‚¬â€œMass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus at JoVE.com

इस काम के हिस्से में एक एनआईएच मार्ग स्वतंत्रता पुरस्कार के लिए (जीएम 099,893 अनुदान) और संकाय स्टार्टअप धन एसआरबी को, और साथ ही एक अनुसंधान परियोजना अनुदान (जीएम 042,219 अनुदान) द्वारा वित्त पोषित किया गया था। funders अध्ययन डिजाइन, डेटा संग्रहण और व्याख्या, या प्रकाशन के लिए काम प्रस्तुत करने के लिए निर्णय में कोई भूमिका नहीं थी।

1. बफर समाधान की तैयारी <ol><li> (आसुत और विआयनीकृत) पानी ultrapure साथ 1x की एक अंतिम एकाग्रता के लिए 10x पीबीएस के एक शेयर समाधान कमजोर द्वारा, (पीएच 7.4 पीबीएस) फॉस्फेट बफर खारा तैयार करें। </li><li> Acetonitrile के 2 एमएल, मेथनॉल के 2 ए?...

सभी छोटे अणु चयापचयों केंद्रीय चयापचय मार्ग में उनकी आम मूल के माध्यम से एक दूसरे से जुड़े हुए हैं। घातीय वृद्धि के दौरान, बैक्टीरियल कोशिकाओं विशिष्ट परिस्थितियों में शारीरिक स्थिति का एक स्नैपशॉट ?...

बैक्टीरियल रोगज़नक़ों मेजबान वातावरण में कई चुनौतियों का सामना करना होगा। प्रतिरक्षा कोशिकाओं द्वारा प्रत्यक्ष हमले के अलावा, मेजबान भी बैक्टीरियल अस्तित्व और प्रतिकृति, पैदा पोषण उन्मुक्ति 1, 2 के लिए आवश्यक पोषक तत्वों sequesters। इन प्रतिकूल वातावरण में जीवित रहने के लिए, बैक्टीरियल रोगज़नक़ों डाह कारकों को तैनात। इन कारकों में से कुछ बैक्टीरिया प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया से बचने के लिए अनुमति देते हैं; अन्य कारकों जैसे कि hyaluronidase, thermonuclease, और lipase के रूप में पाचन एंजाइमों, है, जो उपभोक्ता ऊतक व्युत्पन्न घटक 3, 4, 5 से लापता पोषक तत्वों की भरपाई बैक्टीरिया सक्रिय कर सकते हैं स्रावित शामिल हैं। दरअसल, बैक्टीरिया नियामक प्रणाली है कि डाह 6 कारकों, 7 के उत्पादन के लिए सेल की शारीरिक स्थिति टाई विकसित किया है, <s<html> ऊपर वर्ग = &quot;xref&quot;&gt; 8, 9, 10। सबूत की बढ़ती शरीर के चयापचय और डाह जोड़ने एक महत्वपूर्ण नियामक के रूप में कोड़ी के लिए अंक। पहले dipeptide permease (डीपीपी) जीन 11 की एक repressor के रूप में बेसिलस subtilis में की खोज की है, कोड़ी अब लगभग सभी कम जी + सी ग्राम पॉजिटिव बैक्टीरिया 12, 13 द्वारा उत्पादित होने जाना जाता है और नियंत्रित करता है कार्बन में शामिल जीनों के दर्जनों और नाइट्रोजन चयापचय 14, 15, 16, 17, 18, 19। रोगजनक प्रजातियों में, कोड़ी भी सबसे महत्वपूर्ण विषैलापन जीन 20, 21 में से कुछ की अभिव्यक्ति को नियंत्रित करता है,। एफई &quot;&gt; 22, 23, 24, 25, 26, 27 कोड़ी लाइगैंडों के दो वर्गों द्वारा एक डीएनए बाध्यकारी प्रोटीन के रूप में सक्रिय है: branched श्रृंखला एमिनो एसिड (BCAAs; isoleucine, leucine, और वेलिन [ILV]) और जीटीपी । जब इन पोषक तत्वों प्रचुर मात्रा में हैं, कोड़ी represses (या कुछ मामलों में, को उत्तेजित करता है) प्रतिलेखन। के रूप में इन पोषक तत्वों सीमित हो जाते हैं, कोड़ी गतिविधि उत्तरोत्तर कम हो जाता है, एक का दर्जा दिया गया ट्रांस्क्रिप्शनल प्रतिक्रिया में जिसके परिणामस्वरूप है कि फिर से मार्गों विभिन्न चयापचय केंद्रीय चयापचय से जुड़े रास्ते के माध्यम से व्यापारियों 28, 29, 30। अग्रानुक्रम तरल मास स्पेक्ट्रोमेट्री (LC-एमएस) के लिए युग्मित क्रोमैटोग्राफी एक शक्तिशाली तकनीक है कि सही ढंग से पहचान करने और छोटे अणु intracellular चयापचयों 31 यों कर सकते हैं। जब transc के साथ रखाriptome विश्लेषण (जैसे, आरएनए Seq), इस विश्लेषणात्मक कार्यप्रवाह अंतर्दृष्टि शारीरिक परिवर्तन है कि पर्यावरण या पोषण तनाव के कारण पैदा होने में प्रदान कर सकते हैं। यहाँ, हम LC-एमएस के माध्यम से स्ताफ्य्लोकोच्चुस कोशिकाओं और बाद में विश्लेषण से मेटाबोलाइट निकासी के लिए एक विधि प्रस्तुत करते हैं। यह दृष्टिकोण पर एस ऑरियस शरीर क्रिया विज्ञान कोड़ी की pleiotropic प्रभाव को प्रदर्शित करने के लिए इस्तेमाल किया गया है।

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="933">
	<tbody>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:363px;">Material/Equipmenta</td>
			<td style="width:167px;"></td>
			<td style="width:163px;"></td>
			<td style="width:241px;"></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">DeLong Culture Flask (250 ml)</td>
			<td style="width:167px;">Belco</td>
			<td>2510-00250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">Sidearm Flask, 500 ml</td>
			<td style="width:167px;">Pyrex</td>
			<td style="width:163px;">5340</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">3-hole Rubber Stopper, #7</td>
			<td style="width:167px;">Fisher</td>
			<td style="width:163px;">14-131E</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">Stainless Steel Filter holder/frit</td>
			<td style="width:167px;">VWR</td>
			<td>89428-936</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">Petri Dish, 35 mm</td>
			<td style="width:167px;">Corning</td>
			<td style="width:163px;">430588</td>
			<td>Not tissue culture treated</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:363px;">Mixed cellulose ester membrane, 0.22 &#956;m pore size</td>
			<td style="width:167px;">Millipore</td>
			<td>GSWP02500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:363px;">Impact-resistant tubes, 2 ml</td>
			<td style="width:167px;">USA Scientific</td>
			<td style="width:163px;">1420-9600</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:363px;">Silica Beads, 0.1 mm</td>
			<td style="width:167px;">Biospec Products Inc</td>
			<td>11079101Z</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;width:363px;">Precellys 24 homogenizer</td>
			<td style="width:167px;">Bertin Instruments</td>
			<td style="width:163px;">EQ03119-200-RD000.0</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">Micro BCA Protein Assay Kit</td>
			<td style="width:167px;">Pierce (Thermo Scientific)</td>
			<td style="width:163px;">23235</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">Cogent Diamond hydride type C column</td>
			<td style="width:167px;">Agilent</td>
			<td style="width:163px;">70000-15P-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">Accurate-Mass Time-of-Flight (TOF) LC-MS, 6200 Series</td>
			<td style="width:167px;">Agilent</td>
			<td style="width:163px;">G6230B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">Quat Pump, 1290 Series</td>
			<td style="width:167px;">Agilent</td>
			<td style="width:163px;">G4204A&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">Bin Pump, 1290 Series</td>
			<td style="width:167px;">Agilent</td>
			<td style="width:163px;">G4220A&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">Valve Drive, 1290 Series</td>
			<td style="width:167px;">Agilent</td>
			<td style="width:163px;">G1107A&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">Isocratic Pump, 1290 Series</td>
			<td style="width:167px;">Agilent</td>
			<td style="width:163px;">G1310B&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">TCC, 1290 Series</td>
			<td style="width:167px;">Agilent</td>
			<td style="width:163px;">G1316C&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">Sampler, 1290 Series</td>
			<td style="width:167px;">Agilent</td>
			<td style="width:163px;">G4226A&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">Thermostat, 1290 Series</td>
			<td style="width:167px;">Agilent</td>
			<td style="width:163px;">G1330B&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Name</td>
			<td style="width:167px;">Company</td>
			<td style="width:163px;">Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:363px;">Chemical</td>
			<td style="width:167px;"></td>
			<td style="width:163px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">Tryptic Soy Broth</td>
			<td style="width:167px;">Becton Dickinson</td>
			<td style="width:163px;">211825</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">Difco Agar, Granulated</td>
			<td style="width:167px;">Becton Dickinson</td>
			<td style="width:163px;">214530</td>
			<td>Solid media contains 1.5% [w/v] agar</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">Phosphate-buffered saline (pH 7.4) 10X</td>
			<td style="width:167px;">Ambion</td>
			<td style="width:163px;">AM9624</td>
			<td>Dilute fresh to 1X with ultra-pure water</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">Acetonitrile</td>
			<td style="width:167px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:163px;">A955-500</td>
			<td>Optima LC-MS</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">Methanol</td>
			<td style="width:167px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:163px;">A456-500</td>
			<td>Optima LC-MS; toxic</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">Formic Acid</td>
			<td style="width:167px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:163px;">94318</td>
			<td>For mass spectrometry, 98%</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Name</td>
			<td style="width:167px;">Company</td>
			<td style="width:163px;">Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:363px;">Software</td>
			<td style="width:167px;"></td>
			<td style="width:163px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:363px;">MassHunter</td>
			<td style="width:167px;">Agilent</td>
			<td style="width:163px;">G3337AA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:363px;">Bacterial Strain</td>
			<td style="width:167px;">Species</td>
			<td style="width:163px;">Strain</td>
			<td>Genotype</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;width:363px;">SRB 337</td>
			<td style="width:167px;">Staphylococcus aureus</td>
			<td style="width:163px;">USA200 MSSA UAMS-1</td>
			<td>wild type</td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:363px;">SRB 372</td>
			<td style="width:167px;">Staphylococcus aureus</td>
			<td style="width:163px;">USA200 MSSA UAMS-1</td>
			<td>&#916;codY::erm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:933px;">aChemicals and materials listed are specific to the method described and do not include standard laboratory chemicals or supplies.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a tandem liquid chromatography&#8211;mass spectrometry-based approach for metabolite analysis of staphylococcus aureus

बैक्टीरियल रोगज़नक़ों विफल करने के प्रयास में, होस्ट अक्सर संक्रमण के स्थल पर पोषक तत्वों की उपलब्धता की सीमा। यह सीमा कुंजी चयापचयों जो करने के लिए नियामक कारकों का जवाब, सेलुलर चयापचय को एडजस्ट करने की प्रचुरता बदल सकते हैं। हाल के वर्षों में, प्रोटीन और शाही सेना के एक नंबर डाह जीन अभिव्यक्ति के महत्वपूर्ण नियामक के रूप में उभरा है। उदाहरण के लिए, कोड़ी प्रोटीन branched श्रृंखला एमिनो एसिड और जीटीपी के स्तर का जवाब और व्यापक रूप से कम जी + सी ग्राम पॉजिटिव बैक्टीरिया में संरक्षित है। स्ताफ्य्लोकोच्चुस में एक वैश्विक नियामक के रूप में, कोड़ी डाह और चयापचय जीन के दर्जनों की अभिव्यक्ति को नियंत्रित करता है। हम परिकल्पना एस ऑरियस कोड़ी, भाग में, पोषक तत्वों से सीमित की स्थिति संभावित मेजबान वातावरण में सामना करना पड़ा के लिए अनुकूल करने के प्रयास में अपने चयापचय राज्य में परिवर्तन करने का उपयोग करता है। यह पांडुलिपि एस ऑरियस से निकालने और विश्लेषण चयापचयों बड़े पैमाने पर कल्पना के साथ मिलकर तरल क्रोमैटोग्राफी का उपयोग कर के लिए एक विधि का वर्णन करता हैtrometry, एक प्रोटोकॉल है जो इस परिकल्पना का परीक्षण करने के लिए विकसित किया गया था। विधि को भी सर्वोत्तम प्रथाओं, इस तरह के निरंतर chemostat संस्कृतियों के उपयोग के बिना जैविक स्थिर राज्य और निरंतर वातन को बनाए रखने के रूप में है कि कठोरता और reproducibility सुनिश्चित होगा पर प्रकाश डाला गया। USA200 मेथिसिल्लिन अतिसंवेदनशील एस ऑरियस के सापेक्ष अलग UAMS -1 माता पिता का तनाव, isogenic कोड़ी उत्परिवर्ती aspartate (जैसे, threonine और isoleucine) से व्युत्पन्न एमिनो एसिड में उल्लेखनीय वृद्धि का प्रदर्शन किया और उनके पूर्ववर्ती में कम हो जाती है (जैसे, aspartate और हे -acetylhomoserine )। इन निष्कर्षों को शाही सेना seq विश्लेषण के साथ प्राप्त ट्रांस्क्रिप्शनल डेटा साथ मेल: कोड़ी अशक्त उत्परिवर्ती में 10 और 800 गुना के बीच विनियमित इन रास्ते में जीन थे। transcriptome और metabolome के वैश्विक विश्लेषण युग्मन प्रकट कर सकते हैं कि कैसे बैक्टीरिया अपने चयापचय में परिवर्तन जब पर्यावरण या पोषण तनाव के साथ सामना करना पड़ा, Phys में संभावित अंतर्दृष्टि प्रदानपोषक तत्व रिक्तीकरण के साथ जुड़े iological परिवर्तन संक्रमण के दौरान का अनुभव किया। इस तरह की खोजों उपन्यास विरोधी infectives और चिकित्सा विज्ञान के विकास के लिए मार्ग प्रशस्त कर सकते हैं।

हम एक अमीर, जटिल माध्यम में इन विट्रो विकास के दौरान एस ऑरियस में intracellular मेटाबोलाइट पूल विश्लेषण किया है। सिद्धांत के प्रमाण के रूप में, हम तुलना मेथिसिल्लिन अतिसंवेदनशील एस ऑरियस</em...

Watch this Scientific Journal Video about A Tandem Liquid ChromatographyÃ¢â‚¬â€œMass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus at JoVE.com

A Tandem Liquid ChromatographyÃƒÆ’Ã‚Â¢ÃƒÂ¢Ã¢â‚¬Å¡Ã‚Â¬ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã…â€œMass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

यहाँ हम तरल क्रोमैटोग्राफी और मास स्पेक्ट्रोमेट्री के माध्यम से स्ताफ्य्लोकोच्चुस और उनके बाद विश्लेषण से चयापचयों की निकासी के लिए एक प्रोटोकॉल का वर्णन।

की Metabolite विश्लेषण के लिए एक अग्रानुक्रम तरल क्रोमैटोग्राफी मास स्पेक्ट्रोमेट्री आधारित दृष्टिकोण<em&gt; स्ताफ्य्लोकोच्चुस</em

In an effort to thwart bacterial pathogens, hosts often limit the availability of nutrients at the site of infection. This limitation can alter the ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

A Tandem Liquid Chromatography&#8211;Mass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

A Facile and Efficient Approach for the Production of Reversible Disulfide Cross-linked Micelles

प्रतिवर्ती Disulfide क्रॉस से जुड़े micelles के उत्पादन के लिए एक सतही और कुशल दृष्टिकोण

Nanomedicine is an emerging form of therapy that harnesses the unique properties of particles that are nanometers in scale for biomedical application. ...

A G-quadruplex DNA-affinity Approach for Purification of Enzymatically Active G4 Resolvase1

Enzymatically सक्रिय जी -4 Resolvase1 की शुद्धि के लिए एक जी quadruplex डीएनए आत्मीयता दृष्टिकोण

Higher-order nucleic acid structures called G-quadruplexes (G4s, G4 structures) can form in guanine-rich regions of both DNA and RNA and are highly ...

Sample Preparation for Mass Spectrometry-based Identification of RNA-binding Regions

आरएनए-बाइंडिंग क्षेत्रों की सामूहिक स्पेक्ट्रोमेट्री-आधारित पहचान के लिए नमूना तैयारी

Noncoding RNAs play important roles in several nuclear processes, including regulating gene expression, chromatin structure, and DNA repair. In most ...

2 in 1: One-step Affinity Purification for the Parallel Analysis of Protein-Protein and Protein-Metabolite Complexes

2 में 1: प्रोटीन और प्रोटीन-Metabolite परिसरों के समानांतर विश्लेषण के लिए एक कदम संबध शुद्धि

Cellular processes are regulated by interactions between biological molecules such as proteins, metabolites, and nucleic acids. While the investigation of ...

Identification of Novel CK2 Kinase Substrates Using a Versatile Biochemical Approach

उपंयास की पहचान CK2 kinase एक बहुमुखी जैव रासायनिक दृष्टिकोण का उपयोग substrates

The study of kinase-substrate relationships is essential to gain a complete understanding of the functions of these enzymes and their downstream targets ...

Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data

माइक्रोबायल प्रोटीन और विशेष मेटाबोलाइट डेटा के विश्लेषण के लिए ओपन-स्रोत MALDI TOF-MS IDBac पाइपलाइन का उपयोग करना

In order to visualize the relationship between bacterial phylogeny and specialized metabolite production of bacterial colonies growing on nutrient agar, ...

A Customizable Approach for the Enzymatic Production and Purification of Diterpenoid Natural Products

एंजाइमी उत्पादन और Diterpenoid प्राकृतिक उत्पादों के शोधन के लिए एक अनुकूलन दृष्टिकोण

Diterpenoids form a diverse class of small molecule natural products that are widely distributed across the kingdoms of life and have critical biological ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

सचारोमाइसेस सेरेविसी के सेलुलर लिपिडोम का मात्रात्मक विश्लेषण टैंडेम मास स्पेक्ट्रोमेट्री के साथ मिलकर तरल क्रोमेटोग्राफी का उपयोग करके

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...

Untargeted Liquid Chromatography-Mass Spectrometry-Based Metabolomics Analysis of Wheat Grain

गेहूं के अनाज का अलक्षित तरल क्रोमेटोग्राफी-मास स्पेक्ट्रोमेट्री-आधारित मेटापोलोमिक्स विश्लेषण

Understanding the interactions between genes, the environment and management in agricultural practice could allow more accurate prediction and management ...

Single Cell Analysis Of Transcriptionally Active Alleles By Single Molecule FISH

एकल अणु मछली द्वारा ट्रांसक्रिप्शनल एक्टिव एलील्स का एकल सेल विश्लेषण

Gene transcription is an essential process in cell biology, and allows cells to interpret and respond to internal and external cues. Traditional bulk ...