Name: analysis of the c-kit ligand promoter using chromatin immunoprecipitation
Uploaded: 2017-06-27T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analysis of the c-KIT Ligand Promoter Using Chromatin Immunoprecipitation at JoVE.com

Dette arbeidet ble støttet av University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, TX (oppstartsfond, BB).

1. Fremstilling av løsninger <ol><li> Forbered følgende løsninger friske for hvert eksperiment. <ol><li> For fikseringsløsningen , lag 37% formaldehyd og lagre den ved RT. Fortynn den i 1x fosfatbuffert saltvann (PBS) til en sluttkonsentrasjon på 1,42%. FORSIKTIG: Formaldehyd er klassifisert som irriterende, etsende, mutagent, teratogent og kreftfremkallende. Ikke svelg. Unngå innånding av gass / røyk / damp / spray. Ved utilstrekkelig ventilasjon, bruk egnet åndedrett...

<ol>
	<li>Brenowitz, M., Senear, D. F., Shea, M. A., Ackers, G. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+DNase+footprint+titration:+a+method+for+studying+protein-DNA+interactions.">Quantitative DNase footprint titration: a method for studying protein-DNA interactions.</a> Methods Enzymol. 130, 132-181 (1986).</li><li>Garner, M. M., Revzin, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+gel+electrophoresis+method+for+quantifying+the+binding+of+proteins+to+specific+DNA+regions:+application+to+components+of+the+Escherichia+coli+lactose+operon+regulatory+system.">A gel electrophoresis method for quantifying the binding of proteins to specific DNA regions: application to components of the Escherichia coli lactose operon regulatory system.</a> Nucleic Acids Res. 9 (13), 3047-3060 (1981).</li><li>Gilmour, D. S., Lis, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detecting+protein-DNA+interactions+in+vivo:+distribution+of+RNA+polymerase+on+specific+bacterial+genes.">Detecting protein-DNA interactions in vivo: distribution of RNA polymerase on specific bacterial genes.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 81 (14), 4275-4279 (1984).</li><li>Gilmour, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lis+J.T.+In+vivo+interactions+of+RNA+polymerase+II+with+genes+of+Drosophila+melanogaster.">Lis J.T. In vivo interactions of RNA polymerase II with genes of Drosophila melanogaster.</a> Mol Cell Biol. 5 (8), 2009-2018 (1985).</li><li>Mundade, R., Ozer, H. G., Wei, H., Prabhu, L., Lu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+ChIP-seq+in+the+discovery+of+transcription+factor+binding+sites,+differential+gene+regulation+mechanism,+epigenetic+marks+and+beyond.">Role of ChIP-seq in the discovery of transcription factor binding sites, differential gene regulation mechanism, epigenetic marks and beyond.</a> Cell Cycle. 13 (18), 2847-2852 (2014).</li><li>Mukhopadhyay, A., Deplancke, B., Walhout, A. J., Tissenbaum, H. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+immunoprecipitation+(ChIP)+coupled+to+detection+by+quantitative+real-time+PCR+to+study+transcription+factor+binding+to+DNA+in+Caenorhabditis+elegans.">Chromatin immunoprecipitation (ChIP) coupled to detection by quantitative real-time PCR to study transcription factor binding to DNA in Caenorhabditis elegans.</a> Nat Protoc. 3 (4), 698-709 (2008).</li><li>Weinmann, A. S., Bartley, S. M., Zhang, T., Zhang, M. Q., Farnham, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+chromatin+immunoprecipitation+to+clone+novel+E2F+target+promoters.">Use of chromatin immunoprecipitation to clone novel E2F target promoters.</a> Mol Cell Biol. 21 (20), 6820-6832 (2001).</li><li>Weinmann, A. S., Farnham, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+unknown+target+genes+of+human+transcription+factors+using+chromatin+immunoprecipitation.">Identification of unknown target genes of human transcription factors using chromatin immunoprecipitation.</a> Methods. 26 (1), 37-47 (2002).</li><li>Weinmann, A. S., Yan, P. S., Oberley, M. J., Huang, T. H., Farnham, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolating+human+transcription+factor+targets+by+coupling+chromatin+immunoprecipitation+and+CpG+island+microarray+analysis.">Isolating human transcription factor targets by coupling chromatin immunoprecipitation and CpG island microarray analysis.</a> GenesDev. 16 (2), 235-244 (2002).</li><li>Massague, J., Seoane, J., Wotton, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Smad+transcription+factors.">Smad transcription factors.</a> Genes Dev. 19 (23), 2783-2810 (2005).</li><li>Rojas, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Positive+TGF-beta/c-KIT+Feedback+Loop+Drives+Tumor+Progression+in+Advanced+Primary+Liver+Cancer.">A Positive TGF-beta/c-KIT Feedback Loop Drives Tumor Progression in Advanced Primary Liver Cancer.</a> Neoplasia. 18 (6), 371-386 (2016).</li><li>Sambrook, J., Russell, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Purification+of+nucleic+acids+by+extraction+with+phenol:chloroform.">Purification of nucleic acids by extraction with phenol:chloroform.</a> CSH Protoc. 2006 (1), (2006).</li><li>Dennler, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+binding+of+Smad3+and+Smad4+to+critical+TGF+beta-inducible+elements+in+the+promoter+of+human+plasminogen+activator+inhibitor-type+1+gene.">Direct binding of Smad3 and Smad4 to critical TGF beta-inducible elements in the promoter of human plasminogen activator inhibitor-type 1 gene.</a> EMBO J. 17 (11), 3091-3100 (1998).</li><li>Shi, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Crystal+structure+of+a+Smad+MH1+domain+bound+to+DNA:+insights+on+DNA+binding+in+TGF-beta+signaling.">Crystal structure of a Smad MH1 domain bound to DNA: insights on DNA binding in TGF-beta signaling.</a> Cell. 94 (5), 585-594 (1998).</li><li>Seidel, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spacing+of+palindromic+half+sites+as+a+determinant+of+selective+STAT+(signal+transducers+and+activators+of+transcription)+DNA+binding+and+transcriptional+activity.">Spacing of palindromic half sites as a determinant of selective STAT (signal transducers and activators of transcription) DNA binding and transcriptional activity.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 92 (7), 3041-3045 (1995).</li><li>Nelson, J. D., Denisenko, O., Bomsztyk, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protocol+for+the+fast+chromatin+immunoprecipitation+(ChIP)+method.">Protocol for the fast chromatin immunoprecipitation (ChIP) method.</a> Nat Protoc. 1 (1), 179-185 (2006).</li><li>Tian, B., Yang, J., Brasier, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two-step+cross-linking+for+analysis+of+protein-chromatin+interactions.">Two-step cross-linking for analysis of protein-chromatin interactions.</a> Methods Mol Biol. 809, 105-120 (2012).</li><li>O'Neill, L. P., Turner, B. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunoprecipitation+of+native+chromatin:+NChIP.">Immunoprecipitation of native chromatin: NChIP.</a> Methods. 31 (1), 76-82 (2003).</li><li>Horz, W., Altenburger, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequence+specific+cleavage+of+DNA+by+micrococcal+nuclease.">Sequence specific cleavage of DNA by micrococcal nuclease.</a> Nucleic Acids Res. 9 (12), 2643-2658 (1981).</li><li>Chung, H. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effect+of+micrococcal+nuclease+digestion+on+nucleosome+positioning+data.">The effect of micrococcal nuclease digestion on nucleosome positioning data.</a> PLoS One. 5 (12), 15754 (2010).</li></ol>

I denne rapporten demonstrerer vi TGF-β1-indusert binding av SMAD2 til en SBE i c-KIT ligandpromotoren og TGF-β1-indusert binding av STAT3 til sin gjenkjenningssekvens i TGF-β1-ligandgenet. Vi demonstrerer cytokininducert binding av begge transkripsjonsfaktorer ved anvendelse av kromatinimmunutfelling. Kromatinimmunutfelling er et kraftig verktøy for å demonstrere direkte binding av et protein av interesse for DNA, for å karakterisere stimuli som induserer proteinbinding til DNA, og fo...

I kjernen av eukaryoter, interagerer DNA med histonproteiner og ikke-histone proteiner og kondenseres til kromatin. I den fysiologiske, patofysiologiske og cellebiologiske konteksten styres cellefunksjoner romlig og midlertidig av kromatinkoordinert genuttrykk. DNA-protein-interaksjoner har en viktig rolle i reguleringen av cellulære prosesser, slik som DNA-replikasjon, rekombination og reparasjon, samt proteinuttrykk. Derfor er analysen av DNA-protein-interaksjoner et uunnværlig verktøy i evalueringen av genuttrykk og cellefunksjon. Det finnes flere teknikker for å bedømme DNA-protein-interaksjoner in vitro , slik som elektroforese (gel) Mobility Shift Assay (EMSA) og DNase I fotavtrykk 1 , 2 . Imidlertid analyserer disse teknikkene ikke protein-DNA-interaksjonen innen kromatin og cellulær kontekst. ChIP jegEn teknikk som fanger proteiner bundet til deres spesifikke DNA-bindingssteder og derved letter identifikasjonen av DNA-protein-interaksjoner innenfor kromatinkonteksten. Teknikken ble opprinnelig utviklet av Gimour og Lis for vurdering av RNA-polymerase II-binding til bestemte gener i Escherichia coli og Drosophila melanogaster 3 , 4 . Det gjøres ved fiksering av DNA-proteinkompleksene, etterfulgt av utførelse av kromatinekstraksjon og skjæring av DNA i ~ 200 basepar (bp) -fragmenter. Deretter isoleres det DNA-bundne protein av interesse ved immunutfelling. Etter reversering av DNA-protein-tverrbindingen, blir DNAet renset og analysert. Flere metoder kan anvendes for analysen av proteinbindingssteder og avhenger av nukleinsyresekvensen av proteinbindingsstedet i målgenet 5 . I tilfeller hvor DNA-sekvensen er kjent, er standard PolYmerase Chain Reactions (PCR) kan påføres ved bruk av spesifikke primerpar flankering av det kjente bindingssted. Kvantitativ sanntids-PCR (qRT-PCR) kan også brukes 6 . I tilfeller der sekvensen er ukjent, kan ChIP kombineres med DNA-mikroarrays (ChIP-on-chip), DNA-sekvensering (ChIP-seq) eller kloningsteknikker 7 , 8 , 9 . TGF-β-banen har kraftige svulstundertrykkende funksjoner og er en nøkkelvei i celledifferensiering. Det aktiveres gjennom bindingen av TGF-β1-liganden til dets kognitive reseptorkompleks, hvilket resulterer i serin-fosforylering av SMAD2 / 3-transkripsjonsfaktorer. Etter deres tilknytning til den felles mediatoren, SMAD4, translateres SMAD-komplekset til kjernen og binder seg til SBE innenfor promoterregionen av målgenene, der det regulerer gener som kontrollerer cellecyklusen, apoptosen og celledifferensenpå. Transkripsjonssvaret mot TGF-p-stimulering er celletype- og konteksspesifikke 10 . Nylig beskrev vi en positiv tilbakemeldingsløyfe mellom TGF-p og c-KIT-banen 11 . I denne modellen binder TGF-β1-aktivert SMAD2 til c-KIT ligandpromotoren og fremkaller dens ekspresjon og sekresjon. Deretter aktiverer c-KIT-liganden c-KIT-reseptoren på en auto- og para-krinisk måte. C-KIT reseptor aktivering resulterer i STAT3 Tyr 705- fosforylering via JAK1 / 2. Etter STAT3-aktivering og nukleær translokasjon binder STAT3 til TGF-P1 ligandgenet og regulerer dets ekspresjon. Her demonstrerer vi den viktige rollen som ChIP-analyse for identifisering av SMAD2-binding til c-KIT-reseptorligandpromotoren og for identifisering av signaltransducer (og) aktivatoren (av) transkripsjon 3 (STAT3-binding til TGF-P1- -genet).

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="907">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">HepG2 cells</td>
			<td style="width:193px;">ATCC</td>
			<td style="width:119px;">HB-8065</td>
			<td style="width:339px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">Hep3B cells</td>
			<td style="width:193px;">ATCC</td>
			<td>HB-8064</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">TGF-&#946;1</td>
			<td>R&#38;D Systems</td>
			<td>101-B1</td>
			<td>Used at a concentration of 10 ng/ml</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">Anti-SMAD2 antibody</td>
			<td style="width:193px;">Cell Signalling Technology</td>
			<td style="width:119px;">5339</td>
			<td>Amount used per IP: 3 &#181;g</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">Anti-STAT3 antibody</td>
			<td style="width:193px;">Cell Signalling Technology</td>
			<td style="width:119px;">4904</td>
			<td>Amount used per IP: 3 &#181;g</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">ChIP-IT Protein G Magnetic Beads</td>
			<td style="width:193px;">Active Motif</td>
			<td style="width:119px;">53033</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">Protease Inhibitor Cocktail</td>
			<td style="width:193px;">Active Motif</td>
			<td style="width:119px;">37490</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">Micrococcal Nuclease</td>
			<td style="width:193px;">Cell Signalling Technology</td>
			<td style="width:119px;">10011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">PCR forward primer: PAI-1</td>
			<td style="width:193px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence: 5&#8217;-GGAAGAGGATAAAGGACAAGCTG-3&#8217;</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">PCR reverse primer: PAI-1</td>
			<td style="width:193px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence: 5&#8217;-TGCAGCCAGCCACGTGATTGTC-3&#8217;</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">PCR forward primer: SCF</td>
			<td style="width:193px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence: 5&#8217;-CACTGATGTTAATGTTCAGC-3&#8217;&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">PCR reverse primer: SCF</td>
			<td style="width:193px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence: 5&#8217;-GCTCTAATTTAAACCTGGAGC-3&#8217;</td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:256px;">PCR forward primer: TGF-&#946;1 (STB-1)</td>
			<td style="width:193px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence: 5&#8217;-GAGAGAGACGTGAGTGGCATGTT-3&#8217;&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:256px;">PCR reverse primer: TGF-&#946;1 (STB-1)</td>
			<td style="width:193px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence: 5&#8217;-TAGCTTTCTCTGCCTTGGTCTCCCC-3&#8217;&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:256px;">PCR forward primer: TGF-&#946;1 (STB-2)</td>
			<td style="width:193px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence: 5&#8217;-GTACTGGGGGAGGAGCGGCATC-3&#8217;&#160;&#160;&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:256px;">PCR reverse primer: TGF-&#946;1 (STB-2)</td>
			<td style="width:193px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence: 5&#8217;-TGCCACTGTCTGGAGAGAGGTGTGTC-3&#8217;&#160;&#160;</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

analysis of the c-kit ligand promoter using chromatin immunoprecipitation

Flere cellulære prosesser, inkludert DNA-replikasjon og reparasjon, DNA-rekombination og genuttrykk, krever interaksjoner mellom proteiner og DNA. Derfor regulerer DNA-protein-interaksjoner flere fysiologiske, patofysiologiske og biologiske funksjoner, slik som celledifferensiering, celleproliferasjon, cellecykluskontroll, kromosomstabilitet, epigenetisk genregulering og celletransformasjon. I eukaryote celler interagerer DNA med histon- og nonhistonproteiner og kondenseres til kromatin. Flere tekniske verktøy kan brukes til å analysere DNA-protein-interaksjoner, for eksempel elektrofotografering (gel) Mobility Shift Assay (EMSA) og DNase I fotavtrykk. Imidlertid analyserer disse teknikkene protein-DNA-interaksjonen in vitro , ikke innenfor den cellulære konteksten. Kromatinimmunutfelling (ChIP) er en teknikk som fanger proteiner på sine spesifikke DNA-bindingssteder, hvorved det blir mulig å identifisere DNA-proteininteraksjonS innenfor deres kromatinkontekst. Det gjøres ved fiksering av DNA-protein-interaksjonen, etterfulgt av immunutfelling av proteinet av interesse. Deretter ble det genomiske området som proteinet ble bundet til karakterisert. Her beskriver og diskuterer vi ChIP og demonstrerer dets analytiske verdi for identifisering av transformasjonsvekstfaktor-p (TGF-p) -inducert binding av transkripsjonsfaktoren SMAD2 til SMAD-bindingselementer (SBE) innenfor promotorregionen av tyrosin- Protein kinase Kit (c-KIT) reseptor ligand stamcellefaktor (SCF).

Bindingen av TGF-P1-liganden til dets kognitive reseptorkompleks resulterer i serin-fosforylering av SMAD2 / 3 transkripsjonsfaktorer, etterfulgt av deres tilknytning til den felles mediator, SMAD4. SMAD-komplekset translokerer til kjernen. TGF-p kan regulere gentranskripsjon, enten direkte via SMAD-binding til SBE&#39;er innenfor regulatoriske regioner av målgenene, eller indirekte gjennom SMAD-regulert ekspresjon av transkriptionelle aktivatorer eller repressorer som deretter regulere...

Watch this Scientific Journal Video about Analysis of the c-KIT Ligand Promoter Using Chromatin Immunoprecipitation at JoVE.com

Analysis of the c-KIT Ligand Promoter Using Chromatin Immunoprecipitation

DNA-protein-interaksjoner er essensielle for flere biologiske prosesser. Under evalueringen av cellefunksjoner er analysen av DNA-protein-interaksjoner uunnværlig for forståelse av genregulering. Kromatinimmunutfelling (ChIP) er et kraftig verktøy for å analysere slike interaksjoner in vivo.

Analyse av c-KIT ligand-promotoren ved bruk av kromatinimmunutfelling

Multiple cellular processes, including DNA replication and repair, DNA recombination, and gene expression, require interactions between proteins and DNA. ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Sequential Salt Extractions for the Analysis of Bulk Chromatin Binding Properties of Chromatin Modifying Complexes

Sekvensiell Salt utdrag for analyse av Bulk Chromatin bindende egenskaper Chromatin endre komplekser

Elucidation of the binding properties of chromatin-targeting proteins can be very challenging due to the complex nature of chromatin and the heterogeneous ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) in Mouse T-cell Lines

Chromatin Immunoprecipitation ChIP in Mouse T-cell Lines

Kromatinimmunpresipitasjon (ChIP) i mus-T-cellelinjer

Signaling pathways regulate gene expression programs via the modulation of the chromatin structure at different levels, such as by post-translational ...

Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis

Generasjon av innfødte Chromatin Immunoprecipitation sekvensering biblioteker til Nucleosome tetthet analyse

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experimental protocol compatible with a Gaussian mixture distribution ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) Protocol for Low-abundance Embryonic Samples

Chromatin Immunoprecipitation ChIP Protocol for Low-abundance Embryonic Samples

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) protokollen for lav-overflod embryonale prøver

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a widely-used technique for mapping the localization of post-translationally modified histones, histone variants, ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

Chromatin Immunoprecipitation ChIP of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) Histone endringer fra Saccharomyces cerevisiae

Histone post-translational modifications (PTMs), such as acetylation, methylation and phosphorylation, are dynamically regulated by a series of enzymes ...

Promoter Capture Hi-C: High-resolution, Genome-wide Profiling of Promoter Interactions

Promotoren fange Hei-C: Med høy oppløsning, genomet-bred profilering av arrangøren interaksjoner

The three-dimensional organization of the genome is linked to its function. For example, regulatory elements such as transcriptional enhancers control the ...

Chromatin Immunoprecipitation of Murine Brown Adipose Tissue

Chromatin Immunoprecipitation av Murine brun fettvev

Most cellular processes are regulated by transcriptional modulation of specific gene programs. Such modulation is achieved through the combined actions of ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay Using Micrococcal Nucleases in Mammalian Cells

Kromatin Immunutfelling analysen bruke Micrococcal Nukleaser i pattedyrceller

To express cellular phenotypes in organisms, living cells execute gene expression accordingly, and transcriptional programs play a central role in gene ...

Mapping Alzheimer's Disease Variants to Their Target Genes Using Computational Analysis of Chromatin Configuration

Kartlegging Alzheimers sykdom varianter til deres mål gener bruke beregningsorientert analyse av Kromatin Configuration

Genome-wide association studies (GWAS) have successfully identified hundreds of genomic loci that are associated with human traits and disease. However, ...

Discovering CsgD Regulatory Targets in Salmonella Biofilm Using Chromatin Immunoprecipitation and High-Throughput Sequencing (ChIP-seq)

Discovering CsgD Regulatory Targets in Salmonella Biofilm Using Chromatin Immunoprecipitation and High-Throughput Sequencing ChIP-seq

Oppdagelse CsgD regulere mål inne Salmonella biofilm benytter kromatin Immunutfelling og høy-produksjon sekvensering (flis-SEQ)

Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq) is a technique that can be used to discover the regulatory targets of transcription ...