Name: analysis of the c-kit ligand promoter using chromatin immunoprecipitation
Uploaded: 2017-06-27T15:00:00
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Este trabajo fue apoyado por la Universidad de Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, TX (fondos de inicio, BB).

1. Preparación de Soluciones <ol><li> Prepare las siguientes soluciones frescas para cada experimento. <ol><li> Para la solución de fijación , se prepara 37% formaldehído y se almacena a temperatura ambiente. Diluir en solución salina tamponada con fosfato 1x (PBS) hasta una concentración final de 1,42%. PRECAUCIÓN: El formaldehído se clasifica como irritante, corrosivo, mutagénico, teratogénico y carcinógeno. No ingerir. No respirar los gases / humos / vapores / aer...

<ol>
	<li>Brenowitz, M., Senear, D. F., Shea, M. A., Ackers, G. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+DNase+footprint+titration:+a+method+for+studying+protein-DNA+interactions.">Quantitative DNase footprint titration: a method for studying protein-DNA interactions.</a> Methods Enzymol. 130, 132-181 (1986).</li><li>Garner, M. M., Revzin, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+gel+electrophoresis+method+for+quantifying+the+binding+of+proteins+to+specific+DNA+regions:+application+to+components+of+the+Escherichia+coli+lactose+operon+regulatory+system.">A gel electrophoresis method for quantifying the binding of proteins to specific DNA regions: application to components of the Escherichia coli lactose operon regulatory system.</a> Nucleic Acids Res. 9 (13), 3047-3060 (1981).</li><li>Gilmour, D. S., Lis, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detecting+protein-DNA+interactions+in+vivo:+distribution+of+RNA+polymerase+on+specific+bacterial+genes.">Detecting protein-DNA interactions in vivo: distribution of RNA polymerase on specific bacterial genes.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 81 (14), 4275-4279 (1984).</li><li>Gilmour, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lis+J.T.+In+vivo+interactions+of+RNA+polymerase+II+with+genes+of+Drosophila+melanogaster.">Lis J.T. In vivo interactions of RNA polymerase II with genes of Drosophila melanogaster.</a> Mol Cell Biol. 5 (8), 2009-2018 (1985).</li><li>Mundade, R., Ozer, H. G., Wei, H., Prabhu, L., Lu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+ChIP-seq+in+the+discovery+of+transcription+factor+binding+sites,+differential+gene+regulation+mechanism,+epigenetic+marks+and+beyond.">Role of ChIP-seq in the discovery of transcription factor binding sites, differential gene regulation mechanism, epigenetic marks and beyond.</a> Cell Cycle. 13 (18), 2847-2852 (2014).</li><li>Mukhopadhyay, A., Deplancke, B., Walhout, A. J., Tissenbaum, H. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+immunoprecipitation+(ChIP)+coupled+to+detection+by+quantitative+real-time+PCR+to+study+transcription+factor+binding+to+DNA+in+Caenorhabditis+elegans.">Chromatin immunoprecipitation (ChIP) coupled to detection by quantitative real-time PCR to study transcription factor binding to DNA in Caenorhabditis elegans.</a> Nat Protoc. 3 (4), 698-709 (2008).</li><li>Weinmann, A. S., Bartley, S. M., Zhang, T., Zhang, M. Q., Farnham, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+chromatin+immunoprecipitation+to+clone+novel+E2F+target+promoters.">Use of chromatin immunoprecipitation to clone novel E2F target promoters.</a> Mol Cell Biol. 21 (20), 6820-6832 (2001).</li><li>Weinmann, A. S., Farnham, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+unknown+target+genes+of+human+transcription+factors+using+chromatin+immunoprecipitation.">Identification of unknown target genes of human transcription factors using chromatin immunoprecipitation.</a> Methods. 26 (1), 37-47 (2002).</li><li>Weinmann, A. S., Yan, P. S., Oberley, M. J., Huang, T. H., Farnham, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolating+human+transcription+factor+targets+by+coupling+chromatin+immunoprecipitation+and+CpG+island+microarray+analysis.">Isolating human transcription factor targets by coupling chromatin immunoprecipitation and CpG island microarray analysis.</a> GenesDev. 16 (2), 235-244 (2002).</li><li>Massague, J., Seoane, J., Wotton, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Smad+transcription+factors.">Smad transcription factors.</a> Genes Dev. 19 (23), 2783-2810 (2005).</li><li>Rojas, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Positive+TGF-beta/c-KIT+Feedback+Loop+Drives+Tumor+Progression+in+Advanced+Primary+Liver+Cancer.">A Positive TGF-beta/c-KIT Feedback Loop Drives Tumor Progression in Advanced Primary Liver Cancer.</a> Neoplasia. 18 (6), 371-386 (2016).</li><li>Sambrook, J., Russell, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Purification+of+nucleic+acids+by+extraction+with+phenol:chloroform.">Purification of nucleic acids by extraction with phenol:chloroform.</a> CSH Protoc. 2006 (1), (2006).</li><li>Dennler, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+binding+of+Smad3+and+Smad4+to+critical+TGF+beta-inducible+elements+in+the+promoter+of+human+plasminogen+activator+inhibitor-type+1+gene.">Direct binding of Smad3 and Smad4 to critical TGF beta-inducible elements in the promoter of human plasminogen activator inhibitor-type 1 gene.</a> EMBO J. 17 (11), 3091-3100 (1998).</li><li>Shi, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Crystal+structure+of+a+Smad+MH1+domain+bound+to+DNA:+insights+on+DNA+binding+in+TGF-beta+signaling.">Crystal structure of a Smad MH1 domain bound to DNA: insights on DNA binding in TGF-beta signaling.</a> Cell. 94 (5), 585-594 (1998).</li><li>Seidel, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spacing+of+palindromic+half+sites+as+a+determinant+of+selective+STAT+(signal+transducers+and+activators+of+transcription)+DNA+binding+and+transcriptional+activity.">Spacing of palindromic half sites as a determinant of selective STAT (signal transducers and activators of transcription) DNA binding and transcriptional activity.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 92 (7), 3041-3045 (1995).</li><li>Nelson, J. D., Denisenko, O., Bomsztyk, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protocol+for+the+fast+chromatin+immunoprecipitation+(ChIP)+method.">Protocol for the fast chromatin immunoprecipitation (ChIP) method.</a> Nat Protoc. 1 (1), 179-185 (2006).</li><li>Tian, B., Yang, J., Brasier, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two-step+cross-linking+for+analysis+of+protein-chromatin+interactions.">Two-step cross-linking for analysis of protein-chromatin interactions.</a> Methods Mol Biol. 809, 105-120 (2012).</li><li>O'Neill, L. P., Turner, B. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunoprecipitation+of+native+chromatin:+NChIP.">Immunoprecipitation of native chromatin: NChIP.</a> Methods. 31 (1), 76-82 (2003).</li><li>Horz, W., Altenburger, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequence+specific+cleavage+of+DNA+by+micrococcal+nuclease.">Sequence specific cleavage of DNA by micrococcal nuclease.</a> Nucleic Acids Res. 9 (12), 2643-2658 (1981).</li><li>Chung, H. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effect+of+micrococcal+nuclease+digestion+on+nucleosome+positioning+data.">The effect of micrococcal nuclease digestion on nucleosome positioning data.</a> PLoS One. 5 (12), 15754 (2010).</li></ol>

En este informe, demostramos la unión inducida por TGF-β1 de SMAD2 a un SBE dentro del promotor del ligando c-KIT y la unión inducida por TGF-β1 de STAT3 a su secuencia de reconocimiento dentro del gen del ligando TGF-β1. Demostramos citoquina inducida por la unión de ambos factores de transcripción utilizando cromatina immunoprecipitation. La inmunoprecipitación de cromatina es una poderosa herramienta para demostrar la unión directa de una proteína de interés al ADN, para caract...

En el núcleo de eucariotas, el ADN interactúa con las proteínas histonas y las proteínas nonhistone y se condensa en cromatina. En el contexto fisiológico, fisiopatológico y de biología celular, las funciones celulares se controlan espacial y temporalmente mediante la expresión de genes coordinados con la cromatina. Las interacciones ADN-proteína tienen un papel esencial en la regulación de los procesos celulares, como la replicación, recombinación y reparación del ADN, así como la expresión de proteínas. Por lo tanto, el análisis de las interacciones ADN-proteína es una herramienta indispensable en la evaluación de la expresión génica y la función celular. Existen varias técnicas para evaluar las interacciones ADN-proteína in vitro , tales como el Electrophoresis (gel) Mobility Shift Assay (EMSA) y DNase I footprinting 1 , 2 . Sin embargo, estas técnicas no analizan la interacción proteína-ADN dentro de la cromatina y el contexto celular. ChIP iSa que captura proteínas unidas a sus sitios de unión de ADN específicos y facilita de este modo la identificación de interacciones ADN-proteína dentro del contexto de la cromatina. La técnica fue desarrollada originalmente por Gimour y Lis para la evaluación de ARN polimerasa II vinculante a genes específicos en Escherichia coli y Drosophila melanogaster [ 3 , 4] . Se realiza mediante la fijación de los complejos de ADN-proteína, seguido de la extracción de cromatina y cizallamiento del ADN en fragmentos de aproximadamente 200 pares de bases (pb). Posteriormente, la proteína de interés unida al ADN se aísla por inmunoprecipitación. Después de la inversión de la reticulación ADN-proteína, el ADN se purifica y analiza. Pueden usarse varios métodos para el análisis de los sitios de unión a proteínas y dependen de la secuencia de ácido nucleico del sitio de unión a proteínas dentro del gen diana 5 . En los casos en que se conoce la secuencia de ADN, la norma PolYmerase Chain Reactions (PCR), usando pares de cebadores específicos flanqueando el sitio de unión conocido. PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR) también puede ser utilizado [ 6] . En los casos en que la secuencia es desconocida, ChIP puede combinarse con microarrays de ADN (ChIP-on-chip), secuenciación de ADN (ChIP-seq) o técnicas de clonación 7 , 8 , 9 . La vía TGF-β tiene potentes funciones supresoras de tumores y es una vía clave en la diferenciación celular. Se activa a través de la unión del ligando TGF-β1 a su complejo receptor cognato, resultando en la fosforilación serina de factores de transcripción SMAD2 / 3. Tras su asociación con el mediador común SMAD4, el complejo SMAD se trasloca al núcleo y se une al SBE dentro de la región promotora de los genes diana, donde regula los genes que controlan el ciclo celular, la apoptosis y la diferenciación celularen. La respuesta transcripcional a la estimulación de TGF-β es de tipo celular y de contexto específico [ 10] . Recientemente, se describe un lazo de retroalimentación positiva entre TGF-β y el c-KIT vía 11 . En este modelo, el SMAD2 activado por TGF-β1 se une al promotor del ligando c-KIT e induce su expresión y secreción. Posteriormente, el ligando c-KIT activa el receptor c-KIT de una manera auto- y para-crínica. C-KIT activación del receptor en STAT3 Tyr 705- fosforilación a través de JAK1 / 2. Tras la activación de STAT3 y la translocación nuclear, STAT3 se une al gen del ligando TGF-β1 y regula su expresión. Aquí, se demuestra el papel esencial del análisis de ChIP para la identificación de SMAD2 vinculante a la c-KIT receptor ligando promotor y para la identificación del transductor de señal (y) Activador (de) Transcripción 3 (STAT3 vinculante a la TGF-β1- gene).

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="907">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">HepG2 cells</td>
			<td style="width:193px;">ATCC</td>
			<td style="width:119px;">HB-8065</td>
			<td style="width:339px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">Hep3B cells</td>
			<td style="width:193px;">ATCC</td>
			<td>HB-8064</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">TGF-&#946;1</td>
			<td>R&#38;D Systems</td>
			<td>101-B1</td>
			<td>Used at a concentration of 10 ng/ml</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">Anti-SMAD2 antibody</td>
			<td style="width:193px;">Cell Signalling Technology</td>
			<td style="width:119px;">5339</td>
			<td>Amount used per IP: 3 &#181;g</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">Anti-STAT3 antibody</td>
			<td style="width:193px;">Cell Signalling Technology</td>
			<td style="width:119px;">4904</td>
			<td>Amount used per IP: 3 &#181;g</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">ChIP-IT Protein G Magnetic Beads</td>
			<td style="width:193px;">Active Motif</td>
			<td style="width:119px;">53033</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">Protease Inhibitor Cocktail</td>
			<td style="width:193px;">Active Motif</td>
			<td style="width:119px;">37490</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">Micrococcal Nuclease</td>
			<td style="width:193px;">Cell Signalling Technology</td>
			<td style="width:119px;">10011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">PCR forward primer: PAI-1</td>
			<td style="width:193px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence: 5&#8217;-GGAAGAGGATAAAGGACAAGCTG-3&#8217;</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">PCR reverse primer: PAI-1</td>
			<td style="width:193px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence: 5&#8217;-TGCAGCCAGCCACGTGATTGTC-3&#8217;</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">PCR forward primer: SCF</td>
			<td style="width:193px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence: 5&#8217;-CACTGATGTTAATGTTCAGC-3&#8217;&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:256px;">PCR reverse primer: SCF</td>
			<td style="width:193px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence: 5&#8217;-GCTCTAATTTAAACCTGGAGC-3&#8217;</td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:256px;">PCR forward primer: TGF-&#946;1 (STB-1)</td>
			<td style="width:193px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence: 5&#8217;-GAGAGAGACGTGAGTGGCATGTT-3&#8217;&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:256px;">PCR reverse primer: TGF-&#946;1 (STB-1)</td>
			<td style="width:193px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence: 5&#8217;-TAGCTTTCTCTGCCTTGGTCTCCCC-3&#8217;&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:256px;">PCR forward primer: TGF-&#946;1 (STB-2)</td>
			<td style="width:193px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence: 5&#8217;-GTACTGGGGGAGGAGCGGCATC-3&#8217;&#160;&#160;&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:256px;">PCR reverse primer: TGF-&#946;1 (STB-2)</td>
			<td style="width:193px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence: 5&#8217;-TGCCACTGTCTGGAGAGAGGTGTGTC-3&#8217;&#160;&#160;</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

analysis of the c-kit ligand promoter using chromatin immunoprecipitation

Los múltiples procesos celulares, incluyendo la replicación y reparación del ADN, la recombinación del ADN y la expresión génica, requieren interacciones entre las proteínas y el ADN. Por lo tanto, las interacciones ADN-proteína regulan múltiples funciones fisiológicas, fisiopatológicas y biológicas, tales como la diferenciación celular, la proliferación celular, el control del ciclo celular, la estabilidad cromosómica, la regulación genética epigenética y la transformación celular. En las células eucariotas, el ADN interactúa con las proteínas histonas y no histonas y se condensa en cromatina. Varias herramientas técnicas se pueden utilizar para analizar las interacciones ADN-proteína, tales como el Electrophoresis (gel) Mobility Shift Assay (EMSA) y DNase I footprinting. Sin embargo, estas técnicas analizan la interacción proteína-ADN in vitro , no dentro del contexto celular. La inmunoprecipitación de la cromatina (ChIP) es una técnica que captura las proteínas en sus sitios específicos de unión al ADN, permitiendo así la identificación de la interacción ADN-proteínaS dentro de su contexto de cromatina. Se realiza mediante fijación de la interacción ADN-proteína, seguido por inmunoprecipitación de la proteína de interés. Posteriormente, se caracteriza el sitio genómico al que estaba ligada la proteína. Aquí, describir y discutir ChIP y demostrar su valor analítico para la identificación de la transformación de factor de crecimiento β (TGF-β) inducida por la unión de la transcripción factor SMAD2 a SMAD Elementos de Unión (SBE) dentro de la región promotora de la tirosina- Proteína cinasa Kit (c-KIT) receptor ligando Stem Cell Factor (SCF).

La unión del ligando de TGF-β1 a su complejo de receptor afín resulta en la fosforilación de serina de factores de transcripción de SMAD2 / 3, seguida por su asociación con el mediador común, SMAD4. El complejo SMAD se transloca al núcleo. TGF-β puede regular la transcripción de genes, ya sea directamente a través SMAD vinculante a SBEs dentro de las regiones reguladoras de los genes objetivo, o indirectamente a través de la expresión regulada por SMAD de activadores transcr...

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Analysis of the c-KIT Ligand Promoter Using Chromatin Immunoprecipitation

Las interacciones ADN-proteína son esenciales para múltiples procesos biológicos. Durante la evaluación de las funciones celulares, el análisis de las interacciones ADN-proteína es indispensable para la comprensión de la regulación de genes. La inmunoprecipitación de la cromatina (ChIP) es una poderosa herramienta para analizar tales interacciones in vivo.

Análisis del promotor de ligandos c-KIT usando inmunoprecipitación de cromatina

Multiple cellular processes, including DNA replication and repair, DNA recombination, and gene expression, require interactions between proteins and DNA. ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Sequential Salt Extractions for the Analysis of Bulk Chromatin Binding Properties of Chromatin Modifying Complexes

Extracciones secuenciales de sal para el análisis de la cromatina a granel enlace propiedades de cromatina, complejos de modificar

Elucidation of the binding properties of chromatin-targeting proteins can be very challenging due to the complex nature of chromatin and the heterogeneous ...

Investigación

Genética

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) in Mouse T-cell Lines

Chromatin Immunoprecipitation ChIP in Mouse T-cell Lines

Inmunoprecipitación de cromatina (ChIP) en líneas de células T de ratón

Signaling pathways regulate gene expression programs via the modulation of the chromatin structure at different levels, such as by post-translational ...

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Generación de inmunoprecipitación de la cromatina nativa secuenciación bibliotecas para el análisis de densidad de nucleosoma

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experimental protocol compatible with a Gaussian mixture distribution ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) Protocol for Low-abundance Embryonic Samples

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Cromatina (ChIP) de la inmunoprecipitación protocolo para muestras embrionarias baja abundancia

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a widely-used technique for mapping the localization of post-translationally modified histones, histone variants, ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

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Inmunoprecipitación de cromatina (ChIP) de modificaciones de las histonas de Saccharomyces cerevisiae

Histone post-translational modifications (PTMs), such as acetylation, methylation and phosphorylation, are dynamically regulated by a series of enzymes ...

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