Name: assembly and tracking of microbial community development within a microwell array platform
Uploaded: 2017-06-06T15:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Assembly and Tracking of Microbial Community Development within a Microwell Array Platform at JoVE.com

تم تصنيع صفائف ميكرويل وتتميز في مركز علوم المواد النانوية قسم المرافق المستخدم، مكتب علوم الطاقة الأساسية، وزارة الطاقة الأمريكية. وقدم الدعم المالي لهذا العمل من خلال صندوق البحوث والتنمية التابع لمدير مختبر أوك ريدج الوطني. ويود المؤلفون أيضا أن يشكروا مختبر J. مغوس (جامعة واشنطن، سياتل، وا) لتوريد سلالات P. أيروجينوسا المستخدمة في هذه الدراسات.

1. السيليكون ميكرويل-صفيف تلفيق <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> طلاء باريلين <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إيداع بين 1-1.5 ميكرومتر من باريلين N على رقائق السيليكون باستخدام نظام طلاء باريلين المتاحة تجاريا وفقا لمواصفات ا?...

<ol>
	<li>Zhou, J., Deng, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stochasticity,+succession,+and+environmental+perturbations+in+a+fluidic+ecosystem.">Stochasticity, succession, and environmental perturbations in a fluidic ecosystem.</a> Proc Natl Acad Sci. 111, E836-E845 (2014).</li><li>Valm, A. M., Welch, J. L. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systems-level+analysis+of+microbial+community+organization+through+combinatorial+labeling+and+spectral+imaging.">Systems-level analysis of microbial community organization through combinatorial labeling and spectral imaging.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 108 (10), 4152-4157 (2011).</li><li>Satoh, H., Miura, Y., Tsushima, I., Okabe, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Layered+structure+of+bacterial+and+archaeal+communities+and+their+in+situ+activities+in+anaerobic+granules.">Layered structure of bacterial and archaeal communities and their in situ activities in anaerobic granules.</a> Appl Environ Microbiol. 73 (22), 7300-7307 (2007).</li><li>Kim, H. J., Boedicker, J. Q., Choi, J. W., Ismagilov, R. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Defined+spatial+structure+stabilizes+a+synthetic+multispecies+bacterial+community.">Defined spatial structure stabilizes a synthetic multispecies bacterial community.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 105 (47), 18188-18193 (2008).</li><li>Nunan, N., Wu, K., Young, I. M., Crawford, J. W., Ritz, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+distribution+of+bacterial+communities+and+their+relationships+with+the+micro-architecture+of+soil.">Spatial distribution of bacterial communities and their relationships with the micro-architecture of soil.</a> FEMS Microbiol Ecol. 44, 203-215 (2003).</li><li>Grundmann, G. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+scales+of+soil+bacterial+diversity+-+The+size+of+a+clone.">Spatial scales of soil bacterial diversity - The size of a clone.</a> FEMS Microbiol Ecol. 48, 119-127 (2004).</li><li>Langenheder, S., Lindstrom, E. S., Tranvik, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure+and+Function+of+Bacterial+Communities+Emerging+from+Different+Sources+under+Identical+Conditions.">Structure and Function of Bacterial Communities Emerging from Different Sources under Identical Conditions.</a> Appl Environ Microbiol. 72 (1), 212-220 (2006).</li><li>Camp, J. G., Kanther, M., Semova, I., Rawls, J. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Patterns+and+Scales+in+Gastrointestinal+Microbial+Ecology.">Patterns and Scales in Gastrointestinal Microbial Ecology.</a> Gastroenterology. 136 (6), 1989-2002 (2009).</li><li>Renner, L. D., Weibel, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Physicochemical+regulation+of+biofilm+formation.">Physicochemical regulation of biofilm formation.</a> MRS Bull. 36 (5), 347-355 (2011).</li><li>Wessel, A. K., Hmelo, L., Parsek, M. R., Whiteley, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Going+local:+technologies+for+exploring+bacterial+microenvironments.">Going local: technologies for exploring bacterial microenvironments.</a> Nat Rev Microbiol. 11 (5), 337-348 (2013).</li><li>Stacy, A., McNally, L., Darch, S. E., Brown, S. P., Whiteley, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+biogeography+of+polymicrobial+infection.">The biogeography of polymicrobial infection.</a> Nat Rev Microbiol. 14 (2), 93-105 (2015).</li><li>Hansen, R. R., Shubert, K. R., Morrell-Falvey, J. L., Lokitz, B. S., Doktycz, M. J., Retterer, S. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microstructured+block+copolymer+surfaces+for+control+of+microbe+adhesion+and+aggregation.">Microstructured block copolymer surfaces for control of microbe adhesion and aggregation.</a> Biosensors. 4 (1), 63-75 (2014).</li><li>Hansen, R. R., Hinestrosa, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lectin-functionalized+poly(glycidyl+methacrylate)-+block+-poly(vinyldimethyl+azlactone)+surface+scaffolds+for+high+avidity+microbial+capture.">Lectin-functionalized poly(glycidyl methacrylate)- block -poly(vinyldimethyl azlactone) surface scaffolds for high avidity microbial capture.</a> Biomacromolecules. 14 (10), 3742-3748 (2013).</li><li>Timm, C. M., Hansen, R. R., Doktycz, M. J., Retterer, S. T., Pelletier, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microstencils+to+generate+defined,+multi-species+patterns+of+bacteria.">Microstencils to generate defined, multi-species patterns of bacteria.</a> Biomicrofluidics. 9 (6), (2015).</li><li>Keymer, J. E., Galajda, P., Muldoon, C., Park, S., Austin, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+metapopulations+in+nanofabricated+landscapes.">Bacterial metapopulations in nanofabricated landscapes.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 103 (46), 17290-17295 (2006).</li><li>Zhang, Q., Lambert, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Acceleration+of+Emergence+of+Bacterial+Antibiotic+Resistance+in+Connected+Microenvironments.">Acceleration of Emergence of Bacterial Antibiotic Resistance in Connected Microenvironments.</a> Science. 333 (6050), 1764-1767 (2011).</li><li>Friedlander, R. S., Vlamakis, H., Kim, P., Khan, M., Kolter, R., Aizenberg, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+flagella+explore+microscale+hummocks+and+hollows+to+increase+adhesion.">Bacterial flagella explore microscale hummocks and hollows to increase adhesion.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 110 (14), 5624-5629 (2013).</li><li>Zhou, J., Liu, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stochastic+Assembly+Leads+to+Alternative+Communities+with+Distinct+Functions+in+a+Bioreactor+Microbial+Community.">Stochastic Assembly Leads to Alternative Communities with Distinct Functions in a Bioreactor Microbial Community.</a> MBio. 4 (2), 1-8 (2013).</li><li>van Vliet, S., Hol, F. J., Weenink, T., Galajda, P., Keymer, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effects+of+chemical+interactions+and+culture+history+on+the+colonization+of+structured+habitats+by+competing+bacterial+populations.">The effects of chemical interactions and culture history on the colonization of structured habitats by competing bacterial populations.</a> BMC Microbiol. 14 (1), 116 (2014).</li><li>Niepa, T. H. R., Hou, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+Nanoculture+as+an+Artificial+Microniche.">Microbial Nanoculture as an Artificial Microniche.</a> Sci Rep. 6, 30578 (2016).</li><li>Hansen, R. H., Timm, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stochastic+Assembly+of+Bacteria+in+Microwell+Arrays+Reveals+the+Importance+of+Confinement+in+Community+Development.">Stochastic Assembly of Bacteria in Microwell Arrays Reveals the Importance of Confinement in Community Development.</a> PLoS ONE. 11 (5), e0155080 (2016).</li><li>Hood, R. D., Singh, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Type+VI+Secretion+System+of+Pseudomonas+aeruginosa+Targets+a+Toxin+to+Bacteria.">A Type VI Secretion System of Pseudomonas aeruginosa Targets a Toxin to Bacteria.</a> Cell Host Microbe. 7 (1), 25-37 (2010).</li><li>LeRoux, M., Ja De Leon, ., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+single-cell+characterization+of+bacterial+interactions+reveals+type+VI+secretion+is+a+double-edged+sword.">Quantitative single-cell characterization of bacterial interactions reveals type VI secretion is a double-edged sword.</a> Proc Natl Acad Sci. 109 (48), 19804-19809 (2012).</li><li>Whitney, J. C., Beck, C. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetically+distinct+pathways+guide+effector+export+through+the+type+VI+secretion+system.">Genetically distinct pathways guide effector export through the type VI secretion system.</a> Mol Microbiol. 92 (3), 529-542 (2014).</li><li>Warrick, J. W., Timm, A., Swick, A., Yin, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tools+for+Single-Cell+Kinetic+Analysis+of+Virus-Host+Interactions.">Tools for Single-Cell Kinetic Analysis of Virus-Host Interactions.</a> PLoS ONE. 11 (1), e0145081 (2016).</li><li>Zwietering, M. H., Jongenburger, I., Rombouts, F. M., Van't Riet, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modeling+of+the+Bacterial+Growth+Curve.">Modeling of the Bacterial Growth Curve.</a> Appl Environ Microbiol. 56 (6), 1875-1881 (1990).</li><li>Halsted, M., Wilmoth, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+transparent+microwell+arrays+for+optical+monitoring+and+dissection+of+microbial+communities.">Development of transparent microwell arrays for optical monitoring and dissection of microbial communities.</a> J Vac Sci Technol B Nanotechnol Microelectron. 34 (6), 06KI03 (2016).</li></ol>

قدمت هذه المادة جهاز صفيف ميكرويل والبروتوكولات التجريبية المصممة لتمكين الإنتاجية العالية والمحتوى عالي الخلية القائمة على التصوير التصوير القائم على تحليل التنمية المجتمعية البكتيرية. في حين أن تركيز المظاهرة هنا كان لدراسة آثار إفراز النوع السادس بوساطة الاتص...

تتشكل المجتمعات الميكروبية من قبل العوامل الحتمية، مثل بنية البيئة، والعمليات العشوائية، التي ترتبط مع موت الخلايا، والانقسام، وتركيز البروتين، وعدد من العضيات، والطفرات 1 . وفي البيئة الطبيعية، قد يكون من المستحيل تقريبا تحليل التأثير الفردي لهذه التأثيرات على تكوين المجتمع ونشاطه. إن تحديد أفراد المجتمع المحلي ومواصلة حل توزيعهم المكاني الزماني في البيئة الطبيعية أمر محفوف بالمخاطر بسبب وجود هياكل طبيعية ودفنها داخل بيئة كيميائية وبيولوجية. ومع ذلك، فقد أكدت الجهود المبذولة مؤخرا أهمية التنظيم المكاني على وظيفة المجتمع المحلي، وتشير إلى ضرورة مراعاة وفرة الأعضاء وتنظيمهم في الدراسات الجارية 2 و 3 و 4 . هذامن الواضح أن البيئة الكيميائية المحلية ( أي توافر المغذيات والمستقلبات الثانوية)، والبنية المادية ( مثل بنية التربة، وجذور النباتات، وجسيمات المحيطات، أو الميكروفيلي المعوي)، ووجود أو غياب الأكسجين، وإدخال جميع الأنواع المسببة للأمراض تؤثر على تكوين، والهندسة المعمارية، ووظيفة المجتمعات الميكروبية 5 ، 6 ، 7 ، 8 ، 9 ، 10 ، 11 . ومع ذلك، فإن التقنيات التقليدية للثقافات التي تهمل الاستيلاء على هذه العوامل لا تزال سائدة. تكوين المجتمع (على سبيل المثال، وجود الأنواع التي تعتمد على مشترك)، والتعلق الجسدي، وتركيز جزيء الإشارات، والاتصال المباشر خلية الخلية كلها عوامل هامة لتشكيل المجتمع الميكروبي ويمكن أن تضيع في جظروف الثقافة التقليدية. هذه الخصائص يصعب تكرارها في ثقافة السائلة السائبة أو على لوحة أجار. ومع ذلك، فإن توافر تقنيات ميكروفلويديك، ميكروباترنينغ، و نانوفابريكاتيون التي تسمح بتكرار الميزات الفيزيائية والكيميائية الرئيسية للبيئات الطبيعية، مكنت العديد من الباحثين من بناء مجتمعات بكتيرية لدراسة تفاعلاتهم 12 و 13 و 14 وتطوير البيئات التركيبية التي تحاكي الظروف الطبيعية 4 ، 15 ، 16 ، 17 ، 18 ، 19 ، 20 . يصف هذا البروتوكول طريقة لافتعال جهاز مجموعة ميكرويل ويوفر إجراءات تجريبية مفصلة التي يمكن استخدامها ل فونكتيوناليز ثوآبار في الصفيف، وتنمو البكتيريا، سواء كمستعمرات من نوع واحد أو في مجتمعات متعددة الأعضاء. ويوضح هذا العمل أيضا كيفية تعديل البكتيريا لإنتاج البروتينات الفلورسنت مراسل يمكن استخدامها لرصد النمو البكتيري داخل الآبار مع مرور الوقت. تم عرض مجموعة مماثلة سابقا وأظهرت أنه من الممكن تتبع نمو مستعمرات من نوع واحد من الزائفة الزنجارية ( P. الزنجارية) في ميكرويلز. من خلال تعديل حجم جيدا وكثافة البذر، وظروف انطلاق الآلاف من التجارب النمو يمكن أن تتنوع في موازاة لتحديد كيفية تأثير شروط التطعيم الأولية على قدرة البكتيريا في النمو 21 . يستخدم العمل الحالي نسخة معدلة قليلا من مجموعة ميكرويل التي تبني على العمل السابق من خلال تمكين المقارنة في وقت واحد من المصفوفات متعددة وباستخدام بروتوكول تجريبي أكثر قوة. المصفوفة المستخدمة في هذا العمل تحتوي على عدة سوباريز، أو صفيف إنسمبئر، تحتوي على آبار ذات أحجام مختلفة، تتراوح بين 15 - 100 ميكرون في القطر، والتي يتم ترتيبها في ثلاثة الملعب مختلفة ( أي 2X، 3X، و 4X قطر جيدا). يتم حفر الصفائف في السيليكون، ويتم تمكين نمو البكتيريا المصنفة في صفائف السيليكون عن طريق ختم الصفائف مع ساترة التي تم طلاءها مع هلام الاغاروز متوسطة الغرس. P. الطائر الزنجارية مصممة لدراسة نوع إفراز نظام تستخدم في هذه المظاهرة. النتائج المعروضة هنا بناء نحو الهدف النهائي من تحليل المجتمعات مولتيمبر داخل صفائف ميكرويل، مما يتيح للباحثين لرصد وفرة وتنظيم البكتيريا في الموقع في حين السيطرة والتحقق من البيئة الكيميائية. وينبغي أن يوفر ذلك في نهاية المطاف نظرة ثاقبة عن &quot;القواعد&quot; التي تحكم تنمية المجتمع والخلافة.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Parylene N</td>
			<td>Specialty Coating Systems</td>
			<td>CAS NO.:1633-22-3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Parylene coater</td>
			<td>Specialty Coating Systems</td>
			<td>Labcoter 2 Parylene Deposition Unit PDS2010</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Silicon Wafer</td>
			<td>WRS Materials</td>
			<td>100mm diameter, 500-550&#956;m thickness, Prime, 10-20 resistivity, N/Phos&#60;100&#62;,</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>adhesion promoter</td>
			<td>Shin-Etsu Microsci</td>
			<td>MicroPrime P20 adhesion promoter</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>postive tone photoresist</td>
			<td>Rohm and Haas Electronics Materials LLC (Owned by Dow)</td>
			<td>Microposit S1818 Positive Photoresist (code 10018357)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Quintel Contact Aligner</td>
			<td>Neutronix Quintel Corp</td>
			<td>NXQ 7500 Mask Aligner</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reactive Ion Etching Tool</td>
			<td>Oxford Instruments</td>
			<td>Plasmalab System 100 Reactive Ion Etcher</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>R2A Broth</td>
			<td>TEKnova</td>
			<td>R0005</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine Serum Albumin</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A9647</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Multimode Plate Reader</td>
			<td>Perkin Elmer</td>
			<td>Enspire, 2300-0000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fluorescent Microscope</td>
			<td>Nikon</td>
			<td>Eclipse Ti-U</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Automated Stage</td>
			<td>Prior</td>
			<td>ProScan III</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CCD camera</td>
			<td>Nikon</td>
			<td>DS-QiMc</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stage-top environmental control chamber</td>
			<td>In Vivo Scientific</td>
			<td>STEV ECU-HOC</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate Buffered Saline</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>14190144</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UltraPure Agarose</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>16500500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>25 x 75 mm No. 1.5 coverslip</td>
			<td>Nexterion</td>
			<td>High performance #1.5H coverslips</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fluorescence Reference Slides</td>
			<td>Ted Pella</td>
			<td>2273</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Physical Stylus Profilometer</td>
			<td>KLA Tencor</td>
			<td>P-6</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>lab wipes</td>
			<td>Kimberly Clark</td>
			<td>Kimipe KIMTECH SCIENCE Brand, 34155</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>commercial software</td>
			<td>Nikon</td>
			<td>NIS Elements</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zeiss 710 Confocal Microscope</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>filter cubes</td>
			<td>Nikon</td>
			<td>Nikon FITC (96311), Nikon Texas Red(96313)</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

assembly and tracking of microbial community development within a microwell array platform

ويعتمد تطور المجتمعات الميكروبية على مجموعة من العوامل الحتمية والعوامل العشوائية المعقدة التي يمكن أن تغير بشكل كبير التوزيع المكاني وأنشطة أفراد المجتمع المحلي. قمنا بتطوير منصة مجموعة ميكرويل التي يمكن استخدامها لتجميع بسرعة وتتبع الآلاف من المجتمعات البكتيرية في موازاة ذلك. هذا البروتوكول يسلط الضوء على فائدة المنصة ويصف استخدامه لرصد بصريا لتطوير المجتمعات بسيطة، مكونة من عضوين ضمن مجموعة من المصفوفات داخل المنصة. يستخدم هذا المظاهرة اثنين من المسوخ من الزائفة الزنجارية ، وهي جزء من سلسلة من المسوخ المتقدمة لدراسة النوع السادس إفراز المرضية. إدراج الكروموسومات إما من مشيري أو الجينات غفب تسهيل التعبير التأسيسي من البروتينات الفلورية مع أطوال موجية الانبعاثات التي يمكن استخدامها لرصد وفرة عضو المجتمع والموقع داخل كل ميكرويل. يصف هذا البروتوكول ميثو مفصلد لتجميع مخاليط من البكتيريا في آبار الصفيف واستخدام التصوير الزمني مضان الفاصل الزمني وتحليل الصور الكمية لقياس النمو النسبي لكل فرد من السكان على مر الزمن. البذر والتجمع من منصة ميكرويل، وإجراءات التصوير اللازمة للتحليل الكمي للمجتمعات الميكروبية داخل مجموعة، والأساليب التي يمكن استخدامها للكشف عن التفاعلات بين منطقة الأنواع الميكروبية جميع نوقشت.

تم تصميم منصة التجريبية المقدمة هنا لدراسات عالية الإنتاجية والدراسات عالية المحتوى من المجتمعات البكتيرية. تصميم يتيح الآلاف من المجتمعات المحلية، وتنمو في الآبار من مختلف الأحجام، ليتم تحليلها في وقت واحد. مع هذا التصميم مجموعة ميكرويل، والاعت?...

Watch this Scientific Journal Video about Assembly and Tracking of Microbial Community Development within a Microwell Array Platform at JoVE.com

Assembly and Tracking of Microbial Community Development within a Microwell Array Platform

ويعتمد تطوير المجتمعات الميكروبية على مجموعة من العوامل، بما في ذلك العمارة البيئية، وفرة الأعضاء، والصفات، والتفاعلات. يصف هذا البروتوكول بيئة الاصطناعية، ميكروفابريكاتد لتتبع في وقت واحد من الآلاف من المجتمعات الواردة في آبار فيمتوليتر، حيث يمكن تقريب العوامل الرئيسية مثل حجم المتخصصة والحبس.

تجميع وتتبع التنمية المجتمعية الميكروبية داخل منصة ميكرويل صفيف

The development of microbial communities depends on a combination of complex deterministic and stochastic factors that can dramatically alter the spatial ...

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Biology

Bioengineering

Ecology

Population and Community Ecology

SCIENTISTS IN ACTION

Tracking Hypoxic Signaling within Encapsulated Cell Aggregates

وفي اشارة الى نقص الأوكسجين داخل تعقب المجاميع خلية مغلف

In Diabetes mellitus type 1, autoimmune destruction of the pancreatic &beta;-cells results in loss of insulin production and potentially lethal ...

Environmentally-controlled Microtensile Testing of Mechanically-adaptive Polymer Nanocomposites for ex vivo Characterization

Environmentally-controlled Microtensile Testing of Mechanically-adaptive Polymer Nanocomposites for ex vivo Characterization

اختبار Microtensile التي تسيطر عليها بيئيا للميكانيكيا على التكيف nanocomposites والبوليمرات لل<em&gt; خارج الحي</em&gt; توصيف

Implantable microdevices are gaining significant attention for several biomedical applications1-4. Such devices have been made from a range of materials, ...

Polymeric Microneedle Array Fabrication by Photolithography

البوليمر تصنيع صفيف إبرة مجهرية من قبل الطباعة التصويرية

This manuscript describes the fabrication of polymeric microneedle (MN) arrays by photolithography. It involves a simple mold-free process by using a ...

Development of an In Vitro Ocular Platform to Test Contact Lenses

Development of an In Vitro Ocular Platform to Test Contact Lenses

تطوير<em&gt; في المختبر</em&gt; بصري منصة لاختبار العدسات اللاصقة

Currently, in vitro evaluations of contact lenses (CLs) for drug delivery are typically performed in large volume vials,1-6 which fail to mimic ...

Micropatterning and Assembly of 3D Microvessels

Micropatterning وجمعية Microvessels 3D

In vitro platforms to study endothelial cells and vascular biology are largely limited to 2D endothelial cell culture, flow chambers with polymer or glass ...

Microfluidic Platform with Multiplexed Electronic Detection for Spatial Tracking of Particles

منصة ميكروفلويديك مع تعدد كشف الالكترونية لتتبع المكانية من الجسيمات

Microfluidic processing of biological samples typically involves differential manipulations of suspended particles under various force fields in order to ...

Fabrication of a Multiplexed Artificial Cellular MicroEnvironment Array

تصنيع صفيف متعدد المكروية الخلوية اصطناعية

Cellular microenvironments consist of a variety of cues, such as growth factors, extracellular matrices, and intercellular interactions. These cues are ...

Rodent Behavioral Testing to Assess Functional Deficits Caused by Microelectrode Implantation in the Rat Motor Cortex

مكافحة القوارض السلوكية اختبار لتقييم العجز الوظيفي الناجم عن زرع ميكروليكترودي في القشرة الحركية الفئران

Medical devices implanted in the brain hold tremendous potential. As part of a Brain Machine Interface (BMI) system, intracortical microelectrodes ...

Prospecting Microbial Strains for Bioremediation and Probiotics Development for Metaorganism Research and Preservation

التنقيب عن سلالات الميكروبية للمعالجة الحيوية وتطوير البروبيوتيك للبحوث Metaorganism والحفاظ عليها

Pollution affects all biomes. Marine environments have been particularly impacted, especially coral reefs, one of the most sensitive ecosystems on Earth. ...

Fabrication and Implementation of a Reference-Free Traction Force Microscopy Platform

تصنيع وتنفيذ منصة المجهر قوه السحب المرجعية الحرة

Quantifying cell-induced material deformation provides useful information concerning how cells sense and respond to the physical properties of their ...