Name: comprehensive dna methylation analysis using a methyl-cpg-binding domain capture-based method in chronic lymphocytic leukemia patients
Uploaded: 2017-06-16T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Comprehensive DNA Methylation Analysis Using a Methyl-CpG-binding Domain Capture-based Method in Chronic Lymphocytic Leukemia Patients at JoVE.com

Denne studien ble støttet av Svenske Forskningsrådet, Svenske Kreftforeningen, Knut og Alice Wallenberg Foundation (KAW), og FoU VästraGötalandsregionen.

Den etiske godkjenningen for å samle CLL-prøvene er fra 2007-05-21, med følgende registreringsnummer: EPN Gbg dnr 239/07. Alle CLL-pasienter ble diagnostisert i henhold til nylig revidert kriterium 8 , og prøvene ble samlet på diagnosetidspunktet. Pasientene i studien ble inkludert fra forskjellige hematologiavdelinger i den vestlige delen av Sverige etter skriftlig samtykke. Bare prøver av CLL perifert blodmononukleær celle (PBMC) med en tumorprosent av leukemic celler ≥70% ble valgt i ...

<ol>
	<li>Kanduri, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+genome-wide+array-based+methylation+profiles+in+prognostic+subsets+of+chronic+lymphocytic+leukemia.">Differential genome-wide array-based methylation profiles in prognostic subsets of chronic lymphocytic leukemia.</a> Blood. 115 (2), 296-305 (2010).</li><li>Cahill, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=450K-array+analysis+of+chronic+lymphocytic+leukemia+cells+reveals+global+DNA+methylation+to+be+relatively+stable+over+time+and+similar+in+resting+and+proliferative+compartments.">450K-array analysis of chronic lymphocytic leukemia cells reveals global DNA methylation to be relatively stable over time and similar in resting and proliferative compartments.</a> Leukemia. 27 (1), 150-158 (2013).</li><li>Kanduri, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinct+transcriptional+control+in+major+immunogenetic+subsets+of+chronic+lymphocytic+leukemia+exhibiting+subset-biased+global+DNA+methylation+profiles.">Distinct transcriptional control in major immunogenetic subsets of chronic lymphocytic leukemia exhibiting subset-biased global DNA methylation profiles.</a> Epigenetics. 7 (12), 1435-1442 (2012).</li><li>Kulis, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenomic+analysis+detects+widespread+gene-body+DNA+hypomethylation+in+chronic+lymphocytic+leukemia.">Epigenomic analysis detects widespread gene-body DNA hypomethylation in chronic lymphocytic leukemia.</a> Nat Genet. 44 (11), 1236-1242 (2012).</li><li>Booth, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+sequencing+of+5-methylcytosine+and+5-hydroxymethylcytosine+at+single-base+resolution.">Quantitative sequencing of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine at single-base resolution.</a> Science. 336 (6083), 934-937 (2012).</li><li>Yu, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Base-resolution+analysis+of+5-hydroxymethylcytosine+in+the+mammalian+genome.">Base-resolution analysis of 5-hydroxymethylcytosine in the mammalian genome.</a> Cell. 149 (6), 1368-1380 (2012).</li><li>Subhash, S., Andersson, P. O., Kosalai, S. T., Kanduri, C., Kanduri, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+DNA+methylation+profiling+reveals+new+insights+into+epigenetically+deregulated+protein+coding+and+long+noncoding+RNAs+in+CLL.">Global DNA methylation profiling reveals new insights into epigenetically deregulated protein coding and long noncoding RNAs in CLL.</a> Clin Epigenetics. 8, 106 (2016).</li><li>Hallek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guidelines+for+the+diagnosis+and+treatment+of+chronic+lymphocytic+leukemia:+a+report+from+the+International+Workshop+on+Chronic+Lymphocytic+Leukemia+updating+the+National+Cancer+Institute-Working+Group+1996+guidelines.">Guidelines for the diagnosis and treatment of chronic lymphocytic leukemia: a report from the International Workshop on Chronic Lymphocytic Leukemia updating the National Cancer Institute-Working Group 1996 guidelines.</a> Blood. 111 (12), 5446-5456 (2008).</li><li>De Meyer, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quality+evaluation+of+methyl+binding+domain+based+kits+for+enrichment+DNA-methylation+sequencing.">Quality evaluation of methyl binding domain based kits for enrichment DNA-methylation sequencing.</a> PLoS One. 8 (3), e59068 (2013).</li><li>Bolger, A. M., Lohse, M., Usadel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Trimmomatic:+a+flexible+trimmer+for+Illumina+sequence+data.">Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.</a> Bioinformatics. 30 (15), 2114-2120 (2014).</li><li>Langmead, B., Trapnell, C., Pop, M., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ultrafast+and+memory-efficient+alignment+of+short+DNA+sequences+to+the+human+genome.">Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome.</a> Genome Biol. 10 (3), R25 (2009).</li><li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Model-based+analysis+of+ChIP-Seq+(MACS).">Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS).</a> Genome Biol. 9 (9), R137 (2008).</li><li>Quinlan, A. R., Hall, I. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BEDTools:+a+flexible+suite+of+utilities+for+comparing+genomic+features.">BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features.</a> Bioinformatics. 26 (6), 841-842 (2010).</li><li>Subhash, S., Kanduri, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GeneSCF:+a+real-time+based+functional+enrichment+tool+with+support+for+multiple+organisms.">GeneSCF: a real-time based functional enrichment tool with support for multiple organisms.</a> BMC Bioinformatics. 17 (1), 365 (2016).</li><li>Liao, Y., Smyth, G. K., Shi, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=featureCounts:+an+efficient+general+purpose+program+for+assigning+sequence+reads+to+genomic+features.">featureCounts: an efficient general purpose program for assigning sequence reads to genomic features.</a> Bioinformatics. 30 (7), 923-930 (2014).</li><li>Robinson, M. D., McCarthy, D. J., Smyth, G. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=edgeR:+a+Bioconductor+package+for+differential+expression+analysis+of+digital+gene+expression+data.">edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data.</a> Bioinformatics. 26 (1), 139-140 (2010).</li><li>Martinelli, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ANGPT2+promoter+methylation+is+strongly+associated+with+gene+expression+and+prognosis+in+chronic+lymphocytic+leukemia.">ANGPT2 promoter methylation is strongly associated with gene expression and prognosis in chronic lymphocytic leukemia.</a> Epigenetics. 8 (7), 720-729 (2013).</li><li>Kopparapu, P. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenetic+silencing+of+miR-26A1+in+chronic+lymphocytic+leukemia+and+mantle+cell+lymphoma:+Impact+on+EZH2+expression.">Epigenetic silencing of miR-26A1 in chronic lymphocytic leukemia and mantle cell lymphoma: Impact on EZH2 expression.</a> Epigenetics. 11 (5), 335-343 (2016).</li><li>Robinson, M. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+affinity-based+genome-wide+DNA+methylation+data:+effects+of+CpG+density,+amplification+bias,+and+copy+number+variation.">Evaluation of affinity-based genome-wide DNA methylation data: effects of CpG density, amplification bias, and copy number variation.</a> Genome Res. 20 (12), 1719-1729 (2010).</li></ol>

MBD-seq er en kostnadseffektiv, immunprecipitasjonsbasert teknikk som kan brukes til å studere metyleringsmønstre med fullstendig gjennomsiktig dekning. Både MeDIP-seq (metylert DNA-immunutfelling etterfulgt av sekvensering) og MBD-seq resulterer i anrikning av CpG-rik metylert DNA. Imidlertid viser MBD-seq mer affinitet mot binding til høyt CpG-rik-regioner når sammenlignet med MeDIP-seq 19 . Ved å bruke et metylbindende anrikningssett kan man fraksjonere DNAet til høy CpG- og lav-CpG-rik...

Bruken av neste generasjons sekvenseringsteknikker for å analysere globale DNA-metyleringsprofiler har blitt stadig mer populært de siste årene. Genome-brede metyleringsanalyser, inkludert mikroarray- og ikke-mikroarray-baserte metoder, ble utviklet basert på følgende: bisulfittomdannelsen av genomisk DNA, metyleringsfølsomme restriksjonsenzymfordøyninger og immunutfelling av metylert DNA ved bruk av metyl-CpG-spesifikke antistoffer . Aberrant DNA-metylering er et kjennetegn ved leukemi og lymfomer, inkludert kronisk lymfocytisk leukemi (CLL). Tidligere har flere grupper inkludert vår karakterisert DNA-metyleringsprofilene av forskjellige CLL-prognostiske undergrupper og normale, sunne B-cellekontroller ved bruk av bisulfitt-omdannelsen av genomisk DNA, etterfulgt av mikromarbaserte metoder eller helgenomsekvenser 1 , 2 , 3 , &lt;Sup class = &quot;xref&quot;&gt; 4. Bisulfittomdannelsen av genomisk DNA fører til deaminering av umodifiserte cytosiner til uracil, hvilket etterlater de modifiserte metylerte cytosiner i genomet. Når de er omdannet, kan metyleringsstatusen til DNA&#39;et bestemmes ved PCR-amplifisering og sekvensering under anvendelse av forskjellige kvantitative eller kvalitative metoder, som for eksempel mikromarraybasert eller helgenoms-bisulfitt-sekvensering (WGBS). Selv om bisulfitt-konverteringsbaserte metoder har mange fordeler og er mye brukt i forskjellige krefttyper for å analysere DNA-metyleringsnivåer, er det noen ulemper forbundet med denne teknikken. WGBS-sekvensering tillater enkelbasbasert oppløsning med lavere mengder DNA og er det beste egnet alternativet for å analysere et stort antall prøver. Imidlertid unnlater denne metoden å skille mellom modifikasjonene mellom 5mC og 5hmC nivåene i genomene 5 , 6 . I tillegg tilbyr ikke mikroarray-baserte metoder komplett cOverage av genomet. I en nylig studie fra laboratoriet 7 ble immunoprecipitasjonsbaserte metoder, i stedet for bisulfittkonvertering, brukt til å identifisere svært CpG-rike, differensielt metylerte regioner i global skala hos CLL-pasienter og normale sunne kontroller. Inmethyl-CpG-bindende domene (MBD) neste generasjons sekvensering (MBD-seq) avhenger anrikningen av dobbeltstrenget fragmentert DNA av graden av CpG-metylering. Denne metoden kan overvinne ulempene ved bisulfitt-omdannelsesmetoden og kan også gi genomfattende dekning av CpG-metylering på en upartisk og PCR-uavhengig måte. I motsetning til bisulfitt-konverteringsbaserte mikroarray-metoder kan MBD-seq også brukes til å analysere metyleringsstatusen for repeterende elementer, for eksempel lange interspersed-kjernefysiske elementer (LINE), korte intersperserte kjernefysiske elementer (SINEs), lange terminale repetisjoner (LTRS), Etc. Imidlertid, sammenlignet med bisulfittomdannelsesmetoder,En MBD-seq-protokoll krever en relativt stor mengde inngangsd DNA. Også kvaliteten på sekvenseringen leser og dataene avhenger av spesifisitet, affinitet og kvalitet av antistoffene som anvendes. Den nåværende studien forklarer en detaljert MBD-seq-protokoll for å berikke metylert DNA for neste generasjons sekvensering. Den bruker et kommersielt metylert DNA-bindingsberikningssett (oppført i Materialetabellen ), samt en beregningsrørledning for å visualisere og tolke metylerings-sekvenseringsdata for å identifisere CLL-spesifikke hyper- og hypomethylerte regioner sammenlignet med normale sunne kontroller. I utgangspunktet benytter denne metoden muligheten til MBD av humant MBD2-proteininteraksjon med metylerte CpGer for å ekstrahere DNA beriget med metylerte CpGer, og dette følges av høy gjennomstrømningssekvensering av metylert DNA.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="626">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Dneasy Blood and tissue kit</td>
			<td style="width:124px;">Qaigen</td>
			<td style="width:119px;">69504</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Lymphoprep solution</td>
			<td style="width:124px;">A X I S-S H I E L D</td>
			<td style="width:119px;">1114544</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Nano drop 2000</td>
			<td style="width:124px;">Thermo Fischersceintific</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="51">
			<td height="51" style="height:51px;width:216px;">TE buffer PH 8</td>
			<td style="width:124px;">Sigma aldrich</td>
			<td style="width:119px;">93283</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Bioruptor standard sonication device</td>
			<td style="width:124px;">Diagenode</td>
			<td style="width:119px;">UCD-200</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">TPX bioruptor tubes 1.5ml</td>
			<td style="width:124px;">Diagenode</td>
			<td style="width:119px;">C30010010-300</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">3 M Sodium acetate</td>
			<td style="width:124px;">Diagenode</td>
			<td>C03030002</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">E-gel iBase safe imager combo kit</td>
			<td style="width:124px;">Thermo Fischersceintific</td>
			<td style="width:119px;">G6465EU</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">E-gel 2% Agarose gels</td>
			<td style="width:124px;">Thermo Fischersceintific</td>
			<td style="width:119px;">G441002</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Methylminer Methylated DNA enrichment kit</td>
			<td style="width:124px;">Thermo Fischersceintific</td>
			<td style="width:119px;">ME10025</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Labquake Tube Shaker/Rotators</td>
			<td style="width:124px;">Thermo Fischersceintific</td>
			<td style="width:119px;">415110</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Dynal MPC-S</td>
			<td style="width:124px;">Thermo Fischersceintific</td>
			<td style="width:119px;">A13346</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Vortex mixer</td>
			<td style="width:124px;">VWR</td>
			<td style="width:119px;">12620-848</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Absolute Ethanol</td>
			<td style="width:124px;">Any company</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">70% Ethanool</td>
			<td style="width:124px;">Any company</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">DNAse free water</td>
			<td style="width:124px;">Milli Q</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">DNA precipitant (3M sodium acetate)</td>
			<td style="width:124px;">Diagenode</td>
			<td style="width:119px;">C03030002</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Safe seal 1.5ml eppendorf tubes</td>
			<td style="width:124px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:119px;">4036-3204</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Qubit dsDNA HS Assay Kit</td>
			<td style="width:124px;">Thermo Fischersceintific</td>
			<td style="width:119px;">Q32851</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Qubit 0.5ml tubes</td>
			<td style="width:124px;">Thermo Fischersceintific</td>
			<td style="width:119px;">Q32856</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Qubit</td>
			<td style="width:124px;">Thermo Fischersceintific</td>
			<td style="width:119px;">Q32866</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Illumina Hiseq2000 Platform</td>
			<td style="width:124px;">Illumina</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Water&#160; Bath</td>
			<td style="width:124px;">Grant</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Heat block</td>
			<td style="width:124px;">grant</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Tube rotater</td>
			<td style="width:124px;">Labquake</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

comprehensive dna methylation analysis using a methyl-cpg-binding domain capture-based method in chronic lymphocytic leukemia patients

Rollen av lange, ikke-kodende RNAer (lncRNAs) i kreft, kommer frem i forkant på grunn av økende interesse for å forstå deres mekaniske funksjoner under kreftutvikling og progresjon. Til tross for dette har den globale epigenetiske reguleringen av lncRNA og repetitive sekvenser i kreft ikke blitt godt undersøkt, særlig i kronisk lymfocytisk leukemi (CLL). Denne studien fokuserer på en unik tilnærming: immunpresipitasjonsbasert fangst av dobbeltstrengede, metylerte DNA-fragmenter ved bruk av metyl-bindende domene (MBD) proteiner, etterfulgt av neste generasjons sekvensering (MBD-seq). CLL pasientprøver som tilhørte to prognostiske undergrupper (5 IGVH-muterte prøver + 5 IGVH ikke-mutaterte prøver) ble brukt i denne studien. Analyse avslørte 5.800 hypermetylerte og 12.570 hypometylerte CLL-spesifikke differensielt metylerte gener (cllDMGs) sammenlignet med normale friske kontroller. Viktigst, disse resultatene identifiserte flere CLL-spesifikke, differensielt metylerte lncRNAer, rePetitive elementer og proteinkoding gener med potensiell prognostisk verdi. Dette arbeidet skisserer en detaljert protokoll for en MBD-seq og bioinformatikk pipeline utviklet for omfattende analyse av globale metyleringsprofiler i svært CpG-rik regioner ved bruk av CLL pasientprøver. Endelig ble et proteinkoding-gen og et lncRNA validert ved bruk av pyrosequensering, som er en svært kvantitativ metode for å analysere CpG-metyleringsnivåer for ytterligere å bekrefte funnene fra MBD-seq-protokollen.

MBD-seq ble nylig utført på CLL-pasienter og matchede, normale, sunne kontroller for å identifisere CLL-spesifikke differensielt hyper- og hypometylerte gener 7 . Den eksperimentelle og bioinformatiske rørledningen som brukes for å analysere dataene som er generert fra CLL og normale sunne prøver, er vist i figur 1A og 1B . Disse analysene identifiserte flere CLL-spesifikke differensielt metylerte regioner (cllD...

Watch this Scientific Journal Video about Comprehensive DNA Methylation Analysis Using a Methyl-CpG-binding Domain Capture-based Method in Chronic Lymphocytic Leukemia Patients at JoVE.com

Comprehensive DNA Methylation Analysis Using a Methyl-CpG-binding Domain Capture-based Method in Chronic Lymphocytic Leukemia Patients

Dette arbeidet beskriver en optimalisert metyl-CpG-bindingsdomene (MBD) sekvenseringsprotokoll og en beregningsrørledning for å identifisere differensielt metylerte CpG-rike regioner hos pasienter med kronisk lymfocytisk leukemi (CLL).

Omfattende DNA-metyleringsanalyse ved bruk av en metyl-CpG-bindende domene-fangstbasert metode i kroniske lymfocytiske leukemi-pasienter

The role of long noncoding RNAs (lncRNAs) in cancer is coming to the forefront due to growing interest in understanding their mechanistic functions during ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Determination of the Optimal Chromosomal Location(s) for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Determination of the Optimal Chromosomal Locations for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Bestemmelse av den optimale Chromosomal plassering(er) gir et DNA i Escherichia coli bruker en ny Transposon-mediert tilnærming

The optimal chromosomal position(s) of a given DNA element was/were determined by transposon-mediated random insertion followed by fitness selection. In ...

Immunostaining for DNA Modifications: Computational Analysis of Confocal Images

Immunostaining for DNA modifikasjoner: beregningsorientert analyse av AC Confocal bilder

For several decades, 5-methylcytosine (5mC) has been thought to be the only DNA modification with a functional significance in metazoans. The discovery of ...

Profiling DNA Replication Timing Using Zebrafish as an In Vivo Model System

Profiling DNA Replication Timing Using Zebrafish as an In Vivo Model System

Profilering DNA replikering Timing bruker sebrafisk som en In Vivo modellsystem

DNA replication timing is an important cellular characteristic, exhibiting significant relationships with chromatin structure, transcription, and DNA ...

Candidate Gene Testing in Clinical Cohort Studies with Multiplexed Genotyping and Mass Spectrometry

Kandidaten Gene Testing i klinisk Kohortstudier multiplex genotyperingteknologi og massespektrometri

Complex diseases are often underpinned by multiple common genetic variants that contribute to disease susceptibility. Here, we describe a cost-effective ...

Methodology for Accurate Detection of Mitochondrial DNA Methylation

Metodikk for nøyaktig påvisning av Mitokondrielt DNA metylering

Quantification of DNA methylation can be achieved using bisulfite sequencing, which takes advantage of the property of sodium bisulfite to convert ...

Quantitative Analysis of Alternative Pre-mRNA Splicing in Mouse Brain Sections Using RNA In Situ Hybridization Assay

Quantitative Analysis of Alternative Pre-mRNA Splicing in Mouse Brain Sections Using RNA In Situ Hybridization Assay

Kvantitativ analyse av Alternative Pre-mRNA skjøting i musen hjernen inndelinger ved hjelp av RNA i Situ hybridisering analysen

Alternative splicing (AS) occurs in more than 90% of human genes. The expression pattern of an alternatively spliced exon is often regulated in a cell ...

Single-Molecule F&ouml;rster Resonance Energy Transfer Methods for Real-Time Investigation of the Holliday Junction Resolution by GEN1

Single-Molecule FÃƒÆ’Ã‚Â¶rster Resonance Energy Transfer Methods for Real-Time Investigation of the Holliday Junction Resolution by GEN1

Single-molekylet Förster resonans energi overføring metoder for Real-Time gransking av Holliday Junction oppløsning av GEN1

Bulk methods measure the ensemble behavior of molecules, in which individual reaction rates of the underlying steps are averaged throughout the ...

Investigation of the Transcriptional Role of a RUNX1 Intronic Silencer by CRISPR/Cas9 Ribonucleoprotein in Acute Myeloid Leukemia Cells

Investigation of the Transcriptional Role of a RUNX1 Intronic Silencer by CRISPR/Cas9 Ribonucleoprotein in Acute Myeloid Leukemia Cells

Gransking av Transcriptional rolle en RUNX1 Intronic lyddemper av CRISPR/Cas9 Ribonucleoprotein i akutt myelogen leukemi celler

The bulk of the human genome (~98%) is comprised of non-coding sequences. Cis-regulatory elements (CREs) are non-coding DNA sequences that contain binding ...

Use of the Pyrimidine Analog, 5-Iodo-2&prime;-Deoxyuridine (IdU) with Cell Cycle Markers to Establish Cell Cycle Phases in a Mass Cytometry Platform

Use of the Pyrimidine Analog, 5-Iodo-2ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã‚Â²-Deoxyuridine IdU with Cell Cycle Markers to Establish Cell Cycle Phases in a Mass Cytometry Platform

Bruk av pyrimidinanalog, 5-jod-2'-deoksyuridin (IdU) med cellesyklusmarkører for å etablere cellesyklusfaser i en massecytometriplattform

The regulation of cell cycle phase is an important aspect of cellular proliferation and homeostasis. Disruption of the regulatory mechanisms governing the ...

LINE-1 Methylation Analysis in Mesenchymal Stem Cells Treated with Osteosarcoma-Derived Extracellular Vesicles

LINE-1 Metyleringsanalyse i mesenchymale stamceller behandlet med osteosarkom-avledet ekstracellulære vesikler

Methylation-specific probe amplification (MSPA) is a simple and robust technique that can be used to detect relative differences in methylation levels of ...