Name: comprehensive dna methylation analysis using a methyl-cpg-binding domain capture-based method in chronic lymphocytic leukemia patients
Uploaded: 2017-06-16T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Comprehensive DNA Methylation Analysis Using a Methyl-CpG-binding Domain Capture-based Method in Chronic Lymphocytic Leukemia Patients at JoVE.com

Este estudo foi apoiado pelo Conselho de Pesquisa Sueco, a Sociedade Sueca do Câncer, a Fundação Knut e Alice Wallenberg (KAW) e FoU VästraGötalandsregionen.

A aprovação ética para coletar as amostras CLL é de 2007-05-21, com o seguinte número de registro: EPN Gbg dnr 239/07. Todos os pacientes com CLL foram diagnosticados de acordo com os critérios recentemente revisados 8 , e as amostras foram coletadas no momento do diagnóstico. Os pacientes do estudo foram incluídos em diferentes departamentos de hematologia na parte ocidental da Suécia, após o consentimento por escrito ter sido obtido. Somente amostras de células mononucleares de sangu...

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	<li>Kanduri, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+genome-wide+array-based+methylation+profiles+in+prognostic+subsets+of+chronic+lymphocytic+leukemia.">Differential genome-wide array-based methylation profiles in prognostic subsets of chronic lymphocytic leukemia.</a> Blood. 115 (2), 296-305 (2010).</li><li>Cahill, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=450K-array+analysis+of+chronic+lymphocytic+leukemia+cells+reveals+global+DNA+methylation+to+be+relatively+stable+over+time+and+similar+in+resting+and+proliferative+compartments.">450K-array analysis of chronic lymphocytic leukemia cells reveals global DNA methylation to be relatively stable over time and similar in resting and proliferative compartments.</a> Leukemia. 27 (1), 150-158 (2013).</li><li>Kanduri, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinct+transcriptional+control+in+major+immunogenetic+subsets+of+chronic+lymphocytic+leukemia+exhibiting+subset-biased+global+DNA+methylation+profiles.">Distinct transcriptional control in major immunogenetic subsets of chronic lymphocytic leukemia exhibiting subset-biased global DNA methylation profiles.</a> Epigenetics. 7 (12), 1435-1442 (2012).</li><li>Kulis, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenomic+analysis+detects+widespread+gene-body+DNA+hypomethylation+in+chronic+lymphocytic+leukemia.">Epigenomic analysis detects widespread gene-body DNA hypomethylation in chronic lymphocytic leukemia.</a> Nat Genet. 44 (11), 1236-1242 (2012).</li><li>Booth, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+sequencing+of+5-methylcytosine+and+5-hydroxymethylcytosine+at+single-base+resolution.">Quantitative sequencing of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine at single-base resolution.</a> Science. 336 (6083), 934-937 (2012).</li><li>Yu, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Base-resolution+analysis+of+5-hydroxymethylcytosine+in+the+mammalian+genome.">Base-resolution analysis of 5-hydroxymethylcytosine in the mammalian genome.</a> Cell. 149 (6), 1368-1380 (2012).</li><li>Subhash, S., Andersson, P. O., Kosalai, S. T., Kanduri, C., Kanduri, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+DNA+methylation+profiling+reveals+new+insights+into+epigenetically+deregulated+protein+coding+and+long+noncoding+RNAs+in+CLL.">Global DNA methylation profiling reveals new insights into epigenetically deregulated protein coding and long noncoding RNAs in CLL.</a> Clin Epigenetics. 8, 106 (2016).</li><li>Hallek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guidelines+for+the+diagnosis+and+treatment+of+chronic+lymphocytic+leukemia:+a+report+from+the+International+Workshop+on+Chronic+Lymphocytic+Leukemia+updating+the+National+Cancer+Institute-Working+Group+1996+guidelines.">Guidelines for the diagnosis and treatment of chronic lymphocytic leukemia: a report from the International Workshop on Chronic Lymphocytic Leukemia updating the National Cancer Institute-Working Group 1996 guidelines.</a> Blood. 111 (12), 5446-5456 (2008).</li><li>De Meyer, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quality+evaluation+of+methyl+binding+domain+based+kits+for+enrichment+DNA-methylation+sequencing.">Quality evaluation of methyl binding domain based kits for enrichment DNA-methylation sequencing.</a> PLoS One. 8 (3), e59068 (2013).</li><li>Bolger, A. M., Lohse, M., Usadel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Trimmomatic:+a+flexible+trimmer+for+Illumina+sequence+data.">Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.</a> Bioinformatics. 30 (15), 2114-2120 (2014).</li><li>Langmead, B., Trapnell, C., Pop, M., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ultrafast+and+memory-efficient+alignment+of+short+DNA+sequences+to+the+human+genome.">Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome.</a> Genome Biol. 10 (3), R25 (2009).</li><li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Model-based+analysis+of+ChIP-Seq+(MACS).">Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS).</a> Genome Biol. 9 (9), R137 (2008).</li><li>Quinlan, A. R., Hall, I. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BEDTools:+a+flexible+suite+of+utilities+for+comparing+genomic+features.">BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features.</a> Bioinformatics. 26 (6), 841-842 (2010).</li><li>Subhash, S., Kanduri, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GeneSCF:+a+real-time+based+functional+enrichment+tool+with+support+for+multiple+organisms.">GeneSCF: a real-time based functional enrichment tool with support for multiple organisms.</a> BMC Bioinformatics. 17 (1), 365 (2016).</li><li>Liao, Y., Smyth, G. K., Shi, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=featureCounts:+an+efficient+general+purpose+program+for+assigning+sequence+reads+to+genomic+features.">featureCounts: an efficient general purpose program for assigning sequence reads to genomic features.</a> Bioinformatics. 30 (7), 923-930 (2014).</li><li>Robinson, M. D., McCarthy, D. J., Smyth, G. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=edgeR:+a+Bioconductor+package+for+differential+expression+analysis+of+digital+gene+expression+data.">edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data.</a> Bioinformatics. 26 (1), 139-140 (2010).</li><li>Martinelli, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ANGPT2+promoter+methylation+is+strongly+associated+with+gene+expression+and+prognosis+in+chronic+lymphocytic+leukemia.">ANGPT2 promoter methylation is strongly associated with gene expression and prognosis in chronic lymphocytic leukemia.</a> Epigenetics. 8 (7), 720-729 (2013).</li><li>Kopparapu, P. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenetic+silencing+of+miR-26A1+in+chronic+lymphocytic+leukemia+and+mantle+cell+lymphoma:+Impact+on+EZH2+expression.">Epigenetic silencing of miR-26A1 in chronic lymphocytic leukemia and mantle cell lymphoma: Impact on EZH2 expression.</a> Epigenetics. 11 (5), 335-343 (2016).</li><li>Robinson, M. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+affinity-based+genome-wide+DNA+methylation+data:+effects+of+CpG+density,+amplification+bias,+and+copy+number+variation.">Evaluation of affinity-based genome-wide DNA methylation data: effects of CpG density, amplification bias, and copy number variation.</a> Genome Res. 20 (12), 1719-1729 (2010).</li></ol>

O MBD-seq é uma técnica baseada em imunoprecipitação baseada em custos, que pode ser usada para estudar padrões de metilação com cobertura completa do genoma. Ambos MeDIP seq (imunoprecipitação de DNA metilado seguido de seqüenciamento) e MBD-seq resultam no enriquecimento de DNA metilado rico em CpG. No entanto, MBD-seq mostra mais afinidade para a ligação a regiões altamente ricas em CpG quando comparadas com MeDIP seq 19 . Usando um kit de enriquecimento de ligação de metilo, po...

O uso de técnicas de sequenciação da próxima geração para analisar os perfis globais de metilação do DNA tem sido cada vez mais popular nos últimos anos. Os ensaios de metilação em todo o genoma, incluindo métodos baseados em microarray e não microarray, foram desenvolvidos com base no seguinte: conversão de bisulfito de DNA genômico, digestão de enzimas de restrição sensíveis à metilação e imunoprecipitação de DNA metilado usando anticorpos específicos de CpG de metilo . A metilação aberrante do DNA é uma das características da leucemia e linfomas, incluindo a leucemia linfocítica crónica (CLL). Anteriormente, vários grupos, incluindo o nosso, caracterizaram os perfis de metilação do DNA de diferentes subgrupos prognósticos de CLL e controles de células B normais e saudáveis ​​usando a conversão de bisulfito de DNA genômico, seguidos de métodos baseados em micro-matriz ou seqüenciamento de todo o genoma 1 , 2 , 3 &lt;Sup class = &quot;xref&quot;&gt; 4. A conversão de bisulfito de DNA genômico leva à desaminação de citosinas não modificadas para uracilo, deixando as citosinas metiladas modificadas no genoma. Uma vez convertido, o estado de metilação do DNA pode ser determinado por amplificação e sequenciação de PCR usando diferentes métodos quantitativos ou qualitativos, como a seqüenciamento de bisulfito de microorganismos ou todo o genoma (WGBS). Embora os métodos baseados em conversão de bisulfito tenham muitas vantagens e sejam amplamente utilizados em diferentes tipos de câncer para analisar os níveis de metilação do DNA, existem algumas desvantagens associadas a esta técnica. O seqüenciamento do WGBS permite a resolução de pares de bases únicas com menores quantidades de DNA e é a melhor opção para analisar um grande número de amostras. No entanto, este método não diferencia as modificações entre os níveis de 5 mC e 5 hmC no genoma 5 , 6 . Além disso, os métodos baseados em microarray não oferecem completo cSuperação do genoma. Em um estudo recente de nosso laboratório 7 , os métodos baseados em imunoprecipitação, em vez de conversão de bisulfito, foram utilizados para identificar regiões altamente diferenciadas e diferenciadas de CpG em escala global em pacientes com CLL e controles saudáveis ​​normais. Secerto de próxima geração de domínio de ligação de inmetil-CpG (MBD) (MBD-seq), o enriquecimento de DNA fragmentado de cadeia dupla depende do grau de metilação de CpG. Este método pode superar as desvantagens do método de conversão de bisulfito e também pode proporcionar cobertura genômica de metilação de CpG de maneira independente e independente de PCR. Além disso, ao contrário dos métodos de microarray baseados em conversão de bisulfito, MBD-seq pode ser usado para analisar o estado de metilação de elementos repetitivos, como longos elementos nucleares intercalados (LINEs), elementos nucleares intercalados curtos (SINEs), repetições terminais longas (LTRS) Etc. No entanto, em comparação com os métodos de conversão de bisulfito,Um protocolo MBD-seq requer uma quantidade relativamente grande de DNA de entrada. Além disso, a qualidade das leituras de seqüências e os dados dependem da especificidade, afinidade e qualidade dos anticorpos utilizados. O presente estudo explica um protocolo MBD-seq detalhado para enriquecer DNA metilado para sequenciação da próxima geração. Ele usa um kit comercial de enriquecimento de ligação de DNA metilado (listado na Tabela de Materiais ), bem como uma tubulação computacional para visualizar e interpretar dados de seqüenciamento de metilação para identificar regiões hiper e hipometiladas específicas de CLL em comparação com controles saudáveis ​​normais. Basicamente, este método faz uso da capacidade do MBD da interação da proteína MBD2 humana com CpGs metilados para extrair DNA enriquecido com CpGs metilados, e isso é seguido pelo seqüenciamento de alto rendimento do DNA metilado.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="626">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Dneasy Blood and tissue kit</td>
			<td style="width:124px;">Qaigen</td>
			<td style="width:119px;">69504</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Lymphoprep solution</td>
			<td style="width:124px;">A X I S-S H I E L D</td>
			<td style="width:119px;">1114544</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Nano drop 2000</td>
			<td style="width:124px;">Thermo Fischersceintific</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="51">
			<td height="51" style="height:51px;width:216px;">TE buffer PH 8</td>
			<td style="width:124px;">Sigma aldrich</td>
			<td style="width:119px;">93283</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Bioruptor standard sonication device</td>
			<td style="width:124px;">Diagenode</td>
			<td style="width:119px;">UCD-200</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">TPX bioruptor tubes 1.5ml</td>
			<td style="width:124px;">Diagenode</td>
			<td style="width:119px;">C30010010-300</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">3 M Sodium acetate</td>
			<td style="width:124px;">Diagenode</td>
			<td>C03030002</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">E-gel iBase safe imager combo kit</td>
			<td style="width:124px;">Thermo Fischersceintific</td>
			<td style="width:119px;">G6465EU</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">E-gel 2% Agarose gels</td>
			<td style="width:124px;">Thermo Fischersceintific</td>
			<td style="width:119px;">G441002</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Methylminer Methylated DNA enrichment kit</td>
			<td style="width:124px;">Thermo Fischersceintific</td>
			<td style="width:119px;">ME10025</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Labquake Tube Shaker/Rotators</td>
			<td style="width:124px;">Thermo Fischersceintific</td>
			<td style="width:119px;">415110</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Dynal MPC-S</td>
			<td style="width:124px;">Thermo Fischersceintific</td>
			<td style="width:119px;">A13346</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Vortex mixer</td>
			<td style="width:124px;">VWR</td>
			<td style="width:119px;">12620-848</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Absolute Ethanol</td>
			<td style="width:124px;">Any company</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">70% Ethanool</td>
			<td style="width:124px;">Any company</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">DNAse free water</td>
			<td style="width:124px;">Milli Q</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">DNA precipitant (3M sodium acetate)</td>
			<td style="width:124px;">Diagenode</td>
			<td style="width:119px;">C03030002</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Safe seal 1.5ml eppendorf tubes</td>
			<td style="width:124px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:119px;">4036-3204</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Qubit dsDNA HS Assay Kit</td>
			<td style="width:124px;">Thermo Fischersceintific</td>
			<td style="width:119px;">Q32851</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Qubit 0.5ml tubes</td>
			<td style="width:124px;">Thermo Fischersceintific</td>
			<td style="width:119px;">Q32856</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Qubit</td>
			<td style="width:124px;">Thermo Fischersceintific</td>
			<td style="width:119px;">Q32866</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Illumina Hiseq2000 Platform</td>
			<td style="width:124px;">Illumina</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Water&#160; Bath</td>
			<td style="width:124px;">Grant</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Heat block</td>
			<td style="width:124px;">grant</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Tube rotater</td>
			<td style="width:124px;">Labquake</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

comprehensive dna methylation analysis using a methyl-cpg-binding domain capture-based method in chronic lymphocytic leukemia patients

O papel de ARNs não codificados longos (lncRNAs) em câncer está chegando à vanguarda devido ao crescente interesse em entender suas funções mecanicistas durante o desenvolvimento e progressão do câncer. Apesar disso, a regulação epigenética global dos ARNnc e as seqüências repetitivas no câncer não foi bem investigada, particularmente na leucemia linfocítica crônica (CLL). Este estudo centra-se em uma abordagem única: a captação baseada em imunoprecipitação de fragmentos de DNA metilados de cadeia dupla usando proteínas de domínio de ligação a metilo (MBD), seguido de sequenciação de próxima geração (MBD-seq). As amostras de pacientes CLL pertencentes a dois subgrupos prognósticos (5 amostras mutadas de IGVH + 5 amostras não mutadas IGVH) foram utilizadas neste estudo. A análise revelou 5.800 hipermetilados e 12.570 genes metilados diferencialmente específicos de CLL específicos de CLL (cllDMGs) em comparação com controles saudáveis ​​normais. Importante, esses resultados identificaram vários ARNnc específicos de CLL, diferencialmente metilados, reElementos petitivos e genes codificadores de proteínas com potencial valor prognóstico. Este trabalho descreve um protocolo detalhado para um pipeline MBD-seq e bioinformática desenvolvido para a análise abrangente de perfis globais de metilação em regiões altamente ricas em CpG usando amostras de pacientes CLL. Finalmente, um gene codificador de proteína e um ARNnc foram validados usando pirosequenciamento, que é um método altamente quantitativo para analisar os níveis de metilação CpG para corroborar ainda mais os achados do protocolo MBD-seq.

O MBD-seq foi recentemente realizado em pacientes com CLL e controles compatíveis, normais e saudáveis ​​para identificar genes especificamente hiper e hipometilados CLL específicos 7 . O pipeline experimental e bioinformático utilizado para analisar os dados gerados a partir de CLL e amostras saudáveis ​​normais são mostrados na Figura 1A e 1B . Essas análises identificaram várias regiões diferencial...

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Comprehensive DNA Methylation Analysis Using a Methyl-CpG-binding Domain Capture-based Method in Chronic Lymphocytic Leukemia Patients

Este trabalho descreve um protocolo optimizado de sequenciação de domínio de ligação de metil-CpG (MBD) e uma tubagem computacional para identificar regiões ricas em CpG diferencialmente metiladas em pacientes com leucemia linfocítica crônica (CLL).

Análise abrangente de metilação de DNA usando um método baseado em captação de domínio de ligação de metil-CpG em pacientes com leucemia linfocítica crônica

The role of long noncoding RNAs (lncRNAs) in cancer is coming to the forefront due to growing interest in understanding their mechanistic functions during ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Determination of the Optimal Chromosomal Location(s) for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Determination of the Optimal Chromosomal Locations for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Determinação da localização cromossômica ideal para um elemento de DNA em Escherichia coli usando uma nova abordagem mediada por Transposon

The optimal chromosomal position(s) of a given DNA element was/were determined by transposon-mediated random insertion followed by fitness selection. In ...

Genética

Immunostaining for DNA Modifications: Computational Analysis of Confocal Images

Immunostaining para modificações do DNA: análise computacional de imagens Confocal

For several decades, 5-methylcytosine (5mC) has been thought to be the only DNA modification with a functional significance in metazoans. The discovery of ...

Profiling DNA Replication Timing Using Zebrafish as an In Vivo Model System

Profiling DNA Replication Timing Using Zebrafish as an In Vivo Model System

Sincronismo de replicação de DNA usando Zebrafish como um sistema modelo In Vivo de criação de perfil

DNA replication timing is an important cellular characteristic, exhibiting significant relationships with chromatin structure, transcription, and DNA ...

Candidate Gene Testing in Clinical Cohort Studies with Multiplexed Genotyping and Mass Spectrometry

Gene candidato teste em estudos de coorte clínica com genotipagem multiplexada e espectrometria de massa

Complex diseases are often underpinned by multiple common genetic variants that contribute to disease susceptibility. Here, we describe a cost-effective ...

Methodology for Accurate Detection of Mitochondrial DNA Methylation

Metodologia para detecção precisa de metilação do DNA mitocondrial

Quantification of DNA methylation can be achieved using bisulfite sequencing, which takes advantage of the property of sodium bisulfite to convert ...

Quantitative Analysis of Alternative Pre-mRNA Splicing in Mouse Brain Sections Using RNA In Situ Hybridization Assay

Quantitative Analysis of Alternative Pre-mRNA Splicing in Mouse Brain Sections Using RNA In Situ Hybridization Assay

Análise quantitativa de alternativo Pre-mRNA emendar nas seções de cérebro de rato usando o RNA In Situ da hibridação do ensaio

Alternative splicing (AS) occurs in more than 90% of human genes. The expression pattern of an alternatively spliced exon is often regulated in a cell ...

Single-Molecule F&ouml;rster Resonance Energy Transfer Methods for Real-Time Investigation of the Holliday Junction Resolution by GEN1

Single-Molecule FÃƒÆ’Ã‚Â¶rster Resonance Energy Transfer Methods for Real-Time Investigation of the Holliday Junction Resolution by GEN1

Métodos de transferência da energia da ressonância da único-molécula Förster para a investigação tempo real da definição da junção de Holliday por GEN1

Bulk methods measure the ensemble behavior of molecules, in which individual reaction rates of the underlying steps are averaged throughout the ...

Investigation of the Transcriptional Role of a RUNX1 Intronic Silencer by CRISPR/Cas9 Ribonucleoprotein in Acute Myeloid Leukemia Cells

Investigation of the Transcriptional Role of a RUNX1 Intronic Silencer by CRISPR/Cas9 Ribonucleoprotein in Acute Myeloid Leukemia Cells

Investigação do papel transcricional de um silenciador intrônico RUNX1 por crispr/Cas9 Ribonucleoproteína em células de leucemia mielóide aguda

The bulk of the human genome (~98%) is comprised of non-coding sequences. Cis-regulatory elements (CREs) are non-coding DNA sequences that contain binding ...

Use of the Pyrimidine Analog, 5-Iodo-2&prime;-Deoxyuridine (IdU) with Cell Cycle Markers to Establish Cell Cycle Phases in a Mass Cytometry Platform

Use of the Pyrimidine Analog, 5-Iodo-2ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã‚Â²-Deoxyuridine IdU with Cell Cycle Markers to Establish Cell Cycle Phases in a Mass Cytometry Platform

Uso do Análogo da Pirimidina 5-Iodo-2′-Desoxiuridina (IdU) com Marcadores do Ciclo Celular para Estabelecer Fases do Ciclo Celular em uma Plataforma de Citometria de Massa

The regulation of cell cycle phase is an important aspect of cellular proliferation and homeostasis. Disruption of the regulatory mechanisms governing the ...

LINE-1 Methylation Analysis in Mesenchymal Stem Cells Treated with Osteosarcoma-Derived Extracellular Vesicles

Análise de metilação LINE-1 em células-tronco mesenquimicas tratadas com vesículas extracelulares derivadas de Osteosarcoma

Methylation-specific probe amplification (MSPA) is a simple and robust technique that can be used to detect relative differences in methylation levels of ...