Name: protocols for c-brick dna standard assembly using cpf1
Uploaded: 2017-06-15T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Protocols for C-Brick DNA Standard Assembly Using Cpf1 at JoVE.com

Vi tackar Shanghai Tolo Biotech för deras tekniska hjälp under utvecklingen av C-Brick-standarden. Detta arbete stöddes av bidrag från det kinesiska vetenskapsakademiens strategiska prioriterade forskningsprogram (bidrag nr XDB19040200).

1. Framställning av crRNA <ol><li> Framställning av crRNA-mallar <ol><li> Resuspendera individuella oligonukleotider ( Tabell 1 ) i RNas-fritt vatten till en koncentration av 10 | im. </li><li> Tillsätt 22,5 μL toppsträngig oligonukleotid (T7-F i Tabell 1 ), 22,5 μL bottensträngs oligonukleotid ( Tabell 1 ) och 5 | il 10x glödgningsbuffert till ett 0,2 ml PCR-rör. Se till att den totala volymen är 50 μl. OBS: Sex olika oligonukleotid...

<ol>
	<li>Canton, B., Labno, A., Endy, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Refinement+and+standardization+of+synthetic+biological+parts+and+devices.">Refinement and standardization of synthetic biological parts and devices.</a> Nat Biotechnol. 26 (7), 787-793 (2008).</li><li>Shetty, R. P., Endy, D., Knight, T. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Engineering+BioBrick+vectors+from+BioBrick+parts.">Engineering BioBrick vectors from BioBrick parts.</a> J Biol Eng. 2, (2008).</li><li>Knight, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Idempotent Vector Design for Standard Assembly of Biobricks. , 1-11 (2003).</li><li>Li, S. Y., Zhao, G. P., Wang, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=C-Brick:+A+New+Standard+for+Assembly+of+Biological+Parts+Using+Cpf1.">C-Brick: A New Standard for Assembly of Biological Parts Using Cpf1.</a> ACS Synth Biol. 5 (12), 1383-1388 (2016).</li><li>Anderson, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BglBricks:+A+flexible+standard+for+biological+part+assembly.">BglBricks: A flexible standard for biological part assembly.</a> J Biol Eng. 4 (1), (2010).</li><li>Liu, J. K., Chen, W. H., Ren, S. X., Zhao, G. P., Wang, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=iBrick:+a+new+standard+for+iterative+assembly+of+biological+parts+with+homing+endonucleases.">iBrick: a new standard for iterative assembly of biological parts with homing endonucleases.</a> PLoS One. 9 (10), e110852 (2014).</li><li>Hsu, P. D., Lander, E. S., Zhang, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+applications+of+CRISPR-Cas9+for+genome+engineering.">Development and applications of CRISPR-Cas9 for genome engineering.</a> Cell. 157 (6), 1262-1278 (2014).</li><li>Wright, A. V., Nunez, J. K., Doudna, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biology+and+Applications+of+CRISPR+Systems:+Harnessing+Nature's+Toolbox+for+Genome+Engineering.">Biology and Applications of CRISPR Systems: Harnessing Nature's Toolbox for Genome Engineering.</a> Cell. 164 (1-2), 29-44 (2016).</li><li>Jinek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+programmable+dual-RNA-guided+DNA+endonuclease+in+adaptive+bacterial+immunity.">A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity.</a> Science. 337 (6096), 816-821 (2012).</li><li>Zetsche, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cpf1+is+a+single+RNA-guided+endonuclease+of+a+class+2+CRISPR-Cas+system.">Cpf1 is a single RNA-guided endonuclease of a class 2 CRISPR-Cas system.</a> Cell. 163 (3), 759-771 (2015).</li><li>Sanger, F., Nicklen, S., Coulson, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+sequencing+with+chain-terminating+inhibitors.">DNA sequencing with chain-terminating inhibitors.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 74 (12), 5463-5467 (1977).</li><li>Engler, C., Kandzia, R., Marillonnet, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+one+pot,+one+step,+precision+cloning+method.">A one pot, one step, precision cloning method.</a> PLoS One. 3 (11), e3647 (2008).</li><li>Gibson, D. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enzymatic+assembly+of+DNA+molecules+up+to+several+hundred+kilobases.">Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases.</a> Nat Methods. 6 (5), 343-345 (2009).</li><li>Casini, A., Storch, M., Baldwin, G. S., Ellis, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bricks+and+blueprints:+methods+and+standards+for+DNA+assembly.">Bricks and blueprints: methods and standards for DNA assembly.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 16 (9), 568-576 (2015).</li><li>Cameron, D. E., Bashor, C. J., Collins, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+brief+history+of+synthetic+biology.">A brief history of synthetic biology.</a> Nat Rev Microbiol. 12 (5), 381-390 (2014).</li><li>Keasling, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthetic+biology+for+synthetic+chemistry.">Synthetic biology for synthetic chemistry.</a> ACS Chem Biol. 3 (1), 64-76 (2008).</li></ol>

Detta protokoll beskriver en procedur för DNA-monteringsstandarden C-Brick. Det viktigaste steget i detta protokoll är lineariseringen av C-Brick-standardvektorn; Ofullständig klyvning av vektorn kan på allvar påverka framgångsnivån. Dessutom, även om Cpfl huvudsakligen klibbar mål-DNA-sekvenser i &quot;18-23&quot; -klyvningsmönstret, detekterades också felaktig klyvning nära de två baserna 4 , vilket kan orsaka ett litet antal mutationer efter DNA-montering. Därför behövs Sanger-...

Standardiseringen av DNA-biologiska delar är viktig för utvecklingen av syntetisk biologi 1 . Utvecklingen av ett DNA-sammansättningsförfarande kan ersätta ad hoc- experimentella mönster och avlägsna många av de oväntade resultaten som uppstår vid montering av genetiska komponenter i större system. BioBrick-standarden (BBF RFC 10) var en av de tidigaste föreslagna DNA-monteringsstandarderna. Den använder prefix-sekvensen (innehållande EcoRI- och XbaI-skärningssidor) och suffixsekvensen (innehållande SpeI- och PstI-skärningsplatser) 2 , 3 . Eftersom XbaI och SpeI har komplementära sammanhängande ändar kan BioBrick DNA-delar som är skurna med XbaI och SpeI förenas och generera en ny BioBrick för ytterligare iterativ montering. Vissa defekter har identifierats med användning av BioBrick-standarden 4 . Till exempel producerar den en 8-bitarsärrMellan DNA-delarna, vilket inte tillåter konstruktionen av in-fusionsproteiner. Dessutom måste de fyra ovan nämnda typerna av 6-bp restriktionsställen avlägsnas från DNA-delarna, vilket är mycket obekvämt. BglBrick-standarden fastställdes för att lösa det första problemet 5 . Det skapar en 6-bp &quot;GGATCT&quot; ärr som producerar Gly-Ser och tillåter sammansmältning av flera proteiner eller proteindomäner. IBrick utvecklades för att hantera det andra problemet 6 . Det använder homing endonukleaser (HEs) som känner igen långa DNA-sekvenser. Eftersom HE-igenkänningsställena sällan existerar i naturliga DNA-sekvenser kan iBrick-standarden användas för direkt konstruktion av iBrick-delar utan att modifiera deras DNA-sekvenser. Men iBrick-standarden lämnar en 21 bp ärr mellan DNA-delarna, vilket kan vara orsaken till dess impopularitet. Under de senaste åren har de grupperade regelbundna mellanrummen korta palindroma upprepningar (CRISPR) systemet har utvecklats snabbt 7 , 8 . Bland de CRISPR-associerade (Cas) proteinerna används Cas9 endonukleas från Streptococcus pyogenes nu allmänt. Det introducerar för det mesta dubbelsträngade DNA-raster (DSB) med trubbiga ändar 9 . År 2015 kände Zhang och kollegor för första gången Cpf1 (CRISPR från Prevotella och Francisella 1). Det hör till klass 2 typ V CRISPR-Cas-systemet och är ett CRISRP RNA (crRNA) -guided endonukleas 10 . Till skillnad från Cas9 introducerar Cpf1 en DSB med ett 4 eller 5 nt 5 &#39;överhang 10 . Baserat på denna egenskap användes Cpf1 för att utveckla en DNA-monteringsstandard, C-Brick 4 . På en C-Brick-standardvektor flankerar fyra Cpfl-målställen av prefixat T1 / T2 och suffix T3 / T4 de biologiska delarna; Detta liknar BioBrick-standarden. Som klyvning av T2- och T3-sidor pLeder till komplementära klibbiga ändar, är det möjligt att utföra det iterativa sammansättningen av DNA-delar medan man genererar ett &quot;GGATCC&quot; ärr mellan delarna. C-Brick-standarden har framförallt två huvudfördelar: erkänner långa målsekvenser och lämnar korta ärr. Den 6 bp &quot;GGATCC&quot; ärr som alstras av C-Brick kodar för Gly-Ser, vilket möjliggör konstruktion av fusionsproteiner. Dessutom är C-Brick-standarden också delvis kompatibel med BglBrick- och BioBrick-standarderna.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="828">
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">Comercial Oligonucleotide</td>
			<td style="width:160px;">Sangon Biotech</td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td style="width:191px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">10x Taq PCR Buffer</td>
			<td style="width:160px;">Transgen</td>
			<td style="width:161px;">#J40928</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">Ultra Pure Distilled Water</td>
			<td style="width:160px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:161px;">10977-015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">5x RNA Transcription Buffer</td>
			<td style="width:160px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:161px;">K0441</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">T7 RNA polymerase</td>
			<td style="width:160px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:161px;">#EP0111</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">NTP mixture</td>
			<td style="width:160px;">Sangon</td>
			<td style="width:161px;">#ND0056</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">RRI(Recombinant RNase Inhibitor)</td>
			<td style="width:160px;">Takara</td>
			<td style="width:161px;">2313A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">RNA Clean &#38; Concentrator-5</td>
			<td style="width:160px;">Zymo Research</td>
			<td style="width:161px;">R1015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">UV-Vis Spectrometer</td>
			<td style="width:160px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:161px;">Nano-Drop 2000c</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">2x Phanta Max Buffer</td>
			<td style="width:160px;">Vazyme</td>
			<td style="width:161px;">PB505</td>
			<td>PCR buffer</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">dNTPs</td>
			<td style="width:160px;">Transgen</td>
			<td style="width:161px;">AD101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:316px;">Phanta Max Super-Fidelity DNA Polymerase</td>
			<td style="width:160px;">Vazyme</td>
			<td style="width:161px;">P505-d1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">Ezmax for One-step Cloning</td>
			<td style="width:160px;">Tolobio</td>
			<td style="width:161px;">24303-1</td>
			<td>seamless assembly kit</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">5x Buffer for Ezmax One-step Cloning</td>
			<td style="width:160px;">Tolobio</td>
			<td style="width:161px;">32006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">BamHI</td>
			<td style="width:160px;">NEB</td>
			<td style="width:161px;">#R0136L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">BamHI-HF</td>
			<td style="width:160px;">NEB</td>
			<td style="width:161px;">#R3136L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">BglII&#160;</td>
			<td style="width:160px;">NEB</td>
			<td style="width:161px;">#R0144L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">XbaI</td>
			<td style="width:160px;">NEB</td>
			<td style="width:161px;">#R0145L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">SpeI</td>
			<td style="width:160px;">NEB</td>
			<td style="width:161px;">#R3133L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">10x Buffer 3</td>
			<td style="width:160px;">NEB</td>
			<td style="width:161px;">#B7003S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">10x CutSmart Buffer</td>
			<td style="width:160px;">NEB</td>
			<td style="width:161px;">B7204S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">10x T4 DNA ligase Buffer</td>
			<td style="width:160px;">Tolobio</td>
			<td style="width:161px;">32002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">T4 PNK</td>
			<td style="width:160px;">Tolobio</td>
			<td style="width:161px;">32206</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">T4 DNA ligase</td>
			<td style="width:160px;">Tolobio</td>
			<td style="width:161px;">32210</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">DpnI</td>
			<td style="width:160px;">NEB</td>
			<td style="width:161px;">#R01762</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">SV Gel and PCR clean-up system</td>
			<td style="width:160px;">Promega</td>
			<td style="width:161px;">A9282</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">Plasmid Mini Kit I</td>
			<td style="width:160px;">Omega</td>
			<td style="width:161px;">D6943-02</td>
			<td>plasmid preparation kit</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">thermosensitive alkaline phosphatase&#160;</td>
			<td style="width:160px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:161px;">#EF0651</td>
			<td>FastAP</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">10x Cpf1 buffer</td>
			<td style="width:160px;">Tolobio</td>
			<td style="width:161px;">32008</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">Cpf1</td>
			<td style="width:160px;">Tolobio</td>
			<td style="width:161px;">32105</td>
			<td>FnCpf1</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">thermocycler</td>
			<td style="width:160px;">Applied Biosystems</td>
			<td style="width:161px;">veriti 96 well</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">C-Brick standard vector</td>
			<td style="width:160px;">Tolobio</td>
			<td style="width:161px;">98101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">E. coli [DH10B]</td>
			<td style="width:160px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:161px;">18297010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">Luria-Bertani media (tryptone)</td>
			<td style="width:160px;">Oxoid</td>
			<td style="width:161px;">LP0042</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">Luria-Bertani media (yeast extract)</td>
			<td style="width:160px;">Oxoid</td>
			<td style="width:161px;">LP0021</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:316px;">Luria-Bertani media (NaCl)</td>
			<td style="width:160px;">Sangon Biotech</td>
			<td style="width:161px;">B126BA0007</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

protocols for c-brick dna standard assembly using cpf1

CRISPR-associerat protein Cpfl klyver dubbelsträngat DNA under ledning av CRISPR RNA (crRNA), vilket alstrar klibbiga ändar. På grund av denna egenskap har Cpf1 använts för inrättandet av en DNA-monteringsstandard som kallas C-Brick, vilken har fördelen av långa igenkänningsställen och korta ärr. På en vanlig C-Brick-vektor finns fyra Cpf1-igenkänningssidor - prefixet (T1 och T2-sidorna) och suffixet (T3 och T4-sidorna) - flankerande biologiska DNA-delar. Klyvningen av T2- och T3-ställen ger komplementära klibbiga ändar, vilket möjliggör montering av DNA-delar med T2- och T3-ställen. Under tiden genereras en kort &quot;GGATCC&quot; ärr mellan delar efter montering. Eftersom den nybildade plasmiden återigen innehåller de fyra Cpfl-klyvningsställena möjliggör förfarandet det iterativa sammansättningen av DNA-delar, vilket liknar de för BioBrick och BglBrick-standarderna. Ett förfarande som beskriver användningen av C-Brick-standarden för att montera DNA-delarBeskrivs här. C-Brick-standarden kan användas i stor utsträckning av forskare, forskare och studenter, och till och med amatörer.

<html> Detta protokoll demonstrerade montering av tre kromoproteinkassetter (cjBlue (BBa_K592011), eforRed (BBa_K592012) och amilGFP (BBa_K592010)). För det första klonades de kodande sekvenserna för de tre ovannämnda generna och terminatorerna individuellt i en C-Brick-standardvektor. Korta DNA-delar, promotor och terminator infördes i C-Brick-vektorn genom PCR-amplifiering med användning av primrar innehållande de korta DNA-delarna på 5&#39;-terminalen. Detta följdes av själv-...

Watch this Scientific Journal Video about Protocols for C-Brick DNA Standard Assembly Using Cpf1 at JoVE.com

Protocols for C-Brick DNA Standard Assembly Using Cpf1

CRISPR-associerat protein Cpf1 kan styras av ett speciellt konstruerat CRISPR-RNA (crRNA) för att klyva dubbelsträngat DNA vid önskade ställen, vilket genererar klibbiga ändar. Baserat på denna egenskap etablerades en DNA-monteringsstandard (C-Brick), och ett protokoll som beskriver dess användning beskrivs här.

Protokoll för C-Brick-DNA-standardmontering med användning av Cpfl

CRISPR-associated protein Cpf1 cleaves double-stranded DNA under the guidance of CRISPR RNA (crRNA), generating sticky ends. Because of this ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Methyl-binding DNA capture Sequencing for Patient Tissues

Metyl-bindande DNA fånga sekvensering för patientvävnader

Methylation is one of the essential epigenetic modifications to the DNA, which is responsible for the precise regulation of genes required for stable ...

Studying Cell Cycle-regulated Gene Expression by Two Complementary Cell Synchronization Protocols

Studierande cellcykelreglerade genuttryck av två komplementära cellsynkroniseringsprotokoll

The gene expression program of the cell cycle represents a critical step for understanding cell cycle-dependent processes and their role in diseases such ...

Determination of the Optimal Chromosomal Location(s) for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Determination of the Optimal Chromosomal Locations for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Bestämning av optimala kromosomala belägenheten för ett DNA-Element i Escherichia coli använder en ny metod för Transposon-medierad

The optimal chromosomal position(s) of a given DNA element was/were determined by transposon-mediated random insertion followed by fitness selection. In ...

Immunostaining for DNA Modifications: Computational Analysis of Confocal Images

Immunfärgning för DNA ändringar: tillämpad analys av Confocal bilder

For several decades, 5-methylcytosine (5mC) has been thought to be the only DNA modification with a functional significance in metazoans. The discovery of ...

Profiling DNA Replication Timing Using Zebrafish as an In Vivo Model System

Profiling DNA Replication Timing Using Zebrafish as an In Vivo Model System

Profilering DNA Replication Timing med zebrafiskar som ett In Vivo -modellsystem

DNA replication timing is an important cellular characteristic, exhibiting significant relationships with chromatin structure, transcription, and DNA ...

Rare Event Detection Using Error-corrected DNA and RNA Sequencing

Detektion av sällsynta händelser med fel-korrigerade DNA och RNA-sekvensering

Conventional next-generation sequencing techniques (NGS) have allowed for immense genomic characterization for over a decade. Specifically, NGS has been ...

Methodology for Accurate Detection of Mitochondrial DNA Methylation

Metodik för korrekt upptäckt av mitokondrie-DNA metylering

Quantification of DNA methylation can be achieved using bisulfite sequencing, which takes advantage of the property of sodium bisulfite to convert ...

A Customizable Protocol for String Assembly gRNA Cloning (STAgR)

A Customizable Protocol for String Assembly gRNA Cloning STAgR

En anpassningsbar protokoll för sträng församlingen gärna kloning (STAgR)

The bacterial CRISPR/Cas9 system has substantially increased methodological options for life scientists. Due to its utilization, genetic and genomic ...

Assessing Stem Cell DNA Integrity for Cardiac Cell Therapy

Bedömningen av Stem Cell DNA integritet för hjärt cellterapi

Stem and stem-cell-derived cells have immense potential as a regenerative therapy for various degenerative diseases. DNA is the storehouse of genetic data ...

High-Throughput DNA Plasmid Multiplexing and Transfection Using Acoustic Nanodispensing Technology

Hög genomströmning DNA plasmid Multiplexing och transfektion med akustisk Nanodispenseringsteknik

Cell transfection, indispensable for many biological studies, requires controlling many parameters for an accurate and successful achievement. Most often ...