Name: automated protocols for macromolecular crystallization at the mrc laboratory of molecular biology
Uploaded: 2018-01-24T13:00:00
Duration: 11 min 20 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Automated Protocols for Macromolecular Crystallization at the MRC Laboratory of Molecular Biology at JoVE.com

MRC-LMB क्रिस्टलीकरण सुविधा कृपया चिकित्सा अनुसंधान परिषद (यूके) द्वारा समर्थित है । हम उनके समर्थन के लिए LMB के सदस्यों को धंयवाद: ओल्गा Perisic (PNAC), टोनी वार्न, Fusinita वान मांद ईएनटी और पैट एडवर्ड्स (संरचनात्मक अध्ययन), स्टीव स्कॉच और यांत्रिक कार्यशाला के अंय सदस्यों, नील अनुदान और जो Westmoreland (दृश्य एड्स), पॉल हार्ट और टॉम प्रैट (IT) । हम भी स्टीव इलियट (Tecan, ब्रिटेन), मिशेल स्टुअर्ट और हीथ Ringrose (हैमिल्टन रोबोटिक्स, ब्रिटेन), पॉल गल, रॉबर्ट लुईस और Joby Jenkins (टीटीपी Labtech, ब्रिटेन), पॉल Reardon (Swissci एजी, स्विट्जरलैंड), जॉर्ज स्टीफंस और डोनाल्ड Ogg (Alphabiotech, के लिए धंयवाद देना चाहूंगा ब्रिटेन), नील विलियंस (Markem Imaje, ब्रिटेन) और ग्राहम हैरिस (क्लीवलैंड एजेंसी) तकनीकी मदद के लिए ।

हम इसके द्वारा एक परस्पर विरोधी वाणिज्यिक हित राज्य LifeArc निंनलिखित मदों के व्यावसायियों: ९६-और ४८-अच्छी तरह से MRC प्लेटें, MRC हैंगिंग ड्रॉप सील, MORPHEUS, Pi, ANGSTROM और LMB क्रिस्टलीकरण स्क्रीन ।

एक्स-रे क्रि बड़े पैमाने पर आगे के लिए परमाणु स्तर पर जैविक और रोग तंत्र की हमारी समझ अग्रिम लागू किया जाता है और बाद में दवा खोज के लिए तर्कसंगत दृष्टिकोण की सहायता1। इस के लिए, शुद्ध और ध्यान केंद्रित (2-50 मिलीग्राम/प्रोटीन, डीएनए, आरएनए, अंय लाइगैंडों के macromolecular नमूने, और उनके परिसरों के लिए उनकी प्रवृत्ति के लिए परीक्षण कर रहे है क्रिस्टलीकरण के माध्यम से तीन आयामी जाली का आदेश दिया2,3 ,4. जब उच्च गुणवत्ता क्रिस्टल प्राप्त कर रहे है कि diffract एक्स-रे, क्रिस्टल संरचना के पास परमाणु संकल्प5पर हल किया जा सकता है,6। महत्वपूर्ण, शर्तों एक उपंयास नमूने सघन करने की भविष्यवाणी नहीं की जा सकती है और उच्च गुणवत्ता क्रिस्टल की उपज आमतौर पर बहुत कम है । एक अंतर्निहित कारण यह है कि ब्याज के कई नमूनों जैव रासायनिक गुणों को चुनौती है, जो उन्हें क्रिस्टलीकरण के लिए इसी टाइमस्केल पर अस्थिर कर (आमतौर पर कुछ दिनों). अंत में, प्रक्रिया नमूनों और नमूना वेरिएंट का उत्पादन करने के लिए आवश्यक समय से जटिल है, और उनकी शुद्धि और क्रिस्टलीकरण7,8का अनुकूलन करने के लिए.
एक क्रिस्टलीकरण शर्त नमूना घुलनशीलता कम कर देता है एक precipitant के साथ एक समाधान है, और शर्तों अक्सर भी बफ़र्स और additives होते हैं । ऐसे एजेंट के सैकड़ों के रूप में वे नमूना अखंडता के साथ हस्तक्षेप करने के लिए कम प्रवृत्ति है के रूप में क्रिस्टलीकरण प्रयोगों के मापदंडों में परिवर्तन करने के लिए अच्छी तरह से अनुकूल हैं (जैसे प्रोटीन या न्यूक्लिक एसिड खुलासा). जबकि क्रिस्टलीय रिएजेंट के संयोजन के लाखों परीक्षण व्यवहार्य नहीं है, कई स्क्रीनिंग किट के लिए कई परीक्षण-विभिंन रणनीतियों9,10 के साथ तैयार-लघुकृत परीक्षणों और स्वचालित प्रोटोकॉल के साथ संभव है । इस परिप्रेक्ष्य में, सबसे नवागत तकनीक शायद 100-200 nL बूंदों के साथ वाष्प प्रसार है एक छोटे से ऊपर क्रिस्टलीकरण हालत (25-250 µ एल) युक्त जलाशय पर बैठे, विशेष क्रिस्टलीकरण प्लेटों में लागू11 , 12. प्रोटीन नमूना और हालत अक्सर २०० nL की कुल मात्रा के लिए एक 1:1 अनुपात में संयुक्त जब ऊपरी कुओं में बूंदों की स्थापना कर रहे हैं । रोबोट nanoliter प्रोटीन क्रिस्टलीकरण वैकल्पिक तकनीक और प्लेटों के साथ इस तरह के तहत तेल बैच13 और लिपिड घन चरण14 (नवीनतम एक ट्रांस-झिल्ली प्रोटीन है कि विशेष रूप से लागू किया जा रहा है के रूप में लागू किया जा सकता है बहुत खराब पानी में घुलनशील).
<a href="http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/groups/JYL/WWWrobots/robot.html">MRC-LMB में क्रिस्टलीकरण सुविधा जल्दी-</a> 2000 में शुरू किया गया था और हमारे स्वचालित प्रोटोकॉल का एक प्रारंभिक सारांश २००५15में प्रस्तुत किया गया था । प्रोटीन क्रिस्टलीकरण के लिए एक ऐतिहासिक परिचय प्रस्तुत किया और भी रोबोट nanoliter दृष्टिकोण के लाभों की एक रूपरेखा (तब नियमित प्रयोग करने के लिए एक उपंयास दृष्टिकोण) था । चूंकि macromolecular क्रिस्टलीकरण मूलतः बहुत कम या कोई उपयोगी पूर्व जानकारी के साथ एक stochastic प्रक्रिया है, (उपयुक्त) प्रारंभिक स्थितियों की एक व्यापक विविधता को रोजगार गुणवत्ता विवर्तन क्रिस्टल की उपज16वृद्धि हुई है । इसके अलावा, एक बड़े प्रारंभिक स्क्रीन के एक अक्सर अनदेखी लाभ के लिए काफी कई मामलों में नमूनों और क्रिस्टल के अनुकूलन के लिए की आवश्यकता को कम है । बेशक, एक अभी भी बाद में कुछ प्रारंभिक स्थितियों के अनुकूलन के साथ आगे बढ़ने की जरूरत हो सकती है । आमतौर पर, पुनर्अभिकर्ताओं की एकाग्रता और पीएच तो व्यवस्थित रूप से जांच की जाती है । अधिक एजेंट भी अनुकूलित हालत (ओं) में आगे क्रिस्टलीकरण के मापदंडों में परिवर्तन करने के लिए पेश किया जा सकता है । निश्चित रूप से, एक एक नमूना हौसले से तैयार है, इसलिए इसी प्रोटोकॉल सीधा और किसी भी समय उपलब्ध होना चाहिए के साथ क्रिस्टलीकरण का प्रयास करना चाहिए ।
यहां, दो पूरी तरह से स्वचालित MRC-LMB (सिस्टम 1 और 2) और इसी प्रोटोकॉल पर डिजाइन सिस्टम पूरी तरह से वर्णित हैं । इन दो प्रणालियों के मुख्य आवेदन बैठे छोड़ क्रिस्टलीकरण प्लेटों में भाप प्रसार द्वारा प्रारंभिक स्क्रीनिंग है । 1 सिस्टम एक तरल हेंडलर, स्टॉक प्लेटों, प्लेट लेबलिंग और एक चिपकने वाला प्लेट मुहर के लिए एक inkjet प्रिंटर के लिए एक स्वचालित हिंडोला एकीकृत करता है । 1 सिस्टम पर, ७२ ९६-अच्छी तरह से प्लेटें व्यावसायिक रूप से उपलब्ध स्क्रीनिंग किट के साथ भर रहे है (८० µ एल परीक्षण ट्यूबों में 10 मिलीलीटर की एक प्रारंभिक मात्रा से जलाशय को हस्तांतरित), लेबल और सील । प्लेटें तो एक 10 डिग्री सेल्सियस मशीन में संग्रहीत कर रहे हैं, जहां वे उपयोगकर्ताओं के लिए किसी भी समय उपलब्ध है (आरंभिक स्क्रीन ' LMB प्लेट्स ' कहा जाता है) ।
2 प्रणाली एक तरल हेंडलर, एक nanoliter मशीन, और एक चिपकने वाला प्लेट मुहर को एकीकृत करता है । प्रणाली 2 पर, भाप प्रसार प्रयोगों के लिए बैठे बूंदों (100-1000 nL) के संयोजन शर्तों और २० ४८ के ऊपरी कुओं में नमूना द्वारा उत्पादित कर रहे हैं-या ९६-अच्छी तरह से पूर्व शर्तों के साथ भरा प्लेटें । यह १,९२० प्रारंभिक स्क्रीनिंग की स्थिति का मतलब है जब प्रणाली 2 पर 20 LMB प्लेटों का उपयोग कर परीक्षण कर रहे हैं ।
रोबोट भी व्यक्तिगत रूप से चयनित शर्तों के अनुकूलन के लिए उपयोग किया जाता है, और इसी अर्द्ध स्वचालित प्रोटोकॉल भी वर्णित हैं । 4-कोने विधि17 नियमित रूप से कार्यरत है अनुकूलन स्क्रीन का उत्पादन । इसी प्रोटोकॉल पहले 4 समाधान (' ए, बी, सी, और डी ') के मैनुअल तैयारी की आवश्यकता है । सांद्रता के दो रैखिक ढाल (दो मुख्य क्रिस्टलीकरण एजेंटों के लिए) तो स्वचालित रूप से एक क्रिस्टलीकरण प्लेट के जलाशयों में सीधे उत्पंन कर रहे हैं । इसके लिए, एक सिरिंज-आधारित तरल हेंडलर विभिंन अनुपात में 4 कोने समाधान तिरस्कृत ।
आगे एक शर्त को अनुकूलित करने के लिए, एक additive स्क्रीन है कि संभावित क्रिस्टल18के परिणामस्वरूप के गुणों को बढ़ाने को रोजगार कर सकते हैं । दो दृष्टिकोण additive स्क्रीनिंग के लिए उपलब्ध हैं: एक प्रोटोकॉल की स्थापना से पहले क्रिस्टलीकरण प्लेटों के जलाशयों में तिरस्कृत additives के साथ शुरू (प्रोटोकॉल 1) और अंय प्रोटोकॉल जहां additive स्क्रीन तिरस्कृत है सीधे बूंदों (प्रोटोकॉल 2) पर ।
MRC-LMB में स्वचालित macromolecular क्रिस्टलीकरण की सुविधा के लिए शुरू किए गए अंय उपयोगी घटनाक्रम भी प्रस्तुत किए गए हैं । अनिवार्य रूप से, क्रिस्टलीकरण प्लेटें और इस तरह के एक stacked सोसायटी के रूप में जुड़े उपकरणों के रूप में (SBS) ढक्कन है कि शर्तों के वाष्पीकरण को कम करता है जब सिस्टम 2 का उपयोग कर ।
लाघव के लिए, यह माना जाता है कि उपयोगकर्ताओं को बुनियादी कार्यों और nanoliter मशीन, inkjet प्रिंटर, और चिपकने वाला प्लेट मुहर के रखरखाव के साथ परिचित हैं । जब तक अंयथा कहा, रोबोटों के डेक पर प्लेटों ऐसे तैनात है कि अच्छी तरह a1 (' a1-कॉर्नर ') वापस एक थाली वाहक के बाएं कोने की ओर है ।

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	
	<tbody>
		<tr >
			<td >Robots</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Freedom EVO&#174;</td>
			<td>Tecan</td>
			<td>n/a</td>
			<td>Liquid handler (System 1). Aspiration/Dispense based on system liquid. Integrates an automated carousel. EVOware plus controlling software v.2.4.12.0.&#160;</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Microlab&#174; STAR&#8482;</td>
			<td>Hamilton</td>
			<td>n/a</td>
			<td>Liquid handler (System 2). Aspiration/Dispense based on positive displacement (CO-RE&#8482; technology). Hamilton STAR controlling software v.4.3.5.4785 with method management interface.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Mosquito&#174;</td>
			<td >TTP Labtech</td>
			<td>n/a</td>
			<td>Microsyringe-based nanoliter dispenser used to set up droplets (System 2 and stand-alone), 3-position deck. Controlling software v.3.11.0.1422.&#160;</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Dragonfly&#174;</td>
			<td >TTP Labtech</td>
			<td>n/a</td>
			<td>Syringe-based liquid handler used to produce optimization screens (4-corner method). Controlling software v.1.2.1.10196.&#160;</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Adhesive plate sealer</td>
			<td>Brandel</td>
			<td>n/a</td>
			<td>Integrated to Systems 1 and 2 (also used as stand-alone robot).</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Inkjet printer 9232</td>
			<td>Markem-Imaje</td>
			<td>n/a</td>
			<td>Integrated to System 1. Touchscreen interface.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Crystallization screens</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Crystal Screen&#8482; 1</td>
			<td >Hampton Research</td>
			<td >HR2-110</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB01</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Crystal Screen 2&#8482;</td>
			<td >Hampton Research</td>
			<td >HR2-112</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB01</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Wizard&#8482; Classic 1</td>
			<td >Rigaku</td>
			<td >1009530</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB02</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Wizard&#8482; Classic 2</td>
			<td >Rigaku</td>
			<td >1009531</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB02</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Grid Screen&#8482; Ammonium Sulfate</td>
			<td >Hampton Research</td>
			<td >HR2-211</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB03</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Grid Screen&#8482; PEG/LiCl</td>
			<td >Hampton Research</td>
			<td >HR2-217</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB03</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Quick Screen&#8482;</td>
			<td >Hampton Research</td>
			<td >HR2-221</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB03</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Grid Screen&#8482; Sodium Chloride</td>
			<td >Hampton Research</td>
			<td >HR2-219</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB03</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Grid Screen&#8482; PEG 6000</td>
			<td >Hampton Research</td>
			<td >HR2-213</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB04</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Grid Screen&#8482; MPD</td>
			<td >Hampton Research</td>
			<td >HR2-215</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB04</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >MemFac&#8482;</td>
			<td >Hampton Research</td>
			<td >HR2-114</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB04</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >PEG/Ion&#8482;</td>
			<td >Hampton Research</td>
			<td >HR2-126</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB05</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Natrix&#8482;</td>
			<td >Hampton Research</td>
			<td >HR2-116</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB05</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Crystal Screen Lite&#8482;</td>
			<td >Hampton Research</td>
			<td >HR2-128</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB06</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Custom Lite screen</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td >n/a</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB06</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Wizard&#8482; Cryo 1</td>
			<td >Rigaku</td>
			<td >1009536</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB07</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Wizard&#8482; Cryo 2</td>
			<td >Rigaku</td>
			<td >1009537</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB07</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >JBS1</td>
			<td >JenaBioScience</td>
			<td >CS-101L</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB08</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >JBS2</td>
			<td >JenaBioScience</td>
			<td >CS-102L</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB08</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >JBS3</td>
			<td >JenaBioScience</td>
			<td >CS-103L</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB08</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >JBS4</td>
			<td >JenaBioScience</td>
			<td >CS-104L</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB08</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >JBS5</td>
			<td >JenaBioScience</td>
			<td >CS-105L</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB09</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >JBS6</td>
			<td >JenaBioScience</td>
			<td >CS-106L</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB09</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >JBS7</td>
			<td >JenaBioScience</td>
			<td >CS-107L</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB09</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >JBS8</td>
			<td >JenaBioScience</td>
			<td >CS-108L</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB09</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >JBS9</td>
			<td >JenaBioScience</td>
			<td >CS-109L</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB10</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >JBS10</td>
			<td >JenaBioScience</td>
			<td >CS-110L</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB10</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Clear Strategy&#8482; Screen 1 pH 4.5</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td >MD1-16LMB</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB10</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Clear Strategy&#8482; Screen 1 pH 5.5</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td >MD1-16LMB</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB10</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Clear Strategy&#8482; Screen 1 pH 6.5</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td >MD1-16LMB</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB11</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Clear Strategy&#8482; Screen 1 pH 7.5</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td >MD1-16LMB</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB11</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Clear Strategy&#8482; Screen 1 pH 8.5</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td >MD1-16LMB</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB11</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Clear Strategy&#8482; Screen 2 pH 4.5</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td >MD1-16LMB</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB11</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Clear Strategy&#8482; Screen 2 pH 5.5</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td >MD1-16LMB</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB12</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Clear Strategy&#8482; Screen 2 pH 6.5</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td >MD1-16LMB</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB12</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Clear Strategy&#8482; Screen 2 pH 7.5</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td >MD1-16LMB</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB12</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Clear Strategy&#8482; Screen 2 pH 8.5</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td >MD1-16LMB</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB12</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Index&#8482;</td>
			<td >Hampton Research</td>
			<td >HR2-144</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB13</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SaltRX&#8482; 1</td>
			<td >Hampton Research</td>
			<td >HR2-107</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB14</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SaltRX&#8482; 2</td>
			<td >Hampton Research</td>
			<td >HR2-109</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB14</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >MemStar&#8482;</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td >MD1-21</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB15</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >MemSys&#8482;</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td >MD1-25</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB15</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >JCSG-plus&#8482; Suite</td>
			<td >Qiagen</td>
			<td >130720</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB16</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >MORPHEUS&#174; screen</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td >MD1-46</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB17</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Pi minimal screen</td>
			<td >JenaBioScience</td>
			<td >CS-127</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB18</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Pi-PEG screen</td>
			<td >JenaBioScience</td>
			<td >CS-128</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB19</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >MORPHEUS&#174; II screen</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td >MD1-91</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB20</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >LMB crystallization screen&#8482;</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td >MD1-98</td>
			<td>Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB21</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Additive screens</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >HT additive screen</td>
			<td >Hampton Research</td>
			<td >HR2-138</td>
			<td >Frozen in 96-well deepwell block (1 mL per well).</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >MORPHEUS&#174; additive screen</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td >MD1-93-500</td>
			<td >Frozen in 96-well deepwell block (500 &#181;L per well).</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >ANGSTROM additive screen&#8482;&#160;</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td>MD1-100</td>
			<td >Frozen in 96-well deepwell block (1 mL per well).</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >MORPHEUS&#174; additive screen</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td>MD1-93</td>
			<td >Frozen in 96-well cell culture Costar&#174; plate with V-shaped wells (100 &#181;L per well).</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >ANGSTROM additive screen&#8482;&#160;</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td>MD1-100-FX</td>
			<td >Frozen in 96-well cell culture Costar&#174; plate with V-shaped well (100 &#181;L per well).</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >HIPPOCRATES additive screen</td>
			<td >Molecular Dimensions Ltd</td>
			<td>n/a</td>
			<td >48 single additives (drug compounds found in MORPHEUS&#174; III).</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Other consumables</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >96-well MRC 2-drop plate</td>
			<td >Swissci</td>
			<td >MRC 96T-UVP</td>
			<td >Sitting-drop, vapor diffusion plate. Reservoir recommended volume: 80&#160; &#181;L. Range of useful droplet volumes: 10-1000 nL. UV transmissible.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >48-well MRC 1-drop plate&#160; (&#39;MAXI plate&#39;)</td>
			<td >Swissci</td>
			<td >MMX01-UVP&#160;</td>
			<td >Sitting-drop, vapor diffusion plate for scale-up/optimization. Reservoir recommended volume: 200&#160; &#181;L. Range of useful droplet volumes: 0.1-10 &#181;L. UV transmissible.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >MRC hanging drop seal</td>
			<td >Swissci</td>
			<td >n/a</td>
			<td >Hanging-drop, compatible with both MRC vapor diffusion plates (MRC 96T-UVP and MMX01-UVP ). UV and X-ray transmissible.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Adhesive sealing tape</td>
			<td >Hampton Research</td>
			<td >HR4-50</td>
			<td >3-inch wide Duck&#174; HD Clear&#8482; for sealer and manual sealing.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Adhesive aluminium sheet</td>
			<td >Beckman Coulter</td>
			<td >538619</td>
			<td >Used to reseal additive screens.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Ink cartridge</td>
			<td >Markem-Imaje</td>
			<td>9651</td>
			<td >System 1 (inkjet printer).</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Solvent cartridge</td>
			<td >Markem-Imaje</td>
			<td>8652</td>
			<td >System 1 (inkjet printer).</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >50 &#181;L tips&#160;</td>
			<td >Hamilton</td>
			<td>235947</td>
			<td >System 2 (STAR&#8482; liquid handler). Box of 6 sets with 1920 x CO-RE&#8482; tips in disposable stacks.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Reagent container</td>
			<td >Hamilton</td>
			<td>194052</td>
			<td >Used to dispense a condition into plate(s) during additive screening protocols.&#160;</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >PCR plate</td>
			<td >Thermo Scientific&#8482;</td>
			<td >AB-2150</td>
			<td >System 2 (contains protein to be transfer to the Mosquito&#174;). Abgene Diamond ultra, 384 V-shaped wells.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >microsyringes</td>
			<td >TTP Labtech</td>
			<td >4150-03020</td>
			<td >Spool of 26,000 microsyringes for the Mosquito&#174; nanoliter dispenser (9mm spacing).</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >strip-holder block</td>
			<td >TTP Labtech</td>
			<td >3019-05013</td>
			<td >SSB device for the Mosquito&#174; strips, aka &#39;4-way Reagent Holder&#39;.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >2 &#181;L 8-well strip</td>
			<td >TTP Labtech</td>
			<td >4150-03110</td>
			<td >Contains protein on the deck of the Mosquito&#174;. Box of 40 strips, max. vol. in well is 3.2 &#181;L.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >5 &#181;L 8-well strip</td>
			<td >TTP Labtech</td>
			<td >4150-03100</td>
			<td >Contains protein on the deck of the Mosquito&#174;. Box of 40 strips, max. vol. in well is 7.5 &#181;L.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >5 mL syringes</td>
			<td >TTP Labtech</td>
			<td >4150-07100</td>
			<td >Syringe body and piston for the Dragonfly&#174; liquid handler. Pack of 100.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Troughs/Reservoirs</td>
			<td >TTP Labtech</td>
			<td >4150-07103</td>
			<td >Contains stock solutions on the deck of the Dragonfly&#174;. Pack of 50.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Orbital microplate shaker</td>
			<td>CamLab Limited</td>
			<td>n/a</td>
			<td >Variomag&#174; for mixing conditions in a single plate (0-2000 rpm).</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Microplate mixer</td>
			<td >TTP Labtech</td>
			<td>3121-01015</td>
			<td>MxOne. Mixing condition in a single plate with 96 vibrating pins.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

automated protocols for macromolecular crystallization at the mrc laboratory of molecular biology

जब उच्च गुणवत्ता क्रिस्टल प्राप्त कर रहे है कि diffract एक्स रे, क्रिस्टल संरचना के पास परमाणु संकल्प पर हल किया जा सकता है । शर्तों प्रोटीन, DNAs, RNAs, और उनके परिसरों सघन करने के लिए लेकिन भविष्यवाणी नहीं की जा सकती है । शर्तों की एक व्यापक विविधता को रोजगार एक तरह से गुणवत्ता विवर्तन क्रिस्टल की उपज को बढ़ाने के लिए है । दो पूरी तरह से स्वचालित प्रणाली आणविक जीवविज्ञान की MRC प्रयोगशाला में विकसित किया गया है (कैंब्रिज, इंग्लैंड, MRC-LMB) कि nanoliter बूंदों में वाष्प प्रसार द्वारा १,९२० प्रारंभिक स्थितियों के खिलाफ क्रिस्टलीकरण स्क्रीनिंग की सुविधा । अर्द्ध स्वचालित प्रोटोकॉल भी पुनर्अभिकर्ताओं की सांद्रता, पीएच, या additives है कि संभावित परिणामस्वरूप क्रिस्टल के गुणों को बढ़ाने के द्वारा शुरू करने की स्थिति को अनुकूलित करने के लिए विकसित किया गया है । सभी संबंधित प्रोटोकॉल विस्तार से वर्णित किया जाएगा और संक्षेप में चर्चा की । एक साथ ले लिया, वे एक बहु प्रयोक्ता सुविधा में सुविधाजनक और अत्यधिक कुशल macromolecular क्रिस्टलीकरण सक्षम है, जबकि उनके प्रयोगों के प्रमुख मापदंडों पर उपयोगकर्ताओं को नियंत्रण दे रही है ।

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Automated Protocols for Macromolecular Crystallization at the MRC Laboratory of Molecular Biology

स्वचालित प्रणालियों और स्क्रीन और वाष्प प्रसार प्रयोगों के लिए nanoliter क्रिस्टलीय बूंदों की एक बड़ी संख्या की दिनचर्या तैयार करने के लिए प्रोटोकॉल वर्णित है और चर्चा की ।

आणविक जीवविज्ञान की MRC प्रयोगशाला में Macromolecular क्रिस्टलीकरण के लिए स्वचालित प्रोटोकॉल

When high quality crystals are obtained that diffract X-rays, the crystal structure may be solved at near atomic resolution. The conditions to crystallize ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

High Precision FRET at Single-molecule Level for Biomolecule Structure Determination

बायोमोलेस्क्यू संरचना निर्धारण के लिए एकल अणु स्तर पर उच्च शुद्धता FRET

A protocol on how to perform high-precision interdye distance measurements using F&#246;rster resonance energy transfer (FRET) at the single-molecule ...

Growing Protein Crystals with Distinct Dimensions Using Automated Crystallization Coupled with In Situ Dynamic Light Scattering

Growing Protein Crystals with Distinct Dimensions Using Automated Crystallization Coupled with In Situ Dynamic Light Scattering

अलग आयामों के साथ बढ़ती प्रोटीन क्रिस्टल का उपयोग कर स्वचालित क्रिस्टलीकरण में सीटू गतिशील प्रकाश बिखरने के साथ युग्मित

The automated crystallization device is a patented technique1 especially developed for monitoring protein crystallization experiments with the aim to ...

Single-step Purification of Macromolecular Complexes Using RNA Attached to Biotin and a Photo-cleavable Linker

बायोटिन से जुड़ी आरएनए का उपयोग करके Macromolecular परिसरों का एकल-चरण शुद्धिकरण और एक फोटो-सट linker

For many years, the exceptionally strong and rapidly formed interaction between biotin and streptavidin has been successfully utilized for partial ...

Proteome-wide Quantification of Labeling Homogeneity at the Single Molecule Level

प्रोसिटोम एकल अणु स्तर पर लेबलिंग एकरूपता का व्यापक परिमाणन

Cell proteomes are often characterized using electrophoresis assays, where all species of proteins in the cells are non-specifically labeled with a ...

Characterization at the Molecular Level using Robust Biochemical Approaches of a New Kinase Protein

एक नई Kinase प्रोटीन के मजबूत जैव रासायनिक दृष्टिकोण का उपयोग कर आणविक स्तर पर विशेषता

Extensive whole genome sequencing has identified many Open Reading Frames (ORFs) providing many potential proteins. These proteins may have important ...

Strategic Screening and Characterization of the Visual GPCR-mini-G Protein Signaling Complex for Successful Crystallization

सफल क्रिस्टलीकरण के लिए विजुअल जीपीसीआर-मिनी-जी प्रोटीन सिग्नलिंग कॉम्प्लेक्स की रणनीतिक स्क्रीनिंग और लक्षण वर्णन

The key to determining crystal structures of membrane protein complexes is the quality of the sample prior to crystallization. In particular, the choice ...

Spot Variation Fluorescence Correlation Spectroscopy for Analysis of Molecular Diffusion at the Plasma Membrane of Living Cells

जीवित कोशिकाओं के प्लाज्मा झिल्ली पर आणविक प्रसार के विश्लेषण के लिए स्पॉट भिन्नता प्रतिदीप्ति सहसंबंध स्पेक्ट्रोस्कोपी

Dynamic biological processes in living cells, including those associated with plasma membrane organization, occur on various spatial and temporal scales, ...

PCR Mutagenesis, Cloning, Expression, Fast Protein Purification Protocols and Crystallization of the Wild Type and Mutant Forms of Tryptophan Synthase

पीसीआर म्यूटेनेसिस, क्लोनिंग, अभिव्यक्ति, फास्ट प्रोटीन शुद्धिकरण प्रोटोकॉल और वाइल्ड टाइप का क्रिस्टलीकरण और ट्रिप्टोफान सिंथेस के उत्परिवर्ती रूप

Structural studies with tryptophan synthase (TS) bienzyme complex (&#945;2&#946;2 TS) from Salmonella typhimurium have been performed to better understand ...

Fixed Target Serial Data Collection at Diamond Light Source

डायमंड लाइट सोर्स पर फिक्स्ड टारगेट सीरियल डेटा कलेक्शन

Serial data collection is a relatively new technique for synchrotron users. A user manual for fixed target data collection at I24, Diamond Light Source is ...

Workflow and Tools for Crystallographic Fragment Screening at the Helmholtz-Zentrum Berlin

हेल्महोल्ट्ज़-ज़ेंड्रम बर्लिन में क्रिस्टलीय टुकड़ा स्क्रीनिंग के लिए कार्यप्रवाह और उपकरण

Fragment screening is a technique that helps to identify promising starting points for ligand design. Given that crystals of the target protein are ...