Name: clock scan protocol for image analysis: imagej plugins
Uploaded: 2017-06-19T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Clock Scan Protocol for Image Analysis: ImageJ Plugins at JoVE.com

نشكر الدكتور تانيا ماريتزن والدكتور فابيان فيوتلينسك (معهد لايبنيز من علم الأدوية الجزيئي، برلين، ألمانيا) لتقاسم معنا نسختهم من فوجي إيماجيج ساعة المسح الضوئي المساعد والملهم لنا لتطوير هذا الإصدار من البرنامج. ونحن ممتنون أيضا للدكتور فريتز ميلشيرز (قسم تنمية الخلايا الليمفاوية، معهد ماكس بلانك لعلم الأحياء العدوى) لإذنه الكريمة لاستخدام الصور من قاعدة بيانات قسمه لغرض اختبار وتحسين البرنامج المساعد. الدعم: مركز العلوم العصبية متعدية؛ منحة المعاهد الوطنية للصحة: ​​P30-GM110702-03.

1. تثبيت البرامج <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> قم بتثبيت أحدث إصدارات جافا المجمعة وإيماجيج أو فيجي إيماجيج كما هو موصى به على مواقع الويب المعنية (انظر جدول المواد للروابط لمواقع الويب المقابلة). في النص أدناه، يشار إلى كلا البرنامجين باسم &quot;إيم?...

<ol>
	<li>Dobretsov, M., Romanovsky, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term="Clock-scan"+protocol+for+image+analysis.">"Clock-scan" protocol for image analysis.</a> Am J Physiol Cell Physiol. 291, 869-879 (2006).</li><li>Feutlinske, F., Browarski, M., Ku, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stonin1+mediates+endocytosis+of+the+proteoglycan+NG2+and+regulates+focal+adhesion+dynamics+and+cell+motility.">Stonin1 mediates endocytosis of the proteoglycan NG2 and regulates focal adhesion dynamics and cell motility.</a> Nat Commun. 6, 8535 (2015).</li><li>Schneider, C. A., Rasband, W. S., Eliceiri, K. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NIH+Image+to+ImageJ:+25+years+of+image+analysis.">NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis.</a> Nat Methods. 9, 671-675 (2012).</li><li>Schindelin, J., Arganda-Carreras, I., Frise, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fiji:+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis.">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9, 676-682 (2012).</li><li>Dobretsov, M., Hastings, S. L., Stimers, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Non-uniform+expression+of+alpha+subunit+isoforms+of+the+Na+/K++pump+in+rat+dorsal+root+ganglia+neurons.">Non-uniform expression of alpha subunit isoforms of the Na+/K+ pump in rat dorsal root ganglia neurons.</a> Brain Res. 821, 212-217 (1999).</li><li>Hayar, A., Gu, C., Al-Chaer, E. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+method+for+patch+clamp+recording+and+calcium+imaging+of+neurons+in+the+intact+dorsal+root+ganglion+in+rats.">An improved method for patch clamp recording and calcium imaging of neurons in the intact dorsal root ganglion in rats.</a> J Neurosci Methods. 173, 74-82 (2008).</li><li>Dobretsov, M., Pierce, D., Light, K. E., Kockara, N. T., Kozhemyakin, M., Wight, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transgenic+mouse+model+to+selectively+identify+alpha3+Na,K-ATPase+expressing+cells+in+the+nervous+system.">Transgenic mouse model to selectively identify alpha3 Na,K-ATPase expressing cells in the nervous system.</a> Society for Neuroscience. , 1 (2015).</li><li>Lein, E. S., Hawrylycz, M. J., Ao, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+atlas+of+gene+expression+in+the+adult+mouse+brain.">Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain.</a> Nature. 445, 168-176 (2007).</li><li>Romanovsky, D., Mrak, R. E., Dobretsov, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Age-dependent+decline+in+density+of+human+nerve+and+spinal+ganglia+neurons+expressing+the+alpha3+isoform+of+Na/K-ATPase.">Age-dependent decline in density of human nerve and spinal ganglia neurons expressing the alpha3 isoform of Na/K-ATPase.</a> Neuroscience. 310, 342-353 (2015).</li><li>Campbell, J., Singh, D., Hollett, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatially+selective+photoconductive+stimulation+of+live+neurons.">Spatially selective photoconductive stimulation of live neurons.</a> Front Cell Neurosci. 8, 142 (2014).</li><li>Yuryev, M., Pellegrino, C., Jokinen, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+Calcium+Imaging+of+Evoked+Calcium+Waves+in+the+Embryonic+Cortex.">In vivo Calcium Imaging of Evoked Calcium Waves in the Embryonic Cortex.</a> Front Cell Neurosci. 9, 500 (2015).</li><li>Qiao, M., Sanes, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+Method+for+Labeling+Electrically+Coupled+Cells:+Application+to+Retina.">Genetic Method for Labeling Electrically Coupled Cells: Application to Retina.</a> Front Mol Neurosci. 8, 81 (2015).</li></ol>

بروتوكول المسح الضوئي على مدار الساعة: بروتوكول المسح الضوئي على مدار الساعة هو أداة سريعة وبسيطة لتحليل الصور. وقد وصفت مزايا هذا البروتوكول، بالمقارنة مع النهج المشتركة القائمة لتحليل الصور (مثل المسح الضوئي كثافة بكسل الخطي أو حساب متوسط ​​كثافة بكسل ل...

والهدف من هذا العمل هو تقديم بروتوكول المسح الضوئي على مدار الساعة التي هي منصة خالية ومتوفرة بحرية لأي باحث مهتم في هذا النوع من تحليل الصور. وقد تم تطوير بروتوكول المسح الضوئي على مدار الساعة في الأصل في عام 2006 1 ، بهدف تحسين الطرق القائمة لقياس كثافة بكسل ضمن مناطق محدبة الشكل ذات الاهتمام (روي)، وهي الطريقة التي لديها قدرة تكامل أفضل وتحسين القرار المكاني. خلال عملية الاستحواذ، بروتوكول بالتتابع بجمع متعددة شعاعي بكسل الكثافة ملامح، الممسوحة ضوئيا من مركز روي إلى حدودها، أو إلى مسافة محددة سلفا خارج العائد على الاستثمار لغرض قياس &quot;الخلفية&quot; كثافة بكسل. بروتوكول موازين هذه التشكيلات وفقا لنصف قطر الخلية، ويقاس في اتجاه المسح الضوئي. وهكذا، فإن المسافة من المركز إلى حدود عائد الاستثمار من كل مسح شعاعي الفردية هو دائما 100٪ من نطاق X. وأخيرا، فإن البرنامج متوسط ​​هذه إنديفيدووملامح الشخصية في واحد لا يتجزأ شعاعي بكسل كثافة شدة. بسبب التحجيم، يعني متوسط ​​كثافة بكسل الشخصي، التي تنتجها &quot;مسح كلوك&quot;، لا يعتمد على حجم عائد الاستثمار ولا، في حدود معقولة، على شكل العائد على الاستثمار. تسمح هذه الطريقة بمقارنة مباشرة أو، عند الاقتضاء، المتوسط ​​أو الطرح لمحات من مختلف عائد الاستثمار. يسمح البروتوكول أيضا تصحيح ملامح كثافة بكسل متكاملة، من أي كائن لضوضاء الخلفية، من خلال الطرح بسيط من كثافة متوسطة من بكسل تقع خارج الكائن. على الرغم من أنه قد تم اختباره فقط في العينات البيولوجية، ويوفر بروتوكول لدينا إضافة قيمة إلى غيرها من أدوات تحليل الصور الموجودة المستخدمة في دراسات الصور من العمليات الفيزيائية أو الكيميائية التي يتم ترتيبها حول نقطة المنشأ (مثل نشر المواد من مصدر نقطة ) 1 - ومع ذلك، كان الحد الرئيسي من طريقة تحليل الصورة الأصلية أن البروتوكول كان ديف(VB6) (رمز، وبالتالي، كان يعتمد على منصة ويصعب توزيع (تتطلب VB6) لمعالجة هذه المشكلة والانضمام إلى جهود مماثلة مماثلة من قبل المحققين الآخرين 2 ، قمنا بتحويل VB6 ساعة المسح الضوئي رمز البرنامج إلى اثنين من الإضافات المستندة إلى جافا، متوافقة مع نيه برعاية ومتاح بحرية متاحة المصدر ومنصة مستقلة برامج تحليل الصور، إيماجيج 3 وفيجي إيماجيج 4. وعلاوة على ذلك، هذه الإضافات لديها الآن العديد من الوظائف الجديدة التي توسع القدرة من بروتوكول الأصلي لمعالجة العديد من روي وكومة مداخن العديد من تطبيقات تحليل الصور ليست سهلة الاستخدام، فيما يتعلق بإجراء تحليل إحصائي للكائنات متعددة، وبالتالي، وغالبا ما يتم عرض بيانات تمثيلية فقط.مع متعددة على مدار الساعة المسح الضوئي المساعد يماغيج، فمن الممكن لتسهيل تحليل كائنات متعددة في وقت واحد.تقييم إحصائي قوي للبيانات المجهري،فيما يتعلق بتوزيع كثافة الإشارة في خلايا / كائنات مفردة، أصبح من الممكن الآن مع هذا الملحق المساعد. هنا، نحن تصف الإضافات المسح الضوئي على مدار الساعة وعرض أمثلة من تطبيقاتها في تحليل الصور.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="896">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Computer</td>
			<td style="width:71px;">Any</td>
			<td style="width:289px;"></td>
			<td style="width:320px;">compatible with software listed below</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">ImageJ or Fiji ImageJ</td>
			<td style="width:71px;">NIH</td>
			<td>https://imagej.nih.gov/ij/ or https://fiji.sc/</td>
			<td>bundled with Java 1.8 or higher</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Clock-scan plugins</td>
			<td style="width:71px;">freeware</td>
			<td>https://sourceforge.net/projects/clockscan/</td>
			<td>Clock_Scan-1.0.1 jar and Multi_Clock_Scan-1.0.1/ jar</td>
		</tr>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;width:216px;">Origin 9.0</td>
			<td>OriginLab</td>
			<td style="width:289px;">Northampton, MA, USA</td>
			<td style="width:320px;">This program was used to generate some graphs of the original Clock Scan data. Any other graphic software can be used to perform this function</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

clock scan protocol for image analysis: imagej plugins

ويعد بروتوكول المسح الضوئي على مدار الساعة لتحليل الصور أداة فعالة لتحديد متوسط ​​كثافة البكسل داخل المنطقة الحدودية أو الخلفية (أو الخلفية) المغلقة أو المجزأة ذات الاهتمام المحدود، مما يؤدي إلى توليد متوسط ​​التكامل البيني الشعاعي، الكثافة الشخصية. وقد تم تطوير هذا البروتوكول أصلا في عام 2006، باعتباره البصرية الأساسية 6 النصي، ولكن على هذا النحو، كان توزيع محدود. لمعالجة هذه المشكلة والانضمام إلى جهود مماثلة مماثلة من قبل الآخرين، قمنا بتحويل الأصلي رمز بروتوكول المسح الضوئي على مدار الساعة إلى اثنين من الإضافات المستندة إلى جافا متوافق مع نيه برعاية ومتاحة بحرية برامج تحليل الصور مثل إيماجيج أو فيجي إيماجيج. وعلاوة على ذلك، هذه الإضافات لديها العديد من الوظائف الجديدة، وزيادة توسيع مجموعة من قدرات البروتوكول الأصلي، مثل تحليل مناطق متعددة من الفائدة وصورة مداخن. الميزة الأخيرة للبرنامج مفيدة بشكل خاص في التطبيقات التي من المهم تحديد التغييرات ذات الصلةإلى الوقت والمكان. وهكذا، فإن تحليل المسح الضوئي على مدار الساعة من أكوام من الصور البيولوجية يمكن أن تطبق على نشر نا + أو كا ++ داخل خلية واحدة، وكذلك لتحليل النشاط انتشار (على سبيل المثال ، موجات كا ++ ) في السكان من سينابتيكالي متصلة أو الفجوة تقاطع الخلايا. هنا، ونحن تصف هذه الإضافات المسح الضوئي على مدار الساعة الجديدة وتظهر بعض الأمثلة على تطبيقاتها في تحليل الصور.

الصور التي يتم استخدامها هنا لغرض التوضيح، تؤخذ من قواعد البيانات التي تم إنشاؤها خلال دراستنا السابقة الخلايا والأنسجة البيولوجية 5 ، 6 ، 7 ومن أطلس الدماغ ألين ماوس 8 . تم اختبار كل من ?...

Watch this Scientific Journal Video about Clock Scan Protocol for Image Analysis: ImageJ Plugins at JoVE.com

Clock Scan Protocol for Image Analysis: ImageJ Plugins

تصف هذه الورقة اثنين من الإضافات إيماجيج رواية لتحليل الصور &quot;مسح الساعة&quot;. هذه الإضافات توسيع وظائف البرنامج البصري الأساسي 6 الأصلي، والأهم من ذلك، جعل البرنامج متاح لمجتمع بحثي كبير من خلال تجميعه مع إيماجيج مجانا حزمة برامج تحليل الصور.

بروتوكول المسح الضوئي على مدار الساعة لتحليل الصور: إيماجيج الإضافات

The clock scan protocol for image analysis is an efficient tool to quantify the average pixel intensity within, at the border, and outside (background) a ...

Research

JoVE Journal

Biology

A Neuronal and Astrocyte Co-Culture Assay for High Content Analysis of Neurotoxicity

والخلايا العصبية ونجمية المشارك الثقافة الفحص لتحليل محتوى عال من العصبية

High Content Analysis (HCA) assays combine cells and detection reagents with automated imaging and powerful image analysis algorithms, allowing ...

Robotics and Dynamic Image Analysis for Studies of Gene Expression in Plant Tissues

الروبوتات والتحليل الديناميكي صورة للدراسات في التعبير الجيني في أنسجة النبات

Gene expression in plant tissues is typically studied by destructive extraction of compounds from plant tissues for in vitro analyses. The methods ...

LeafJ: An ImageJ Plugin for Semi-automated Leaf Shape Measurement

LeafJ: البرنامج المساعد ليماغيج نصف الآلي ورقة قياس الشكل

High throughput phenotyping (phenomics) is a powerful tool for linking genes to their functions (see review1 and recent examples2-4). Leaves are the ...

Automated Analysis of Dynamic Ca2+ Signals in Image Sequences

Automated Analysis of Dynamic Ca2+ Signals in Image Sequences

التحليل الآلي من ديناميك كا<sup&gt; 2 +</sup&gt; إشارات في تسلسلات الصور

Intracellular Ca2+ signals are commonly studied with fluorescent Ca2+ indicator dyes and microscopy techniques. However, quantitative analysis of Ca2+ ...

A Protocol for Lentiviral Transduction and Downstream Analysis of Intestinal Organoids

بروتوكول لLentiviral تنبيغ وتحليل المصب من المعوية Organoids

Intestinal crypt-villus structures termed organoids, can be kept in sustained culture three dimensionally when supplemented with the appropriate growth ...

Rapid Analysis of Circadian Phenotypes in Arabidopsis Protoplasts Transfected with a Luminescent Clock Reporter

تحليل سريع من الظواهر الإيقاعية في نبات الأرابيدوبسيس جبلة مجردة Transfected مع ساعة مراسل الفلورسنت

The plant circadian clock allows the anticipation of daily changes to the environment. This anticipation aids the responses to temporally predictable ...

Automated Quantification and Analysis of Cell Counting Procedures Using ImageJ Plugins

الآلي الكمي وتحليل إجراءات الفرز الخلية باستخدام يماغيج الإضافات

The National Institute of Health&#39;s ImageJ is a powerful, freely available image processing software suite. ImageJ has comprehensive particle analysis ...

Laboratory Protocol for Genetic Gut Content Analyses of Aquatic Macroinvertebrates Using Group-specific rDNA Primers

بروتوكول مختبر لتحليل محتوى الأمعاء الوراثية ماكروينفيرتيبراتيس المائية استخدام مجموعة محددة المتاشب كبسولة تفجير

Analyzing food webs is essential for a better understanding of ecosystems. For example, food web interactions can undergo severe changes caused by the ...

Quantifying Mitophagy in C. elegans and a Liver Cancer Cell Line

Detection of Mitophagy in Caenorhabditis elegans and Mammalian Cells Using Organelle-Specific Dyes

Detection of Mitophagy in Caenorhabditis elegans and Mammalian Cells Using Organelle-Specific Dyes (Video) | JoVE 

الكشف عن الميتوفاجي في Caenorhabditis elegans وخلايا الثدييات باستخدام الأصباغ الخاصة بالعضيات

Mitochondria are essential for various biological functions, including energy production, lipid metabolism, calcium homeostasis, heme biosynthesis, ...